استخراج الحمض النووي من الميكروبات غوت من النمل الأبيض (Zootermopsis Angusticollis) وتصور الميكروبات غوت

ملخص

هذا الفيديو يوضح تقنية لاستخراج الحمض النووي من أنواع الميكروبات المقيمين في المعى المؤخر النمل الأبيض. ويتضح ايضا في اعداد شريحة جبل الرطب ، وهو أمر مفيد لتصور المجتمع الميكروبية الأمعاء ، ويعطى من خلال جولة الأنواع الغنية بيئة الأمعاء.

الملخص

النمل الأبيض هي من بين عدد قليل من الحيوانات المعروفة لديهم القدرة على العيش فقط من الخشب طويلا. الجهاز يحتوي على أمعاء النمل الأبيض كثيفة السكان الميكروبية والأنواع الغنية التي تساعد في تدهور lignocellulose في الغالب إلى خلات والمغذيات الرئيسية تأجيج الأيض النمل الأبيض (Odelson وBreznak ، 1983). ضمن هؤلاء السكان هي البكتيريا الجرثومية ، وميثان العتيقة ، في بعض النمل الأبيض ("خفض") ، البروتوزوا حقيقية النواة. وهكذا ، النمل الأبيض وتخضع البحوث الممتازة لدراسة التفاعلات بين الأنواع الجرثومية والكيميائية الحيوية وظائف عديدة أنها تؤدي إلى منفعة المضيفة لهم. وقد تم اكتشاف تركيبة السكان الأنواع الميكروبية في أمعاء النمل الأبيض وكذلك الجينات الرئيسية المشاركة في العمليات الحيوية المختلفة وذلك باستخدام التقنيات الجزيئية (كودو وآخرون ، 1998 ؛. شميت ، واجنر وآخرون ، 2003 ؛. Salmassi ويدبيتر ، 2003). هذه التقنيات تعتمد على استخراج وتنقية عالية الجودة الأحماض النووية من البيئة أمعاء النمل الأبيض. تقنية استخراج وصفها في هذا الفيديو هو عبارة عن تجميع معدلة من البروتوكولات التي وضعت لاستخراج وتنقية الأحماض النووية من العينات البيئية (مور وآخرون ، 1994 ؛. Berthelet وآخرون ، 1996 ؛. بوردي وآخرون ، 1996 ؛. Salmassi ويدبيتر ، 2003 ؛ Ottesen وآخرون 2006) ، وأنها تنتج من مادة الحمض النووي المعى المؤخر النمل الأبيض مناسبة للاستخدام كقالب لتفاعل البلمرة المتسلسل (PCR).

البروتوكول

ملخص الإجرائية لاستخراج الحمض النووي النمل الأبيض كامل الأمعاء :

1. النمل الأبيض البرد على الجليد ، وإزالة الأمعاء باستخدام ملاقط معقمة والاستقرار في عينات الأمعاء العازلة.
2. التجانس في عينات PVPP / SDS / العازلة الفينول.
3. استخراج وتنقية الحمض النووي من الخام باستخدام lysate Qiagen DNeasy الأعمدة.

البروتوكول :

المناقشة

في تجربتنا ، الحمض النووي المستخرج من المجتمعات الميكروبية أنواع النمل الأبيض الخشب الثديية مثل nevadensis Zootermopis نقية بما فيه الكفاية لقالب PCR بعد جولة واحدة من استخراج وتنقية. ومع ذلك ، قد يكون بعض النمل الأبيض مثل التغذية وأنواع التربة القمامة الثديية لها تركيز أعلى من الأحماض الدبالية في محتويات حدسهم وتتطلب تنقية إضافية من الحمض النووي الميكروبية الأمعاء. الحمض النووي العائد الكلي من الشجاعة من 5 عمال nevadensis Z. هو في حدود 10-30 ميكروغرام. بالنسبة للأنواع النمل الأبيض أصغر بكثير أو أكبر .......

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة

الاسم	الشركة	رقم فهرسي	التعليقات
PVPP/SDS/phenol	منظم			منظم التجانس
DNeasy Tissue Kit	طقم استخلاص	Qiagen	77607	استخدم وفقاً لبروتوكول عزل DNA الجينومي من النواتج المحللة الخام (الملحق H، إصدار دليل المنتج: يوليو 2003)
TE	منظم	Sigma-Aldrich	T9285	منظم 1x (1 mM Tris-HCl, 0.1 mM EDTA, pH 8.0) مُعد من تركيز 100x
zirconia/silica beads	مستلزمات	Biospec Products	11079101z	0.1 mm
PVPP	كاشف	Sigma-Aldrich	P6755	polyvinylpolypyrrolidone بتركيز 1% w/v مُعد من الكاشف الجاف كمعلق 1x في منظم TE
Zootermopsis nevadensis	حيوان			النمل الأبيض
SDS	كاشف	Sigma-Aldrich	L4390	محلول Sodium dodecyl sulfate بتركيز 20% في الماء مُعد من الكاشف الجاف
Phenol	كاشف	Sigma-Aldrich	77607	مشبع بـ TE، ~73%
MiniBeadbeater-8	أداة	Biospec Products	963
BSS	محلول ملحي منظم، pH 7.2			التركيبة لكل لتر: 2.5 g K2HPO4, 1.0 g KH2PO4, 1.6 g KCl, 1.4 g NaCl, 0.075 g CaCl, 1 g MgCl, و 10 mL من محلول 1 M من NaHCO3
AxioPlan-2	مجهر	Carl Zeiss, Inc.		مجهز بعدسة شيئية 40x، وعدسة optivar 1.6x وعدسات عينية 10x. فُحصت العينات باستخدام إضاءة تباين الطور