حجم صغير (1 - 3L) الترشيح للعينات مياه البحر الساحلية

ملخص

هذا الكتاب وثائق فيديو صغيرة (~ 1 L) ترشيح الكتلة الحيوية الميكروبية من عمود الماء.

الملخص

يبدأ سير العمل في جمع المياه البحرية الساحلية للمجتمع الميكروبية المصب ، ويحلل الغاز المغذيات والتتبع. مظاهرة اليوم للحصول على عينات ليالي جمعت من على متن سفينتى التشغيل جون ستريكلاند في مدخل Saanich. هذا الكتاب وثائق فيديو صغيرة (~ 1 L) ترشيح الكتلة الحيوية الميكروبية من عمود الماء. البروتوكول هو امتداد لأخذ العينات حجم كبير بروتوكول صفت في وقت سابق ، مع فارق واحد رئيسي : هنا ، لا يوجد أي خطوة قبل الترشيح ، بحيث يتم جمع كل الفئات حجم الكتلة الحيوية وصولا الى 0.22 ميكرون تصفية الوقف. جمع عينات من هذه الطريقة مثالية لتحليل الحمض النووي. خطوات انشاء ، والترشيح ، وتنظيف كل يستغرق حوالي 20-30 دقيقة. إذا به قد مضختين تمعجية وقت واحد ، لتتم تصفيته حتى 8 عينات في نفس الوقت. لمنع تشكيل بيوفيلم رحلات بين أخذ العينات ، يجب شطف جميع المعدات الترشيح مع حمض الهيدروكلوريك المخفف والمياه وتعقيمها منزوع الأيونات بعد الاستعمال مباشرة.

البروتوكول

1. مجموعة تتكون من أجهزة الترشيح
   1. قبل الترشيح ، ويمسح الأولى بعيدا من أي التكثيف الزجاجات كاملة وتزن لهم
   2. وضع علامة بن الأوتوكلاف على جانب واحد من المضخة ، وقارورة النفايات من جهة أخرى.
   3. ثم ضع زجاجة عينة كاملة في بن الأوتوكلاف ، ومع ذلك ، لا تقم بإزالة الغطاء من القمقم بعد.
   4. تمرير أنابيب من خلال مضخة تمعجية بحيث نهاية luer من الأنابيب في القارورة.
   5. باستخدام الملقط ، إزالة القطن من ماصة معقمة 25 مل ، وإرفاق ماصة إلى الطرف الآخر من الأنبوب.
2. ترشيح مياه البحر
   1. لتبدأ تصفية مياه البحر ، وفتح زجاجة وإدراج ماصة. تشغيل المضخة وضبط سرعة تدفق إلى 1. رايتس ووتش إلى ضمان أن المياه التي يتم ضخها في الاتجاه الصحيح.
   2. سماح ~ 100 مليلتر من الماء بالمرور عبر الأنابيب بأكمله.
   3. إيقاف ضخ وتصفية إرفاق Sterivex لتركيب luer الذكور في نهاية الحرة للأنابيب.
   4. يستمر الترشيح حتى لا يترك الماء في زجاجات.
3. تخزين الفلاتر
   1. لتخزين المرشحات ، وطرد الأولى أي المياه المتبقية مع حقنة مل 30-60.
   2. ختم الجزء السفلي من تصفية Sterivex مع Parafilm. باستخدام ماصة ، إضافة 1.8ml العازلة تحلل إلى تصفية ، وحفظ ~ 200 UL الفضاء في تصفية بالإضافة إلى وقت لاحق من الكواشف.
   3. ثم ختم الجزء العلوي من تصفية Sterivex مع قطعة صغيرة من Parafilm ، وتسمية المرشحات مع التاريخ وتحديد العينة.
   4. تخزين المرشحات في مرحلة ما قبل المسمى أنابيب الصقر 50 مل في -80 درجة مئوية
4. تنظيف
   1. إدراج ماصة 25 مل في القارورة التي تحتوي على حمض الهيدروكلوريك 0.1 ٪ ، والتبديل في المضخة.
   2. بعد غسل حمض الهيدروكلوريك ، شطف الأنابيب بالماء تعقيمها.
      
      أخيرا ، وقياس وتسجيل كتلة من الزجاجات الفارغة في 1L الآن من أجل حساب حجم المياه تمر عبر الفلتر.

نتائج ممثل : كل المياه 1 لتر عينة غلة one Sterivix التصفية ، الذي يحتوي على الكتلة أكبر من 0.22 ميكرون. يتم تخزين هذه العازلة في تحلل لاستخراج الحمض النووي وتحليل لاحقة. النتيجة النهائية يتكون من مرشح واحد لكل Sterivix 1 ليتر المخزنة في زجاجة عازلة تحلل وعلى استعداد لاستخراج الحمض النووي. مرشح الكتلة الحيوية تحتوي أكبر من 0.22 ميكرون. ويمكن تخزين المرشحات في -80 درجة مئوية قبل EDNA الاستخراج.

المناقشة

ومن الضروري أن يمسح أسفل المقاعد ومضخات بمنشفة مبللة بعد الاستخدام لإزالة أي آثار متبقية من المياه المالحة التي من شأنها أن خلاف ذلك تآكل المعدات. على الرغم من أن هذا الإجراء هو بسيط ، يمكن أن تكون واسعة شرط الوقت اعتمادا على تركيز الكتلة الحيوية أو الحطام في العينة التي تمت تصفيتها.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة

الاسم	الشركة	رقم فهرسي	التعليقات
مضخة 연동ية	Masterflex (Cole Palmer)	77913-20, 77200-62, 77200-04
أنابيب Tygon LFL	Masterflex (Cole Palmer)	06429-24	لجهاز الترشيح
مرابط الخراطيم	Cole-Parmer	0683204	لجهاز الترشيح
1/4” ٣/١٦ ×” وصلات تكييف الأنابيب	Cole-Parmer	31702-20	لجهاز الترشيح
غلاف مرشح أولي من البولي بروبيلين	ADVANTEC	501200	لأجهزة الترشيح
وصلة لوير معدنية (من طرف الخرطوم إلى قفل لوير ذكر)	Cole-Parmer	31507-27	لأجهزة الترشيح
2“ المغناطيسات			لجهاز الترشيح
أغطية قوارير كربوي ذات 3 فتحات			لجهاز الترشيح
GV 0.22 μمرشحات STERIVIX	EMD Millipore	SVGV01R5
قطر 47 مم 2.7 μمرشحات GF/D	Whatman, GE Healthcare	1823047
محلول التحلل المنظم			سكروز 0.75 مولار، وEDTA بتركيز 40 ميليمولار، وTris بتركيز 50 ميليمولار (الرقم الهيدروجيني 8.3)
0.1% حمض الهيدروكلوريك (HCl)			لشطف ما بعد الترشيح
ماء مُعقم بالأتوكلاف			لشطف ما بعد الترشيح