مقالة منهجية

تحديد مسببات الأمراض البكتيرية النادرة التي 16S الريباسي جين تسلسل وMALDI-TOF MS

DOI:

10.3791/53176

⸱

يوليو 11, 2016

 ,  ,  , 
1Institut für Medizinische Mikrobiologie und Hygiene, Medizinische Fakultät Carl Gustav Carus, TU Dresden, 2Institut für Virologie, Medizinische Fakultät Carl Gustav Carus, TU Dresden

في هذه المقالة

ملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

وقت الامتصاص / التأين بالليزر بمساعدة المصفوفة لقياس الطيف الكتلي للطيران (MALDI-TOF MS) والتقنيات الجزيئية (تسلسل الجينات 16S rRNA) تسمح بتحديد مسببات الأمراض البكتيرية النادرة في التشخيص الروتيني. يكمن الهدف من هذا البروتوكول في الجمع بين كلتا التقنيتين مما يؤدي إلى بيانات أكثر دقة وموثوقية.

الملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

وهناك عدد من مسببات الأمراض البكتيرية نادرة، وبالتالي، وصفت فيه الكفاية التي تشير التقارير إلى تسبب التهابات شديدة وخاصة في المرضى الذين يعانون من نقص المناعة. في معظم الحالات إلا القليل من البيانات، التي نشرت معظمها تقارير الحالة، تتوفر التي بالتحقيق في دور هذه الجراثيم وكيلا المعدية. ولذلك، من أجل توضيح الطابع الإمراض مثل هذه الكائنات الحية الدقيقة، فمن الضروري إجراء الدراسات الوبائية التي تشمل أعدادا كبيرة من هذه البكتيريا. الأساليب المستخدمة في هذه الدراسة المراقبة يجب أن تفي بالمعايير التالية: التعرف على سلالات أن تكون دقيقة وفقا لتسمية صحيحة، يجب أن يكون من السهل التعامل مع (الشدة)، اقتصادا في التشخيص الروتيني ولديهم لتوليد مقارنة النتائج بين المختبرات المختلفة. عموما، هناك ثلاث استراتيجيات لتحديد السلالات البكتيرية في إعداد الروتيني: 1) تحديد المظهرية التي تميز BIOCHEMICAلتر والتمثيل الغذائي خصائص البكتيريا، 2) التقنيات الجزيئية مثل التسلسل الجيني 16S الريباسي و 3) قياس الطيف الكتلي بوصفه نهجا وبروتيوم الرواية. منذ مطياف الكتلة والنهج الجزيئية هي الأدوات الواعدة لتحديد مجموعة كبيرة ومتنوعة من الأنواع البكتيرية، وصفت هاتين الطريقتين. وتناقش التقدم والقيود والمشاكل المحتملة عند استخدام هذه التقنيات.

المقدمة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ويعوق تحديد آمن من مسببات الأمراض النادرة في التشخيص الروتيني من خلال حقيقة أن أساليب الثقافية والبيوكيميائية الكلاسيكية هي معقدة ومشكوك فيها في بعض الأحيان. وعلاوة على ذلك، مختبر علم الأحياء الدقيقة التشخيص لديه لمعالجة عدد كبير من مسببات الأمراض، بدءا من بضع مئات إلى عدة آلاف، يوميا، الأمر الذي يتطلب استخدام النظم الآلية. وبالإضافة إلى إدارة إنتاجية يومية عالية، هناك حاجة إلى تحديد دقيق الأنواع البكتيرية. هناك ما يبرر هذا لأنها تختلف في نمط التعرض للميكروبات ويوفر تحديد ولالصحيح الطبيب بالمعلومات الضرورية لاختيار المضادات الحيوية المناسبة (على سبيل المثال، المعوية النيابة.، الراكدة النيابة.) 12،43.

الأنظمة الأوتوماتيكية لتحديد الميكروبية (أميس) تنطبق مجموعات موحدة من التفاعلات الإنزيمية لتوصيف خصائص التمثيل الغذائي من العزلات البكتيرية 13،15،16،26،27. على الرغم من أن الخراطيش المستخدمة في هذه الأنظمة الاستفادة من عدد كبير من التفاعلات الكيميائية الحيوية المختلفة، على سبيل المثال، 47 في بطاقة GN لبعثة الاتحاد الأفريقي المستخدمة في هذه الدراسة 52، هذه التصاريح استراتيجية تحديد آمن فقط لمجموعة محددة من البكتيريا. وعلاوة على ذلك، وقواعد البيانات، ونظام خبير المتقدمة، ويركز بشكل واضح على الكشف عن البكتيريا ذات الصلة وذات أهمية كبيرة من الأهمية الطبية 13،15،16،36. نظامين أخرى، وتستخدم على نطاق واسع في المختبرات، وأيضا تطبيق هذا النهج البيوكيميائية لتحديد البكتيريا. الدراسات الحديثة تثبت دقة تحديد مقارنة بين بعثة الاتحاد الأفريقي المستخدمة في هذه الدراسة واحدة من المنافسين (93.7٪ و 93.0٪ على التوالي)، في حين أن 3 الثالثة بعثة الاتحاد الأفريقي لديه دقة تحديد٪ فقط 82.4 على مستوى الأنواع 35. ويمكن تفسير هذه التناقضات من خلال نوعية من المراجع بيانات تحديد الهوية الأساسية، إصدارات مجموعات والبرمجيات، والاختلافات في METABOlism والكفاءة من الكوادر الفنية 35،36.

وهي تستخدم أساسا اثنين الآلي أنظمة MALDI-TOF MS (MALDI-TOF نظام بالميكروبات، MMIS). وتسمح هذه النظم للكشف عن عدد كبير من الأنواع البكتيرية على أساس البروتين الأطياف بصمة كتلتها. على سبيل المثال، في قاعدة بيانات MMIS المستخدمة تحتوي على 6000 الأطياف المرجعية. نظم التعرف على أساس قياس الطيف الكتلي تقدم كشف سريع وموثوق بها مجموعة كبيرة ومتنوعة من الكائنات الحية الدقيقة بما في ذلك مسببات الأمراض النادرة 11،48،51. حتى الآن تتوفر بين MMIS المستخدمة في هذه الدراسة ومنافسيها 19،33 سوى عدد قليل من المقارنات المباشرة. وفقا لDaek وآخرون. وتوفر كلا النظامين ارتفاع معدل مماثل من دقة تحديد الهوية، ولكن MMIS المستخدمة في هذه الدراسة يبدو أن أكثر موثوقية في تحديد الأنواع 19.

الجينات متميزة وبالمثل، التقنيات الجزيئية عنونة حفظها بشكل جيد ولكن أيضا ( على سبيل المثال، 16S الحمض النووي المؤتلف أو rpoB) تسمح لتحديد الأنواع واضحا 3،22،61. ومن بين هؤلاء، والحمض النووي المؤتلف 16S هو الأكثر استخداما على نطاق واسع التدبير المنزلي الجينات بسبب وجودها في جميع البكتيريا 34. تظل وظيفتها دون تغيير، وأخيرا، مع ما يقرب من 1500 سنة مضت، كان طويلا بما فيه الكفاية لتكون مناسبة لالحيوي المعلوماتية 14،34. العديد من الباحثين يعتبرون تحليل الجينات 16S الريباسي باسم "الذهب القياسية" لتحديد البكتيريا 21. ويرجع ذلك إلى حقيقة أن بعض المختبرات تستخدم تقنيات التهجين الحمض النووي DNA حتى الآن لتحديد البكتيريا نادرة أو جديدة 14،34 هذا. بالإضافة إلى ذلك، تتوفر والتي يمكن استخدامها لتحليل الجينات 16S الريباسي 50 قواعد بيانات أكثر وأكثر. ومع ذلك، فإنه يجب أن يؤخذ في الاعتبار أن أنظمة الكشف عن الحمض النووي المؤتلف 16S أساس لها حساسية محدودة مقارنة البروتوكولات PCR القياسية. وعلاوة على ذلك، فإن النهج الجزيئي هو متطور، وقتا طويلا ويتطلب موظفين مدربين تدريبا عاليا وكذلكمرافق المختبرات المخصصة وغير، وبالتالي، لا تنفذ بسهولة في التشخيص الروتيني 55. وعلاوة على ذلك، فقد تبين أن الجمع بين اثنين على الاقل من الطرق المختلفة لتحديد البكتيريا يؤدي إلى تحديد سلالة دقيقة للغاية. مزيج من MALDI-TOF MS و16S الحمض النووي المؤتلف التسلسل يسمح بتحديد أعداد كبيرة من الأنواع البكتيرية المختلفة بدقة عالية. مؤخرا تم تقديم مزيج من التحليل الجيني MALDI-TOF MS و 16S الريباسي لتحديد البكتيريا دراسة المسائل الوبائية ومسببات الأمراض النادرة 56.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. استخراج الحمض النووي البكتيري

  1. إعداد برنامج تلفزيوني الحل
    1. تزن 1.65 غرام نا 2 هبو 4 × 2H 2 O، 0.22 غ ناه 2 ص 4 × 2H 2 O و8.80 جم كلوريد الصوديوم في قارورة وملء مع الماء المقطر إلى الحجم النهائي من 1000 مل. ضبط درجة الحموضة إلى 7.4. للاستخدام النهائي تصفية الحل عن طريق البكتيريا مقاومة لل(0.22 ميكرون) فلتر.
  2. البكتيريا استخراج الحمض النووي من سلبية الغرام
    1. خط المواد المريض على وسائل الإعلام ثقافة المناسب (على سبيل المثال، كولومبيا أجار الدم)، وتحديد وعزل مسببات الأمراض المحتملة.
    2. إعداد ثقافة نقية وأداء غرام تلطيخ من أجل تحديد نمط شكلي ولتأكيد نقاء والثقافة 49.
    3. اختيار مستعمرة بكتيرية واحدة وتحويلها مع 1 ميكرولتر استخدام مرة واحدة التلقيح حلقة في أنبوب 2.0 مل رد الفعل العقيمة التي تحتوي على 1 مل PBS حل.
    4. احتضان هذا تعليق في thermomixإيه في درجة حرارة 95 درجة مئوية لمدة 10 دقيقة. بعد مرور فترة الحضانة، والسماح للاستخراج البكتيريا (التي تحتوي على الحمض النووي المنحلة) بارد لدرجة حرارة الغرفة، وإما استخدامها مباشرة لتضخيم أو مخزن في -20 درجة مئوية لاستخدامها مرة أخرى (الشكل 1A).
  3. البكتيريا استخراج الحمض النووي من إيجابية الجرام
    1. خط المواد المريض على وسائل الإعلام ثقافة المناسب (على سبيل المثال، كولومبيا أجار الدم)، وتحديد وعزل مسببات الأمراض المحتملة. أداء غرام تلطيخ من أجل تأكيد نمط شكلي للثقافة.
    2. إعداد ثقافة نقية وأداء غرام تلطيخ من أجل تحديد نمط شكلي ولتأكيد نقاء الثقافة.
    3. اختيار مستعمرة بكتيرية واحدة مع معقمة 1 ميكرولتر التلقيح حلقة وتعليقه في 500 حل ميكرولتر PBS في أنبوب 2.0 مل التفاعل.
    4. إضافة 500 الزجاج والخرز ميكرولتر ونقل أنبوب إلى الخالط تتأرجح، تعمل على الحد الأقصى التردد والسعة (50 هرتز)، لمدة 5 دقائق. استخدام الزجاج حبات من قطر 1.0 ململتعطيل جدران الخلايا البكتيرية.
    5. احتضان هذا الأنبوب لمدة 10 دقيقة في درجة حرارة 95 درجة مئوية، وبارد لدرجة حرارة الغرفة. استخدام استخراج إما مباشرة للتفاعل PCR أو مخزن في -20 درجة مئوية لاستخدامها مرة أخرى.

2. 16S الحمض النووي المؤتلف PCR

  1. إعداد تضخيم الاشعال
    1. استخدام TPU1 الاشعال (5'-AGA GTT TGA TCM TGG جنة مكافحة الإرهاب AG-3 '[M = A / C]) كما التمهيدي إلى الأمام وRTU4 (5'-TAC CAG GGT ATC TAA TCC TGT T-3') كما التمهيدي العكسي 25. يعد حل الأسهم التمهيدي مع الدناز وريبونوكلياز المياه مجانا، وجود تركيز 100 بمول / ميكرولتر (100 ميكرون) وتمييع أكثر من ذلك إلى حل العاملة في 10 بمول / ميكرولتر. تخزين الأسهم التمهيدي والعمل الحل في -20 درجة مئوية أو استخدامها مباشرة.
  2. إعداد رد الفعل مزيج PCR
    1. ماصة 1 ميكرولتر من كل التمهيدي، 1 ميكرولتر dNTP المزيج (100 ملم)، و 2.5 ميكرولتر من استخراج الحمض النووي، 5 ميكرولتر 10X PCR العازلة (التي تحتوي على 25 ملي المغنيسيومCL 2)، 0.25 ميكرولتر طق البلمرة (5 وحدات / ميكرولتر) و39.25 ميكرولتر DNAse- وريبونوكلياز المياه PCR مجانا إلى العقيمة 200 أنبوب رد فعل ميكرولتر.
  3. بروتوكول PCR
    1. بدء تشغيل البرنامج PCR بنيت على النحو التالي: أولا، خطوة الحضانة الأولية في 95 درجة مئوية لمدة 5 دقائق وهو أمر ضروري لتفعيل طق البلمرة. ثانيا، 35 دورات التضخيم، تحتوي على 1 دقيقة. خطوة تمسخ في 95 درجة مئوية، 1 دقيقة. خطوة التمهيدي الصلب عند 50 درجة مئوية، والتمهيدي خطوة التمديد 1.5 دقيقة عند 72 درجة مئوية. ثالثا، على تمديد نهائي لمدة 10 دقيقة عند 72 درجة مئوية. وأخيرا، يتم تبريد تفاعل PCR إلى 4 درجات مئوية.
      ملاحظة: المكورات العنقودية الذهبية وH 2 O تخدم السيطرة كما الإيجابية والسلبية (الشكل 1B).
    2. وضع الأنبوب الذي يحتوي على مزيج تفاعل PCR في thermocycler وبدء تشغيل البرنامج.
  4. تنقية المنتج PCR
    ملاحظة: من أجل تنقية المنتج PCR، عدة بروتوكولات إماويمكن استخدام انزيم القائم أو مع السيليكا الامتزاز المصفوفة. وPCR تنظيف خطوة واحدة تستخدم هنا يستخدم اثنين من التفاعلات الإنزيمية حلمهي. في حين نوكلياز خارجية الأول (إكسو الأول) يزيل الحمض النووي الذين تقطعت بهم السبل واحد، الفوسفاتيز القلوية الروبيان (SAP) مائيا dNTPs الفردية. ويستند هذا الإجراء الثاني على الامتزاز تقنية الغشاء السيليكا مع الملح العالية ملزمة بسرعة - يغسل - منخفض الملح دورة شطف.
    1. إضافة 1.5 ميكرولتر من مزيج الأنزيمية التي تحتوي على حد سواء إكسو أنا وSAP إلى 25 ميكرولتر منتج PCR، تخلط جيدا ونقل إلى thermocycler تطبيق بروتوكول بسيط من أول دقيقة 15 عند 37 درجة مئوية تليها 15 دقيقة في 80 درجة مئوية. تخزين PCR المنتج المنقى إما في -20 درجة مئوية أو استخدامها مباشرة هدفا لوصفها PCR.

3. الحمض النووي الاغاروز جل الكهربائي

  1. إعداد العازلة الكهربائي (TBE العازلة)
    1. عاير 54.0 غ (445 ملم) قاعدة تريس، 27.5 غ (445 ملم) حمض البوريك و 20 مل من EDTA M 0.5 (10ملي) حل في درجة الحموضة 8.0 مع هيدروكسيد الصوديوم في قارورة وملئه بالماء المقطر إلى إجمالي حجم 1000 مل. ثم تمييع هذا المخزن المؤقت 5X 01:10 بالماء المقطر (0.5X TBE) لالكهربائي.
  2. إعداد العازلة تحميل
    1. مزيج 250 ملغ برموفينول الأزرق، 250 ملغ سيانول زايلين FF و 15 غرام من polysucrose (مواد الجدول) في قارورة. ثم تعبئته مع العازلة 0.5X TBE إلى إجمالي حجم 100 مل. قسامة صبغ التحميل إلى 1 مل أجزاء ومخزن في -20 درجة مئوية لمزيد من الاستخدام.
  3. الصب من جل الاغاروز
    1. تزن 6 ز الكهربائي القياسي الاغاروز إلى 300 عازلة مل 0.5X TBE (انظر القسم 3.1.1) في قارورة، لإعداد 2٪ (ث / ت) agarose هلام. ثم وضع الخليط الاغاروز في فرن الميكروويف، وتسخينها نقطة قريبة من الغليان حتى يذوب تماما agarose والحل يبدو واضحا.
    2. السماح للالاغاروز المنصهرة باردة بما فيه الكفاية وإضافة 10 ميكرولتر من 1٪ (ث / ت) إيثيديوم بروميد الأسهم المحاليلنشوئها. صب الحل في المدلى بها ووضع مشط هلام (السماح ل30 بئرا) في المدلى بها. إزالة مشط عندما هلام طدت تماما ووضع الجل الى غرفة الكهربائي التي تحتوي عازلة 0.5X TBE.
      ملاحظة: بروميد إيثيديوم السامة والتشوهات الخلقية. ولذلك ينبغي التعامل معها بحذر. فمن المستحسن استخدام قفازات النتريل. هناك بقع حمض الإقحام نوكليك البديلة التي يمكن استخدامها كبديل غير سامة.
  4. الاغاروز جل الكهربائي من المنتجات PCR
    ملاحظة: من أجل التحقق من حجم الصحيح من amplicons PCR وتقدير تركيز الحمض النووي يتم فصل المنتج PCR المنقى في هلام الاغاروز.
    1. ماصة 2 ميكرولتر من العازلة تحميل في أنبوب تفاعل PCR وإضافة 8 ميكرولتر من الناتج PCR. ماصة هذا المزيج في الآبار من هلام. إضافة 8 ميكرولتر من حجم علامة الوزن الجزيئي (DNA سلم) في بئر مستقل لتقدير حجم المنتج PCR.
    2. تطبيقالجهد ثابتا عند 10 V / سم ووقف الكهربائي حالما برموفينول علامة زرقاء وصلت حوالي ¾ من الطول الكلي للهلام. تصور شظايا PCR فصل باستخدام-نقل transilluminator الأشعة فوق البنفسجية (الطول الموجي 302 نانومتر) وتوثيقها باستخدام نظام هلام الوثائق. تقدير كمية من الحمض النووي عن طريق المقارنة البصرية مع سلم الحمض النووي. استخدام ما يقرب من 10 نانوغرام هدفا لوضع العلامات PCR.

4. سانجر تسلسل

  1. دورة تسلسل PCR
    ملاحظة: قم بوضع العلامات PCR في رد فعل 10 ميكرولتر باستخدام طقم التجارية (مواد الجدول).
    1. إضافة 2 ميكرولتر من mastermix رد فعل 5X، 2 ميكرولتر من إعداد الحمض النووي، 1.5 ميكرولتر من TPU1 أو RTU4 حل العمل (10 بمول / ميكرولتر) و 4.5 ميكرولتر من الدناز وريبونوكلياز المياه مجانا.
    2. وضع هذا المزيج رد فعل التسلسل في thermocycler وتشغيل PCR آخر. في المجموع، وعملية 25 دورة تتكون من خطوة تمسخ (96 درجة مئوية،10 ثانية)، خطوة الصلب (45-60 درجة مئوية، 5 ثانية) وخطوة التمديد (60 درجة مئوية، 2 دقيقة). وأخيرا، تهدئة رد الفعل إلى 4 درجات مئوية.
  2. تنقية رد فعل التسلسل
    1. تنقية مزيج العلامات رد فعل باستخدام الأعمدة تدور التجارية لتنقية PCR (مواد الجدول).
    2. تحميل 10 ميكرولتر من رد فعل التسلسل على ما قبل المائية مصفوفة هلام الترشيح وإجراء خطوة الطرد المركزي في 750 x ج لمدة 3 دقائق.
      ملاحظة: من خلال استخدام هذا الإجراء يتم الاحتفاظ الإنهاء صبغة غير مدمج في المصفوفة هلام.
    3. ثم تجفيف شطافة المائية في مكثف فراغ. أجهزة الطرد المركزي في 2500 x ج لمدة 20 إلى 30 دقيقة عند 40 درجة مئوية لاستكمال جفاف.
    4. إضافة 10 ميكرولتر من الفورماميد منزوع الأيونات عالية ثم تفسد عند 90 درجة مئوية لمدة 2 دقيقة ويبرد الخليط على الجليد. ماصة 10 ميكرولتر من العينات التشويه والتحريف على لوحة ميكرولتر جيدا 96. تخزين المنتج PCR المجففة وتنظيفها عند درجة حرارة -20 درجة مئوية إذا كان التحليلالتي يتعين الاضطلاع بها في وقت لاحق.
  3. 16S الريباسي جين تسلسل وتحليل تسلسل الحمض النووي
    ملاحظة: إجراء تحليل تسلسل على المنظم الآلي (مواد الجدول). المنظم المستخدم هنا هو نظام الشعرية الكهربائي القائم على مضان الآلي الذي يحلل 4 عينات في وقت واحد (مجموعة 50 سم 4-الشعرية) مع السائل البوليمر 67 (الشكل 1C).
    1. وضع لوحة microtiter في التسلسل. إرسال ورقة عينة (رقم قياسي لوحة) على النحو المنصوص عليه في 2، حفظه وبدء تسلسل المدى / تحليل باتباع الخطوات الواردة في 1.
      ملاحظة: المدة من سلسلة المدى هو 2 ساعة وتقدم البيانات من 800 إلى 1000 سنة مضت.
    2. فتح البرنامج تحليل التسلسل (مواد الجدول). فالبيانات معطاة تسلسل كملف نصي (.seq) وملف يحتوي على رحلاني بما في ذلك القيم الجودة (QV) (.ab1).
      ملاحظة: الدعوة الأساسي هو تلقائيا فيشكلت من قبل برنامج تحليل تسلسل ويتم فحص رحلاني الأساسي بصريا (على سبيل المثال، ذروة الذروة، ذروة فصل) يستخدم قبل تسلسل لمزيد من التطبيقات.
    3. مقارنة المخزنة ملف تسلسل الحمض النووي لقاعدة البيانات NR NCBI باستخدام خوارزمية انفجار (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi؟db=Nucleotide).

5. MALDI-TOF MS

ملاحظة: يستخدم مطياف الكتلة على 337 نانومتر N 2 ليزر، وسيتم تشغيلها من قبل برنامج حاسوبي لمراقبة معين (مواد الجدول). تسجل الأطياف في وضع الخطية ومجموعة الشامل بين 2000 إلى 20000 وتغطي دا. ويتم تفسير البيانات وتوزيع الدرجات للعينات في الوقت الحقيقي من خلال برمجيات تحليل (مواد الجدول) (1D الشكل).

  1. إعداد البكتيريا لMALDI-TOF تحليل MS
    1. تنمو البكتيريا من الفائدة (على سبيل المثال، Myroides odoratimimus) على العقيدumbia أجار الدم التي تحتوي على 5٪ الدم الحصان عند 37 درجة مئوية لمدة 18-24 ساعة، اعتمادا على سلالة بكتيرية (الشكل 2A). أداء غرام تلطيخ للتحقق من نمط شكلي للكائن الحي تحت التحقيق، فضلا عن نقاء الثقافة.
    2. استخدام المسواك الخشبي لنقل مستعمرة بكتيرية واحدة لبئر هدفا الصلب 96-جيدا (الشكل 2B و2C). البقعة 1 ميكرولتر من حمض الفورميك 70٪ على رأس كائن الهواء المجفف على الهدف الصلب وتترك لتجف لمدة حوالي 2-3 دقائق.
    3. ثم، تراكب الفور مع 1 ميكرولتر حل المصفوفة، التي تحتوي على 50 ملغ / مل CHCA (α-Cyano-4-hydroxycinnamic حامض) في مذيب عضوي (50٪ الأسيتونتريل، حمض trifluoroacetic 2.5٪، 47.5٪ H 2 O).
      ملاحظة: طريقة تراكب الحمضية (على طريقة إعداد لوحة) يمكن أن تستخدم لتحسين نوعية أطياف الشامل. وقد تبين أن للبكتيريا إيجابية الغرام مثل هذا "الهجوم بالحمض" يزيد من درجة زارة شؤون المحاربين القدامىالزهرى من أطياف قياس 45.
      ملاحظة: بدلا من ذلك على النظام الآلي وإعداد العينات (مواد الجدول) يمكن أن تستخدم فيها الاتصال مجانا بقع من 1 ميكرولتر 70٪ من محلول حمض الفورميك، وبعد دورة التجفيف الأولى، يتم تطبيق 1 ميكرولتر حل مصفوفة على مسحة البكتيرية. ثم تجفف العينات تحت ظروف قياسية في الرطوبة النسبية 60٪ ونحن على استعداد لاستخدامها في التحليل.
    4. السماح للتشويه مع مصفوفة مضافين الهواء الجاف مرة أخرى لمدة 5 دقائق في غطاء محرك السيارة. هذا تشويه البكتيرية مع مصفوفة تطبيقها الآن مستقرة لعدة ساعات.
      ملاحظة: مسحات البكتيرية دون مصفوفة قد لا تكون مستقرة بسبب تدهور البروتين.
  2. أداء تحليل MS MALDI-TOF
    1. مقدمة من عينات
      1. فتح برنامج حاسوبي لمراقبة من MMIS لدينا (مواد الجدول).
      2. تهوية ميناء تحميل عينة من مطياف الكتلة عن طريق الضغط على زر / OUT في الصك.
      3. فتح ميناء التحميل بعد نقرة وإدراج لوحة الهدف MALDI-TOF MS مع مسحة البكتيرية المجففة بالإضافة إلى المصفوفة.
      4. إغلاق ميناء وإجلاء مرة أخرى. مراقبة فراغ وعندما يصل إلى 4.5 × 10 -6 م بار بدء القياس.
    2. تحليل عينة
      1. فتح البرنامج تحليل MMIS لدينا (مواد الجدول) وانقر على القائمة "ملف". حدد "تصنيف جديد" ونافذة "MALDI biotyper الوقت الحقيقي المعالج تصنيف" الجديد يفتح. اكتب اسم المشروع، على سبيل المثال "project_1 قياس Myroides، في حقل" اسم المشروع "واضغط على زر" جديد ". وبموجب مربع الحوار جديد يسمى" مشروع جديد "اسم المشروع الاختيار والمضي قدما عن طريق الضغط على زر" موافق ".
      2. في "biotyper MALDI الوقت الحقيقي المعالج تصنيف" مراقبة "الحليلة وضع" نافذة مفتوحة. حدد مواقع المستهدفة (على سبيل المثال، A1، A2، A3 ...) انقر بزر الماوس الأيمن المبادرة القطريةالمسيخ أي الموضع المحدد (المشار إليها مربع اللون الأزرق) وحدد "إضافة عينات". في فتحها تلقائيا الجدول نوع العرض في اسم عينة، معرف عينة واختياريا للتعليق. انقر على زر "التالي" للمتابعة.
      3. في "biotyper MALDI الوقت الحقيقي المعالج تصنيف" مراقبة "اختيار MALDI طرق biotyper" نافذة مفتوحة. حدد "بروكر تصنيف" من "المشاريع متوسطة الحجم من أشجار التصنيف" وانقر على "التالي" للمتابعة.
      4. في "biotyper MALDI الوقت الحقيقي المعالج تصنيف" مراقبة "موجز مشروع" نافذة مفتوحة. تحقق الإدخالات إدراج المذكورة أعلاه للمشروع تصنيف الفعلي. بدء تصنيف تشغيل عن طريق الضغط على زر "إنهاء" (الشكل 2D - و). قياس يبدأ تلقائيا عند الوصول إلى الفراغ المناسب.
      5. اتبع على المدى تصنيف حتى يتم الانتهاء من قياس بنجاح. عرض جدول النتائج في تيوقال انه "MALDI Biotyper الوقت الفعلي Myroides مشروع تصنيف قياس project_1" فتح القائمة "عرض" ثم انقر على "نتائج".
      6. عرض "بروكر DALTONICS MALDI Biotyper نتائج تصنيف" كملف HTML في مستعرض ويب الافتراضي. طباعة وحفظ النتائج.
    3. قياس معيار اختبار مسبق يوميا لعينة التحليل لمعايرة أجهزة القياس وأداء أسبوعي وضع الآلية (أداة الاختبار الذاتي).
      ملاحظة: خلال قياس MALDI-TOF الأطياف وتحليلها في الوقت الحقيقي من خلال برامج التحليل (مواد الجدول). وترد قائمة من عشرة أنواع مع العشرات كل منها وإدخالها في نظام معلومات المختبر (LIS) لتقديم التقارير.
    4. تقييم نقدي لنتائج MALDI-TOF MS (انظر نتائج ممثل)، وإذا كان ذلك مناسبا، وتشمل اختبارات أخرى، مثل التشكيلات biochemical- والمضادات الحيوية قابلية أو 16S الريباسي التسلسل الجيني، وإذا لزم الأمر، غرام تلطيخ لتعيين الأنواع البكتيرية للتقرير الميكروبيولوجي.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

MALDI-TOF MS رواية، طريقة سريعة وغير مكلفة لتشخيص الروتينية الميكروبيولوجية. تحديد أنواع البكتيريا عن طريق MALDI-TOF MS تنتج أطياف تتكون أساسا من البروتينات الريباسي ولكن أيضا غيرها من "البروتينات الحفاظ جدا مع وظائف التدبير المنزلي تتأثر إلى حد أدنى من الظروف البيئية" 17. وقاعدة بيانات لهذه MMIS يحتوي على مجموعة كبيرة من الأطياف المرجعية وحتى البكتيريا التي نادرا ما توجد في العزلات السريرية يمكن تحديدها بشكل آمن 7،56،57. تظهر...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

كلا MALDI-TOF MS و 16S الريباسي التسلسل الجيني تقدم إمكانية لتحديد أعداد كبيرة من البكتيريا المختلفة. MALDI-TOF MS هو طريقة سريعة وغير مكلفة، والتي من السهل التعامل مع ووقواعد البيانات الكبيرة من أطياف الشامل البكتيرية المتاحة. لهذا السبب، MALDI-TOF MS هو، والتكلفة طريقة سريعة فعالة وموثوق بها لإجراء دراسات الفحص تركز على مسببات الأمراض البكتيرية نادرة 17،20،39،51. في دراسة استطلاعية مقارنة MALDI-TOF MS مع أساليب تحديد المظهرية الأخرى، سنج وآخرون الفعالية من حي...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يعلن المؤلفون أنه ليس لديهم مصالح مالية متنافسة.

شكر وتقدير

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يود المؤلفون أن يشكروا البروفيسور إينو جاكوبس على دعمه المستمر.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
CHROMASOLV ، مياه من الدرجة HPLC ، 1 لترSigma-Aldrich Chemie ، M & uuml ؛ nchen ، ألمانيا270733
Tissue Lyser LTQiagen ، هيلدن ، ألمانيا85600الخالط المتذبذب
الخرز الزجاجي 1.0 ممVWR International ، دارمشتات ، ألمانيا412-2917
Thermomixer 5436Eppendorf ، هامبورغ ، ألمانيا2050-100-05
QIAamp DNA Mini Kit (250)Qiagen ، Hilden ، ألمانيا51306
طقم Taq PCR Core (1,000 U)Qiagen ، Hilden ، ألمانيا201225
Forward Primer TPU1 (5 &ACUTE ؛ -AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-3 ')biomers.net, Ulm, Germany -
التمهيدي العكسي RTU4 (5 &ACUTE ؛ TAC CAG GGT ATC TAA TCC TGT T-3 &ACUTE ؛)biomers.net, Ulm, Germany -
Mastercycler Eppendorf ، هامبورغ ، ألمانيا- Thermocylcer
أنبوب التفاعل 1.5 ملSARSTEDT ، N & uuml ؛ mbrecht ، ألمانيا72،692
أنبوب التفاعل 2 ملSARSTEDT ، N & uuml. mbrecht ، ألمانيا72،693،005
PCR 8er-CapStripsBiozym Scientific ، Hessisch Oldendorf ، ألمانيا711040X
PCR 8er-SoftStripsBiozym Scientific ، Hessisch Oldendorf ، ألمانيا711030X
Sharp R-ZV11   ؛Sharp Electronics, Hamburg,Germany-Microwave
Titriplex III (EDTA Na2-salt dehydrate; 1 kg)Merck, Darmstadt, Germany1084211000
SeaKem LE AgaroseBiozym Scientific, Hessisch Oldendorf, Germany849006
SmartLadder SF - 100 إلى 1,000 نقطة أساسEurogentec, Lü ttich ، بلجيكاMW-1800-04
Bromophenol أزرق (25 جم)Sigma-Aldrich Chemie ، M & uuml ؛ nchen ، ألمانياB0126
زيلين سيانول FF (10 جم)Sigma-Aldrich Chemie ، M & uuml ؛ nchen ، ألمانياX4126
ComPhor L Maxi   ؛Biozym ، Hessisch Oldendorf ، محلول بروميد الإيثيديوم الألماني
1٪ (10 مل)كارل روث ، كارلسروه ، ألمانيا2218.1
Gel Doc 2000Bio-Rad Laboratories ، M & uuml ؛ nchen,ألمانيا-Gel-documentation system 
ExoSAP-IT (500 تفاعل)Affymetrix UK, Wooburn Green, High Wycombe, المملكة المتحدة78201
Buffer (10x) مع EDTA Life Technologies ، دارمشتات ، ألمانيا402824
BigDye Terminator Kit v1.1Life Technologies ، دارمشتات ، ألمانيا4337450
Hi-Di formamide (25 مل)Life Technologies ، دارمشتات ، ألمانيا4311320
DyeEx 2.0 Spin Kit (250)Qiagen ، Hilden ، ألمانيا63206
3130 Genetic AnalyzerLife Technologies ، دارمشتات ، ألمانيا-Sequencer
MicroAmp بصري 96 بئر لوحة تفاعل مع الباركودLife Technologies ، دارمشتات ، ألمانيا4306737
3130 محلل جيني ، قاعدة لوحة 96-wellLife Technologies ، دارمشتات ، ألمانيا4317237
3130 محلل جيني ، تجنيب الألواح 96-wellLife Technologies ، دارمشتات ، ألمانيا4317241
3130 محلل جيني ، حسنا لوحة الحاجزاللايف تكنولوجيز ، دارمشتات ، ألمانيا4315933
3130 محلل جيني ، POP-7 بوليمر ، 7 ملLife Technologies ، دارمشتات ، ألمانيا4352759
3130 محلل جيني ، 4 مصفوفة شعرية ، 50 سمLife Technologies ، دارمشتات ، ألمانيا4333466
برنامج تحليل التسلسل 5.4Life Technologies ، دارمشتات ، ألمانيا-
microflexBruker Daltonik ، بريمن ، ألمانيا-لدينا mMIS
VITEK MSbioM & eacute ؛ rieux, Nü rtingen, Germany 2nd< / sup> mMIS
flexControl 3.4Bruker Daltonik ، بريمن ، ألمانيا-برنامج التحكم في الجهاز
Biotyper Realtime Classification 3.1 (RTC)Bruker Daltonik ، بريمن ، ألمانيا-برنامج التحليل
&alpha ؛ -cyano-4-hydroxycinnamic acid ، HCCA ، 1 & nbsp ؛ زBruker Daltonik ، بريمن ، ألمانيا201344
معيار معايرة الببتيد IIBruker Daltonik ، بريمن ، ألمانيا222570
MSP 96 الهدف من الفولاذ المصقولBruker Daltonik ، بريمن ، ألمانيا8224989
peqGREENpeqlab   ؛37-5010
MALDI Biotyper Galaxy بروكر دالتونيك، بريمن، ألمانياالجزء رقم 1836007 نظام تحضير العينات الآلي
Vitek 2 bioMé rieux, Nü rtingen, Germany لدينا aMIS
MicroScan بيكمان كولتر ، كريفيلد ، ألمانيا2nd< / sup> aMIS
BD Phoenix & trade ؛ نظام علم الأحياء الدقيقة الآليBD ، هايدلبرغ ، ألمانيا3rd< / sup> aMIS
المكورات العنقودية الذهبية subsp.  Aureus  روزنباخ (ATCC®   25923 ™)مجموعة الثقافة من النوع الأمريكي (ATCC) ، معايير LGC ، مولشيم ، فرنساالتحكم الإيجابي في تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) ؛

المراجع

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Applied Biosystems 3130/3130xl Genetic Analyzers - Getting Started Guide. , Applied Biosystems | HITACHI. Foster City, CA 94404, USA. (2010).
  2. Ch. 5. Applied Biosystems 3130/3130xl Genetic Analyzers - Getting Started Guide. , Applied Biosystems | HITACHI. Foster City, CA 94404, USA. 81-104 (2010).
  3. Adekambi, T., Drancourt, M., Raoult, D. The rpoB gene as a tool for clinical microbiologists. Trends Microbiol. 17 (1), 37-45 (2009).
  4. Almuzara, M. N., et al. First case of fulminant sepsis due to Wohlfahrtiimonas chitiniclastica. J.Clin.Microbiol. 49 (6), 2333-2335 (2011).
  5. Areekul, S., Vongsthongsri, U., Mookto, T., Chettanadee, S., Wilairatana, P. Sphingobacterium multivorum septicemia: a case report. J.Med.Assoc.Thai. 79 (6), 395-398 (1996).
  6. Aydin, T. T., et al. Chryseobacterium indologenes Septicemia in an Infant. Case Rep.Infect.Dis. 2014, 270521(2014).
  7. Baillie, S., Ireland, K., Warwick, S., Wareham, D., Wilks, M. Matrix-assisted laser desorption/ionisation-time of flight mass spectrometry: rapid identification of bacteria isolated from patients with cystic fibrosis. Br.J.Biomed.Sci. 70 (4), 144-148 (2013).
  8. Benedetti, P., Rassu, M., Pavan, G., Sefton, A., Pellizzer, G. Septic shock, pneumonia, and soft tissue infection due to Myroides odoratimimus: report of a case and review of Myroides infections. Infection. 39 (2), 161-165 (2011).
  9. Bertelli, C., Greub, G. Rapid bacterial genome sequencing: methods and applications in clinical microbiology. Clin.Microbiol.Infect. 19 (9), 803-813 (2013).
  10. Bhuyar, G., Jain, S., Shah, H., Mehta, V. K. Urinary tract infection by Chryseobacterium indologenes. Indian J.Med.Microbiol. 30 (3), 370-372 (2012).
  11. Buchan, B. W., Ledeboer, N. A. Emerging technologies for the clinical microbiology laboratory. Clin.Microbiol.Rev. 27 (4), 783-822 (2014).
  12. Castillo-Rojas, G., et al. Comparison of Enterococcus faecium and Enterococcus faecalis Strains isolated from water and clinical samples: antimicrobial susceptibility and genetic relationships. PLoS ONE. 8 (4), e59491(2013).
  13. Chatzigeorgiou, K. S., Sergentanis, T. N., Tsiodras, S., Hamodrakas, S. J., Bagos, P. G. Phoenix 100 versus Vitek 2 in the identification of gram-positive and gram-negative bacteria: a comprehensive meta-analysis. J.Clin.Microbiol. 49 (9), 3284-3291 (2011).
  14. Clarridge, J. E. Impact of 16S rRNA gene sequence analysis for identification of bacteria on clinical microbiology and infectious diseases. Clin.Microbiol.Rev. 17 (4), 840-862 (2004).
  15. Crowley, E., et al. Evaluation of the VITEK 2 Gram-negative (GN) microbial identification test card: collaborative study. J.AOAC Int. 95 (3), 778-785 (2012).
  16. Crowley, E., et al. Evaluation of the VITEK 2 gram positive (GP) microbial identification test card: collaborative study. J.AOAC Int. 95 (5), 1425-1432 (2012).
  17. Croxatto, A., Prod'hom, G., Greub, G. Applications of MALDI-TOF mass spectrometry in clinical diagnostic microbiology. FEMS Microbiol.Rev. 36 (2), 380-407 (2012).
  18. Crum-Cianflone, N. F., Matson, R. W., Ballon-Landa, G. Fatal case of necrotizing fasciitis due to Myroides odoratus. Infection. 42 (5), 931-935 (2014).
  19. Deak, E., et al. Comparison of the Vitek MS and Bruker Microflex LT MALDI-TOF MS platforms for routine identification of commonly isolated bacteria and yeast in the clinical microbiology laboratory. Diagn.Microbiol.Infect.Dis. 81 (1), 27-33 (2015).
  20. DeMarco, M. L., Ford, B. A. Beyond identification: emerging and future uses for MALDI-TOF mass spectrometry in the clinical microbiology laboratory. Clin.Lab.Med. 33 (3), 611-628 (2013).
  21. Deng, J., et al. Comparison of MALDI-TOF MS, gene sequencing and the Vitek 2 for identification of seventy-three clinical isolates of enteropathogens. J.Thorac.Dis. 6 (5), 539-544 (2014).
  22. Drancourt, M., Berger, P., Raoult, D. Systematic 16S rRNA gene sequencing of atypical clinical isolates identified 27 new bacterial species associated with humans. J.Clin.Microbiol. 42 (5), 2197-2202 (2004).
  23. Fenselau, C., Demirev, P. A. Characterization of intact microorganisms by MALDI mass spectrometry. Mass Spectrom.Rev. 20 (4), 157-171 (2001).
  24. Freney, J., et al. Septicemia caused by Sphingobacterium multivorum. J.Clin.Microbiol. 25 (6), 1126-1128 (1987).
  25. Funke, G., Frodl, R., Sommer, H. First comprehensively documented case of Paracoccus yeei infection in a human. J.Clin.Microbiol. 42 (7), 3366-3368 (2004).
  26. Funke, G., Funke-Kissling, P. Evaluation of the new VITEK 2 card for identification of clinically relevant gram-negative rods. J.Clin.Microbiol. 42 (9), 4067-4071 (2004).
  27. Funke, G., Funke-Kissling, P. Performance of the new VITEK 2 GP card for identification of medically relevant gram-positive cocci in a routine clinical laboratory. J.Clin.Microbiol. 43 (1), 84-88 (2005).
  28. Gaillot, O., et al. Cost-effectiveness of switch to matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry for routine bacterial identification. J.Clin.Microbiol. 49 (12), 4412(2011).
  29. Gilchrist, C. A., Turner, S. D., Riley, M. F., Petri, W. A., Hewlett, E. L. Whole-genome sequencing in outbreak analysis. Clin.Microbiol.Rev. 28 (3), 541-563 (2015).
  30. Holland, R. D., et al. Rapid identification of intact whole bacteria based on spectral patterns using matrix-assisted laser desorption/ionization with time-of-flight mass spectrometry. Rapid Commun.Mass Spectrom. 10 (10), 1227-1232 (1996).
  31. Holmes, B., Owen, R. J., Hollis, D. G. Flavobacterium spiritivorum, a new species isolated from human clinical specimens. Int.J.Syst.Bacteriol. 32 (2), 157-165 (1982).
  32. Holmes, B., Owen, R. J., Weaver, R. E. Flavobacterium multivorum, a new species isolated from human clinical specimens and previously known as group IIk, biotype 2. Int.J.Syst.Bacteriol. 31 (1), 21-34 (1981).
  33. Jamal, W., Albert, M., Rotimi, V. O. Real-time comparative evaluation of bioMerieux VITEK MS versus Bruker Microflex MS, two matrix-assisted laser desorption-ionization time-of-flight mass spectrometry systems, for identification of clinically significant bacteria. BMC Microbiol. 14 (1), 289(2014).
  34. Janda, J. M., Abbott, S. L. 16S rRNA gene sequencing for bacterial identification in the diagnostic laboratory: pluses, perils, and pitfalls. J.Clin.Microbiol. 45 (9), 2761-2764 (2007).
  35. Jin, W. Y., et al. Evaluation of VITEK 2, MicroScan, and Phoenix for identification of clinical isolates and reference strains. Diagn.Microbiol.Infect.Dis. 70 (4), 442-447 (2011).
  36. Jossart, M. F., Courcol, R. J. Evaluation of an automated system for identification of Enterobacteriaceae and nonfermenting bacilli. Eur.J.Clin.Microbiol.Infect.Dis. 18 (12), 902-907 (1999).
  37. Karas, M., Hillenkamp, F. Laser desorption ionization of proteins with molecular masses exceeding 10,000 daltons. Anal.Chem. 60 (20), 2299-2301 (1988).
  38. Koh, Y. R., et al. The first Korean case of Sphingobacterium spiritivorum bacteremia in a patient with acute myeloid leukemia. Ann.Lab.Med. 33 (4), 283-287 (2013).
  39. Kok, J., Chen, S. C., Dwyer, D. E., Iredell, J. R. Current status of matrix-assisted laser desorption ionisation-time of flight mass spectrometry in the clinical microbiology laboratory. Pathology. 45 (1), 4-17 (2013).
  40. Koljalg, S., et al. First report of Wohlfahrtiimonas chitiniclastica from soft tissue and bone infection at an unusually high northern latitude. Folia Microbiol.(Praha). , (2014).
  41. Krishnamurthy, T., Ross, P. L. Rapid identification of bacteria by direct matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometric analysis of whole cells. Rapid Commun.Mass Spectrom. 10 (15), 1992-1996 (1996).
  42. Ktari, S., et al. Nosocomial outbreak of Myroides odoratimimus urinary tract infection in a Tunisian hospital. J.Hosp.Infect. 80 (1), 77-81 (2012).
  43. Lim, Y. M., Shin, K. S., Kim, J. Distinct antimicrobial resistance patterns and antimicrobial resistance-harboring genes according to genomic species of Acinetobacter isolates. J.Clin.Microbiol. 45 (3), 902-905 (2007).
  44. Marinella, M. A. Cellulitis and sepsis due to sphingobacterium. JAMA. 288 (16), 1985(2002).
  45. McElvania, T. E., Shuey, S., Winkler, D. W., Butler, M. A., Burnham, C. A. Optimizing identification of clinically relevant Gram-positive organisms by use of the Bruker Biotyper matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry system. J Clin.Microbiol. 51 (5), 1421-1427 (2013).
  46. Mellmann, A., et al. Evaluation of matrix-assisted laser desorption ionization-time-of-flight mass spectrometry in comparison to 16S rRNA gene sequencing for species identification of nonfermenting bacteria. J.Clin.Microbiol. 46 (6), 1946-1954 (2008).
  47. Mignard, S., Flandrois, J. P. 16S rRNA sequencing in routine bacterial identification: a 30-month experiment. J.Microbiol.Methods. 67 (3), 574-581 (2006).
  48. Nomura, F. Proteome-based bacterial identification using matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS): A revolutionary shift in clinical diagnostic microbiology. Biochim.Biophys.Acta. , (2014).
  49. Opota, O., Croxatto, A., Prod'hom, G., Greub, G. Blood culture-based diagnosis of bacteraemia: state of the art. Clin.Microbiol.Infect. 21 (4), 313-322 (2015).
  50. Patel, J. B. 16S rRNA gene sequencing for bacterial pathogen identification in the clinical laboratory. Mol.Diagn. 6 (4), 313-321 (2001).
  51. Patel, R. MALDI-TOF MS for the Diagnosis of Infectious Diseases. Clin.Chem. , (2014).
  52. Pincus, D. H. Ch. 1. Encyclopedia of Rapid Microbiological Methods. Miller, M. J. , PDA, DHI. Baltimore; River Grove. 1-32 (2005).
  53. Potvliege, C., et al. Flavobacterium multivorum septicemia in a hemodialyzed patient. J.Clin.Microbiol. 19 (4), 568-569 (1984).
  54. Rebaudet, S., Genot, S., Renvoise, A., Fournier, P. E., Stein, A. Wohlfahrtiimonas chitiniclastica bacteremia in homeless woman. Emerg.Infect.Dis. 15 (6), 985-987 (2009).
  55. Risch, M., et al. Comparison of MALDI TOF with conventional identification of clinically relevant bacteria. Swiss Med.Wkly. 140, 13095(2010).
  56. Schröttner, P., Rudolph, W. W., Eing, B. R., Bertram, S., Gunzer, F. Comparison of VITEK2, MALDI-TOF MS, and 16S rDNA sequencing for identification of Myroides odoratus and Myroides odoratimimus. Diagn.Microbiol.Infect.Dis. 79 (2), 155-159 (2014).
  57. Schröttner, P., Rudolph, W. W., Taube, F., Gunzer, F. First report on the isolation of Aureimonas altamirensis from a patient with peritonitis. Int.J.Infect.Dis. 29, 71-73 (2014).
  58. Schröttner, P., et al. Actinobacillus equuli ssp. haemolyticus in a semi-occlusively treated horse bite wound in a 2-year-old girl. Ger.Med.Sci. 11, Doc14 (2013).
  59. Seng, P., et al. Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry. Clin.Infect.Dis. 49 (4), 543-551 (2009).
  60. Shahul, H. A., Manu, M. K., Mohapatra, A. K., Chawla, K. Chryseobacterium indologenes pneumonia in a patient with non-Hodgkin's lymphoma. BMJ Case.Rep. 2014, (2014).
  61. Stackebrandt, E., Göbel, B. M. Taxonomic note: a place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int.J.Syst.Bacteriol. 44, 846-849 (1994).
  62. Tan, K. E., et al. Prospective evaluation of a matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry system in a hospital clinical microbiology laboratory for identification of bacteria and yeasts: a bench-by-bench study for assessing the impact on time to identification and cost-effectiveness. J.Clin.Microbiol. 50 (10), 3301-3308 (2012).
  63. Tanaka, K. The origin of macromolecule ionization by laser irradiation (Nobel lecture). Angew.Chem.Int.Ed.Engl. 42 (33), 3860-3870 (2003).
  64. Thaiwong, T., Kettler, N. M., Lim, A., Dirkse, H., Kiupel, M. First report of emerging zoonotic pathogen Wohlfahrtiimonas chitiniclastica in the United States. J.Clin.Microbiol. 52 (6), 2245-2247 (2014).
  65. Török, M. E., Peacock, S. J. Rapid whole-genome sequencing of bacterial pathogens in the clinical microbiology laboratory--pipe dream or reality. J.Antimicrob.Chemother. 67 (10), 2307-2308 (2012).
  66. Toth, E. M., et al. Wohlfahrtiimonas chitiniclastica gen. nov., sp. nov., a new gammaproteobacterium isolated from Wohlfahrtia magnifica (Diptera: Sarcophagidae). Int.J.Syst.Evol.Microbiol. 58, (Pt 4) 976-981 (2008).
  67. Tristezza, M., Gerardi, C., Logrieco, A., Grieco, F. An optimized protocol for the production of interdelta markers in Saccharomyces cerevisiae by using capillary electrophoresis. J.Microbiol.Methods. 78 (3), 286-291 (2009).
  68. Valentine, N. B., Wahl, J. H., Kingsley, M. T., Wahl, K. L. Direct surface analysis of fungal species by matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry. Rapid Commun.Mass Spectrom. 16 (14), 1352-1357 (2002).
  69. van Veen, S. Q., Claas, E. C., Kuijper, E. J. High-throughput identification of bacteria and yeast by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry in conventional medical microbiology laboratories. J.Clin.Microbiol. 48 (3), 900-907 (2010).
  70. Verma, R. K., Rawat, R., Singh, A., Singh, D. P., Verma, V. Sphingobacterium multivorum causing fatal meningoencephalitis: a rare case report. Int.J.Res.Med.Sci. 2 (4), 1710-1712 (2014).
  71. Yabuuchi, E., Kaneko, T., Yano, I., Moss, C. W., Miyoshi, N. Sphingobacterium gen. nov., Sphingobacterium spiritivorum comb. nov., Sphingobacterium multivorum comb. nov., Sphingobacterium mizutae sp. nov., and Flavobacterium indologenes sp. nov.: Glucose-nonfermenting Gram-negative rods in CDC groups IIK-2 and IIb. Int.J.Syst.Bacteriol. 33 (3), 580-598 (1983).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه

طلب إذن

الوسوم

16S rRNA

مقالات ذات صلة