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Immunology and Infection

인쇄 Glycan 배열: 작은 동물에 반대로 탄수화물 항 체 순환의 레 퍼 토리의 분석에 대 한 민감한 기술

Published: February 14, 2019 doi: 10.3791/57662
Automatic Translation
*1, *2,3, 3, 2, 2, 2, 2, 2, 2,4, 1, 1,5
1Infectious Pathology and Transplantation Division, Bellvitge Biomedical Research Institute (IDIBELL), 2Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry (IBCh), Russian Academy of Sciences, 3Semiotik LLC, 4Auckland University of Technology, 5Intensive Care Department, Bellvitge University Hospital
* These authors contributed equally

Summary

이 작은 동물에 반대로 탄수화물 항 체 순환의 분석에 대 한 인쇄 glycan 배열 (PGA) 기술의 잠재력을 보여줍니다.

Abstract

주어진된 개인의 반대로 탄수화물 항 체 순환의 레 퍼 토리는 종종 면역 상태와 연결 됩니다. 뿐만 아니라 개별 면역 상태 결정 내부 및 외부 잠재적인 위협 신호를 퇴치에 성공 하지만 순환 안티 glycan 항 체 (및 그들의 혈 청 학적인 수준 변화)의 특정 패턴의 존재도 될 수는 발병과 병 적인 특정 조건의 진행의 중요 한 표식입니다. 여기, 우리는 매우 높은 감도; glycan 목표의 수백을 측정 하는 기회를 제공 하는 인쇄 Glycan 배열 PGA 기반 방법론 설명 샘플은 일반적인 제한 때 작은 동물의 최소 금액을 사용 하 여 (쥐, 쥐, 햄스터 등) 주소 측면 인간의 질병의 모델로 사용 됩니다. 이 방법의 대표적인 예를 들어, 우리는 자연 안티 glycan BALB/c 마우스에 항 체의 레 퍼 토리의 분석에서 얻은 결과 보여줍니다. 우리는 유전으로 동일 하 고 동일한 조건 하에서 유지 되 고에도 불구 하 고 연구에 참여 각 BALB/c 마우스 자연 안티 탄수화물 항 체의 특정 패턴을 개발 보여줍니다. 이 작품을 레 퍼 토리 (특이성) 조사 PGA 기술의 사용과 반대로 탄수화물 항 체, 건강에 어떤 병 적인 상태와 순환의 수준을 확장 하 주장 한다.

Introduction

항 체는 직접 보완 시스템4,5 를 활성화 하 여 바이러스1,2 , 박테리아2,3, 중화 하 여 병원 균 침입에 대 한 우리의 방어에 중심 역할을 담당 그리고 먹어서6의 향상입니다. 또한, 그들은 암 타겟팅 및 악성 세포7및 항상성 유지 보수8,9의 제거에 필수적인 요소입니다.

면역 시스템의 장애 자가 면역 및 염증 성 질환 및 암10 11발생할 수 있습니다. 이러한 병 적인 조건을 이상적으로 효율적인 치료에 대 한 신속한 진단 요구. 자가 면역 질환의 경우 대부분의 경우에는 신경의 혈 청 학적인 존재 면역10,12의 진단에 대 한 예측 이다. 이 항 체 세포 표면으로 반작용 하 고 extracellular autoantigens, 그들은 종종 면역 질환10,12의 프레 젠 테이 션을 하기 전에 몇 년 동안 존재. 면역 결핍증과 암은 또한으로 진단 혈액 검사도 항 체, 또는 그들의 기능 활동11같은 면역 요소의 수준을 측정.

순환 항 체 및 그들의 혈 청 학적인 레벨의 레 퍼 토리의 식별은 설정 하는 예 지 고 언급 한 병 적인 상황의 진행 평가 답해야 합니다. 우리는 이전 증명 하고있다 다른 동물 종13-16, 항 체 순환의 분석을 위한 PGA 기술의 잠재력 문제를 피하고 serological 샘플의 큰 볼륨의 사용을 최소화 연관 된 항 체 분17 및 수 있도록 높은 처리량 항 체15의 광범위 한 레 퍼 토리의 프로 파일링.

Glycan 기반 immunoassays는 주로 단련, 다른 요인 중 기원과 탄수화물, 선호도 및 ligands15,,1819,20 의 바인딩 결정 하는의 생산에 의해 21. Glycan 기반 immunoassays 정지 (스피어)15,,2122 또는 평면 활성화 표면15,,2122, 개발 될 수 있다 23,24. 마지막 (가장 평범한 이러한 메서드의) ELISA 등 PGA. 데이터는 동일한 실험 설정15,25,,2627에 이러한 방법론을 비교 하지 않습니다. 우리는 이전 효능과 선택도 이러한 immunoassays 개별 인간의 플라즈마 샘플15프로필 안티 glycan 항 체의 비교 했습니다. 그 대상으로 안티-A/B 혈액 그룹 등 일부 항 체에 대 한 모든 immunoassays 통계적 의미와 그들을 감지할 수 있는 그리고 그들은 적극적으로 서로 서로15,,1821. 한편, 안티-P1 항 체 주로 구별 고성능 PGA에 의해 발견 했다 하 고 다른 glycan 기반 immunoassays15,18, 에 의해 만들어진 결정에 상관 관계가 없었다 21. 방법 사이의 이러한 차이 주로 항 체/항 원 비율 및 glycan 방향15관련이 있었다. ELISA 및 서 스 펜 션 배열을 이러한 방법을15항 체에 항 원의 과잉 때문에 PGA 보다 불특정 바인딩을 더 따르게 됩니다. 또한, 미국 PGA에서 glycans의 방향을 ELISA와 서 스 펜 션 배열15보다 더 제한 됩니다. ELISA는 연구 glycans의 제한 된 패널을 포함 하는 경우에 편리 합니다. 서 스 펜 션 배열 함께 ELISA 분석 결과 재구성에 관한 광범위 한 유연성을 제공합니다. PGA는 발견 접근15,18,,2128매우 편리 합니다. 이러한 명확한 장점과 단점에도 불구 하 고 3 개의 언급된 immunoassays glycan 항 체 상호 작용의 다양 한 측면을 연구 사용 수 있습니다. 연구의 최종 목표는 하나 더 적합 한 방법론의 선택을 안내할 것입니다.

현재 작동 작은 동물 항 체 안티 glycan 순환의 레 퍼 토리의 분석을 위한 PGA 기술을 사용 하 여 확장 하는 것을 목표로 합니다. 대표 결과적으로 선물이 여기 PGA에 의해 성인 BALB/c 마우스에서 자연 안티 탄수화물 항 체의 레 퍼 토리를 평가 하기 위해 상세한 프로토콜.

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Protocol

1. Glycochips 생산

  1. Microarray 준비
    1. Glycans (50mm)를 인쇄 및 6에서 버퍼링 된 식 염 수 (PBS, pH 8.5)를 사용 하 여 N-hydroxysuccinimide-derivatized 유리 슬라이드에 복제 300 m m 인산에서 류 (10 µ g/mL) 비-접촉 로봇 arrayer (볼륨 ~ 900 드롭 pL). 각 슬라이드는 6 번 반복 하위 배열 (그림 1A, 색상에서)의 4 다른 블록을 포함 합니다. 모든 단일 하위 배열 컨트롤 (8 행 × 14 열)를 포함 하 여 다른 glycan 112 관광 명소에 의해 형성 된다 (그림 1B).
      참고: Glycan 관련 정보는 보충 표 1에 제공 됩니다. 인쇄 마이크로 칩에 사용 되는 glycan 라이브러리 IBCh 팀;의 장기 합성 노력의 결과 이다 관련된 출판물29,30,31,32,33,,3435,36에서에서 합성의 예 설명 ,,3738. Glycan 라이브러리 포함 혈액형 항 원 및 일부 포유류 N-및 O-연결 된 glycoproteins 및 glycolipids, 탄수화물 종양 관련 항 원, 핵심 모티프로 서 터미널 oligosaccharides, 자주 발생 하는 대부분의 고 병원 성 박테리아에서 다 당 류입니다.
    2. 습기 상자 (상대 습도 ~ 70%)에서 슬라이드를 품 어 1 시간에 대 한 실 온 (25 ° C)에서
    3. Microarrays 차단: 실내 온도 (100 m m 붕, 25 mM 방법, 0.2% (v/v) 초순에 트윈-20)에서 블로킹 버퍼와 1.5 h에 대 한 슬라이드를 품 어.
    4. Glycochip 초순 물으로 세척 하 고 공기에 의해 건조.
  2. Glycochip 품질 관리
    1. 1 mg/mL 해결책의 복잡 한 면역 글로불린 준비 (CIP, IgG, IgM, IgA를 포함)를 사용 하 여 각 일괄 처리에서 두 microarrays 분석 10 µ g/mL 솔루션 biotinylated 염소 안티 인간 면역 글로불린의 이차 항 체 (IgM + IgG + IgA)으로 뒤에 1 µ g/mL 해당 형광 streptavidin 켤레의 솔루션 (아래에 설명 된 프로토콜을 통해 단계 2 참조).
    2. 검사 하 고 분석 하는 glycochips (glycan 배열의 분석 3 단계 참조).
    3. Microarray 일괄 처리를 사용 하 여 내부 및 남북 chip 상관 관계와 함께 0.9 보다 더 높은.

2. Glycan 배열 기술

  1. 다음 수성 해결책 (초순)을 준비 하 고 실 온 (25 ° C)에서 그들을 저장:
    • 버퍼-1: 1% (w/v) 소 혈 청 알 부 민 (BSA) PBS, 1% (v/v) 트윈-20 및 0.01% (w/v) 앤3 에
    • 버퍼-2: 1% (w/v) BSA PBS에, 0.1% (v/v) 트윈-20 및 0.01% (w/v) 앤3
    • 버퍼-3: 0.1% (v/v) 트윈 20 PBS에.
    • 버퍼-4: 0.001% (v/v) 트윈 20 PBS에.
  2. Glycochip 및 샘플 준비
    1. 실내 온도 (25 ° C) 도달할 때까지 테이블에 슬라이드와 저장 상자를 넣어.
      참고: 사용 파우더 프리 라텍스 장갑. Glycochip는 바코드는 유리 슬라이드의 하단 부분에 의해 조작 해야 합니다. 바코드는 glycans 인쇄는 표면 접촉을 피하고 오른쪽을 식별 하는 데 도움이 됩니다.
    2. 상자는 glycochip을 열고 이미 단련 필터 종이와 챔버 내부에 일정 한 습도 유지 하는 인큐베이션 챔버 (25 ° C)에 그것을 배치.
    3. 한편, 1.5 mL 튜브에 버퍼-1 (1:20) 쥐 혈 청 희석. 혈 청 솔루션 균질 (5 s)와 동 믹서.
      참고: 단일 glycochip 표면을 완전히 커버 하는 데 필요한 볼륨은 약 1 mL.
    4. 균질, 후 희석된 혈 청 면역 글로불린 집계를 피하기 위해 물 욕조에 10 분 동안 37 ° C에서 품 어. 10000 x g와 25 ° C에서 3 분 동안 튜브 원심는 상쾌한을 수집 하 고 침전 된 자료 폐기.
    5. 보육 실에는 glycochip를 신중 하 게 배치 합니다. 버퍼-3는 glycochip의 표면에 어떤 잔여 물자 제거의 1 mL와 25 ° C에서 15 분 동안 그것을 품 어.
    6. 수직 위치에는 glycochip를 보유 하 고 플라스틱 파스퇴르 피 펫을 사용 하 여 버퍼 3의 몇 방울과 rewash. 필터 종이 사용 하 여 glycochip 표면에서 버퍼를 조심 스럽게 제거.
  3. 반응: 항 체 바인딩
    1. 보육 실에는 glycochip를 배치 합니다. 희석된 혈 청 샘플은 micropipette를 사용 하 여 glycochip 표면에 걸쳐. 1.5 h. glycochip 표면의 모든 건조 영역은 피 펫의 끝을 사용 하 여 희석된 혈 청 샘플에 의해 포함 되는 확인에 대 한 37 ° C에서 궤도 동요 (30 rpm)와 함께 품 어.
    2. 모든 초과 샘플을 제거 하 고 젖어 25 ° c.에 버퍼-3에서 5 분 glycochip 그런 다음 버퍼-4 (5 분) 컨테이너에는 glycochip를 이동 하 고 마지막으로 (5 분) glycochip 초순 물으로 씻어. 175 x g와 액체를 제거 하 25 ° C에서 1 분 동안 glycochip 원심
  4. 탐지: 이차 항 체
    1. 보육 실에는 glycochip를 배치 합니다. Glycochip 표면 염소 반대로 마우스 (IgG + IgM) 버퍼 2에 biotin을 활용의 해결책 (5 µ g/mL)에 걸쳐. 1 시간에 대 한 37 ° C에서 궤도 동요 (30 rpm)와 함께 품 어.
    2. 언바운드 분수를 제거 하 고 세척 단계를 반복 합니다.
    3. 원심 분리 후 알을 품는 glycochip 45 분 (30 rpm) 25 ° C에서 어둠 속에서 (버퍼-2)에 해당 형광 색소 표시 streptavidin 솔루션의 2 µ g/mL와 함께.
    4. 어둠 속에서 언바운드 분수를 제거 하 고 세척 단계를 반복 합니다.
    5. 공기는 glycochip를 건조.
      참고: Glycochip 최대한 빨리 검색할 수 합니다. 하지만 얼룩 후 즉시 스캔 할 수는 없습니다, 만약 glycochips 어둠 속에서 차가운 건조 한 장소에 저장할 수 있습니다.

3입니다. Glycan 배열의 분석

  1. 배열 검색
    1. 어둠 속에서 실 온에 도달할 때까지 테이블에는 glycochip를 남겨 주세요. 같은 시간에 켜고 슬라이드 스캐너와 레이저 (여기 파장 633 nm).
    2. 잡고 있는 microarray 밀어는 glycochip 슬롯에 다시 감동까지.
    3. Glycochip ("실행된 쉬운 스캔"), 스캔 하 고 스캔으로 저장 한 ". 티파니"파일입니다.
  2. 배열 정량화
    1. ScanArray 분석 시스템을 사용 하 여 array를 계량. 오픈 이전 스캔 한 이미지를 "파일" 의"구성 및 파일 그룹" (그림 1B-D) 기본 창에서 클릭 하 여
    2. GAL 형식 (유리 슬라이드에 인쇄 된 glycans의 처리) 해당 배열 파일 템플릿을 로드할 (그림 1C).
    3. 신중 하 게 이미지에 점이 배열 (격자)을 정렬 하 여 GAL 서식 파일을 조정 하 고 정량화 (그림 1D) 시작.
    4. 정량화 매개 변수를 선택 합니다.
      • 정량화 형식: 실행 쉬운 양의.
      • 정량화 방법: 원 고정
      • 자동 장소를 찾을: 모든 옵션을 unclick
      • 정규화 방법: LOWESS (로컬가 중된 분산형 플롯 부드럽게).
    5. 정량된 데이터를 저장 ". CSV"파일 (그림 1D). Microsoft Excel 또는 다른 응용 프로그램을 사용 하 여 일반적인 스프레드시트 파일에이 데이터를 전송.
    6. 주요 통계 방법으로 사용 하는 interquartile 범위 (IQR): 각 리간드 및 interquartile 편차에 대 한 모든 신호 들의 중간값 (2 사분 위 수)의 계산 (25 그리고 75 백분위 또는 상위 및 하위 quartiles 3 분기와 1 분기, 각각).
    7. 계층적 클러스터링 탐색기 응용 프로그램을 사용 하 여 데이터의 대화식 탐색을 수행 합니다.
    8. 사용 매개 변수를 클러스터링: 유사성으로 유클리드 거리와 평균 연계 (UPGMA) 거리 측정. 계층적 클러스터링 정규화 없이 행 하 여 수행 합니다.

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Representative Results

여기, 우리는 20 BALB/c 마우스의 인구에 있는 자연 안티 glycan 항 체의 레 퍼 토리의 정량화에서 얻은 대표적인 결과의 요약을 제시. 이 연구에 사용 된 glycochips 419 다른 glycan 구조 포함. 대부분 glycans 채널으로 종합 되었다2CH2CH2NH2 스페이서 무장 O-배당 체,-CH2CH2NH2 또는-NHCOCH2NH2 배당 체로 여러 경우에. 모든 glycan 구조 고해상도 특징 이었다 (700-800 mhz) NMR 분광학, 정화 및 HPLC, 테스트 나타내는 그들의 > 95% 순도. 우리는 IgM 결정 동시에 + 마우스 혈 청의 제한으로 인해 안티 glycan 항 체 IgG. PGA에서 우리는 항 체 바인딩 (이 값은 최고 glycans RFU의 ~ 10%)의 긍정적인 신호로 4000 RFU 위의 값으로 간주. 이 작품에서 제시 하는 결과 glycan microarray 기반 데이터39를 보고에 대 한 지침의 대부분을 따르십시오. 탄수화물 구조의 17%만 ≥4, 000 RFU PGA (그림 2, 빨간색에서)에서 보여 주었다. Glycan 구조는 glycochips에 노출 되지 않은의 대부분 (그림 2, 파란색과 흰색의)28BALB/c 마우스의 안티 glycan 항 체 순환의 레 퍼 토리에 의해 인식. BALB/c의 자연 안티 탄수화물 항 체의 보존된 패턴 포함 12 다른 glycan 특이성 항 체 바인딩 (≥10, 000 RFU 표 1)의 매우 높은 평균 신호 강렬과28.

Figure 1
그림 1 : Glycan 배열 구성, 인쇄, 및 분석 (규모)에 도식 표현. (A) 인쇄 마이크로 419 다른 glycan 구조, 적절 한 붙일 레이블된 이차 항 체를 감지 하 여 다음의 라이브러리와 개발. 각 슬라이드는 6 번 반복 하위 배열 (색상)에 4 다른 블록을 포함 합니다. 모든 단일 하위 배열 된 112 가지 glycan (8 행 × 14 열), 컨트롤을 포함 하 여 형성 된다. (B)는 이미지의 대표적인 예는 마이크로 칩 형광 스캐너를 사용 하 여 검색에서 얻은 (이미지의 세 번째 부분). (C) 모든 단일 하위 배열 (정량화 동안 템플릿 조정)에 장소에 "그리드"를 정렬 하는 과정. (D) 형광 각 명소에 대 한 감지 하 고 일반적인 스프레드시트 파일로 전송 됩니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

Figure 2
그림 2 : BALB/c 마우스의 자연 순환 방지 탄수화물 항 체의 레 퍼 토리. 마우스 혈 청 샘플 (1:20)는 glycochips와 incubated 했다 및 ScanArray 리더를 사용 하 여 스캔. 데이터는 microarray 분석 시스템으로 분석 했다 고 결과 평균 ± 평균 절대 편차 (MAD)로 상대 형광 단위 (RFU)에 표현 했다. 4000 RFU (배경); 보다 낮은 바인딩 신호를 대표 하는 파란색과 흰색 색상 빨간색 신호 ≥4를, 000 RFU (긍정적인 바인딩)를 나타냅니다. F: 여자; M: 남성 (n = 20). 이 그림에서 벨로 길 재현 되었습니다 디 외. 28. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

Glycan
ID (#)		 구조 일반 이름 중간 및 RFU로 매드 RFU ≥4000을 보여주는 쥐의 수 (%)
60 6-O-Su-Galβ-spb 61113 1156 100
271 Galβ1-6Galβ1-4Glcβ-특검팀 53622 1934 100
802 Galβ1-3GalNAc(furc) β-sp 51348 2324 100
176 3-O-Su-Galβ1-4(6-O-Su) Glcβ-특검팀 43008 9342 100
166 GlcAβ1-6Galβ-특검팀 39105 2993 85
150 3-O-Su-Galβ1-3GalNAcα-sp 37943 3232 100
437 GalNAcα1-3(Fucα1-2) Galβ1-3GalNAcβ-특검팀 A(type 4) 33886 3193 90
125 6-대 대-Galβ1-4GlcNAcβ-sp 32674 5389 95
154 3-O-Su-Galβ1-3GlcNAcβ-sp 32651 3954 100
177 3-O-Su-Galβ1-4(6-O-Su) GlcNAcβ-특검팀 32496 7215 100
287 3-O-Su-Galβ1-3(Fucα1-4) GlcNAcβ-특검팀 술 레는는 20063 4962 95
234 Galβ1-4(Fucα1-3) GlcNAcβ-특검팀 르x 13573 2635 80

표 1: BALB/c 마우스의 자연 항 체에 의해 인식 하는 상위 순위 glycan 구조. 바인딩으로 Glycans 마우스 검사의 80% 이상에서 4000 RFU의 위 신호 (n = 20). b는 sp aminoethyl, aminopropyl 또는 glycyl 스페이서를 의미합니다. cfuranose; 다른 모든 단은 pyranose 형태로; Fuc 찌 꺼 기는 다른 모든 단-D 구성 L 구성. 이 테이블에서 벨로-길, 수정 된 디 외. 28.

보충 표 1: glycans, 자연 순환 항 체 (IgM + IgG) BALB/c 마우스의 바인딩의 목록 (n = 20) 단위로 상대 형광 (RFU) 초과 하는 동물의 수와 평균 ± 매드로 표현, 잘라 (≥4000 RFU). 이 테이블 벨로-길에서 재현 된 디 외. 28. 제발이이 표를 다운로드 하려면 여기를 클릭 하십시오.

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Discussion

Glycan microarrays 단백질 glycan 상호 작용40공부에 대 한 필수적인 도구가 되고있다. 현재 일 PGA BALB/c 마우스 항 체 항 탄수화물의 순환의 레 퍼 토리를 연구 기술을 기반으로 하는 프로토콜을 설명 합니다. PGA 스크린 다 수 알 수 없는 생물학 glycans의 가능성을 제공 합니다, 이후 그것은 매우 편리한 검색 도구13,15,28. 제안된 된 방법 측정, 동일한 실험 설정 수백 glycan 구조 serological 샘플 (50 µ L)의 감소 금액을 사용 하 여 가능성을 제공 합니다. 이것은 특히 중요 한 작은 동물 (작은 순환 혈액 양), 경우 또는 그것은 여러 번 같은 실험 동물 로부터 혈액을 추출 하는 데 필요한 때 이다.

우리가 시연, 대표적인 결과로 유전으로 동일한 생쥐 면역학 등가물;으로 고려 되어야 한다 왜냐하면 그들은 (만 12 glycan 특이성을 보존 했다) 하는 자연 안티 탄수화물 항 체의 다른 패턴을 개발. 자연 안티 탄수화물 항 체의 레 퍼 토리의 나머지 부분에 대 한 혈 청 학적인 수준 시험된 동물 중에서 상당히 다양합니다. 타고 난된 동물41 의 본질적인 microbiota의 분석은이42,43,44,,4546을 설명할 수 있었다. 자연 안티 glycan 항 체의 생산은, microbiota의 항 원 자극에 의해 중재 하는 경우이 타고 난된 쥐41중 다른이 항 체의 좋은 특이성은 동일한 되지 않습니다.

PGA 개발에 대 한 주요 단점은 분명 glycan 구조40,47액세스입니다. 생물 학적 시스템에서 생산 하는 Glycans는 이기종40,,4748및 glycoforms의 이질적인 혼합물의 결과로 탄수화물 효소의 차동 식에 의존 하는 그들의 생 합성 각각 고유한 생리 활동47와 함께. 복잡 한 구성 및 생물 학적 시스템에 glycans의 구성40,,4748도전 그들의 제작을 확인 합니다. 화학 효소 합성, 함께 천연 소스에서 분리 된 glycans 배열을 개발40에 대 한 glycans의 주요 원천이 될 계속 됩니다. 낮은 합성 생성 하 고 glycoproteins 및 glycosphingolipids에서 복잡 한 정화 과정 어려운40,,4748스케일 glycans 대형에서의 효율적인 생산. 따라서, 가용성 및 glycans의 가격 검색 도구로 서 PGA의 사용을 확장 하는 매우 제한 조건이 되 고 계속 합니다.

또한, 프로토콜, 내 주의 주로 glycochip 표면 솔루션 (혈 청, 이차 항 체)의 올바른 유통에 관련 된 중요 한 단계를 실행 되어야 합니다. 방법론, 적어도, 1 mL homogenously glycochip 표면의 모든 건조 영역을 이러한 솔루션의 필요 합니다. 이것은 또한 동안을 피하기 위해 과도 한 배경 정량화 glycan 복제 사이의 최소 차이 얻기 위해 중요 합니다.

언급 한 한계에도 불구 하 고 PGA 단백질 glycan 상호 작용40, 공부를 하거나 특정 실험 설정 또는 조건13, 안티 glycan 항 체의 레 퍼 토리를 연구에 관련 된 접근에 대 한 매우 중요 한 도구입니다. 15,28. 이 연구는 종 (를 포함 하 여 인간의 샘플) 13,15,,2328, 순환의 레 퍼 토리를 식별 하기 위한 다양 한 방법론을 제공 하 게 추정 수 있습니다. 반대로 탄수화물 항 체입니다.

우리는 또한 잠재력을이 이렇게 조기 진단에 가져올 수 있습니다 및 일부 항 체 glycan 구조를 지시 하는 병 적인 조건에서 파생 된 치료는 중요 한 역할을 할 것을 예상.

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Disclosures

Nailya Khasbiullina그리고 알렉세이 Nokel Semiotik LLC는,이 연구에 사용 된 glycochips의 공급 업체의 직원.

Acknowledgments

이 작품 "Fondo 드 Investigaciones Sanitarias"에 의해 지원 되었다 (FIS) 카를로스 3 세 건강 연구소, 보건의 스페인에서 PI13/01098 부여. DB-G 했다 유럽 연합 일곱 번째 기구 프로그램 (FP7 2007-2013 년) 부여 계약 603049 (TRANSLINK) 아래에 의해 투자 하는 박사 후 연구 위치에서 혜택을. NK, NS, NB의 일 부여 #14-50-00131 러시아 과학 재단에 의해 지원 되었다. DB-G 마르타 Broto, J. 파블로 살바도르와 우수한 기술 지원, 애 나 Sanchis 및 알렉산더 Rakitko 통계 분석에 그의 감사를 표현 하 고 싶어. 지원으로는 "Pla 드 Doctorats 주 드 라 Secretaria d'Universitats 나 Recerca del Departament d'Empresa 나 Coneixement 드 라 Generalitat 드 Catalunya (부여 번호 2018 디 021). 우리는 검색 프로그램 감사 / Generalitat 드 Catalunya 제도적 지원에 대 한.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Antibodies
biotinylated goat anti-human Igs Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA Ref. #: 31782
biotinylated goat anti-mouse IgM + IgG Thermo Fisher Scientific Ref. #: 31807
Equipment
Robotic Arrayer sciFLEXARRAYER S5  Scienion AG, Berlin, Germany http://www.scienion.com/products/sciflexarrayer/
Stain Tray (slide incubation chamber) Simport, Beloeil, QC, Canada Ref. #: M920-2
Centrifuge Eppendorf, Hamburg, Germany  Ref. #: 5810 R
Pipettes Gilson, Middleton, WI, USA http://www.gilson.com/en/Pipette/
Slide Scanner  PerkinElmer, Waltham, MA, USA ScanArray GX Plus 
Shaking incubator Cole-Parmer, Staffordshire, UK Ref. #: SI50
Biological samples
BALB/c mice sera This paper N/ A
Complex Immunoglobulin Preparation (CIP) Immuno-Gem, Moscow, Russia http://www.biomedservice.ru/price/goods/1/17531
Chemicals, Reagents and Glycans 
Glycan library Institute of Bioorganic Chemistry (IBCh), Moscow, Russia N/ A
Bovine serum albumin (BSA) Sigma-Aldrich, St. Louis, MO,  Ref. #: A9418
Ethanolamine Sigma-Aldrich Ref. #: 411000
Tween-20 Merck Chemicals & Life Science S.A., Madrid, Spain Ref. #: 655204
Phospahte buffered saline (PBS) VWR International Eurolab S.L, Barcelona, Spain Ref. #: E404
Sodium azide Sigma-Aldrich Ref. #: S2002
Streptavidin Alexa Fluor 555 conjugate  Thermo Fisher Scientific Ref. #: S21381
Streptavidin Cy5 conjugate GE Healthcare, Little Chalfont, Buckinghamshire, UK Ref. #: PA45001
Materials
N-hydroxysuccinimide-derivatized glass slides H  Schott-Nexterion, Jena, Germany Ref. #: 1070936
Whatman filter paper  Sigma-Aldrich Ref. #: WHA10347509
1.5 mL tubes Eppendorf  Ref. #: 0030120086
Software and algorithms
ScanArray Express Microarray Analysis System PerkinElmer http://www.per
kinelmer.com/microarray
Hierarchical Clustering Explorer application University of Maryland, MD, USA http://www.cs.umd.edu/hcil/hce/

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References

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