مجمعات البروتين متعدد العناصر تلعب دورا حاسما خلال وظيفة الخلوية والتنمية. نحن هنا وصف الطريقة المستخدمة لعزل المجمعات البروتين الأصلي من أجنة ذبابة الفاكهة في الجسم الحي بعد يشابك تليها تنقية المجمعات crosslinked لاحقة تحليل هيكل وظيفة.
مقالة منهجية
مجمعات البروتين متعدد العناصر تلعب دورا حاسما خلال وظيفة الخلوية والتنمية. نحن هنا وصف الطريقة المستخدمة لعزل المجمعات البروتين الأصلي من أجنة ذبابة الفاكهة في الجسم الحي بعد يشابك تليها تنقية المجمعات crosslinked لاحقة تحليل هيكل وظيفة.
يتم التحكم في العديد من العمليات الخلوية عن طريق المجمعات البروتين multisubunit. كثيرا ما تشكل هذه المجمعات عابر وتتطلب البيئة المحلية لتجميع. لذلك، لتحديد هذه المجمعات البروتين وظيفية، من المهم لتحقيق الاستقرار لهم في الجسم الحي قبل تحلل الخلايا وتنقية لاحقة. نحن هنا وصف الطريقة المستخدمة لعزل كبير مجمعات البروتين حسن النية من أجنة ذبابة الفاكهة. ويستند هذا الأسلوب على permeabilization الجنين والاستقرار في المجمعات داخل الأجنة في الجسم الحي بواسطة يشابك باستخدام تركيز منخفض من الفورمالديهايد، والتي يمكن بسهولة عبر غشاء الخلية. في وقت لاحق، وimmunopurified مجمع البروتين من الفائدة تليها تنقية جل وتحليلها بواسطة مطياف الكتلة. نحن لتوضيح هذه الطريقة باستخدام تنقية مجمع البروتين تيودور، وهو أمر ضروري لتطوير سلالة الجرثومية. تيودور هو بروتين كبيرة، والذي يحتوي على مجالات متعددة تيودور - الصغيرةالوحدات التي تتفاعل مع arginines أو lysines ميثليته من البروتينات المستهدفة. هذه الطريقة يمكن تكييفها لعزل المجمعات البروتين الأصلي من الكائنات الحية والأنسجة المختلفة.
يتم تنفيذ عزل التجمعات البروتين multisubunit والمجمعات الحمض النووي RNA أو البروتين لتحديد المجمعات البروتين، ومواضع الجيني معترف بها من قبل البروتينات التنظيمية ملزمة الحمض النووي RNA أو أهداف من البروتينات ملزمة الحمض النووي الريبي. طرق مختلفة تسمح تحديد على نطاق الجينوم الحمض النووي من المواقع المعترف بها من قبل عوامل النسخ أو البروتينات لونين (رقاقة وما يليها) 1 وأهداف RNA يرتبط مع بروتين ملزمة الحمض النووي الريبي معين (CLIP وما يليها) 2. ثم يتم التسلسل عميق مكتبات cDNAs المستمدة من الحمض النووي الريبي DNA أو أهداف. استخدام هذه الأساليب الكيميائية أو عبر ربط لتحقيق الاستقرار في المجمعات تليها مناعي (IP) مع الأجسام المضادة ضد أحد مكونات البروتين من مجمع درس الناجم عن الأشعة فوق البنفسجية.
خلال تطوير كائن حي، وكثير من المجمعات البروتين تشكيل عابر. لذا، فمن الأهمية بمكان لتحليل تكوين وظيفة هذه المجمعات في الجسم الحي لفهم الآليات الجزيئية التي تتحكم في ديفelopment. ان مثل هذا التحليل في الجسم الحي تكون متفوقة على النهج في المختبر لأنه يكاد يكون من المستحيل لإعادة إنتاج تركيزات مواطن من مكونات التفاعل والبيئة البيوكيميائية الخلوية في المختبر. نحن هنا إثبات وجود في الجسم الحي النهج التي نستخدمها بنجاح لعزل البروتين المجمعات الكبيرة من أجنة ذبابة الفاكهة. في هذه الطريقة، crosslinked المجمعات البروتين في الأجنة الحية مع تركيز منخفض من الفورمالديهايد، وبعد ذلك يتم عزل المجمعات البروتين من الفائدة عن طريق IP مع الأجسام المضادة ضد عنصر معروف من المجمعات تليها هلام تطهير المجمعات وتحليل الطيف الكتلي ل تحديد مكونات معقدة غير معروفة. منذ الفورمالديهايد قادرة على تتخلل غشاء الخلية ويبلغ مداه يشابك من 2،3-2،7 Å 3، مجمعات البروتين يمكن crosslinked في الجسم الحي، ويحتمل أن تكون قريبة من بعضها البعض في مكونات معقدة. في هذه المادة ونحنتصف هذه الطريقة باستخدام عزلة تيودور (TUD) بروتين معقد كمثال على ذلك. TUD هو بروتين سلالة الجرثومية وهو أمر ضروري لتطوير سلالة الجرثومية 4-7. هذا البروتين يحتوي على 11 المجالات TUD معروفة للتفاعل مع arginines أو lysines ميثليته من البروتينية الأخرى 8-10.
في السابق، ونحن قد ولدت خط ذبابة الفاكهة المعدلة وراثيا التي تعبر HA الموسومة الوظيفية TUD 5 وبالتالي، يتم استخدام محددة لمكافحة HA الأجسام المضادة لهدم مجمع TUD بعد يشابك.
بالإضافة إلى crosslinks البروتين البروتين، يمكن أن الفورمالديهايد توليد النووي crosslinks حمض البروتين ويستخدم في التجارب رقاقة وما يليها. علاوة على ذلك، في ذبابة الفاكهة، في الجسم الحي مع يشابك الفورمالديهايد سمحت تحديد هدف الحمض النووي الريبي من البروتين RNA helicase فاسا 11.
بينما في هذه المادة ونحن تصف طريقة لفي الجسم الحي يشابك وبورification المجمعات البروتين من أجنة ذبابة الفاكهة، وهذه الطريقة يمكن تكييفها للكائنات والأنسجة الأخرى.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
1. إعداد كبيرة عصير التفاح لوحات أجار
2. ذبابة الفاكهة الأجنة جمع ومعالجة ما قبل يشابك
3. في الجسم الحي يشابك من الأجنة التي يتم جمعها
4. إعداد نموذج البروتين ومناعي
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
وقد تم تحليل فعالية يشابك وتنقية الناجح للبروتين معقد TUD crosslinked بواسطة SDS-PAGE على 3٪ - 7٪ خطوة هلام (موضح في الشكل 1)، يليه لطخة غربية (الشكل 2).
ويستند 7٪ هلام خطوة على الفصل الفعال للcrosslinked بروتين معقد TUD من البروتين المتبقية uncrosslinked TUD وتركيز المجمع - الغرض من استخدام 3٪. لدينا تحت ظروف في الجسم الحي يشابك المذكورة أعلاه، فإن نسبة كبيرة من البروتي...
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
وقد الفورمالديهايد يشيع استخدامها بوصفها كاشف يشابك لتحديد البروتين البروتين والحمض النووي البروتين التفاعلات. حسن الذوبان ونفاذية غشاء الخلية، جنبا إلى جنب مع التوافق مع الإجراءات مطياف الكتلة المصب، وجعل الفورمالديهايد وكيل المرشح المثالي لتطبيقات الخلايا يشابك 3،15-17. على وجه الخصوص، تم استخدامه بنجاح لتحديد mRNAs والمرتبطة فاسا، وhelicase الحمض النووي الريبي الخلية الجرثومية حاسما في ذبابة الفاكهة 11. بالإضافة إلى ذلك، الفورمالديهايد واحدة من أق...
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
والكتاب ليس لديهم ما يكشف.
نشكر الأردن ديفيس، يانيان لين، اريك شادلر وJimiao تشنغ للمساعدة التقنية مع هذه الدراسة. وأيد هذا العمل من قبل جبهة الخلاص الوطني وظيفيه منح MCB-1054962 لALA
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
| الاسم | الشركة | رقم فهرسي | التعليقات |
|---|---|---|---|
| ذبابة الفاكهة < / em> أجار | لاب العلمية (http://www.labscientific.com/) | FLY-8020-1 | لا تقم بتعقيم مزيج الماء والأجار لفترة طويلة من الزمن لأنه سيؤدي إلى هشاشة ألواح عصير التفاح |
| ميثيل 4-هيدروكسي بنزوات | سيجما (http://www.sigmaaldrich.com/united-states.html) | H5501 | اسم آخر: TEGOSEPT |
| قفص سكاني | Flystuff ( http://www.flystuff.com/) | 59-104 | |
| شبكة نايلون ناعمة | Flystuff (http://www.flystuff.com/) | 57-102 | عند صنع سلة التجميع ، قم بقص الشبكة أكبر قليلا من فتحة غطاء أنبوب الصقر لضمان إحكام الختم |
| Dounce homogenizer | Sigma (http://www.sigmaaldrich.com/united-states.html) | D8938-1SET | قم بتبريد الخالط على الثلج واشطفه مسبقا بمحلول التحلل البارد قبل الاستخدام لمنع تحلل البروتين |
| كوكتيل مثبط البروتياز ؛ | روش (http://www.rocheusa.com/portal/usa) | 4693132001 | يمكن استخدام PBS لتحضير محلول مخزون مثبط البروتياز المركز |
| حبات الاغاروز المضادة لحمض الهيدروكسورونيك | MBL الدولي (http://www.mblintl.com/) | 561-8 | تشتمل المجموعة أيضا على أعمدة HA-الببتيد والدوران |
| HA-peptide | MBL الدولية (http://www.mblintl.com/) | 561-8 | الاستعداد إلى 2 مجم / مل مع PBS & nbsp ؛ |
| عمود الدوران | MBL الدولي (http://www.mblintl.com/) | 561-8 | يتم تضمين أعمدة الدوران كجزء من مجموعة |
| Isopropanol | Fisher Scientific (www.fishersci.com/&lrm ؛) | BP26324 | |
| تريتون X-100 | فيشر ساينتفيك (www.fishersci.com/&lrm ؛) | BP151-500 | |
| هيبتان | فيشر العلمي (www.fishersci.com/&lrm؛) | H350-4 | |
| PBS | Invitrogen (https://www.lifetechnologies.com/us/en/home.html) | AM9625 | تمييع من 10X إلى 1X بالماء النانوي النقي قبل الاستخدام |
| الفورمالديهايد | فيشر Scientific (www.fishersci.com/) | BP531-500 | |
| جلايسين | بيوراد (www.bio-rad.com/) | 161-0724 | |
| SDS | BioRad (www.bio-rad.com/) | 161-0301 | |
| اليوريا | بيوراد (www.bio-rad.com/) | 161-0730 | |
| فينيل ميثان سولفونيل فلوريد | سيجما (http://www.sigmaaldrich.com/united-states.html) | P7626-1G | قم بإعداد محلول مخزون 200 ملي مولار في الأيزوبروبانول ثم قم بتخفيفه إلى تركيز عمل يبلغ 2 ملي مولار في عازلة التحلل |
| IGEPAL CA-630 | Sigma (http://www.sigmaaldrich.com/united-states.html) | I8896-50ML | |
| Tween 20 | Fisher Scientific (www.fishersci.com/&lrm ؛) | BP337-100 | |
| أنابيب 15 مل الولايات | المتحدة الأمريكية العلمية (http://www.usascientific.com/) | 1475-0511 | |
| مبيض | ماركة | تمييع بحجم متساو من الماء النقي النانوي لصنع 50٪ مبيض | |
| 50 مل أنابيب | BD Biosciences (http://www.bdbiosciences.com/home.jsp) | 352098 | |
| منخل الطبقة العليا | فيشر Scientific (www.fishersci.com/&lrm ؛) | 04-884-1AK | |
| غربال الطبقة السفلية | فيشر العلمية (www.fishersci.com/&lrm ؛) | 04-884-1 بكالوريوس |
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه
طلب إذن