RESEARCH
Peer reviewed scientific video journal
Video encyclopedia of advanced research methods
Visualizing science through experiment videos
EDUCATION
Video textbooks for undergraduate courses
Visual demonstrations of key scientific experiments
BUSINESS
Video textbooks for business education
OTHERS
Interactive video based quizzes for formative assessments
Products
RESEARCH
JoVE Journal
Peer reviewed scientific video journal
JoVE Encyclopedia of Experiments
Video encyclopedia of advanced research methods
EDUCATION
JoVE Core
Video textbooks for undergraduates
JoVE Science Education
Visual demonstrations of key scientific experiments
JoVE Lab Manual
Videos of experiments for undergraduate lab courses
BUSINESS
JoVE Business
Video textbooks for business education
Solutions
Language
ar
Menu
Menu
Menu
Menu
Research Article
Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.
Erratum Notice
Important: There has been an erratum issued for this article. View Erratum Notice
Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
يتم وصف مقايسة عالية الإنتاجية لفحص الإنزيم. تتكون مجموعة الفحص الجاهزة للاستخدام متعددة الإرسال هذه من ركائز Chromogenic Polymer Hydrogel (CPH) المختارة مسبقا وركائز الكتلةB الهرومولينية Cالمعقدة I (ICB). الإنزيمات المستهدفة هي الإنزيمات الداخلية والبروتياز المتحلل للسكاريد.
Carbohydrates active enzymes (CAZymes) لها أدوار متعددة في الجسم الحي وتستخدم على نطاق واسع للمعالجة الصناعية في الوقود الحيوي والمنسوجات والمنظفات والورق والصناعات الغذائية. يعد الفهم الأعمق ل CAZymes أمرا مهما من وجهة نظر علم الأحياء الأساسية والصناعية. توجد أعداد هائلة من CAZymes في الطبيعة (خاصة في الكائنات الحية الدقيقة) وقد تم فهرسة مئات الآلاف ووصفها في قاعدة بيانات carbohydrate active enzyme (CAZy). ومع ذلك ، فإن معدل اكتشاف الإنزيمات المفترضة قد تجاوز قدرتنا على توصيف أنشطتها كيميائيا حيويا. أحد أسباب ذلك هو أن التقدم في تسلسل الجينوم والنسخ ، جنبا إلى جنب مع أدوات المعلوماتية الحيوية المرتبطة بها يسمح بالتعرف السريع على CAZymes المرشح ، لكن تقنية تحديد الخصائص الكيميائية الحيوية للإنزيم قد تقدمت بشكل أبطأ. لمعالجة هذه الفجوة التكنولوجية ، يتم وصف مجموعة فحص جديدة عالية الإنتاجية تعتمد على ركائز كروموجينيك غير قابلة للذوبان. تم إنتاج نوعين متميزين من الركيزة: ركائز Chromogenic Polymer Hydrogel (CPH) (مصنوعة من السكريات والبروتينات المنقاة) و Iغير قابل للذوبان Cهروموجينيك Biomass (ICB) (مصنوعة من مواد الكتلة الحيوية المعقدة). يتم توفير كل من ركائز CPH و ICB في نظام فحص عالي الإنتاجية مكون من 96 بئرا. يمكن تصنيع ركائز CPH بأربعة ألوان مختلفة ، مما يتيح مزجها معا وبالتالي زيادة إنتاجية الفحص. يصف البروتوكول مقايسة لوحة 96 بئرا ويوضح كيف يمكن استخدام هذا الاختبار لفحص أنشطة الإنزيمات وكوكتيلات الإنزيم والمرق.
تطورت تقنيات تعدين الجينومات والميتاجينومات بسرعة في السنوات الأخيرة ، وكذلك الاستراتيجيات المتوسطة والعالية الإنتاجية لاستنساخ الإنزيمات المؤتلفة والتعبير عنها. علاوة على ذلك ، توسعت موارد المعلوماتية الحيوية والمستودعات المرتبطة بها ، مثل (CAZy) 1،2 بشكل كبير. ومع ذلك ، هناك تحديات كبيرة متأصلة في استغلال تنوع الإنزيمات الميكروبية للأغراض الصناعية ، وقد أصبح التحديد التجريبي لأنشطة الإنزيم الآن عنق زجاجة خطير. على سبيل المثال ، تشير التقديرات إلى أنه باستخدام الطرق الحالية ، يمكننا التنبؤ بأمان بأنشطة ما لا يزيد عن 4٪ من البروتينات داخل قاعدة بيانات CAZy. على الرغم من توفر العديد من الطرق لمراقبة أنشطة الإنزيم ، إلا أن جميعها لها بعض القيود. تتوفر تقنيات راسخة تعتمد على الكروماتوغرافيا جنبا إلى جنب مع قياس الطيف الكتلي لتقييم شظايا القلة لأنشطة هيدرولاز الجليكوسيل (GH)3،4. ومع ذلك ، فإن هذه الأساليب كثيفة العمالة ومنخفضة الإنتاجية بشكل عام. تستخدم الطرق القائمة على قياس السكريات المختزلة مثل حمض ثنائي نيتروساليسيليك5 ومقايسات نيلسون-سوموغي6 على نطاق واسع لتقييم أنشطة هرمون النمو. ومع ذلك ، فإن هذه المقايسات لها إنتاجية محدودة ويمكن أن تكون عرضة لردود الفعل الجانبية. تستخدم ركائز عديد السكاريد الكروموجينيك الفردية ، مثل الأزورين المتشابك (AZCL) على نطاق واسع لتحديد أنشطة الإنزيم ، ولكن شراء جميع الركائز بشكل منفصل وتوزيع مساحيق الركيزة يدويا داخل لوحة الفحص يمكن أن يكون مرهقاومكلفا 7.
لقد قمنا بتطوير جيل جديد من ركائز هيدروجيل البوليمر الكروموجينيك (CPH) القائمة على أصباغ الكلوروتريازين التي ، عند استخدامها جنبا إلى جنب مع لوحة ترشيح 96 بئرا ، تشكل نظام فحص عالي الإنتاجية. تم تطوير ركائز إضافية للكتلة الحيوية الملونة غير القابلة للذوبان (ICB) والتي توفر معلومات حول توافر الركيزة داخل مخاليط البوليمر المعقدة ، مثل تلك الموجودة في الكتلة الحيوية الليجنوسليلوزية. يمكن إنتاج كل ركيزة بواحد من أربعة ألوان ، ويمكن دمج ركائز ملونة مختلفة في بئر واحد. في هذا البروتوكول ، يظهر أنه يمكن تطبيق هذه المنهجية على مجموعة متنوعة من السكريات والبروتينات وإمكانية فحص هرمون النمو ، عديد السكاريد الليتي أحادي الأكسجين (LPMOs) والبروتياز. يتم توفير بروتوكولات محددة لاستخدام 96 لوحة آبار وتوضح النتائج التمثيلية الكفاءة العالية لمجموعات الركيزة CPH و ICB كأدوات لفحص الإنزيم.
تتمثل إحدى الميزات المهمة لمجموعات الفحص الموصوفة ، بغض النظر عن الركيزة ، في أن المجموعات جاهزة للاستخدام في غضون 15 دقيقة ، بعد خطوة التنشيط. هذا يلغي الحاجة إلى تجميع الفحص الذي يستغرق وقتا طويلا من مواد الركيزة الخام كما هو الحال مع بعض الطرق الأخرى7. تتميز ركائز CPH و ICB بتخزين ممتاز (سنة واحدة على الأقل في درجة حرارة الغرفة) ، واستقرار درجة الحموضة ودرجة الحرارة 8 ولا تتطلب أي معدات أو تدريب متخصص. تعتمد فحوصات CPH أو ICB على لوحة ترشيح مكونة من 96 بئرا يتم من خلالها إجراء التفاعل مع الإنزيم. إذا كان الإنزيم نشطا مع ركيزة معينة ، يتم إنشاء أوليغومرات مصبوغة قابلة للذوبان ، مما ينتج عنه مادة طافية ملونة يمكن بعد ذلك ترشيحها إلى صفيحة منتظمة ذات 96 بئرا باستخدام مشعب فراغ أو جهاز طرد مركزي 8.
< p class = 'jove_content'> يتم صبغ الركائز بأصباغ الكلوروتريازين التي تمتص في نطاق الطيف المرئي (VIS) ويمكن حل الألوان الفردية (الأحمر والأزرق والأصفر والأخضر) باستخدام الانحدار الخطي إذا تم خلط ركائز CPH مختلفة بألوان مختلفة في بئر واحد ، ويعمل الإنزيم على أكثر من ركيزة واحدة. يمكن قياس اللوحة الناتجة مع المواد الطافية باستخدام قارئ لوحة ميكروتيتر قياسي قادر على قياس الامتصاص في نطاق VIS. يؤدي خلط ركائز مختلفة بألوان مختلفة في بئر واحد إلى زيادة إنتاجية نظام الفحص ، إلى ما مجموعه 384 تجربة في صفيحة مكونة من 96 بئرا (4 ركائز مختلفة بألوان مختلفة لكل بئر). توفر ركائزCPH أداة قيمة لتقييم النشاط المحدد للإنزيم بينما تستخدم ركائز ICB لتقييم قدرة الإنزيم على هضم مكون في سياق مخاليط الركيزة المعقدة التي تواجهها الإنزيمات عادة داخل الكتلة الحيوية. على الرغم من أن ركائز ICB لا توفر معلومات حول خصائص الإنزيم الفردية ، إلا أنها أدوات مفيدة لتقييم الأداء التجاري للإنزيمات أو الكوكتيلات أو المرق.
1. اللونية الفحص مع ركائز CPH في تنسيق لوحة 96-جيدا
2. اللونية الفحص مع ركائز ICB في تنسيق 96-جيدا
ويستند الإنتاجية العالية والقدرة على مضاعفة من هذا الاختبار على غير قابلة للذوبان مولد اللون البوليمر (أو البروتين) هيدروجيل (CPH) ركائز مرتبة في لوحات تصفية 96-جيدا. تضاف الإنزيمات، وكذلك ضوابط السلبية لوحة عدة فحص (الشكل 1A) والإنزيمات تتحلل الركيزة المقابلة إنتاج طاف الملونة (الشكل 1B). بعد الانتهاء من رد الفعل، ويتم نقل طاف في لوحة المنتج واضح جيدا والامتصاصية يمكن قياسها مباشرة باستخدام معمل مناسبة لوحات 96-جيدا (الشكل 1C).
يظهر - (0.75 U / مل 0،00) في الشكل 1D حيث تركيز انزيم تناقص يمكن ملاحظتها بالعين المجردة مثال على الاستجابة للجرعة من CPH-arabinoxylan إلى xylanase بتركيزات مختلفة من الانزيم. وضليع في الرياضيات طيفية أكثر تفصيلاification يمكن استخدامها لرسم الامتصاصية مقابل تركيز انزيم (الشكل 1E). كثافة إشارة يتوافق مع نشاط الإنزيم. يظهر استنساخ للفحص من قبل أشرطة الخطأ (خطأ المعياري للمتوسط، ووزارة شؤون المرأة، من ثلاث نسخ طبق الأصل). وتنشر التجارب أكثر تفصيلا عن استنساخ هذا الاختبار في أي مكان آخر 8.

الشكل 1. العلاج Xylanase من CPH-arabinoxylan. أ) مخطط لوحة عدة فحص مع الركيزة CPH (على سبيل المثال، CPH-arabinoxylan) تحميل في 96-جيدا الآبار مرشح لوحة فقط قبل إضافة الإنزيمات 1 و 2 و المخزن المؤقت السيطرة -فقط (كان انزيم 1 النشاط -xylanase إندو)؛ ب) تدهور CPH-arabinoxylan بواسطة انزيم 1 أنتجت طاف الملونة؛ ج) عند filtrat بمساعدة فراغأيون من supernatants في لوحة المنتج، يتم قياس الامتصاصية طيفيا؛ D) لوحة المنتجات التي تحتوي على منتجات التفاعل بعد العلاج من CPH-arabinoxylan في 4 ألوان مختلفة مع تركيزات مختلفة من إندو -β-1،4-xylanase في 100 ملي الصوديوم الخلات، ودرجة الحموضة 4.5 لمدة 60 دقيقة في درجة حرارة الغرفة؛ هاء) الكمي من المنتجات رد فعل من D باستخدام القياس الطيفي الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.
هناك خيارات مختلفة لاستخدام هذا الاختبار في فحص انزيم. خيار واحد هو استخدام لوحة 96-جيدا تحتوي على السكريات المختلفة للفحص، على سبيل المثال، هناك عدد قليل من (تنقيته) إندو -enzymes مع نشاط غير معروف. في هذه الحالة سوف تظهر النتيجة التي السكريات هي degradقادرة بواسطة انزيم الهدف. لإظهار هذا المبدأ، تم اختبار على -cellulase إندو ضد ركائز CPH مختلفة عند 25 درجة مئوية. حضنت ثلاثة تركيزات مختلفة انزيم (0.5 U / مل، 1.0 U / مل و 5 U / مل) لمدة 30 دقيقة. والنتيجة هي واضحة للعيان في لوحة المنتج (الشكل 2A). ورقة المنتج لهذا إندو -cellulase التي يقدمها المورد تحدد الجانب النشاط لxyloglucan (تمر هندي)، الشعير β-جلوكان، glucomannan، الزيلان BIRCHWOOD وانخفاض الجانب النشاط لgalactomannan. وتمشيا مع هذا، تم العثور على نشاط إضافي لالسيلولوز ضد CPH-β-جلوكان (الشعير)، CPH-xyloglucan (تمر هندي)، CPH-الزيلان (الزان) وانخفاض النشاط ضد CPH-galactomannan (الشكل 2B). لم يختبر Glucomannan. تم هضمها ركائز CPH نفسها مع الإنزيمات المتاحة التجارية (ثلاثة تركيزات مختلفة انزيم: 0.1 U / مل، 0.5 U / مل و 1.0 U / مل) تستخدم الضوابط الإيجابية في ظل نفس الظروف من السابقتجربة. وقد تدهورت جميع ركائز بواسطة انزيم السيطرة الإيجابية وكثافة إشارة زادت المقابلة لأعلى تركيز انزيم (الشكل 2C).

الرقم حضنت 2. ثمانية ركائز CPH مختلفة في إطار التحريض على درجة حرارة 25 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة. أ) لوحة نتاج ركائز CPH مختلفة هضمها مع إندو -cellulase، بتركيزات مختلفة. B) الكمي من النشاط والنشاط جانب مختلف من وإندو -cellulase. تمثل أشرطة الخطأ والخطأ المعياري للمتوسط من ثلاث نسخ طبق الأصل C) نشاط الإنزيمات التجارية المختلفة إلى الركيزة CPH المقابلة (إندو-سلولاز و2-HE-السليلوز و E-LAMSE وCPH-pachyman، CPH-curdlan، CPH- β-جلوكان (الشعير)؛ E-XYAN4 وCPH-الزيلان، E-XEGP وCPH-xyloglucan، E-BLAAM وCPH أميلوز، E-BMACJ وCPH-galactomannan. كل الانزيمات من Megazyme). أشرطة الخطأ تمثل الخطأ المعياري للمتوسط من نسختين متماثلتين. الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.
الكتلة الحيوية اللونية (ICB) ركائز غير قابلة للذوبان هي إضافة مفيدة للذخيرة الركيزة مولد اللون لأنها تحتفظ في جزء الترتيب الطبيعي من السكريات في جدران الخلايا النباتية التي هي المكونات الرئيسية للكتلة الحيوية. وتستخدم CPH وICB ركائز في مثالنا لتحليل انزيمات تفرز من Phanerochaete ذهبية الأبواغ عندما يزرع في وسط سائل. يظهر الإعداد لوحة من لوحة عدة فحص في الشكل 3A، مع 19 CPH ركائز و5 ركائز ICB (4 آبار لكل الركيزة، الشكل 3B). ب. كانت ذهبية الأبواغ cultivatإد لمدة ثلاثة أيام ثم طاف ثقافة تحليلها. لذلك، تم نقل 125 ميكرولتر 200 عازلة ملي لكل طاف الثقافة بشكل جيد و25 ميكرولتر المضافة. وقد تم اختبار ثلاثة شروط الحموضة المختلفة باستخدام العازلة خلات الصوديوم درجة الحموضة 4.0 العازلة فوسفات الصوديوم 6.0 درجة الحموضة أو درجة الحموضة 8.0 (الشكل 3C). والمحتضنة لوحة تهز (150 دورة في الدقيقة) عند 25 درجة مئوية لمدة 2 ساعة.
تم نقل المنتجات رد فعل على لوحة المنتج (الشكل 3D) وتحليلها. ب. ذهبية الأبواغ تنتج الانزيمات لتحلل مختلف جلوكان والنشا وxylans (الشكل 3E). يمكن أن يتم الكشف عن إشارات الأدنى للarabinan hemicelluloses (بنجر السكر) وغالاكتان بكتينية وكذلك لآر جي آي (فول الصويا). وكانت الأنزيمات المنتجة أكثر نشاطا في الظروف الحمضية (درجة الحموضة 4.0) مما كان عليه في ظروف محايدة أو الأساسية قليلا (درجة الحموضة 8.0). انخفاض النشاط نحو ركائز ICB (الشكل 3F)يظهر أنه عندما السكريات هي في سياق أكثر طبيعية، وكفاءة الانزيم ليست هي نفسها كما هو الحال مع السكاريد نقية وهذا هو السبب ركائز ICB تثبت وجهة نظر أكثر واقعية على الكفاءة انزيم، إذا تم تطبيقه على الخام أو ما قبل تعامل المواد النباتية.

الشكل 3. فحص لطاف الثقافة من ثقافة السائل القديمة لمدة 3 أيام من Phanerochaete ذهبية الأبواغ باستخدام لوحة الركيزة متعددة تحتوي على 19 CPH و 5 ركائز ICB. أ) ومخطط الإعداد لوحة مع 4 آبار لكل الركيزة الفردية (خلفية رمادية = ركائز CPH، الخلفية البرتقالية = ركائز ICB). ب) صورة من لوحة فحص تحتوي على الركيزة. C) مخطط تظهر الظروف العازلة المستخدمة في هذه التجربة (تم الكشف عن 200 ملي خلات الصوديوم الهيدروجيني 4.0، فوسفات الصوديوم 6.0 درجة الحموضة وفوسفات الصوديوم 8.0 درجة الحموضة). D) صورة للوحة المنتج بعد 2 ساعة عند 25 درجة مئوية. E) الامتصاصية في 517 نانومتر، ورسم لكل الركيزة CPH الفردية وF ) النتائج ICB الركيزة للأنزيمات منها. الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.
ركائز اللونية يمكن أن تستخدم أيضا لدراسة آثار التآزر باستخدام خليط من مختلف ركائز CPH الملونة في بئر واحدة وتحليل طاف رد فعل بعد العلاج باستخدام الإنزيمات واحدة أو انزيم الكوكتيلات.
في المثال التالي هو مبين في الشكل (4)، أحمر CPH السليلوز وركائز CPH الزيلان الصفراء كانت مختلطة معا في EQU تقريبانسبة القاعدة في 96-جيدا الآبار مرشح لوحة. ويبين الشكل 4A المنتجات رد فعل الملونة بعد العلاج 1 ساعة في درجة حرارة الغرفة مع عدم وجود إنزيم (السيطرة)، سل السليلوز (2 U / مل)، xylanase XYL (1 يو / مل)، و خليط من كل من الأنزيمات (3 مكررات لكل النهج) في 100 ملي خلات الصوديوم العازلة درجة الحموضة 4.5. لتحليلها، وكان كميا للناتج التفاعل طيفيا عن طريق مسح الطيف الامتصاصية من 350 نانومتر إلى 700 نانومتر (الشكل 4B). في كثير من الأحيان الفحص البصري وحده يمكن أن تعطي مؤشرا على ما إذا كان انزيم يتصرف على واحد أو عدة ركائز، ومع ذلك سجلت يمكن أيضا امتصاص الأطياف النابعة من الأصباغ المختلفة يمكن حلها باستخدام بسيط الانحدار الخطي 8 لتعطي مؤشرا أكثر دقة لمدى تدهور كل الركيزة من الخليط.
استخدام ركائز CPH كما خليط كبير يزيد من الإنتاجية للمقايسة، مما يتيح قرار مجلس الأمنeening ضد ما يصل إلى 4 ركائز مختلفة في تجربة واحدة (بئر واحدة). في المثال الموضح أربع ركائز المختلفة المستخدمة: أزرق CPH-β-جلوكان (الشعير)، أصفر CPH الزيلان (الزان)، والأخضر CPH أميلوز والأحمر غالاكتان-CPH بكتيني (الترمس). يظهر تخطيط لوحة الركيزة في الشكل 4C وصورة من لوحة فحص في الشكل 4D. تم إجراء رد فعل في 100 ملي خلات الصوديوم العازلة درجة الحموضة 4.5 لمدة 30 دقيقة في درجة حرارة 25 مئوية و 150 دورة في الدقيقة. تم اختبار الانزيمات واحدة الأولى مع زيادة تركيز الانزيم مع الركيزة المقابلة CPH (الشكل 4E) وطاف الملونة وكان في استقبال كما هو متوقع في لوحة المنتج (الشكل 4F، الصف 1A - 12D). الواردة الصف E في اثنين من مختلف ركائز CPH الأصفر CPH-الزيلان والأزرق CPH-β-جلوكان، التي تدهورت مع نسب مختلفة من الانزيمات المقابلة إندو -xylanase وإندو -glucanase. بعد رد الفعل، والنتيجة هي visibفي لوحة المنتج لو: كان لون ناتج التفاعل أكثر قتامة الأخضر والأزرق، عندما كان أكثر إندو -glucanase الحالي (الشكل 4F، 4E-6E) وتحولت إلى أخف وزنا الأصفر والأخضر، عندما زاد إندو -xylanase تركيز ( الرقم 4F، 10-12E). وينظر الى نفسه في الصف F، حيث تدهورت اثنين من ركائز الحمراء CPH بكتيني غالاكتان والأصفر CPH-الزيلان مع إندو -galactanase وإندو -xylanase. وكانت كل أربعة أنواع مختلفة من الألوان CPH الركيزة الحالي (الشكل 4F، 1G-12F)، والأنزيمات واحدة تدهور الركيزة CPH المناسبة وذلك بإضافة إضافية الانزيمات وكان في استقبال مجموعة من المنتجات رد فعل الملونة.

الرقم 4. مزيج من اثنين من ركائز CPH مختلفة، أحمر CPH السليلوز والأصفر CPH-الزيلان، وتعامل مع إنزيمات مختلفة. ا) supernatants رد الفعل بعد العلاج من اثنين من ركائز مع إندو -cellulase (سل) أو إندو -xylanase (XYL) أو كليهما الانزيمات. ب) أطياف الامتصاص من supernatants رد فعل. مزيج من أربعة ركائز CPH المختلفة التي تتم معالجتها مع الانزيمات المختلفة C) مخطط لوحة الركيزة التي تحتوي على ركائز CPH: الأزرق CPH-β-جلوكان (الشعير)، أصفر CPH الزيلان (الزان)، والأخضر CPH أميلوز وCPH- الأحمر غالاكتان بكتينية (الترمس) D) صورة من لوحة فحص تحتوي على ركائز CPH مختلفة E) مخطط لوحة المنتج تبين نسبة الأنزيمات المضافة (تركيز الاسمية (NC):.. غلو = 1 يو / مل إندو -glucanase، XYL = 1 يو / مل إندو -xylanase، ايمي = 5 U / مل إندو -amylase وغال = 0،5 يو / مل إندو -galactanase). F) صورة من لوحة المنتج بعد حضانة 30 دقيقة في درجة حرارة 25 مئوية. الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.
| الركيزة | مصدر |
| CPH-2-هيدروكسي | N / A |
| (CPH-2-HE-السليلوز) | |
| CPH-الأميلوبكتين | البطاطس |
| CPH أميلوز | البطاطس |
| CPH-arabinan | شمندر سكري |
| CPH-arabinoxylan | قمح |
| CPH الكازين | الحليب البقري |
| CPH-الشيتوزان | أصل حيواني |
| CPH-curdlan | المقلونة البرازية |
| CPH-ديكستران | النستقة النيابة. |
| CPH-galactomannan | خروب |
| CPH-امينارين | لاميناريا إصبعية |
| CPH-lichenan | موس الأيسلندي |
| CPH-ميثيل | N / A |
| CPH-pachyman | بوريا كوكوس |
| غالاكتان-CPH بكتيني | البطاطس |
| CPH-بولولان | ذهبية الدعامات الملوثة |
| CPH-rhamnogalacturonan الأول (RG الأول) | البطاطس |
| CPH-rhamnogalacturonan الأول (-Gal) * | البطاطس |
| CPH-rhamnogalacturonan | فول الصويا |
| CPH-الزيلان | الزان |
| CPH-xyloglucan | تمر هندي |
| CPH-β-جلوكان من الشعير | شعير |
| CPH-β-جلوكان من الشوفان | شوفان نباتة |
| CPH-β-جلوكان من الخميرة | خميرة |
| ICB-نبات الأرابيدوبسيس | روزيت يترك من نبات الأرابيدوبسيس thaliana العقيد-0 (نبات الكبار) |
| بذور ICB-نبات الأرابيدوبسيس | نبات الأرابيدوبسيس thaliana |
| ICB-تفل | قصب السكر officinarum (نبات الكبار المجففة، ساق وأوراق) |
| ICB البلورية السليلوز (ورقة فلتر) | ورقة هتما 3MM مركز حقوق الانسان اللوني التجارية |
| بذور ICB-الحلبة | الحلبة النيابة. بذور |
| ICB-القنب | القنب النيابة. (نبات الكبار المجففة، ساق وأوراق) |
| بذور ICB-الترمس | ترمس ضيق الأوراق والبذور |
| ICB-حبوب اللقاح P. pratense | Phleum pratense حبوب اللقاح |
| ICB-شجرة التنوب | Picea النيابة. (ميلجذع شجرة lled) |
| ICB من التبغ | يترك من النيكوتين benthamiana (محطة الشباب) |
| قش القمح ICB | قمح النيابة. (نبات الكبار المجففة، ساق وأوراق) |
| ICB الصفصاف | صفصاف النيابة. (المجففة نبات الكبار، شجرة المضروب الجذع) |
| ICB-الذرة | الذرة النيابة. (يترك من نبات الكبار) |
| (السلاسل الجانبية β-1،4-D-غالاكتان إزالتها مع إندو -β-1،4-D-galactanase) * |
الجدول 1. قائمة متاح اللونية البوليمر هيدروجيل (CPH) وغير قابل للذوبان اللونية الكتلة الحيوية (ICB) ركائز.
هناك نوعان من طلبات البراءات المودعة التي تنطوي على 96 بئرا لوحة CPH الركيزة فحص و96-جيدا ICB الركيزة مقايسة (WO2015036000 والدنمارك السلطة الفلسطينية 2015 70311).
يتم وصف مقايسة عالية الإنتاجية لفحص الإنزيم. تتكون مجموعة الفحص الجاهزة للاستخدام متعددة الإرسال هذه من ركائز Chromogenic Polymer Hydrogel (CPH) المختارة مسبقا وركائز الكتلةB الهرومولينية Cالمعقدة I (ICB). الإنزيمات المستهدفة هي الإنزيمات الداخلية والبروتياز المتحلل للسكاريد.
ونود أن نشكر البروفيسور جون بول نوكس (جامعة ليدز، المملكة المتحدة)، الذين قدموا الوصول إلى مختبراته للتصوير، وسوزان ماركوس لتقديم المساعدة التقنية الممتازة. شبيبة يقر مشروع WallTraC (البرنامج الإطاري السابع المفوضية الأوروبية (اتفاقية منحة لا: 263916) والكتلة الحيوية المشروع للقرن ال21 (الابتكار الأساس الدنمارك، القضية رقم: 103408) SKK وشكر المشروع SET4Future (مجلس البحوث الاستراتيجية الدنماركية)، والاستراتيجية الحيوية القيمة التي أسسها المجلس الدانمركي للبحوث الاستراتيجية، والمجلس الدانمركي للتكنولوجيا والابتكار (جرانت القضية رقم: 0603-00522B)، ونهج يحركها الأحياء لفهم تدهور الأنزيمية من السكاريد نظم مجمع (جرانت القضية رقم .:. 107279) للحصول على التمويل وتعكس هذه الورقة آراء المؤلفين فقط الاتحاد الأوروبي ليست مسؤولة عن أي استخدام يمكن أن تكون مصنوعة من المعلومات تتضمن هذه الوثيقة.
| لوحات طقم الفحص | Glycospot | مخصص لمجموعة الفحص | |
| حل | تنشيط Glycospot | لتنشيط ركائز CPH | |
| 350 مل كتلة فاصل لوحة الاستقبال لمشعب الفراغ | Pall Corporation | 5015 | كتلة|
| فاصل 96 بئر لوحة مرشح HV متعددة الشاشات ، 0.45 & micro ؛ م ، لوحة | فحصMillipore | MSHVN4510 | شفافة وغير معقمة |
| 96 بئر Microplates ، لوحة تجميع 651201 من مادة البولي بروبيلين | Greiner Bio-One | بعد غسل الركائز | |
| Nunc MicroWell 96-Well Microplates | Thermo Scientific | 269620 | لوحة المنتج |
| مضخة الحجاب الحاجز MZ 2 NT | Vacuubrand | 732000 | مضخة فراغ تستخدم مع مشعب |
| انفورز إتش تي إيكوترون | إنفورز إتش تي | 4950132 (Buch & amp; هولم) | شاكر أفقي |
| SpectraMax M5 | الأجهزة الجزيئية | 10067-750 (VWR) | قارئ امتصاص لوحة 96 جيدا |
| مشعب الفراغ | Pall Corporation | 5017 | فراغ مشعب |
| <م > إندو < / م > سليلاز (EGII) (<م > Trichoderma longibrachiatum < / م >) | ميجازيم | E-CELTR | السليولاز [<م > سيل < / م >] |
| endo-β-1,4-mannanase (Cellvibrio japonicus) | Megazyme | E-BMACJ | mannanase [man] |
| endo-β-1،3-glucanase (Trichoderma spp.) | Megazyme | E-LAMSE | &-glucanase [glu] |
| endo-&β-1,4-D-galactanase (Aspergillus niger) | Megazyme | E-EGALN | galactanase [gal] |
| endo-& beta;-1،4-xylanase M4 (Aspergillus niger) | Megazyme | E-XYAN4 | xylanase [xyl] |
| endo-xyloglucanase (GH5) (Paenibacillus sp.) | Megazyme | E-XEGP | xyloglucanase [xg] |
| α-amylase (Bacillus licheniformis) | ميجازيم | E-BLAAM | الأميليز [<م > ايمي < / إم >] |