عزل النوى من أنسجة الورم الدبقي المجمدة الطازجة: طريقة للحصول على نوى سليمة من عينات الورم الدبقي

الملخص

المصدر: Narayanan، A. et al. عزل النوى عن أورام الدماغ المجمدة الطازجة لتسلسل الحمض النووي الريبي أحادي النواة و ATAC-seq. J. Vis. Exp. (2020)

يصف هذا الفيديو بروتوكول عزل النوى المفردة من أنسجة الورم الدبقي المجمد الطازجة. يمكن استخدام النوى المفردة المعزولة كعينات لتقنيات التسلسل مثل تسلسل الحمض النووي الريبي أحادي النواة (snRNA) ومقايسة النواة المفردة لتسلسل الكروماتين الذي يمكن الوصول إليه عبر النواة (snATAC) للحصول على رؤى أعمق حول عدم التجانس بين الورم وداخله الذي لوحظ في الورم الدبقي في الأنسجة العصبية المركزية.

البروتوكول

< p class = "jove_title" >1. تشريح الأنسجة وتفككها

1. انقل عينة الأنسجة المجمدة الطازجة (10-60 مجم) إلى طبق بتري مبرد مسبقا. افرم / قطع الأنسجة المجمدة الطازجة بشفرة حلاقة إلى قطع صغيرة على الثلج.
2. أضف 500 ميكرولتر من محلول تحلل النوى المبرد إلى أنبوب 1.5 مل مبرد مسبقا. ضع قطع الأنسجة في أنبوب سعة 1.5 مل يحتوي على المخزن المؤقت لتحلل النوى وانقلها إلى Douncer (جدول المواد).
   ملاحظه: هناك نوعان من مدقات الخالط Dounce: مدقة "فضفاضة" أو "A" لتقليل العينة الأولية ومدقة "ضيقة" أو "B" لتجانس العينة بالكامل.
3. قم بإخراج قطع المناديل بالمدقة "السائبة" لمدة 20 ضربة تقريبا ، حتى ينخفض ا....

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة الاسم الشركة رقم فهرسي التعليقات 2-ميركابتو إيثانول سيغما M6250 CaCl2 سيغما 21115-100 مل EDTA (0.5 م) الترمو: العلمية R1021 Falcon 15 مل أنابيب الطرد المركزي المخروطية فيشر ساينتيك 352096 مصافي MACS الذكية (100 ميكرومتر) ميلتيني بيوتيك 130-098-463 ملغ (تيار متردد) 2 سيغما 63052-100 مل NP-40 أبكام أب142227 طقم عزل النوى: Nuclei EZ Prep سيغما NUC101-1 كيلو طن أنابيب القفل الآمن 1.5 مل إيبندورف 30120086 أنابيب قفل آمنة 2.0 مل إيبندورف 30120094 سكروز سيغما S0389 أطراف ماصة واسعة التجويف (1000 ميكرولتر) ثيمو فيشر العلمي 2079جي بي كي