مقالة منهجية

أسلوب لتحديد آثار الإثراء البيئي في القولون ميكروبيومي التنوع البيولوجي في نموذج ورم القولون الماوس

DOI:

10.3791/57182

⸱

فبراير 28, 2018

 ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Division of Gastroenterology, Hepatology, and Nutrition, Department of Internal Medicine, University of Utah, 2Huntsman Cancer Institute, University of Utah

في هذه المقالة

ملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

الإثراء البيئي (EE) هو بيئة إسكان الحيواني الذي يستخدم للكشف عن الآليات التي تقوم عليها العلاقة بين نمط الحياة والإجهاد والمرض. ويصف هذا البروتوكول إجراء يستخدم نموذج ماوس tumorigenesis القولون وهه لتحديد التعديلات على وجه التحديد في التنوع البيولوجي الحجمية التي قد تؤثر على وفيات الحيوان.

الملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

وقد أبرزت عدة دراسات أجريت مؤخرا الآثار المفيدة للذين يعيشون في بيئة مخصب على تحسين الأمراض البشرية. في الفئران، الإثراء البيئي (EE) يقلل tumorigenesis بتنشيط ماوس الجهاز المناعي، أو يؤثر على الورم تأثير بقاء الحيوان عن طريق حفز الاستجابة إصلاح الجرح، بما في ذلك التنوع ميكروبيومي محسنة، وورم المكروية. شرط هنا إجراء مفصل لتقييم آثار الإثراء البيئي على التنوع البيولوجي ميكروبيومي في نموذج ورم القولون ماوس. موصوفة بالاحتياطات اللازمة فيما يتعلق بتربية الحيوان واعتبارات للحيوان التكامل مستعمرة الوراثي، والماوس، وكلها تؤثر في نهاية المطاف التنوع البيولوجي الميكروبي. الإصغاء هذه الاحتياطات قد تسمح بانتقال ميكروبيومي موحدة أكثر، ونتيجة لذلك سوف يخفف آثار تعتمد غير المعالجة التي يمكن الخلط بين نتائج الدراسة. علاوة على ذلك، تتسم التغيرات الحجمية في هذا الإجراء، استخدام 16S المتاشب تسلسل الحمض النووي المعزولة من البراز التي جمعت من القولون القاصي بعد تخصيب البيئية الطويلة الأجل. القناة الهضمية الحجمية الاختلال يرتبط بأمراض سرطان القولون ومرض التهاب الأمعاء، ولكن أيضا من السمنة ومرض السكري بين السكان الآخرين. الأهم من ذلك، يمكن استخدام هذا البروتوكول لتحليل هة وميكروبيومي دراسة دور ميكروبيومي المرضية عبر مجموعة متنوعة من الأمراض التي توجد فيها نماذج الماوس قوية التي يمكن إيجاز الأمراض البشرية.

المقدمة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

دراسات الإثراء البيئي ه (ه) استخدام معلمات السكن معقدة تؤثر على التحفيز الاجتماعي (أقفاص السكنية الكبيرة، ومجموعات أكبر من الحيوانات) والتحفيز الإدراكي (أكواخ والإنفاق، ومواد التعشيش ومنصات) والنشاط البدني (على التوالي عجلات). وقد استخدمت هة بالعديد من المعامل لفهم آثار زيادة النشاط وتحسين التفاعلات الاجتماعية والمعرفية في بدء المرض والتقدم باستخدام مجموعة واسعة من نماذج الماوس، بما في ذلك الحلاقة الحاصة المستحث، مرض الزهايمر، متلازمة ريت وأمراض الأورام والجهاز الهضمي عدة نماذج1،2،،من34،،من56.

تم تطوير عدة نماذج الماوس لدراسة tumorigenesis القولون في الفئران. ربما هو النموذج الأكثر المعالم الماوس Apcدقيقة . الماوس Apcدقيقة وضعت في المختبر من حمامة ويليام في عام 19907، وقد استخدمت كنموذج الفأر من الطفرات في الجين APC التي ترتبط عادة بسرطان القولون والمستقيم البشرية. على النقيض من البشر إيواء APC الطفرات، الفئران Apcمين أساسا تطوير أورام الأمعاء الصغيرة، مع حدوث نادرة جداً لاورام القولون. ومع ذلك، يزيد اليل Tcf4Het مع طفرة متخالف خروج المغلوب knockin واحدة في Tcf4، إلى حد كبير tumorigenesis القولون عندما جنبا إلى جنب مع اليل Apcدقيقة 8. في الآونة الأخيرة، استخدمت هذا الطراز الماوس من tumorigenesis القولون لتحديد آثار هة على القولون توموريجينيسيس6. في الكاثوليكي وآخرون. دراسة آثار فسيولوجية والمظهرية هة على الذكور والإناث من أربعة خطوط الماوس المختلفة (البرية من نوع (WT)، Tcf4Het/+ Apc+ +، Tcf4+ + Apcمين/+، و Tcf4 Het/+ آسيا والمحيط الهادئمين/+)) تم تعريفها. ربما كانت النتيجة الأكثر إثارة للاهتمام أن هة يزيد بشكل ملحوظ عمر الحيوانات الحاملة لورم القولون الذكور والإناث على حد سواء. وهذا يبرهن أنه قد يقلل هة على الأقل بعض الأعراض المرتبطة tumorigenesis القولون، وتحسين صحة الحيوان. بشكل ملحوظ، هذا عمر محسنة عند الذكور ليست نتيجة مباشرة لانخفاض توموريجينيسيس، وبدلاً من ذلك يرتبط بالشروع في ورم الجرح الشفاء الاستجابة، بما في ذلك تحسين ميكروبيومي التنوع البيولوجي6.

وقد نشرت عدة دراسات محددة هة مع نتائج مثيرة للاهتمام. ومع ذلك، من وجهة النظر تقنية، نتائج هامة لا غالباً ما قابل للترجمة إلى مختبرات أخرى. الحفاظ على منهجيات هة متطابقة بين المختبرات المختلفة هو مسألة معقدة بشكل لا يصدق، ليس فقط بسبب أجهزة تخصيب والمساكن المستخدمة، لكن أيضا الفراش، الغذاء، التهوية، تربية، علم الوراثة، والنشاط في الغرفة، وبروتوكول الحيوان الاحتياجات، من بينها9،،من1011. مثال واحد هو التكامل الحيواني، حيث الحيوانات يجب ستابلي إدماجها في مستعمرة الماوس، ثم تطبيع التركيب الجيني في الخلفية، والنظام الغذائي، لتجنب آثار غير المعالجة ذات الصلة. علاوة على ذلك، استكملت دراسات هة العديد من قبل أعمال أهمية ميكروبيومي في المرض، وطريقة أن ممارسات تربية الماوس مشتركة يمكن أن تؤثر على تكوين10،ميكروبيومي القناة الهضمية12.

تربية والتنسيب الاستراتيجية والحيوان في هة يمكن أن تزيد من التوتر لم يكن تنفيذها بشكل صحيح. منذ الدراسات هة استخدام إعداد كبيرة من الحيوانات الذكور والإناث والأنماط الجينية متعددة، الإعداد التجريبية يمكن أن يكون صعباً نظراً للحاجة إلى الحيوانات من ليتر عدة تكون جنبا إلى جنب. ولذلك، وضعت تربية والفطام استراتيجية للسماح للجمع بين الحيوانات الفطام للنمط الوراثي الصحيح من ليتر مختلفة. وكان الأساس المنطقي الأساسي لهذا لتطبيع الحجمية بين ليتر والحد من التوتر عندما تم نقل الحيوانات في البيئة التجريبية. وأحيلت ميكروبيومي من السد10. توفير التنوع الميكروبي للمستعمرة، التي تم شراؤها من "مختبرات جاكسون" الإناث وإدماجها في المستعمرة لمدة شهر واحد قبل بدء التجربة9،،من1012. وكانت الإناث نحو مزيد من تطبيع ميكروبيومي التنوع البيولوجي بين الحيوانات، مساكن المشترك قبل تربية. بعد تربية والإسكان البلدية أثناء تربية القدرة على الهروب التمريض الجراء تحسين مستويات الإجهاد لرعاية الأمهات13،14، ربما تعزيز تطبيع ميكروبيومي. لمنع غير EE ذات الصلة بالآثار على ميكروبيومي، وهذا الإسكان البلدية من جميع الحيوانات التجريبية منع القتال وإضافية من الإجهاد الذي حدث عند الجمع بين العديد من الذكور من ليتر مختلفة في قفص تجريبية واحدة. وأخيراً، شملت أعدادا متساوية من الحيوانات من جميع الأنماط الجينية في الأقفاص. وهذا أتاح الفرصة للتنوع البيولوجي الحجمية محسنة عبر الأنماط الجينية، وإزالة مساهمة كوبروفاجيا (الميل للحيوان أن تستهلك البراز) أو الفوارق السلوكية الممكنة الخاصة بالنمط الوراثي للدراسة الشاملة.

يوفر هذا البروتوكول استراتيجية توسع الدراسات هة السابقة تشمل الجوانب المعروفة للبحث ميكروبيومي، بما في ذلك التكامل مستعمرة الإرسال والحيوان الحجمية لتطبيع الحجمية، لتمكين السكان ميكروبيومي موحدة أكثر بين الحيوانات التجريبية. مراعاة هذه الاحتياطات أمر ضروري نظراً لقدرة الاختلافات غير المعالجة الحجمية ذات الصلة الخلط بين نتائج الدراسة. إزالة غير هة المتصلة بالتغيرات الحجمية سوف تمكن الباحثين من تحديد دور هة تحديداً في تكوين الحجمية أثناء المرض التنمية والتقدم.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

وأجريت جميع الأساليب الموصوفة هنا وفقا للبروتوكولات المعتمدة "رعاية الحيوان المؤسسية" واستخدام اللجنة (إياكوك) في جامعة يوتا.

1-تصميم التجريبية وهه وإعداد قفص مراقبة

ملاحظة: للرجوع إليها، ويتضح مخطط تفصيلي لتصميم تجريبي (الشكل 1).

  1. إعداد عنصر التحكم (شمال شرق) واقفاص هة (2 الرقم).
    1. لإعداد الأقفاص NE، استخدام الأقفاص التحكم التقليدية يعقم (الجدول 1) التي تفتقر إلى أجهزة تخصيب اليورانيوم.
    2. لاقفاص كبيرة، حفر ثقب واحد في قفص كبير بما يكفي لاستيعاب جروميت، ونفق (جدول المواد).
    3. لإعداد تربية ألجرو واقفاص هة، توصيل اثنين من أقفاص يعقم كبيرة مع نفق مضمون جروميت معقمة ومنصات معقمة 2 لزيادة مساحة الطابق (الجدول 1). لإجراء تجارب عليها هة، توفر تشغيل عجلات، أنفاق، كوخاً، والأكواخ، وكرات الزحف معقمة، وتداخل المواد داخل أقفاص هة.
    4. ضع أقفاص هة وني في رف التهوية لتوفير التهوية متساوية.
      ملاحظة: السماح لاثنين من أقفاص كبيرة مع منصات 2 (الجدول 1) لمدة أقصاها 12 من الإناث الحوامل الواحدة ألجرو تربية الإعداد15 (انظر الجدول للمواد، وخطوة 3.2 في الوثيقة، و الجدول 2).
    5. تغذية الفئران تشاو القياسية إعلانية libitum المشع والتناضح العكسي يعقم المياه.
    6. تزويد الفئران بمواد تعقيم الفراش.
      ملاحظة: ويجب أن يتم التلاعب جميع أقفاص فارغة واقفاص مع الحيوانات في غطاء محرك السيارة لمنع التلوث. للتلاعب في قفص من أقفاص كبيرة بتغطية الحفرة في القفص مع فيلم لاصق.
  2. إعداد الحيوانات لتربية. مجموعة الإناث شهرا 2-15 منزل في قفص كبير واحد (الجدول 1) لمدة أسبوعين قبل التزاوج. بشكل منفصل البيت 2-شهر القديمة ليتيرماتي الذكور لمدة أسبوعين قبل التزاوج.
    ملاحظة: عدد الإناث لتربية تعتمد على التجربة وعدد الحيوانات المطلوب. في هذه الدراسة، استخدمت الإناث 15 الحصول على 12 من الإناث توصيله، وهو الحد الأقصى للعدد المسموح به في ألجرو تربية الإعداد الموصوفة في 1.1.2 (الجدول 2).
  3. لتربية، الجمع بين الحيوانات، الأب والأم وذكر 1 كل الإناث 2. ينبغي أن يكون الاختيار الأول في الصباح المقابس المهبلية، التي قد تكون علامة مرئية وقد تزاوج الحيوانات أثناء الليل.
    ملاحظة: مجلس النواب الذكور والإناث معا حتى قد توصيل كل أنثى. يمكن تحديد المكونات مهبلية بصريا، إذا كان خارجي.
    1. للكشف عن المقابس المدخلة، ويتم إدراج تحقيق فتح المهبل وإذا كان التوصيل المهبلي غير موجود، لا يتم إدراج التحقيق بسهولة (16) (انظر القسم 4.3.6).
      ملاحظة: سجل صباح اليوم تم الكشف عن المكونات كيوم ½، نظراً للتزاوج حدث في الليل.
    2. وبمجرد الإناث المقابس المهبلية، نقلها إلى جرو كبيرة تربية الأقفاص للإسكان مجموعة مع الأخرى تفعيل الإناث (الإعداد في الخطوة 1.1.2 دون أجهزة التخصيب).
    3. استبدال تزاوج الإناث مع الإناث المجنحات مجموعة مساكن جديدة للتزاوج وتستمر في التزاوج للحصول على أكبر عدد ممكن من ليتر في فترة 7 أيام.
      ملاحظة: يجب أن يكون جميع الحيوانات تاريخ تسليم في غضون 7 أيام من بعضها البعض.
  4. السماح للإناث الحوامل على الولادة في المجموعة السكنية حيث أنه يتم رفع كل ليتر داخل ألجرو كبيرة واحدة تربية كيج (الإعداد في الخطوة 1.1.2 دون أجهزة التخصيب).
    1. تتبع أرقام ألجرو وبيرثداتيس، وتبدأ الجراء التنميط في 7 أيام عمر.
      1. الوشم الجراء على أصابع قدميه في 7 أيام عمر مع كود رقمي التعرف عليها13،17.
      2. تنظيف إصبع القدم مع الإيثانول 70% ولطف إدراج جهاز مايكرو--الوشم يحتوي على الحبر إلى سطح الجلد موازية ل إصبع القدم17 (انظر الجدول للمواد).
      3. جمع الأنسجة مع مقص للتنميط من نصائح ذيل إينسيسينج قطعة صغيرة من الأنسجة من حديثي الولادة 7-يوم القديمة.
    2. عزل الحمض النووي من الأنسجة وإجراء PCR باستخدام أسلوب العامل البارع تقليدية كما هو موضح في 18.
    3. منفصلة من الحيوانات حسب الجنس في أيام 14-21 في أقفاص كبيرة مع الأمهات.
      ملاحظة: ضمان أن الجراء كبار السن قادرين على إطعام الخاصة بهم، وأن تستمر الجراء الصغار لارضاع طفلها حتى يبلغ من العمر ما يكفي لإطعام الخاصة بهم.
    4. 21-28 يوما، توزيع الحيوانات الذكور والإناث على حدة بالنمط الوراثي في بيئات ني أو هة، مع التأكد من الاحتفاظ بنسب متساوية من كل الوراثي في قفص (الشكل 2أ).
      ملاحظة: تأكد من أن مجموع عدد الحيوانات المسموح بها في كل قفص ني أو هة يستند إلى العدد الأقصى المسموح به من قبل إياكوك (الجدول 2). وقد الأقفاص NE على الأكثر 5 الحيوانات (الجدول 2). في أقفاص هة، للتنشيط الاجتماعي، لا يقل عن 20، ومع القيود المفروضة على الفضاء، ينبغي أن يسمح الحيوانات لا يزيد عن 41 في القفص هة (الجدول 2).

2-البراز جمع في 16 أسبوعا عمر

  1. يبدأ جمع البراز 1 إلى 2 يوما السابقة للتضحية، وجمع البراز كل على حدة اليوم من تضحيات خلال التشريح باستخدام أدوات معقمة.
    ملاحظة: جمع البراز في نفس الوقت 1-2 أيام قبل جمع قد تساعد على تجنب فقدان عينة بسبب احتمال وجود البراز ليس هذا وقت جمع.
    1. لجمع البراز من الحيوانات الحية، القفا بعناية الحيوان فوق قفص نظيف. جمع البراز باستخدام الملقط العقيمة في أنبوب عقيم [ميكروفوج].
      ملاحظة: ستؤدي إزالة الحيوانات عادة البراز عندما معطلة، مما يسمح لجمع البراز السريع مباشرة في أنبوب عقيم [ميكروفوج]. في حالة عدم التبرز حيوان فورا عند معطلة، وضعه في قفص نظيف والانتظار للحيوان التغوط (عادة ما يصل إلى 1 س).
    2. جمع البراز في اليوم للتضحية.
      1. يوثانيزينج الحيوان، وضع الحيوان في جرة الجرس الذي يحتوي على حاوية صغيرة مع كرة القطن غارقة في إيسوفلوراني. بمجرد توقف التنفس يلاحظ (عادة بعد 2 دقيقة)، وضع الحيوان على ظهرها للسماح بتشريح القولون.
      2. تطبيق الإيثانول 70% في البطن الماوس.
      3. رفع الجلد عرفت افتتاح الاحليل مع الملقط، واستخدام مقص لقص على طول خط الوسط البطني حتى وصلت إلى القفص الصدري قطع من قاعدة للشق الأول نحو كل الساق. إضعاف مرة أخرى من الجلد، واستخدام مقص لقطع طريق الجدار البريتوني في نفس النمط.
      4. استخدام الملقط لفهم القولون البعيدة عند فتحه الشرج تشريح وفصل القولون القاصي من المستقيم. حين سحب النقطتين عمودياً مع الملقط، استخدام مقص لقطع طريق مساريق للإفراج عن القولون.
      5. قطع القولون فقط دون الأعور ووضع على ورق الترشيح. استخدام الملقط برفع الجزء العلوي من أنبوب القولون، فتح التجويف للسماح لجانب واحد من مقص مفتوح لإدراجها. قطع طوليا، فتح القاصي الدانية، وسبلاي القولون طوليا.
      6. جمع البراز من القولون القاصي في أنبوب عقيم [ميكروفوج] استخدام الملقط العقيمة.
  2. تخزين البراز في [ميكروفوج] أنابيب في-80 ˚C حتى الوقت لعزل الحمض النووي البكتيري.
    ملاحظة: في يوم التضحية، بالإضافة إلى البراز، جمع عينات مثل الدم كله، ومصل الدم، البلازما، العادية وورم الأنسجة الأخرى من الأنسجة الدهنية القولون والأمعاء، ميكروسوميس، و ما إلى ذلك. لمعالجة مسائل محددة في الدراسة.

3-الحمض النووي في معزل عن البراز

ملاحظة: الاستفادة من مجموعة تجارية لعزل الحمض النووي الميكروبي من البراز بعد بروتوكول اكتشاف ممرض براز. إزالة عينات مباشرة للثلاجة ˚C-80 ومخزن على الثلج الجاف بينما وزنها.

  1. نقل يصل إلى 220 ملغ براز إلى نظيفة [ميكروفوج] أنابيب تحتوي على 1.4 مل من درجة حرارة الغرفة (RT) البراز تحلل المخزن المؤقت (انظر الجدول للمواد).
  2. دوامة العينة لمدة 1 دقيقة دقة مجانسة المواد الصلبة (الشكل 2ب). الحرارة التعليق إلى ˚C 95 لمدة 5 دقائق أن جميع البكتيريا (بما في ذلك البكتيريا إيجابية).
  3. عينات دوامة 15 ق وثم الطرد المركزي في العاشر 20,000 ز لمدة 1 دقيقة بيليه الصلبة البراز. نقل طافية على أنبوب 2 مل [ميكروفوج]. إضافة قرص واحد لكل عينة على استيعاب PCR مثبطات، دوامة حتى يذوب الكمبيوتر اللوحي، واحتضان العينة في RT 1 دقيقة.
  4. الطرد المركزي العينة في 20,000 x ز لمدة 3 دقائق ونقل المادة طافية [ميكروفوج] أنابيب جديدة. الطرد المركزي في العاشر 20,000 ز 3 دقيقة 15 اليكووت ميكروليتر من البروتيناز ك (الأسهم 20 ملغ/مل) في أنبوب [ميكروفوج] 1.5 مل جديدة. "الماصة؛" 200 ميكروليتر من العينة في أنبوب يحتوي على بروتيناز ك.
  5. إضافة 200 ميكروليتر جوانيدينيوم كلوريد تحلل المخزن المؤقت للأنبوب، ودوامه جيدا لمدة 15 ثانية (انظر الجدول للمواد) واحتضان العينة في ˚C 70 للحد الأدنى 10 إضافة 200 ميكروليتر من الإيثانول (96-100 ٪) للأنابيب ومزيج جيد من قبل فورتيكسينج.
  6. مكان السليكا القائمة على عمود الدوران في أنبوب جمع 2 مل وتطبيق النماذج للعمود. إغلاق الغطاء وجهاز الطرد المركزي لمدة 1 دقيقة في 20,000 x ز.
  7. نقل العمود إلى أنبوب جمع 2 مل جديدة وإضافة 500 ميكروليتر يغسل المخزن المؤقت 1 إلى العمود وكاب بالعمود والطرد المركزي لمدة 1 دقيقة في 20,000 خ زاي نقل العمود إلى أنبوب جمع 2 مل جديدة وإضافة 500 ميكروليتر من المخزن المؤقت للمياه والصرف الصحي 2 للعمود ، قم بإغلاق الغطاء وأجهزة الطرد المركزي في 20,000 x ز لمدة 3 دقائق.
  8. مع غطاء مغلق، نقل العمود إلى أنبوب جمع 2 مل جديدة، والطرد المركزي 1 دقيقة إضافية في 20,000 ز x لإزالة المخزن المؤقت لغسيل المتبقية. نقل العمود إلى 1.5 مل المسمى [ميكروفوج] أنابيب والوت العينة بإضافة 200 ميكروليتر من شطف مخزن يحتوي على يدتا للغشاء (انظر الجدول للمواد).
  9. قم بإغلاق الغطاء واحتضان في RT لدقيقة 1 أجهزة الطرد المركزي العينة لمدة 1 دقيقة في 20,000 خ زاي تجاهل العمود.

4-الحمض النووي تركيز تصميم وإعداد نموذج لبكر

ملاحظة: الاستفادة من فلوروميتير ومقايسة فلورسنت دسدنا متاحة تجارياً لتحديد تركيز الحمض النووي الجينومي في كل عينة (انظر الجدول للمواد). يجب ربط صبغة الفلورسنت مزدوجة من الحمض النووي الذين تقطعت بهم السبل على وجه التحديد.

  1. إعداد إضعاف 1: 200 لكل عينة (1 ميليلتر من كل عينة في مزيج الرئيسي دسدنا ميليلتر 199) و 01:50 تمييع المعايير. تحليل فلوروميتير استخدام الإعداد دسدنا.
    ملاحظة: يمكن أن تكون وحدة تخزين عالية من الحمض النووي في PCR المثبطة، ولذلك حجم الحمض النووي المستخدمة يجب أن لا أكثر من 10% الحجم النهائي لل [بكر]. Fluorometer يمكن القياس الدقيق للحمض النووي في العينة، كما سوف فلوريس فقط الحمض النووي ملتزمة بصبغة الفلورسنت، القضاء على المساهمة الممكنة للملوثات إلى تركيز الحمض النووي النهائي محسوب. هذا المستوى من كوانتيتيشن دقيقة أمر ضروري لتطبيق تسلسل المتلقين للمعلومات.
  2. إعداد قوالب PCR المخفف إلى 5 نانوغرام/ميكروليتر مع حجم المناسبة 10 ملم تريس، الأس الهيدروجيني 8.5 لجعل عمل قالب الأرصدة لكل عينة.
  3. تخزين العينات في-20 درجة مئوية.

5-تصميم كبسولة تفجير 16S المطلوب المناطق الخامس

  1. تصميم كبسولة تفجير لتضخيم المناطق الرنا الريباسي 16S الخامس المطلوب بشكل انتقائي.
  2. تحليل الإشعال مع "مباراة التحقيق"، من "مشروع قاعدة البيانات ريبوسومال"19، لتحديد معدل ضرب التقريبي يعج المختلفة.
    ملاحظة: لمناطق V1-V3، نشرت الدراسة الحالية تستخدم كبسولة تفجير Bosshard إلى الأمام20الذي ربط في موقف 8 داخل المنطقة V1 و 533 عكس21، الذي يربط في موضع 533 داخل منطقة V3. يجب أن تشمل الإشعال تسلسل محول المتراكمة للفهرسة.
  3. عند تصميم كبسولة تفجير، وتشمل تسلسل محول في نهايات 5 ' كل التمهيدي، كما أوصت metagenomics 16S تسلسل مكتبة إعداد22 (الجدول 3).
  4. توليف هذه كبسولة تفجير كبير مع تنقية خرطوشة. إعادة تشكيل يهتمان كبسولة تفجير، وتمييع بكر العامل المخزون إلى 1 ميكرومتر 10 مم تريس، pH 8.5.

6-تولي بكر Amplicon تضخيم Region(s) الخامس مع تسلسل محول عبء 22

  1. قم بإعداد أمبليكون مزيج تفاعل PCR كما هو موضح في الجدول 4.
  2. ضع ختم لوحة بكر واضح لاصقة على اللوحة وتشغيل amplicon PCR باستخدام المعلمات في الجدول 5.
  3. (اختياري) تشغيل amplicon منتجات PCR [اغروس] هلام أو فحص الحمض النووي حساسية عالية التي تمكن من قياس كمي لحجم أمبليكون (انظر الجدول للمواد).
    ملاحظة: حجم أمبليكون من هذه الدراسة هو 550 شركة بريتيش بتروليوم (الشكل 3أ).

7-بكر تنظيف استخدام المغناطيسي الخرز 22

  1. الطرد المركزي لوحة بكر أمبليكون بسرعة في 1,000 س ز لمدة 1 دقيقة لجمع التكثيف.
    ملاحظة: يمكن استخدام شرائط أنبوب بكر بدلاً من لوحات PCR للتقليل من التلوث. تجاهل أغطية الأنابيب وإعادة استخدامها ابدأ.
  2. دوامة الخرز الخرز المغناطيسي بالتساوي تفريق المتظاهرين، وإضافة 20 ميكروليتر من المغناطيسية لكل أمبليكون بكر جيدا، ثم "الماصة؛" وحدة التخزين بأكملها صعودا وهبوطاً ببطء 10 مرات.
  3. احتضان على RT لأدنى 5 مكان لوحة بكر على الوقوف مغناطيسية لمدة 2 دقيقة حتى يتم جمع الخرز المغناطيسية والمادة طافية الواضح. إزالة وتجاهل المادة طافية.
  4. أغسل حبات مع 200 ميكروليتر الطازج 80 ٪ الإيثانول بينما لوحة بكر على المغناطيسي الوقوف واحتضان لمدة 30 s في RT على الوقوف المغناطيسية. بعناية إزالة المادة طافية.
  5. تكرار الغسيل لمرة ثانية. والآن، استخدام تلميح ماصة غرامة لإزالة أي الإيثانول المتبقي من الآبار، وتسمح للهواء التجفيف لمدة 10 دقائق.
  6. إزالة لوحة بكر من موقف المغناطيسية وإضافة 52.5 ميكروليتر من 10 ملم تريس pH 8.5 لكل بئر. "الماصة؛" أعلى وأسفل 10 مرات على تعليق الخرز واحتضان في درجة حرارة الغرفة لمدة 2 دقيقة.
  7. نقل لوحة بكر بالحامل المغناطيسي جمع الخرز المغناطيسية ونقل 50 ميكروليتر من المادة طافية على صفيحة بكر نظيفة. ضع ختم لوحة بكر واضح لاصقة على اللوحة وتخزينها في ˚C-20 لمدة تصل إلى أسبوع واحد.

8-إعداد مخطط لوحة لفهرس PCR

ملاحظة: لإنشاء مكتبة V1-V3، أنجز بكر ثاني مع فهرس كيت (انظر الجدول للمواد). استخدم مخطط افتراضي فهرسة لترسم تركيبات الرقم القياسي المزدوج فريدة من نوعها لكل عينة (الشكل 3ب و 23).

  1. التأكد من أن كل عينة مزيجاً فريداً من 2 فهرس الإشعال (أيفهرسة المزدوج).

9-تنفيذ فهرس PCR لإرفاق الباركود إلى تسلسل محول ك وصف 22 .

  1. نقل ميكروليتر 2.5 من بكر أمبليكونس (أمبليكونس النظيفة) إلى لوحات جيدا 96 الجديدة ومكان في المباراة لوحة فهرس للمعونة في الفهرسة.
  2. ترتيب الفهرس 1 والفهرس التمهيدي 2 كما هو الحال على سبيل المثال إعداد لوحة الرسم (الشكل 3ب).
    ملاحظة: وترد إشارات مرئية لتجنب ميكسوبس التمهيدي: يجب أن يكون الفهرس 2 التمهيدي أنابيب قبعات بيضاء والحل واضح، بينما يجب أن يكون الفهرس 1 التمهيدي أنابيب قبعات برتقالية وصفراء الحل.
  3. تجميع الفهرس رد فعل مزيج PCR كما هو موضح في الجدول 6. مزيج من بيبيتينج صعودا وهبوطاً 10 مرات. تغطية مع ختم لوحة بكر واضح لاصقة والطرد المركزي لجمع في س 1,000 ز في درجة حرارة الغرفة لمدة 1 دقيقة.
  4. تشغيل الفهرس PCR باستخدام المعلمات في الجدول 7.

10-تنقية المكتبة بكر النهائي

ملاحظة: هذا بكر تنظيف مطابق للخطوة 7 أعلاه، ويستخدم الخرز المغناطيسي لإجراء تنظيف PCR فهرس PCR22.

  1. الطرد المركزي لوحة بكر من الخطوة 10 بسرعة في 1,000 س ز لمدة 1 دقيقة لجمع التكثيف.
  2. ثم "دوامة الخرز الخرز المغناطيسي بالتساوي تفريقهم، ثم إضافة 20 ميكروليتر من المغناطيسية لكل أمبليكون بكر حسنا، الماصة؛" وحدة التخزين بأكملها صعودا وهبوطاً ببطء 10 مرات لخلط.
  3. تبني على RT لمدة 5 دقائق.
  4. لوحة "بكر مكان" على الوقوف مغناطيسية لمدة 2 دقيقة حتى الخرز المغناطيسي يتم جمعها وطاف واضح. إزالة وتجاهل المادة طافية.
  5. أغسل حبات مع 200 ميكروليتر الطازج 80 ٪ الإيثانول بينما لوحة بكر على المغناطيسي الوقوف واحتضان لمدة 30 ثانية في درجة حرارة الغرفة على الوقوف المغناطيسية. بعناية إزالة المادة طافية.
  6. تكرار الغسيل لمرة ثانية.
  7. وعقب أغسل الثانية، استخدام تلميح ماصة غرامة لإزالة أي الإيثانول المتبقي من الآبار، وتسمح للهواء التجفيف لمدة 10 دقائق.
  8. إزالة لوحة بكر من موقف المغناطيسية وإضافة 52.5 ميكروليتر من 10 ملم تريس pH 8.5 لكل بئر. "الماصة؛" أعلى وأسفل 10 مرات على تعليق الخرز واحتضان في درجة حرارة الغرفة لمدة 2 دقيقة.
  9. نقل لوحة بكر بالحامل المغناطيسي جمع الخرز المغناطيسية ونقل 50 ميكروليتر من المادة طافية على صفيحة بكر نظيفة. ضع ختم لوحة بكر واضح لاصقة على اللوحة وتخزينها في ˚C-20 لمدة تصل إلى أسبوع واحد.
  10. (اختياري) تشغيل منتجات PCR مؤشر [اغروس] هلام أو فحص الحمض النووي حساسية عالية التي تمكن من قياس كمي لحجم أمبليكون (انظر الجدول للمواد).
    ملاحظة: حجم المكتبة المفهرسة النهائي من هذه الدراسة هو 668 bp (الشكل 3ج-د).

11-كمياً، تطبيع، وتجمع المكتبات المفهرسة للتسلسل

  1. تحديد تركيز الحمض النووي لكل عينة مع فلوروميتير ومجموعة أدوات فحص فلورسنت دسدنا (انظر الجدول للمواد).
    1. إعداد إضعاف العينة (1 ميليلتر من كل عينة في 199 ميليلتر دسدنا الرئيسية ميكس، الذي يتضمن المخزن المؤقت وكاشف) 1: 200 لكل العينات مفهرسة والمعايير (190 ميليلتر دسدنا ميكس الرئيسي و 10 ميليلتر من معيار). تحليل فلوروميتير استخدام الإعداد دسدنا.
  2. وبعد حساب تركيز الحمض النووي، تطبيع المكتبات عن طريق حساب حجم متوسط مكتبة. القيام بذلك بجمع أطوال المحول وأطوال الفهرس الخامس amplicon الحجم من الإشعال، وعرض المنتجات بواسطة [اغروس] هلام أن تكون على يقين من أن الحجم الفعلي مماثل لحجم المحسوبة (انظرالشكل 3جيم، 22).
    1. وبدلاً من ذلك، الاستفادة من فحص الحمض النووي حساسية عالية التي تمكن من قياس كمية الحمض النووي النزاهة وحجم أمبليكون، وتركيز (الجدول للمواد، الشكل 3د).
      ملاحظة: في هذه الدراسة، حجم مكتبة متوسط تم حسابه على أساس مجموع أطوال محول وأطوال مؤشر حجم amplicon V1-V3 من الإشعال. وكان متوسط حجم 668 bp.
    2. يتم تطبيع تركيزات عينات باستخدام الصيغة في الجدول 8.
  3. تمييع عينات 4 نانومتر وتجمع 5 ميكروليتر من كل عينة 4-شمال البحر الأبيض المتوسط في أنبوب واحد للتسلسل.

12-تسلسل المكتبة باستخدام "نظام تسلسل الجيل القادم" وتحليل البيانات

  1. تسلسل المكتبة.
    ملاحظة: لهذه الدراسة، تقوم جامعة يوتا عالية الإنتاجية الأساسية علم الجينوم تمسخ مكتبة وعينه التسلسل (كما هو موضح في 6،22).
  2. تحليل البيانات.
    ملاحظة: لفصل البيانات من العينات المجمعة، وحددت ما يلي: فهرس ومفصولة (كما هو موضح في 22).
  3. إنشاء ملفات فستق والاستفادة من هذه لتحليل البيانات اللاحقة.

13-تحليل البيانات المتتابعة من مكتبة Amplicon 16S

ملاحظة: يتم إجراء هذه الخطوة كما هو موضح في الكاثوليكي et al., 20176.

  1. تثبيت أدوات تحليل البيانات المتاحة بحرية (انظر الجدول للمواد؛ 24).
  2. تجميع ملفات فستق ديمولتيبليكسيد من بيانات متسلسلة (كما هو موضح في،من2526). تجاهل كافة تسلسل مفككة.
  3. إجراء تحليلات عقب حيثياته مفتوحة تصنيفية وحدة (أسامة) انتقاء بروتوكول (كما هو موضح في 27).
    1. بن التسلسلات في ملف واحد فاستق بواسطة سامبليد وتسلسل المجموعة مع 97% أو أكبر من التشابه في OTUs، كما هو موضح في 28. قم بمحاذاة تسلسلات الممثل لمجموعة مع طول التسلسل الحد الأدنى من 150 و 75% في المئة هوية29،30أساسية. تعيين التصنيف ك وصف28.
      ملاحظة: يمكن إهمال عينات وتحليلها31، تليها التعيين التصنيفي وأسامة الجدول بناء32.
    2. إنشاء ملف رسم خرائط التي تحدد أسماء وصفية وخصائص العينات إلى الارتباط بتحديد نموذج التحقق من صحة ملف تعيين33،34.
    3. جعل شبكة أسامة الذي يربط OTUs بوصف العينة باستخدام ملف تعيين35.
    4. حساب ملخصات التصنيف من حيث الوفرة النسبية بتلخيص الأصناف عن طريق قطع36.
    5. استكشاف التنوع ألفا من عينات على عمق التسلسل موحدة مناسبة للعينات. لتحديد العمق المناسب للتنوع ألفا، تلخيص مجموع التهم التي لوحظت في كل عينة باستخدام الأمر جدول تلخيص كل منطقة أحيائية، كما هو موضح في 37.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

أظهرت العديد من الدراسات أن ممارسة الطب العقل والجسم بتحسين النتائج الصحية. وبالمثل، يحسن الإثراء البيئي في الفئران، النتائج بما في ذلك تحسين عمر وورم الجرح إصلاح6. ولذلك، وضعت إجراء هة بهدف تحديد دور الحجمية في هذا النمط الظاهري أثناء أول تطبيع ميكروبيومي قبل البدء بالتجربة (الشكل 1). الأهم من ذلك، إدماج جميع تربية الحيوانات في مستعمرة الماوس لمدة شهر واحد على الأقل قبل البدء في تربية، والوليد الجراء مساكن يشترك مع الأمهات في قفص كبير...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يسمح هذا الإجراء لتحليل الحجمية المعزولة من البراز بعد الإثراء البيئي عادي أو ورم مع الحيوانات. لأن هذه التجارب الكبيرة التي تنطوي على تربية للحصول على العديد من الحيوانات من جنسين مختلفين والأنماط الجينية، تطبيع ميكروبيومي بين الحيوانات قبل بدء التجربة أمر ضروري لتجنب هة غير المتصلة بآثار على ميكروبيومي التنوع البيولوجي.

للاتساق بين ظروف ني وهه، تجري عملية تربية لضمان أن جميع الفئران في البداية التعرض للميكروبات نفسها و، ولذلك، من المتوقع أن يكون مماثلة ميكروبيومي محتويات. فمن الممكن، ومن الم...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ويعلن الكتاب لديهم لا تضارب في المصالح.

شكر وتقدير

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ونشكر ب دالي في لب الجينوميات جامعة يوتا لترتيب المكتبة، وباوتشر ك في قلب جامعة يوتا الإحصاء الحيوي للمشورة الإحصائية، والوصول إلى هذه النوى التقنية التي يدعمها معهد السرطان الوطني جائزة P30 CA042014. ووصف المشروع أيده معهد السرطان الوطني منح P01 CA073992 و K01 CA128891 ومؤسسة مكافحة السرطان هنتسمان.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
Teklad Diets / Harlan Labs ChowHarlan Labs3980XStandard Radiation cfood الذي صاغه الدكتور ماريو كابيتشي بالتعاون مع Harlan Labs.
مفروشات Cell-Sorb PlusFangman Specialties82010الأوتوكلاف قبل الاستخدام.
نظام الوشم AIMS لحديثي الولادةAIMSNEO-9https://animalid.com/neonate-rodent-tattoo-identification/32. يمكن استخدام أنظمة الوشم والأحبار الأخرى للحيوانات بنتائج مماثلة بما في ذلك Aramis Micro Tattoo Kit.
المعزل الدقيق للماوس Zyfone One Cage 2100 AllerZone مليء بالقفص ونظام توصيل النظام الغذائي المعياري ومرشح AllerZone82120ZFيتطلب كل قفص EE واحدا من كل كتالوج # 82120ZF و 82100ZF و 82101ZF ، بالإضافة إلى اثنين من 82109ZF. الطعام في جانب واحد فقط.
Zyfone One Cage 2100 Life Span EnrichmentDevice LabProducts 82109ZFيتطلب كل قفص EE واحدا من كل كتالوج # 82120ZF و 82100ZF و 82101ZF ، بالإضافة إلى اثنين من 82109ZF. الطعام في جانب واحد فقط.
قفص واحد من Zyfone 2100 قفص 13-7 / 8 بوصة طول × 19-1 / 16 بوصة عرض × 7-3 / 4 بوصةمنتجات مختبرالعمق 82100ZFيتطلب كل قفص EE واحدا من كل كتالوج # 82120ZF و 82100ZF و 82101ZF ، بالإضافة إلى اثنين من 82109ZF. الطعام في جانب واحد فقط.
Zyfone One Cage 2100 AllerZone Micro-Isolator filter topLab Products82101ZFيتطلب كل قفص EE واحدا من كل كتالوج # 82120ZF و 82100ZF و 82101ZF ، بالإضافة إلى اثنين من 82109ZF. الطعام في جانب واحد فقط.
TunnelBio-ServK3323 أو K3332قم بتوصيل الأقفاص معا واستخدامها للتخصيب
Grommet لتوصيل النفق بالأقفاصالمصنعة من قبل متجر ماكينات جامعة يوتاN / aكن متأكدا من أن المادة مقاومة للمضغ وقابلة للتعقيم
عجلة المسار السريعBio-ServK3250 أو K3251استخدم مع كوخ الإسكيمو الماوس والأرضية
الماوس IglooBio-ServK3328 أو K3570 أو K3327استخدم مع عجلة المسار السريع وأرضية
الماوس كوخ الإسكيلوBio-ServK3244استخدم مع الماوس الإسكيلو
وكوخ الماوسBio-ServK3272 أو K3102 أو K3271
Crawl BallBio-ServK3330 أو K3329
Bio-hutBio-ServK3352كوخ لب الخشب المستخدم في الإيواء والتعشيش
فيلم لاصق   ؛VWR60941-072استخدم لتغطية الثقب المحفور مؤقتا في قفص كبير لمنع الفئران من الهروب من
التهوية ذات التدفق الصفحيTechniplastBio-C36الخزانة التي استخدمناها في هذه الدراسة غير متوفرة حاليا. Bio-C36 متشابه جدا.
أنبوب الطرد الدقيق سعة 1.5 مل - خالي من الحمض النووي الريبي والحمضأي مورد
QIAamp DNA Stool MiniKitQiagen51504توفر هذه المجموعة كواشف ل 50 مستحضرا للحمض النووي. عازلة تحلل البراز = ASL ؛ عازلة تحلل كلوريد الجوانيدينيوم = AL ؛ غسل المخزن المؤقت 1 بكلوريد الجوانيدينيوم = AW1 ؛ عازلة الغسيل 2 = AW2 ؛ المحلول العازلة مع EDTA = AE
حمام مائي (قادر على التسخين إلى 95)أي موردلحضانة عينات البراز بزاوية 94 درجة لتحلل الخلايا.
حمام مائي (قادر على التسخين إلى 70 درجة)أي موردلاحتضانة عينات البراز بزاوية 70 درجة 
الإيثانول (200 برهان)Sigma AldrichE7023
مقياس الفلور: QubitThermoFisher ScientificQ33216
Qubit dsDNA مجموعة فحص واسعة النطاقThermoFisher ScientificQ32850
EB Buffer أو 10 ملي مولار تريس درجة الحموضة 8.5Qiagen19086
تجربة بادئات محددةأي مورد
درجة PCR الماءأي مورد
2X KAPA HiFi HotStart Ready Mix Kapa BiosystemsKK2601لتضخيم Amplicon (1.25 مل يسمح ب 100 rxns).
Agarose لتشغيل المواد الهلامية التشخيصيةأي مورد
TapeStation High Sensitivity D1000 Screen Tape TraceAgilent5067-5583TapeStation أو أدوات التحليل الحيوي شائعة في نوى الجينوم المؤسسية لتحليل جودة المكتبة. بدلا من ذلك ، يمكن استخدام شريحة DNA1000 المحلل الحيوي (Agilent ، 5067-1504).
Agencourt AMPure XP الخرز المغناطيسيBeckman CoulterA63880الخرز الأرجواني لتنظيف PCR - 5 مل سوف ينظف 250 تفاعل تفاعل تفاعل البوليميراز المتسلسل
المغناطيسيتقنيات الحياةAM10027
دليل إعداد المكتبةIllumina Illumina. إعداد مكتبة التسلسل الميتاجينومي 16S: تحضير أمبليكونات جين الحمض النووي الريبي الريبوسومي 16S لنظام Illumina MiSeq. https://support.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/documentation/chemistry_documentation/16s/16s-metagenomic-library-prep-guide-15044223-b.pdf.
نوعه للفهرسة المزدوجةIlluminaIllumina Experimentمتاح مجانا على: https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/experiment_manager/downloads.html
Nextera XT 96 Index KitIlluminaFC-131-1002يستخدم لإضافة الرموز الشريطية إلى أمبليكونات
MicroAmp Optical 96-well لوحة تفاعلBiosystems التطبيقية / ThermoFisherN8010560
TruSeq Index Plate FixtureIlluminaFC-130-1005
ختم اللوحة الشفافة اللاصقةApplied Biosystems / ThermoFisher4360954Applied Biosystems / ThermoFisher Microamp فيلم لاصق
التسلسل بواسطة MiSeq مع كواشف v3 ومزدوج 300 نقطة أساس يقرأIlluminaMS-102-3003
PhiX Control KitIlluminaFC-110-3001
Proteinase K (600 mAU / ml)Qiagen19131ما يعادل 20 مجم / مل من البروتيناز K. مزود بمجموعة QiaAmp
أدوات تحليل البياناتQiimeQIIMEأدوات التثبيت بناء على نظامك ويصف موقع QIIME على الويب عدة خيارات (http://qiime.org/install/install.html). في هذه الدراسة ، تم استخدام حزمة برامج MacQIIME 1.9.1 (تم تجميعها بواسطة Werner Lab ، جامعة ولاية نيويورك ، http://www.wernerlab.org/software/macqiime
الخطوة 13.2.الانضمام إلى QiimeFastQ ( http://code.google.com/p/ea-utils  ).   في هذه الدراسة تم استخدام نهايات مزدوجة متعددة الوصلات http://qiime.org/scripts/multiple_join_paired_ends.html. Aronesty، E. ea-utils: أدوات سطر الأوامر لمعالجة بيانات التسلسل البيولوجي. تحليل التعبير ، دورهام ، نورث كارولاينا. (2011).
الخطوة 13.3.QiimeDe-Novo OTUhttp://qiime.org/scripts/pick_de_novo_otus.html.
الخطوة 13.3.1.الوحدات التصنيفية المفتوحة (OTUs) باستخدام UclustEdgar و R.C. البحث وترتيب التجميع من حيث الحجم أسرع من BLAST. المعلوماتية الحيوية. 26 (19) ، 2460-2461 ، DOI: 10.1093 / bioinformatics / BTQ461 (2010).
الخطوة 13.3.1.PynastPynastCaporaso، J.G. et al. PyNAST: أداة مرنة لمحاذاة التسلسلات مع محاذاة القالب. المعلوماتية الحيوية. 26 (2) ، 266-267 ، DOI: 10.1093 / bioinformatics / BTP636 (2010). 
الخطوة 13.3.1.PynastPynast_GreengenesDeSantis، T.Z. et al. Greengenes ، قاعدة بيانات جينات 16S rRNA التي تم فحصها بالوهم وطاولة عمل متوافقة مع ARB. Appl Environ Microbiol. 72 (7) ، 5069-5072 ، دوي: 10.1128 / AEM.03006-05 (2006). تم استخدام الإصدار 13_8 من Greengenes في هذه الدراسة
13.3.1. ملاحظة: http://qiime.org/scripts/multiple_split_libraries_fastq.htmlمكتبات Qiime متعددة المنقسمة.
13.3.1. ملاحظة: QiimePick de novo OTUs scripthttp://qiime.org/scripts/pick_de_novo_otus.html 
الخطوة 13.2.2.Qiimeإنشاء ملفتعيين http://qiime.org/documentation/file_formats.html.
الخطوة 13.2.2.Qiimeالتحقق من صحة ملف التعيينhttp://qiime.org/scripts/validate_mapping_file.html.
الخطوة 13.3.3.Qiimeربط OTU بعينة الوصف لتعيينhttp://qiime.org/scripts/make_otu_network.html الملف.
الخطوة 13.3.4.Qiimeتلخيص الأصناف من خلال المؤامراتhttp://qiime.org/scripts/summarize_taxa_through_plots.html.
الخطوة 13.3.5.Qiimeالمنطقة الأحيائية تلخيص الجدولhttp://biom-format.org/documentation/summarizing_biom_tables.html  ؛ في هذه الدراسة ، تم تندرير جميع العينات إلى 20,000 OTUs متبوعا بالتحليل باستخدام نص نذر ألفا في QIIME.
نظام المنتج السريع رف النووي برنامج فريد من Manager قد يختلف برنامج طريقة بروتوكول انتقاء

المراجع

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Bechard, A., Meagher, R., Mason, G. Environmental enrichment reduces the likelihood of alopecia in adult C57BL/6J mice. Journal of the American Association for Laboratory Animal Science : JAALAS. 50 (2), 171-174 (2011).
  2. Jankowsky, J. L., et al. Environmental enrichment mitigates cognitive deficits in a mouse model of Alzheimer's disease. J Neurosci. 25 (21), 5217-5224 (2005).
  3. Kondo, M., et al. Environmental enrichment ameliorates a motor coordination deficit in a mouse model of Rett syndrome--Mecp2 gene dosage effects and BDNF expression. Eur J Neurosci. 27 (12), 3342-3350 (2008).
  4. Reichmann, F., Painsipp, E., Holzer, P. Environmental enrichment and gut inflammation modify stress-induced c-Fos expression in the mouse corticolimbic system. PLoS One. 8 (1), 54811(2013).
  5. Cao, L., et al. Environmental and genetic activation of a brain-adipocyte BDNF/leptin axis causes cancer remission and inhibition. Cell. 142 (1), 52-64 (2010).
  6. Bice, B. D., et al. Environmental Enrichment Induces Pericyte and IgA-Dependent Wound Repair and Lifespan Extension in a Colon Tumor Model. Cell reports. 19 (4), 760-773 (2017).
  7. Moser, A. R., Pitot, H. C., Dove, W. F. A dominant mutation that predisposes to multiple intestinal neoplasia in the mouse. Science. 247 (4940), 322-324 (1990).
  8. Angus-Hill, M. L., Elbert, K. M., Hidalgo, J., Capecchi, M. R. T-cell factor 4 functions as a tumor suppressor whose disruption modulates colon cell proliferation and tumorigenesis. Proc Natl Acad Sci U S A. 108 (12), 4914-4919 (2011).
  9. Holmdahl, R., Malissen, B. The need for littermate controls. Eur J Immunol. 42 (1), 45-47 (2012).
  10. Ubeda, C., et al. Familial transmission rather than defective innate immunity shapes the distinct intestinal microbiota of TLR-deficient mice. J Exp Med. 209 (8), 1445-1456 (2012).
  11. Spor, A., Koren, O., Ley, R. Unravelling the effects of the environment and host genotype on the gut microbiome. Nat Rev Microbiol. 9 (4), 279-290 (2011).
  12. Fujiwara, R., Watanabe, J., Sonoyama, K. Assessing changes in composition of intestinal microbiota in neonatal BALB/c mice through cluster analysis of molecular markers. Br J Nutr. 99 (6), 1174-1177 (2008).
  13. Castelhano-Carlos, M. J., Sousa, N., Ohl, F., Baumans, V. Identification methods in newborn C57BL/6 mice: a developmental and behavioural evaluation. Lab Anim. 44 (2), 88-103 (2010).
  14. Curley, J. P., Davidson, S., Bateson, P., Champagne, F. A. Social enrichment during postnatal development induces transgenerational effects on emotional and reproductive behavior in mice. Frontiers in behavioral neuroscience. 3, 25(2009).
  15. National Research Council (U.S.). Update of the Guide for the Care and Use of Laboratory Animals. Institute for Laboratory Animal Research (U.S.). , National Academies Press. Washington, D.C. 220(2011).
  16. Silver, L. M. Mouse genetics : concepts and applications. , Oxford University Press. New York. (1995).
  17. Chen, M., Kan, L., Ledford, B. T., He, J. Q. Tattooing Various Combinations of Ears, Tail, and Toes to Identify Mice Reliably and Permanently. Journal of the American Association for Laboratory Animal Science : JAALAS. 55 (2), 189-198 (2016).
  18. Truett, G. E., et al. Preparation of PCR-quality mouse genomic DNA with hot sodium hydroxide and tris (HotSHOT). Biotechniques. 29 (1), 52-54 (2000).
  19. Cole, J. R., et al. Ribosomal Database Project: data and tools for high throughput rRNA analysis. Nucleic Acids Res. 42, 633-642 (2014).
  20. Bosshard, P. P., Zbinden, R., Altwegg, M. Turicibacter sanguinis gen. nov., sp. nov., a novel anaerobic, Gram-positive bacterium. Int J Syst Evol Microbiol. 52, Pt 4 1263-1266 (2002).
  21. Chen, W., Liu, F., Ling, Z., Tong, X., Xiang, C. Human intestinal lumen and mucosa-associated microbiota in patients with colorectal cancer. PLoS One. 7 (6), 39743(2012).
  22. 16S Metagenomic Sequencing Library Preparation: Preparing 16S ribosomal RNA Gene Amplicons for the Illumina MiSeq System. Illumina. , Available from: https://suport.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/documentation/chemistry_documentation/16s/16s-metagenomic-library-prep-guide-15044223-b.pdf (2017).
  23. Illumina Experiment Manager. Illumina. , Available from: https://www.illumina.com/informatics/research/experimental-design/illumina-experiment-manager.html (2017).
  24. Caporaso, J. G., et al. QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data. Nat Methods. 7 (5), 335-336 (2010).
  25. Aronesty, E. ea-utils: Command-line tools for processing biological sequencing data. Expression Analysis. , Durham, NC. (2011).
  26. Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Multiple Paired Ends Script. QIIME. , Available from: http://qiime.org/scripts/multiple_join_paired_ends.html (2017).
  27. Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: De-Novo OTU Picking Protocol. QIIME. , Available from: http://qiime.org/scripts/pick_de_novo_otus.html (2017).
  28. Edgar, R. C. Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST. Bioinformatics. 26 (19), 2460-2461 (2010).
  29. Caporaso, J. G., et al. PyNAST: a flexible tool for aligning sequences to a template alignment. Bioinformatics. 26 (2), 266-267 (2010).
  30. DeSantis, T. Z., et al. Greengenes, a chimera-checked 16S rRNA gene database and workbench compatible with ARB. Appl Environ Microbiol. 72 (7), 5069-5072 (2006).
  31. Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Multiple Split Libraries Fastq Script. QIIME. , Available from: http://qiime.org/scripts/multiple_split_libraries_fastq.html (2017).
  32. Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: De Novo Otus Script. QIIME. , http://qiime.org/scripts/pick_de_novo_otus.html (2017).
  33. Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Links to Sample Identification. QIIME. , Available from: http://qiime.org/documentation/file_formats.html (2017).
  34. Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Validation of Mapping File. QIIME. , Available from: http://qiime.org/scripts/validate_mapping_file.html (2017).
  35. Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Link of OTUs to Sample Description Using Mapping File. QIIME. , Available from: http://qiime.org/scripts/make_otu_network.html (2017).
  36. Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Summarize Taxa Through Plots. QIIME. , Available from: http://qiime.org/scripts/summarize_taxa_through_plots.html (2017).
  37. Knight, R., Caporaso, J. G. QIIME: Biome Summarize Table Command. QIIME. , Available from: http://qiime.org/documentation/summarizing_biom_tables.html (2017).
  38. Moon, C., et al. Vertically transmitted faecal IgA levels determine extra-chromosomal phenotypic variation. Nature. 521 (7550), 90-93 (2015).
  39. Chakravorty, S., Helb, D., Burday, M., Connell, N., Alland, D. A detailed analysis of 16S ribosomal RNA gene segments for the diagnosis of pathogenic bacteria. J Microbiol Methods. 69 (2), 330-339 (2007).
  40. Chen, H. M., et al. Decreased dietary fiber intake and structural alteration of gut microbiota in patients with advanced colorectal adenoma. Am J Clin Nutr. 97 (5), 1044-1052 (2013).
  41. Zhu, Q., et al. Analysis of the intestinal lumen microbiota in an animal model of colorectal cancer. PLoS One. 9 (6), 90849(2014).
  42. Evans, C. C., et al. Exercise prevents weight gain and alters the gut microbiota in a mouse model of high fat diet-induced obesity. PLoS One. 9 (3), 92193(2014).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه

طلب إذن

الوسوم

rDNA 16S

مقالات ذات صلة