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यह प्रोटोकॉल बताता है कि एकल-कोशिका आरएनए अनुक्रमण (scRNAseq) प्रौद्योगिकी का उपयोग करके एकल-कोशिका स्तर पर मेजबान/रोगजनक इंटरैक्शन की विशेषता के लिए उनके एपिकल या बेसोलेटरल पक्ष से मानव आंतों के ऑर्गेनॉइड को कैसे संक्रमित किया जाए ।
