Method Article

إنشاء وتطبيق مرجع لتسهيل المناقشة وتصنيف البروتينات في مجموعة متنوعة

DOI:

10.3791/56107

⸱

August 16th, 2017

1Department of Microbiology and Immunology, Arizona College of Osteopathic Medicine, Midwestern University

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

والهدف من هذا البروتوكول هو وضع مرجع للبروتينات المختلفة في مجموعة التي تفتقر إلى معايير متسقة للتسمية والتصنيف. هذا المرجع سوف تيسر تحليل ومناقشة للمجموعة ككل ويمكن استخدامها بالإضافة إلى أسماء ثابتة.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

البروتينات ذات الصلة التي درست في مختبرات مختلفة باستخدام الكائنات المختلفة قد تفتقر إلى نظام موحد للتسمية والتصنيف، مما يجعل من الصعب مناقشة المجموعة ككل ووضع تسلسل جديد في السياق المناسب. وضع إشارة أن يعطي الأولوية لميزات تسلسل هامة تتعلق بهيكل و/أو يمكن استخدام النشاط بالإضافة إلى أسماء ثابتة لإضافة بعض الاتساق إلى مجموعة متنوعة من البروتينات. يستخدم هذا الورق سيستين استقرت فوق (CS-αβ) الحلزون ألفا عائلة كمثال لإظهار كيف مرجع الذي تم إنشاؤه في برنامج جدول بيانات يمكن توضيح العلاقات بين البروتينات الموجودة في فوق عائلة، فضلا عن تسهيل الإضافة جديدة تسلسل. ويبين أيضا كيف يمكن أن تساعد الإشارة صقل تسلسل التحالفات التي تم إنشاؤها في برامج شائعة الاستخدام، مما يؤثر في صحة تحليلات النشوء والتطور. استخدام مرجع سيكون مفيداً للغاية للبروتين المجموعات التي تتضمن متواليات متباينة جداً من مجموعة واسعة من الأصناف، مع الميزات التي لم يتم التقاطها بشكل كاف بالتحليلات الجزيئية على الأرجح.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يجب أن تعكس اسم البروتين خصائصها وعلاقتها بغيرها من البروتينات. ولسوء الحظ، يتم تعيين أسماء عموما في وقت اكتشاف، ويستمر البحث، قد تغير فهم السياق الأوسع. وهذا يمكن أن يؤدي إلى أسماء متعددة إذا كان بروتين بشكل مستقل وحددت أكثر من مختبر، والتغييرات في التسمية أو في خصائص الفكر أن تكون نهائية عند تعيين الاسم، واسم التفريق لم يعد بما فيه الكفاية البروتين من الآخرين.

ديفينسينس اللافقاريات تقدم مثالاً جيدا للانحطاط في التسمية والتصنيف. أبلغ defensins اللافقارية أول من الحشرات، واقترح اسم "حشرة ديفينسين" استناداً إلى التماثل المتصورة للثدييات ديفينسينس1،2. ديفينسين الأجل يزال يستخدم، على ا....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1-تحديد "ملامح تعريف" مجموعة البروتين الفائدة

  1. راجع المنشورات السابقة لتحديد ما إذا كان هناك توافق في آراء فيما يتعلق بالميزات التي تعتبر ضرورية لأن تعتبر جزءا من المجموعة. يحيط علما بأي تناقضات أو اختلافات في الرأي بين المجموعات البحثية، وتشمل الخصائص التي قد تستخدم للتمييز بين مجموعة فرعية واحدة من آخر-
  2. إذا كان لا يتناول المؤلفات السابقة المميزة، استخدام تسلسلات التي تعتبر ممثل المجموعة كنقطة انطلاق لتحديد ميزات المصانة.

2. جمع "متواليات ذات الصلة"

  1. إذا كان قد تم كتابة الاستعراضات التي تتضمن تحليلات لمتواليات التي تمثل المجموعة، وتشمل هذه التسلسلات في مجموعة البيانات الخام. استرداد تسلسل استخدام أرقام ....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يتم عرض مجموعات من تسلسل في فوق عائلة CS αβ ذكرت في الأدبيات في الشكل 4. وتوحي الازدواجات سيستين تستند إلى الترقيم لكل تسلسل المجموعات الخمس الأساسية (الجدول 1، العمود الأوسط). وقد المجموعة 1 سيستينيس الستة التي من ثنائي كبريتيد ثلاثة سندات ويشمل تسلسل من الحشرات والعناكب والرخويات، والديدان الخيطية والفطريات. لدى المجموعات 2 و 3 و 4 سيستينيس 8 التي تشكل أربعة ثنائي كبريتيد السندات. وتشمل المجموعة 2 عنكبوتى، والحشرات، وتسلسل النبات؛ وتشمل الم.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ينبغي أن تكون المعايير المتعلقة بتسمية بروتين ضمن مجموعة واضحة، ولكن هذا ليس هو الحال دائماً. وقد درست تسلسلات التي لديها خدمات العملاء-αβ أمثال في مختبرات عديدة باستخدام مجموعة متنوعة من الكائنات الحية، وأسفر عن أنظمة مختلفة من التسميات، فضلا عن اختلاف مستويات توصيف. محاولة فرض إلى مصطلحات جديدة تماما ليس من المعقول، وسوف ينتج قدرا كبيرا من الارتباك عند استشارة المؤلفات السابقة. يمكن استخدام إشارة نظام الترقيم بالإضافة إلى اسم البروتين لتوضيح خصائصه بالنسبة فوق عائلة.

مجموعات من البروتينات مع.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ليس له علاقة بالكشف عن صاحب البلاغ.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

البحوث الجارية الببتيد الميكروبات tardigrade يدعمه التمويل الداخلية من "مكتب بحوث جامعة الغرب الأوسط" ورعاية البرامج (أورسب). وقد أورسب أي دور في تصميم الدراسة أو جمع البيانات، والتحليل، وتفسير أو إعداد مخطوطة.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
ويب BLASThttps://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
EditSeq (مجموعة Lasergene)DNASTARhttps://www.dnastar.com/t-allproducts.aspx
Excel 2013Microsoft
FigTree  http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/
MEGAwww.megasoftware.net
MrBayeshttp://mrbayes.sourceforge.net/
بياناتhttp://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/
صفحة قاعدة SCOP

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Matsuyama, K., Natori, S. Purification of Three Antibacterial Proteins from the Culture Medium of NIH-Sape-4, an Embryonic Cell Line of Sarcophaga peregrina. J Biol Chem. 263 (32), 17112-17116 (1988).
  2. Lambert, J., et al.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Protein ClassificationSpreadsheet SoftwareCysteine Stabilized Alpha Beta SuperfamilySequence AlignmentPhylogenetic AnalysisStructural FeaturesAmino Acid SpacingMEGA 6 SoftwareProtein NomenclatureDivergent Sequences

Related Articles