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Le présent protocole décrit les modifications au microscope électronique à transmission (MET) avec un système d’éclairage lumineux, la fabrication de cellules liquides et les observations TEM in situ des interactions induites par la lumière entre les cellules bactériennes et un photosensibilisant. Les méthodes de préparation des échantillons, les dommages causés par le faisceau d’électrons et l’imagerie sont également abordés.