$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
1. الخطوات التحضيرية للتجارب
- تحضير مزارع المطثية البيضاء والإشريكية القولونية
ملاحظة: السلالات المستخدمة في هذه الدراسة مدرجة في الجدول 1.
- الحفاظ على سلالات المطثية البيضاء والإشريكية القولونية كمخزونات من الجلسرين عند -80 درجة مئوية.
- باستخدام عود أسنان معقم ، قم بإعادة سلالة C. albicans المرغوبة على سكر العنب الببتون الخميرة الصلبة (YPD) (1٪ مستخلص الخميرة ، 2٪ باكتوبتون ، 2٪ جلوكوز ، 1.5٪ أجار ، 0.004٪ أدينين ، 0.008٪ يوريدين) وينمو بين عشية وضحاها عند 30 درجة مئوية.
ملاحظة: إذا كانت سلالة المطثية البيضاء ذات التغذية ، فاستكمل الوسائط بالأحماض الأمينية الضرورية.
- باستخدام حلقة معقمة أو عود أسنان ، قم بتلقيح مستعمرة واحدة من المطثية البيضاء في 2 مل من YPD السائل. احتضان عند 30 درجة مئوية مع الرج لمدة 24 ساعة.
- باستخدام عود أسنان معقم ، ضع خطا للإشريكية القولونية (OP50) على مرق لوريا (LB ؛ 10 جم / لتر من التربتون ، 5 جم / لتر من مستخلص الخميرة ، 10 جم / لتر كلوريد الصوديوم ، 15 جم / لتر أجار). احتضن بين عشية وضحاها عند 30 درجة مئوية.
- تلقيح مستعمرة OP50 واحدة في 50 مل من LB. احتضن عند 30 درجة مئوية مع الرج طوال الليل.
- إعداد وسائط نمو الديدان الخيطية
- في قارورة سعة 2 لتر ، أضف 29 جم من مسحوق وسائط نمو الديدان الخيطية (NGM ؛ 17.5 جم / لتر أجار ، 3.0 جم / لتر كلوريد الصوديوم ، 2.5 جم / لتر بيبتون ، .005 جم / لتر كوليسترول) إلى 1 لتر من الماء واخلطها مع شريط التقليب.
- لمنع فرط نمو الإشريكية القولونية والسماح بتكاثر المطثية البيضاء مكمل NGM مع 0.2 جم / لتر من كبريتات الستربتومايسين بعد التعقيم.
ملاحظة: في حالة استخدام NGM لصيانة الديدان الخيطية ، فإن الستربتومايسين غير مطلوب.
- الحفاظ على أعداد الديدان الخيطية
- انشر 300 ميكرولتر من ثقافة الإشريكية القولونية طوال الليل على ألواح أجار NGM المحضرة باستخدام موزعة معدنية. سيشار إلى هذه التقنية باسم البذر.
- اترك الأطباق تجف في درجة حرارة الغرفة (RT). تنمو الصفائح بين عشية وضحاها عند 30 درجة مئوية.
- حافظ على عدد الديدان الخيطية عن طريق تقطيعها كل 3-4 أيام على صفيحة NGM المصنفة حديثا مع الإشريكية القولونية. يحفظ في درجة حرارة 20 درجة مئوية. التقطيع هو تقنية تستخدم لنقل مجموعة عشوائية من الديدان الخيطية بسرعة إلى صفيحة مصنفة حديثا ، مما يسمح للسكان بالتكاثر. للقيام بذلك ، استخدم ملعقة معقمة لقطع مربع صغير (1 × 1 بوصة) من لوحة أجار NGM. انقل المربع بعناية إلى لوحة NGM جديدة مع الجانب بحيث تكون الديدان الخيطية متجهة لأسفل على أجار8 الجديدة.
ملاحظة: C. ايليجانس التي يتم الاحتفاظ بها عند 20 درجة مئوية ستنتج ذرية ~ 48 ساعة لاحقا وهو أمر مفيد للنظر فيه عند مزامنة مجموعة من الديدان الخيطية. C. ايليجانس التي يتم الحفاظ عليها عند 25 درجة مئوية سوف تتطور وتتكاثر بشكل أسرع وسيكون للسكان الذين يتم الحفاظ عليهم عند 15 درجة مئوية نمو أبطأ.
- تزامن السكان الديدان الخيطية
- ابدأ بوجود أعداد الديدان الخيطية الموجودة في NGM/OP50.
- الماصة ~ 3 مل من المخزن المؤقت M9 على لوحة NGM التي تحتوي على الديدان الخيطية. اغسل بيض الديدان الخيطية من الطبق واستخدم طرف الماصة برفق لكشط البيض من الأجار (يميل إلى الالتصاق). باستخدام ماصة P1000، انقل السائل الذي يحتوي على كل من البيض والديدان إلى أنبوب مخروطي سعة 15 مل. لتقييم عدد البيض الذي لا يزال على الطبق ، استخدم مجهر تشريح لإلقاء نظرة على الأجار.
- جهاز طرد مركزي مخروطي لمدة دقيقتين عند 279 × جم و RT.
- قم بإزالة المادة الطافية ، مع الحرص على عدم إزعاج حبيبات الديدان الخيطية.
- أضف 3 مل من محلول التبييض بنسبة 25٪ ("الحذر" عند المناولة).
- اقلب الأنبوب لمدة 2 دقيقة. تأكد من أن الديدان الخيطية ميتة باستخدام مجهر التشريح - ستكون مستقيمة وغير متحركة.
ملاحظة: سيؤدي ذلك إلى قتل الديدان الخيطية الموجودة فقط. لن تتأثر سلامة البيض.
- جهاز طرد مركزي لمدة دقيقتين عند 279 × جم و RT.
- قم بإزالة المادة الطافية وإعادة تعليق الحبيبات في 3 مل M9.
- جهاز طرد مركزي لمدة دقيقتين عند 279 × جم و RT.
- قم بإزالة المادة الطافية وإعادة تعليق الحبيبات في 300 ميكرولتر من M9.
- باستخدام مجهر تشريح ، تحقق من تركيز البيض عن طريق سحب 5 ميكرولتر من البيض على صفيحة بتري صغيرة. يجب أن يكون التركيز المثالي بين 20-100 بيضة. إذا كانت الثقافة مخففة للغاية ، فقم بتركيز المحلول عن طريق الطرد المركزي وإزالة السوائل الزائدة. إذا كانت المزرعة شديدة التركيز ، أضف المزيد من M9 حتى يتم الوصول إلى التركيز المطلوب.
- تحضير المطثية البيضاء ومزارع الإشريكية القولونية لعدوى الديدان الخيطية (البذر).
- تحضير حل فارغ. في كوفيت ، امزج 900 ميكرولتر من ddH2O و 100 ميكرولتر من YPD السائل.
- أدخل الكوفيت في مقياس الطيف الضوئي. اضبط الطول الموجي على 600 نانومتر باستخدام السهم لأعلى. انقر فوق الزر "0 ABS 100٪ T" لتعيين الحل الفارغ.
- في كوفيت جديد ، امزج 900 ميكرولتر من ddH2O و 100 ميكرولتر من زراعة الخميرة الليلية. أخرج المحلول الفارغ من مقياس الطيف الضوئي وأضف الكوفيت الذي يحتوي على محلول الخميرة. سجل الكثافة البصرية المعروضة على الشاشة (لا تضغط على أي أزرار). اضرب القراءة في 10 (كان محلول الخميرة المقاس 1 في 10 تخفيف).
- تطبيع الثقافة إلى 3.0 OD600 / مل مع ddH2O في أنبوب طرد مركزي دقيق سعة 1.5 مل. 1 OD600 هو حوالي 3 × 10-7 CFU / مل21.
ملاحظة: إذا كانت قراءة OD600 6.7 ، 3 OD / 6.7 OD = 0.447 مل ، أضف 447 ميكرولتر من C. albicans ثقافة إلى أنبوب الطرد المركزي الدقيق. جهاز طرد مركزي بأقصى سرعة (16 ، 873 × جم) لمدة 30 ثانية. قم بإزالة المادة الطافية وإعادة تعليقها في 1 مل من ddH2O.
- انقل ثقافة الإشريكية القولونية طوال الليل إلى أنبوب مخروطي سعة 50 مل.
- جهاز الطرد المركزي للثقافة عند 279 × جم لمدة دقيقتين في RT.
- استنشق غالبية المادة الطافية ، تاركا ~ 1 مل.
- أعد تعليق الحبيبات في المادة الطافية المتبقية وانقلها إلى أنبوب طرد مركزي دقيق سعة 1.5 مل يزن مسبقا.
- قم بالدوران لأسفل أنبوب الطرد المركزي الدقيق بأقصى سرعة لمدة 30 ثانية.
- باستخدام ماصة p1000 ، قم بإزالة المادة الطافية ووزن الحبيبات النهائية.
- تمييع الإشريكية القولونية إلى 200 ملغم/مل في DDH2O.
- استخدم حسابات المزيج الرئيسي (الجدول 2) وقم بتوسيع نطاقه بشكل مناسب.
2. فحص الخصوبة
ملاحظة: البيانات التمثيلية الموضحة في الجدول التكميلي 1 ورسم تخطيطي موضح في الشكل 1 أ.
- الحصول على أو إعداد ما يلي: ألواح بتري مقاس 35 مم × 10 مم ، NGM مكملة بكبريتات الستربتومايسين 0.2 جم / لتر ، بكتيريا القولونية OP50 ، LB ، C. albics ، YPD ، Wire Pick ، M9 Buffer (3.0 جم / لتر KH2PO4 ، 6.0 جم / لتر Na2HPO4 ، 0.5 جم / لتر كلوريد الصوديوم ، 1.0 جم / لتر NH4Cl) ، 15 مل أنابيب مخروطية الشكل.
قبل يومين من التجربة
- تلقيح C. albicans سلالات في 2 مل من YPD و E. coli (OP50) في 50 مل من LB وتنمو بين عشية وضحاها عند 30 درجة مئوية.
- قم بإعداد ألواح بتري مقاس 35 مم × 10 مم مع NGM مكملة ب 0.2 جم / لتر من كبريتات الستربتومايسين. يجب أن يستمر عدد اللوحات المعدة للتجربة بأكملها. العدد الموصى به من التكرارات هو 10 لكل علاج. ل 10 نسخ مكررة ، سيتم استخدام 70 لوحا. 1 لتر من NGM سوف يصنع ~ 250 لوحا.
قبل يوم واحد من التجربة
- بذرة 35 مم × 10 مم NGM أجار صفائح مكملة بالستربتومايسين لليوم 0 واليوم 2 واليوم 3 وفقا لبروتوكول البذر الموضح أعلاه مع تركيز ماستر ميكس (الجدول 2). ماصة الكمية المناسبة من الماستر ميكس في وسط اللوحة. إن نشر المزرعة ليس ضروريا لأن بقعة واحدة من النمو الميكروبي كافية لتغذية المضيف وتسمح لنا بالتعرف بسهولة على العوائل خارج البذرة. احتضن اللوحات طوال الليل في RT.
ملاحظة: يحتوي اليوم 0 mastermix على 50 ميكرولتر من "البذور" لكل تكرار لكل معالجة تجريبية. تتضمن الأيام 2-7 10 ميكرولتر من "البذور" لكل تكرار لكل معالجة تجريبية. لا توجد لوحة في اليوم 1 لأن الديدان الخيطية ستصل إلى المرحلة L4 بعد 48 ساعة من مزامنتها على لوحة اليوم 0. بمجرد وصولهم إلى L4 ، سيتم نقل الديدان الخيطية الفردية إلى لوحات اليوم 2.
| ل 1 النسخ المتماثل | حالة التحكم في الإشريكية القولونية (OP50) | المطثية البيكان والشرقية القولونية (OP50) حالة العلاج |
| 50 ر.ب | H2O | مجموع | 50 ر.ب | ج. ألبكنس | H2O | مجموع |
| اليوم 0 | 6.25 ul | 43.75 ميكروتر | 50 أولتر | 6.25 ul | 1.25 ميكرولتر | 42.5 ميكرول | 50 أولتر |
| الأيام 2-7 | 1.25 ميكرولتر | 8.75 ul | 10 ميكرولتر | 1.25 ميكرولتر | .25 ul | 8.5 ميكرولتر | 10 ميكرولتر |
الجدول 2: أحجام Mastermix من بكتريا قولونية و C. albicans المزارع اللازمة لإصابة الديدان الخيطية لمقايسة الخصوبة.
يوم التجربة (اليوم 0)
- قم بمزامنة الديدان الخيطية والصفيحة ~ 50 بيضة في كل يوم 0 تكرار للوحات التحكم (OP50 فقط) وألواح المعالجة (C. albicans + OP50). احتضان عند 20 درجة مئوية لمدة 48 ساعة.
اليوم 2
- انقل ديدان خيطية L4 واحدة عن طريق اختيار8 من لوحة اليوم 0 إلى كل من الألواح المصنفة في اليوم 2 المكررة. يمكن التعرف على مضيفات L4 من خلال جيب صغير في منتصف الجانب الظهري من أجسامهم22. انقل الديدان الخيطية المفرغة والناضجة من نفس النوع من الألواح المصنفة (على سبيل المثال ، يجب نقل الديدان الخيطية L4 من لوحات التحكم D0 إلى لوحات التحكم في اليوم 2).
- تلقيح مزارع المطثية البيضاء المطلوبة في 2 مل من YPD والإشريكية القولونية (سلالة OP50) في 50 مل من LB.
اليوم 3
- انقل الديدان الخيطية من لوحات اليوم 2 إلى لوحات اليوم 3 المصنفة ، مع تتبع كل نسخة مكررة (على سبيل المثال ، يجب نقل النسخ المتماثل A من اليوم 2 إلى لوحة Replicate A Day 3).
- احتضان أطباق اليوم 2 (تحتوي فقط على البيض) واليوم 3 (تحتوي على شخص بالغ واحد) عند 20 درجة مئوية لمدة 24 ساعة.
- بذور 35 مم × 10 مم NGM مكملة بألواح الستربتومايسين لليومين 4 و 5 باستخدام 10 ميكرولتر من الماستر ميكس لكل طبق (الجدول 2) واحتضان الألواح في RT لمدة 24 ساعة.
يوم 4
- انقل الديدان الخيطية من أطباق اليوم 3 إلى أطباق اليوم 4.
- احتضان أطباق اليوم 3 واليوم 4 عند 20 درجة مئوية لمدة 24 ساعة.
- باستخدام نطاق تشريح ، احسب النسل القابل للحياة لكل لوحة Day 2. لاحظ أي مكررات ماتت أو لم تعد موجودة على اللوحة (خاضعة للرقابة). بمجرد تسجيل عدد النسل ، تخلص من لوحات اليوم 2.
ملاحظة: يشير الخريبة إلى الديدان الخيطية التي تختفي على اللوحة. يمكن أن يحدث هذا عندما تزحف الديدان الخيطية من اللوحة. على الرغم من أنها أقل شيوعا خلال نافذة ال 24 ساعة ، إلا أن جثث الديدان الخيطية الميتة تتفكك في الأجار مما يؤدي أيضا إلى الرقابة. لا يتم تضمين البيانات الخاضعة للرقابة في التحليل النهائي لبيانات النسل والبقاء على قيد الحياة.
- تلقيح مزارع جديدة من سلالات المطثية البيضاء في 2 مل من YPD و E. coli (OP50) في 50 مل من LB.
اليوم 5
- انقل الديدان الخيطية من أطباق اليوم 4 إلى أطباق اليوم 5.
- احتضن أطباق اليوم 4 واليوم 5 عند 20 درجة مئوية لمدة 24 ساعة.
- عد النسل القابل للحياة لكل لوحة يوم 3. لاحظ أي مكررات ماتت أو لم تعد موجودة على اللوحة (خاضعة للرقابة). بمجرد تسجيل عدد النسل ، تخلص من لوحات اليوم 3.
- بذرة 35 مم × 10 مم NGM مكملة بألواح الستربتومايسين لليومين 6 و 7 باستخدام 10 ميكرولتر من الماستر ميكس لكل طبق (الجدول 2) واحتضان الأطباق في درجة حرارة الغرفة لمدة 24 ساعة.
يوم 6
- انقل الديدان الخيطية من أطباق اليوم 5 إلى أطباق اليوم 6.
- احتضان أطباق اليوم 5 واليوم 6 عند 20 درجة مئوية لمدة 24 ساعة.
- عد النسل القابل للحياة لكل لوحة يوم 4. لاحظ أي مكررات ماتت أو لم تعد موجودة على اللوحة (خاضعة للرقابة). بمجرد تسجيل عدد النسل ، تخلص من لوحات اليوم 4.
اليوم 7
- انقل الديدان الخيطية من أطباق اليوم 6 إلى أطباق اليوم 7.
- احتضان أطباق اليوم 6 واليوم 7 عند 20 درجة مئوية لمدة 24 ساعة.
- عد النسل القابل للحياة لكل لوحة يوم 5. لاحظ أي مكررات ماتت أو لم تعد موجودة على اللوحة (خاضعة للرقابة). بمجرد تسجيل عدد النسل ، تخلص من لوحات اليوم 5.
يوم 8
- عد النسل القابل للحياة لكل لوحة يوم 6. لاحظ أي مكررات ماتت أو لم تعد موجودة على اللوحة (خاضعة للرقابة). بمجرد تسجيل عدد النسل ، تخلص من لوحات اليوم 6.
اليوم 9
- عد النسل القابل للحياة لكل لوحة يوم 7. لا تحسب أكبر ديدان خيطية (الوالد). لاحظ أي مكررات ماتت أو لم تعد موجودة على اللوحة (خاضعة للرقابة). بمجرد تسجيل عدد النسل ، تخلص من لوحات اليوم 7.
ملاحظة: يمكن أيضا استخدام هذا الاختبار لتقييم البقاء على قيد الحياة. سجل متى ماتت كل ديدان خيطية. في نهاية التجربة ، يمكن مقارنة النسبة المئوية للديدان الخيطية التي نجت خلال التجربة التي استمرت سبعة أيام لكل علاج. تزحف الديدان الخيطية أحيانا بعيدا عن مصدر الغذاء / العامل الممرض وتحاول تسلق شرائح صفيحة بتري. تحقق من جميع مناطق اللوحة قبل المضي قدما. تترك الديدان الخيطية الميتة وراءها جثة بشكل عام. فرض رقابة على أي ديدان خيطية لا يمكن تحديد موقعها ولا تحسب تلك الديدان الخيطية ميتة. لا تدرج البيانات الخاضعة للرقابة في التحليل النهائي للنسل والبقاء على قيد الحياة.
- قم بتحليل البيانات الخاصة بحجم الحضنة والتكاثر المتأخر باستخدام ANOVA أحادي الاتجاه أو Kruskal-Wallis ، اعتمادا على طبيعتها لمجموعات البيانات ، بالإضافة إلى الاختبارات المتعددة اللاحقة ل Tukey / Dunn لتحديد الاختلافات الهامة بين مجموعات العلاج باستخدام برنامج GraphPad Prism. اكتشف الاختلافات بين منحنيات البقاء على قيد الحياة باستخدام اختبار رتبة سجل ويلكوكسون.
3. مقايسة توسيع النسب
ملاحظة: البيانات التمثيلية الموضحة في الجدول التكميلي 2 ورسم تخطيطي موضح في الشكل 2 أ.
- الحصول على أو إعداد ما يلي: ألواح بتري مقاس 100 مم × 15 مم تحتوي على أجار NGM مكملة بكبريتات الستربتومايسين 0.2 جم / لتر ، مزارع الإشريكية القولونية OP50 ، مزارع LB ، C. albicans ، YPD ، عازلة M9 ، انتقاء الأسلاك ، أنابيب مخروطية 15 مل.
اليوم -2
- تلقيح C. albicans سلالات في 2 مل من YPD و E. coli (OP50) في 50 مل من LB وتنمو بين عشية وضحاها عند 30 درجة مئوية.
اليوم -1
- بذرة 100 مم × 15 مم من ألواح أجار NGM مكملة بالستربتومايسين مع 300 ميكرولتر من الماستر ميكس لكل طبق (الجدول 3). انشر الماستر ميكس على الطبق باستخدام مفرشة معدنية معقمة. احتضن الألواح طوال الليل عند 30 درجة مئوية. يوصى بستة تكرارات لكل علاج. وبالتالي ، قم بإعداد سبع أطباق (لوحة واحدة للديدان الخيطية المتزامنة ، وستة أطباق لكل ديدان خيطية بالغة) لكل علاج.
| حالة التحكم في الإشريكية القولونية (OP50) | C. albicans & E. coli (OP50). حالة العلاج |
| ل 1 النسخ المتماثل | 50 ر.ب | H2O | مجموع | 50 ر.ب | ج. ألبكنس | H2O | مجموع |
| 1.25 ميكرولتر | 8.75 ul | 10 ميكرولتر | 37.5 ميكرولتر | 7.5 ul | 255 ميكرولتر | 300 أولتر |
الجدول 3: أحجام Mastermix من بكتريا قولونية و C. albicans المزارع اللازمة لإصابة الديدان الخيطية لمقايسة توسع النسب.
النمو السكاني للديدان الخيطية: اليوم 0
- مزامنة الديدان الخيطية والصفيحة 10-25 بيضة على طبق واحد لكل عنصر تحكم (OP50 فقط) ومعالجة (C. albicans + OP50) واحتضانها عند 20 درجة مئوية لمدة 48 ساعة.
اليوم 2:
- انقل دودة L4 واحدة من كل لوحة تحكم وعلاج في اليوم 0 إلى ألواح مصنفة من نفس العلاج. يمكن التعرف على مضيفات L4 من خلال جيب صغير في منتصف الجانب الظهري من أجسامهم22.
- احتضان عند 20 درجة مئوية لمدة 5 أيام (ما مجموعه أسبوع واحد بعد المزامنة).
اليوم 7:
- باستخدام ماصة p1000 ، اغسل مجموعة الديدان الخيطية بالكامل من كل لوحة باستخدام 5 مل من المخزن المؤقت M9 وانقلها إلى أنبوب مخروطي سعة 15 مل.
- يحفظ في درجة حرارة 4 درجات مئوية لمدة ساعة واحدة للسماح للديدان الخيطية بالاستقرار لتسهيل العد.
- قم بتخفيف كل حجم مخروطي إلى نهائي يبلغ 10 مل باستخدام المخزن المؤقت M9.
- لكل تكرار بيولوجي ، احسب عدد الديدان الخيطية في حصة 20 ميكرولتر. كرر هذا للحصول على 6 تكرارات تقنية لكل تكرار بيولوجي. الحساب الخلفي لتحديد الحجم الإجمالي للسكان. إذا كانت العينات مخففة جدا (أي أقل من 10 ديدان خيطية لكل عينة) ، فقم بتركيز السكان في حجم أصغر من المخزن المؤقت M9.
ملاحظة: الطرد المركزي للديدان الخيطية الحية لن يضر بالديدان الخيطية.
مثال على الحساب:
70 مضيفا = X (إجمالي المضيفين)
20 ميكرولتر (aliquot) 10,000 ميكرولتر (الحجم الإجمالي)
- قم بتحليل البيانات لتوسيع النسب باستخدام إما ANOVA أحادي الاتجاه أو Kruskal-Wallis ، اعتمادا على طبيعتها لمجموعات البيانات ، بالإضافة إلى الاختبارات المتعددة اللاحقة ل Tukey / Dunn لتحديد الاختلافات الدلالية بين مجموعات العلاج باستخدام برنامج GraphPad Prism.