$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
1. جمع الخمور السوداء وتحضير الخمور السوداء لثقافات النمو
- اجمع عينة من الخمور السوداء من صمام المخرج المتصل بجهاز هضم الكرافت في زجاجة زجاجية معقمة واتركها لتبرد حتى تصل إلى درجة حرارة الغرفة قبل متابعة الخطوات التالية.
تحييد
- أضف 100 مل من عينة الخمور السوداء إلى دورق سعة 500 مل مزود بشريط تحريك.
- ضع الدورق على طبق تقليب واضبط السرعة على متوسطة.
- أضف قطرات من حمض الفوسفوريك ببطء حتى يصبح السائل الأسود لزجا (لزوجة مشابهة للجلسرين).
قم - بتجميع كل محلول الخمور السوداء عن طريق سكبه ببطء في أنابيب مخروطية سعة 50 مل وأجهزة طرد مركزي بمعدل 9,300 × جم لمدة 30 دقيقة.
- ضع المادة الطافية في الدورق وقم بقياس الرقم الهيدروجيني باستخدام شرائط اختبار الأس الهيدروجيني. يمكن التخلص من حبيبات اللجنين المترسب ومعالجتها كنفايات صلبة غير خطرة.
- استمر في إضافة حمض الفوسفوريك والطرد المركزي للمحلول حتى تشير شرائط الأس الهيدروجيني إلى درجة حموضة محايدة للمادة الطافية.
تعقيم
- مرر المحلول عبر مرشح 0.22 ميكرومتر لإزالة أي بكتيريا ملوثة وضع المحلول المصفى في وعاء معقم للتخزين. يحفظ في درجة حرارة الغرفة.
< p class = "jove_title" >2. استخراج Lignocellulose
< p class = "jove_step" >فصل الكربوهيدرات
- ضع 5 جم من عشب التبديل أو الصنوبر أو عشب برمودا (مطحون إلى 1 مم أو حجم جزيئات أصغر) في قارورة إرلينماير سعة 500 مل. ثم أضف 200 مل من الماء المقطر أو منزوع الأيونات ، و 7.5 جم من NaClO2 ، و 2.5 مل من حمض الخليك الجليدي ، وشريط تحريك إلى القارورة.
- ضع القارورة في حمام زيت يوضع فوق طبق التحريك عند 80 درجة مئوية لمدة 1 ساعة. اضبط سرعة لوح التقليب على متوسطة.
- أضف 7.5 جم إضافي من NaClO2 و 2.5 مل من حمض الخليك الجليدي إلى القارورة. استمر في التقليب عند 80 درجة مئوية في حمام الزيت لمدة 30 دقيقة.
- كرر الخطوة السابقة 2x (ملاحظة: يضاف ما مجموعه 30 جم من NaClO2 و 10 مل من حمض الخليك الجليدي إلى القارورة التي تحتوي على الكتلة الحيوية lignocellulosic). قم بتبريد المحلول إلى درجة حرارة الغرفة.
- ضع ورقة من ورق الترشيح في قمع Büchner. ضع القمع أعلى قارورة الذراع الجانبية وقم بتثبيته بالمكنسة الكهربائية.
- صب المحلول ببطء في القمع.
- اغسل المادة الصلبة 3 مرات ب 100 مل من الماء المقطر أو منزوع الأيونات. تخلص من المرشح بعد غسل المادة الصلبة.
- احتفظ ب 1 جم من المادة الصلبة وضعها على ورقة نظيفة من ورق الترشيح.
- جفف هذه المادة الصلبة طوال الليل في فرن 50 درجة مئوية. بعد إخراج العينة من الفرن ، ضعها في قارورة تخزين مكتوب عليها "holocellulose".
- أضف المادة الصلبة المتبقية إلى 250 مل من 10٪ هيدروكسيد الصوديوم (حجم / حجم) في قارورة إرلينمايير سعة 500 مل. قم بتغطية القارورة بسدادة.
- ضع المحلول في حاضنة عند 70 درجة مئوية لمدة ساعة واحدة مع الرج عند 250 دورة في الدقيقة.
- قم بتبريد المحلول لمدة 30 دقيقة في درجة حرارة الغرفة.
- قم بإزالة المادة الصلبة باستخدام ورق الترشيح وقمع Büchner المتصل بقارورة الذراع الجانبية.
- انقل المادة الصلبة على ورقة نظيفة من ورق الترشيح إلى فرن 50 درجة مئوية واتركها تجف طوال الليل.
- بعد أن تجف البقايا ، ضعها في قارورة تخزين وقم بتسميتها "السليلوز".
- انقل المرشح من الخطوة 2.13 إلى قارورة إرلينماير سعة 500 مل وأضف 30 مل من حمض الأسيتيك و 250 مل من كحول الأيزوبروبيل. قم بتغطية القارورة وضع المحلول على سطح المقعد لمدة 8 ساعات على الأقل في درجة حرارة الغرفة.
- انقل كل المحلول إلى أنابيب مخروطية سعة 50 مل وقم بالطرد المركزي للمحلول عند 9,300 × جم لمدة 30 دقيقة.
- أعد تعليق الحبيبات في 30 مل من الماء المقطر أو منزوع الأيونات عن طريق الدوامة.
- كرر الخطوات 2.17-2.18 15x لغسل الحبيبات جيدا.
- قم بإزالة المادة الطافية واحتفظ بالحبيبات للتجفيف بالتجميد. بمجرد تجفيفها بالتجميد ، اجمع العينة وضعها في قارورة تحمل علامة "هيميسليلوز".
فصل اللجنين
بروتوكول فصل اللجنين على أساس Karaaslan et al. 12
- أضف 5 جم من عشب التبديل أو الصنوبر أو عشب برمودا (مطحون إلى 1 مم أو حجم جسيمات أصغر) إلى 500 مل من محلول 0.25 M هيدروكسيد الصوديوم و 30٪ إيثانول. ضع الملاط في حاضنة عند 75 درجة مئوية مع الرج عند 250 دورة في الدقيقة لمدة ساعتين.
- قم بتبريد المحلول إلى درجة حرارة الغرفة.
- ضع ورقة من ورق الترشيح في قمع Büchner فوق قارورة الذراع الجانبية. نعلق على فراغ وصب المحلول ببطء في القمع.
- تجاهل المواد الصلبة.
- أضف قضيب التحريك إلى القارورة التي تحتوي على المرشح وضع القارورة فوق طبق التحريك المضبوطة على سرعة متوسطة. أضف حمض الهيدروكلوريك المركز بالتنقيط إلى المحلول حتى يتم الحصول على درجة حموضة 2.0 (حوالي 20 مل).
- اترك المحلول المحمض طوال الليل في درجة حرارة الغرفة.
- الطرد المركزي المحلول عند 9,300 × جم لمدة 30 دقيقة في أنابيب مخروطية. قم بإخراج المحلول بعناية من الأنبوب المخروطي وتخلص منه.
- أعد تعليق الحبيبات في 30 مل من الماء المقطر أو منزوع الأيونات عن طريق الدوامة.
- كرر الخطوات 2.27-2.28 15x لغسل الحبيبات جيدا.
- بعد الطرد المركزي ، قم بإزالة المادة الطافية واحتفظ بالحبيبات للتجفيف بالتجميد. بمجرد تجفيفها بالتجميد ، ضع العينة في قارورة تحمل علامة "اللجنين".
< ص الفئة = "jove_title">3. تحضير ثقافات النمو الميكروبية
فئة < p = "jove_step" >لوحات أجار
- أضف 0.2٪ (وزن / حجم) من منتجات استخراج اللجنوسليلوز المعقمة إلى M9 الحد الأدنى من الوسائط13 أجار قبل صب الألواح.
- صفائح صلبة متصلة بحوالي 200 أولتر من الثقافة البكتيرية المزروعة في وسائط M9 البسيطة مع OD حوالي 2.0.
- احتضان الألواح عند 37 درجة مئوية ومراقبة النمو.
الثقافات السائلة
- أضف 50 مل من وسائط Luria-Bertani المعقمة13 أو M9 MinimalMedia 13 إلى قارورة معقمة سعة 125 مل. أضف الخمور السوداء بنسبة 10٪ (حجم حجم / حجم) أو 0.2٪ (وزن / حجم) من منتجات استخراج اللجنوسليلوز.
- تلقيح الوسائط بنسبة 0.1٪ (حجم / حجم) من مزرعة بكتيرية عند OD يبلغ حوالي 2.0.
- احتضان المزارع عند 37 درجة مئوية مع الاهتزاز عند 200 دورة في الدقيقة.
- قم بتقييم النمو كل 6 ساعات خلال فترة الاستزراع عن طريق قياس الكثافة البصرية (λ = 600 نانومتر). ضع 1 مل من المزرعة في كوفيت. تحديد الكثافة البصرية للثقافة المفرغة ضد الوسائط غير الملقحة.
- انقل البكتيريا إلى زجاجة مصل لاهوائية في منتصف مرحلة السجل.
- لتحضير زجاجة المصل اللاهوائي: أغلق زجاجة المصل بسدادة مطاطية من البوتيل وسطح تجعيد من الألومنيوم تحت الظروف الهوائية والأوتوكلاف. لا تقم بتعديل مسافة الرأس داخل زجاجة المصل بعد التعقيم.
- انقل المزرعة الكاملة سعة 50 مل من قارورة 125 مل إلى زجاجة المصل المعقمة محكمة الغلق باستخدام حقنة.
- احتضان عند 37 درجة مئوية مع الاهتزاز عند 200 دورة في الدقيقة.
< p class = "jove_title" >4. إعداد عينة ل GC-MS
قم بإعداد العينات وفقا ل Raj و Reddy و Chandra14. يتكون التحكم السلبي المستخدم للمقارنة من وسائط M9 البسيطة مع 10٪ من الخمور السوداء ويشار إليها أيضا باسم العينة غير الملقحة.
- أجهزة الطرد المركزي غير الملقحة والملقحة المزارع البكتيرية (50 مل) عند 9,300 × جم لمدة 30 دقيقة بعد 450 ساعة من الحضانة.
- انقل 10 مل من المادة الطافية إلى أنبوب اختبار زجاجي. (ملاحظة: البلاستيك غير متوافق مع المواد الكيميائية في الخطوات التالية.)
- قم بتحمض المادة الطافية باستخدام حمض الهيدروكلوريك المركز إلى درجة الحموضة 1-2.
- أضف 3 كميات من أسيتات الإيثيل (30 مل) ، وقم بتغطية الأنبوب واخلطه عن طريق قلب 4-6x.
- ضع كمية صغيرة من Na2SO4 اللامائي (1-2 جم) في أنبوب اختبار زجاجي نظيف.
- اجمع الطبقة العضوية (العلوية) بعناية من محلول أسيتات الإيثيل عن طريق سحب العينات باستخدام ماصة باستور زجاجية يمكن التخلص منها.
- ضع الطبقة العضوية في أنبوب الاختبار مع Na2SO4 اللامائية.
- قم بإزالة المياه من الطبقة العضوية فوق Na2SO4 اللامائي عن طريق النقر برفق على أنبوب الاختبار للخلط. أضيفي تدريجيا كميات صغيرة من Na2SO4اللامائي واخلطيها حتى تختفي كتل كبيرة.
- ضع ورقة من ورق الترشيح في قمع Büchner فوق قارورة ذراع جانبية متصلة بالمكنسة الكهربائية.
- صب المحلول في القمع. تجاهل المواد الصلبة.
- انقل المحلول إلى قارورة تبخير وتبخر المرشح باستخدام مبخر دوار.
- ضع 3 ملغ من بقايا استخراج أسيتات الإيثيل في قارورة كروماتوغرافيا كهرمانية سعة 2 مل.
- قم بإذابة البقايا بإضافة 100 ميكرولتر من 1،4-ديوكسان و 10 ميكرولتر بيريدين.
- أضف 50 ميكرولتر من N ، O-Bis (trimethylsilyl) ثلاثي فلورو أسيتاميد مع ثلاثي ميثيل كولورسيلان 99: 1٪ (BSTFA). ثم ضعها في حاضنة على حرارة 60 درجة مئوية مع رجها لمدة 15 دقيقة.
- قم بتخزين العينات في درجة حرارة 4 درجات مئوية حتى الاستخدام.
5. GC-MS
قم بتجهيز كروماتوجراف الغاز (GC) المرتبط بمقياس طيف الكتلة (MS) بعمود شعري غير قطبي والهيليوم كغاز ناقل بمعدل تدفق 1 مل / دقيقة.
- بعد استقرار درجة حرارة الفرن عند 50 درجة مئوية ، قم بحقن 1 ميكرولتر من العينة بنسبة انقسام 1/50.
- أمسك العمود عند 50 درجة مئوية لمدة 5 دقائق وارفعه إلى 280 درجة مئوية عند 5 درجات مئوية / دقيقة.
- حافظ على خط النقل بين كروماتوجراف الغاز ومطياف الكتلة عند 300 درجة مئوية.
- حدد تأخير المذيب لمدة 15 دقيقة.
- سجل أطياف كتلة تأين الإلكترون بين 10-500 (م / ز) بطاقة إلكترون 70 فولت.
- اشتقاق ومعيار الكروماتوجراف على النحو الوارد أعلاه. تحديد المركبات من خلال مقارنة أوقات الاحتفاظ بالمعايير أو البيانات المشتراة في قاعدة البيانات الطيفية الكتلية للمعهد الوطني للمعايير والتكنولوجيا (NIST).