يوضح البروتوكول الحالي استخدام مقايسة تضخيم أسي سريعة من 3 مراحل قائمة على aptamer للكشف عن الأهداف. يتم تغطية تحضير العينة وتضخيم الإشارة وتطوير اللون لتنفيذ هذا النظام للتعرف على وجود الثيوفيلين على الكافيين.
مقالة منهجية
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
| الاسم | الشركة | رقم فهرسي | التعليقات |
|---|---|---|---|
| محلول 3،3 '، 5،5 '-Tetramethylbenzidine dihydrochloride (TMB) مع H2< / sub>O2< / sub> ، "MaxSignal TMB Microwell Substrate Solution" | كاشف تطوير اللون PerkinElmer | FOOD-1806-1000 | . قلل من التعرض للضوء والغلاف الجوي. سابقا ، تم توفير كتالوج BIOO Scientific رقم 1806. في مجموعة Apta-beacon Demonstration Kit مثل الأنبوب 3-2. |
| 5 '- TCC CTC CCT CCC TCC CAG TCC AGA CTC TTC CCT CCC TCC CTC CCA GA-BIOTIN-3 ' | تقنيات الحمض النووي المتكاملة (IDT) قالب | الحمض النووي QtQ47 المحسن المخصص ل EXPAR لإنتاج G-quadruplex ، مهيأ بواسطة G-quadruplex. يستخدم هذا للجزء "الأسي" من EXPAR ، لزيادة كمية DNAzyme المستخدمة في تطوير ألوان الخطوة 3 بسرعة. يتضمن القالب 3'-biotin لمنع الامتداد غير المقصود بواسطة Bst 2.0 DNA polymerase أثناء EXPAR. جزء من Apta-beacon Demonstration Kit Tube 2-2. | |
| 5'-GGG AAC UAU ACA ACC UAG GGC GAC CCU GAU GAG CCU UAU ACC AGC CGA AAG GCC CUU GGC AGA CGU UGA AAC GGU GAA AGC CGU AGG UUG CCC UAG GUU GU UAG UU-3 ' | تقنيات الحمض النووي المتكاملة (IDT) تسلسل | الريبوزيم الخيفي المخصص للتعرف على الثيوفيلين (الريبوزيم ذاتي الشق الذي ينظمه مجال أبتامر الحمض النووي الريبي للثيوفيلين) تم تعديله من Soukup et al. Soukup، G.A.، Emilsson، G.A.، and Breaker، R. R. (2000) تغيير التعرف الجزيئي على أبتامير الحمض النووي الريبي عن طريق الانتقاء الخيفي، مجلة البيولوجيا الجزيئية 298، 623-632. تم توفيرها في مجموعة عرض Apta-beacon كأنبوب 1-3. | |
| 5'-TCC CTC CCT CCC TCC CAG TCC AGA CTC TAC GGC TTT CAC CGT TTC AAC G-Biotin-3 ' | تقنيات الحمض النووي المتكاملة (IDT) قالب | الحمض النووي P3tQ49 المحسن المخصص ل EXPAR لإنتاج G-quadruplex ، مهيأ بمنتج الانقسام P3. يستخدم هذا في الخطوة 2 لترجمة منتج الانقسام إلى DNAzyme المستخدم لتطوير ألوان الخطوة 3. يتضمن القالب 3'-biotin لمنع الامتداد غير المقصود بواسطة Bst 2.0 DNA polymerase أثناء EXPAR. جزء من Apta-beacon Demonstration Kit Tube 2-2. | |
| 5x Ribozyme Buffer | Aptagen ، LLC | N / A | 5x التركيب: 600 ملي ملي Tris-HCl (درجة الحموضة 7.5) ، 150 ملي MgCl 2< / sub > ، 25 ملي مولار DTT. تستخدم في الخطوة 1. الموردة في مجموعة العرض التوضيحي Apta-beacon كأنبوب 1-4. |
| Apta-beaconTM (GQ-EXPAR, TMB) مجموعة العرض التوضيحي | Aptagen, LLC | GQ-EXPAR-TMB | تعرض المجموعة التجريبية خصوصية الاختبار اللوني من خلال الكشف عن أهداف الجزيئات الصغيرة الصعبة, الثيوفيلين مقابل الكافيين, والتي تختلف فقط بمجموعة ميثيل واحدة. |
| Bst 2.0 DNA polymerase | New England Biolabs | M0537S | بوليميراز تضخيم متساوي الحرارة مع نشاط إزاحة الخيوط جزء من مزيج Nickase-Polymerase ، المحضر في 9.375 U / uL. جزء من أنبوب Apta-beacon Demonstration Kit 2-1. |
| Buffer 3.1 | England Biolabs | B6003SVIAL | جنبا إلى جنب مع 2 ميكرولتر من 10X مخزن تضخيم متساوي الحرارة و 27.5 ميكرولتر من الماء الخالي من النوكلياز لإنتاج 1.11X EXPAR Buffer في EXPAR Mix. يحل هذا المنتج محل B7203SVIAL المستخدم سابقا والذي كان جزءا من التطوير الأولي للنظام (نفس التكوين باستثناء BSA غير المؤتلف). جزء من أنبوب Apta-beacon Demonstration Kit 2-2. |
| الكافيين | Sigma-Aldrich | C0750-100G | Aptamer الهدف المضاد (التحكم) ، محضر بماء خال من النوكلياز. يتم توفيره في مجموعة مظاهرة Apta-beacon كأنبوب 1-1. |
| dNTPs | New England Biolabs | N0447S | جزء من خليط تفاعل EXPAR. جزء من أنبوب مجموعة العرض التوضيحي Apta-beacon 2-2. |
| خليط تفاعل EXPAR | Aptagen، LLC | N / A | 0.44 mM dNTPs ، 0.38 & م P3tQ49 ، 0.38 & M QtQ47 ، 44.44 ملي Tris-HCl (الرقم الهيدروجيني 8.4) ، 63.5 ملي كلوريد الصوديوم ، 31.5 ملي كلوريد كلوريد ، 6.35 ملي ملي كلوريد المغنيم2 ، 1.27 ملي مجم سولات 4 ، 6.35 ملي مولار (NH4) 2SO4 ، 63.5 مو ؛ جم / مل BSA ، 0.0635٪ توين 20. جزء من أنبوب Apta-beacon Demonstration Kit 2-2. |
| Hemin | Sigma-Aldrich | H9039 | معلق في DMF إلى تركيز نهائي قدره 25 uM. يتم توفيره في مجموعة عرض Apta-beacon كأنبوب 3-1. |
| المخزن المؤقت للتضخيم متساوي الحرارة | B0537SVIAL نيو إنجلاند بيولوجي | جنبا إلى جنب مع 2 ميكرولتر من 10x Buffer 3.1 و 27.5 & micro ؛ لتر من الماء الخالي من النوكلياز لإنتاج 1.11x EXPAR Buffer في EXPAR Mix. جزء من أنبوب مجموعة Apta-beacon Demonstration Kit 2-2. | |
| MgCl2< / sub> | Amresco (VWR) | E525-500ML | عامل ريبوزيم رأس المطرقة ، ضروري للانقسام الذاتي. جزء من أنبوب مجموعة العرض التوضيحي Apta-beacon 1-3. |
| MJ PTC-100 Thermocycler | MJ Research، Inc. | PTC-100 | Thermocycler للتحكم في درجات حرارة الحضانة. يمكن استخدام أي جهاز تدوير حراري أو كتلة ساخنة. |
| N ، N-Dimethylformamide (DMF) | Sigma-Aldrich | 227056-100ML | يستخدم لتعليق الهيمين وزيادة العمر الافتراضي في الفريزر. جزء من أنبوب مجموعة العرض التوضيحي Apta-beacon 3-1. |
| Nickase-polymerase Mix | Aptagen، LLC | N / A | Nt.BstNBI (9.375 وحدة/μ L) و Bst 2.0 DNA polymerase (0.5 وحدة/μ L). يتم توفيره في مجموعة العرض التوضيحي Apta-beacon كأنبوب 2-1. |
| Nt.BstNBI | New England Biolabs | R0607S | إنزيم Nicking للسماح بتضخيم متساوي الحرارة المستمر. جزء من مزيج Nickase-Polymerase ، المحضر في 0.5 U / uL. جزء من أنبوب Apta-beacon Demonstration Kit 2-1. |
| T4 Kinase Buffer | New England Biolabs | B0201SVIAL | Buffer للإنزيم الضروري لإزالة الفوسفات الدوري. جزء من أنبوب Apta-beacon Demonstration Kit 1-4. |
| T4 عديد النوكليوتيدات كيناز | نيو إنجلاند Biolabs | M0201S | يزيل الفوسفات الدوري بعد الانقسام للسماح لمنتج الانقسام بتفاعل تضخيم متساوي الحرارة. يتم توفيره في مجموعة عرض Apta-beacon كأنابيب PCR. |
| لوحة Tecan GENios FL | Tecan | Genios-FL TWT | لقياس إشارة الامتصاص من نتائج الخطوة 3. |
| Theophylline | Sigma-Aldrich | T1633-50G | Aptamer ، محضر بماء خال من النوكلياز. يتم توفيره في مجموعة عرض Apta-beacon كأنبوب 1-2. |
| Tris-HCl | الأمريكية للتحليل الحيوي | AB14043-01000 | Aptamer ملزمة عازلة. جزء من أنبوب مجموعة العرض التوضيحي Apta-beacon 1-4. |
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه
طلب إذن