مقالة منهجية

قياسات الوقت الحقيقي من البروتين غشاء: مستقبلات التفاعلات عن طريق مأكل السطح الرنين (SPR)

DOI:

10.3791/51937

نوفمبر 29, 2014

في هذه المقالة

ملخص

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

سطح مأكل مثل الطحين الرنين (SPR) هو وسيلة خالية من التسمية للكشف عن التفاعلات الحيوية الجزيئية في الوقت الحقيقي. هنا، على بروتوكول لبروتين الغشاء: وصفت التجربة تفاعل مستقبلات، أثناء مناقشة إيجابيات وسلبيات هذه التقنية.

الملخص

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تعتبر تفاعلات البروتين والبروتين محورية لمعظم العمليات الفسيولوجية ، إن لم يكن كلها ، وفهم طبيعة هذه التفاعلات هو خطوة مركزية في البحث البيولوجي. رنين البلازمون السطحي (SPR) هو تقنية كشف حساسة لدراسة خالية من الملصقات للتفاعلات الجزيئية الحيوية في الوقت الفعلي. في تجربة SPR نموذجية ، يتم تثبيت أحد المكونات (عادة ما يكون بروتينا يسمى "الترابط") على سطح شريحة المستشعر ، بينما الآخر ("المادة التحليلية") حر في المحلول ويتم حقنه على السطح. يتم قياس ارتباط وتفكك المادة التحليلية عن الترابط ورسمها في الوقت الفعلي على رسم بياني يسمى الرسم البياني ، والذي يتم اشتقاق بيانات ما قبل التوازن والتوازن. نظرا لكونها خالية من الملصقات ، واستهلاك كميات منخفضة من المواد ، وتوفير بيانات حركية ما قبل التوازن ، غالبا ما تجعل SPR الطريقة المفضلة عند دراسة ديناميكيات تفاعلات البروتين. ومع ذلك ، يجب على المرء أن يضع في اعتباره أنه نظرا للحساسية العالية للطريقة ، يجب تحليل البيانات التي تم الحصول عليها بعناية ودعمها بطرق كيميائية حيوية أخرى.

SPR مناسب بشكل خاص لدراسة بروتينات الغشاء لأنه يستهلك كميات صغيرة من المواد النقية ، ومتوافق مع الدهون والمنظفات. يصف هذا البروتوكول تجربة SPR التي تميز الخصائص الحركية للتفاعل بين بروتين الغشاء (ناقل ABC) والبروتين القابل للذوبان (بروتين ربط الركيزة المماثل للناقل).

المقدمة

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تفاعلات البروتين البروتين (PPI)؛ تشكيل والتفكك المجمعات البروتين، هي الأحداث الرئيسية في العديد من العمليات البيولوجية (على سبيل المثال، والنسخ، والنسخ والترجمة والإشارات والاتصالات خلية خلية). وغالبا ما تجرى دراسات شبه الكمية للPPI باستخدام التجارب المناعية هطول الأمطار المنسدلة أو. ومع ذلك، فإن هذه (وما شابهها) التقنيات محدودة في حدود الانتماءات التي يمكن قياسها (منخفض مكرومولي وأعلى النسب) وذلك بسبب خطوات الغسيل التي هي ملازمة لمثل هذه التقنيات. هذه التقنيات "نقطة النهاية" لا يمكن تحديد التفاعلات تقارب عابرة أو المنخفضة التي غالبا ما تكون من العواقب البيولوجية كبيرة. وبالإضافة إلى ذلك، فإن القرار الزماني لهذه النهج محدودة جدا، وعادة أوامر من حجم أبطأ من معدلات التفاعل. SPR يتغلب على هذه العيوب نتيجة لحالة من الحساسية وقراره الصدغي العلوي 1،2. SPR هي طريقة خالية من التسمية، وعلى هذا النحوويمكن قياس التفاعل الجزيئي (طالما أن يتم الكشف عن التغييرات الكتلة). بالإضافة إلى مؤشر أسعار المنتجين، وقد تم استخدامه على نطاق واسع لوصف البروتين يجند والبروتين المخدرات (أو جزيء صغير)،-DNA والبروتين، وتفاعلات البروتين RNA 3-5. وتسجل النتائج وتآمر في الوقت الحقيقي، والذي تمكن من تعديل السريع للظروف تجريبية والتصميم التجريبي مرونة.

مبدأ المادية وراء أدوات SPR مقرها هو الاستفادة من النظام البصري الذي يقيس تغيير معامل الانكسار على سطح استشعار على تغيير كتلة 2. ويجمد أحد الشركاء التفاعل (الآخرة يجند) على شريحة البوليمر المصفوفة والجزيء الثاني (الآخرة الحليلة) وتدفقت على السطح. الحليلة ملزمة ليجند يغير كتلة على سطح رقاقة. ويرتبط هذا كتلة التغيير مباشرة وبشكل متناسب مع التغيرات في معامل الانكسار من السطح. يتم رسم النتائج في الوقت الحقيقي، وكما عرضت وحدة استجابة (RU) بوصفها وظيفة من الزمن. ويطلق على مثل هذه المؤامرة على sensogram (على سبيل المثال، الشكل 1). منذ SPR يتبع دوام كامل للتفاعل، وتستمد قبل التوازن الثوابت معدل الحركية، بالإضافة إلى التوازن الانتماءات. كما هو مفصل أدناه، سلوك ما قبل توازن نظام معين يحمل الكثير من المعلومات، ويوفر وجهة نظر مختلفة جدا من التوازن وحدها. مرة واحدة يتم معايرة النظام، والتجارب سريعة جدا وتتطلب كميات صغيرة فقط من مادة البروتين (ميكروجرام لنانوغرام كميات). جمع المعلومات الحركية الكاملة لنظام معين لا يمكن أن يتحقق في غضون أيام. حساسية عالية من SPR تتيح القياسات التي لا يمكن استخدام أي تقنية أخرى (6). ومع ذلك، هذه الحساسية العالية هو "سيف ذو حدين" لأنه يمكن أن تكون مصدرا رئيسيا للبيانات إيجابية كاذبة. يتم تسجيل أي عامل يؤثر على مؤشر يعكس وتآمر على sensogram. على هذا النحو، ا ف بيجب استخدام الضوابط مالئمة للقضاء على ايجابيات كاذبة، وينصح للغاية بدعم من نهج تكميلية.

ويوضح الشكل (1) تطور تجربة البرنامج الخاصة باستخدام رقاقة الاستشعار NTA المغلفة. وsensogram في لوحة ويظهر حقن أيونات النيكل على مصفوفة NTA (بيانات unsubtracted)، والألواح BD عرض البيانات بعد طرح إشارة المشتقة من خلية مراقبة سلبية. الأحمر والأسهم الزرقاء تظهر حقن بداية ونهاية، على التوالي. الشلل في يجند على رقاقة يغير تدريجيا كتلة حتى يتم إنهاء الحقن. الهضبة مستقرة لوحظ بعد انتهاء الحقن يجند لتعكس جمعية مستقرة من يجند إلى السطح (الشكل 1B، دورة 2). مرة واحدة يتم التوصل إلى خط الأساس مستقر يتم حقن منطقة عازلة على يجند والخلية المرجعية (1B الشكل، دورة 3) يخدم حقن .هذا ك "السيطرة على بياض"، وسيكونتطرح أثناء التحليل. على حقن، يتم تسجيل التغييرات الطفيفة، مما يعكس تدفق كتلة من خلال رقاقة. ثم في دورة منفصلة (1B الشكل، ودورة 4)، يتم حقن الحليلة. الزيادة التدريجية في RU تمثل جمعية الحليلة ليجند. مواقع الربط تصبح احتلت تدريجيا حتى يتم التوصل إلى التوازن. حالما ينتهي الحقن، وانخفاض البرازيلية يعكس تفارق المجمع. من مثل sensograms قبل التوازن، والتوازن الثوابت معدل يمكن أن تستمد (انظر لاحقا). الشكل 1 يصور التفاعل عابرة بين يجند وتحليلها. عندما يكون التفاعل أكثر استقرارا، وانخفاض في مستوى RU أبطأ، ما يعكس انخفاض ك د.

هنا، نحن تصف تجربة البرنامج الخاصة التي تهدف إلى تحديد خصائص التفاعل بين نقل الغشاء (المنظفات تذوب) وشريك وظيفية لها، ركيزة لها وما شابه ذلك البروتين 6،7 ملزمة. وزارة الدفاع المختارنظام ايل هو ATP كاسيت ملزمة (ABC) نقل، ModBC-A من Archeaglobus fulgidus. وقد تم اختيار هذا النظام لنتائجها استنساخه للغاية، إشارة إلى ارتفاع نسبة الضوضاء، والكلاسيكية "تشغيل / إيقاف" أسعار الفائدة. بالإضافة إلى ذلك، تتوفر لخدمة ضوابط السلبية أهمية عن النقل المتماثلات ABC. الناقل، يتم استخراج ModBC (يجند A) من الغشاء باستخدام المنظفات وتنقيته وثبتوا على رقاقة. من ذوبان شريك التفاعل، مودا، هو الحليلة. كعنصر تحكم يجند سلبي، يتم استخدام مختلف RbsBC نقل ABC ("يجند B").

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. عينة البروتين وإعداد العازلة

  1. نموذج إعداد: تنقية البروتينات من الفائدة وتأكد من إزالة جميع الركام، عن طريق حقن البروتين قبل التجربة على عمود هلام الترشيح أو عن طريق تنبيذ فائق (عادة 10 دقيقة في 100،000 x ج كافية).
    ملاحظة: على الرغم من المرغوب فيه، والأعمال التحضيرية البروتين النقي للغاية ليست لا بد منه. تم SPR استخدمت بنجاح مع التنقيات أقل من الكمال، وحتى مع إجمالي استخراج 8،9.
  2. إعداد العازلة:
    1. إعداد المخزن المؤقت للتجربة (وهو ما يسمى "تشغيل عازلة"، أو RB). لبروتوكول الموصوفة هنا، استخدم 50 ملي تريس، حمض الهيدروكلوريك درجة الحموضة 7.5، 150 مم كلوريد الصوديوم و 0.05٪ (ث / ت) DDM (ن-دوديسيل β-D-مالتوزيد). نضع في اعتبارنا أن اختيار تركيبة عازلة يمكن تعديلها بسهولة وفقا لنظام دراستها.
    2. تصفية جميع المخازن وعينات البروتين باستخدام مرشحات 0.22 ميكرون. تأكد مقدما أن المرشحات بروتينمتوافقة. بشكل عام، ومنصات SPR تسويقها مؤخرا تحتوي على دي جاسر في الخط؛ إذا لم تكن هذه هي الحالة، الغاز دي المخازن المؤقتة السابقة للاستخدام.
    3. Dialyze بين عشية وضحاها أو تمييع عينات ضد RB لتجنب عدم التطابق العازلة. غسيل الكلى (أو أي طريقة أخرى لصرف عازلة) ينصح وخاصة عند استخدام المواد الكيميائية من اللزوجة العالية (على سبيل المثال، والسكروز، الجلسرين، DMSO). قبل توصيل زجاجة RB إلى مدخل المضخة تبقي جانبا 10 مل من RB في أنبوب منفصل.
  3. تمييع الأسهم يجند المركز إلى RB إلى تركيز النهائي من ~ 20 ميكروغرام / مل. وكقاعدة عامة من الإبهام، لمستقر تجميد يجند، واستخدام تركيزات منخفضة يجند مع حقن أطول في التدفق المنخفض، بدلا من تركيزات عالية، وتدفق عالية وحقن أقصر.
  4. تمييع الحليلة في RB إلى التركيز المطلوب. عادة، اختبار مجموعة من تركيزات لنظام تقارب غير معروف من 10 ميكرومتر إلى 10 نانومتر في التخفيفات عشرة أضعاف. تبدأ دائمامع انخفاض تركيزات أولا.

2. رقاقة الاستشعار

  1. اختيار رقاقة: استخدام nitrilotriacetic الحمضيه (NTA) رقاقة بالإضافة مناسبة لالتقاط البروتينات مع علامة، بنسبة ضئيلة الحامض الاميني.
  2. استخدام رقاقة:
    1. عند استخدام شريحة جديدة، واتخاذ رقاقة الخروج من غمد، وشطف بلطف بالماء المقطر مزدوج (DDW)، تجف من السوائل المتبقية بعناية باستخدام ممسحات الحساسة، والتأكد من عدم لمس سطح طبقة الذهب. وضع رقاقة مرة أخرى إلى غمده في الاتجاه الصحيح (والإدراج على نحو سلس عندما يتم وضع رقاقة بشكل صحيح).
    2. عندما إعادة استخدام شريحة، واخراج رقاقة تخزينها من المخزن المؤقت، وشطف جيدا مع أحواض دبي الجافة العالمية والجافة بلطف كما ذكر أعلاه، ومكان في غمد الأصلي.
      ملاحظة: تراكم المواد غير المرغوب فيه غير محددة على رقاقة يمكن أن تؤثر في 'جدوى'. هذا يمكن رصدها من خلال مقارنة روس قبل تجميد يجند وبعد تجريد. على الرغم من العديد من القياسات يمكن أن يكونيتم ذلك باستخدام نفس NiNTA رقاقة، قضية طول العمر ليست "واضحة المعالم" وتختلف اختلافا كبيرا بين رقائق مختلفة.
  3. رقاقة لرسو السفن: فتح الباب رقاقة الاستشعار ووضع رقاقة في غمده. عند استخدام شريحة جديدة، والرقم التسلسلي إدخال رقاقة للحفاظ على سجل الاستخدام. أغلق الباب واضغط على "رقاقة قفص الاتهام".

3. ضبط درجة الحرارة

  1. ضبط درجة الحرارة خلية رقاقة إلى 25 درجة مئوية (أو درجة حرارة التجربة المفضلة).
  2. اختياري: تعيين مقصورة عينات إلى 7 ° C للحفاظ على البروتينات مستقرة في كافة مراحل التجربة.

4. حلول لتحميل وتجريد

إعداد الحلول التالية لتحميل وتجريد: 0.5 ملي NiCl 2 في RB، 350 ملي EDTA في RB (إضافة المنظفات لحل EDTA إلى التركيز النهائي كما هو الحال في RB)، 0.25٪ SDS في H 2 O، و 100 ملم حمض الهيدروكلوريك في H 2 O. عند استخدام الحوض الصغير الطرد المركزيوفاق وليس SPR أنابيب المعينة، لا تنسى أن قطع قبعات من الأنابيب.

5. رئيس الصك SPR مع RB

6. بدء تشغيل جديد

  1. ضبط معدل تدفق التي سيتم استخدامها أثناء التجربة. للحصول على النتائج الموضحة هنا ضبط تدفق إلى 50 ميكرولتر / دقيقة.
    ملاحظة: يمكن تعديل هذه المعلمة أثناء التجربة.
  2. تحديد مسارات تدفق والطرح المرجعية. للحصول على النتائج الموضحة هنا تعيين مسارات التيسير = 1 و FC = 2 والطرح التيسير = 2-1.
    ملاحظة: سيقوم البرنامج عرض في الوقت الحقيقي الطرح خليتين قياسها. نضع في اعتبارنا أن هذه المعلمة لا يمكن تغييرها أثناء التجربة.
  3. اختيار العينة رف مناسب (أنها يمكن أن تؤثر على استهلاك حجم العينة).
  4. حفظ الملف النتائج.

7. دورات تجربة

ويتكون كل تجربة من دورات، الاحتفاظ بسجل واضح لحقن به في EAدورة الفصل، والفصل بين تحميل وبروابط، حقن فارغة في المخزن المؤقت، وحقن تحليلها في دورات مختلفة.

  1. دورة 1: إعداد رقاقة والنيكل تحميل
    1. تأكد من ضبط تدفق والمسارات وفقا للخطوة 6.1 و 6.2.
    2. ضخ 350 ملي EDTA لمدة 1 دقيقة ليغسل بقايا الطعام.
    3. ضبط تدفق إلى 10 ميكرولتر / دقيقة.
    4. ضخ 0.5 ملي NiCl 2 لمدة 2 دقيقة.
      ملاحظة: الآن وهي مغلفة الراتنج رقاقة من أيونات النيكل.
  2. دورة 2: بروابط تجميد
    1. تدفق مجموعة إلى 15 ميكرولتر / دقيقة، ومسار تدفق التيسير = 2.
    2. حقن يجند وحتى الوصول إلى القيم RU التي هي 10-20 أضعاف وزنه الجزيئي. على سبيل المثال، تحميل ليجند من 50 كيلو دالتون إلى 500-1،000 البرازيلية. الاحتفاظ بسجل من قيمة RU تحقيقها.
    3. تدفق مجموعة إلى 15 ميكرولتر / دقيقة، ومسار تدفق التيسير = 1.
    4. حقن يجند ب (مراقبة) ما يصل إلى نفس القيمة RU كما ان من يجند A. مراقبة sensogram الطرح (FC = 2-1) على الخط لمساعدة في السيطرة علىطول الحقن.
    5. تدفق مجموعة إلى 50 ميكرولتر / دقيقة، ومسار تدفق التيسير = 1 و FC = 2، وغسل نظام 5-20 دقائق حتى خط الأساس (FC = 2-1) تستقر.
  3. دورة 3: حقن فارغ. هذا وسوف حقن مناصبهم لالطرح فارغة، وبالتالي تشمل كافة المكونات التي سيتم حقنها مع الحليلة، باستثناء الحليلة نفسها.
    ملاحظة: طول حقن يمكن أن تختلف اعتمادا على الوقت الذي يستغرقه للوصول إلى التوازن (إشارة الهضاب).
    1. تدفق مجموعة إلى 15 ميكرولتر / دقيقة، ومسار تدفق التيسير = 1 و FC = 2، التيسير = 2-1 الطرح.
    2. إدراج الأمر "الانتظار" (يشار إليها فيما يلي باسم 'الانتظار') لمدة 30 ثانية (أن يكون لها خط الأساس مستقر).
    3. ضخ 15 ثانية RB.
      ملاحظة: إن مدة الحقن تختلف بين أنظمة مختلفة، اعتمادا على ما قبل التوازن الثوابت الحركية الخاصة بهم (ومعظمهم من ك أ).
    4. الانتظار 120-600 ثانية لتسجيل مرحلة التفكك.
      ملاحظة: طول هذه الخطوة يختلف وفقا ل ك د: أبطأ التفكك وتعد هذه الخطوة يجب أن يكون. للمجمعات النأي بطيئة جدا د <10 -4 ثانية -1)، وانتظر 10-15 دقيقة ثم المضي قدما إلى السطح تجديد (انظر لاحقا).
  4. دورة 4: حقن الحليلة
    1. نسخ / لصق الظروف المحددة المستخدمة في الحقن المرجعية (دورة 3) لذلك هذه الحقن اثنين يمكن أن تطرح في وقت لاحق. تغيير مكان فتحة في رف واحد من عقد الحل سيطرة لأحد أن يحمل الحل تحليلها. اختيار تركيز هذا هو أعلى قليلا من K D المتوقع. إذا لم يكن هناك معرفة سابقة هي المتاحة، اختر 1 ميكرومتر كنقطة انطلاق جيدة.
  5. دورة 5: حقن العازلة
    1. كرر دورة 3.
  6. دورة 6: حقن الحليلة
    1. كرر دورة 4.
  7. دورة 7: تشيب تجريدها
    1. ضبط تدفق إلى 50 ميكرولتر / دقيقة.
    2. ضخ 350 ملي EDTA لمدة 1 دقيقة. كرر هذه الخطوة مرتين أخريين. لا تستخدم حقنة واحدة من 3 دقائق لأن ذلك قد يؤدي إلى تلف رقاقة.
    3. ضخ 0.25٪ SDS لمدة 1 دقيقة. كرر هذه الخطوة مرتين أخريين. لا تستخدم حقنة واحدة من 3 دقائق لأن ذلك قد يؤدي إلى تلف رقاقة.
    4. إذا لم يتم التوصل إلى مستوى خط الأساس، وضخ 100 ملم حمض الهيدروكلوريك لمدة 1 دقيقة كخطوة تجريد إضافية.
    5. إدراج الأمر "نهاية المدى" أن بالتبديل إلى وضع الاستعداد.
  8. تخزين رقاقة
    1. إرساء رقاقة الاستشعار وإخراجها من الصك.
    2. خذ استشعار الخروج من غمده، وتجنب لمس السطح، وشطف مع أحواض دبي الجافة العالمية، ومكان في أنبوب 50 مل تحتوي على RB. تخزينها في 4 ° C.

8. تحليل البيانات باستخدام مخصصة للبرامج التقييم

  1. نفذ الخطوات التالية لمعالجة البيانات الخام التي تحصل عليها SPR قبل اشتقاق المعلمات الحركية.
    1. باستخدام برنامج التقييم، مفتوحةملف النتائج، حدد دورات 3-6 التيسير = 2-1 (المرجع تطرح البيانات).
    2. محور التحول:
      1. دورات عرض 3-6.
      2. الصفر قيمة Y-محور خط الأساس (30 ثانية وقت الانتظار الأولي في كل دورة) لجميع المنحنيات الأربعة.
    3. محاذاة محور X- من المنحنيات الأربعة. اختيار الميزات وضوحا (على سبيل المثال، والمسامير من بداية الحقن أو النهاية) لمحاذاة تماما منحنيات أربعة على طول محور X. ضبط الوقت من بداية الحليلة (أو عازلة السيطرة) إلى الصفر.
  2. إشارة الطرح
    1. طرح استجابة الخلفية من خلال طرح منحنى دورة 3 من منحنى دورة 4 ومنحنى دورة 5 من منحنى دورة 6. استخدام العملية منحنى الطرح التي يمكن العثور عليها في المحور Y القائمة التحولات.
      ملاحظة: من المهم لتنفيذ هذه الخطوة لأنه يلغي أي مكونات غير محددة (لا علاقة لها الحليلة) التي ربما تكون قد أثرت على مؤشر الانكسار السطح.
      1. حفظ منحنيات تطرح في تيكان ورقة المشروع تحت اسم مختلف.
    2. الرجوع إلى هذه المنحنيات باسم "منحنيات طرح مضاعف": الطرح الأول هو الطرح 2-1 أجريت على كل من الحقن، والثاني هو الطرح من منحنى واحد من آخر.
      ملاحظة: هذا المراجع مزدوج هو معيار الذهب في التجارب SPR.
    3. تراكب منحنيات تطرح عن طريق إجراء تحول محور كما هو موضح من قبل.
  3. تحديد حركية الثوابت ونموذج المناسب
    1. إجراء التجربة الحركية
      1. حقن سلسلة من 6-7 تركيزات حليلة أن يكون موثوقة من البيانات لتحديد الثوابت الحركية. اختر تركيزات تحليلها من 10 أضعاف فوق إلى 10 أضعاف أقل من المقدر K في التخفيفات 2-3 أضعاف. تشمل "الصفر" التركيز، واستخدامها لاحقا لمضاعفة الطرح المرجعية (انظر أعلاه). إجراء الحقن في يثلث وبترتيب عشوائي.
      2. محاذاةوطرح كل المنحنيات فيما يتعلق Y-محور ومحور X-قبل محاولة النموذج المناسب.
    2. تركيب نموذج
      1. تحديد برنامج تحليل مناسب.
        ملاحظة: معظم برامج تركيب المتاحة تقدم العديد من النماذج التي يمكن تطبيقها لتركيب وتحديد الثوابت الحركية.
      2. تطبيق أبسط نموذج (انجميور) بافتراض عكسها 1: 1 التفاعل بين الحليلة ويجند للتركيب. ما لم إقناع البيانات يتوفر من وسائل تجريبية أخرى عن وجود تفاعل أكثر تعقيدا، ودائما استخدام نموذج انجميور بسيط.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

في النظام الموصوفة هنا، يتم استخدام رقاقة NiNTA لشل حركة نقل غشاء صاحب الموسومة 6،7. كونه وطي-ديمر، هي المعلمة كل نقل مضاعف، وتحسين لها صفة الإلزام للرقاقة NiNTA. التالية النيكل التحميل، يجند ألف (نقل من الفائدة) وثبتوا على التيسير = 2، وتصل إلى ~ 3،500 RU (دورة بروتوكول 2، الشكل 2A التسمية السوداء). ثم، وذلك باستخدام نفس تدفق ومدة الحقن، ويجند B (يجند السيطرة) يتم حقن على التيسير = 1، حيث بلغت في البداية فقط ما يصل الى ~ 3،000 RU. للتأكد من أن كميات ال...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

SPR هو وسيلة حساسة للغاية لدراسة التفاعلات الجزيئية، وغالبا ما يكون النهج الوحيد الذي يوفر رصد في الوقت الحقيقي من عابر (بعد مهمة) التفاعلات. ومن الأمثلة على ذلك التفاعل عابرة المقدمة في هذه الوثيقة، التي لا يمكن الكشف عنها بواسطة أي وسيلة أخرى (المقايسات المنسدلة، الجسيمات الشحمية الترسيب المقايسات 6). وعلاوة على ذلك، في حين أساليب أخرى تقتصر على التوازن القياسات (سواء الكمية أو النوعية)، SPR هي واحدة من تقنيات الوحيدة التي تقيس أيضا حركية قبل التوازن.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يعلن جميع المؤلفين أنه ليس لديهم مصالح مالية متنافسة.

شكر وتقدير

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يتم دعم البحث في مختبر لوينسون بمنح من الأكاديمية الإسرائيلية للعلوم ، ومعهد رابابورت للأبحاث الطبية الحيوية ، ومؤسسة ميريوكس للأبحاث ، ومنحة ماري كوري لإعادة الإدماج الوظيفي (OL). يتم دعم EV من قبل منحة فاين وكلية الطب في التخنيون. يتم دعم NLL من خلال منح من الأكاديمية الإسرائيلية للعلوم.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
Biacore T200GE Healthcare28-9750-01
رقاقة الاستشعار NTA GE Healthcare14100532
BIAevaluationGE Healthcare
Biacore T200 Software GE Healthcare
كلوريد النيكلSigmaN6136
ثنائي هيدرات التنغستات الصوديومSigmaT2629
كلوريد الصوديوم   ؛Bio-Lab المحدودة.19030591
Trizma baseSigmaT1503
إيثيل ديامين - حمض رباعي الأسيتيك ثنائي الصوديوم ملح ثنائي هيدرات (EDTA)SigmaE5134
n-Dodecyl-& beta ؛ -D-Maltopyranoside (DDM)AffymetrixD310
محلول كبريتات دوديسيل الصوديوم   ؛سيجما05030
Kimwipes KIMTECHKimberly-Clark34120
حمض الهيدروكلوريكGADOT7647-01-0
غشاء النايلون (نيويورك)Sartorius25007--47------N
ModBC ABC ناقلLewinson lab
RbsBC ABC ناقلLewinson lab
مختبر ModA Substrate Binding ProteinLewinson
مرشح

المراجع

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Rich, R. L., Myszka, D. G. Advances in surface plasmon resonance biosensor analysis. Current Opinion in Biotechnology. 11, 54-61 (2000).
  2. Rich, R. L., Myszka, D. G. H. igher-throughput label-free, real-time molecular interaction analysis. Analytical Biochemistry. 361, 1-6 (2007).
  3. Helmerhorst, E., Chandler, D. J., Nussio, M., Mamotte, C. D. Real-time and label-free bio-sensing of molecular interactions by surface plasmon resonance: a laboratory medicine perspective. The Clinical Biochemist Reviews. 33, 161(2012).
  4. Kyo, M., et al. Evaluation of MafG interaction with Maf recognition element arrays by surface plasmon resonance imaging technique. Genes to Cells. 9, 153-164 (2004).
  5. Katsamba, P. S., Park, S., Laird-Offringa, I. A. Kinetic studies of RNA–protein interactions using surface plasmon resonance. Methods. 26, 95-104 (2002).
  6. Vigonsky, E., Ovcharenko, E., Lewinson, O. Two molybdate/tungstate ABC transporters that interact very differently with their substrate binding proteins. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 110, 5440-5445 (2013).
  7. Lewinson, O., Lee, A. T., Locher, K. P., Rees, D. C. A distinct mechanism for the ABC transporter BtuCD-BtuF revealed by the dynamics of complex formation. Nat. Struct. Mol. Biol. 17, 332-338 (2010).
  8. Kyo, M., Usui-Aoki, K., Koga, H. Label-Free Detection of Proteins in Crude Cell Lysate with Antibody Arrays by a Surface Plasmon Resonance Imaging Technique. Analytical Chemistry. 77, 7115-7121 (2005).
  9. Mori, T., et al. Evaluation of protein kinase activities of cell lysates using peptide microarrays based on surface plasmon resonance imaging. Analytical Biochemistry. 375, 223-231 (2008).
  10. Mol, N., Fischer, M. E. Surface Plasmon Resonance Vol. 627 Methods in Molecular Biology. Mol, N. J., Fischer, M. J. E. 1, Humana Press. 1-14 (2010).
  11. Van Der Merwe, P. A. Surface plasmon resonance. Protein– ligand interactions: hydrodynamics and calorimetry. , Oxford University Press. Oxford. 137-170 (2001).
  12. Lewinson, O., Lee, A. T., Locher, K. P., Rees, D. C. A distinct mechanism for the ABC transporter BtuCD-BtuF revealed by the dynamics of complex formation. Nat. Struct. Mol. Biol. 17, 332-338 (2010).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه

طلب إذن

الوسوم

ABC

مقالات ذات صلة