تحديد مجموعات فرعية العلامات البيولوجية متعددة مع المثل تصنيف ثنائي فعال العروض

Xin Feng; Shaofei Wang; Quewang Liu; Han Li; Jiamei Liu; Cheng Xu; Weifeng Yang; Yayun Shu; Weiwei Zheng; Bingxin Yu; Mingran Qi; Wenyang Zhou; Fengfeng Zhou

doi:10.3791/57738

Method Article

تحديد مجموعات فرعية العلامات البيولوجية متعددة مع المثل تصنيف ثنائي فعال العروض

DOI:

10.3791/57738

⸱

October 11th, 2018

Xin Feng¹ , Shaofei Wang¹ , Quewang Liu¹ , Han Li² , Jiamei Liu² , Cheng Xu² , Weifeng Yang² , Yayun Shu² , Weiwei Zheng¹ , Bingxin Yu³ , Mingran Qi⁴ , Wenyang Zhou¹ , Fengfeng Zhou¹

¹College of Computer Science and Technology, and Key Laboratory of Symbolic Computation and Knowledge Engineering of Ministry of Education, Jilin University, ²College of Software, Jilin University, ³Ultrasonography Department, China-Japan Union Hospital of Jilin University, ⁴Department of Pathogenobiology, College of Basic Medical Science, Jilin University

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

الخوارزميات الموجودة إيجاد حل واحد لمجموعة بيانات الكشف عن العلامات البيولوجية. هذا البروتوكول يوضح وجود حلول فعالة وبالمثل متعددة ويقدم برمجيات سهلة الاستخدام لمساعدة الباحثين الطبية التحقيق على مجموعات البيانات لتحدي المقترحة. علماء الكمبيوتر قد توفر هذه الميزة في العلامات البيولوجية على خوارزميات الكشف.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

الكشف عن العلامات البيولوجية واحدة من المسائل الطبية البيولوجية أكثر أهمية للباحثين الفائق 'اوميكس'، وتقريبا جميع خوارزميات الكشف عن العلامات البيولوجية الموجودة تولد فرعية العلامات البيولوجية واحدة بقياس الأداء الأمثل لمجموعة معينة من البيانات . بيد أن دراسة أجريت مؤخرا أظهر وجود عدة مجموعات فرعية العلامات البيولوجية مع تصنيف فعالة وبالمثل أو حتى مطابقة العروض. ويقدم هذا البروتوكول منهجية بسيطة ومباشرة للكشف عن العلامات البيولوجية مجموعات فرعية مع العروض تصنيف ثنائي، أفضل من قطع المعرفة من قبل المستخدم. ويتكون البروتوكول من إعداد البيانات وتحميل تلخيص معلومات خط الأساس، ضبط المعلمة، فحص العلامات البيولوجية، التصور نتيجة والتفسير، وشروح الجينات العلامات البيولوجية وتصدير النتيجة والتصور في نوعية المنشور. العلامات البيولوجية المقترحة فحص استراتيجية بديهية ويوضح قاعدة عامة لتطوير خوارزميات الكشف عن العلامات البيولوجية. تم تطوير واجهة مستخدم رسومية سهلة الاستخدام (GUI) باستخدام لغة البرمجة بايثون، السماح للباحثين الطبية الحيوية الوصول المباشر إلى نتائجها. يمكن تحميل التعليمات البرمجية المصدر والدليل من كسولوتيونفيس من http://www.healthinformaticslab.org/supp/resources.php.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

التحقيق تصنيف ثنائي، واحدة من الأكثر استخداماً ويستخدم البيانات تحديا التعدين المشاكل في مجال الطب الحيوي، بناء نموذج تصنيف المدربين في مجموعتين من العينات مع الأكثر دقة التمييز السلطة¹^، ² ^, ³ ^, ⁴ ^, ⁵ ^, ⁶ ^, ⁷-ومع ذلك، قد البيانات الكبيرة التي تم إنشاؤها في مجال الطب الحيوي الأصيل "كبير ف الصغيرة n" النموذج، مع العدد من الميزات التي عادة ما تكون أكبر بكثير من عدد العينات⁶^،^،من^8....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ملاحظة: البروتوكول التالية توضح تفاصيل إجراءات تحليلية المعلوماتية ورموز الزائفة من وحدات رئيسية. واستحدث نظام التحليل التلقائي باستخدام بيثون الإصدار 3.6.0 والباندا وحدات بايثون، سي، نومبي، سسيبي، سكليرن، sys، PyQt5، sys، مرمر، الرياضيات وماتبلوتليب. وترد في الجدول للموادالمواد المستخدمة في هذه الدراسة.

1-إعداد مصفوفة البيانات والتسميات من الدرجة

إعداد ملف مصفوفة البيانات كملف مصفوفة علامة التبويب أو-بفاصلات، كما هو موضح في الشكل 1A.
ملاحظة: كل صف جميع قيم سمة، والعنصر الأول هو اسم الميزة. هو معرف بروبست لمجموعة البيانات المستندة إلى ميكرواري الترنسكربيتوم ميزة أو قد يكون معرف قيم....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

والهدف من سير العمل هذا (الشكل 6) الكشف عن عدة مجموعات فرعية العلامات البيولوجية مع كفاءات مماثلة لمجموعة بيانات تصنيف ثنائي. ويصور اثنين من مجموعات البيانات المثال ALL1 و ALL2 المستخرجة من الكشف عن العلامات البيولوجية نشرت مؤخرا دراسة¹²^،⁴⁸العملية برمتها. يمكن تثبيت مستخدم كسولوتيونفيس باتباع الإرشادات الموجودة في المواد التكميلية.

Dataset A.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تقدم هذه الدراسة بروتوكولا كشف وتوصيف سهلة لمتابعة حل متعدد العلامات البيولوجية لمجموعة بيانات المحددة من قبل المستخدم تصنيف ثنائي. البرنامج يضع تركيز على سهولة الاستخدام وواجهات مرونة الاستيراد والتصدير لمختلف صيغ الملفات، يسمح لباحث الطبية الحيوية للتحقيق في ما مجموعة البيانات بسهولة باستخدام واجهة المستخدم الرسومية للبرنامج. وتبرز هذه الدراسة أيضا بضرورة إيجاد حل واحد أو أكثر مع العروض النمذجة فعالة وبالمثل، تجاهل العديد من خوارزميات الكشف عن العلامات البيولوجية الموجودة سابقا. في المستقبل، قد تتضمن خوارزميات الكشف عن.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

لدينا لا تضارب في المصالح المتصلة بهذا التقرير.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

وأيد هذا العمل "برنامج البحوث ذات الأولوية الاستراتيجية" للأكاديمية الصينية للعلوم (XDB13040400) ومنحة بدء التشغيل من جامعة جيلين. تم تقدير المراجعين المجهولين والمستخدمين التجارب الطبية على تعليقاتهم البناءة على تحسين سهولة الاستخدام والأداء الوظيفي لكسولوتيونفيس.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
Name	Company	Catalog Number	Comments
<قوي >الأجهزة < / قوي >
كمبيوتر محمول	Lenovo	X1 الكربون	يعمل أي كمبيوتر. الحد الأدنى الموصى به للتكوين: 1 جيجابايت مساحة إضافية على القرص الصلب ، ذاكرة 1 جيجابايت ، وحدة المعالجة المركزية 2.0 ميجاهرتز
قوي>الاسم < / قوي >	<قوي>الشركة< قوي>	قوي<قوي>رقم الكتالوج	<قوي>تعليقات
Software
Python 3.0	WingWare	Wing Personal	تدعم أي بيئات برمجة وتشغيل Python الإصدار 3.0 من Python أو أعلى

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Heckerman, D., et al. Genetic variants associated with physical performance and anthropometry in old age: a genome-wide association study in the ilSIRENTE cohort. Scientific Reports. 7, 15879(2017).
Li, Z., et al.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

تحديد مجموعات فرعية العلامات البيولوجية متعددة مع المثل تصنيف ثنائي فعال العروض

In This Article

Summary

Abstract

Introduction

Protocol

Results

Discussion

Disclosures

Acknowledgements

Materials

References

Reprints and Permissions

Tags

Related Articles