نموذج إعداد وتحليل البيانات التعبير الجيني على أساس رناسيق من الزرد

Timothy L. Hostelley; Jessica E. Nesmith; Norann A. Zaghloul

doi:10.3791/56187

مقالة منهجية

نموذج إعداد وتحليل البيانات التعبير الجيني على أساس رناسيق من الزرد

DOI:

10.3791/56187

⸱

أكتوبر 27, 2017

Timothy L. Hostelley^*¹ , Jessica E. Nesmith^*¹ , Norann A. Zaghloul¹

¹Division of Endocrinology, Diabetes and Nutrition, Department of Medicine, University of Maryland School of Medicine

^* These authors contributed equally

في هذه المقالة

ملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

هذا البروتوكول يقدم نهجاً لتحليل الترنسكربيتوم كله من الأجنة الزرد، اليرقات، أو فرز الخلايا. نحن تشمل عزلة من الجيش الملكي النيبالي، وتحليل المسار للبيانات رناسيق، والمستندة إلى بكر qRT التحقق من صحة التغييرات التعبير الجيني.

الملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تحليل التغيرات التعبير الجيني العالمي أداة قيمة لتحديد مسارات الرواية الأساسية تعمل الملاحظة. الزرد نموذج ممتاز للتقييم السريع لأسرة الترنسكربيتوم من السكان الخلية الحيوانية أسرة أو فرد بسبب السهولة لعزل الحمض النووي الريبي من إعداد كبيرة من الحيوانات. ويرد هنا بروتوكولا لتحليل التعبير الجيني العالمي في الأجنة الزرد استخدام تسلسل الحمض النووي الريبي (رناسيق). يصف لنا إعداد الجيش الملكي النيبالي من الأجنة كله أو من السكان الخلية التي تم الحصول عليها باستخدام الخلية الفرز في الحيوانات المحورة وراثيا. كما يصف لنا نهج لتحليل البيانات رناسيق لتحديد مسارات المخصب وشروط الجينات علم الوجود (GO) في مجموعات البيانات التعبير الجيني العالمي. وأخيراً، نحن نقدم بروتوكول للتحقق تغييرات التعبير الجيني باستخدام المنتسخة العكسية الكمي PCR (قرت-PCR). يمكن استخدامها لتحليل مقارن للتحكم ومجموعات تجريبية من الزرد لتحديد التغييرات التعبير الجيني رواية هذه البروتوكولات، والتبصير الجزيئية تعمل لمصلحة.

المقدمة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تحليل مقارن للتعبير الجيني العالمي أداة قيمة لتحديد الجينات الجديدة المساهمة تعمل الملاحظة. هذه التحليلات عادة تعتمد على التقييم الكمي لوفرة نسخة مقارنة بين التجريبية والتحكم في العينات. النهج المستهدفة، مثل قرة-بكر نسبيا سريعة ودقيقة لتحقيق تغييرات التعبير الجيني واحد. تسلسل الحمض النووي الريبي (رناسيق) يقدم نهجاً واسع النطاق وخالية من فرضية لتحديد التغيرات الهامة في التعبير الجيني بين العينات، مما يجعل الآن معياراً لمثل هذه التحقيقات عبر أنظمة تجريبية.

وظهرت الزرد نموذجا بارزا عبر مجالات أمراض عديدة. وضعت أصلاً لفائدتها في دراسات علم الأحياء التنموي، نظراً للخصوبة العالية والتكلفة المنخفضة نسبيا للصيانة، والاستخدام التجريبي من الزرد تطورت....

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

كافة البروتوكولات الحيوانية المبينة أدناه وفقا وأقرتها جامعة "ميريلاند رعاية الحيوان المؤسسية" واستخدام اللجنة (إياكوك)-

1-"إعداد الجنين"

^،

توليد أجنة عن طريق التزاوج الطبيعي
1. ثقافة الأجنة لمدة 3 أشهر عمر، الإنجابية النضج ⁵ ⁸.
2. فصل الأسماك الذكور والإناث البالغين من سلالة المرجوة في صهاريج التزاوج مقسمة في المساء قبل جمع الأجنة، وإضافة 2 من الذكور والإناث 3 لكل صهريج.
  ملاحظة: تحليل β-خلايا البنكرياس يسمح باستخدام سلالة مراسل الفلورسنت المعدلة وراثيا insulin2a:mCherry.
3. خزان المياه العذبة نظام نقل الأسماك للتز....

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

وأعرب عن الفرز من خلطات الجينات:

نحن استهدفت تحديد الجينات الأثران المعرب عنها في مرحلة اليرقات الزرد نماذج من مرض Alström ومرض متلازمة باردت-بيدل (BBS)، أما alms1 أو النصوص bbs1 بالحقن قبل التحقق من صحة موس إلى حجب الوصلة الزرد البرية من نوع الأجنة¹⁶^،¹⁷. في 5 أيام بعد الإخصاب (إدارة الشرطة الاتحادية)، replicates اثنين من الجيش الملكي النيبالي استخرجت من ك.......

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ويوفر النهج المبينة في هذا البروتوكول استراتيجية فعالة من حيث التكلفة وسريعة نسبيا لتحليل مستوى الترنسكربيتوم للحيوانات كله أو السكان خلية معينة تم فرزها. الزرد يوفر نموذجا مفيداً لهذا النوع من الدراسة بسبب السهولة والسرعة في توليد كميات كبيرة من ابتداء من المواد وسهولة تنفيذ الوراثية أو البيئية الظروف التجريبية، وتوافر كبير مجموعة خطوط مراسل المعدلة وراثيا مما يسمح لعزل السكان نوع الخلية المحددة والخاصة بالانسجة.

بينما لم تذكر بالتفصيل هنا، هذا الأسلوب يمكن أن تستوعب بسهولة أقسام الأنسجة التي.......

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

الكتاب ليس لها علاقة بالكشف عن.

شكر وتقدير

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

وأيده هذا العمل R01DK102001 (N.A.Z.) و P30DK072488 (N.A.Z.) T32DK098107 (T.L.H. و J.E.N.).

....

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسم	الشركة	رقم فهرسي	التعليقات
<قوية >كواشف تجارية< قوية>
TriZol	Thermo Scientific	كاشف	تحلل
15596026 TrypLE	Gibco	12604013	عازلة تفكك 1
FACSMax	Genlantis	T200100	عازلة تفكك 2
المياه المعالجة DEPC	Sigma	95284
FirstStrand تحويل cDNA	Thermo Scientific	K1621	مجموعة تحويل الحمض النووي (كدنا
2X SYBR Green Master Mix	Roche	4707516001	qRT-PCR Master Mix
FACS Buffer	Fisher Scientific	50-105-9042
كلوروفورم	سيجما ألدريتش	288306
أسيتات الصوديوم	سيجما ألدريتش	S2889
قوي> الاسم< / قوي >	< قوي > شركة < / قوي >	< قوي > رقم الكتالوج < / strong>	التعليقات < / strong
> Zebrafish سلالات < / strong> Tuebingen
	ZIRC	ZL57
ins2a: mCherry	ZIRC	ZL1483
الاسم < / strong>	< قوي>الشركة< / قوي>	<قوي> رقم الكتالوج< / strong>	تعليقات< strong>
Equipment< / قوي>
مصفاة خلية 40 ميكرون	Sigma	CLS431750
أنبوب	FACS BD Falcon	352063
مقياس الدم	Sigma	Z359629
تشريح المجهر	Zeiss
المجهر المقلوب	Zeiss
Nanodrop	Thermo Scientific
Illumina HiSeq	Illumina
LightCycler 480	Roche
Colling Tanks 1.0L Crossing Tank	Aquaneering	ZHCT100
FACS tube 5 مل أنبوب البولي بروبلين	BD فالكون	352063
<قوي>الاسم	<قوي>الشركة	<قوي>رقم الكتالوج	تعليقات
Software
Excel
Consensus Path DB	http://cpdb.molgen.mpg.de/
GO تحليل التخصيب	http://geneontology.org/page/go-enrichment-analysis

) < Microsoft

المراجع

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Nusslein-Volhard, C., Dahm, R. Zebrafish. , Oxford University Press. (2002).
Detrich, H. W., Zon, L., Westerfield, M. The Zebrafish: Disease Models and Chemical Screens. , 4th ed, Academic Press. (2017).
Detrich, H. W., Zon, L. I., Westerfield, M.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه

طلب إذن

نموذج إعداد وتحليل البيانات التعبير الجيني على أساس رناسيق من الزرد

في هذه المقالة

ملخص

الملخص

المقدمة

البروتوكول

النتائج

المناقشة

الإفصاحات

شكر وتقدير

المواد

المراجع

إعادة الطباعة والأذونات

الوسوم

مقالات ذات صلة