1. التعبير وتنقية البروتينات المؤتلف المرتبطة دلاليا الانصهار في البكتيريا
- تضخيم مناطق محددة من C-ذيول (آخر 50-100 الأحماض الأمينية التي تحتوي على زخارف PDZ في نهاية-C) لCFTR، LPA 2، MRP2، MRP4، β 2 AR، وNHERFs (بالطول أو المجالات PDZ1 أو PDZ2 ) بواسطة PCR النهج.
- استنساخ المنتجات PCR إلى ناقلات-1 pGEX4T للضريبة السلع والخدمات، الانصهار البروتينات (مثل ضريبة السلع والخدمات، NHERFs، ضريبة السلع والخدمات، MRP4 CT)، pMAL-C2 ناقلا لMBP-الانصهار البروتينات (مثل MBP-CT AR β 2، MBP-CT CFTR )، وpET30 للبروتينات صاحب S-الانصهار (مثل صاحب-S-CFTR CT، صاحب-S-PDZK1).
- تحول في E. البروتيني التي تعاني من نقص سلالة بكتيريا (BL21-DE3) للحد من تدهور محتمل بروتين المؤتلف.
- تنمو ثقافة بين عشية وضحاها في 37 درجة مئوية في لوريا، Bertani المتوسط (درجة الحموضة 7.0) التي تحتوي على المضادات الحيوية المناسبة (مثل الأمبيسلين أو الكانامايسين). تمييع ثقافة بين عشية وضحاها في 1:10 وتنمو لمدة ساعة 2 في 37 درجة مئوية. فيديوس مع 0،5-1 م م IPTG لح 4 التالي في 30 درجة مئوية. بيليه الخلايا بواسطة الطرد المركزي عند 8000 × ز لمدة 10 دقيقة في 4 درجات مئوية.
- ليز الخلايا في الواق السكروز (50 م م تريس، حمض الهيدروكلوريك، ودرجة الحموضة 8.0، 1 م م EDTA، 1 م م PMSF، والسكروز 10٪) تحتوي على الليزوزيم (1 ملغ / مل)، تريتون 0.2٪ X-100، والبروتيني مثبطات. استخدم 20 مل للخلية بيليه مصدرها 1 لتر من ثقافة.
- خلط على دوار شاكر لمدة 30 دقيقة في 4 درجة مئوية.
- تدور في غرام × 20000 لمدة 30 دقيقة في 4 درجة مئوية. جمع وطاف واضح.
- في طاف واضح، إضافة 1 مل من الخرز الراتنج / الاغاروز التالية (الطين 50٪ في الواق السكروز):
- الجلوتاثيون الخرز الاغاروز للبروتينات اندماج ضريبة السلع والخدمات.
- الخرز تالون لصاحب-S بروتينات اندماج.
- أميلوز راتنج للبروتينات اندماج MBP.
- المزيج لمدة 4 ساعات في 4 درجات مئوية على دوار شاكر.
- تغسل حبات بواسطة resuspending في برنامج تلفزيوني 1X (15 مل)، والخلط لمدة 2 ميلن، والغزل في 800 × ز لمدة 2 دقيقة، والتخلص من طاف. كرر هذه الخطوة لمدة ست مرات.
- أزل هذا البروتين من الخرز باستخدام كل العازلة شطف (2 العازلة شطف مل لكل 1 مل من الخرز).
- العازلة شطف للبروتينات اندماج ضريبة السلع والخدمات: تخفيض 25 م م تريس، حمض الهيدروكلوريك (درجة الحموضة 8.0)، 140 م م كلوريد الصوديوم، و 20 م م الجلوتاثيون.
- العازلة شطف للبروتينات اندماج له: 20 م م تريس، حمض الهيدروكلوريك (درجة الحموضة 8.0)، 500 م م كلوريد الصوديوم، و 200 م إيميدازول M.
- العازلة شطف للبروتينات اندماج MBP: 20 م م تريس، حمض الهيدروكلوريك (درجة الحموضة 8.0)، 200 م م كلوريد الصوديوم، 1 م م EDTA، 1 م م DTT، و 10 م م المالتوز.
- Dialyze البروتينات مزال ضد 2 ليتر من برنامج تلفزيوني 1X في 4 درجات مئوية (لتجنب احتمال تدهور البروتين). تغيير برنامج تلفزيوني كل ح (4) لأربع مرات. تركيز بروتين باستخدام فلتر Centricon (10،000 ميغاواط قطع، ميليبور) والمخزن كما aliquots صغير في -80 درجة مئوية.
- ديتإيرمين تركيز البروتين من خلال طريقة برادفورد. تقييم جودة البروتين بواسطة SDS-PAGE باستخدام جيش صرب البوسنة والمعايير. إذا كان سلامة من البروتين ليست مرضية، قد يتم استخدام إجراءات تنقية ثانوية مثل ترشيح الهلاميات أو التبادل الأيوني. (على سبيل المثال، استخدمنا عمود G-75 sepharose و لتنقية مزيد من ضريبة السلع والخدمات، انصهار بروتين).
2. خلية ثقافة وتحضير الخلايا المحللة
- ثقافة الكلى الهامستر طفل (BHK) الخلايا التي ستابلي الإفراط في التعبير عن CFTR، بالوزن وCFTR his10 أو خلايا BHK عابر أن الإفراط في التعبير عن العلم، LPA 2-بالوزن أو علم LPA-2-ΔSTL، ومدين، داربي الكلى الكلاب (MDCK ) الخلايا التي ستابلي الإفراط في التعبير عن MRP2 في المتوسط النسر الأساسية الدنيا (MEM) التي تحتوي على 10٪ الجنين المصل في ربلة الساق والبنسلين / الستربتومايسين في قوارير البوليسترين في 37 درجة مئوية مع ثاني أكسيد الكربون بنسبة 5٪ 2.
- ثقافة الجنينية البشرية الكلى 293 (HEK293) الخلايا التي ستابلي الإفراط في التعبير عن CFTR، بالوزن وCFTR-his10 في Dulbecco'متوسطة ق تعديل النسر (DMEM) تستكمل مع 10٪ مصل بقري جنيني والبنسلين / الستربتومايسين في قوارير البوليسترين في 37 درجة مئوية مع ثاني أكسيد الكربون بنسبة 5٪ 2.
- ليز الخلايا في الواق تحلل (PBS - 0.2٪ تريتون-X-100 تستكمل مع مزيج من مثبطات الأنزيم البروتيني يحتوي على الفلورايد phenylmethylsulphonyl 1 م م، 1 ميكروغرام / أبروتينين مل، 1 ميكروغرام / leupeptin مل، 1 ميكروغرام / pepstatin مل)، واستخدام 500 العازلة تحلل ميكرولتر لكل طبق بيتري من عيار 60 ملم، و 1000 العازلة تحلل ميكرولتر لكل طبق بيتري 100 ملم.
- صخرة الخلية lysates لمدة 20 دقيقة في 4 درجات مئوية، وإزالة المواد غير قابلة للحل عن طريق الطرد المركزي في 16000 × ز لمدة 15 دقيقة في 4 درجات مئوية. تحديد تركيز البروتين بواسطة الفحص برادفورد.
3. في الجمعية المختبر من مجمع ضخم الجزيئات CFTR التي تحتوي على (CFTR-PDZK1-MRP4)
- إلى 200 ميكرولتر من العازلة تحلل (PBS - 0.2٪ تريتون-X 100 + مثبطات الأنزيم البروتيني)، إضافة 20 ميكروغرام المطهرون ضريبة السلع والخدمات، MRP4-C محطة50 AA (CT50) انصهار بروتين.
- إضافة كميات مختلفة (0-40 ميكروغرام) من تنقية صاحب-S-PDZK1 انصهار بروتين.
- مزيج من البروتينات اثنين على خلاط دوار عند 22 درجة مئوية لمدة 1-2 ساعات.
- إضافة 20 حبات الجلوتاثيون ميكروليتر (50٪ الطين) إلى خليط من البروتين، والاستمرار في خلط لآخر ح 1. ويشار أيضا إلى هذه الخطوة على أنها زوج من الحكمة ملزم.
- خلال هذا الوقت، وإعداد lysates خلية HEK293 التي overexpress العلم، CFTR (وزن) كما هو موضح أعلاه في الخطوة 2).
- غسل المجمع مرتين مع عازلة تحلل. تدور في ز × 800 لمدة 1 دقيقة لكل غسل ونضح بعناية طاف بعد كل غسيل. كن حذرا لا لتمتص قبالة الخرز في القاع.
- إضافة أعلاه معدة lysates خلية HEK293 إلى الخرز، وتخلط بلطف في 4 درجة مئوية لمدة 3 ساعة (أو بين عشية وضحاها).
- تغسل حبات ثلاث مرات على نطاق واسع مع تحلل العازلة كما هو موضح في الخطوة 3.6).
- أزل البروتينات باستخدام الاحتياطي 30 عينة ميكرولتر (5 ×): 0.6 م تريس، حمض الهيدروكلوريك (درجة الحموضة 6.8)، 50٪ الجلسرين، SDS 2٪، و 0.1٪ زرقة البروموفينول، تحتوي على 5٪ β-المركابتويثانول.
- احتضان في 37 درجة مئوية لمدة حمام ماء 10-15 دقيقة، وتدور في 5000 × ز لمدة 30 ق لترسيب الخرز.
- تحميل جميع شطافة على هلام 4-15٪.
- تشغيل SDS-PAGE لنحو دقيقة 30-40.
- نقل نطاقات البروتين إلى الغشاء PVDF، مقابل 1.5 ساعة.
- منع الغشاء في TBS-توين التي تحتوي على 5٪ من الدهون غير الحليب.
- احتضان الغشاء مع الأجسام المضادة الأولية (مثل مكافحة CFTR مفتش الحكومة، R1104) في 4 درجات مئوية، بين عشية وضحاها.
- غسل الغشاء مع TBS-توين لمدة 5 دقائق، ست مرات.
- احتضان الغشاء مع الأجسام المضادة الثانوية (مثل الماعز لمكافحة فأر HRP، مترافق الضد الثاني 2) لمدة 45 دقيقة في 22 درجة مئوية.
- غسل الغشاء مع TBS-توين لمدة 5 دقائق، ست مرات.
- تصور الفرق بروتين عبر ECL.
- وتظهر بيانات ممثل في الشكل 1.
jove_title "> 4. النتائج الممثل
ويرد مثال على مجمع الجزيئات CFTR التي تحتوي على إشارات التي تم تجميعها في المختبر في الشكل 1. وأشار إلى تشكيل مجمع الجزيئات بين MRP4 الأحماض 50 C-محطة الأمينية (MRP4-CT50)، PDZK1، وكامل طول CFTR (الشكل 1، أسفل). زيادة في تشكيل مجمع الجرعة بشكل تابع مع كميات متزايدة من البروتين وسيط، PDZK1 (الشكل 1، أسفل) 18.

الشكل 1. عرضا مصورا لفحص الجزيئات المعقدة (أعلى). تم الكشف عن الجزيئات المعقدة في المختبر مع ثلاثة من البروتينات (GST-MRP4-CT50، صاحب-S-PDZK1، وعلم CFTRwt-) بطريقة تعتمد على الجرعة (أسفل) 18.
| CFTR-NHERF1 β-AR 2 (المرجع 14) | CFTR-NHERF2 LPA-2 (المرجع: 15) | CFTR-PDZ البروتينات-MRP 2 (المرجع: 17) | CFTR-PDZK1-MRP4 (المرجع 16) |
| تقارب الخرز | أميلوز الراتنج | S-بروتين الاغاروز | أميلوز الراتنج | الجلوتاثيون الاغاروز |
| تنقية البروتين-1 | MBP β-2 AR CT | له-S-CT CFTR | MBP-CT CFTR | ضريبة السلع والخدمات، MRP4 CT |
| تنقية البروتين-2 | ضريبة السلع والخدمات، NHERF1 | ضريبة السلع والخدمات، NHERF2 | ضريبة السلع والخدمات، PDZ البروتينات | له-S-PDZK1 |
| تنقية البروتين-3 (أو lysates الخلية) | CFTR-بالوزن أو CFTR-his10 (BHK أو lysates خلية كلوة الجنين البشري) | علمLPA-2-بالوزن أو علم LPA-2-ΔSTL (lysates خلية BHK) | MRP2 (lysates خلية MDCK) | تنقية العلم، CFTR-بالوزن أو CFTR his10-(أو lysates الخلية) |
| الجسم المضاد | المضادة للمفتش CFTR | المضادة للعلم HRP | المضادة للمفتش MRP2 | المضادة للعلم HRP |
الجدول رقم 1. ملخص لمختلف المجمعات الجزيئات CFTR التي تحتوي على تجميعها في المختبر.