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Articles by Tuhina Banerjee in JoVE
JoVE Immunology and Infection
표면 Plasmon 공명하여 호스트 Cytosol에 독소를 Translocation의 감지
Department of Molecular Biology and Microbiology, University of Central Florida
이 보고서에서는, 우리는 표면 plasmon 공명이 호스트 cytosol에 독소 항목을 검색하는 데 사용됩니다 방법에 대해 설명합니다. 이것은 매우 민감한 방법은 cytosolic 독소의 양에 양적 데이터를 제공할 수 있으며,이 독소의 범위에 적용할 수 있습니다.
Other articles by Tuhina Banerjee on PubMed
Concanavalin의 녹은 Globule 2,2,2 Trifluoroethanol 유도 상태를 및 바인딩 Sulfonate 8-anilinonaphthalene의 너 지론: 십 분 광 조사
Concanavalin A 2,2,2-trifluoroethanol (TFE) 상호 pH 2.5 및 5.2에서 차동 스캐닝 열 량 측정, 등온 적정 열 량 (ITC), 원형 양색성 (CD), 및 형광 분광학의 조합을 사용 하 여 조사 했다. 모든 pH 값에서 열 전환 되돌릴 수로 발견 했다. PH 2.5에서 4 몰 kg(-1) TFE, 존재 concanavalin A는 기본 3 차 구조의 중대 한 손실을 부분적으로 접힌된 상태에서 관찰 됩니다. 네이티브 TFE 유도 부분적으로 접힌된 상태에서 전환에서 특정 측면 체인 상호 작용의 손실은 협동 열 전환 손실과 방향족 영역에서 CD 밴드의 감소에 의해 보여 줍니다. 아크릴 해소, 8 anilinonaphthalene 된 (ANS) 바인딩 및 에너지 전송도는 것이 좋습니다 4 mol 존재 kg(-1) TFE pH 2.5 concanavalin A 녹은 globule 상태. ITC는 녹은 globule 상태로 ANS 바인딩의에 너 지론의 특성을 처음으로 사용 되었습니다. ITC 결과 녹은 globule 상태 및 pH 2.5에서 산 유도 상태 ANS의 바인딩 표시 바인딩 사이트 아닌 상호 작용의 두 클래스를 함께 나타냅니다. 결과 소수와 정전기 상호 작용 바인딩에 ANS의 concanavalin A.의 역할에 대 한 통찰력 제공 결과 또한 ITC 질적 및 양적 단백질의 부분적으로 접힌된 상태를 사용할 수 있습니다 보여줍니다.
마 취 2,2,2 Trifluoroethanol 소 혈 청 알 부 민 직접 바인딩 또는 용 매 중재 효과 의해 상호 작용 합니까? 열 분 광 수사입니다
2,2,2-Trifluoroethanol (TFE) 열 량 스캐닝 고감도 microdifferential를 사용 하 여 앞 소 혈 청 알 부 민 (BSA)의 열 전개 공부 하고있다. 열 전환 동반 양적 열역학 매개 변수 평가. TFE 안정제 또는 Ph에 따라 BSA의 접힌 상태의 destabilizer 관찰 됩니다. CD 분광학 BSA의 알파 나선형 콘텐츠 증가 증가 TFE molalities 존재 3 차 구조에 있는 감소를 공개 했다. 등온 적정 열 결과 TFE 분자 BSA 감지할 수 바인딩을 나타내지 않습니다. TFE 꺼 버리는 높은 molalities에만 BSA의 안정 상태 트립토판 형광 및 낮은 molalities에서 트립토판 형광에 영향을 주지 않습니다. 이 작품에서 얻은 십 분 광 결과 TFE BSA와의 상호 작용을 지배 하는 용 매 중재 효과 및 바인딩 구성 요소를 매우 약한 있을 수 있습니다 것이 좋습니다. 바인딩 구성 요소를 매우 약한 이므로, 실제 대상에 TFE 분자의 마 취 작업의 가능성 중 하나 중요 하지만 지정 되지 않은 막 단백질의 기능을 영향을 있도록 지질 bilayer의 구조와 동적 속성의 섭 동을 통해 수 있습니다.
8 Anilinonaphthalene 된 Dimeric Tetrameric Concanavalin A: 너 지론 및 Saccharide 바인딩 등온 적정 열 량 및 분광학을 공부에 영향을의 바인딩
Concanavalin A 조사를 8 anilinonaphthalene 된 바인딩. 등온 적정 열 량 (ITC)와 원형 黄 연구 바인딩을 이해 하려면 다른 실험 조건 하에서 수행 된 양적 고 다른 세력에 대 한 책임의 기여를 평가. Concanavalin A ANS와 pH 5.2 및 2.5에서 등온 적정 열 결과 바인딩 이종 두 클래스 noninteracting 사이트의 표시 어디를 이합체로 존재. PH 2.5 네이티브 코드에서 바인딩 상수 향상 ANS 바인딩 단백질 충전 및 concanavalin A 자외선 근처 CD 결과 의해 제안 된 구조에서 유리한 변경에 의해 영향을 강력 하 게 나왔다. 바인딩이 없습니다 concanavalin A, tetrameric 형태의 관찰 되었다 때문에 정식 이합체의 dimerization 사이트의 실드를 나타내는. 결과 또한 saccharide 바인딩 사이트 다른 소수 바인딩 사이트의 존재를 증명 하고있다.
나 프 록 센 및 심 실 소 혈 청 알 부 민에의 바인딩: 생물 리 측면
마약 나 프 록 센 (이 항 염증) 및 소 혈 청 알 부 민 (BSA)에 (어떤 항울약) 심 실 바인딩은 등온 적정 열 량 (ITC)를 사용 하 여 형광 및 원형 黄 spectroscopies 함께 공부 하고있다. 나 프 록 센은 심 실 보다 BSA에 더 강하게 바인딩할 관찰 된다. 온도 따라 ITC는 결과 하나 이상의 단백질 분자와 나 프 록 센의 한 분자의 상호 작용을 나타냅니다. 다른 한편으로, 심 실 1:2. 9 1: 1.2에서 다릅니다 반응 stoichiometry와 함께 BSA에 바인딩됩니다. 바인딩 상수의 온도 의존성에서 계산 된 van't Hoff 엔 탈피 나 프 록 센 BSA에 바인딩, 준수 2 상태 바인딩 프로세스를 나타내는 경우 열 엔 탈피 잘 동의 합니다. 그러나, 심 실 경우 자신의 의견 리간드 바인딩에 따라 뿐만 아니라 온도 증가 함께 단백질의 구조적 변화를 나타냅니다. 분 광 결과 바인딩; 결과로 감지할 수 구조적 변화를 제안 하지 않았다 따라서, 불일치 온도 유도 구조적 변화에 기 인할 수 있었다. 이온 강도의 증가 함께 BSA에 나 프 록 센의 바인딩 선호도 감소 관찰 됩니다. 이것은 complexation 프로세스에서 일반적인 정전기 상호 작용. BSA에 심 실의 바인딩에 소수 성 상호 작용의 우세는 이온 세기의 모든 의존의 부재에 의해 표시 됩니다. BSA에 나 프 록 센 바인딩 경우 정전기 상호 작용의 우위와 BSA에 심 실 바인딩 경우 소수 성 상호 작용 하는 이온과 nonionic 계면의 존재 수행 바인딩 실험 결과 의해 더욱 강화 된다. 바인딩 매개 변수를 나타냅니다 x-100 BSA, 따라서 심 실 쪽으로 BSA의 바인딩 선호도 변경에 소수 성 바인딩 사이트 차단. 이러한 약물에 대 한 바인딩 사이트의 부분적 중복 심 실 BSA 복잡 한에 나 프 록 센의 적정에서 얻은 바인딩 매개 변수에 의해 표시 됩니다. 따라서, 결과 나 프 록 센 및 심 실 바인딩의 정량적 이해를 제공 BSA, 치료제 개별적으로 그들의 효과 이해 하 고 조합 치료에 중요 하다.
콜레라 독 소 a 1 소 단위의 3 차 구조의 안정화 독 소 탈 하 고 휴대 전화 중독을 억제 한다
콜레라 독 소 (CT) 역행 기공을 교통 endoplasmic 그물 (응급실) 셀 표면에서 이동합니다. CT (CTA1)의 촉매 소 단위는 다음 응급실 막 교차 하 고 응급실 관련 저하의 품질 관리 메커니즘을 포함 하는 프로세스에는 cytosol에 들어갑니다. 이 전위 이벤트의 분자 세부 완전히 특징 되지 있다. 여기에, 우리는 cta1에 열 불안정을 보고 소 단위-특히, 37도 C 트리거 독 소 탈 한 3 차 구조 cta1의 손실. 생물 리 연구는 글리세롤 우선적으로 2 차 구조의 열 안정성에 눈에 띄는 영향을 주지 않고 cta1의 3 차 구조를 안정화 발견. Cta1의 disordering 3 차 구조 일반적으로 앞의 2 차 구조 섭 동 하지만 10% 글리세롤 존재 CTA1 3 차 구조의 온도 유도 손실 손실 CTA1 이차 구조와 함께에서 높은 온도에서 발생 한 열. CTA1 3 차 구조의 글리세롤을 이용한 안정화 응급실에서 CTA1 전위를 차단 하 고 대신 CTA1 분 비 세포 외 매체에 승진. 이것은, 차례로, CT만 취 저해. 글리세롤 치료 또한 체 외 저하 cta1의 핵심 20S 프로테아좀에 의해 저해. 집합적으로, 이러한 결과 독 소 열 불안정성은만 취 과정에서 중요 한 역할을 나타냅니다. 그들은 또한 CTA1 3 차 구조의 안정화 소설 antitoxin 치료제에 대 한 잠재적인 목표는 것이 좋습니다.
중앙 인도에서 Versicolor Pityriasis에서 Malassezia 종 보급
지난 10 년 동안에서 다른 연구 흥미로운 지리적 변이 pityriasis에서 Malassezia 종 보급에 versicolor.
하위 도메인 구조 콜레라 독 소 a 1 소 단위의 열 안정성에 기여
콜레라 독 소 (CTA1)의 촉매 a 1 소 단위는 세 가지 하위 도메인으로 ADP ribosyltransferase: 독 소의 촉매 코어를 형성 하는 CTA1(1), CTA1(2)은 확장 된 CTA1(1)와 CTA1(3), 및 CTA1(3) 사이의 링커 소형 구형 지역 이다. CTA1 cytopathic 효과 시작 하기는 cytosol 입력 endoplasmic 그물 (응급실) 멤브레인 교차. 독 소 전 응급실 관련 저하를 (ERAD), 응급실에서 여 cytosol misfolded 단백질을 수출 하는 품질 관리 시스템을 포함 한다. 37 ° C의 생리 적 온에서 무료 CTA1 소 단위 트리거하는 cytosol에 그것의 ERAD 중재 전 부분적으로 펼친된 나 란에는. 따라서, CTA1 구조체의 온도 감도 결정 하는 중요 한 기능 이다. 여기에, 우리 조사 CTA1 하위 도메인 구조 cta1의 열 전개에 기여를 했다. 생물 리 측정 시연 CTA1(1) 하위 도메인 열적으로 안정 되 고 CTA1(2) 하위 도메인 CTA1(1)에 구조적 안정성의 정도 제공 합니다. CTA1(3) 하위 도메인 CTA1의 전반적인 안정성에 영향을 주지 않습니다 하지만 CTA1(3) 하위 도메인에 있는 구조의 로컬 손실 시작 나타납니다 cta1의 열 전개: 글리세롤 및 산 성 pH 모두 전체 길이 cta1의 열 disordering 하지만 하지는 CTA1 disordering 저해 생성 부족 A1(3) 하위 도메인. 이러한 관측 열 CTA1 하는 cytosol 그 이후의 전을 용이 하 게 하는 이벤트의 전개에 관한 기계 론 적인 통찰력을 제공.
자기 휴식을 사용 하 여 콜레라 진단 분자 흉내 기반 Ligands의 식별
炭 적절 한 ligand에 바인딩된 경우, 산화 철 나노 입자는 관심의 특정 대상에 바인딩할 수 있습니다. 이 상호 작용은 자기 휴식 측정을 통해 솔루션의 스핀-스핀 이완 시간 (T2)의 변화를 통해 검색할 수 있습니다. 이 보고서에서 전략 분자 흉내 콜레라 독 소 B 소 단위 (CTB) 바인딩할 대상 ligands 식별을 위해 사용 되었다. 세포 CTB-수용 체, ganglioside GM1, galactose 및 포도 당 단위의 부분적으로 구성 된 pentasaccharide moiety를 포함 합니다. 우리는 따라서 CTB GM1 싫어 하지, 따라서 생산 T2 이완 시간에 감지 변경으로 탄수화물 conjugated 산화 철 나노 입자를 인식 것 이라고 예측 했다. 자기 이완 실험 CTB galactose conjugated 나노 입자와 상호 작용을 시연 했다. 이 상호 작용은 무료 또는 나노 입자 활용 galactose 분자를 사용 하 여 표면 플라스몬 공명 연구를 통해 확인 됐다. Galactose conjugated 나노 입자 40의 검출 한계를 달성 CTB 센서로 사용한 다음 오후. 자기 휴식 연구를 통해 우리가 발견 CTB 또한 dextran 코팅 된 나노 입자와 상호 작용 및 표면 플라스몬 공명 연구 또한이 상호 작용을 확인 했다. 추가 실험 시연 dextran 코팅 된 나노 입자는 CTB 센서로도 사용할 수 있으며 그 dextran GM1 표현 셀으로 CTB의 국제화를 방지할 수 있습니다. 우리의 작업이 나타냅니다 자성 나노 입자 변화 자기 휴식 탐지 식별 분자 흉내를 통해 대상 ligands 간단 하 고 빠른 방법으로 사용할 수 있습니다. 또한, 우리의 결과 dextran 코팅 된 나노 입자 CTB 검출을 위한 저가 접근 방식을 나타냅니다.
치료 화학 보호자 콜레라 중독 및 콜레라 독 소 a 1 소 단위의 전개/전을 억제 한다
콜레라 독 소 (CT)의 음주 셀 endoplasmic 그물 (ER)에 셀 표면에서 그대로 AB(5) 단백질 독으로 여행. 응급실, 촉매 a 1 소 단위는 독 소의 나머지 부분에서 dissociates. 하는 cytosol 응급실에서 cta1의 전 좌는 다음 응급실 관련 저하 (ERAD)의 품질 제어 메커니즘에 의해 촉진 됩니다. 격리 된 CTA1 소 단위에 열 불안정의 역할을 하는 cytosol 전 ERAD 중재에 대 한 트리거를 펼친된 독 소 나 란을 생성 합니다. 이 작품에서 우리는 원형 黄 및 형광 분광학 4 phenylbutyric 산 (PBA)에 노출 cta1의 열 전개를 저해 하 여 보여줍니다. 이것은, 차례로, CTA1 ER cytosol 수출과 배양된 세포 또는 쥐 ileal 루프의 생산적인 중독 차단. 셀 문화 연구 PBA CT는 holotoxin에서 CTA1 분리 응급실에 인신 매매 또는 ERAD 시스템의 작동에 영향을 주지 않았다. PBA 현재 우 레 아 주기 장애를 치료 하 치료 에이전트로 사용 됩니다. 우리의 데이터 PBA 사용 될 수도에 새로운 응용 프로그램을 방지 하거나 아마도 콜레라를 치료 하는 것이 좋습니다.
단백질 이황화 Isomerase A1 소 단위를 전개 하지 않고 콜레라 독 소 a 1 소 단위는 Holotoxin에서 배 수량
단백질 이황화 isomerase (PDI) 콜레라 독 소 (CT)의 촉매 a 1 소 단위에 대 한 "unfoldase" 활동 전시 제안 되었습니다. CTA1 소 단위의 전개는 코네티컷 holotoxin에서 치환 하 고 전 하는 cytosol 준비 생각. 날짜 하려면, PDI의 unfoldase 활동 CTA1 이외의 모든 기판에 대 한 증명 되지 않았습니다. PDI의 상 unfoldase 활동에 대 한 대안적 설명 CTA1 생리 적 온에서 holotoxin에서의 분리에 따라 자발적으로 전개 될 것입니다 시연 최근 구조 연구에 의해 제안 되었습니다. 따라서, PDI 단순히 빠질 수도 있습니다 CTA1 CT holotoxin에서 CTA1 소 단위를 전개 하지 않고. 코네티컷 분해 및 CTA1 전개에 PDI의 역할을 평가 하 CT holotoxin에서 cta1의 PDI 중재 분리 모니터링을 실시간으로 분석 결과 활용 하 고 직접 푸리에 변환 적외선 분광학 동위 원소 편집에 의해 PDI 바인딩 CTA1 구조에 미치는 영향을 조사 했다. 우리의 집단적 인 데이터 PDI 코네티컷 holotoxin의 분해에 대 한 필요 하지만 CTA1 소 단위 전개 하지 않습니다 따라서 잠복의 holotoxin에서 CTA1 분리에 대 한 새로운 메커니즘을 보여 줍니다.
식민과 Vancomycin 중간 황색 포도 상 구 균 종자 3 차 치료 센터, 북쪽으로 인도에 지 저항 유전자를 포함 하
집중 치료 단위에 메 티 실린 내성 황색 포도상구균 (MRSA)에 대 한 비 강 캐리지 조사 vancomycin 감소 민감성 MRSA의 4 개의 변종 발견. 지 유전자 두 이러한 vancomycin 중간 황색 포도 상 구 균 (비자) 변종 발견 됐다. 선택적 vancomycin 압력의 부재 내성 유전자의 감소 식 결과가 될 수 있습니다.
