مقالة منهجية

المطبوعة جليكان الصفيف: تقنية حساسة لتحليل مرجع تعميم الأجسام المضادة الكربوهيدرات في الحيوانات الصغيرة

DOI:

10.3791/57662

⸱

فبراير 14, 2019

 ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Infectious Pathology and Transplantation Division, Bellvitge Biomedical Research Institute (IDIBELL), 2Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry (IBCh), Russian Academy of Sciences, 3Semiotik LLC, 4Auckland University of Technology, 5Intensive Care Department, Bellvitge University Hospital

* These authors contributed equally

في هذه المقالة

ملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ويبين هذا العمل إمكانات تكنولوجيا صفيف (PGA) جليكان المطبوعة لتحليل تعميم الأجسام المضادة الكربوهيدرات في الحيوانات الصغيرة.

الملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

وكثيراً ما يرتبط مرجع تعميم الأجسام المضادة الكربوهيدرات فرد معين مع حالتها المناعية. لا يحدد الشرط محصنة ضد كل النجاح في مكافحة إشارات التهديد المحتملة الداخلية والخارجية فحسب، بل أيضا يمكن أن يكون وجود نمط معين لتعميم الأجسام المضادة-جليكان (وعلى اختلاف مستوى المصلية) علامة هامة لظهور وتطور بعض الحالات المرضية. وهنا، يمكننا وصف منهجية المستندة إلى الشبكة الصفيف جليكان طبعت التي تتيح الفرصة لقياس مئات أهداف جليكان مع حساسية عالية جداً؛ استخدام الحد أدنى من عينة، وحيوانات موجودة عند صغيرة مشتركة تقييد (الجرذان، الفئران، الهامستر، إلخ) وتستخدم كنماذج لتناول الجوانب المتعلقة بالأمراض التي تصيب الإنسان. وكمثال ممثل لهذا النهج، نعرض النتائج المستخلصة من تحليل مرجع الأجسام المضادة الطبيعية-جليكان في الفئران بالب/ج. علينا أن نظهر أن الماوس بالب/ج كل المشاركين في الدراسة، وعلى الرغم من كونها متطابقة وراثيا وصيانتها تحت نفس الظروف، تطور نمط معين من الطبيعي الكربوهيدرات المضادة الأجسام المضادة. ويدعي هذا العمل لتوسيع نطاق استخدام تكنولوجيا الشبكة للتحقيق مرجع (الخصائص) ومستويات تداول الكربوهيدرات المضادة الأجسام المضادة، سواء في الصحة أو أثناء أي حالة مرضية.

المقدمة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

الأجسام المضادة تلعب دوراً مركزياً في دفاعنا ضد غزو العوامل الممرضة بتحييد الفيروسات1،2 والبكتيريا2،3، مباشرة قبل تفعيل4،نظام مكمل5 وتعزيز البلعمه6. بالإضافة إلى ذلك، عناصر أساسية في استهداف السرطان والقضاء على الخلايا الخبيثة7، وصيانة التوازن8،9.

يمكن أن تؤدي أمراض المناعة الذاتية والالتهابات10 والسرطان11اضطرابات في الجهاز المناعي. ومن الناحية المثالية الطلب جميع هذه الحالات المرضية تشخيص سريع لإجراء معالجة فعالة. في حالة اضطرابات المناعة الذاتية، والمصلية وجود الأجسام المضادة في معظم الحالات يكون مؤشرا للتشخيص للمناعة الذاتية10،12. هذه الأجسام المضادة التي تتفاعل مع سطح الخلية وخارج الخلية أوتوانتيجينس، وأنها غالباً ما تكون موجودة لسنوات عديدة قبل العرض التقديمي من أمراض المناعة الذاتية10،12. القصور المناعي والسرطان ويتم أيضا تشخيص مع اختبارات الدم أما قياس مستوى العناصر المناعية مثل الأجسام المضادة، أو نشاط وظيفي11.

تحديد المرجع لتعميم الأجسام المضادة والمستويات المصلية لها أهمية قصوى لتعيين تشخيص وتقييم التقدم لجميع الحالات المرضية المذكورة. وقد أثبتنا سابقا إمكانات تقنية الشبكة لتحليل تعميم أجسام مضادة في مختلف الأنواع الحيوانية13–16، تقليل استخدام كميات كبيرة من العينات المصلية، وتجنب المشكلة المرتبطة بالأجسام المضادة ه17 والتنميط الفائق مما يسمح مرجع واسعة من الأجسام المضادة15.

تحديدكم المستندة إلى جليكان أساسا تخضع، من بين عوامل أخرى، بالأصل والإنتاج من الكربوهيدرات، والتي تحدد بتقارب وملزم من يغاندس15،،من1819،20 ،21. يمكن وضع على أساس جليكان تحديدكم في التعليق الجزئي (المجالات الخرز الصغير)15،،من2122 أو الأسطح المسطحة المنشط15،،من2122، ،من 2324. وتشمل الأخيرة أليسا (الأكثر تقليدية من هذه الأساليب) والشبكة. ليس هناك الكثير من البيانات التي تقارن هذه المنهجيات في نفس الإعداد التجريبية15،25،،من2627. أننا قد سبق مقارنة فعالية والانتقائية لهذه تحديدكم للأجسام المضادة-جليكان الشخصية في عينات البلازما البشرية الفردية15. لبعض الأجسام المضادة مثل تلك المجموعة الدم المضادة-A/B الاستهداف، جميع تحديدكم يمكن الكشف عنها بدلالة إحصائية وأنهم ارتباطاً إيجابيا مع بعضها البعض15،،من1821. وفي الوقت نفسه، أساسا تم الكشف عن الأجسام المضادة-P1 بالشبكة مع أعلى سلطة التمييزية، وكان هناك أي ارتباط في القرارات المقدمة من مختلف تحديدكم المستندة إلى جليكان15،18، 21-هذه الاختلافات بين أساليب كانت تتعلق أساسا بجسم/مستضد جليكان ونسبة التوجه15. أليسا وتعليق الصفائف أكثر عرضه للربط غير محدد من الشبكة نظراً لوجود فائض مستضد عن الأجسام المضادة في هذه الأساليب15. بالإضافة إلى ذلك، توجه جليكانس في الشبكة أكثر تقييداً من صفائف أليسا وتعليق15. أليسا مناسب عند الدراسة ويشمل فريق محدود من جليكانس. جنبا إلى جنب مع صفائف تعليق، يقدم أليسا أوسع من المرونة فيما يتعلق بإعادة الفحص. الشبكة مناسبة استثنائية لاكتشاف نهج15،،من1821،28. وعلى الرغم من هذه المزايا الواضحة وعيوب، يمكن استخدامها تحديدكم المذكورة ثلاثة لدراسة الجوانب المختلفة لتفاعلات جسم جليكان. والهدف النهائي من هذه الدراسة واحد سيتم توجيه اختيار منهجية أكثر ملاءمة.

هذا العمل يهدف إلى توسيع نطاق استخدام تكنولوجيا الشبكة لتحليل مرجع تعميم الأجسام المضادة-جليكان في الحيوانات الصغيرة. ونتيجة لممثل، نقدم هنا بروتوكولا مفصلة لتقييم مرجع الأجسام المضادة الكربوهيدرات الطبيعية في الكبار بالب/ج الفئران بالشبكة.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1-جليكوتشيبس الإنتاج

  1. إعداد ميكرواري
    1. طباعة جليكانس (50 مم) والسكريات (10 ميكروغرام/مل) في الفوسفات 300 مم مخزنة المالحة (PBS، الأس الهيدروجيني 8.5) الساعة 6 وإنشاء نسخ متماثلة على الشرائح الزجاجية N-هيدروكسيسوكسينيميدي-ديريفاتيزيد، باستخدام غير-اتصل أرايير الروبوتية (انخفاض حجم ~ 900 رر). تحتوي كل شريحة على 4 كتل مختلفة من الصفيف الفرعي (الشكل 1A، ألوان) كرر 6 مرات. كل مجموعة فرعية واحدة تتكون من 112 جليكان مختلف المواقع، بما في ذلك عناصر التحكم (8 صفوف أعمدة × 14) (الشكل 1B).
      ملاحظة: يتم توفير المعلومات المتصلة جليكان في التكميلية الجدول 1. مكتبة جليكان المستخدمة للرقائق الطباعة هو نتيجة لجهد طويل الأجل الاصطناعية فريق ايبش؛ وترد أمثلة للتوليف في المنشورات ذات الصلة29،30،،من3132،،من3334،35،36 ،،من3738. مكتبة جليكان شمل المستضدات فصيلة الدم وبعض من أكثر تكراراً oligosaccharides الطرفية، فضلا عن زخارف الأساسية من الثدييات مرتبطة N و O glycoproteins و glycolipids، المستضدات الكربوهيدرات المرتبطة بالورم، و السكريات من البكتيريا المسببة للأمراض.
    2. احتضان الشرائح في مربع الرطوبة (الرطوبة النسبية ~ 70%) في درجة حرارة الغرفة (25 درجة مئوية) ح 1.
    3. حظر [ميكروارس]: احتضان الشرائح ل 1.5 ح مع المخزن المؤقت حظر في درجة حرارة الغرفة (حمض البوريك 100 مم، 25 مم ايثانولامين، 0.2% (v/v) توين-20 في الماء عالي النقاوة).
    4. أغسل جليكوتشيب بالماء عالي النقاوة والجافة عن طريق الجو.
  2. مراقبة الجودة جليكوتشيب
    1. تحليل [ميكروارس] اثنان من كل دفعة باستخدام الحل 1 ملغ/مل من إعداد معقدة الغلوبولين المناعي (CIP، التي تحتوي على IgG، IgM و IgA)، 10 ميكروغرام/مل الحل من بيوتينيلاتيد الماعز المناعية المضادة الإنسان كجسم ثانوي (IgM + IgG + إيغا)، تليها 1 ميكروغرام/مل حل المتقارن streptavidin نيون المقابلة (عن طريق بروتوكول الموصوفة أدناه، راجع الخطوة 2).
    2. فحص وتحليل جليكوتشيبس (راجع الخطوة 3، تحليل لمجموعة جليكان).
    3. استخدام ميكرواري دفعات مع رقاقة داخلها وبينها ترابط أعلى من 0.9.

2. تقنية المصفوفة جليكان

  1. إعداد المحاليل التالية (في الماء عالي النقاوة) وتخزينها في درجة حرارة الغرفة (25 درجة مئوية):
    • المخزن المؤقت-1:1 % (w/v) البقري ألبومين المصل (BSA) في برنامج تلفزيوني، 1% (v/v) توين-20 و 0.01% (w/v) نان3
    • المخزن المؤقت-2:1 % (w/v) جيش صرب البوسنة في برنامج تلفزيوني، 0.1% (v/v) توين-20 و 0.01% (w/v) نان3.
    • المخزن المؤقت-3: 0.1% (v/v) توين-20 في برنامج تلفزيوني.
    • المخزن المؤقت-4: 0.001% (v/v) توين-20 في برنامج تلفزيوني.
  2. إعداد جليكوتشيب والعينة
    1. وضع مربع التخزين مع الشرائح على الطاولة حتى تصل إلى درجة حرارة الغرفة (25 درجة مئوية).
      ملاحظة: استخدام قفازات مطاط خالية من مسحوق. يجب معالجته في جليكوتشيب في الجزء السفلي من الشريحة الزجاجية، حيث يقع الرمز الشريطي. الرمز الشريطي سوف تساعدك على التعرف على الجانب الأيمن، تجنب الاتصال مع السطح حيث تطبع جليكانس.
    2. فتح المربع وتأخذ في جليكوتشيب ووضعه في غرفة الحضانة (25 درجة مئوية)، الفعل مكيفة مع ورق الترشيح الرطب للحفاظ على رطوبة ثابتة داخل الدائرة.
    3. ومن ناحية أخرى، يؤدي إلى تمييع المصل الفئران مع المخزن المؤقت-1 (01:20) في أنابيب 1.5 مل. مجانسة الحل المصل (5 ق) مع خلاط دوامة.
      ملاحظة: وحدة التخزين اللازمة لتغطية تماما على سطح جليكوتشيب واحد حوالي 1 مل.
    4. بعد التجانس، احتضان المصل المخفف في 37 درجة مئوية لمدة 10 دقيقة في حمام مائي لتفادي تجميع الغلوبولين المناعي. الطرد المركزي هذه الأنابيب لمدة 3 دقائق 10 آلاف س ز و 25 درجة مئوية، وجمع المادة طافية وتجاهل أي مادة سرع.
    5. مكان جليكوتشيب بعناية في غرفة الحضانة. تبني عليه لمدة 15 دقيقة عند 25 درجة مئوية مع 1 مل من المخزن المؤقت-3 للقضاء على أي مواد متبقية على السطح جليكوتشيب.
    6. اضغط جليكوتشيب في وضع عمودي ورواش أنه مع بعض قطرات من المخزن المؤقت-3 استخدام ماصة باستور بلاستيك. بعناية إزالة المخزن المؤقت من السطح جليكوتشيب باستخدام ورق الترشيح.
  3. رد: الأجسام المضادة ملزمة
    1. مكان جليكوتشيب في غرفة الحضانة. نشر العينة المصل المخفف على سطح جليكوتشيب باستخدام ميكروبيبيتي. احتضان بالانفعالات المداري (30 لفة في الدقيقة) عند 37 درجة مئوية ل h. 1.5 ضمان أن كل منطقة جافة السطح جليكوتشيب تغطيها العينة المصل المخفف باستخدام تلميح الماصة.
    2. قم بإزالة أي عينة الزائدة وتزج في جليكوتشيب لمدة 5 دقائق في المخزن المؤقت-3 عند 25 درجة مئوية. ثم نقل جليكوتشيب إلى حاوية مع المخزن المؤقت-4 (5 دقائق) وأخيراً يغسل (5 دقيقة) جليكوتشيب مع الماء عالي النقاوة. الطرد المركزي جليكوتشيب لمدة 1 دقيقة على 175 × ز و 25 درجة مئوية لإزالة السائل.
  4. الكشف: جسم الثانوي
    1. مكان جليكوتشيب في غرفة الحضانة. تنتشر على سطح جليكوتشيب حلاً (5 ميكروغرام/مل) من الماعز المضادة الماوس (IgG + IgM) يضاف إلى البيوتين في المخزن المؤقت-2. احتضان بالانفعالات المداري (30 لفة في الدقيقة) عند 37 درجة مئوية ح 1.
    2. إزالة الجزء غير منضم وكرر الخطوات الغسيل.
    3. بعد الطرد المركزي، احتضان جليكوتشيب في الظلام عند 25 درجة مئوية لمدة 45 دقيقة (30 لفة في الدقيقة) مع 2 ميكروغرام/مل الحل المسمى fluorochrome streptavidin المقابلة (في المخزن المؤقت-2).
    4. في الظلام، إزالة الجزء غير منضم وكرر الخطوات الغسيل.
    5. جاف جليكوتشيب عن طريق الجو.
      ملاحظة: ينبغي أن تفحص جليكوتشيب وقت ممكن. ولكن إذا كان من المستحيل أن تفحص مباشرة بعد تلطيخ، جليكوتشيبس يمكن تخزينها في مكان بارد وجاف في الظلام.

3-تحليل صفيف جليكان

  1. مسح الصفيف
    1. إجازة في جليكوتشيب على الطاولة حتى تصل إلى درجة حرارة الغرفة في الظلام. في نفس الوقت، قم بتشغيل الماسح الضوئي الشريحة والليزر (الطول الموجي الإثارة من 633 نانومتر).
    2. عقد في ميكرواري، الشريحة جليكوتشيب في الفتحة حتى أنه يمس ظهره.
    3. مسح جليكوتشيب ("مسح سهلة التشغيل")، وحفظ المسح الضوئي ". ملف TIFF ".
  2. تحديد حجم الصفيف
    1. تحديد حجم الصفيف باستخدام "نظام التحليل سكاناراي". فتح سابقا الصور الممسوحة ضوئياً، بواسطة النقر فوق "ملف" في "مجموعة تكوين & ملف" في "النافذة الرئيسية" (الشكل 1B-D)
    2. تحميل قالب ملف الصفيف المقابلة في شكل غال (التصرف جليكانس المطبوعة على الشريحة الزجاجية) (الشكل 1).
    3. ضبط قالب غال بمحاذاة الصفيف (الشبكات) مع البقع في الصورة بعناية وبدء القياس الكمي (الشكل 1).
    4. حدد معلمات القياس الكمي:
      • نوع القياس الكمي: تشغيل "سهل ضليع في الرياضيات".
      • الأسلوب الكمي: ثابت الدائرة
      • البحث التلقائي عن البقع: unclick جميع الخيارات
      • أسلوب التطبيع: لويس (محلياً المرجح مبعثر مؤامرة تجانس).
    5. حفظ البيانات الكمية ". ملف CSV "(الشكل 1). نقل هذه البيانات إلى ملف جدول بيانات مشتركة باستخدام Microsoft Excel أو تطبيق آخر مناسب.
    6. استخدام نطاق المجال (IQR) كالطريقة الإحصائية الرئيسية: حساب المتوسط (الربع 2) جميع الإشارات لكل يجند والانحراف المجال (مقاييس النسبة المئوية 75 و 25، أو quartiles العلوي والسفلي Q3 و Q1، على التوالي).
    7. إجراء استكشاف تفاعلي للبيانات باستخدام تطبيق Explorer تجميع التسلسل الهرمي.
    8. استخدام تجميع المعلمات: متوسط الربط (أوبجما) ومسافة إقليدية كتشابه قياس المسافة. القيام بتجميع تسلسل هرمي حسب الصفوف دون تطبيع.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

نقدم هنا، موجزاً للممثل النتائج التي تم الحصول عليها من التحديد الكمي لمرجع الأجسام المضادة الطبيعية-جليكان في عدد سكان من 20 بالب/ج الفئران. جليكوتشيبس المستخدمة في هذه الدراسة الواردة 419 جليكان مختلف الهياكل. معظم جليكانس تم تصنيعه ك-CH2CH2CH2NH2 فاصل المسلحة س-جليكوسيدات، في العديد من الحالات ك-CH2CH2NH2 أو-نهكوتش2NH2 جليكوسيدات. جميع جليكان هياكل تتسم بدقة عالية (700-أو 800 ميج...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

وقد أصبحت جليكان [ميكروارس] أدوات لا غنى عنها لدراسة تفاعلات البروتين-جليكان40. ويصف العمل الحالي بروتوكول يستند إلى تكنولوجيا الشبكة لدراسة مرجع المتداولة من الكربوهيدرات المضادة الأجسام المضادة في الفئران بالب/ج. منذ الشبكة يتيح إمكانية لشاشة إعداد كبيرة من جليكانس بيولوجيا غير معروف، هو اكتشاف استثنائي ملائمة أداة13،،من1528. الطريقة المقترحة توفر إمكانية قياس، في نفس الإعداد التجريبية، مئات هياكل جليكا...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

خاسبيولينا نايلياونكيل أليكسي هم موظفون في سيميوتيك LLC، الذي هو مورد جليكوتشيبس المستخدمة في هذه الدراسة.

شكر وتقدير

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

هذا العمل كان يدعمها "فوندو دي البحوث Sanitarias" منح (الجبهة الإسلامية للإنقاذ) PI13/01098 من معهد كارلوس الثالث الصحي، وزارة الصحة الإسبانية. وكان استفاد DB-ز من مركز أبحاث ما بعد دكتوراه ممولة من "الاتحاد الأوروبي البرنامج الإطاري السابع" (FP7-2007-2013) تحت 603049 اتفاق المنحة (ترانس). وأيد أعمال ناغورني-كاراباخ، NS، وملاحظة: منحة #14-50-00131 "المؤسسة الروسية للعلوم". ز-DB يريد أن يعرب عن امتنانه لمارتا Broto، "ج." بابلو السلفادور وأنا سانشيز للمساعدة التقنية الممتازة، وألكسندر راكيتكو للمساعدة في التحليل الإحصائي. بالدعم من "الصناعيين جيش التحرير الشعبي الصيني de دوكتوراتس de la أمانة d'Universitats أنا d'Empresa ريسيركا ديل خلية أنا كونيكسيمينت de la محافظة كاتالونيا (منح رقم 2018 دي 021). ونشكر "برنامج سيركا"/محافظة كاتالونيا للدعم المؤسسي.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
<قوية > الأجسام المضادة < / قوية >
البيوتينيل الماعز المضادة للإنسان IgsThermo Fisher Scientific ، Waltham ، MA ، الولايات المتحدة الأمريكيةالمرجع #: 31782
الماعز البيوتينيل المضاد للفأر IgM + IgGThermo Fisher المرجع العلمي#: 31807
Equipment< / strong>
Robotic Arrayer sciFLEXARRAYER S5 Scienion AG ، برلين ، ألمانياhttp://www.scienion.com/products/sciflexarrayer/
صينية البقع (غرفة حضانة الشرائح)Simport ، Beloeil ، QC ، كنداالمرجع #: M920-2
جهاز طرد مركزيEppendorf ، هامبورغ ، ألمانيا   ؛المرجع #: 5810 R
PipettesGilson, Middleton, WI, USAhttp://www.gilson.com/en/Pipette/
Slide Scanner PerkinElmer, Waltham, MA, USAScanArray GX Plus 
حاضنة اهتزازكول بارمر ، ستافوردشاير ، المملكة المتحدةالمرجع #: SI50
Biological samples
BALB / c مصل الفئرانهذه الورقةN / A
Complex Immunoglobulin Preparation (CIP)Immuno-Gem ، موسكو ، روسياhttp://www.biomedservice.ru/price/goods/1/17531
< > المواد الكيميائية والكواشف والجليكانات   ؛ < / strong>
مكتبة جليكانمعهد الكيمياء العضوية الحيوية (IBCh) ، موسكو ، روسياN / A
ألبومين مصل الأبقار (BSA)سيجما ألدريتش ، سانت لويس ، ميزوري ، & nbsp ؛المرجع #: A9418
الإيثانولامينسيجما ألدريتشالمرجع #: 411000
توين -20ميرك للكيماويات & أمبير علوم الحياة SA ، مدريد ، إسبانياالمرجع #: 655204
محلول ملحي مخزن مؤقت من الفوسبات (PBS)VWR International Eurolab SL ، برشلونة ، إسبانياالمرجع #: E404
أزيد الصوديومSigma-AldrichRef. #: S2002
Streptavidin Alexa Fluor 555 Conrupgate  المرجع العلمي Thermo Fisher#: S21381
Streptavidin Cy5 conjugateGE Healthcare ، Little Chalfont ، Buckinghamshire ، UKRef. #: PA45001
Materials
N-hydroxysuccinimide الشرائح الزجاجية المشتقة H Schott-Nexterion, Jena, GermanyRef. #: 1070936
ورق ترشيح Whatman Sigma-AldrichRef. #: WHA10347509
أنابيب 1.5 ملEppendorf   ؛المرجع #: 0030120086
<قوي>البرامج والخوارزميات
ScanArray Express نظام تحليل المصفوفات الدقيقةPerkinElmerhttp://www.per
جامعة ماريلاند ، ماريلاند ، الولايات المتحدة الأمريكيةhttp://www.cs.umd.edu/hcil/hce/
تطبيق مستكشف التجميع الهرمي kinelmer.com/microarray

المراجع

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Karlsson, G. B., Fouchier, R. A., Phogat, S., Burton, D. R., Sodroski, J., Wyatt, R. T. The challenges of eliciting neutralizing antibodies to HIV-1 and to influenza virus. Nat Rev Microbiol. 6 (2), 143-155 (2008).
  2. Lu, L. L., Suscovich, T. J., Fortune, S. M., Alter, G. Beyond binding: antibody effector functions in infectious diseases. Nat Rev Immunol. 18 (1), 46-61 (2017).
  3. Bebbington, C., Yarranton, G. Antibodies for the treatment of bacterial infections: current experience and future prospects. Curr Opin Biotech. 19 (6), 613-619 (2008).
  4. Murphy, K., Travers, P., Walport, M. The complement system and innate immunity. Janeway's Immunobiology. , 7th, Garland Science. New York. 61-80 (2008).
  5. Botto, M., Kirschfink, M., Macor, P., Pickering, M. C., Wurzner, R., Tedesco, F. Complement in human diseases: lessons from complement deficiencies. Mol Immunol. 46 (14), 2774-2783 (2009).
  6. Borrok, M. J., et al. Enhancement of antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity by endowing IgG with FcαRI (CD89) binding. MAbs. 7 (4), 743-751 (2015).
  7. Weiner, L. M., Murray, J. C., Shuptrine, C. W. Antibody-based immunotherapy of cancer. Cell. 148 (6), 1081-1084 (2012).
  8. Ricklin, D., Hajishengallis, G., Yang, K., Lambris, J. D. Complement: a key system for immune surveillance and homeostasis. Nat Immunol. 11 (9), 785-797 (2010).
  9. Prechl, J. A generalized quantitative antibody homeostasis model: antigen saturation, natural antibodies and a quantitative antibody network. Clin Transl Immunology. 6 (2), e131(2017).
  10. Vojdani, A. Antibodies as predictors of complex autoimmune diseases. Int J Immunopath Ph. 21 (2), 267-278 (2008).
  11. Liu, W., Peng, B., Lu, Y., Xu, W., Qian, W., Zhang, J. Y. Autoantibodies to tumor-associated antigens as biomarkers in cancer immunodiagnosis. Autoimmun Rev. 10 (6), 331-335 (2011).
  12. Suurmond, J., Diamond, B. Autoantibodies in systemic autoimmune diseases: specificity and pathogenicity. J Clin Invest. 125 (6), 2194-2202 (2015).
  13. Bovin, N., et al. Repertoire of human natural anti-glycan immunoglobulins. Do we have auto-antibodies? Biochim Biophys Acta. 1820 (9), 1373-1382 (2012).
  14. de los Rios, M., Criscitiello, M. F., Smider, V. V. Structural and genetic diversity in antibody repertoires from diverse species. Curr Opin Struc Biol. 33, 27-41 (2015).
  15. Pochechueva, T., et al. Comparison of printed glycan array, suspension array and ELISA in the detection of human anti-glycan antibodies. Glycoconjugate J. 28 (8-9), 507-517 (2011).
  16. Shilova, N., Navakouski, M., Khasbiullina, N., Blixt, O., Bovin, N. Printed glycan array: antibodies as probed in undiluted serum and effects of dilution. Glycoconjugate J. 29 (2-3), 87-91 (2012).
  17. Manimala, J. C., Roach, T. A., Li, Z., Gildersleeve, J. C. High-throughput carbohydrate microarray profiling of 27 antibodies demonstrates widespread specificity problems. Glycobiology. 17 (8), 17C-23C (2007).
  18. Jacob, F., et al. Serum anti-glycan antibody detection of non-mucinous ovarian cancers by using a printed glycan array. Int. J. Cancer. 130 (1), 138-146 (2012).
  19. Lewallen, D. M., Siler, D., Iyer, S. S. Factors affecting protein-glycan specificity: effect of spacers and incubation time. ChemBioChem. 10 (9), 1486-1489 (2009).
  20. Oyelaran, O., Li, Q., Farnsworth, D., Gildersleeve, J. C. Microarrays with varying carbohydrate density reveal distinct subpopulations of serum antibodies. J. Proteome Res. 8 (7), 3529-3538 (2009).
  21. Pochechueva, T. Multiplex suspension array for human anti-carbohydrate antibody profiling. Analyst. 136 (3), 560-569 (2011).
  22. Chinarev, A. A., Galanina, O. E., Bovin, N. V. Biotinylated multivalent glycoconjugates for surface coating. Methods Mol Biol. 600, 67-78 (2010).
  23. Huflejt, M. E. Anti-carbohydrate antibodies of normal sera: findings, surprises and challenges. Mol Immunol. 46 (15), 3037-3049 (2009).
  24. Buchs, J. P., Nydegger, U. E. Development of an ABO-ELISA for the quantitation of human blood group anti-A and anti-B IgM and IgG antibodies. J Immunol Methods. 118 (1), 37-46 (1989).
  25. de Jager, W., Rijkers, G. T. Solid-phase and bead-based cytokine immunoassay: a comparison. Methods. 38 (4), 294-303 (2006).
  26. Galanina, O. E., Mecklenburg, M., Nifantiev, N. E., Pazynina, G. V., Bovin, N. V. GlycoChip: multiarray for the study of carbohydrate binding proteins. Lab Chip. 3 (4), 260-265 (2003).
  27. Willats, W. G., Rasmussen, S. E., Kristensen, T., Mikkelsen, J. D., Knox, J. P. Sugar-coated microarrays: a novel slide surface for the high-throughput analysis of glycans. Proteomics. 2 (12), 1666-1671 (2002).
  28. Bello-Gil, D., Khasbiullina, N., Shilova, N., Bovin, N., Mañez, R. Repertoire of BALB/c mice natural anti-Carbohydrate antibodies: mice vs. humans difference, and otherness of individual animals. Front Immunol. 8, 1449(2017).
  29. Pazynina, G., et al. Synthetic glyco-O-sulfatome for profiling of human natural antibodies. Carbohydr Res. 445, 23-31 (2017).
  30. Ryzhov, I. M., Korchagina, E. Y., Popova, I. S., Tyrtysh, T. V., Paramonov, A. S., Bovin, N. V. Block synthesis of A (type 2) and B (type 2) tetrasaccharides related to the human ABO blood group system. Carbohydr Res. 430, 59-71 (2016).
  31. Ryzhov, I. M., et al. Function-spacer-lipid constructs of Lewis and chimeric Lewis/ABH glycans. Synthesis and use in serological studies. Carbohyd Res. 435, 83-96 (2016).
  32. Pazynina, G. V., Tsygankova, S. V., Sablina, M. A., Paramonov, A. S., Tuzikov, A. B., Bovin, N. V. Stereo- and regio-selective synthesis of spacer armed α2-6 sialooligosaccharides. Mendeleev Commun. 26 (5), 380-382 (2016).
  33. Pazynina, G. V., Tsygankova, S. V., Sablina, M. A., Paramonov, A. S., Formanovsky, A. A., Bovin, N. V. Synthesis of blood group pentasaccharides ALey, BLey and related tri- and tetrasaccharides. Mendeleev Commun. 26 (2), 103-105 (2016).
  34. Severov, V. V., Pazynina, G. V., Ovchinnikova, T. V., Bovin, N. V. The synthesis of oligosaccharides containing internal and terminal Galβ1-3GlcNAcβ fragments. Russian J. Bioorgan. Chem. 41 (2), 147-160 (2015).
  35. Pazynina, G. V., Tsygankova, S. V., Bovin, N. V. Synthesis of glycoprotein N-chain core fragment GlcNAcβ1-4(Fucα1-6)GlcNAc. Mendeleev Commun. 25 (4), 250-251 (2015).
  36. Solís, D., et al. A guide into glycosciences: How chemistry, biochemistry and biology cooperate to crack the sugar code. Biochim Biophys Acta. 1850 (1), 186-235 (2015).
  37. Pazynina, G. V., et al. Divergent strategy for the synthesis of α2-3-Linked sialo-oligosaccharide libraries using a Neu5TFA-(α2-3)-Gal building block. Synlett. 24 (02), 226-230 (2013).
  38. Blixt, O., et al. Printed covalent glycan array for ligand profiling of diverse glycan binding proteins. P Natl Acad Sci USA. 101 (49), 17033-17038 (2004).
  39. Liu, Y., et al. The minimum information required for a glycomics experiment (MIRAGE) project: improving the standards for reporting glycan microarray-based data. Glycobiology. 27 (4), 280-284 (2017).
  40. Song, X., Heimburg-Molinaro, J., Cummings, R. D., Smith, D. F. Chemistry of natural glycan microarrays. Curr Opin Chem Biol. 18, 70-77 (2014).
  41. Hoy, Y. E., et al. Variation in taxonomic composition of the fecal microbiota in an inbred mouse strain across individuals and time. PLoS One. 10 (11), e0142825(2015).
  42. D'Argenio, V., Salvatore, F. The role of the gut microbiome in the healthy adult status. Clin Chim Acta. 451 (Pt A), 97-102 (2015).
  43. Khasbiullina, N. R., Bovin, N. V. Hypotheses of the origin of natural antibodies: a glycobiologist's opinion. Biochemistry (Mosc). 80 (7), 820-835 (2015).
  44. Butler, J. E., Sun, J., Weber, P., Navarro, P., Francis, D. Antibody repertoire development in fetal and newborn piglets, III. Colonization of the gastrointestinal tract selectively diversifies the preimmune repertoire in mucosal lymphoid tissues. Immunology. 100 (1), 119-130 (2000).
  45. Bos, N. A., et al. Serum immunoglobulin levels and naturally occurring antibodies against carbohydrate antigens in germ-free BALB/c mice fed chemically defined ultrafiltered diet. Eur J Immunol. 19 (12), 2335-2339 (1980).
  46. van der Heijden, P. J., Bianchi, A. T., Heidt, P. J., Stok, W., Bokhout, B. A. Background (spontaneous) immunoglobulin production in the murine small intestine before and after weaning. J Reprod Immunol. 15 (3), 217-227 (1989).
  47. Krasnova, L., Wong, C. H. Understanding the chemistry and biology of glycosylation with glycan synthesis. Annu Rev Biochem. 85, 599-630 (2016).
  48. Overkleeft, H. S., Seeberger, P. H., et al. Chemoenzymatic synthesis of glycans and glycoconjugates. Essentials of Glycobiology [Internet]. Varki, A., et al. , 3rd, Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor (NY). Chapter 54 2015-2017 (2017).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه

طلب إذن

الوسوم

Printed Glycan ArrayAnti glycan AntibodiesCirculating AntibodiesSmall Animal ModelsGlycan TargetsSerum SamplesFluorescent ScanningMicroarray AnalysisBiotinylated DetectionStreptavidin Conjugate

مقالات ذات صلة