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Articles by Usheer Kanjee in JoVE
JoVE General
Un test pour mesurer l'activité des Escherichia coli Inductible Lysine Decarboxyase
Department of Biochemistry, University of Toronto
L'activité de la décarboxylase inductible lysine est contrôlée par la réaction du substrat L-lysine et la cadavérine produit avec l'acide 2,4,6-trinitrobenzensulfonic pour former des adduits qui ont une solubilité différentielle dans le toluène.
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Structure De Rava MoxR AAA + Protéines Révèle Les Principes De Conception D'une Cage Moléculaire Moduler L'activité Décarboxylase Inductible Lysine
La famille MoxR de AAA + ATPases est très répandue dans les bactéries et les archées, mais reste mal caractérisée. Nous avons récemment découvert que la protéine d'Escherichia coli MoxR, Rava (réglementation ATPase variante A), interagit étroitement avec le décarboxylase inductible lysine, LdcI / CadA, pour former un unique en forme de cage structure. Ici, nous présentons la structure X-ray de Rava et montrent que les sous-domaines αβα et tout-α dans le Rava AAA + module sont disposés comme dans de magnésium chelatases plutôt que comme dans les protéines classiques AAA +. Structure Rava contient également un discontinue en triple hélice, ainsi que de domaine d'un domaine β-cylindre en forme de former un pli unique, qui on appelle le domaine LARA. Le nom de domaine LARA a été trouvé à la médiation de l'interaction entre Rava et LdcI. La structure Rava donne un aperçu sur la façon dont cinq hexamères Rava interagir avec décamères LdcI deux pour former le Rava-LdcI cage comme la structure.
Lien Entre Le Stress Acide Bactérienne Et Réponses Rigoureuses: La Structure De La Décarboxylase Inductible Lysine
Les Escherichia coli inductible lysine décarboxylase, LdcI / CadA, conjointement avec l'intérieur de la membrane lysine-cadavérine antiport, Cadb, fournir des cellules avec une protection contre des conditions acides douces (pH ~ 5). Pour acquérir une meilleure compréhension des processus moléculaires qui sous-tendent la réponse au stress acide, la structure cristalline aux rayons X de LdcI a été déterminée. La structure a révélé que la protéine est un oligomère de cinq dimères qui associent pour former un décamère. Étonnamment, LdcI a été trouvé de co-cristalliser avec la réponse stricte ppGpp molécule effectrice, également connu sous le nom alarmone, avec des molécules ppGpp 10 dans le décamère. ppGpp est connu pour servir de médiateur de la réponse rigoureuse, qui se produit en réponse à une carence en nutriments. Le alarmone fortement inhibée LdcI activité enzymatique. Cette inhibition est important pour moduler la consommation de la lysine dans les cellules au cours du stress acide sous nutriments conditions limitantes. Par conséquent, nos données fournissent la preuve directe d'un lien entre le stress acide bactérienne et les réponses rigoureuses.
Les Activités Enzymatiques De La Décarboxylases Escherichia Coli Aliphatiques Acide Aminé Basique Présentent Une Zone D'inhibition PH
Le ppGpp réponse stricte réglementation a récemment été montré par notre groupe pour inhiber les Escherichia coli inductible lysine décarboxylase, LdcI. À la suite de cette observation, nous avons examiné les mécanismes qui régulent les activités des quatre autres enzymes de E. coli paralogues à LdcI: le LdcC décarboxylase constitutive lysine, l'arginine décarboxylase inductible Adia, la SPEF décarboxylase ornithine inductibles et constitutifs de la ornithine décarboxylase Spec. LdcC et Spec sont impliqués dans la biosynthèse des polyamines cellulaire, tandis que LdcI, Adia, et SPEF sont impliqués dans la réponse au stress acide. De multiples mécanismes de régulation ont été trouvés pour ces enzymes. En plus de LdcI, LdcC et Spec ont été trouvés à être inhibée par ppGpp; activité Adia a été trouvé à être réglementés par des changements dans oligomérisation, tandis que les activités SPEF et Spec ont été réglementées par le GTP. Ces résultats indiquent la présence de multiples mécanismes de régulation de l'activité de cette importante famille de décarboxylases. Lorsque les profils d'inhibition enzymatique sont analysés en parallèle, une "zone d'inhibition" entre pH 6 et pH 8 est observée. Par conséquent, les données suggèrent que la bactérie E. coli utilise de multiples mécanismes pour s'assurer que ces décarboxylases rester inactif autour de pH neutre éventuellement de réduire la consommation d'acides aminés à ce pH.
