مقالة منهجية

سرعة التحقق من صحة ترمينتورس استخدام الموارد الوراثية النباتية الأزرق البلازميد والجمعية جولدن جيت

DOI:

10.3791/54064

⸱

أبريل 25, 2016

 ,  , 
1Department of Biology, Ouachita Baptist University

في هذه المقالة

ملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يستخدم هذا البروتوكول مجموعة البوابة الذهبية والبلازميد pGR-blue لتحديد قوة المنهيات الموجودة في السيليكو بسرعة.

الملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

الهدف من هذا البروتوكول هو السماح بالتحقق السريع من المنهيات المحددة بالمعلوماتية الحيوية. علاوة على ذلك ، تم تصميم البلازميد (pGR-Blue) خصيصا لهذا البروتوكول ويسمح بالقياس الكمي لكفاءة المنهي. كدليل على المفهوم ، تم تحديد ستة نهي بالمعلوماتية الحيوية في العاثية الفطرية برنال13. بمجرد تحديدها ، تم صنع الإنهاء على شكل قليل النوكليوتيدات ذات النهايات اللاصقة المناسبة وتلدينها معا. باستخدام مجموعة البوابة الذهبية (GGA) ، تم استنساخ الإنهاء إلى pGR-Blue. تحت الضوء المرئي ، تظهر المستعمرات الإيجابية الكاذبة باللون الأزرق والمستعمرات المتحولة إيجابيا بيضاء / صفراء. بعد تحريض محفز أرابينوز (pBad) مع أرابينوز ، يمكن تحديد قوة المستعمرة عن طريق قياس نسبة البروتين الفلوري الأخضر (GFP) المنتج إلى بروتين الفلورسنت الأحمر (RFP) المنتج. مع pGR-Blue ، يمكن إكمال البروتوكول في أقل من ثلاثة أيام وهو مثالي في بيئة تعليمية. بالإضافة إلى ذلك ، تظهر النتائج أن هذا البروتوكول مفيد كوسيلة لفهم التنبؤات السيليكوية لكفاءة الإنهاء المتعلقة بتنظيم النسخ.

المقدمة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تتطلب مشاريع البيولوجيا التركيبية الكبيرة استخدام نهايات نسخ فعالة للغاية للمساعدة في تنظيم التعبير الجيني. يتطلب تحديد النهائيات الجديدة تحليلا معلوماتيا حيوية للجينومات الجديدة. ومع ذلك ، مع تطوير كميات متزايدة من برامج المعلوماتية الحيوية ، ولكل منها خوارزمية فريدة تستخدم للتنبؤ ، يحدث المزيد من التناقض بين النتائج المفترضة. نظرا لأن هذه العملية ذاتية إلى حد ما ويتم إجراؤها في السيليكو ، فإن هذه التنبؤات تحتاج إلى تأكيد بيولوجي. 1 بالإضافة إلى ذلك ، يتطلب حجم الإنهاء المفترض الذي تم تحديده من خلال التحليل داخل السيليكو استخدام استراتيجيات الاستنساخ التي يمكن إكمالها في إطار زمني قصير نسبيا.

البلازميد PGR-Blue هو تعديل لبلازميد PGR الذي أعيد تصميمه لاستخدام مجموعة البوابة الذهبية (GGA) لتبسيط إجراء الاستنساخ من خلال السماح بتنفيذ جميع خطوات التفاعل في وقت واحد في أنبوب طرد مركزي دقيق. 2،3 تم دمج اختيار اللون في البلازميد لزيادة سهولة تحديد المستعمرات الإيجابية. يجب أن يكون الربط الناجح أبيض / أصفر في الضوء المرئي وأخضر فلوري تحت الضوء الأزرق (450 نانومتر) أو الأشعة فوق البنفسجية (UV) عند زراعته على أطباق تحتوي على أرابينوز. نظرا لأن pGR-blue غير المصقول يحتوي على بروتين كرومو أزرق (amilCP) ، فإن المستعمرات التي تحتوي على بلازميد غير معدل تكون زرقاء تحت الضوء المرئي. يسمح هذا التبسيط جنبا إلى جنب مع البروتوكول المبسط للباحثين بالمضي قدما من تحديد المعلوماتية الحيوية إلى التأكيد البيولوجي في غضون ثلاثة إلى أربعة أيام. يمكن أن تكون طبيعة تصميم هذا النظام مفيدة في كل من مختبر الأبحاث وفي البيئات التعليمية.

يسمح البلازميد pGR-Blue بقياس قوة المنهي. 4 يتم استخدام محفز محفز أحادي أرابينوز لإنتاج بروتين الفلورسنت الأخضر (GFP) وبروتين الفلورسنت الأحمر (RFP). يتم استنساخ المنهي في البلازميد بعد تسلسل GFP ولكن قبل تسلسل RFP ، وبالتالي إيقاف نسخ بروتين RFP. يتم تحديد قوة المنهي من خلال نسبة GFP المنتج إلى RFP المنتج.

اقترح تقرير الرؤية والتغيير5 أن تعليم العلوم والتكنولوجيا والهندسة والرياضيات (STEM) يدمج الخبرات القائمة على البحث في الفصل الدراسي. 6 ومع ذلك ، فإن هذا يتطلب تطوير بروتوكولات يمكن أن يقوم بها الطلاب ذوي المهارات المحدودة في إطار زمني محدد. في حين أنه يمكن إنجاز البروتوكول في أقل من ثلاثة أيام ، فقد تم تصميمه أيضا بحيث يمكن إنجاز كل خطوة رئيسية في فترة معملية أسبوعية منفصلة (2-3 ساعات) لإنشاء تجربة بحثية للدورة التدريبية (CRE). عند استخدامه بهذه الطريقة ، سيستغرق الإجراء ما بين ثلاثة إلى ستة أسابيع وهو مناسب لكل من الدورات التمهيدية والمتقدمة في علم الوراثة أو بيولوجيا الخلية أو المعلوماتية الحيوية.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. تصميم وترتيب أليغنوكليوتيد] مع ينتهي مثبت المناسبة

  1. تحديد الإنهاء مستقلة رو المحتملة من خلال التحليل الجيني باستخدام البرامج التي هي متاحة بحرية على الانترنت. 7
  2. عند العمل مع الحمض النووي المزدوج تقطعت بهم السبل، وتحديد اتجاه فاصل لفحصها. 7 البلازميد الموارد الوراثية النباتية-الأزرق يتحقق إلا الإنهاء ligated في 5 'إلى 3' الاتجاه على رأس (حبلا إلى الأمام).
    1. تحويل حبلا فاصل أسفل (عكس) لتكملة لها عكس لإعادة توجيه تسلسل للاختبار في مكتب المدعي العام الاتحادي الأزرق باستخدام البرمجيات الحرة على الانترنت، على سبيل المثال، القرد.
  3. بعد تحديد التوجه أن يكون صحيحا، إضافة نهاية لزجة "5'-CGAC-3" إلى 5 'نهاية حبلا العلوي. إضافة نهاية لزجة "5'-CCGC-3" إلى 5 'نهاية حبلا السفلي. 8 وهذا سيضمن سيتم إدراج أن إدراج ligated في المناسبةالتوجه باستخدام GGA.
  4. مرة واحدة يتم تحديد تسلسل، نظام كما أليغنوكليوتيد] الذين تقطعت بهم السبل واحدة تجاريا.

2. التليين أليغنوكليوتيد] (ينطبق فقط لتجميد المجفف DNA)

  1. اعادة تعليق [أليغنوكليوتيد الفردية في المياه الحرة نوكلياز إلى تركيز 100 ميكرومتر.
  2. جعل العازلة 10X الصلب: 1 M كلوريد الصوديوم و 100 ملي تريس، حمض الهيدروكلوريك 7.4 درجة الحموضة. ويمكن تخزين عازلة الصلب في 4 درجات مئوية لعدة أسابيع. مرة واحدة يتم عازلة الصلب وإعادة تعليق أليغنوكليوتيد]، يبدأ الصلب 8.
  3. لكل فاصل لفحصها، إضافة 16 ميكرولتر من الماء نقي للغاية لأنبوب microcentrifuge 1.5 مل.
  4. إضافة 2 ميكرولتر من العازلة 10X الصلب إلى كل أنبوب microcentrifuge.
  5. إضافة 1 ميكرولتر من كبار النوكليوتيد حبلا (100 ميكرومتر) من فاصل المطلوب.
  6. إضافة 1 ميكرولتر من النوكليوتيد أسفل حبلا (100 ميكرومتر) من فاصل المطلوب.
  7. إنشاء الغليان با المياهعشر باستخدام الدورق 1000 مل تحتوي على ما يقرب من 400 مل من ماء الصنبور ومكان على طبق ساخن.
  8. وضع أنابيب microcentrifuge من الخطوة 2.6 في تعويم وتغلى لمدة 4 دقائق. بعد 4 دقائق، إيقاف لوحة الحرارة ولكن ترك الأنبوب وتطفو في حمام مائي لببطء بارد O / N (18 ساعة) 8. تخزين الإنهاء صلب عند درجة حرارة -20 درجة مئوية.

3. الذهبي الجمعية بوابة (ستاندرد ميكس - التكلفة الفعالة)

  1. جعل 40 نانومتر التخفيف من الإنهاء صلب. إضافة 124 ميكرولتر من المياه nuclease مجانا إلى 1 ميكرولتر من مزيج الإنهاء صلب (100 ميكرومتر).
    1. عينات الطرد المركزي لمدة 30 ثانية في 10000 x ج ومتجر على الجليد.
  2. الى ذلك مناسبا أنبوب جديد لthermocycler المستخدمة، إضافة 6 ميكرولتر من المياه nuclease مجانا.
  3. إضافة 1 ميكرولتر من الحمض النووي التجاري يغاز العازلة [300 ملي تريس، حمض الهيدروكلوريك (الرقم الهيدروجيني 7،7-7،8)، و 100 ملي MgCl 2، 100 ملي DTT و 10 ملي اعبي التنس المحترفين]. تنفيذ جميع الخطوات اللاحقة على الجليد.
  4. إضافة1 ميكرولتر من الموارد الوراثية النباتية الأزرق (35-50 نانوغرام / ميكرولتر) بلازميد الوجهة إلى أنبوب microcentrifuge.
  5. إضافة 1 ميكرولتر من 40 نانومتر الإنهاء ملدن إلى أنبوب microcentrifuge.
  6. إضافة 0.5 ميكرولتر التجاري عالية الدقة BsaI تقييد نوكلياز داخلية للأنبوب microcentrifuge.
  7. إضافة 0.5 ميكرولتر من يغاز الحمض النووي التجاري إلى أنبوب microcentrifuge.
  8. أجهزة الطرد المركزي خليط التفاعل في 10000 x ج لمدة 120 ثانية. ثم وضع أنبوب مباشرة في thermocycler.
  9. تشغيل برنامج thermocycler: 20 دورات من 1 دقيقة عند 37 درجة مئوية تليها 1 دقيقة في 16 درجة مئوية، تليها 1 حلقة 15 دقيقة عند 37 درجة مئوية. استخدام عينات مباشرة أو تجميد وتخزين في درجة حرارة -20 درجة مئوية. 8

4. الذهبي الجمعية بوابة (التجاري ميكس ماجستير - الوقت الفعال)

  1. إضافة 124 ميكرولتر من المياه nuclease مجانا إلى 1 ميكرولتر من 100 ميكرومتر صلب الإنهاء بإنشائه في الخطوة 2. وهذا يخفف من تركيز الحمض النووي فاصل إلى 40 نانومتر.تنفيذ هذه الخطوة بشكل جديد، وصفت 1.5 مل أنبوب microcentrifuge.
  2. الى ذلك مناسبا أنبوب جديد لthermocycler، إضافة 14 ميكرولتر من المياه nuclease مجانا. تأكد من وصفت أنبوب جديد وفقا لذلك.
  3. إضافة 2 ميكرولتر من التجاري ماستر العازلة مزيج إلى أنبوب microcentrifuge.
  4. إضافة 1 ميكرولتر من الموارد الوراثية النباتية-الأزرق البلازميد (35-50 نانوغرام / ميكرولتر) إلى أنبوب microcentrifuge.
  5. إضافة 2 ميكرولتر من 40 نانومتر الإنهاء ملدن إلى أنبوب microcentrifuge.
  6. إضافة 1 ميكرولتر من التجاري ميكس ماجستير في أنبوب microcentrifuge.
  7. أجهزة الطرد المركزي أنبوب نانومتر 40 في 10000 x ج لمدة 120 ثانية. ثم وضع أنبوب مباشرة في thermocycler.
  8. تشغيل برنامج thermocycler: 1 حلقة 60 دقيقة عند 37 درجة مئوية تليها 1 حلقة 15 دقيقة في درجة حرارة 55 مئوية. استخدام عينات مباشرة أو تجميد وتخزين في درجة حرارة -20 درجة مئوية.

5. التحول واختيار مستعمرة

  1. إعداد قاعدة لوريا (LB) أجار لوحات بتري تحتوي على 1 ملم ويركزأيون من الأمبيسلين (الأمبير) وتركيز 10 ملم من أرابينوز (ARB). إعداد لا يقل عن 10 مل من 1 M L حل الأسهم -arabinose لأن هذا الحل الأسهم ستستخدم في خطوات لاحقة.
  2. استخدام أي عالية الكفاءة (10 أغسطس - 10 سبتمبر transformants / ميكروغرام) المختصة كيميائيا E. القولونية (JM109) خلايا للتحول. 9 للحصول على أفضل النتائج، إضافة 3-5 ميكرولتر من رد فعل ربط إلى 50 ميكرولتر من الخلايا المختصة. عند استخدام الخلايا المختصة الكيميائية، اتبع بروتوكول التحول محددة للخلايا المستخدمة.
  3. نشر نصف (25 ميكرولتر) من الخلايا تحولت إلى LB قبل تحسنت (أمبير / ARB) أجار لوحات باستخدام على شكل حرف L العقيمة "عصا الهوكي" واحتضان O / N عند 37 درجة مئوية. نظرا لمعدل الأمبيسلين السريع من التحلل، لا احتضان عند 37 درجة مئوية خلال 24 ساعة.
  4. أداء اختيار مستعمرة على أساس اللون عن طريق التفتيش البصري. وينبغي أن يكون الربط الناجح أبيض / أصفر في الضوء المرئي ويتألق الأخضر undeص الأزرق (450 نانومتر) أو الأشعة فوق البنفسجية. ومن شأن ربط غير ناجحة تنتج مستعمرة هذا هو الازرق في اللون تحت الضوء المرئي بعد 18-20 ساعة.

6. التحقق والكمي لالمنهي

  1. إعداد 5 مل أنابيب معقمة LB-مرق مع 1 ملم الأمبيسلين و 10 ملي أرابينوز. عدد الأنابيب اللازمة يعتمد على عدد من الإنهاء التي يجري اختبارها بالإضافة إلى ضوابط (خلايا مقاومة الأمبيسلين التي لا يتألق والخلايا التي تحتوي على البلازميد الموارد الوراثية النباتية-الأزرق غير مختصر).
  2. تحت الضوء المرئي اختيار 2-3 / مستعمرات صفراء البيضاء (الخطوة 5.4) باستخدام حلقة عقيمة. السماح للعينات لاحتضان في المرق على شاكر عند 37 درجة مئوية و 160 دورة في الدقيقة ل16-18 ساعة. لا احتضان هذه العينات لأكثر من 24 ساعة.
    1. اختياريا، واستخدام مطياف لتحديد كثافة الخلايا الضوئية في 600 نانومتر (OD 600) لضمان نمو الخلايا كاف. عموما، فهناك علاقة OD 600 من ~ 0،8-1،0 بعد 16-18 ساعة من النمو.
  3. استعمالمعقمة لوحة 96-جيدا لالخطوات المتبقية. إجراء هذه الخطوات في بيئة معقمة وفي ثلاث نسخ. إضافة 199 ميكرولتر من معقم LB + أمبير / الارابينوز مرق (1 ملم الأمبيسلين / 10 ملي الارابينوز) إلى كل بئر. تشمل الغرفة على لوحة لمدة ثلاثة عناصر تحكم منفصلة.
    1. استخدام الضوابط الثلاثة التالية: بئر (1) التي تحتوي على LB + أمبير / الارابينوز مرق فقط وكذلك (2) للخلايا المختصة هو دون تغيير (فارغ) لتكون بمثابة فارغة. لالكمي (3) من قوة فاصل، ينبغي إدراج الخلايا التي تحتوي على الموارد الوراثية النباتية الأصلية تقطيعه أو التي تحتوي على الموارد الوراثية النباتية الأزرق ligated مع غير إنهاء تسلسل (مراقبة إشارة لتقدير). انظر الشكل رقم 1 لتخطيط لوحة القارئ.
  4. الماصة 1 ميكرولتر من محلول الخلية من O / N المرق في الآبار الفردية من لوحة 96-جيدا.
  5. لوحات ختم مع غطاء للتنفس ويهز ل18-20 ساعة عند 37 درجة مئوية و 160 دورة في الدقيقة.
  6. باستخدام قارئ لوحة، وتحديد OD 600 من خلال قراءةالامتصاصية في 600 نانومتر. قياس GFP مضان كما يلي: الإثارة 395 و 509. الانبعاثات قياس RFP مضان كما يلي: الإثارة 575 والانبعاثات 605. بعد 18-20 ساعة، ينبغي أن OD 600 أن ما يقرب من 0.5.
  7. لتطبيع للالتباين في النمو، واستخدام المعادلة: figure-protocol-1 لكلا GFP وطلب تقديم العروض.
  8. بعد التطبيع، وتحديد قوة فاصل النسبية باستخدام المعادلة figure-protocol-2

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

وهذا البروتوكول تنتج الخلايا التي تحتوي على الموارد الوراثية النباتية الأزرق مع فاصل ligated بين GFP وطلب تقديم العروض باستخدام الذهبي الجمعية بوابة (الشكل 2). المستعمرات الإيجابية التي تحتوي على إدراج ligated يمكن اختيار على أساس اللون. في الضوء المرئي ستكون المستعمرات الإيجابية أبيض / أصفر وسوف ايجابيات كاذبة تنتج مستعمرات زرقاء بعد 18-20 ساعة من الحضانة عند 37 درجة مئوية (الشكل 3).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

أهم خطوة في هذا البروتوكول هو الصحيح تصميم النوكليوتيد قبل الطلب. يجب أن يكون أليغنوكليوتيد] نهايات لزجة المناسبة إضافة إلى نهايات 5 'من كل من أعلى وأسفل مسارات لضمان GGA التأسيس هو ممكن. بالإضافة إلى ذلك، من المهم أن تبديل اتجاه اليسار الإنهاء التي تواجه (الإنهاء التي توقف النسخ على حبلا أسفل) إلى أن من حق تواجه (ينهي النسخ على حبلا العلوي) الإنهاء بسبب GFP وطلب تقديم العروض التعبير في حق تواجه (أعلى حبلا ) اتجاه.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ليس لدى المؤلفين ما يكشفون عنه.

شكر وتقدير

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ان الكتاب أن نعترف مالكوم كامبل وتود Eckdahl مع اتحاد الجينوم لتعليم نشط (GCAT) والتحالف التعليم HHMI-العلوم - الصيادون فج النهوض علم الجينوم وعلم التطوري برنامج (SEA-فاجات).

وقد أيد هذا المشروع من المنح المقدمة من المركز الوطني لبحوث الموارد (P20RR016460) والمعهد الوطني للعلوم الطبية العامة (P20GM103429) من المعاهد الوطنية للصحة. وأيد هذا البحث في جزء من مؤسسة العلوم الوطنية في إطار منحة # IIA-1457888. وقدمت المؤسسية بالإضافة إلى (جامعة أواتشيتا المعمدان) الأموال من خلال دينار باترسون الصيف زمالة أبحاث.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
pGR-Blue PlasmidAddgene68374
pGR-PlasmidAddgene46002
AeraSeal- (صفائح معقمة)Excel ScientificBS-25صفائح معقمة فقط
10x T4 DNA ligase BufferNEB
BsaI-HFNEBR3535Sسيعمل الإنزيم غير HF ولكنه أقل استقرارا للحرارة.
مزيج تجميع البوابة الذهبية NEBNEBE1600SCommerial Master Mix المشار إليه في البروتوكول.
T4 DNA ligaseNEBM0202S
جولة الطرد المركزي الصغير الرف العائمNova Tech InternationalF18875-6401
ملح الصوديوم أمبيسلينسيجما ألدريتشA9518
L < / em > - (+) - أرابينوزسيجما ألدريتشA-3256D-أرابينوز لن يحفز مروج pBAD
قاعدة لوريا (LB) - مرق ، ميلرسيجما ألدريتشL1900
Luria Base (LB) - Agar ، MillerSigma AldrichL2025
Tecan-Infinite M200 Plate ReaderTecan
Mix & amp اذهب للخلايا المختصة - سلالة JM109Zymo ResearchT3005استخدم بروتوكول التحويل الموصى به من الشركة
ApE: برنامج محرر بلازميدhttp://biologylabs.utah.edu/jorgensen/wayned/ape/
Tris-HCl ،PromegaH5121
(بلوري / بيولوجي ، معتمد)فيشر كيماويكS671
تقنيات الحمض النووي المتكاملة لتخليق قليل النوكليوتيدات(IDT)http://www.idtdna.com/site
زراعة الأنسجة الدقيقة - 96 بئر (معقمة)فالكون35-3072
العاثية الفطرية "Bernal13"بنك الجيناتKJ510413
المتكاملة للمياه الخالية من النويات(IDT)IDT004
معقمة ، على شكل حرف L منتجات علوم الحياة لخلية الهوكي6444-S1
Nano-Drop 2000c UV-Vis SpectrometerThermo Scientific2000c
ARNold: أداة ويب للتنبؤ بأجهزة إنهاء النسخ المستقلة عن Rho.http://rna.igmors.u-psud.fr/
كلوريد الصوديوم من الدرجة الجزيئية التجارية لوحات تقنيات الحمض النووي

المراجع

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Li, J., Zhang, Y. Relationship between promoter sequence and its strength in gene expression. Eur Phys J E Soft Matter. 37 (9), (2014).
  2. Engler, C., Kandzia, R., Marillonnet, S. A one pot, one step, precision cloning method with high throughput capability. PLoS One. 3 (11), e3647(2008).
  3. Lampropoulos, A., et al. GreenGate---a novel, versatile, and efficient cloning system for plant transgenesis. PLoS One. 8 (12), e83043(2013).
  4. Chen, Y. J., et al. Characterization of 582 natural and synthetic terminators and quantification of their design constraints. Nat Methods. 10 (7), 659-664 (2013).
  5. Woodin, T., Carter, V. C., Fletcher, L. Vision and change in biology undergraduate education, a call for action--initial responses. CBE Life Sci Educ. 9 (2), 71-73 (2010).
  6. Vasaly, H. L., Feser, J., Lettrich, M. D., Correa, K., Denniston, K. J. Vision and change in the biology community: snapshots of change. CBE Life Sci Educ. 13 (1), 16-20 (2014).
  7. Naville, M., Ghuillot-Gaudeffroy, A., Marchais, A., Gautheret, D. ARNold: a web tool for the prediction of Rho-independent transcription terminators. RNA Biol. 8 (1), 11-13 (2011).
  8. Campbell, A. M., et al. pClone: Synthetic Biology Tool Makes Promoter Research Accessible to Beginning Biology Students. CBE Life Sci Educ. 13 (2), 285-296 (2014).
  9. Rhee, J. I., et al. Influence of the medium composition and plasmid combination on the growth of recombinant Escherichia coli JM109 and on the production of the fusion protein EcoRI::SPA. J Biotechnol. 55 (2), 69-83 (1997).
  10. Dirla, S., Chien, J. Y., Schleif, R. Constitutive mutations in the Escherichia coli AraC protein. J Bacteriol. 191 (8), 2668-2674 (2009).
  11. Schleif, R. Regulation of the L-arabinose operon of Escherichia coli. Trends Genet. 16 (12), 559-565 (2000).
  12. Kosuri, S., et al. Composability of regulatory sequences controlling transcription and translation in Escherichia coli. Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (34), 14024-14029 (2013).
  13. Sharon, E., et al. Inferring gene regulatory logic from high-throughput measurements of thousands of systematically designed promoters. Nat Biotechnol. 30 (6), 521-530 (2012).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه

طلب إذن

الوسوم

مقالات ذات صلة