نقدم هنا طريقة فعالة من حيث التكلفة لتحديد التفاعلات الكيميائية الجينية في الخميرة الناشئة. تم بناء النهج على التقنيات الأساسية في البيولوجيا الجزيئية للخميرة وهو مناسب تماما للاستجواب الميكانيكي للمجموعات الصغيرة والمتوسطة من المواد الكيميائية وبيئات الوسائط الأخرى.
يتطلب اشتراك JoVE لعرض هذا المحتوى. تسجيل الدخول أو ابدأ نسخة تجريبية مجانية
في هذه المقالة
ملخص
الملخص
تحديد طريقة عمل المواد الكيميائية الحيوية النشطة هي التي تهم مجموعة واسعة من الأكاديمية، والمستحضرات الدوائية، والعلماء الصناعي. خميرة الخباز، أو في مهدها الخميرة، هو حقيقي النواة نموذج الذي مجموعة كاملة من ~ 6،000 المسوخ حذف الجينات وhypomorphic الجين ضروري تتوفر تجاريا المسوخ. هذه المجموعات من المسوخ يمكن استخدامها للكشف عن منهجية التفاعلات الكيميائية الجينات، أي الجينات اللازمة لتحمل مادة كيميائية. هذه المعلومات، بدوره، تقارير عن الوضع المحتمل لعمل المجمع. نحن هنا وصف بروتوكول لتحديد سرعة التفاعلات الكيميائية الوراثية في مهدها الخميرة. ونحن لشرح طريقة استخدام وكيل العلاج الكيميائي 5-فلورويوراسيل (5-FU)، والتي لديها آلية واضحة المعالم للعمل. نتائجنا تظهر أن TRAMP النووي RNA وهناك حاجة exosome وإصلاح الحمض النووي الانزيمات لانتشار في وجود 5-FU، وهو ما يتسق مع م السابقicroarray النهج الترميز شريط الكيميائية الوراثية على أساس ومعرفة أن 5-FU يؤثر سلبا على كل من RNA والحمض النووي الأيض. كما وصف بروتوكولات المصادقة المطلوب من هذه الشاشات عالية الإنتاجية.
المقدمة
وقد مكنت الأدوات والموارد المتاحة في الكائن الحي نموذج خميرة الخباز الوراثية واسعة النطاق علم الجينوم وظيفية الدراسات التي توفر مجتمعة نظرة جديدة في كيفية عمل الجينات كشبكات للوفاء بمتطلبات النظم البيولوجية. وكان حجر الزاوية في هذه الأدوات إنشاء تعاونية من مجموعة كاملة من الجينات الحذف غير الضرورية من جميع الأطر القراءة المفتوحة في الخميرة 1،2. ومن الملاحظات اللافتة التي فقط ~ 20٪ من جينات الخميرة ويلزم للبقاء عندما نمت كما haploids تحت ظروف المختبر القياسية. هذا يسلط الضوء على قدرة خلية لالعازلة ضد الاضطرابات الجينومية من خلال الاستفادة من المسارات البيولوجية البديلة. المسوخ الوراثية التي هي قابلة للتطبيق بشكل فردي، ولكن قاتلة في الجمع، وإشارة مسارات بيولوجية موازية متصلة أو متقاربة وتشكيل شبكات التفاعل الجينية التي تصف الوظيفة البيولوجية. مع تطور الشركة المصرية للاتصالات الشرطيةالأليلات mperature الحساسة وhypomorphic من الجينات الأساسية التكنولوجيا لم تقتصر على دراسة الجينات غير الضرورية 3،4. وقد تم تطبيق هذا المفهوم على نطاق الجينوم انتاج منحازة خريطة التفاعل الجيني توضح كيف تتجمع الجينات المسؤولة عن العمليات الخلوية المتشابهة معا 5.
الاضطرابات الكيميائية للشبكات الوراثية الجينات الحذف تقليد (الشكل 1) 6. الاستعلام عن المركبات النمو المثبطة ضد مجموعة عالية الكثافة من سلالات الحذف لفرط الحساسية يحدد لمحة التفاعل الكيميائي الوراثية، أي قائمة من الجينات المطلوبة لتحمل الإجهاد الكيميائية. مثل التفاعلات الوراثية، وقد أظهرت شاشات واسعة النطاق من المكتبات الكيميائية التي المركبات مع وضع مماثل من كتلة العمل معا 7. ولذلك، من خلال إنشاء الملف الشخصى التفاعل الكيميائي الوراثية من مركب يمكن الاستدلال على طريقة عمل عن طريق مقارنتها مع لارجنرال الكتريك نطاق التفاعل الجيني الوراثي والكيميائي الاصطناعية مجموعات البيانات 8،9.
وقد أجريت شاشات الكيميائية الوراثية على نطاق واسع، حيث يتم استجواب العشرات من المركبات، من خلال فحوصات المنافسة الباركود. في هذا النهج، ويزرع جمع المجمعة من سلالات الحذف بشكل جماعي لعدة أجيال في حجم صغير وسائل الإعلام التي تحتوي على مادة كيميائية. لأن كل متحولة الحذف المرافئ الباركود وراثية فريدة من نوعها، يتم تعقب الجدوى / نمو المسوخ الفردية داخل بركة من سلالات الحذف من قبل ميكروأري أو عالية الإنتاجية تسلسل 10.
استنتاج اللياقة البدنية من خلال رصد حجم مستعمرة من المسوخ العريض جسديا نمت على أجار الصلبة التي تحتوي على مركب النشطة بيولوجيا هو أيضا وسيلة فعالة لتحديد التفاعلات الكيميائية الوراثية 11،12. ويوفر هذا النهج بديلا فعالا من حيث التكلفة لفحص القائم على المنافسة ومناسب تماما لمعايرة مكتبات صغيرة من المواد الكيميائية.المبين هنا هو منهجية بسيطة لإنتاج قائمة من التفاعلات الكيميائية الوراثية في S. الخباز أن لا تعتمد على التلاعب الجزيئية علم الأحياء أو البنية التحتية. ويتطلب سوى جمع الخميرة الحذف، جهاز التدبيس الروبوتية أو اليدوي، ومتاحة بحرية برنامج تحليل الصور.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
البروتوكول
ويرد سير العمل العام لهذا الإجراء في الشكل 2: ملاحظة.
1. تحديد الجرعة النمو المثبطة
- إعداد الخميرة الثقافة بين عشية وضحاها
ملاحظة: وسائل الإعلام نمو الخميرة استخراج-ببتون-الدكستروز (YEPD) المستخدمة في هذا البروتوكول هو وصفة معيارية 13.- خط خارج BY4741 (ماتا HIS3 Δ1 leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0) الخلايا على لوحة أجار YEPD واحتضان لمدة 48 ساعة على 30 درجة مئوية أو حتى شكل مستعمرات مرئية.
- إعداد الثقافات بين عشية وضحاها، فحقن 5 مل من YEPD وسائل الإعلام السائلة في وعاء الثقافة العقيمة مع مستعمرة واحدة. احتضان بين عشية وضحاها في 30 درجة مئوية مع دوران مستمر أو اهتزاز. سوف ثقافة تصل عادة تشبع من صباح اليوم (~ 2 × 10 8 خلية / مل).
- إعداد وسائل الاعلام أجار الصلبة التي تحتوي على جرعات متفاوتة الكيميائية
- إعداد عدة أسهمهذه المادة الكيميائية لفحصها في 100X المطلوب التركيز النهائي في مذيب مناسب.
ملاحظة: سوف تركيزات فعالة تعتمد على المواد الكيميائية، ويجب أن تحدد تجريبيا. ولذلك فمن المستحسن لاختبار في البداية مجموعة التركيز النهائي واسع، أي من ميكرومتر منخفض لملم عالية. - لكل تركيز المواد الكيميائية لفحصها، قسامة 3 مل من المنصهر YEPD أجار إلى عدة العقيمة أنبوب الثقافة. مكان في 55 ° C حمام الماء للحفاظ على من ترسيخ.
- لكل تركيز المواد الكيميائية لفحصها إضافة 30 ميكرولتر من مجمع 100X إلى وسائل الإعلام المنصهرة، دوامة 2-3 ثانية لخلط، وماصة 1 مل في كل زوج من الآبار مكررة في لوحة 12-جيدا. تأكد من تضمين سيارة تحكم فقط. السماح لوحات لضبط بين عشية وضحاها في درجة حرارة الغرفة. تجاهل أي وسيلة إعلامية إضافية.
- إعداد عدة أسهمهذه المادة الكيميائية لفحصها في 100X المطلوب التركيز النهائي في مذيب مناسب.
- خلايا انتشار تصفيح
- تطعيم 10 مل من YEPD وسائل الإعلام السائلة مع 2 ميكرولتر من ثقافة الخميرة المشبعة، ونمت بين عشية وضحاها كما في الخطوة 1.1.2.
- لوحة 25 ميكرولتر من ثقافة الخميرة المخفف لكل بئر، موزعة بالتساوي باستخدام الخرز الزجاجي معقمة أو قضيب، والسماح لوحة لتجف تحت لهب. احتضان لوحة عند 30 درجة مئوية لمدة 48 ساعة.
- تقييم نمو الخميرة (سواء عدد وحجم المستعمرات) على لوحات. تحديد تركيز شبه قاتلة من المركب الذي لا تمنع النمو من خلال أكثر من 10٪ -15٪ لأداء الشاشة.
2. المنهجية شاشة الوراثية الكيميائية
- صيانة الحذف-متحولة صفيف (DMA) وإعداد لوحة المصدر
- للحصول على وصف مفصل عن بناء المصفوفات متحولة الحذف من المخزونات الجلسرين يرجى الرجوع إلى Baryshnikova وآخرون. 14. مرة واحدة وقد تم المحتشدة المسوخ الحذف في مناطق ذات كثافة من 384 المستعمرات في لوحة، وDMA يمكن تخزينها لعدة أشهر في 4 درجات مئوية. تكرار على YEPD أجار تحتوي على 200 ميكروغرام / مل من G418 ضروريا لمنع المستعمرات من النمو في كلالبعض.
وينبغي تجنب متعددة مكررات التسلسلية لمنع فقدان بطيئة سلالات النمو وتقليل ظهور طفرات القامع: ملاحظة. وهذا هو ذات الصلة ولا سيما إذا الحفاظ على مجموعات كما haploids. - تنفيذ جميع الخطوات طبق الاصل الطلاء باستخدام الميكروبية arraying النظام الآلي. بدلا من ذلك، والتعامل معها المستعمرات باستخدام أدوات التدبيس اليدوية المحتشدة.
ملاحظة: جمع الخميرة الحذف هو متاح في haploids وdiploids من عدة مصادر تجارية وشحن وعادة ما أسهم الجلسرين في لوحات 96-جيدا.
- للحصول على وصف مفصل عن بناء المصفوفات متحولة الحذف من المخزونات الجلسرين يرجى الرجوع إلى Baryshnikova وآخرون. 14. مرة واحدة وقد تم المحتشدة المسوخ الحذف في مناطق ذات كثافة من 384 المستعمرات في لوحة، وDMA يمكن تخزينها لعدة أشهر في 4 درجات مئوية. تكرار على YEPD أجار تحتوي على 200 ميكروغرام / مل من G418 ضروريا لمنع المستعمرات من النمو في كلالبعض.
- التكثيف مجموعة الحذف متحولة
- إعداد 250 مل من YEPD وسائل الإعلام أجار تحتوي على 200 ميكروغرام / مل من G418. تركيز الفعال لG418 قد تختلف ولكل الكثير وينبغي اختبار تجريبيا.
- إعداد خمس لوحات YEPD أجار عن طريق سكب 50 مل من YEPD أجار تحتوي على 200 ميكروغرام / مل من G418 لكل لوحة. القيام بذلك قبل يوم واحد التكثيف مجموعة والسماح لوحات لتبرد في درجة حرارة الغرفةerature بين عشية وضحاها حتى على سطح مستو.
ملاحظة: سوف تكون هناك حاجة أربعة لوحات لجمع في كثافة 1،536 سلالة، يسكب لوحة الخامسة كما اضافية. - إزالة 16 أطباق بتري تحتوي على مجموعة الحذف متحولة في مناطق ذات كثافة من 384 المستعمرات في لوحة والسماح للقدوم إلى درجة حرارة الغرفة (~ 1 ساعة).
- مسح أي التكثيف التي شكلت على غطاء كل لوحة باستخدام مهمة حساسة مسح. عدم القيام بذلك قد يؤدي إلى قطرات الماء التي تترسب على مجموعة والتلوث عبر المسوخ المحتشدة.
- باستخدام الميكروبات مجموعة تعلق الروبوت، تكثيف DMA من كثافة 384 المستعمرات في لوحة (16 أطباق بتري) إلى 1،536 المستعمرات في لوحة (4 أطباق بتري). تنفيذ هذا حتى يتسنى لل1 شارع مستعمرة من لوحة 1 دبابيس إلى الصف 1 العمود 1 للمجموعة الموجزة، 1 شارع مستعمرة من لوحة 2 إلى الصف 1 العمود 2، 1 شارع مستعمرة من لوحة 3 إلى الصف 2 والعمود 1، و مستعمرة 1 شارع لوحة 4 إلى الصف 2العمود 2.
- احتضان مجموعة الموحدة في 30 درجة مئوية خلال الليل.
- دراسة مجموعة لضمان نقل موحد للمستعمرات من لوحات المصدر. سيكون هناك العديد من المناصب فارغة، أدرجت عمدا في مجموعة، والتي تكون بمثابة الدليل لضمان تم مكثف للDMA بشكل صحيح (الشكل 4A).
ملاحظة: ستكون هذه لوحات مصدر للتصفيح نسخة على وسائط تحتوي على مركب الاختبار. صفيحة مصدر واحد يمكن أن تستخدم لpinnings متعددة. أيضا العديد من الروبوتات سيكون لها ميزة تعويضية، والتي سوف تضمن أعداد مماثلة من الخميرة ونقله في كل مرة.
- لوحة طبق الاصل حذف متحولة مجموعة
- إعداد 700 مل من التحكم (السيارة فقط) و 700 مل من وسائل الاعلام التجريبية (التي تحتوي على مادة كيميائية). وهذا يكفي لأداء الفحص في ثلاث نسخ (12 لوحات في حالة، بالإضافة إلى اثنين اشياء).
- صب 50 مل من YEPD أجار التي تحتوي على اختبار كيميائي أو السيطرة لكل لوحة. السماح لوحات رس يبرد في درجة حرارة الغرفة بين عشية وضحاها حتى على سطح مستو.
- باستخدام الروبوت لوحة طبق الاصل، وتحصين DMA على ثلاث مجموعات من اللوحات التي تحتوي على المواد الكيميائية على تركيز العزم تجريبيا، فضلا عن ثلاث مجموعات من اللوحات التي تحتوي على السيطرة على السيارة. احتضان لوحات في درجة حرارة الغرفة لمدة 24-48 ساعة.
3. لوحات التصوير وتحليل البيانات
- إزالة لوحات من الحاضنة والسماح لهم للقدوم إلى درجة حرارة الغرفة (~ 1 ساعة) قبل التصوير. وهذا يمنع من تشكيل التكثيف في حين التصوير لوحات.
- لوحات صورة في 24 و 48 ساعة عن طريق إزالة الغطاء ووضع وجهه لأسفل على الماسح الضوئي سرير مسطح. التقاط الصور بدرجة وضوح لا يقل عن 300 نقطة في البوصة. بدلا من ذلك، استخدم كاميرا رقمية لالتقاط الصور. إذا كان ذلك، تواجه لوحات مكان حتى على خلفية داكنة وإزالة الأغطية إلى الصورة.
ملاحظة: سوف تنسيق الملف وتحديد المواقع لوحات تعتمد على برنامج الكمي المستخدمة. - أداء الكمي ومقارنة أحجام مستعمرة مجموعة باستخدام واحدة من العديد من البرامج مفتوحة المصدر، بما في ذلك Balony 15، SGAtools 16، وScreenMill 17.
4. التحقق من الشاشة
ملاحظة: في هذه المرحلة عدة الحذف الخميرة المسوخ سوف يسجل الحساسية لهذه المادة الكيميائية المثيرة للاهتمام. يجب المقبل يمكن التحقق من صحة هذه التفاعلات الكيميائية الوراثية بطريقتين. أولا هوية سلالات حساسة ينبغي تأكيد من قبل PCR. ثانيا، يجب سجل مستقل الحساسية الكيميائية. المبينة أدناه هو بروتوكول موجز لأداء فحوصات للتحقق من صحة اكتشاف سلالة فرط الحساسية، وهي تقنية شائعة في الخميرة علم الأحياء.
- خط من المطلوب (الحساسية) المسوخ من مجموعة حذف الخميرة على YEPD أجار تحتوي على 200 ميكروغرام / مل من G418. احتضان عند 30 درجة مئوية حتى شكل مستعمرات. التحقق من النمط الجيني لسلالة من التشخيص PCR مع الاشعال وفقا لبروتوكول الشركة المصنعة.
- تطعيم 5 مل من السائل YEPD لكل سلالة واحتضان بين عشية وضحاها في 30 درجة مئوية مع دوران أو اهتزاز.
- قياس OD 600 وتمييع كل سلالة إلى OD 600 = 1 في DH معقم 2 O. هذه هي الآن الثقافات خميرة طبيعية.
- الاستغناء 100 ميكرولتر من تطبيع البرية من نوع الخميرة (BY4741) الثقافة إلى ما A1 من لوحة 96-جيدا. الاستغناء 100 ميكرولتر من ما يصل الى سبعة سلالات إضافية لآبار B1-H1.
- استخدام pipettor الأقنية للاستغناء 90 ميكرولتر من درهم العقيمة 2 O إلى الآبار A2-H2 من خلال A6-H6. وأخيرا، وإعداد سلسلة من التخفيفات 1:10 من الثقافات الخميرة تطبيع. بدء بواسطة pipetting متسلسل 10 ميكرولتر من العمود 1 إلى العمود 2 مع pipettor الأقنية، والاستمرار عبر لوحة 96-جيدا حتى تتم ست التخفيفات (أي 10 0-10 -5).
- نقل 2-5 ميكرولتر من الثقافات الخميرة المخفف في شبكة باستخدام الأقنيةpipettor على YEPD وسائل الاعلام الصلبة التي تحتوي على المكافحة الكيميائية والمركبات. احتضان لوحات في درجة حرارة مناسبة لمدة 24-48 ساعة.
- تفقد لوحات ومقارنة حساسية مختارة المسوخ لالكيميائية (نسبة إلى BY4741 السيطرة). لوحات صورة في 24 و 48 ساعة كما في الخطوة 3.2.
ملاحظة: على الرغم من تحديد عدة سلالات شديدة الحساسية مع أنطولوجيات الجينات ذات الصلة أو وظائف يضفي الثقة للصحة الشاشة، مطلوب التحول من سلالة الحذف الحساسية مع البلازميد يحتوي على نسخة من النوع البري من الجين لإنشاء رسميا أن الجين حذف الفائدة (وليس مخفي الطفرات الموقع الثانية) يسبب حساسية المخدرات.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
النتائج
كما التحقق من صحة هذا النهج أجرينا شاشة التفاعل تمثيلية الكيميائية الوراثية من وكيل العلاج الكيميائي 5-فلورويوراسيل (5-FU) بعد بروتوكول المبينة أعلاه. ومن المعروف 5-FU لتعطيل ثيميديلات سينسيز وكذلك DNA و RNA الأيض 18. التفاعلات الكيميائية الوراثية من 5-FU هي مدروسة وتم التحقيق فيها من خلال تقنيات ميكروأري الخميرة الباركود باستخدام كل متخالف ومتماثل مجموعات الحذف 8،19. نحن هنا تبين أن نتائج مماثلة يمكن الحصول على الكميات النسبية للمتحولة حجم مستعمرة.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
المناقشة
المبين هنا هو نهج لتوليد ملامح التفاعل الكيميائي الوراثية. وطريقة بسيطة: من خلال مقارنة أحجام مستعمرة من كل سلالة في مجموعات الحذف الجين شاملة في وجود وعدم وجود مادة كيميائية، ويتم تحديد جميع الجينات اللازمة لتحمل إهانة الكيميائية. ويمكن بعد ذلك استخدام تحليل تخصيب الشرح من القائمة الناتجة من سلالات حساسة لتوفير نظرة ثاقبة وضع المواد الكيميائية للعمل. في حين تم تحسين هذا البروتوكول لفي مهدها الخميرة، فإنه يمكن أيضا أن تتكيف للاستخدام مع غيرها من المجموعات المحتشدة حذف الميكروبية، ...
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
الإفصاحات
يعلن المؤلفون أنه ليس لديهم مصالح مالية متنافسة.
شكر وتقدير
ويدعم البحوث في المختبر CJN من المنح التي تعمل من NSERC، المعهد الكندي للسرطان جمعية أبحاث (CCSRI)، والثدي المؤسسة الكندية للسرطان (فرع BC-يوكون).
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
المواد
| الاسم | الشركة | رقم فهرسي | التعليقات |
|---|---|---|---|
| مستخلص الخميرة | BioBasic | G0961 | بالنسبة للوسائط السائلة / الصلبة YEPD تضاف إلى التركيز النهائي بنسبة 1٪ (وزن / حجم) |
| مسحوق Tyrptone | BD Biosciences | 211820 | بالنسبة للوسائط السائلة / الصلبة YEPD تضاف إلى 2٪ تركيز نهائي (وزن / حجم) |
| سكر العنب | Anachemia | 31096-380 | بالنسبة للوسائط السائلة / الصلبة YEPD ، أضف إلى 2٪ تركيز نهائي (وزن / حجم) &# 8212 ؛ لا تعتيم. قم بإعداد محلول مخزون بنسبة 20٪ ، وتعقيم المرشح ، وإضافته إلى الوسائط بعد التعقيم. |
| Agar A | Bio Basic | FB0010 | بالنسبة للوسائط الصلبة YEPD تضيف إلى 2٪ تركيز نهائي (مع حجم حجمي) |
| G418 | AG Scientific Inc. | G-1033 | قم بإعداد مخزون 1,000x عند 200 ؛ ملغ / مل في dH2< / sub>O وتعقيم المرشح. |
| 12 بئر لوحة | Greiner Bio One | 655180 | |
| 5 مل أنابيب الثقافة | Evergreen Scientific | 222-2376-080 | |
| 10 سم Petri Dish | VWR | 25384-302 | |
| ROTOR HDA | Singer Instruments | ROT-001 | تثبيت المصفوفة الميكروبية |
| عالية الإنتاجية PLUSPLATE & copy ؛ أدوات المغني بتري ديش | PLU-001 | صندوق من 200 طبق | |
| 384 Short-Pin RePad | Singer Instruments | RP-MP-384 | صندوق من 1,000 وسادة |
| 1536 أدوات RePad Singer ذات دبوس قصير | صندوق RP-MP-1536 | من 1,000 وسادة | |
| أنظمة Robtic المؤتمتة | بالكامل S & P الروبوتات | http://www.sprobotics.com | العديد من أنظمة المستعمرات الآلية للتعامل مع الروبيتيك والتخيل المتاحة. |
| أدوات التثبيت اليدوي | V& P Scientific | http://www.vp-scientific.com | أدوات النسخ المتماثل المحمولة وملحقاتها. |
المراجع
- Giaever, G., et al. Functional profiling of the Saccharomyces cerevisiae genome. Nature. 418, 387-391 (2002).
- Winzeler, E. A., et al. Functional characterization of the S. cerevisiae genome by gene deletion and parallel analysis. Science. 285, 901-906 (1999).
- Breslow, D. K., et al. A comprehensive strategy enabling high-resolution functional analysis of the yeast genome. Nat Methods. 5, 711-718 (2008).
- Li, Z., et al. Systematic exploration of essential yeast gene function with temperature-sensitive mutants. Nat Biotechnol. 29, 361-367 (2011).
- Costanzo, M., et al. The genetic landscape of a cell. Science. 327, 425-431 (2010).
- Parsons, A. B., et al. Integration of chemical-genetic and genetic interaction data links bioactive compounds to cellular target pathways. Nat Biotechnol. 22, 62-69 (2004).
- Parsons, A. B., et al. Exploring the mode-of-action of bioactive compounds by chemical-genetic profiling in yeast. Cell. 126, 611-625 (2006).
- Hillenmeyer, M. E., et al. The chemical genomic portrait of yeast: uncovering a phenotype for all genes. Science. 320, 362-365 (2008).
- Hillenmeyer, M. E., et al. Systematic analysis of genome-wide fitness data in yeast reveals novel gene function and drug action. Genome Biol. 11, R30(2010).
- Smith, A. M., et al. Competitive genomic screens of barcoded yeast libraries. J Vis Exp. (54), (2011).
- Bowie, D., Parvizi, P., Duncan, D., Nelson, C. J., Fyles, T. M. Chemical-genetic identification of the biochemical targets of polyalkyl guanidinium biocides. Organic & Biomolecular Chemistry. 11, 4359-4366 (2013).
- Alamgir, M., Erukova, V., Jessulat, M., Azizi, A., Golshani, A. Chemical-genetic profile analysis of five inhibitory compounds in yeast. BMC Chem Biol. 10 (6), (2010).
- Amberg, D. C., Burke, D., Strathern, J. N. Cold Spring Harbor Laboratory. Methods In Yeast Genetics: A Cold Spring Harbor Laboratory Course Manual. , Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring, NY. (2005).
- Baryshnikova, A., et al. Synthetic genetic array (SGA) analysis in Saccharomyces cerevisiae and Schizosaccharomyces pombe. Methods Enzymol. 470, 145-179 (2010).
- Young, B. P., Loewen, C. J. Balony: a software package for analysis of data generated by synthetic genetic array experiments. BMC Bioinformatics. 14, 354(2013).
- Wagih, O., et al. SGAtools: one-stop analysis and visualization of array-based genetic interaction screens. Nucleic Acids Res. 41, W591-W596 (2013).
- Dittmar, J. C., Reid, R. J., Rothstein, R. ScreenMill: a freely available software suite for growth measurement, analysis and visualization of high-throughput screen data. BMC Bioinformatics. 11, 353(2010).
- Longley, D. B., Harkin, D. P., Johnston, P. G. 5-fluorouracil: mechanisms of action and clinical strategies. Nat Rev Cancer. 3, 330-338 (2003).
- Lum, P. Y., et al. Discovering modes of action for therapeutic compounds using a genome-wide screen of yeast heterozygotes. Cell. 116, 121-137 (2004).
- Toussaint, M., Conconi, A. High-throughput and sensitive assay to measure yeast cell growth: a bench protocol for testing genotoxic agents. Nat Protoc. 1, 1922-1928 (2006).
- Robinson, M. D., Grigull, J., Mohammad, N., Hughes, T. R. FunSpec: a web-based cluster interpreter for yeast. BMC Bioinformatics. 3, 35(2002).
- Huang da, W., Sherman, B. T., Lempicki, R. A. Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources. Nat Protoc. 4, 44-57 (2009).
- Huang da, W., Sherman, B. T., Lempicki, R. A. Bioinformatics enrichment tools: paths toward the comprehensive functional analysis of large gene lists. Nucleic Acids Res. 37, 1-13 (2009).
- Hong, E. L., et al. Gene Ontology annotations at SGD: new data sources and annotation methods. Nucleic Acids Res. 36, D577-D581 (2008).
- Fang, F., Hoskins, J., Butler, J. S. 5-fluorouracil enhances exosome-dependent accumulation of polyadenylated rRNAs. Mol Cell Biol. 24, 10766-10776 (2004).
- Baba, T., et al. Construction of Escherichia coli K-12 in-frame, single-gene knockout mutants: the Keio collection. Mol Syst Biol. 2, 0008(2006).
- Nichols, R. J., et al. Phenotypic landscape of a bacterial cell. Cell. 144, 143-156 (2011).
- Dai, J., et al. Probing nucleosome function: a highly versatile library of synthetic histone H3 and H4 mutants. Cell. 134, 1066-1078 (2008).
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
إعادة الطباعة والأذونات
