Summary
एक वक्ष ऑन्कोलॉजी डेटाबेस translational अनुसंधान के प्रयोजनों के लिए नैदानिक और प्रयोगशाला डेटा के लिए एक व्यापक भंडार के रूप में सेवा करने के लिए विकसित किया गया था. डेटाबेस छाती रोगों कैंसर रिसर्च प्रोग्राम के भीतर translational कैंसर शोधकर्ताओं की सेवा करेंगे. यह डेटाबेस अन्य कैंसर के मॉडल के रूप में के रूप में अच्छी तरह से अन्य मानव रोगों के लिए अनुकूलनीय है.
Abstract
छाती रोगों कैंसर विज्ञान कार्यक्रम डाटाबेस परियोजना के लिए एक व्यापक, अच्छी तरह से एनोटेट कैंसर नमूनों और नैदानिक डेटा को छाती रोगों कैंसर विज्ञान रिसर्च प्रोग्राम के भीतर शोधकर्ताओं के लिए उपलब्ध हो के लिए सत्यापित, और सुलभ रिपोजिटरी के रूप में सेवा करने के लिए बनाया गया था. यह डेटाबेस भी जीनोमिक और प्रोटिओमिक विभिन्न ट्यूमर ऊतकों के अध्ययन से प्राप्त आंकड़ों की एक बड़ी मात्रा कब्जा. नैदानिक और बुनियादी विज्ञान शोधकर्ताओं, एक biostatistician, और एक जैव सूचना विज्ञान विशेषज्ञ की एक टीम के लिए डेटाबेस डिजाइन करने के लिए बुलाई गई थी. ब्याज की चर स्पष्ट रूप से परिभाषित किया गया और उनके विवरण एक मानक संचालन पुस्तिका के भीतर लिखे गए डेटा एनोटेशन की स्थिरता को सुनिश्चित करने. भावी ऊतक बैंकिंग और पूर्वव्यापी बैंकिंग, ट्यूमर और रोगियों से सामान्य ऊतकों के नमूनों के लिए एक प्रोटोकॉल के लिए एक प्रोटोकॉल का प्रयोग इन प्रोटोकॉल के लिए सहमति एकत्र थे. जनसांख्यिकी, कैंसर के लक्षण वर्णन, और इन रोगियों के लिए इलाज की योजना जैसे नैदानिक जानकारी abstracted थे और किसी Access डेटाबेस में प्रवेश किया. प्रोटिओमिक और जीनोमिक डेटा डेटाबेस में शामिल किया गया है और डेटाबेस के भीतर वर्णित रोगियों के लिए नैदानिक जानकारी के लिए जोड़ा गया है. प्रत्येक तालिका से डेटा Microsoft Access में रिश्तों समारोह का उपयोग करने के लिए डाटाबेस प्रबंधक क्वेरी के दौरान नैदानिक और प्रयोगशाला जानकारी कनेक्ट करने की अनुमति जुड़े हुए थे. क्वेरी डेटा तो सांख्यिकीय विश्लेषण और परिकल्पना पीढ़ी के लिए निर्यात किया जा सकता है.
Protocol
1. विश्वविद्यालय के क्लीनिकल रिसर्च प्रोटोकॉल:
- दो विश्वविद्यालय प्रोटोकॉल इस पहल के उद्देश्यों के लिए विकसित किए गए. पहली प्रोटोकॉल फेफड़ों के कैंसर, esophageal कैंसर, ट्यूमर carcinoid, thymoma, और mesothelioma रोगियों से ऊतकों के संभावित खरीद के लिए अनुमति देता है. प्रोटोकॉल भी biomarker के अध्ययन के लिए रोगियों से रक्त और अन्य शारीरिक तरल पदार्थ एकत्र करने की अनुमति देता है. प्रोटोकॉल शोधकर्ताओं परमिट चार्ट अमूर्त और दोनों नमूना और एक सुरक्षित डाटाबेस में नैदानिक डेटा की दुकान के माध्यम से ऐसे नमूनों के रोगी स्रोत से नैदानिक जानकारी प्राप्त है.
- दूसरा प्रोटोकॉल पहली सिवाय इसके कि यह शोधकर्ताओं ने पहले बैंकिंग ऊतकों और अन्य नमूने एक मरीज कैंसर निदान और उपचार के दौरान प्राप्त का उपयोग करने की अनुमति देता करने के लिए इसी तरह की है. रोगियों जो शिकागो विश्वविद्यालय में शल्य चिकित्सा के लिए सहमति दे दी है और जो इस प्रोटोकॉल पर हस्ताक्षर किए हैं पात्र हैं.
2. क्लीनिकल डाटा संग्रह प्रोटोकॉल:
- मरीजों को aforementioned malignancies के उपचार के लिए शिकागो मेडिकल सेंटर के विश्वविद्यालय में देखा जा रहा है इस प्रोटोकॉल में शामिल थे.
- योग्य रोगियों को उनके इलाज oncologist द्वारा की पहचान की गई और नैदानिक दो प्रोटोकॉल में प्रशिक्षित टीम के एक सदस्य द्वारा सहमति थे.
- सहमति, एक बार एक रोगी की चिकित्सा के इतिहास की जानकारी चार्ट मतिहीनता के माध्यम से प्राप्त किया गया था और चिकित्सीय सहायता टीम के एक सदस्य द्वारा डेटाबेस में दर्ज किया गया था.
3. नमूना संग्रह प्रोटोकॉल:
ऊतकों के नमूनों
- एक ज्ञात या संदिग्ध बायोप्सी या सर्जरी के माध्यम से एक मरीज मानक चिकित्सीय देखभाल के दौरान प्राप्त की दुष्टता से युक्त ऊतकों इस प्रोटोकॉल में शामिल थे. कोई अतिरिक्त ऊतक के बाहर क्या एक रोगी के नैदानिक workup लिए आवश्यक था, प्राप्त हुई थी.
- स्थायी वर्गों की तैयारी के लिए आवश्यक नमूने के सर्जिकल हटाने के बाद, अवशिष्ट ऊतक बर्फ पर रखा गया था.
- एक ऊतक खरीद तकनीशियन विकृति विभाग के लिए बर्फ पर अवशिष्ट नमूना पहुँचाया.
- अवशिष्ट ऊतकों तौला थे मापा जाता है, भंडारण के लिए हस्तांतरित, लेबल, और ठीक से मानक संचालन प्रक्रिया के अनुसार प्रलेखित.
- नमूनों की लंबी अवधि के भंडारण -80 ° सी फ्रीजर में विकृति विज्ञान विभाग में बनाए रखा गया था.
- आदेश में रोगियों को, जो पहले से ही एक वक्ष द्रोह के लिए सर्जरी आया था से ऊतकों के नमूनों का उपयोग करने के लिए, सर्जन और विकिरण कैंसर चिकित्सा विज्ञानियों के सहयोग से बनाए रखा रोगियों की सूची संदर्भित थे. इस तरीके में ब्याज के रोगियों की पहचान की गई. उनके ट्यूमर ऊतकों के नमूनों विकृति विज्ञान के विभाग से प्राप्त किया जा सकता है अगर सहमति प्राप्त हुई थी.
रक्त के नमूनों
- नैदानिक संकेत रक्त ड्रॉ के दौरान प्रोटोकॉल भी एक 5 एमएल हरी शीर्ष ट्यूब (हेपरिन) में एक अतिरिक्त दो से छह रक्त की नलियों के लिए अनुमति दी, एक 10ml बैंगनी शीर्ष ट्यूब (EDTA germline डीएनए) और एक 10 एमएल लाल (सीरम) शीर्ष ट्यूब खून की.
- अलग अलग समय बिंदुओं पर छह नमूने, रक्त की तारीख एनोटेट आकर्षित के साथ ले जाया गया.
- रक्त के नमूनों 10 मिनट के लिए 2000 rpm पर centrifuged थे.
- प्लाज्मा और सीरम घटकों 1 एमएल भाग में cryovial ट्यूबों में aliquoted थे.
- सफेद रक्त कोशिकाओं के संग्रह के लिए, अंतरफलक / लाल रक्त कोशिका अंश के ऊपरी 1-2 एमएल कोशिका संरक्षण के माध्यम से 1-2 एमएल (DMSO के सदस्य ईबीएस + 10% भ्रूण कैलोरी सीरम मीडिया + 5%) के साथ resuspended थे.
- सभी नमूनों धीरे एक isopropyl ठंड बॉक्स में 70-80 पर जमे हुए थे ° सी 16-24 घंटे के लिए तो एक -70 डिग्री सेल्सियस के लिए -80 डिग्री सेल्सियस भंडारण बॉक्स को हस्तांतरित.
- सभी नमूनों को एक बार कोडित अद्वितीय पहचानकर्ता के साथ लेबल रहे थे और उचित एक प्रयोगशाला तकनीशियन द्वारा नमूना खरीद के रूप में प्रलेखित है.
अन्य शरीर के तरल पदार्थ:
- नैदानिक इस्तेमाल के लिए नहीं जमा द्रव और एकत्र किया जा सकता है इस प्रोटोकॉल के तहत संग्रहीत. थूक के नमूने एकत्र थे और कोशिका विज्ञान के लिए भेजा है. थूक के नमूने बर्फ पर 4 पर संग्रहीत किया गया ° सी हस्तांतरित जबकि किया जा रहा है.
- थूक के नमूने तो 15 एमएल फाल्कन ट्यूबों के लिए स्थानांतरित कर दिया गया और 10 मिनट के लिए 1400 rpm पर centrifuged.
- सतह पर तैरनेवाला 6mL cyrovials में 4 एमएल भागों में aliquoted था. Cyrovials एक फ्रीजर में रखा गया है, सूखी बर्फ पर, या एक isopropyl ठंड के बाद एक -70 डिग्री सेल्सियस -80 के लिए जमे हुए किया जा बॉक्स डिग्री सेल्सियस में, 16-24 घंटे के बाद नमूने -80 डिग्री सेल्सियस भंडारण बॉक्स एक -70 डिग्री सेल्सियस के लिए हस्तांतरित किया गया.
- सभी नमूनों को एक बार कोडित अद्वितीय पहचानकर्ता के साथ लेबल रहे थे और उचित एक प्रयोगशाला तकनीशियन द्वारा नमूना खरीद के रूप में प्रलेखित है.
4. सूचना इन्फ्रास्ट्रक्चर का निर्माण:
- Microsoft Access डेटाबेस प्रबंधन कार्यक्रमों की एक संख्या के मूल्यांकन के बाद, कार्यक्रम के रूप में घर नैदानिक और प्रयोगशाला डाटा को चुना गया था पर छाती रोगों के लिएcology कार्यक्रम धन्यवाद अपने operability और डेटा के संबंधित सेट लिंक करने की क्षमता के आधार पर परियोजना.
- चिकित्सकों, बुनियादी विज्ञान शोधकर्ताओं, एक biostatistician, और एक जैव सूचना विज्ञान विशेषज्ञ की एक टीम के लिए ब्याज की चर की पहचान के लिए डेटाबेस के भीतर कब्जा करने के लिए बुलाई गई थी.
- टीम रोगी जनसांख्यिकी, कैंसर के लक्षण वर्णन, महामारी विज्ञान कारकों, और नमूना एनोटेशन वक्ष ऑन्कोलॉजी शोधकर्ताओं की जरूरतों पर आधारित है और राष्ट्रीय कैंसर संस्थान द्वारा आम डेटा तत्वों (CDEs) के बारे में निर्धारित मानकों की चर्चा करते हुए संबंधित डेटा तत्वों की पहचान की.
- टीम एक कोडन अनुसंधान प्रयोजनों के लिए डेटा analyzable बनाने की योजना विकसित की है. जब संभव हो, डेटा संख्यात्मक चर का उपयोग इतनी के रूप में मुक्त पाठ डेटाबेस में दर्ज की राशि को कम करने के लिए कोडित किया गया था.
- संबंधित जानकारी के विभिन्न पहलुओं पर कब्जा ब्याज की चर Microsoft Access के भीतर सात विभिन्न तालिकाओं के बीच विभाजित किया गया.
5. प्रत्येक टेबल की सामग्री डिजाइनिंग:
- 1) मरीजों तालिका 2) नमूना डेटा तालिका, 3) TMA तालिका 4) डीएनए नमूने तालिका, 5) चेस्ट कैंसर विज्ञान सम्मेलन तालिका, 6) सेल लाइन तालिका, और 7) सी. सात प्राथमिक तालिकाओं बनाया गया था एलिगेंस तालिका.
- मरीजों तालिका डेटाबेस के भीतर ही तालिका के रोगियों, उनके कैंसर, उनके नैदानिक पाठ्यक्रम, उनके जोखिम कारकों, और उनके परिणाम (चित्र 1) के बारे में नैदानिक प्रासंगिक जानकारी घर के रूप में डिजाइन किया गया था. इस विशेष डिजाइन के इरादे के लिए डेटाबेस के भीतर अतिरेक की सीमा था.
- नमूना डेटा तालिका लिंक अपने रोगी सूत्रों के रोग नमूनों. प्रत्येक नमूना एक नमूना नंबर विकृति दिया जाता है और इस संख्या में रोगी की चिकित्सा के रिकॉर्ड संख्या से संबंधित है. एकाधिक नमूनों प्रत्येक व्यक्ति से प्राप्त किया जा सकता है और तो टेबल भी तारीख नमूना प्राप्त किया गया था और नमूना एकत्र के प्रकार के बारे में जानकारी शामिल है: प्रारंभिक ट्यूमर, आवर्तक ट्यूमर, या ऑटोप्सी नमूना.
- TMA तालिका इस प्रकार अब तक इस्तेमाल किया गया है 63 अद्वितीय प्रोटीन के लिए प्रोटीन अभिव्यक्ति डेटा पर कब्जा. एक TMA ट्यूमर और गैर - ट्यूमर ऊतक में एंटीबॉडी का उपयोग करने के लिए प्रोटीन (चित्र 2) स्थानीयकरण द्वारा विभिन्न व्यक्त प्रोटीन का वितरण विशेषताएँ इस्तेमाल किया जा सकता है. प्रोटीन अभिव्यक्ति 0 के स्कोर, 1, 2, या 3 और TMA धुंधला की तीव्रता प्रतिशत के रोगविज्ञानी की छाप के आधार पर से प्रतिनिधित्व किया है.
जब प्रतिशत धुंधला मापा जाता है, 0 के स्कोर नहीं धुंधला हो जाना इंगित करता है, एक कम से कम 11%, धुंधला हो जाना इंगित करता है 2 से कम 50% धुंधला इंगित करता है, और 3 से अधिक 50% धुंधला इंगित करता है. जब तीव्रता मापा जाता है, एक अंक धुंधला के रिश्तेदार राशि के आधार पर भी 0 से 3 के एक पैमाने पर सौंपा है. कुछ मामलों में, आईएचसी स्लाइड्स भी उच्च संकल्प पर स्कैन कर रहे हैं और धुंधला तीव्रता स्वचालित सेलुलर इमेजिंग सिस्टम (ACIS) रोगविज्ञानी स्कोरिंग करने के लिए समानांतर में इमेजिंग सॉफ्टवेयर के द्वारा मात्रा निर्धारित है. हालांकि, दोनों तकनीकों के लिए, एक उच्च स्कोर में अधिक से अधिक प्रोटीन अभिव्यक्ति को इंगित करता है.
इसके अलावा, TMA तालिका भविष्य में संदर्भ के लिए TMA पंच के स्थान annotates. इसके अलावा, डेटाबेस ऊतक (ट्यूमर, सामान्य, लसीका नोड, metastatic ऊतक) के स्रोत, नमूना के भीतर स्थान (बीच, धार), कैंसर के ऊतक विज्ञान और मेडिकल रिकॉर्ड संख्या करने के लिए इस जानकारी को वापस लिंक शामिल मरीजों तालिका. - डीएनए नमूने तालिका सभी प्रयोगशाला में संग्रहीत डीएनए को सूची बद्ध करता है. डीएनए नमूने उनके रोगी की चिकित्सा के रिकॉर्ड संख्या के माध्यम से रोगी स्रोत से जुड़े रहे हैं. नमूना के बारे में मूल जानकारी नमूना के स्रोत के स्थान और ट्यूमर के ऊतक विज्ञान सहित, का वर्णन करने के लिए कब्जा कर लिया है. इस तालिका के प्रयोजन के लिए आनुवंशिक परिवर्तन जो नमूना भीतर पोलीमरेज़ चेन रिएक्शन, मानक डीएनए अनुक्रमण, और mutational विश्लेषण का उपयोग किया गया विशेषता है का वर्णन है.
टेबल भी एमिनो एसिड परिवर्तन, nucleotide परिवर्तन, homozygosity, synonymity, और जीन में उत्परिवर्तन हुआ है जैसे चर कब्जा. जीन जो अध्ययन किया गया है के उदाहरण में Paxillin, cCbl, EGFR, p53, KRAS, cMet, और EphB4 शामिल हैं. अन्वेषक जो म्यूटेशनों विशेषता है भी सूचीबद्ध है. - डेटाबेस के भीतर पांचवें तालिका चेस्ट कैंसर विज्ञान सम्मेलन तालिका है. सीने ऑन्कोलॉजी सम्मेलन चिकित्सा कैंसर चिकित्सा विज्ञानियों, वक्ष सर्जन, पैथोलॉजिस्ट, रेडियोलॉजिस्ट, विकिरण कैंसर चिकित्सा विज्ञानियों, और वक्ष ऑन्कोलॉजी नैदानिक टीम है जो समन्वित रोगी उपचार योजना विकसित करने से मिलने के अन्य सदस्यों के एक साप्ताहिक बैठक है. इस तालिका के प्रयोजन के रोगियों जो देखभाल के अपने मानक के हिस्से के रूप में सम्मेलन में चर्चा की गई है की सूची है. इस तालिका में प्रत्येक रोगी के लिए रोग नमूनों की उपलब्धता के बारे में जानकारी भी कब्जा कर लिया है.
- छठे तालिका सेल लाइन्स टेबल है. यह डेटाबेस के भीतर एक मुक्त खड़े तालिका है क्योंकि यह किसी भी अन्य तालिकाओं के लिए जुड़ा हुआ नहीं है. यह सेल लाइनों कि उपयोग किया गया है का वर्णनअनुसंधान प्रयोजनों के लिए प्रयोगशाला में घ. तालिका में एमिनो एसिड परिवर्तन, nucleotide परिवर्तन, और परिवर्तन के homozygosity synonymity, और सेल लाइन डीएनए के भीतर परिवर्तन के स्थान का कब्जा है.
- सातवें तालिका सी. है तालिका एलिगेंस और यह भी एक मुक्त खड़े तालिका है. इस तालिका में orthologous रिसेप्टर tyrosine kinases सूचियों और सुई स्कोर है, जो मानव प्रोटीन के साथ समानता का एक उपाय है शामिल हैं.
6. टेबल्स के अलावा रिश्ते स्थापना:
- प्रत्येक तालिका में एक प्राथमिक कुंजी है, जो तालिका के भीतर प्रत्येक प्रविष्टि के लिए एक अद्वितीय पहचानकर्ता के रूप में कार्य करता है सौंपा है. परिभाषा के अनुसार, एक अद्वितीय पहचानकर्ता मान दोहराया नहीं जा सकता. उदाहरण के लिए, मरीजों को तालिका में, प्राथमिक कुंजी मेडिकल रिकॉर्ड संख्या के बाद से केवल एक MRN एक अद्वितीय व्यक्ति को दर्शाता कर सकते हैं. नमूना डेटा तालिका के भीतर, प्राथमिक कुंजी नमूना विकृति संख्या (सपा) है. TMA और डीएनए नमूने तालिकाओं के रूप में अनन्य पहचानकर्ता नहीं किया, एक डमी संख्या प्राथमिक कुंजी के रूप में स्थापित किया गया था. TMA और डीएनए तालिकाओं तो अन्य तालिकाओं का उपयोग MRN और सपा संख्या क्रमशः जुड़ा है,. यह सुनिश्चित करता है कि प्रत्येक TMA पंच और डीएनए नमूना वापस दोनों नमूना और दान रोगी से नैदानिक जानकारी पर विशिष्ट जानकारी के लिए जुड़े हुए हैं.
- Microsoft Access में, अलग - अलग टेबल उनके प्राथमिक ऐसी है कि तार्किक रिश्तों को स्थापित कर रहे हैं (चित्र 3) कुंजी के माध्यम से जुड़े हुए हैं. इन रिश्तों के प्रश्नों जहां एकाधिक तालिकाओं से डेटा इकट्ठा है उत्पन्न करने के लिए आवश्यक हैं.
7. प्रश्न:
- प्रदर्शन डेटा के संबंधित सेट की क्वेरी Microsoft Access के भीतर अपेक्षाकृत सरल है. एक क्वेरी बनाने के टैब के अंतर्गत "क्वेरी डिजाइन विकल्प" का चयन करके बनाया जा सकता है है.
- हित के क्षेत्रों सहित टेबल्स चयनित और प्रदर्शित.
- ब्याज की मेज से चर का चयन कर रहे हैं, यदि आवश्यक हो, ब्याज के शोधकर्ता मापदंड (चित्र 4) के आधार पर फ़िल्टर किया जा सकता है है.
- क्वेरी तो, चला जा सकता है वांछित स्प्रेडशीट के रूप में सूचीबद्ध क्षेत्रों में जिसके परिणामस्वरूप.
8. निर्यात डाटा:
- एक बार एक प्रश्न उत्पन्न किया गया है, डेटा निर्यात किया जा सकता है. जबकि सबसे शोधकर्ताओं डेटा पसंद करते हैं एक Microsoft Excel स्प्रेडशीट के रूप में, "बाह्य डेटा" टैब के तहत निर्यात मेनू का उपयोग अन्य कार्यक्रमों की एक संख्या के लिए डेटा निर्यात किया जा सकता है. डेटा उचित फाइल एक्सटेंशन का उपयोग कर बचाया जा सकता है.
- जब सांख्यिकीय प्रयोजनों के लिए डेटा निर्यात किया जाता है, चरों के एक निर्धारित सेट निर्यात में शामिल कर रहे हैं ताकि एक व्यापक विश्लेषण covariates के लिए नियंत्रण किया जा सकता है.
9. डेटा आयात:
- डेटा आयात आयात किए गए डेटा का स्वरूप और Access में तालिका के प्रारूप के बीच एक परिपूर्ण मैच की आवश्यकता है. आयात करने के लिए तालिका के अंदर ब्याज की चर Access तालिका के रूप में एक ही नाम होना चाहिए. वर्तनी सही हो और वहाँ रिक्त स्थान हैं, जहां रिक्त स्थान Access तालिका में मौजूद नहीं है नहीं किया जा सकता है चाहिए.
- एक बार दो तालिकाओं के बीच समरूपता को प्राप्त है, तो उपयोगकर्ता के लिए एक संलग्न का उपयोग या पहुँच में डेटा आयात करने के लिए क्वेरी को अद्यतन करने की क्षमता है. एक संलग्न क्वेरी उपयोगकर्ता Access डेटाबेस में डेटा की नई पंक्तियाँ जोड़ने की अनुमति होगी. उदाहरण के लिए, अगर रोगियों है कि पहले से ही डेटाबेस में नहीं थे के बारे में जानकारी उपलब्ध है, एक संलग्न क्वेरी उन रोगियों को जोड़ने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है. हालांकि, अगर रोगियों या नमूनों के लिए संशोधित करने की आवश्यकता पर नया डेटा उपलब्ध है, एक अद्यतन क्वेरी उन प्रविष्टियों पर प्रदर्शन किया जाना चाहिए.
10. धन्यवाद अद्यतन:
- डेटाबेस परियोजना के सदस्यों को सुनिश्चित करना है कि डाटाबेस वर्तमान रखा है में भूमिका निर्धारित की है. एक कर्मचारी पूर्णकालिक नियमित रूप से populating और नैदानिक रोगियों को जो क्लिनिक में सहमति के आधार पर जानकारी के साथ डेटाबेस अद्यतन के साथ काम सौंपा है.
- एक अन्य पूर्णकालिक कर्मचारी, डेटा प्रबंधक के रूप में सेवारत, प्रयोगशाला डाटा प्राप्त करने के रूप में यह उपलब्ध हो जाता है और डेटाबेस में एक अद्यतन या संलग्न क्वेरी के साथ इस जानकारी inputting के साथ चार्ज किया जाता है.
- अनुसंधान सहायकों जो प्रोटोकॉल में प्रशिक्षित किया जाता है डेटाबेस के एक व्यवस्थित अद्यतन प्रदर्शन हर छह महीने के लिए सबसे हाल ही में उपलब्ध डेटा प्राप्त करने के लिए जिम्मेदार हैं. इस महत्वपूर्ण और अंतिम संपर्क की स्थिति की तारीख जैसे क्षेत्रों के लिए विशेष रूप से महत्वपूर्ण है, इन क्षेत्रों के रूप में अस्तित्व डेटा पर प्रदर्शन विश्लेषण पर सीधा प्रभाव पड़ता है.
11. धन्यवाद करने के लिए प्रवेश:
- केवल व्यक्तियों, जो HIPAA शिकायत कर रहे हैं और आईआरबी प्रोटोकॉल के तहत शामिल कर रहे हैं के लिए सुलभ डेटाबेस है. पहुँच आगे Microsoft Access और जो डेटा अद्यतन करने या संशोधित करने के लिए प्रत्यक्ष जिम्मेदारियों में प्रशिक्षित व्यक्तियों के लिए कम है.
- शोधकर्ताओं जो डेटाबेस के लिए योगदान दिया है डेटा प्रबंधक से डेटाबेस से जानकारी का अनुरोध, लेकिन हो सकता है वे स्वयं कर रहे हैंअनुमति नहीं है डेटा को सीधे का उपयोग.
- डेटा प्रबंधक मेडिकल रिकॉर्ड संख्या और रोगी के नाम के रूप में चर को हटाने जब एक निर्यात क्वेरी पैदा कर शोधकर्ताओं के लिए अनुरोध डे की पहचान की जानकारी प्रदान करता है.
12. प्रतिनिधि परिणाम:
एक शोधकर्ता गैर छोटे सेल फेफड़ों के कैंसर में प्रोटीन Paxillin की अभिव्यक्ति के नैदानिक महत्व को जानने में रुचि हो सकती है. इस शोधकर्ता के रूप में TMA Paxillin के लिए डेटाबेस में डेटा की एक महान सौदा उत्पन्न किया है, डाटा प्रबंधक शोधकर्ता अनुरोध करने के लिए नैदानिक जानकारी का उपयोग करने के लिए प्रयोगशाला डेटा के साथ सहसंबंधी को मंजूरी दी. डेटा प्रबंधक जहां उन्होंने दोनों मरीजों को टेबल और TMA टेबल को जोड़ती है एक क्वेरी चलाता है. मरीजों तालिका से ब्याज की चर जन्म के मरीज की तारीख, उनकी नस्ल, उनके कैंसर के ऊतक विज्ञान, उनके कैंसर की अवस्था, उनके निदान की तिथि, उनके महत्वपूर्ण स्थिति, मौत के अपने तिथि, और पिछले संपर्क के अपने तिथि शामिल हैं. इन चर का प्रयोग, निदान और मंच पर उम्र के रूप में में, महत्वपूर्ण confounders के लिए जिम्मेदार किया जा सकता है और नियंत्रित. TMA तालिका से, ट्यूमर के प्रकार और प्रोटीन अभिव्यक्ति के रूप में महत्वपूर्ण जानकारी का पता लगाया जा सकता है.
दो तालिकाओं के रूप में मेडिकल रिकॉर्ड, व्यक्तियों ट्यूमर जिसका Paxillin अभिव्यक्ति के लिए अध्ययन किया गया है से रोगी जानकारी संख्या के माध्यम से जुड़े हुए हैं उत्पादन में शामिल हैं. परिणाम फ़िल्टर्ड किया जा इतना है कि गैर छोटे सेल फेफड़ों के कैंसर के साथ ही रोगियों को प्रदर्शित कर रहे हैं हो सकता है. परिणाम आगे शोधकर्ता की जरूरतों के आधार पर परिष्कृत किया जा सकता है.
इन परिणामों biostatistician द्वारा प्राथमिक डेटा विश्लेषण के लिए निर्यात किया जा सकता है और परिणाम तो शोधकर्ता के साथ साझा कर रहे हैं.
परियोजना घर पृष्ठ: Access डेटाबेस टेम्पलेट और मानक संचालन प्रक्रिया पर उपलब्ध हैं:
http://www.ibridgenetwork.org/uctech/salgia-thoracic-oncology-access-template
लाइसेंस: आज़ादी के शैक्षणिक और गैर - लाभकारी उपयोग के लिए उपलब्ध है.
प्रतिबंध गैर - शिक्षाविदों द्वारा उपयोग करने के लिए वाणिज्यिक उपयोगकर्ताओं को एक लाइसेंस की आवश्यकता होती है. वाणिज्यिक उपयोग के बारे में प्रश्नों के लिए, कृपया 702-1692 (773) या प्रौद्योगिकी और बौद्धिक संपदा (UChicagoTech) के कार्यालय शिकागो विश्वविद्यालय से संपर्क www.tech.uchicago.edu
चित्रा 1. Access डेटाबेस का एक स्क्रीनशॉट मरीजों को टेबल के एक अनुभाग चित्रण.
चित्रा 2. योजनाबद्ध एक ऊतक माइक्रोएरे (TMA) 2 चित्रण
चित्रा 3 स्क्रीनशॉट चित्रण Access डेटाबेस के भीतर तालिकाओं के बीच संबंधों की स्थापना. टेबल्स प्राथमिक कुंजी के माध्यम से जुड़े हुए हैं.
चित्रा 4 Paxillin उत्परिवर्तन, TMA परिणाम है, और नैदानिक चर के लिए नमूना क्वेरी .
Disclosures
ब्याज की कोई संघर्ष की घोषणा की.
Acknowledgments
इस काम के रुपये एनआईएच 5R01CA100750-07 अनुदान, 5R01CA125541-04, 3R01CA125541-03S1, 5R01CA129501-03, 3R01CA129501-02S1 द्वारा समर्थित किया गया
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Centrifuge | Eppendorf | ||
| Conical centrifuge tube | Falcon BD | 518-PG | |
| Minimum essential medium eagle (MEM) | Sigma-Aldrich | M4655-500ML | |
| Fetal Calf Serum | Cellgro | MTT35011CV | |
| Dimethyl Sulfoxide (DMSO) | American Bioanalytical | AB03091 | |
| BD Vacutainer Serum Tubes | Fisher Scientific | 367815 |
References
- Adamski, J., Finnegan, K. New Perspectives on Microsoft Office Access. , Course Technology. Boston. (2007).
- Giltnane, J., Rimm, D. Technology Insight: Identification of biomarkers with tissue microarray technology. Nat Clin Pract Oncol. 1, 104-111 (2004).
