نقدم طريقة لتوليد [كدنا] من مرنا البيئية. بشكل عام ، يتم تجميعها أولا من مجموع الحمض النووي الريبي والبيئة ، ويتم إزالة بشكل انتقائي الرنا الريباسي ، يتم تضخيمه بشكل انتقائي مرنا ، والتسلسل [كدنا] توليفها من تجمع مرنا المخصب. متواليات يمكن استردادها المشروح باستخدام معيار تقنيات المعلوماتية الحيوية لتحديد الجينات التي أعرب عنها.
يتطلب اشتراك JoVE لعرض هذا المحتوى. تسجيل الدخول أو ابدأ نسخة تجريبية مجانية
مقالة منهجية
تحليل الجينات من المجتمعات الميكروبية البحرية باستخدام Transcriptomics البيئية
في هذه المقالة
ملخص
الملخص
مماثلة لmetagenomics ، transcriptomics البيئية (metatranscriptomics) باسترداد ومتواليات mRNAs البيئية فيف من الجراثيم دون معرفة مسبقة لما الجينات قد يكون التعبير عن المجتمع. وبالتالي فإنه يوفر وجهة نظر غير منحازة أكثر على التعبير الجيني المجتمع
البروتوكول
العمل مع الجيش الملكي النيبالي
لأن RNases موجودة في كل مكان وmRNAs تتحلل بسرعة ، والاحتياطات القياسية للعمل في بيئة خالية ريبونوكلياز يجب اتباعها ، وينبغي معالجتها أو الحفاظ على العينات في أقرب وقت ممكن لجمع التالية.
الجزء 1 : جمع البيئية RNA (المصممة لجمع الكتلة الحيوية في جزء حجم 0،2-3،0 ميكرون)
الإمدادات اللازمة :
Masterflex أنابيب
مضخة تمعجية
3 ميكرومتر ارتفاع حجم كبسولة تصفية مطوي
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
المناقشة
وقد أصبح التحقيق في التعبير الجيني للمجتمعات الميكروبية الطبيعية شيوعا في السنوات الأخيرة كوسيلة لاستكشاف الأدوار البيئية ووظائف الكائنات الحية الدقيقة. استعملت في تآلف مع الكشف والتقدير الكمي ، وتوصيف الكائنات المجهرية البحرية ، ويمكن استخدام تحليل التعبير الجيني لربط نسالة لتعمل في المجتمعات الميكروبية الطبيعية. العديد من التقنيات لاستهداف الجينات الوظيفية تعتمد على تحقيقات معينة أو مجموعات التمهيدي مصممة لتسلسل الجينات المعروفة. في المقابل ، يمكن استخدام transcriptomics البيئية.......
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
شكر وتقدير
تم توفير التمويل بواسطة غوردون وبيتي مور منح المؤسسة والمؤسسة الوطنية للعلوم منح MCB - 0702125.
....الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
المواد
| الاسم | الشركة | رقم فهرسي | التعليقات | |
|---|---|---|---|---|
| أنابيب PowerSoil Bead | طقم | MoBio | 12866-25-PBT | |
| طقم RNeasy Mini | طقم | Qiagen | 74104 | |
| TURBO DNA-free | طقم | Ambion | AM1907 | |
| طقم mRNA-ONLY لعزل mRNA بدائيات النوى | طقم | Epicentre Biotechnologies | MOP51010/MOP51024 | |
| طقم MICROBExpress لإثراء mRNA البكتيري | طقم | Ambion | AM1905 | |
| طقم MICROBEnrich | طقم | Ambion | AM1901 | |
| طقم MessageAmp II-Bacteria لتضخيم RNA | طقم | Ambion | AM1790 | |
| نظام Universal RiboClone لتخليق cDNA | طقم | Promega Corp. | C4360 | |
| نظام Wizard لتنقية DNA | طقم | Promega Corp. | A7280 |
المراجع
- Liang, P., Pardee, A. B. Science. 257 (5072), 967-967 (1992).
- Belasco, J. G. Control of messenger RNA stability. Belasco, J. G., Brawerman, G. , Academic Press. San Diego. 3-11 (1993).
- Poretsky, R. S., Bano, N., Buchan, A. 71 (7), 4121-4121 (2005).
- Gelder, R. N. V., von Zastrow, M. E., Yool, A. Natl. Acad. Sci. USA. 87 (5), 1663-1663 (1990).
- Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E. Nature. 437 (7057), 376-376 (2005).
- Frias-Lopez, J., Shi, Y., Tyson, G. W. Natl. Acad. Sci. USA. 105 (10), 3805-3805 (2008).
- Poretsk....
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
إعادة الطباعة والأذونات
