Summary
एक सीधे आगे और मजबूत करने के लिए सह विनियमित जीन में संभावित विनियामक रूपांकनों की पहचान विधि प्रस्तुत किया है. स्कोप किसी भी उपयोगकर्ता मापदंडों और रिटर्न रूपांकनों है कि नियामक संकेतों के लिए उत्कृष्ट उम्मीदवारों का प्रतिनिधित्व की आवश्यकता नहीं है. ऐसी नियामक संकेतों की पहचान करने के लिए अंतर्निहित जीव विज्ञान को समझने में मदद करता है.
Protocol
Discussion
स्कोप coordinately विनियमित जीन के सेट में संभावित विनियामक रूपांकनों की पहचान के लिए उपयोग करने के लिए एक शक्तिशाली उपकरण के साथ शोधकर्ता प्रदान करता है. उपयोगकर्ता के लिए आकृति या कई अन्य खोजने साइटों की आवश्यकता होती है आकृति के रूप में आकृति की घटनाओं की संख्या के आकार पर लगता है की आवश्यकता नहीं है. इन मानकों मूल रूप से अज्ञात हैं जब तक आकृति की पहचान की है. इंटरफ़ेस दोनों दृश्यों या नाम जीन में प्रवेश करने के लिए और उत्पादन को देखने के लिए बहुत सरल है.
स्कोप उत्पादन रूपांकनों की पहचान कर रहे हैं कि सभी के बारे में विस्तृत जानकारी प्रदान करता है, आकृति प्रतिनिधित्व के तीन अलग अलग तरीकों का उपयोग कर. जीनों के सभी में आकृति के प्रत्येक उदाहरण स्थिति और "कतरा" जानकारी के साथ सूचीबद्ध है. आकृति नक्शे के रूप में आलेखीय परिणामों के एक दृश्य प्रदर्शन है कि समझने में आसान है और रूपांकनों रहे हैं कि वर्तमान में पैटर्न देखने के लिए एक सहज तरीका प्रदान करता है प्रदान करते हैं.
स्कोप डेटा में शोर की उपस्थिति के लिए बहुत मजबूत है. आमतौर पर, यह अतिरिक्त है कि वास्तव में नहीं हो सकता है जीन के बाकी के साथ सह विनियमित शुरू सेट में उपस्थित होने के जीनों के रूप लेता है. यह अक्सर होता है जब जीन है कि सह माइक्रोएरे प्रयोगों में व्यक्त के साथ शुरू. कभी कभी प्रयोग शोर है, या वहाँ कई प्रतिलेखन प्रयोगात्मक माइक्रोएरे प्रयोग के लिए इस्तेमाल किया परिस्थितियों में सक्रिय कारकों हो सकता है. इन विभिन्न प्रतिलेखन कारकों की संभावना डीएनए पर अलग लक्ष्य साइटों होगा. 4 गुना बाहरी जीन (शोर संकेत अनुपात 04:01 है) की उपस्थिति में भी, स्कोप अभी भी एक साइटों की भविष्यवाणी में अपनी सटीकता के 50% का कहना है.
हालांकि स्कोप जीन नाम के लिए 2 लाख से अधिक समानार्थी शब्द होते हैं, यह कभी कभी के कुछ जीन नाम की पहचान करने में विफल रहता है. हम लगातार हमारे पर्याय सूचियों को अद्यतन कर रहे हैं, लेकिन कभी कभी खोजने के लिए कि विभिन्न समानार्थी शब्द वही जीन को देखें. उन मामलों में, हम अस्पष्टता की वजह से समानार्थक शब्द शामिल नहीं हैं. यदि आप एक जीन का नाम है कि स्कोप द्वारा नहीं मिला है, यह अनुशंसा की जाती है कि आप जीनोम विशिष्ट साइट के लिए उल्लेख करने के लिए एक वैकल्पिक जीन स्कोप में उपयोग के लिए नाम खोजने के. प्रत्येक प्रजातियों के लिए उपयुक्त जीन नाम के उदाहरण स्कोप द्वारा प्रदान की जाती हैं.
स्कोप वर्तमान में नई प्रजाति हर समय जोड़ा जा रहा है के साथ 72 प्रजातियां शामिल हैं. वेब साइट में शामिल है वीडियो के रूप में अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न के रूप में अच्छी तरह से मदद. स्रोत कोड आज़ादी RHG के लिए लेखन द्वारा शैक्षणिक उपयोगकर्ताओं के लिए उपलब्ध है.
Disclosures
ब्याज की कोई संघर्ष की घोषणा की.
Acknowledgments
इस शोध के राष्ट्रीय विज्ञान फाउंडेशन, DBI-0445967 से RHG एक अनुदान द्वारा समर्थित किया गया था.
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