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Biochemistry

डीएनए वैद्युतिडियम या वैकल्पिक रंजक के बजाय Thiazole ऑरेंज का उपयोग कर Electrophoresis

Published: March 31, 2019 doi: 10.3791/59341
Automatic Translation
1, 1, 1
1Department of Molecular Biology and Chemistry, Christopher Newport University

Summary

यहां, हम जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस प्रयोगों में डीएनए का पता लगाने के लिए thiazole नारंगी का उपयोग करने के लिए एक प्रोटोकॉल प्रस्तुत करते हैं । thiazole नारंगी का उपयोग इथियोडियम bromide के उन्मूलन की अनुमति देता है, और प्रतिदीप्ति का पता लगाने या तो यूवी या नीले प्रकाश के साथ प्राप्त किया जा सकता है ।

Abstract

डीएनए जेल आगरोज का उपयोग करके आणविक जीव विज्ञान प्रयोगशालाओं में एक आम उपकरण है, जो आकार द्वारा डीएनए अंशों के पृथक्करण की अनुमति देता है । जुदाई के बाद, डीएनए धुंधला द्वारा कल्पना है । यह आलेख प्रदर्शित करता है कि डीएनए को दाग करने के लिए thiazole नारंगी का उपयोग कैसे करें । Thiazole नारंगी आम धुंधला तरीकों के लिए कृपापूर्वक तुलना, में है कि यह संवेदनशील है, सस्ती, यूवी या नीले प्रकाश के साथ उत्तेजित (नमूना क्षति को रोकने के लिए), और इथियोडियम bromide से सुरक्षित । प्रयोगशालाओं पहले से ही डीएनए इलेक्ट्रोफोरेसिस प्रयोग चलाने के लिए सुसज्जित एथिडियम ब्रोमाइड आम तौर पर मौजूदा प्रोटोकॉल के लिए कोई अतिरिक्त परिवर्तन के साथ रंजक स्विच कर सकते हैं, पता लगाने के लिए यूवी प्रकाश का उपयोग कर. नीले प्रकाश का पता लगाने के लिए नमूना क्षति से बचने के अतिरिक्त एक नीले प्रकाश स्रोत और उत्सर्जन फिल्टर के साथ प्राप्त किया जा सकता है । प्रयोगशालाओं पहले से ही नीले प्रकाश का पता लगाने के लिए सुसज्जित बस मौजूदा प्रोटोकॉल के लिए कोई अतिरिक्त परिवर्तन के साथ रंजक स्विच कर सकते हैं ।

Introduction

इस विधि का उद्देश्य है-प्रतिदीप्ति का पता लगाने के लिए thiazole नारंगी (TO) का उपयोग कर एगैरोस जैल में डीएनए की पहचान करना । अपनी कम लागत और अनुकूल सुरक्षा प्रोफ़ाइल के कारण, thiazole नारंगी स्नातक शिक्षण प्रयोगशालाओं और अनुसंधान प्रयोगशालाओं में विशेष लाभ आणविक जीव विज्ञान, विशेष रूप से ligations और क्लोनिंग प्रदर्शन देख सकते हैं ।

एस्थेडियम ब्रोमाइड एगैरोस जैल में डीएनए का पता लगाने के लिए सबसे आम डाई बनी हुई है । यह मुख्य रूप से है क्योंकि यह बहुत सस्ते में प्राप्त किया जा सकता है और केवल पता लगाने के लिए यूवी प्रकाश के साथ उत्तेजन की आवश्यकता है । दोनों इथियोडियम ब्रोमाइड और thiazole ऑरेंज सस्ती कर रहे हैं, कम पता लगाने की सीमा के साथ (1-2 एनजी/लेन)1. वहां इथियोडियम bromide के लिए दो मुख्य कमियां हैं, तथापि, कि thiazole नारंगी पर सुधार ।

सबसे पहले, इथियोडियम ब्रोमाइड विशेष हैंडलिंग, शिपिंग, और निपटान आवश्यकताओं के साथ एक उत्परिवर्तन2 है, जबकि thiazole ऑरेंज कम mutagenic है (3-4x एम्स टेस्ट में कम mutagenic)3,4 और आम तौर पर के साथ निपटा जा सकता है आम रासायनिक अपशिष्ट ।

दूसरा, इथियोडियम ब्रोमाइड पता लगाने के लिए यूवी प्रकाश की आवश्यकता है । Thiazole नारंगी इसी तरह यूवी प्रकाश का उपयोग करें अगर वांछित कर सकते हैं, लेकिन यह भी नीले प्रकाश के साथ पता लगाया जा सकता है । यूवी प्रकाश, जबकि आमतौर पर इस्तेमाल किया, कुछ मुख्य नुकसान है । सबसे पहले, यह मानव त्वचा और आंखों के लिए हानिकारक है । जबकि यूवी प्रकाश प्रशिक्षित पेशेवरों द्वारा सुरक्षित रूप से इस्तेमाल किया जा सकता है, आकस्मिक त्वचा या आंख क्षति (कार्यात्मक सनबर्ंस के समान) प्रयोगशाला यूवी प्रकाश से असामांय रूप से अनुभवहीन वैज्ञानिकों के साथ नहीं हैं । दूसरा, यूवी प्रकाश अत्यंत डीएनए नमूनों के लिए हानिकारक है5, जो डाउनस्ट्रीम प्रयोगों की सफलता को कम कर देता है (जैसे बंधाव और परिवर्तन)1,6,7. नीली बत्ती के साथ पता लगाने की अनुमति देता है (λपूर्व, अधिकतम = ५१० एनएम (४८८ एनएम और ४७० एनएम भी मजबूत उत्तेजना दिखाने)), जो त्वचा क्षति या डीएनए नुकसान का कारण नहीं है (हालांकि किसी भी तीव्र प्रकाश अभी भी आंखों के लिए हानिकारक हो सकता है), बहुत दोनों वैज्ञानिक को जोखिम कम और नमूना ।

इथियोडियम ब्रोमाइड के लिए केवल फ्लोरोसेंट डाई विकल्प नहीं है; इसका फायदा लागत है. करने के लिए 1980 के दशक में एक के रूप में खोजा गया था8दाग, और डीएनए के एक नंबर में उपयोगिता पाया प्रतिदीप्ति प्रयोगों9,10,11,12,13आधारित है । यह वर्तमान में कई आपूर्तिकर्ताओं द्वारा बेचा जाता है । करने के लिए अतिरिक्त, और अधिक महंगी, नीले प्रकाश-detectable वाणिज्यिक रंगों के मूल यौगिक है, और एक तरह से electrophoresis के दौरान व्यवहार करता है, पता लगाने के लिए यूवी या नीले प्रकाश का उपयोग कर1। इसके अलावा, जबकि अंय रंजक या तो etbr से बहुत कम डीएनए सांद्रता के प्रति संवेदनशील है या करने के लिए, जेनेरिक ट्रो प्रयोगों के लिए, इस तरह के रंजक कई संदर्भों में निषेधात्मक रूप से महंगे हैं ।

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Protocol

1. जेल की तैयारी

नोट: जनरल जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस प्रोटोकॉल के लिए, यह भी देखें P.Y. Lee, एट अल. 14.

  1. मिश्रण ऐगेरोस (~ 1% w/v, प्रतिशत विशेष आकार विभाजनों के लिए अलग किया जा सकता है) बफर में (लगभग ७० मिलीलीटर एक मिनी जेल (8 x 7 सेमी) के लिए) । Buffers आमतौर पर ताे (tris-एसीटेट-EDTA, ४० मिमी Tris, 20 मिमी एसीटेट, 1 मिमी EDTA, पीएच लगभग ८.६) या TBE (ट्रिस-बोरेट-EDTA, ९० मिमी Tris, ९० मिमी बोरेट, 2 मिमी EDTA, पीएच लगभग ८.३)) ।
  2. १.३ μg/mL की एक अंतिम एकाग्रता के लिए thiazole नारंगी जोड़ें ।
    1. एक 10, 000x स्टॉक समाधान बनाने के लिए DMSO में thiazole नारंगी भंग (13 मिलीग्राम/ जबकि नहीं विशेष रूप से प्रकाश संवेदनशील, अंधेरे में स्टोर करने के लिए जब उपयोग में नहीं है । इस समाधान के लिए कमरे के तापमान पर स्थिर है ~ महीने; लंबे समय तक भंडारण जमने aliquots द्वारा प्राप्त किया जा सकता है (DMSO एक मानक रेफ्रिजरेटर में फ्रीज होगा) । पूरी तरह से पिघल और उपयोग करने से पहले एक जमे हुए समाधान resuspend करने के लिए सुनिश्चित करें ।
      नोट: जेल के साथ भी दाग हो सकता है ट्रो के बाद (देखें २.६ कदम) । जबकि इथियोडियम ब्रोमाइड पर एक बेहतर सुरक्षा प्रोफ़ाइल है, मानक आणविक जीव विज्ञान प्रयोगशाला सुरक्षा सावधानियों बनाए रखा जाना चाहिए ।
  3. माइक्रोवेव ऐगेरोस, बफर, और thiazole नारंगी के मिश्रण के लिए ऐगेरोस भंग (लगभग ६० s) । यह चरण सामांयतः "पिघलने" के रूप में संदर्भित किया जाता है । भंवर (5 एस) अगर जरूरत विघटन सहायता करने के लिए ।
    नोट: करने के लिए भी अगर पसंदीदा microwaving के बाद जोड़ा जा सकता है ।
  4. एक उपयुक्त कंघी युक्त जेल कास्टिंग तंत्र में डालने से पहले ऐगेरोस समाधान संक्षेप में शांत करने की अनुमति दें ।
  5. एक जेल में जमना करने के लिए ऐगेरोस समाधान की अनुमति दें ।

2. लोड हो रहा है और जेल रनिंग

  1. इलेक्ट्रोफोरेसिस उपकरण में जेल प्लेस अगर पहले से मौजूद नहीं है ।
  2. जेल की सतह को कवर करने के लिए चल बफर (ऊपर के रूप में ताे या TBE) जोड़ें ।
  3. लोड डीएनए नमूने (सामांयतः 10 μL) एक लोडिंग डाई का उपयोग कर । संदर्भ के लिए एक डीएनए नौकरशाही का आकार देने सीढ़ी शामिल हैं ।
  4. कवर और इलेक्ट्रोड संलग्न (जेल लाल ऐनोड (सकारात्मक) की ओर चलाया जाना चाहिए).
  5. वोल्टेज लागू (आमतौर पर ~ 100V एक मिनी जेल के लिए, हालांकि जेल का आकार एक संशोधित वोल्टेज की आवश्यकता हो सकती है जेल हानिकारक रोकने के लिए) जब तक लोड डाई एक उपयुक्त दूरी कूच किया है (लगभग 4-7 सेमी एक मिनी के लिए जेल, हालांकि दूरी के आधार पर भिंन हो सकते है सटीक आवेदन) ।
    नोट: इथियोडियम ब्रोमाइड और कई अन्य डीएनए बाध्यकारी रंजक की तरह, thiazole नारंगी सकारात्मक आरोप लगाया है । नतीजतन, ये रंजक डीएनए को इलेक्ट्रोफोर्सिंग की विपरीत दिशा में माइग्रेट करेगा. नमूने के लिए जो दूर चला रहे है बढ़ाया जुदाई के लिए जेल नीचे, अंततः डाई छोटे डीएनए टुकड़े से अलग होगा, कमजोर धुंधला में जिसके परिणामस्वरूप । इन उदाहरणों में, जेल के रूप में कदम २.६ में दाग होना चाहिए । इस स्थिति के लिए अद्वितीय नहीं है, किसी भी सकारात्मक आरोप लगाया डाई कि reversibly डीएनए के साथ बातचीत इस व्यवहार (इथियोडियम bromide सहित, प्रदर्शन करेंगे, और अंय) ।
  6. यदि करने के लिए जेल कास्टिंग से पहले नहीं जोड़ा गया था (चरण १.२), thiazole नारंगी युक्त बफर में जेल विसर्जित द्वारा दाग ।
    1. पर्याप्त बफर (ताे या TBE) तैयार १.३ μg/मिलीलीटर thiazole नारंगी पूरी तरह से जेल को कवर और कोमल आंदोलन के साथ जेल सोख जब तक बैंड पूरी तरह से पता चला रहे है (लगभग 20 मिनट) ।

3. thiazole ऑरेंज ऐगरोस जेल के दृश्य (यूवी ट्रांसप्रकाशक)

  1. इलेक्ट्रोफोरेसिस उपकरण और एक यूवी ट्रांसप्रकाशक पर जगह से जेल निकालें ।
    चेतावनी: यूवी प्रकाश त्वचा और आंखों के लिए हानिकारक है । उचित नेत्र (काले चश्मे) और चेहरे (चेहरा ढाल) संरक्षण पहनना सुनिश्चित करें । हाथ दस्ताने और लंबी आस्तीन चाहिए पहना जाना चाहिए ।
  2. यदि वांछित, जेल से वांछित डीएनए बैंड काट (उदाहरण के लिए आगे पाचन या ligation के लिए,) । यूवी प्रकाश के लिए जेल बेनकाब के रूप में समय की एक छोटी लंबाई के रूप में संभव के रूप में छांटना । यूवी प्रकाश (डीएनए डाई की परवाह किए बिना) नुकसान डीएनए ।
  3. एक आसानी से उपलब्ध किट या15प्रोटोकॉल का उपयोग कर जेल स्लाइस से डीएनए निकालें ।

4. thiazole ऑरेंज ऐगरोस जेल के दृश्य (नीला-हल्का ट्रांसप्रकाशक या टॉर्च)

  1. इलेक्ट्रोफोरेसिस तंत्र से जेल निकालें और एक नीले प्रकाश ट्रांसप्रकाशक पर जगह (~ ४७० एनएम अधिकतम उत्सर्जन तरंगदैर्ध्य) । वैकल्पिक रूप से, एक नीली एलईडी (~ ४७० एनएम) टॉर्च जेल में निर्देशित किया जा सकता है (या तो ऊपर या नीचे से) ।
    नोट: जबकि संवेदनशीलता इथियोडियम ब्रोमाइड के साथ एक नीले प्रकाश ट्रांसप्रकाशक का उपयोग कर कम है, इथियोडियम ब्रोमाइड के साथ डीएनए दाग इस नीले प्रकाश प्रोटोकॉल का उपयोग कर पता लगाया जा सकता है ।
  2. एक एंबर उत्सर्जन फिल्टर का प्रयोग करें (~ ५६० एनएम longpass, या तो काले चश्मे या वर्ग) के लिए नीले प्रकाश फिल्टर, डीएनए से प्रतिदीप्ति के दृश्य को सक्षम: thiazole ऑरेंज परिसरों ।
    नोट: एंबर उत्सर्जन फिल्टर के बिना, यह बहुत नीले प्रकाश उत्तेजन स्रोत की तीव्रता के कारण डीएनए बैंड का पता लगाने के लिए मुश्किल है ।
    चेतावनी: हालांकि नीले प्रकाश तीव्रता से नुकसान ऊतकों (विषम यूवी) की क्षमता का अभाव है, तीव्र नीले प्रकाश के लिए लंबे समय तक जोखिम आंखों और एंबर उत्सर्जन काले चश्मे या फिल्टर इस्तेमाल किया जाना चाहिए नुकसान सकता है ।
  3. यदि वांछित, आगे आवेदन के लिए जेल से वांछित डीएनए बैंड में कटौती ।
    नोट: चूंकि नीले प्रकाश डीएनए नुकसान नहीं करता है, यह तेजी से बाहर बैंड (जैसे जब कदम ३.२ में यूवी उत्तेजन का उपयोग कर) में कटौती करने के लिए आवश्यक नहीं है ।
  4. एक आसानी से उपलब्ध किट या15प्रोटोकॉल का उपयोग कर जेल स्लाइस से डीएनए निकालें ।

5. छवि पर कब्जा

  1. जेल इमेजिंग उपकरण में उपयुक्त उत्तेजन और उत्सर्जन सेटिंग्स का चयन करें । thiazole नारंगी के उत्तेजन और उत्सर्जन (λपूर्व, अधिकतम = ५१० एनएम (४८८ एनएम और ४७० एनएम भी मजबूत उत्तेजना दिखाने के लिए, यूवी तरंग दैर्ध्य पर मजबूत उत्तेजना के अलावा); λईएम = ५२७ एनएम) सामान्य नीली बत्ती के लगभग समान हैं-detectable वाणिज्यिक रंगों, तो उपकरणों का इस्तेमाल किया जा सकता है कि पूर्व निर्धारित फिल्टर सेटिंग्स हो सकता है ।
    नोट: नीले प्रकाश के लिए कुछ फिल्टर सेटिंग्स-detectable वाणिज्यिक रंजक वास्तव में उत्तेजन के लिए हानिकारक यूवी प्रकाश का उपयोग करें, तो चेतावनी का उपयोग करें अगर बाहर बैंड काटने से पहले इमेजिंग । यदि संभव हो तो जब डीएनए बैंड इमेजिंग के बाद उत् तेजन हो जाएगा एक नीले प्रकाश उत्तेजन स्रोत का उपयोग करें ।
  2. उपयुक्त फिल्टर के साथ एक इमेजिंग प्रणाली के अभाव में, कैमरे और जेल के बीच एक एंबर फिल्टर जगह/

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Representative Results

Thiazole ऑरेंज डीएनए का पता लगाने में सक्षम बनाता है, इथियोडियम ब्रोमाइड का उपयोग कर के बिना और डीएनए हानिकारक यूवी प्रकाश का उपयोग कर के बिना. एथिडियम ब्रोमाइड को म्यूटेगेनिक माना जाता है, इसलिए इसे प्रयोगशाला से दूर करना फायदेमंद हो सकता है । यूवी प्रकाश नुकसान डीएनए और परिवर्तन दक्षता काफी कम करती है, जबकि नीले प्रकाश डीएनए नुकसान नहीं करता है । पता लगाने की सीमा इथियोडियम bromide, thiazole ऑरेंज, और एक आम, नीले प्रकाश-detectable वाणिज्यिक डीएनए डाई के बीच समान है (चित्रा 1, सामग्री की मेजदेखें), सभी तीन रंजक जा रहा है के लिए पता लगाने की सीमा के साथ ~ 1-2 एनजी/एक मिनी जेल में लेन 1.

आम अनुप्रयोगों के लिए जैसे कि एक प्रतिबंध एंजाइम पचा बैंड काटने, thiazole नारंगी विशेष रूप से अच्छी तरह से अनुकूल है । नीले प्रकाश उत्तेजन के साथ डीएनए का पता लगाने मजबूत और सीधा है, और वैज्ञानिक को आबकारी डीएनए के लिए जल्दी नहीं है के रूप में वे अगर यूवी प्रकाश के साथ का पता लगाने होगा । एक प्लाज्मिड प्रतिबंध एंजाइम के साथ एक डालने को अलग करने के लिए काट दिया गया था (चित्रा 2, एक जेल तीन अलग तरह से imaged है). डालने के साथ आसानी से के साथ detectable है यूवी के अलावा नीले प्रकाश के साथ, डाउनस्ट्रीम अनुप्रयोगों यूवी जोखिम से डीएनए को नुकसान के डर के बिना होने की अनुमति ।

Figure 1
चित्रा 1 . डीएनए का पता लगाने thiazole नारंगी, एक आम नीले प्रकाश-detectable वाणिज्यिक डीएनए डाई का उपयोग कर, और इथियोडियम ब्रोमाइड नीले या यूवी प्रकाश का उपयोग कर । जेल स्लाइस छवियों जेल भर में डीएनए के एक १२०-ng बैंड के दो गुना कमजोर पड़ने का प्रतिनिधित्व करते हैं (बैंड 2-लॉग सीढ़ी से एक ३.० kb बैंड है) । यह आंकड़ा o ' Neil, एट अल.1, अनुमति के साथ reproduced से संशोधित किया गया है । प्रयोग के पूर्ण विवरण के लिए o ' Neil, एट अल.1 देखें ।  कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

Figure 2
चित्रा 2 . एक ही thiazole नारंगी के एकाधिक छवियों-एक प्रतिबंध डाइजेस्ट के ऐगेरोस जेल दाग । (क) यूवी ट्रांसप्रकाशक के साथ उत्तेजन । (ब) ब्लू-लाइट ट्रांसप्रकाशक के साथ उत्तेजन । (ग) नीली बत्ती टॉर्च के साथ उत्तेजन (जो की नोक थोड़ा दिखाई देता है, ध्यान से बाहर, नीचे छवि में) । लेन 1:2-लॉग सीढ़ी, कुल डीएनए के 1 μg (३.० kb, १.० kb के प्रमुख बैंड, और ०.५ kb लेबल हैं) । लेन 2:०.५ μg pEF-GFP प्लाज्मिड डीएनए (५.१ kb) HindIII (अपेक्षित आकार ५.१ kb) के साथ पचता है । लेन 3:०.५ μg pEF-जीएफपी HindIII और EcoRI के साथ पचाने की (अपेक्षित आकार: ३.७ kb, १.३ kb) । जेल में १.३ μg/mL thiazole नारंगी के साथ चला गया था । सभी मानक उत्सर्जन फिल्टर (590/110 एनएम), एक्सपोजर तीव्र बैंड के लिए अनुकूलित का उपयोग कर लिया छवियां ।  कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

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Discussion

इथियोडियम ब्रोमाइड लंबे समय तक आणविक जीव विज्ञान प्रयोगशाला में एक मानक उपकरण, ज्ञात विषाक्तता के बावजूद किया गया है । यह भी यूवी प्रकाश की आवश्यकता से ग्रस्त है, जो डीएनए को नुकसान के रूप में यह पता लगाया जा रहा है । Thiazole ऑरेंज इथियोडियम ब्रोमाइड के लिए एक सस्ता विकल्प प्रदान करता है, साथ ही साथ उपयोगी लेकिन महंगी वाणिज्यिक रंजक ।

thiazole नारंगी का लाभ इस प्रकार दो गुना कर रहे हैं । सबसे पहले, thiazole नारंगी बस इथियोडियम bromide के लिए एक प्रतिस्थापन के रूप में इस्तेमाल किया जा सकता है । जैल के साथ EtBr को हूबहू तैयार किया जा सकता है, दाग के रूप में प्रतिस्थापित करने के लिए (कदम १.२) । खोज सीमा समान है (~ 1-2 एनजी/लेन)1। thiazole नारंगी यूवी प्रकाश (चरण 3) बस EtBr की तरह के साथ पता लगाया जा सकता है क्योंकि रंजक स्विच करने के लिए कोई अतिरिक्त उपकरण की आवश्यकता है. यूवी प्रकाश तेजी से नुकसान डीएनए के लिए जोखिम, तथापि, और इस तरह के बंधाव और परिवर्तन1के रूप में डाउनस्ट्रीम प्रयोगों की विफलता का कारण हो सकता है । यूवी प्रकाश भी त्वचा और आंखों के लिए हानिकारक है, सावधान सुरक्षा सावधानियों की आवश्यकता होती है ।

का दूसरा लाभ यह है कि यह यूवी उत्तेजन से दूर स्थानांतरण की संभावना प्रदान करता है । नीले प्रकाश के साथ पता लगाने (चरण 4 के साथ चरण 3 की जगह) डीएनए और वैज्ञानिक के लिए जोखिम सीमा को नुकसान eliminates. नीले प्रकाश उत्तेजना और की पहचान करने के लिए एक नीले प्रकाश ट्रांसप्रकाशक के साथ प्राप्त किया जा सकता है, और यह भी एक सस्ती नीली एलईडी टॉर्च के साथ (दोनों ~ ४७० एनएम अधिकतम उत्सर्जन तरंग दैर्ध्य, दोनों एक एंबर उत्सर्जन फिल्टर की आवश्यकता होती है) । उत्तेजन तरंग दैर्ध्य के उपयुक्त अनुप्रयोग (चरण ४.१) और उत्सर्जन फिल्टर (चरण ४.२) प्रयोग की सफलता के लिए आवश्यक है (यह भी कदम ५.१ देखें) । प्रकाश स्रोतों और उत्सर्जन फिल्टर आसानी से उपलब्ध हैं, तथापि, और ंयूनतम निवेश के साथ, प्रयोगशालाओं नीले प्रकाश उत्तेजना का लाभ प्राप्त कर सकते है और यूवी प्रकाश क्षति से बचें ।

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Disclosures

लेखकों का खुलासा करने के लिए कुछ नहीं है ।

Acknowledgments

यह काम स्टार्टअप फंड क्रिस्टोफर ंयूपोर्ट विश्वविद्यालय से TDG को समर्थन किया था ।

Materials

Name Company Catalog Number Comments
2-log DNA ladder New England Biolabs N0469S
Agarose (Genetic Analysis Grade) Fisher BP1356-100
Blue-light flashlight WAYLLSHINE (Amazon) WAYLLSHINE Scalable Blue LED
ChemiDoc MP Biorad 1708280
DMSO Sigma-Aldrich D8418
ethidium bromide Fisher BP1302-10 For comparison, not necessary for protocol
Gel apparatus (Owl Easy Cast) Thermo Scientific B1A
Qiagen Qiaquick Gel extraction kit Qiagen 28704
Safe Imager Viewing Glasses Invitrogen S37103 Necessary for using blue light flashlight.*
SafeImager 2.0 (Blue light transilluminator) Invitrogen G6600 Blue light flashlight may be used as alternative
SYBR Safe Invitrogen S33102 For comparison, not necessary for protocol
TAE (Tris-Acetate-EDTA) Corning 46-010-CM
Thiazole orange Sigma-Aldrich 390062
*Glasses are also included with Invitrogen G6600

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References

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