$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
فئة
1. بناء بلازميد جينوم CAV2 غير التكراري
ملاحظة: تم وصف جميع البلازميدات الموضحة في هذا البروتوكول سابقا7 وهي متوفرة عند الطلب.
- استنساخ GOI في بلازميد pShuttle ، باستخدام إنزيمات التقييد المناسبة ، لتوليد pShuttle-GOI (الشكل 1 أ).
- ملخص 2 ميكروغرام من pShuttle-GOI بواسطة AscI / PacI. يطلق الهضم جزء Shuttle-GOI (~ 2.9 كيلو بايت + تسلسل GOI ORF) من العمود الفقري البلازميد (2.8 كيلو بايت في الدقيقة).
- قم بتنقية جزء Shuttle-GOI بعد الرحلان الكهربائي لهلام الاغاروز ، باستخدام NucleoSpin Gel ومجموعة تنظيف PCR.
- في موازاة ذلك ، قم بهضم 1 ميكروغرام من البلازميد الجيني pCAV2 بواسطة SwaI. يحتوي بلازميد pCAV2 على موقع SwaI فريد يقع داخل منطقة E1 (الشكل 1 ب). قم بتعطيل إنزيم التقييد هذا بالحرارة عند 65 درجة مئوية لمدة 20 دقيقة.
- تحويل بكتريا قولونية مختصة بكتيريا BJ5183 مع 500 نانوغرام من جزء المكوك GOI المنقى و 100 نانوغرام من البلازميد pCAV2 الخطي لإعادة التركيب المتماثل (Figure 1B). يوزع على أطباق LB-Amp. احتضان الألواح عند 37 درجة مئوية لمدة 20 ساعة على الأقل.
- قم بإجراء تحليل تفاعل البوليميراز المتسلسل مباشرة على المستعمرات البكتيرية باستخدام مزيج EmeraldAmp الرئيسي مع بادئات أمامية (5'-CACGAGGCCCTTTCGTCTTCAA-3') وخلفية (5'-GCGGTAGTTTATCACAGTTAATTGC-3') ، في ظل ظروف ركوب الدراجات التالية: 10 دقائق عند 95 درجة مئوية (لدورة واحدة) ، 95 درجة مئوية لمدة دقيقة واحدة ؛ 58 درجة مئوية لمدة دقيقة واحدة ؛ 72 درجة مئوية لمدة 1 دقيقة / كيلو بايت (لمدة 39 دورة) ، وأخيرا 5 دقائق عند 72 درجة مئوية. يتم تضخيم ناتج 1 كيلو بايت + تسلسل GOI ORF من المستنسخة الإيجابية pCAV-GOI ، بينما لا يمكن اكتشاف أي منتج PCR باستخدام المستنسخة السلبية.
- تلقيح مستعمرتين إيجابيتين على الأقل بين عشية وضحاها كل منهما في 5 مل رطل أمبير متوسط عند 37 درجة مئوية في شاكر (220 دورة في الدقيقة).
- استخراج الحمض النووي البلازميد باستخدام مجموعة البلازميد Nucleospin. قم بتحويل بكتيريا الإشريكية القولونية DH5α المختصة مع حصة من كل إعداد للحمض النووي. انشر التعليق البكتيري على ألواح LB-Amp واحتضنه طوال الليل عند 37 درجة مئوية.
- تلقيح مستعمتين من كل استنساخ إيجابي طوال الليل في 3 مل LB-amp وسط عند 37 درجة مئوية في شاكر (220 دورة في الدقيقة). استخراج الحمض النووي البلازميد باستخدام مجموعة البلازميد Nucleospin.
- هضم الحمض النووي الناتج وبلازميد pCAV2 الأبوي (كعنصر تحكم) باستخدام NdeI. نمط تقييد pCAV2 الأبوي هو 14.8 كيلو بايت و 9 كيلو بايت في الثانية و 7.9 كيلو بايت و 1.6 كيلو بايت في الدقيقة. يتم إدراج كاسيت تعبير الحكومة العراقية داخل جزء 7.9 كيلو بايت ويحتوي على موقع NdeI واحد على الأقل ، أي موقع واحد في الكاسيت والمواقع المحتملة الموجودة في الحكومة العراقية.
- حدد الإنشاءات الإيجابية وانتقل إلى الخطوة 2 مع 2 على الأقل من المستنسخة المستقلة.
< p class = "jove_title" >2. تعداء بلازميد جينوم CAV2 المؤتلف إلى خلايا DK-E1
ملاحظة: النواقل غير التكاثرية المشتقة من CAV2 هي كائنات معدلة وراثيا مصنفة على أنها مستوى السلامة البيولوجية 2 (BSL-2) ، بينما يصنف استخدامها في النماذج الحيوانية على أنه BSL-1. يرجى استخدام تدابير الاحتواء ومعالجة النفايات المناسبة ، بما في ذلك معدات الحماية الشخصية ، والعمل تحت أغطية التدفق الصفحي BSL-2.
- قبل يوم واحد من التعدي ، قم بزرع خلايا DK-E1 على طبق من 6 آبار. تنمو الخلايا عند 37 درجة مئوية و 5٪ ثاني أكسيدالكربون 2 ، في وسط النسر المعدل من Dulbecco (DMEM) مع نسبة عالية من الجلوكوز ، ويحتوي على 7٪ مصل ربلة الساق الجنينية المعطلة بالحرارة (FCS) ، و 1 ملي مولار بيروفات الصوديوم ، و 100 وحدة / مل بنسلين / 100 ميكروغرام / مل من الستربتومايسين. يجب أن تكون الخلايا 70-80٪ ملتقية للتعداد.
- هضم 2 ميكروغرام من بلازميد pCAV-GOI مع AscI ، لتحرير التسلسل غير الفيروسي للبلازميد. تحقق من نمط التقييد الناتج عن طريق الرحلان الكهربائي لجل الاغاروز بنسبة 0.8٪. يجب أن ينتج عن الهضم جزء ~ 31 كيلو بايت يحتوي على الجينوم المؤتلف وجزء 2 كيلو بايت يتوافق مع العمود الفقري للبلازميد.
- امزج الحمض النووي المهضوم مع 200 ميكرولتر من Jet Prime Buffer عن طريق الدوامة لمدة 10 ثوان. أضف 4 ميكرولتر من Jet Prime واخلطه عن طريق الدوامة لمدة 10 ثوان. قم بالتدوير لفترة وجيزة لإزالة القطرات واحتضانها لمدة 10 دقائق في درجة حرارة الغرفة.
- أضف مزيج التعداء بالتنقيط على الخلايا. رج الأطباق برفق لتوزيع المزيج بالتساوي واحتضانه عند 37 درجة مئوية.
< p class = "jove_title" >3. انتشار CAV2 المؤتلف
- بعد أسبوع واحد من التعداء ، اجمع الخلايا ووسط الثقافة في أنبوب بولي بروبيلين سعة 15 مل. قم بتعطيل الخلايا بثلاث دورات تجميد وذوبان (-80 درجة مئوية / 37 درجة مئوية) وقم بمسح المحللة عن طريق الطرد المركزي لمدة 10 دقائق عند 1,800 × جم.
- اجمع المادة الطافية وخزنها في درجة حرارة -20 درجة مئوية لانتشار الفيروس لاحقا.
- إصابة طبقة أحادية التقاء بنسبة 80-90٪ من خلايا DK-E1 المزروعة في بئر واحد من 6 آبار مع 0.5 مل من المادة الطافية المحتوية على الفيروس. احتضان عند 37 درجة مئوية لمدة 1 ساعة ، تحت تحريض خفيف. قم بإزالة اللقاح واستبدله ب 1.5 مل من DMEM الكامل الذي يحتوي على 5٪ FCS معطل حراريا.
- احتضان الخلايا عند 37 درجة مئوية لمدة 3-4 أيام. يجب مراقبة الخلايا يوميا لظهور تأثير الاعتلال الخلوي (CPE ، الأشكال 2 أ-ب). إذا لم يكن CPE واضحا مرئيا ، فقم بحصاد الخلايا بعد 4 أيام من الزراعة وكرر الخطوات 3.1-3.4.
- عندما يؤثر CPE الواضح على غالبية الخلايا ، عادة بعد 2-4 جولات تضخيم فيروسية ، اجمع الخلايا ذات وسط المزرعة وقم بالتجميد والذوبان 3x كما هو موضح أعلاه. يصيب 80-90٪ من خلايا DK-E1 المتقاربة المزروعة في ثلاثة أطباق لزراعة الأنسجة بقطر 10 سم ، باستخدام 0.5 مل من المادة الطافية المحتوية على الفيروس في كل مرة.
- بعد 3-4 أيام (عند اكتمال CPE) ، قم بحصاد الخلايا من هذه الأطباق مقاس 10 سم ، وقم بتعطيلها مرة أخرى بثلاث دورات تجميد وذوبان ، وقم بمسح المحللة عن طريق الطرد المركزي لمدة 10 دقائق عند 1,800 × جم ، وجمع المواد الطافية وتخزينها عند -20 درجة مئوية لتضخيم CAV2 على نطاق واسع.
فئة
4. تنقية CAV2 على نطاق واسع
- تصيب 80-90٪ من الطبقات الأحادية المتجمعة من خلايا DK-E1 المزروعة في أربعين طبقا لزراعة الأنسجة بقطر 10 سم. لكل طبق ، استخدم 0.1 مل من المادة الطافية المحتوية على الفيروسات المخففة في 1 مل من DMEM الكامل بدون FCS. احتضان الخلايا عند 37 درجة مئوية لمدة 3 إلى 4 ساعات تحت تحريض خفيف. أضف 5 مل من DMEM الكامل المكمل ب 5٪ FCS.
- احتضن لمدة 3 أيام. حصاد الخلايا المصابة من أطباق الأربعين 10 سم في أنابيب البولي بروبلين سعة 50 مل. خلايا الحبيبات عند 1,200 × جم لمدة 10 دقائق عند 4 درجات مئوية وأعد تعليقها في 15 مل من وسط DMEM.
- تعطيل الخلايا بثلاث دورات تجميد وذوبان (-80 درجة مئوية / 37 درجة مئوية). قم بإزالة بقايا الخلية عن طريق الطرد المركزي عند 1,800 × جم لمدة 10 دقائق وتخزين المادة الطافية عند -20 درجة مئوية قبل تنقية الجسيمات الفيروسية.
- قم بإعداد تدرج CsCl متقطع في أنبوب فائق الوضوح سعة 14 مل. أولا ، صب 2 مل من محلول CsCl (1.40 جم / مل في محلول ملحي مخزن بالفوسفات) في قاع الأنبوب. ثم أضف ببطء 2 مل من محلول CsCl (1.25 جم / مل في محلول ملحي مخزن بالفوسفات) فوق المحلول الأول.
- قم بتحميل المادة الطافية الفيروسية بعناية أعلى تدرج CsCl. املأ الأنبوب بالزيت المعدني حتى 2-3 مم من الأعلى. جهاز طرد مركزي لمدة 1.5 ساعة عند 130,000 × جم و 18 درجة مئوية في دوار SW40 متأرجح.
- بعد الطرد المركزي ، يظهر شريطان أبيضان بوضوح عند الواجهة بين طبقتي محلول CsCl 2 (الشكل 2C). باستخدام إبرة 21 جم وحقنة ، اجمع الشريط السفلي الذي يحتوي على جزيئات CAV2 الناضجة عن طريق الثقب الجانبي. حاول قدر الإمكان تجنب جمع النطاق العلوي ، الذي يتوافق مع الجزيئات الفيروسية الفارغة.
- قم بإعداد تدرج مستمر من CsCl في أنبوب شفاف سعة 14 مل عن طريق خلط الجزيئات الفيروسية المجمعة بمحلول CsCl (1.34 جم / مل في محلول ملحي مخزن بالفوسفات). املأ الأنبوب بالزيت المعدني حتى 2-3 مم من الأعلى. جهاز طرد مركزي لمدة 18 ساعة عند 130,000 × جم و 18 درجة مئوية في دوار SW40 متأرجح.
- بعد الطرد المركزي ، اجمع الشريط الأبيض المحتوي على CAV2 بثقب جنبا إلى جنب باستخدام حقنة كما هو موضح أعلاه. مرة أخرى ، حاول تجنب جمع النطاق العلوي المتبقي. يجب أن يكون هذا أسهل في هذا التدرج المستمر ، الذي يفصل بين الشريطين بشكل أفضل. يجب ألا يتجاوز الحجم الإجمالي للتعليق الذي تم جمعه 2 مل.
- قم بموازنة عمود Sephadex G-25 PD-10 مع 30 مل من PBS.
- قم بتحميل التعليق الفيروسي وتخلص من التدفق.
- Elute مع كسور 500 ميكرولتر من PBS. اجمع الكسور 5-7 ، والتي تحتوي عادة على جزيئات CAV2 المحلاة. يمكن التعرف بسهولة على الكسور المحتوية على الفيروس لأنها لامعة. أضف 150 ميكرولتر من الجلسرين إلى 1.5 مل من معلق CAV2 واحفظه في حصص عند -80 درجة مئوية.
5. معايرة CAV2 عن طريق تخفيف نقطة
النهاية
- قم بإذابة كمية من الفيروس المنقى على الجليد وقم بإجراء تخفيفات متسلسلة بمقدار 10 أضعاف (تتراوح من 10-2-10-12) في DMEM الخالي من المصل.
- أضف 50 ميكرولتر من كل تخفيف فيروسي في 5 آبار من صفيحة 96 بئرا. أضف 1.5 × 104 خلايا DK-E1 في كل بئر. احتضان اللوحة عند 37 درجة مئوية و 5٪ ثاني أكسيد الكربون2 لمدة 5 أيام.
- في اليوم 5 بعد الإصابة ، راقب مظهر CPE عن طريق الملاحظة المجهرية (الأشكال 2A-B). يتم تحديد العيارات المعدية على أنها جرعات متوسطة معدية لزراعة الأنسجة (TCID50) ، باستخدام الطريقة الإحصائية Reed and Muench13.