مقالة منهجية

خط أنابيب متعدد الاستخدامات لتحليل التغيرات الديناميكية في الأجسام النووية في مجموعة متنوعة من أنواع الخلايا

DOI:

10.3791/66874

⸱

يونيو 28, 2024

 ,  ,  ,  ,  , 
1Istituto Nazionale di Genetica Molecolare "Romeo ed Enrica Invernizzi" (INGM), 2SEMM, European School of Molecular Medicine, 3Department of Biosciences, University of Milan, 4T-One Therapeutics Srl

في هذه المقالة

ملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تصف هذه الطريقة بروتوكول التألق المناعي وخط أنابيب القياس الكمي لتقييم توزيع البروتين مع أنماط تنظيم نووية متنوعة في الخلايا الليمفاوية التائية البشرية. يوفر هذا البروتوكول إرشادات خطوة بخطوة ، بدءا من إعداد العينات والاستمرار في تنفيذ التحليل شبه الآلي في فيجي ، وينتهي بمعالجة البيانات بواسطة دفتر ملاحظات Google Colab.

الملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تحدث العمليات النووية المختلفة ، مثل التحكم في النسخ ، داخل هياكل منفصلة تعرف باسم البؤر التي يمكن تمييزها من خلال تقنية التألق المناعي. إن التحقيق في ديناميكيات هذه البؤر في ظل ظروف خلوية متنوعة عبر الفحص المجهري يعطي رؤى قيمة حول الآليات الجزيئية التي تحكم الهوية الخلوية ووظائفها. ومع ذلك ، فإن إجراء فحوصات التألق المناعي عبر أنواع مختلفة من الخلايا وتقييم التغيرات في تجميع هذه البؤر ونشرها وتوزيعها يمثل العديد من التحديات. تشمل هذه التحديات تعقيدات في إعداد العينات ، وتحديد المعلمات لتحليل بيانات التصوير ، وإدارة أحجام البيانات الكبيرة. علاوة على ذلك ، غالبا ما يتم تصميم مهام سير عمل التصوير الحالية للمستخدمين الأكفاء ، مما يحد من إمكانية الوصول إلى جمهور أوسع.

في هذه الدراسة ، نقدم بروتوكول تألق مناعي محسن مصمم خصيصا للتحقيق في البروتينات النووية في أنواع مختلفة من الخلايا التائية الأولية البشرية التي يمكن تخصيصها لأي بروتين مهم ونوع الخلية. علاوة على ذلك ، نقدم طريقة لقياس تلطيخ البروتين بشكل غير متحيز ، سواء كانت تشكل بؤرا متميزة أو تظهر توزيعا نوويا منتشرا.

تقدم طريقتنا المقترحة دليلا شاملا ، من التلوين الخلوي إلى التحليل ، والاستفادة من خط أنابيب شبه آلي تم تطويره في Jython وقابل للتنفيذ في فيجي. علاوة على ذلك ، نقدم نصا برمجيا سهل الاستخدام من Python لتبسيط إدارة البيانات ، ويمكن الوصول إليه بشكل عام على دفتر ملاحظات Google Colab. وقد أثبت نهجنا فعاليته في إنتاج تحليلات عالية الإثراء للبروتينات ذات الأنماط المتنوعة للتنظيم النووي عبر سياقات مختلفة.

المقدمة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يخضع تنظيم الجينوم حقيقي النواة لطبقات متعددة من التعديلات اللاجينية1 ، وتنسيق العديد من الوظائف النووية التي يمكن أن تحدث داخل مقصورات متخصصة تسمى الأجسام النووية أو المكثفات2. ضمن هذه الهياكل ، تتم عمليات مثل بدء النسخ3 ، ومعالجة الحمض النووي الريبي4،5،6 ، وإصلاح الحمض النووي7،8 ، والتكوين الحيوي للريبوسوم9،10،11 ، وتنظيم heterochromatin12،13. يتكيف تنظيم الأجسام النووية على كل من الأبعاد المكانية والزمانية لاستيعاب المتطلبات الخلوية ، مسترشدا بمبادئ فصل الطور14,15. وبالتالي ، تعمل هذه الهيئات كمصانع عابرة حيث تتجمع المكونات الوظيفية وتفكك ، وتخضع لتغييرات في الحجم والتوزيع المكاني. ومن ثم ، فإن فهم خصائص البروتينات النووية عن طريق الفحص المجهري ، بما في ذلك ميلها لتشكيل الأجسام وترتيبها المكاني في الظروف الخلوية المختلفة ، يوفر رؤى قيمة حول أدوارها الوظيفية. الفحص المجهري الفلوري هو طريقة مستخدمة على نطاق واسع لدراسة البروتينات النووية ، مما يسمح باكتشافها من خلال الأجسام المضادة الفلورية أو التعبير المباشر عن الأهداف باستخدام مراسل بروتين الفلورسنت16,17.

في هذا السياق ، تظهر الأجسام النووية كبؤر ساطعة أو نقاط ، مع درجة ملحوظة من الكروية ، مما يسهل تمييزها عن البيئة المحيطة16,18. تتيح التقنيات فائقة الدقة مثل STORM و PALM ، من خلال توفير دقة محسنة (تصل إلى 10 نانومتر) 19 ، توصيفا أكثر دقة لهيكل وتكوين مكثفات محددة20. ومع ذلك ، فإن إمكانية الوصول إليها محدودة بسبب نفقات المعدات والمهارات المتخصصة اللازمة لتحليل البيانات. لذلك ، يظل الفحص المجهري متحد البؤر شائعا نظرا لتوازنه الإيجابي بين الدقة والاستخدام الأوسع. يتم تسهيل هذه الشعبية من خلال الإزالة المتأصلة للضوء خارج التركيز البؤري ، مما يقلل من الحاجة إلى إجراءات ما بعد المعالجة المكثفة للتجزئة الدقيقة ، وتوافره على نطاق واسع في معاهد البحوث ، ووقت اكتسابه الفعال ، وإعداد العينات الذي عادة ما يكون فعالا. ومع ذلك ، فإن القياس الدقيق لتوزيع البروتين أو تجميعه أو انتشاره باستخدام مقايسات التألق المناعي عبر الظروف الخلوية المتنوعة يشكل تحديات ، حيث تفتقر العديد من الطرق الحالية إلى إرشادات حول اختيار المعلمات المناسبة للبروتينات ذات أنماط التوزيع المختلفة21. علاوة على ذلك ، قد يكون التعامل مع حجم البيانات الكبير الناتج أمرا شاقا للمستخدمين ذوي الخبرة المحدودة في تحليل البيانات ، مما قد يضر بالأهمية البيولوجية للنتائج.

لمواجهة هذه التحديات ، نقدم بروتوكولا مفصلا خطوة بخطوة لإعداد التألق المناعي وتحليل البيانات ، بهدف توفير طريقة غير متحيزة لقياس تلطيخ البروتين بأنماط تنظيمية مختلفة (الشكل 1). تم تصميم هذا المسار شبه الآلي للمستخدمين ذوي الخبرة المحدودة في التحليل الحسابي والتصويري. فهو يجمع بين وظائف اثنين من المكونات الإضافية فيجي المعمول بها: FindFoci22 و 3D جناح23. من خلال دمج قدرة تحديد البؤر الدقيقة ل FindFoci مع ميزات تحديد الكائنات والتجزئة في مساحة ثلاثية الأبعاد التي توفرها مجموعة 3D ، يقوم نهجنا بإنشاء ملفين CSV لكل قناة لكل مجال اكتساب. تحتوي هذه الملفات على معلومات تكميلية تسهل حساب المقاييس المناسبة لأنواع مختلفة من توزيع الإشارات ، مثل عدد البؤر لكل خلية ، ومسافة البؤر من المركز النووي ، ومعامل عدم التجانس (IC) ، الذي قدمناه لتلطيخ البروتين المنتشر. بالإضافة إلى ذلك ، نقر بأن استقراء البيانات يمكن أن يستغرق وقتا طويلا للمستخدمين ذوي المهارات المحدودة في معالجة البيانات. لتبسيط هذه العملية ، نقدم برنامج Python النصي الذي يجمع تلقائيا جميع القياسات التي تم جمعها في ملف واحد لكل تجربة. يمكن للمستخدمين تنفيذ هذا البرنامج النصي دون الحاجة إلى تثبيت أي برنامج لغة برمجة. نحن نقدم رمزا قابلا للتنفيذ على Google Colab ، وهو نظام أساسي قائم على السحابة يسمح بكتابة نصوص Python مباشرة في المتصفح. هذا يضمن أن طريقتنا بديهية ويمكن الوصول إليها بسهولة للاستخدام الفوري.

لقد أثبتنا فعالية بروتوكولنا في تحليل وقياس التغيرات في توزيع الإشارات لبروتينين نوويين: البروتين 4 المحتوي على البرومودومين (BRD4) ومثبط zeste-12 (SUZ12). BRD4 هو بروتين منشط موثق جيدا داخل مجمع الوسيط المعروف بتكوين المكثفات المرتبطة ببدء النسخ المعتمد على البلمرةII 24,25. SUZ12 هو مكون بروتيني في مجمع Polycomb القمعي 2 (PRC2) المسؤول عن تنظيم ترسب تعديل هيستون H3K27me326,27. تظهر هذه البروتينات أنماطا مختلفة داخل نوعين متميزين من الخلايا: الخلايا التائية البشرية الساذجة CD4 + المعزولة حديثا ، والتي تكون هادئة وتظهر معدلات بطيئة من نشاط النسخ ، وخلايا TH1 CD4 + المتمايزة في المختبر ، وهي خلايا مستجيبة متخصصة ومتكاثرة تظهر زيادة النسخ28.

البروتوكول

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تمت الموافقة على استخدام العينات البشرية لأغراض البحث من قبل لجان الأخلاقيات التابعة لمؤسسة معهد البحوث والوقاية العلمية (IRCCS) Cà Granda Ospedale Maggiore Policlinico (ميلانو) ، وتم الحصول على موافقة مستنيرة من جميع الموضوعات (أرقام الترخيص: 708_2020). يتم تنظيم البروتوكول في ثلاثة أقسام أساسية: تنفيذ التألق المناعي ، والحصول على الصور ، وتحليل الصور. في المتوسط ، يتطلب الأمر 4 أيام عمل ليتم إكمالها (الشكل 1).

1. إعداد المناعي

ملاحظة: يمكن تخصيص بروتوكول التألق المناعي هذا بسهولة لأنواع الخلايا المختلفة وأهداف البروتين عن طريق ضبط ظروف التثبيت والنفاذية. عادة ما يستغرق تحضير التألق المناعي أقل من 3 أيام حتى يكتمل ، مع اختلاف مدة حضانة الأجسام المضادة الأولية بناء على جودة الجسم المضاد والبروتين المستهدف (الشكل 1).

  1. إعداد العينة
    1. عزل خلايا الدم البشرية أحادية النواة المحيطية (PBMCs) من خلال جهاز طرد مركزي متدرج الكثافة عبر وسط يبلغ كثافته حوالي 1.077 جم / مل وفقا لتعليمات الشركة المصنعة (جدول المواد).
    2. عزل خلايا CD4 + T من PBMCs بالخرز المغناطيسي ، باتباع تعليمات الشركة المصنعة (جدول المواد).
    3. قم بتلطيخ الخلايا ذات الأجسام المضادة ل CD4 و CD45RA و CD45RO (جدول المواد) والمضي قدما في فرز FACS للخلايا التائية CD4 + الساذجة مثل خلايا CD4 + / CD45RA+ / CD45RO ، كما هو موضح في مكان آخر 29,30.
      ملاحظة: انظر جدول المواد للاطلاع على مواصفات فارز FACS المستخدم في هذا البروتوكول.
    4. حث على تمايز الخلايا التائية CD4 + الساذجة إلى الخلايا التائية المساعدة 1 (خلايا TH1 CD4 + ) كما هو موضح في 29. باختصار ، قم بزراعة 1.5 × 106 خلايا / مل من خلايا CD4 + T الساذجة المصنفة من قبل FACS في وسط TH1 لتحفيزها بخرز مغناطيسي مضاد ل CD3 / مضاد CD28 بنسبة 1: 1. عد الخلايا وقسمها عندما تصل إلى 1.5 × 106 خلايا / مل كل 2-3 أيام (انظر الجدول 1 للتكوين المتوسط TH1).
    5. تقييم إفراز السيتوكينات وظيفة المستجيب بعد 7 أيام من التمايز ، كما هو موضح في 29.
  2. تثبيت الخلايا ونفاذية
    ملاحظة: تم وصف جميع هذه الإجراءات في 30،31 مع تعديلات طفيفة.
    1. لضمان التصاق الخلية الأمثل ، عالج أغطية الزجاج (10 مم ، سمك 1.5 ساعة) بمحلول طلاء (الجدول 1) على النحو التالي:
      1. نظف أغطية الزجاج عن طريق غسلها في البداية بالماء المقطر (ddH2O) ، متبوعا بشطفها بنسبة 70٪ من الإيثانول (EtOH) ، والسماح لها بالجفاف في الهواء.
      2. ضع أغطية الغطاء المغسولة في لوحة متعددة الآبار مكونة من 24 بئرا للخطوات 1.2.1.3-1.3.
      3. ضع قطرة 200 ميكرولتر من محلول الطلاء على غطاء الغطاء الزجاجي. بعد 5 دقائق ، قم بإزالة القطرة واتركها تجف في الهواء.
      4. اغسل أغطية الغطاء عن طريق وضع قطرة 200 ميكرولتر من ddH2O. بعد 5 دقائق ، قم بإزالة القطرة وجففها في الهواء.
      5. كرر 3 خطوات 1-2-1-3-1-1-1-4.
    2. إعادة تعليق الخلايا التائية CD4 + الساذجة وخلايا TH1 CD4 + في 1x محلول ملحي مخزن بالفوسفات (PBS) بتركيز 2 × 106 خلايا / مل.
      ملاحظة: ينصح بالتركيز المشار إليه على وجه التحديد للخلايا الصغيرة مثل الخلايا الليمفاوية التائية الأولية البشرية. بالنسبة للخلايا الملتصقة ، فإن معالجة طلاء الزجاج غير ضرورية. بدلا من ذلك ، تابع مباشرة زراعة الخلايا على السطح الزجاجي باستخدام وسط زراعة الخلايا المناسب.
    3. ضع قطرة 200 ميكرولتر من تعليق الخلية على زلة الغطاء الزجاجي. اترك الخلايا تزرع في درجة حرارة الغرفة (RT) لمدة 30 دقيقة ؛ ثم قم بإزالة القطرة.
    4. ثبت الخلايا باستخدام بارافورمالدهيد المصفى حديثا بنسبة 3٪ (محلول PFA ، الجدول 1) لمدة 10 دقائق في RT.
    5. اغسل غطاء الغطاء الزجاجي باستخدام TPBS (الجدول 1) لمدة 3 × 5 دقائق في RT.
    6. قم بإزالة TPBS وإضافة محلول النفاذية (الجدول 1) لمدة 10 دقائق في RT.
    7. تخلص من محلول النفاذية واحتضان العينة في محلول التخزين (الجدول 1) من ساعة واحدة إلى ليلة (ON) عند 4 درجات مئوية.
      ملاحظة: في هذه المرحلة ، يمكن إيقاف البروتوكول بأمان ، ويمكن الحفاظ على زلات الغطاء الزجاجي في محلول تخزين في لوحة متعددة الآبار 24 لمدة 3-4 أسابيع.
  3. التألق المناعي
    1. (اختياري) قم بإزالة غطاء الغطاء من اللوحة المكونة من 24 بئرا متعددة الآبار وقم بتجميدها بسرعة على الثلج الجاف لمدة 30 ثانية ، وقم بإذابة الجليد في RT ، ثم اغسل غطاء الغطاء الزجاجي في بئر مملوء مسبقا بمحلول تخزين.
    2. (اختياري) كرر 3 × الخطوة 1.3.1.
    3. يغسل في محلول النفاذية لمدة 5 دقائق في RT. بعد ذلك ، اغسل لمدة 2 × 5 دقائق باستخدام TPBS في RT.
    4. احتضان في 0.1 N حمض الهيدروكلوريك لمدة 12 دقيقة في RT.
    5. قم بإجراء غسلتين سريعتين في 1x PBS.
      ملاحظة: تعتبر ظروف نفاذية الخلية المحددة ، بما في ذلك خطوات التجميد والذوبان ومعالجة حمض الهيدروكلوريك ، مثالية لتلطيخ المكونات النووية في الخلايا التي تتميز بالكروماتين المعبأ بكثافة. ومع ذلك ، عند التعامل مع الخلايا التي تتميز بالكروماتين الأقل ضغطا ، ينصح بتقليل أو تجنب هذه الخطوات. بالإضافة إلى ذلك ، لاستهداف المكونات السيتوبلازمية ، فكر في تقليل أو القضاء على علاج حمض الهيدروكلوريك.
    6. احتضان الخلايا بالأجسام المضادة الأولية (BRD4 ، 1: 500 ، أو SUZ12 ، 1: 100) المخففة في محلول تخفيف الأجسام المضادة (الجدول 1) (200 ميكرولتر لكل غطاء زجاجي) عند 4 درجات مئوية.
      ملاحظة: يمكن إجراء التألق المناعي عن طريق تعدد إرسال أكثر من جسم مضاد أولي واحد اعتمادا على الاحتياجات التجريبية والأجسام المضادة الثانوية وأنظمة الكشف.
    7. اغسل 3 × 5 دقائق باستخدام PBS-T (الجدول 1) في RT مع اهتزاز خفيف.
    8. احتضان الخلايا بالأجسام المضادة الثانوية المخففة في محلول تخفيف الأجسام المضادة (200 ميكرولتر لكل غطاء زجاجي) لمدة 1 ساعة في RT.
      ملاحظة: اختر الجسم المضاد الثانوي الذي يناسب الاحتياجات التجريبية وأنظمة الكشف المتاحة. تأكد من أن كل جسم مضاد ثانوي يستهدف الأنواع التي يشتق منها الجسم المضاد الأساسي. بالإضافة إلى ذلك ، حدد الفلوروفورات المتوافقة مع مرشحات المجهر ومصدر الضوء. من الأهمية بمكان تجنب التداخل الطيفي بين الفلوروفور المختار وطيف انبعاث البقعة النووية.
    9. اغسل 3 × 5 دقائق باستخدام PBS-T في RT مع اهتزاز خفيف.
    10. بقعة مع 1 نانوغرام / مل من 4 '، 6-دياميدينو-2-فينيليندول (DAPI) مخفف في 1x PBS لمدة 5 دقائق في RT.
      ملاحظة: يمكن استخدام الأصباغ البديلة للتلطيخ النووي طالما أنها لا تتداخل مع طيف انبعاث الأجسام المضادة الثانوية.
    11. أداء عدة غسلات سريعة في 1x PBS.
    12. قم بتركيب الغطاء الزجاجي على شريحة مجهرية مع وسائط تثبيت مانعة للتلاشي.

2. الحصول على الصور

ملاحظة: تعتمد مدة التقاط الصورة على الجهاز والإعدادات المحددة.

  1. اقتناء المجهر البؤري
    1. التقط صورا ثلاثية الأبعاد باستخدام مجهر متحد البؤر ، مع تحديد حجم خطوة 0.25 ميكرومتر في z وحجم بكسل 0.1-0.2 ميكرومتر.
      ملاحظة: لتحقيق الدقة المثلى لحيود الضوء المحدود من خلال هدف الزيت 63x 1.4 NA ، قمنا بتعيين حجم الثقب عند 0.8 AU ومتوسط خط 2x وحجم الإطار 1024 × 1024 بكسل. تم اختيار ليزر الإثارة وكذلك تسلسل اكتساب القناة عمدا لمنع التداخل أو الحديث المتبادل بين الفلوروفورات المستخدمة. ومع ذلك ، ينبغي أن يكون تعديل المعلمات مصمما وفقا للمجهر المحدد وخصائص العينة. انظر جدول المواد لمعرفة مواصفات المجهر متحد البؤر المستخدم في هذا البروتوكول.
    2. الحصول على عدد ثابت من الحقول العشوائية لتشمل ما يقرب من 50 خلية لكل نسخة بيولوجية.

3. تحليل الصور

  1. تثبيت البرامج
    1. قم بتنزيل وتثبيت آخر إصدار متوفر من فيجي من صفحة تنزيل فيجي الرسمية (https://imagej.net/software/fiji/downloads).
    2. قم بتثبيت 3D Suite إما عبر موقع تحديث فيجي أو يدويا باتباع الإرشادات الموجودة على موقع 3D Suite على الويب (https://mcib3d.frama.io/3d-suite-imagej/#download).
    3. قم بتثبيت GDSC (FindFoci) إما عبر موقع تحديث فيجي أو يدويا باتباع الإرشادات الموجودة على مستودع GitHub (https://github.com/aherbert/gdsc).
  2. تحويل TIFF
    1. قم بتنزيل البرنامج النصي "convert_to_TIFF.py" (الملف التكميلي 1).
    2. قم بسحب وإسقاط البرنامج النصي على فيجي وقم بتشغيل الكود.
    3. في اللوحة التي تظهر، استعرض وصولا إلى المسار حيث يتم تخزين التجربة. يتم إنشاء المجلد الفرعي الذي يحتوي على ملفات TIFF المحولة في نفس مجلد التجربة.
  3. تهيئة الإعدادات على 3D Manager.
    1. افتح لوحة خيارات 3D Manager بالنقر فوق Plugins | 3DSuite | 3D Manager Options.
    2. ضمن نافذة خيار 3D Manager ، حدد مربعات الاختيار المقابلة للقياسات التالية: الحجم (الوحدة) ، متوسط القيمة الرمادية ، المربع المحيط (pix) ، قيمة Std Dev Gray ، Centroid (pix) ، و Centroid (الوحدة).
    3. حدد الخيارات التالية: استثناء كائنات على الحواف XY واستبعاد كائنات على الحواف Z وانقر موافق.
      ملاحظة: يجب القيام بهذه الخطوة مرة واحدة فقط لتكوين المقاييس التي سيتم تخزينها في ملفات المعلومات المكانية والكمية في البداية. المقاييس المحددة ضرورية لضمان الأداء السليم لخط الأنابيب. يمكن تضمين مقاييس إضافية اختيارية في هذه الخطوة، كما هو موضح بمزيد من التفصيل في قسم المناقشة.
  4. تعيين المعلمات على FindFoci واجهة المستخدم الرسومية.
    ملاحظة: يجب القيام بهذه الخطوة مرة واحدة فقط لتكوين خط الأنابيب شبه الآلي مع المعلمات المثلى ، والتي سيتم دمجها بعد ذلك في البرامج النصية.
    1. افتح صورة الاختبار. قم بتكرار قناة البروتين ، بما في ذلك المكدس (Ctrl + Shift + D) ، وحدد خانة الاختيار hyperstack ، وحدد رقم القناة المناسب داخل مربع القنوات (c) ، وأعد تسميته وفقا لذلك.
    2. قم بتشغيل مسجل ماكرو فيجي بالانتقال إلى المكونات الإضافية | وحدات الماكرو | سجل.
    3. افتح المكون الإضافي FindFoci (انقر فوق المكونات الإضافية | جي دي إس سي | فايند فوتشي | FindFoci GUI) وحدد الصورة المراد تحليلها من القائمة المنسدلة "صورة".
    4. اضبط المعلمات على النحو التالي (الشكل 2 أ): طمس غاوسي = 1.5 ؛ طريقة الخلفية = SD أعلاه يعني ؛ معلمة الخلفية = 9 ؛ طريقة البحث = جزء من الذروة - الخلفية ؛ معلمة البحث = 0.7 ؛ طريقة الذروة = نسبي فوق الخلفية ؛ معلمة الذروة = 0.2 ؛ الحد الأدنى للحجم = 5 ؛ الحد الأقصى للقمم = 1,000,000.
      ملاحظة: تم اختيار المعلمات المشار إليها بناء على دراسات الحالة الخاصة بنا وقد لا تكون مناسبة لإجراءات التلوين الأخرى.
    5. لتحسين تحديد البؤر ، اضبط المعلمات التالية:
      1. يحدد التمويه الغاوسي مدى التنعيم لتقسيم بؤر أفضل. اجعله قريبا من قطر البؤر (بكسل).
      2. تحدد معلمة الخلفية عتبة لتمييز الخلفية عن إشارة البؤر. زيادة القيم لفرض عتبات أكثر صرامة.
      3. تحدد معلمة البحث النسبة المئوية للتألق من الذروة المضمنة في التعرف على الإشارة. قلل القيم لتشمل مساحات أبعد عن قمة التألق.
      4. تحدد معلمة الذروة الدرجة التي تعتبر بها قمتان للإشارة مستمرتين أو منفصلتين. سيؤدي تقليل القيمة إلى فصل القمم.
      5. تحدد القمم القصوى الحد الأقصى لعدد البؤر التي يمكن تحديدها. قم بتعيين أرقام عالية لتضمين كل البؤر في الصورة.
    6. قم بتشغيل FindFoci وانسخ السلسلة التي تظهر في نافذة المسجل (الخطوة 3.4.2 ، الشكل 2B) التي تحتوي على المعلمات المحددة ، باستثناء علامات الاقتباس. لمزيد من المعلومات المتعلقة بالإعدادات ، راجع تعليمات دليل المكون الإضافي 22.
  5. خط أنابيب قياس كمية البروتين النووي
    1. قم بتنزيل البرنامج النصي "nuclear_prot_q.py" (الملف التكميلي 2).
    2. قم بسحب البرنامج النصي وإفلاته في فيجي وانقر فوق تشغيل لتنفيذ الكود.
    3. اتبع الإرشادات الموجودة في مربع الحوار المعروض لمعالجة الصور.
      1. قناة النواة: أدخل الرقم المقابل لقناة DAPI (أو أي تلطيخ نووي).
      2. Nucleus Gaussian Blur: أدخل قيمة سيجما اللازمة لطمس الصورة للتقسيم.
        ملاحظة: حافظ على هذه المعلمة بالقرب من قطر النواة (أي 5-6 ميكرومتر). يشار إلى قيم سيغما أعلى للتلطيخ غير المتجانس.
      3. قناة البروتين: أدخل الرقم المقابل لقناة تلطيخ الفائدة.
      4. معلمة FindFoci: الصق السلسلة التي تم الحصول عليها من خطوة تسجيل الماكرو في المقطع 3.4.6 (الشكل 2B).
      5. (اختياري) مراقبة الجودة: تحقق من جودة النوى المجزأة. سيؤدي هذا إلى إيقاف البرنامج النصي مؤقتا والسماح بالتحقق اليدوي من كل منطقة نووية تم إنشاؤها (ROI).
      6. حدد دليل صور: انقر فوق الزر "استعراض " للانتقال إلى المجلد الذي يحتوي على ملفات TIFF المراد تحليلها.
    4. بمجرد تجميع جميع المربعات ، انقر فوق "موافق " لمتابعة التنفيذ.
    5. إذا لم يتم تقسيم النواة بشكل صحيح وفشلت في تلبية متطلبات الجودة ، فقم بحذفها أو تعديلها كما هو موضح في الشكل 2C.
      1. تحقق من قائمة عائد الاستثمار في نافذة ROIManager3D ؛ إذا كانت القائمة فارغة ، فحدد نافذة الدمج وانقر فوق Quantify 3D لتحديث المدير. ثم أغلق جدول نتائج Quantify 3D . حدد قناة النوى وانقر فوق Live-ROI to ON.
      2. حدد عائد الاستثمار الذي ينتمي إلى نفس النواة واضغط على دمج أو اضغط على حذف في حالة النوى غير المرغوب فيها.
      3. انقر فوق تحديد الكل وتابع التحليل بالنقر فوق موافق في نافذة فحص القناع .
      4. للحصول على النتائج ، ابحث في مجلد القياس الكمي داخل مسار الملف المشار إليه في الخطوة 3.5.3.6 ، والذي يحتوي على ملف txt مع سجلات المعلمة المستخدمة للتحليل.
  6. خط الأنابيب على جوجل كولاب
    1. قم بتنزيل دفتر الملاحظات "final_nuclear_protein_metrics.ipynb" (الملف التكميلي 3).
    2. افتح دفتر الملاحظات على Google Colab (https://colab.research.google.com/).
    3. قم بتحميل جميع المجلدات التي تحتوي على ملفات .csv لكل حقل صورة في مجلد تفضيلات في Google Drive.
    4. أشر في دفتر الملاحظات إلى مسار المجلد حيث يتم تخزين المجلدات الفرعية الناتجة وقم بتشغيل جميع الخلايا. عند الانتهاء من تجميع التعليمات البرمجية ، يتم إنشاء ملف جدول البيانات النهائي الذي يحتوي على جميع البيانات المترجمة في نفس المجلد حيث تم تحميل ملفات .csv.

النتائج

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يسهل البروتوكول المبين في هذه الطريقة تصور وقياس التغيرات في تلطيخ البروتين النووي داخل الخلايا التائية الأولية البشرية ، ويمكن تخصيصه لأنواع الخلايا المتنوعة وأهداف البروتين. كدراسات حالة ، أجرينا وحللنا تلطيخ BRD4 و SUZ12 في الخلايا الساذجة و TH1 CD4 + .

يعرض BRD4 نمط تلطيخ منقط جيدا في كل من خلايا T H1 CD4 + الساذجة والمتباينة الهادئة ، مما يتيح استخدام المعلمات المصممة لتحديد البؤر لكلا النوعين من الخلايا (الشكل 3A). يسمح خط الأنابيب الخاص بنا بالقياس الكمي لمختلف المعلمات ، بما في ذلك العدد والحجم والإشارة الفلورية (معبرا عنها بمتوسط شدة التألق (MFI)) والتغطية والترتيب المكاني لبؤر BRD4 داخل النواة (الشكل 3B-F). بالإضافة إلى ذلك ، قدمنا حسابا تلقائيا لتحديد النسبة المئوية للبؤر من الحجم النووي ، مما يسهل المقارنة عبر الخلايا ذات الأحجام النووية المختلفة (الشكل 3E).

أخيرا ، قدمنا خيار رسم خريطة للمسافات بين البؤر والمركز النووي ، مما يساعد في فهم مواقعها النووية (الشكل 3F). تسلط النتائج التي تم الحصول عليها من القياس الكمي الضوء على تغيرات ملحوظة في بؤر BRD4 بين خلايا TH1 وخلايا CD4 + T الهادئة ، بما في ذلك زيادة في عدد البؤر وحجمها وسطوعها وحجمها ، بالإضافة إلى الاختلافات في توزيعها وتوطينها. تتوافق هذه النتائج مع النشاط النسخي المتزايد للخلايا التائية المنشطة / المتكاثرة مقارنة بنظيرتهاالهادئة 28.

في المقابل ، لا تشارك SUZ12 في تكوين المكثفات. في تحقيقنا ، لاحظنا تباينا كبيرا في نمط تلطيخ SUZ12 بين الحالتين الخلويتين: ينتقل نمط مثقوب في الخلايا التائية الساذجة إلى نمط منتشر في خلايا TH1 CD4 + (الشكل 4A). هذا التحول الكبير في سلوك البروتين يعيق إمكانية مقارنة ميزات البؤر باستخدام معلمات متطابقة لأن تحديد النقاط في خلايا TH1 CD4 + غير ناجح إلى حد كبير (الشكل 4A). في حين يوصى عموما بالحفاظ على الاتساق في كل من معلمات الاستحواذ والتحليل عند مقارنة تلطيخ التألق المناعي عبر الظروف الخلوية المتميزة ، تصبح التعديلات ضرورية في حالات التغييرات الجوهرية في الهدف محل الاهتمام.

في هذا السيناريو المحدد ، كما هو موضح في الشكل 4B ، على الرغم من تجربة مجموعات المعلمات المختلفة ، بما في ذلك تعديل معلمات الخلفية ، وطمس Gaussian ، ومعلمات البحث (كما هو مقترح في خطوة البروتوكول 3.4.5) ، يواجه FindFoci صعوبات في التمييز بين قمم الإشارة الحقيقية وتلك غير المهمة بسبب طبيعة التوزيع المتأصلة للبروتين. علاوة على ذلك ، نؤكد أن القياسات التقليدية مثل MFI النووية يمكن أن تكون مضللة (الشكل 4C) ، وتفشل في النظر في التغييرات في توزيع الإشارة.

ومن ثم ، لقياس هذه التغييرات ، نقترح استخدام معامل الاختلاف ، وهو مقياس قدمناه في هذا البروتوكول لتوصيف انتشار البروتين ، ويشار إليه باسم معامل عدم التجانس (IC). يلتقط IC بدقة انتشار بؤر SUZ12 في خلايا TH1 CD4 + دون فرض تحديدها بنهج تجزئة غير صحيحة (انظر الشكل 4D). أخيرا ، باستخدام DAPI كعنصر تحكم ، والذي يظل موزعا بشكل موحد عبر كلتا الحالتين الخليتين ، فإننا نتحقق من فعالية هذه المعلمة (الشكل 4E).

figure-results-1
الشكل 1: التمثيل التخطيطي لإعداد التألق المناعي وتحليل البيانات. يتكون بروتوكول تلطيخ وتحليل التألق المناعي للبروتين النووي من ثلاث مراحل أساسية: تحضير العينات ، والحصول على الصور ، وتحليلها ، وتمتد حوالي 4 أيام عمل. يستخدم البرنامج النصي اثنين من المكونات الإضافية ، 3D Suite لإجراء تجزئة النوى و FindFoci لمعالجة قناة البروتين. يتم جمع المعلومات المكانية والكمية المتعلقة بالبؤر والنواة في ملفات csv منفصلة. يربط البرنامج النصي القابل للتنفيذ على Google Colab قياسات البؤر بالنوى المقابلة باستخدام المربع المحيط بالنواة ويحسب القياسات المشتقة بناء على البيانات التي تم جمعها. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.

figure-results-2
الشكل 2: تمثيل إعدادات خط أنابيب القياس الكمي للبروتين النووي. (أ) نافذة منبثقة FindFoci توضح معلمات تحديد البؤر (قسم البروتوكول 3.4.3). (B) نافذة منبثقة تمثل الماكرو الذي يسجل المعلمات المحددة ل FindFoci. يتم لصق السلسلة المنسوخة داخل نافذة بدء التشغيل (خطوات البروتوكول 3.4.6-3.5.3.4). (ج) لوحة تبين خطوة مراقبة جودة تجزئة النوى لإزالة أو تعديل المناطق النووية ذات الأهمية يدويا باستخدام مدير ثلاثي الأبعاد (خطوات البروتوكول 3-5-5-1 -3-5-5-3). الرجاء النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

figure-results-3
الشكل 3: مقارنات بين الظروف الخلوية المتميزة بناء على تحليلات بؤر BRD4. (أ) صور مجهرية مضان متحدة البؤر تمثيلية لتلطيخ التألق المناعي ل BRD4 (رمادي) في الخلايا التائية CD4 + T الأولية البشرية وخلايا TH1 CD4 + . النوى ملطخة ب DAPI (أزرق). التكبير الأصلي 63x ؛ شريط المقياس = 5 ميكرومتر. في الأسفل ، يتم تمييز بؤر BRD4 ، التي تم تحديدها بواسطة خط الأنابيب ، برؤوس أسهم بيضاء ومضادة باللون الأصفر (أسفل). (B) مخطط صندوقي يمثل عدد بؤر / نواة BRD4 في الخلايا الساذجة و TH1 CD4 + (n = 2 أفراد). (C) تمثيل مخطط صندوقي للحجم (ميكرومتر3) من بؤر BRD4 في الخلايا الساذجة و TH1 CD4 + (n = 2 أفراد). (د) تمثيل مخطط صندوقي لبؤر MFI لبؤر BRD4 في خلايا ساذجة و TH1 CD4 + (n = 2 أفراد). (ه) مخطط صندوقي يمثل النسبة المئوية للحجم النووي الذي تشغله بؤر BRD4 بالنسبة إلى إجمالي حجم النواة (n = 2 فرد). (F) تمثيل ترددات المسافة لبؤر BRD4 من السنترويد النووي إلى المحيط النووي (ن = 2 فرد). يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.

figure-results-4
الشكل 4: معامل عدم التجانس ، وهو مقياس لتحديد الانتقال من نمط نقطي إلى نمط مشتت في إشارات التألق المناعي SUZ12. (أ) صور مجهرية فلورية متحدة البؤر تمثيلية للتلطيخ المناعي ل SUZ12 (أرجواني) في الخلايا التائية CD4 + T الأولية البشرية و TH1 CD4 + خلايا. النوى ملطخة ب DAPI (أزرق). التكبير الأصلي 63x ؛ شريط المقياس = 5 ميكرومتر. في الأسفل ، يتم تمييز بؤر SUZ12 التي حددها خط الأنابيب برأس سهم أبيض ويتم مواجهتها باللون البرتقالي (B). أمثلة على تحديد البؤر الخاطئ في خلايا TH1 CD4 + الموضحة بأسهم بيضاء وقناع برتقالي مع إعدادين مختلفين للمعلمات. (ج) تمثيل مخطط صندوقي ل MFI النووي ل SUZ12 في خلايا ساذجة و TH1 CD4 + (n = 2 أفراد). (د) تمثيل مخطط صندوقي ل SUZ12 IC في خلايا ساذجة و TH1 CD4 + (n = 2 أفراد). (ه) تمثيل مخطط الصندوق ل DAPI IC في خلايا ساذجة و TH1 CD4 + (n = 2 أفراد). الاختصارات: DAPI = 4',6-دياميدينو-2-فينيليندول; MFI = متوسط شدة التألق ؛ IC = معامل عدم التجانس. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.

حلتكوينالتعليقات / الوصف
TH1 متوسطRPMI مع GlutaMAX-I ، 10٪ (v / v) مصل بقري جنيني (FBS) ، 1٪ (v / v) أحماض أمينية غير أساسية ، 1 مللي مول بيروفات الصوديوم ، 50 وحدة دولية / مل بنسلين ، 50 ميكروغرام / مل ستربتومايسين ، 20 وحدة دولية / مل مؤتلف IL-2 ، 10 نانوغرام / مل مؤتلف IL-12 ، 2 مجم / مل تحييد مضاد IL-4.الخطوة 1.1.4.
حل الطلاء0.1٪ بولي-L-ليسين في ddH2Oالخطوة 1.2.1.
برنامج تلفزيوني-تي1x PBS / 0.1٪ TWEEN 20 درجة الحموضة 7.0الخطوة 1.3.
حل PFA للتثبيت3٪ بارافورمالدهيد (PFA) مخفف في 0.1٪ PBS-TWEENالخطوة 1.2.4.
تي بي بي اس0.05٪ تريتون X-100 مخفف في 1x PBSالخطوة 1.2 ، 1.3.
حل النفاذية0.5٪ TPBS مخفف في 1x PBSالخطوة 1.2 ، 1.3.
حل التخزين20٪ جلسرين / 1x PBSالخطوة 1.2.7.، 1.3.1.
المخزن المؤقت لتخفيف الأجسام المضادة0.1٪ PBS-TWEEN / 2٪ مصل الماعز / 1٪ BSAالخطوة 1.3.6 ، 1.3.8.

الجدول 1: تكوين الوسائط والمخازن المؤقتة المستخدمة في هذا البروتوكول.

الملف التكميلي 1: "convert_to_TIFF.py". يحتوي هذا الملف على البرنامج النصي لتحويل أي ملف صورة (على سبيل المثال ، ND2 ، LIF ، إلخ) إلى ملفات TIFF المطلوبة لعمليات القياس الكمي الدقيقة. الرجاء الضغط هنا لتنزيل هذا الملف.

الملف التكميلي 2: "nuclear_prot_q.py". يحتوي هذا الملف على البرنامج النصي الذي يسمح بقياس وقياس الصور التي تحتوي على قناتين على الأقل (تلطيخ النواة ، تلطيخ البروتين النووي). الرجاء الضغط هنا لتنزيل هذا الملف.

الملف التكميلي 3: "final_nuclear_protein metrics.ipynb". يحتوي هذا الملف على دفتر ملاحظات Jupyter الذي يستخرج ويجمع ملخصا لجميع المعلمات ذات الصلة في ملف Excel واحد ، باستخدام إخراج "nuclear_prot_q.py" كمدخلات. الرجاء الضغط هنا لتنزيل هذا الملف.

المناقشة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

في هذه الدراسة ، نقدم طريقة لإجراء تجارب التألق المناعي على البروتينات النووية في الخلايا الليمفاوية التائية البشرية. توفر هذه الطريقة مرونة للاستخدام مع أنواع الخلايا المختلفة من خلال تعديلات طفيفة في خطوات التثبيت والنفاذية ، كما هو موضح سابقا30,31.

يعتمد سير عمل التصوير لدينا على التقنيات المعمول بها الموضحة في الأدبيات ، وتحديدا FindFoci و 3D Suite 22,23. على عكس المنشورات السابقة ، نقدم رمز Jython قابل للتنفيذ مدمج في فيجي لخط أنابيب شبه آلي ، مما يسمح بتتبع المعلمات بدقة وفحوصات الجودة المرئية. والجدير بالذكر أننا قدمنا القدرة الاختيارية على تنظيم جودة تجزئة النوى في قسم البروتوكول 3.5.3.5 ونفذنا خطوة تصحيحية في قسم البروتوكول 3.5.5. باستخدام البرنامج النصي القابل للتنفيذ على Google Colab ، يمكن للمستخدمين استرداد قياسات شاملة واختيار الأنسب منها لسيناريوهاتهم البيولوجية المحددة.

تتم كتابة خط أنابيب التحليل المقدم بلغة Jython (Java + Python) ويتطلب تثبيت فيجي للتنفيذ ، إلى جانب مكونين إضافيين متميزين: 3D Suite و FindFoci (الشكل 1). يبدأ خط الأنابيب بتحويل الصورة إلى تنسيق TIFF والمعالجة المسبقة للقناة التي تحتوي على النوى باستخدام مرشح طمس Gaussian لتعزيز تجزئة النوى. نوجه 3D Suite لالتقاط كل من i) المعلومات المكانية ، مثل الحجم النووي ، إحداثيات centroid والمربع المحيط (تمثل أصغر مربع يحيط بالكائن وتستخدم لربط البؤر بالنواة اليمنى) ، و ii) المعلومات الكمية ، بما في ذلك MFI والانحراف المعياري للإشارة. بعد ذلك ، يستخدم خط الأنابيب FindFoci لتحديد الحد الأقصى المحلي في إشارة البؤر ، مما يلغي الاعتماد على طرق العتبة العالمية (التي تعتمد غالبا على تقدير المستخدم وقد تفتقر إلى الدقة) ، ويسجل كل من المعلومات المكانية والكمية المتعلقة بالبؤر. وبالتالي سيحتوي مجلد الإخراج على ملفين CSV لكل قناة ، يشملان المقاييس المكانية ("M_.csv") والكمية ("Q_.csv").

يتم إنشاء الملف النهائي ، الذي يحتوي على جميع القياسات التي تم جمعها والمشتقة ، عن طريق تنفيذ برنامج نصي Python على Google Colab. يتضمن هذا الملف مقاييس مثل عدد البؤر لكل نواة ، وبؤر MFI ، ومعامل عدم التجانس (IC) ، و MFI النووي ، ومسافة البؤر من المركز النووي ، والنسبة المئوية للحجم النووي المشغول. نحن نقدر وقت المعالجة من حوالي 1 دقيقة لكل صورة بما في ذلك خطوات مراقبة الجودة البصرية. يمكن تسريع وقت المعالجة هذا من خلال تحسين إعدادات التألق المناعي ومعلمات التحليل.

يحسب خط الأنابيب معلمات البروتينات النووية التي تظهر أنماطا منقطة ومنتشرة بشكل جيد ، مما يسمح للمستخدمين باختيار المعلمة الأنسب. نوصي باستخدام معامل عدم التجانس لوصف إذابة بؤر البروتين.

تتضمن الخطوة الحاسمة لضمان التحديد المناسب للبؤر تحديد المعلمات لتمييز قمم الإشارة الحقيقية عن ضوضاء الخلفية. من الأهمية بمكان إجراء اختبار شامل على الصور العشوائية قبل تشغيل خط الأنابيب. بينما تركز دراستنا بشكل أساسي على قناة واحدة ، يدعم خط الأنابيب إدخال مجموعات صبغية مختلفة تستهدف بروتينات مختلفة في تجارب التألق المناعي. لا يدعم التحليل المتزامن لقنوات متعددة ويجب تشغيله بشكل منفصل لكل قناة. علاوة على ذلك ، اخترنا تقديم قياسات محددة في هذا البروتوكول ؛ ومع ذلك ، يمكن أيضا دمج مقاييس إضافية ، مثل الكثافة المتكاملة لتقييم التغيرات المطلقة في إشارة التألق أو المعلمات الفيزيائية مثل الدائرية والاكتناز ، في خط الأنابيب في القسم 3.3.2. يتطلب تضمين المقاييس غير المدمجة حاليا في خط الأنابيب هذا الكفاءة في برمجة Python لدمجها في ملف المقاييس النهائي ؛ خلاف ذلك ، سيتم تضمينها تلقائيا في ملفات المعلومات المكانية ("M_.csv") والكمية ("Q_.csv").

يعتمد توقيت خط الأنابيب هذا على عوامل مثل حجم الصورة وكميتها وعدد القنوات لكل تحليل وإعدادات المجهر. بالإضافة إلى ذلك ، يؤثر أداء الماكينة على وقت التنفيذ ، حيث من المحتمل أن تؤدي الخطوات المرئية إلى إبطاء العملية.

تجدر الإشارة إلى أنه في حين أن الفحص المجهري متحد البؤر يقدم رؤى قيمة ، إلا أنه يظل تقنية محدودة الحيود قد تحد من دقة الهياكل النووية المرصودة أو بؤر البروتين. لتعزيز قوة التحليل ، نقترح زيادة عدد العينات الأساسية والبيولوجية التي تم فحصها. مع ارتفاع عدد النوى التي تم تحليلها ، تصبح أي تغييرات ملحوظة في التشكل النووي أو توزيع البروتين أكثر وضوحا ، بغض النظر عن قيود الدقة.

من حيث التطبيقات المستقبلية المحتملة ، تظهر هذه الطريقة تنوعا وقدرة على التكيف مع أنواع الخلايا المختلفة وبروتوكولات التلطيخ. على سبيل المثال ، يمكن استخدامه بسهولة في تجارب البيولوجيا الإشعاعية ، حيث يعمل القياس الكمي الدقيق للبؤر المستحثة بالإشعاع المؤين (IRIFs) كمؤشر مباشر لتلف الحمض النووي32. بينما ينصب تركيزنا الأساسي على التحليل النووي ، يمكن تخصيص البروتوكول بسهولة عن طريق دمج صبغة سيتوبلازمية واستبدالها بالقناة النووية داخل البرنامج النصي. علاوة على ذلك ، يمكن للتحليل الاندماج بسلاسة في منهجيات تجريبية أخرى مثل DNA و RNA FISH30,31 ، والاستفادة من المعلمات الافتراضية لتحليل الطوبولوجيا النووية.

الإفصاحات

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

RV لديها تعاون علمي مع بدء التشغيل T-One Therapeutics Srl. B.B. و F.M. هما مؤسسان مشاركان لشركة T-One Therapeutics Srl الناشئة. يعمل E.P. حاليا من قبل T-One Therapeutics Srl. يعلن جميع المؤلفين الآخرين أنه ليس لديهم مصالح متنافسة.

شكر وتقدير

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

نحن نعترف بالمساعدة العلمية والتقنية التي قدمها مرفق التصوير INGM ، ولا سيما C. Cordiglieri و A. Fasciani ، ومرفق الفرز INGM FACS على وجه الخصوص M.C Crosti (المعهد الوطني للجينات Molecolare 'Romeo ed Enrica Invernizzi' (INGM) ، ميلانو ، إيطاليا). نعرب عن تقديرنا للسيد جياناكاري لدعمه المعلوماتي التقني. تم تمويل هذا العمل من خلال المنح التالية: مؤسسة كاريبلو (باندو جيوفاني ، منحة رقم 2018-0321) ومؤسسة AIRC (منحة رقم MFAG 29165) إلى F.M. Ricerca Finalizzata ، (منحة رقم GR-2018-12365280) ، مؤسسة AIRC (منحة رقم 2022 27066) ، مؤسسة كاريبلو (منحة رقم 2019-3416) ، مؤسسة إقليمية للبحوث الحيوية (FRRB CP2_12/2018) ،) البيانو الوطني للريبريزا و Resilienza (منحة رقم G43C22002620007) و Progetti di Rilevante Interesse Nazionale (PRIN) (منحة رقم 2022PKF9S) إلى B. B.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
1.5 مل أنابيب القفل الآمنEppendord# 0030121503قسم البروتوكول 1
10 مل ماصات مصليةVWR# 612-3700البروتوكول القسم 1
20 & micro ؛ طرف ماصة حاجز Lالقسم التجريبي العلمي#2149P-HRالبروتوكول 1
50 مل أنبوب مخروطي من مادة البولي بروبيلينFalcon# 352070قسم البروتوكول 1
200 & micro ؛ طرف ماصة حاجز LThermo Scientific# 2069-HRبروتوكول القسم 1
مضاد للبهتان - ProlongGlass - mountingmediaInvitrogen#P36984الخطوة 1.3.12
BSA (ألبومين مصل البقر)سيجما#A7030الخطوة 1.3.6 ، 1.3.8.
CD4+ < / sup>T T Cell IsolationMiltenyi Biotec# 130-096-533الخطوة 1.1.2.
DAPI (4،6-diamidino-2-phenylindole)InvitrogenCat # D1306الخطوة 1.3.10.
الثلجالجاف الخطوة 1.3.1.
Dynabeads Human T-activator anti-CD3 / anti-CD28 حبة حبةتقنيات الحياة#1131Dالخرز المغناطيسي الخطوة 1.1.4.
EtOHCarlo Erba# 4146320الخطوة 1.2.1.1.
FACSAria SORPBD Bioscencesالخطوة 1.1.3. مزود ببرنامج BD FACSDiva الإصدار 8.0.3
FBS (مصل الأبقار الجنينية)Life Technologies# 10270106الخطوة 1.1.4
FICOLL PAQUE PLUSEurocloneGEH17144003F32الخطوة 1.1.1.
فيجي الإصدار 2.14.0-البروتوكول قسم 3
غطاء زجاجي (10 مم ، سمك 1.5 ساعة)علوم المجهر الإلكتروني# 72298-13الخطوة 1.2.1.
الجلسرينسيجما#G5516الخطوة 1.2.7-1.3.1.
الماعز المضاد للأرانب AF568 الجسم المضاد الثانويInvitrogenA11036الخطوة 1.3.8.
حمض الهيدروكلوريكسيجما# 320331الخطوة 1.3.4.
تحييد الإنسان المضاد ل IL-4Miltenyi BiotecCat # 130-095-753الخطوة 1.1.4.
المؤتلف البشري IL-12Miltenyi BiotecCat # 130-096-704الخطوة 1.1.4.
المؤتلف البشري IL-2Miltenyi BiotecCat # 130-097-744الخطوة 1.1.4.
Leica TCS SP5 مجهر متحد البؤرLeicaMicrosystems-Protocolالقسم 2, مجهزة ب HCX PL APO 63x, 1.40 NA هدف الغمر في الزيت, مع تكبير إضافي 3x. حجم الثقب: 0.8 AU. متوسط الخط 2 مرات ؛. حجم الإطار 1024 & مرة ؛ 1024 بكسل.
MEM غير الأساسية الأحماض الأمينية حلتقنيات الحياة# 11140035الخطوة 1.1.4.
شرائح المجهرVWR# 631-1552الخطوة 1.3.12.
فأر أحادي النسيلة مضاد للإنسان CD4 APC-Cy7 (استنساخ RPA-T4)BDBioscience# 557871الخطوة 1.1.3.
فأر أحادي النسيلة مضاد للإنسان CD45RA PECy5 (استنساخ 5H9)BDBioscience# 552888الخطوة 1.1.3.
الماوس أحادي النسيلة المضاد للإنسان CD45RO APC (استنساخ UCHL1)Miltenyi Biotec# 130-113-546الخطوة 1.1.3.
Multiwell 24 wellFalcon# 353047البروتوكول القسم 1
مصل الماعزالعادي InvitrogenPCN5000الخطوة 1.3.6 ، 1.3.8.
PBSLife Technologies# 14190094البروتوكول القسم 1
حل البنسلين / الستربتومايسينLife Technologies# 15070063الخطوة 1.1.4.
PFAسيجما#P6148الخطوة 1.2.4.
بولي ليسينسيجما#P89201.2.1.
الجسم المضاد الأولي - BRD4Abcam#ab128874الخطوة 1.3.6.
الجسم المضاد الأساسي - SUZ12Cel SignallingmAb # 3737الخطوة 1.3.6.
RPMI 1640 مع تقنيات الحياة# 61870010الخطوة 1.1.4.
تقنيات حياةبيروفات الصوديوم# 11360039الخطوة 1.1.4.
Triton X-100Sigma#T8787الخطوة 1.2 ، 1.3.
توين 20سيجما#P9416الخطوة 1.3.
الملقط-البروتوكول القسم 1
محلول Kit

المراجع

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Aboelnour, E., Bonev, B. Decoding the organization, dynamics, and function of the 4D genome. Dev Cell. 56 (11), 1562-1573 (2021).
  2. Erdel, F., Rippe, K. Formation of chromatin subcompartments by phase separation. Biophys J. 114 (10), 2262-2270 (2018).
  3. Henninger, J. E., et al. RNA-mediated feedback control of transcriptional condensates. Cell. 184 (1), 207-225 (2021).
  4. Guo, Y. E., et al. Pol II phosphorylation regulates a switch between transcriptional and splicing condensates. Nature. 572 (7770), 543-548 (2019).
  5. Bhat, P., et al. 3D genome organization around nuclear speckles drives mRNA splicing efficiency. bioRxiv. , (2023).
  6. Spector, D. L., Lamond, A. I. Nuclear speckles. Cold Spring Harb Perspect Biol. 3 (2), a000646(2011).
  7. Kilic, S., et al. Phase separation of 53BP1 determines liquid-like behavior of DNA repair compartments. EMBO J. 38 (16), e101379(2019).
  8. Parker, M. W., et al. A new class of disordered elements controls DNA replication through initiator self-assembly. Elife. 8, e48562(2019).
  9. Feric, M., et al. Coexisting liquid phases underlie nucleolar subcompartments. Cell. 165 (7), 1686-1697 (2016).
  10. Yoneda, M., Nakagawa, T., Hattori, N., Ito, T. The nucleolus from a liquid droplet perspective. J Biochem. 170 (2), 153-162 (2021).
  11. Alberti, S., Carra, S. Nucleolus: A liquid droplet compartment for misbehaving proteins. Curr Biol. 29 (19), R930-R932 (2019).
  12. Strom, A. R., et al. Phase separation drives heterochromatin domain formation. Nature. 547 (7662), 241-245 (2017).
  13. Sanulli, S., et al. HP1 reshapes nucleosome core to promote phase separation of heterochromatin. Nature. 575 (7782), 390-394 (2019).
  14. Hyman, A. A., Weber, C. A., Julicher, F. Liquid-liquid phase separation in biology. Annu Rev Cell Dev Biol. 30, 39-58 (2014).
  15. Feric, M., Misteli, T. Phase separation in genome organization across evolution. Trends Cell Biol. 31 (8), 671-685 (2021).
  16. Mitrea, D. M., et al. Methods for physical characterization of phase-separated bodies and membrane-less organelles. J Mol Biol. 430 (23), 4773-4805 (2018).
  17. Fetter, J., et al. Endogenous gene tagging with fluorescent proteins. Methods Mol Biol. 1239, 231-240 (2015).
  18. Alberti, S., Gladfelter, A., Mittag, T. Considerations and challenges in studying liquid-liquid phase separation and biomolecular condensates. Cell. 176 (3), 419-434 (2019).
  19. Galbraith, C. G., Galbraith, J. A. Super-resolution microscopy at a glance. J Cell Sci. 124 (10), 1607-1611 (2011).
  20. Scalisi, S., Ahmad, A., D'Annunzio, S., Rousseau, D., Zippo, A. Quantitative analysis of PcG-associated condensates by stochastic optical reconstruction microscopy (STORM). Methods Mol Biol. 2655, 183-200 (2023).
  21. Shihan, M. H., Novo, S. G., Le Marchand, S. J., Wang, Y., Duncan, M. K. A simple method for quantitating confocal fluorescent images. Biochem Biophys Rep. 25, 100916(2021).
  22. Herbert, A. D., Carr, A. M., Hoffmann, E. FindFoci: a focus detection algorithm with automated parameter training that closely matches human assignments, reduces human inconsistencies and increases speed of analysis. PLoS One. 9 (12), e114749(2014).
  23. Ollion, J., Cochennec, J., Loll, F., Escude, C., Boudier, T. TANGO: a generic tool for high-throughput 3D image analysis for studying nuclear organization. Bioinformatics. 29 (14), 1840-1841 (2013).
  24. Sabari, B. R., et al. Coactivator condensation at super-enhancers links phase separation and gene control. Science. 361 (6400), 3958(2018).
  25. Jang, M. K., et al. The bromodomain protein Brd4 is a positive regulatory component of P-TEFb and stimulates RNA polymerase II-dependent transcription. Mol Cell. 19 (4), 523-534 (2005).
  26. Pasini, D., Bracken, A. P., Jensen, M. R., Denchi, E. L., Helin, K. Suz12 is essential for mouse development and for EZH2 histone methyltransferase activity. EMBO J. 23 (20), 4061-4071 (2004).
  27. Margueron, R., Reinberg, D. The Polycomb complex PRC2 and its mark in life. Nature. 469 (7330), 343-349 (2011).
  28. Peng, Z., et al. Brd4 regulates the homeostasis of CD8(+) T-lymphocytes and their proliferation in response to antigen stimulation. Front Immunol. 12, 728082(2021).
  29. Marasca, F., et al. LINE1 are spliced in non-canonical transcript variants to regulate T cell quiescence and exhaustion. Nat Genet. 54 (2), 180-193 (2022).
  30. Marasca, F., Cortesi, A., Bodega, B. 3D COMBO chrRNA-DNA-ImmunoFISH. Methods Mol Biol. 2157, 281-297 (2021).
  31. Marasca, F., Cortesi, A., Manganaro, L., Bodega, B. 3D Multicolor DNA FISH tool to study nuclear architecture in human primary cells. J Vis Exp. (155), (2020).
  32. Jakob, B., Splinter, J., Durante, M., Taucher-Scholz, G. Live cell microscopy analysis of radiation-induced DNA double-strand break motion. Proc Natl Acad Sci U S A. 106 (9), 3172-3177 (2009).

إعادة الطباعة والأذونات

طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه

طلب إذن

الوسوم

Nuclear Body DynamicsImmunofluorescence AssayChromatin OrganizationProtein Staining QuantificationHuman T LymphocytesFiji Image AnalysisFindFoci Plugin3D Image SegmentationNuclear Protein MetricsCellular Plasticity

مقالات ذات صلة