تمت الموافقة على جميع الأساليب المبينة في هذا البروتوكول من قبل لجنة الأخلاقيات "لجنة البحوث العلمية في التحقيق في سانتاندير": لجنة أخلاقيات البحث العلمي التابعة لجامعة سانتاندير الصناعية. علاوة على ذلك ، امتثلت هذه المقايسات لإرشادات Arrive واتبعت القانون الكولومبي لعام 1989 84 (الفصل الرابع ، المواد 23-26) والقرار 8430 (1993 ، الباب الرابع ، المواد 83-93) الذي ينظم البحوث على في كولومبيا.
ملاحظة: يوصى بشدة بقراءة فصل الفسفرة المؤكسدة في أي كتاب كيمياء حيوية قبل البدء في هذا البروتوكول.
1. الكواشف والحلول
- لعزل الميتوكوندريا في كبد الفئران ، قم بإعداد 250 مل من عازلة عزل الميتوكوندريا: 250 ملي مولار D-mannitol ، و 10 ملي مولار HEPES درجة الحموضة 7.2 ، و 1 ملي مولار EGTA. أخرج 50 مل من المخزن المؤقت للعزل (سيسمى هذا المخزن المؤقت للعزل بدون BSA) ثم أضف 0.2 جم من BSA إلى 200 مل الأخرى (سيسمى هذا المخزن المؤقت للعزل مع BSA).
- لتجانس يرقات الزاعجة المصرية ، قم بإعداد 100 مل من العازلة: 250 ملي من السكروز ، 10 ملي مولار HEPES ، 1 ملي مولار EGTA درجة الحموضة 7.2.
- تحضير المخزن المؤقت للتفاعل: 80 ملي مولار محلول عازلة لفوسفات الصوديوم ، درجة الحموضة 7.4 ، 50 ميكرومتر EDTA.
- قم بإعداد مخزون من الكواشف المستخدمة في الأنشطة الأنزيمية عند درجة الحموضة 7.2 كما هو موضح أدناه: 25 ملي مولار NADH (محضر طازجا لكل فحص) ، 2 م سكسينات الصوديوم ، 4 ملي مولار سيتوكروم ج (محضر طازجا لكل فحص) ، 200 ميكرومتر روتينون ، 0.5 ملي KCN ، 6 ملي مولار 2،6-ثنائي كلورو فينوليندوفينول (DCPIP) ، 100 ملي مولار فينازين ميثوسلفات (PMS) ، و 60 ملي مولار فيريسيانيد البوتاسيوم.
ملاحظة: تم استخدام الماء فائق النقاء بمقاومة 18.2 MΩ·cm عند 25 درجة مئوية لجميع التجارب وإعداد الكواشف. تم توليد هذه المياه باستخدام نظام تنقية Milli-Q ، مما يضمن إزالة الملوثات العضوية وغير العضوية والميكروبية إلى مستويات أقل من الحدود التي يمكن اكتشافها ، مما يجعلها مناسبة لتطبيقات البيولوجيا الكيميائية الحيوية والجزيئية عالية الحساسية.
2. تشريح الكبد ، والتجانس ، وعزل الميتوكوندريا من كبد الفئران
- قبل البدء ، ضع جميع المواد والمخازن المؤقتة على الجليد ، مع التأكد من أن جميع المواد باردة أثناء الفحص بأكمله لتجنب تلف الميتوكوندريا.
- ضع 10 مل من عازلة عزل الميتوكوندريا في أنبوب مخروطي بارد.
- قتل فأر الويستار الذكر عن طريق قطع رأس عنق الرحم ، وتجنب استخدام ثاني أكسيد الكربون2 الذي يمكن أن يتداخل مع فحوصات التنفس. لهذا الغرض ، وافقت لجنة أخلاقيات البحث العلمي التابعة لجامعة سانتاندير الصناعية (CEINCI) على الأساليب الواردة في القرار 13 لعام 2022.
ملاحظة: يجب ألا يزيد وزن الفئران عن 170 جم ؛ يمكن أن تؤثر الدهون أيضا على تحليلات التنفس.
- قم بعمل شق (حوالي 4-5 سم) بمشرط معقم من خلال قسم الفئران البطنية.
- قم بتشريح الكبد تماما بمجرد ظهور منطقة البطن. كبد الفئران هو عضو متعدد الفصوصات ، أحمر غامق حوالي 10 سم × 5 سم.
- ضع الكبد بحذر داخل عازلة العزل المثلجة واشطفها مرتين باستخدام هذا الوسيط.
- افرم الكبد جيدا (حجم أقل من 1 سم) بمقص حاد في طبق بتري مع 10 مل من وسط العزل.
- ضع المحلول في أنبوب تخالط الأنسجة Potter Elvehjem وقم بتجانس بعناية عشر مرات على الأقل ، بسرعة منخفضة (~ 390 دورة في الدقيقة).
- انقل المحلول إلى أنبوب مخروطي الشكل وجهاز طرد مركزي عند 600 × جم لمدة 10 دقائق عند 4 درجات مئوية.
- بعد الطرد المركزي ، اسكب المادة الطافية بعناية في أنبوب مخروطي جديد. تخلص من الحبيبات مع جزء من الأنسجة, الدم, والمكونات الخلوية السليمة.
- املأ الأنبوب بمزيد من عازلة العزل (~ 35 مل) وجهاز الطرد المركزي عند 6000 × جم لمدة 10 دقائق عند 4 درجات مئوية.
- بعد الطرد المركزي ، تخلص من المادة الطافية وأعد تعليق الحبيبات (الميتوكوندريا) بعناية في مخزن عازل جديد بدون BSA.
ملاحظة: لإعادة تعليق الميتوكوندريا ، يوصى باستخدام فرشاة ناعمة.
- بعد ذلك ، جهاز الطرد المركزي عند 7000 × جم لمدة 10 دقائق عند 4 درجات مئوية ، وتخلص من المادة الطافية وأعد تعليق الميتوكوندريا المعزولة في 2 مل من المخزن المؤقت للعزل بدون BSA.
- حدد تركيز البروتين باستخدام طريقة برادفورد أو ما شابهذلك 14.
3. مستعمرة الزاعجة المصرية وتجانس اليرقات.
ملاحظة: لهذا الإجراء Ae. تم الاحتفاظ بمستعمرة المصرية داخل أقفاص التكاثر (40 سم × 40 سم × 40 سم) في ظل ظروف حشرية مثل الرطوبة (70٪ ± 5٪) ، والفترة الضوئية (12:12) ، ودرجة الحرارة (27 ± 5 درجة مئوية). تم جمع البيض على ورق ترشيح.
- تأكد من أن البيض يفقس في صواني بماء مفلتر ومنزوع الكلور قبل أسبوع واحد من التجربة. حدد الطور من خلال عملية طرح الريش في دورة اليرقات. راقب كل عملية طرح للتحقق من حالتها L1 و L2 و L3. عندما تدخل اليرقة L3 ، انتظر 12 ساعة كحد أقصى لجمع المادة.
- اجمع ما لا يقل عن 100 Ae. aegypti يرقات في الطور L3-L4 في الماء الخالي من الكلور (~ 30 مل من الماء). خذ اليرقات بماصة باستور.
- قم بتصفية اليرقات باستخدام ورق الترشيح ، واشطف اليرقات المجمعة ، وأعد تعليقها في مخزن التجانس الزاعجة المصرية (~ 2 مل).
- انقل المحلول مع اليرقات إلى أنبوب مجانس الأنسجة Potter Elvehjem وقم بتجانس بعناية عشر مرات على الأقل عند ~ 390 دورة في الدقيقة.
- انقل الأنسجة المتجانسة وقم بتصفيتها من خلال حقنة من الصوف الزجاجي لإزالة بقايا الهيكل الخارجي الكبيرة.
- حدد تركيز البروتين باستخدام طريقة برادفورد أو ما شابهذلك 15.
ملاحظة: ليس من الضروري عزل الميتوكوندريا عن يرقات البعوض. من الممكن تقييم تأثير xenobiotics باستخدام مستخلص البروتين الذي تم الحصول عليه في هذه الخطوة.
4. تحديد تأثيرات الكائنات الغريبة الحيوية على سلسلة نقل الإلكترون في الميتوكوندريا
ملاحظة: تم تصميم هذا البروتوكول لتقييم تأثير الكائنات الغريبة الحيوية على الطاقة الحيوية للميتوكوندريا على الميتوكوندريا المعزولة من كبد الفئران وأنسجة الحشرات المتجانسة.
تنقسم المقايسات إلى قسمين: بولاروغرافي (NADH وأوكسيداز السكسينات) والقياس الطيفي الضوئي (نازعة هيدروجين NADH - المركب الأول ، نازعة هيدروجين السكسينات - المركب الثاني ، اختزال السيتوكروم ج - المركب الثالث والسيتوكروم ج أوكسيديز - المركب الرابع).
- فحوصات بولاروغرافيا: لهذا الغرض ، استخدم قياس إعادة التنفس عالي الدقة لقياس الأكسدة الكاملة ل NADH والسكسينات بواسطة استهلاك O2 ، والإبلاغ عن النتائج على أنها NADH وأوكسيداز السكسينات.
- قم بمعايرة الجهاز كل يوم قبل بدء الفحوصات. قد تختلف هذه الخطوة حسب الأوكسجرافراف المستخدم. اتبع تعليمات الشركة المصنعة.
- لمعايرة Oroboros ، أضف وسط التفاعل إلى الغرف التي يزيد فيها عن 0.2 مل فوق حجم الغرفة التجريبية (2 مل) ، لملء الغرفة والحقن الشعري بالوسط.
- قم بتشغيل أدوات التقليب بعد الإضافة المتوسطة.
- انتظر حتى تستقر إشارة تركيز الأكسجين وقم بتسجيلها.
- لمعايرة الأكسجين الصفرية ، أضف الميتوكوندريا أو معلقات الخلايا أو خميرة الخباز أو الديثيونيت (يوصى باستخدام خميرة بيكر) التي تسمح بنضوب الأكسجين ، وسجلها. انتظر حتى تصل الإشارة إلى مستويات الخلفية (عادة ± 2 بمول / مل / ثانية لنظام O2k).
- قم بإجراء أنشطة NADH وأوكسيداز السكسينات من خلال مراقبة استهلاك الأكسجين عند إضافة عازلة التفاعل ، و 0.1 مجم من البروتين (الميتوكوندريا أو اليرقات المتجانسة) ، والركيزة (0.17 ملي مولار NADH أو 10 ملي مولار سكسينات الصوديوم) إلى الغرفة.
- استخدم مثبطات بروتين نقل الإلكترون للتأكد من أن استهلاك الأكسجين الملحوظ يرجع إلى سلسلة الجهاز التنفسي للميتوكوندريا. الشائعة هي rotenone 1 μM و KCN 1mM16. في خلية الأوكسجراف، أضف الكواشف وفقا للجدول 1 (التسلسل مهم).
- المقايسات الطيفية الضوئية
ملاحظة: لتقييم نقل الإلكترون عبر مجمعات الميتوكوندريا ، تم إجراء فحوصات إنزيمية وقياسها باستخدام مقياس الطيف الضوئي ومستقبلات الإلكترون الاصطناعية مثل PMS و DCPIP و cytochrome c. يوصى بقياس إنزيم واحد يوميا. قم بإعداد المخازن المؤقتة والكواشف قبل يوم واحد على الأقل من المقايسات. بعض المركبات قابلة للضوء. رأى الجدول 2 لمزيد من التوصيات.
- بالنسبة لنشاط نازعة هيدروجين NADH ، تحتوي أنظمة التفاعل على 50 ملي مولار من محلول الفوسفات المخزن الهيدروجيني 7.4 ، و 2 ملي مولار EDTA ، و 0.1 مجم / مل من بروتين الميتوكوندريا ، و 1 ميكرومتر روتينون ، و 1 ملي مولار KCN. في خلية مقياس الطيف الضوئي ، أضف الكواشف وفقا للجدول 2 (التسلسل مهم)17. الخطوات الموصى بها هي كما يلي:
- قم بإعداد 100 مل من الفوسفات العازل الممزوج ب EDTA ، وتحقق جيدا من عدم تغير الرقم الهيدروجيني. احتفظ بالمخزن المؤقت في الثلاجة ، ولكن من الضروري الاحتفاظ به في درجة حرارة الغرفة (RT ؛ حوالي 25 درجة مئوية) أثناء الفحصات.
- تحضير محاليل مخزون طازجة من روتينون ، KCN ، NADH ، وفيريسيانيد البوتاسيوم (مستقر حتى 4 ساعات). الحجم المقترح هو 1 مل من المحاليل المركزة (انظر العمود الأول من الجدول).
- إذا كان المركب المختبر ذوبان منخفض في الماء ، فقم بتضمين عنصر تحكم إضافي لنشاط الإنزيم في التصميم التجريبي باستخدام مذيب المركب فقط.
- أولا ، راقب نشاط نازعة هيدروجين NADH عن طريق تقليل فيريسيانيد البوتاسيوم عند 420 نانومتر. احسب تركيزه بمعامل الانقراض المولي البالغ 1.04 mM-1 سم -1. يحتوي مقياس الطيف الضوئي على خيار لحساب الحد الأقصى للنشاط في التفاعل. تحقق من دليل المستخدم. بعد ذلك ، قسم النشاط المبلغ عنه على تركيز البروتين المستخدم للحصول على النشاط المحدد للإنزيم.
- قم بتقييم نشاط نازعة هيدروجين السكسينات عن طريق إضافة 20 ملي مولار من سكسينات الصوديوم و 1 ملي مولار من ميثوسلفات الفينازين (PMS) مع 60 ميكرومتر 2،6-ثنائي كلورو فينوليندوفينول (DCPIP) كمستقبلات للإلكترون الاصطناعية. في خلية مقياس الطيف الضوئي ، أضف الكواشف وفقا للجدول 3 (التسلسل مهم)17. التوصيات هي كما يلي:
- قم بإعداد نفس المخزن المؤقت المستخدم في نازعة هيدروجين NADH. حافظ عليه في نفس الظروف.
- قم بإعداد حلول مخزون طازجة من السكسينات و PMS و DCPIP. الحجم المقترح هو 1 مل من المحاليل المركزة. قم بإعداد حلول PMS و DCPIP في نفس يوم الفحص.
- إذا كان المركب المختبر منخفض الذوبان في الماء ، فقم بتضمين عنصر تحكم إضافي لنشاط الإنزيم في التصميم التجريبي.
- راقب أكسدة السكسينات عن طريق تقليل DCPIP عند 600 نانومتر. احسب تركيزه من خلال معامل الانقراض المولي البالغ 21.0 ملي مولار −1 سم −1 ، بتطبيق قانون بير. بعد ذلك ، قسم النشاط المبلغ عنه على تركيز البروتين المستخدم للحصول على النشاط المحدد للإنزيم.
- قم بقياس نشاط اختزال السيتوكروم ج (المركب الثالث) باستخدام NADH أو السكسينات كركائز قابلة للأكسدة. باستخدام هذا الإنزيم ، ينتقل نقل الإلكترون من المركب الأول (باستخدام NADH) أو المركب الثاني (باستخدام السكسينات) إلى يوبيكوينون ثم إلى المركب الثالث ، الذي يمرر الإلكترونات إلى السيتوكروم c. يتبع هذا التفاعل تقليل السيتوكروم c. تحضير نظام التفاعل الذي يحتوي على محلول عازل للفوسفات 50 ملي مولار درجة الحموضة 7.4 ، 2 ملي EDTA ، 0.1 مجم من بروتين الميتوكوندريا ، 50 ميكرومتر NADH ، و 0.1 ملي KCN. في خلية مقياس الطيف الضوئي ، أضف الكواشف وفقا للجدول 4 (التسلسل مهم)18. التوصيات هي كما يلي:
- قم بإعداد نفس المخزن المؤقت المستخدم في نازعة هيدروجين NADH. حافظ عليه في نفس الظروف.
- استخدم نفس NADH و KCN من نازعة هيدروجين NADH.
- إذا كان المركب المختبر منخفض الذوبان في الماء ، فقم بتضمين عنصر تحكم إضافي لنشاط الإنزيم في التصميم التجريبي.
- راقب اختزال السيتوكروم ج عند 550 نانومتر واحسب تركيزه من خلال معامل الانقراض المولي البالغ 19.8 ملي مولار −1 سم − 1 ، بتطبيق قانون بير. بعد ذلك ، قسم النشاط المبلغ عنه على تركيز البروتين المستخدم للحصول على النشاط المحدد للإنزيم.
- قياس السيتوكروم ج أوكسيديز (المركب IV) معبرا عنه بنشاط السيتوكروم ج أوكسيديز. لهذا الغرض ، قم بإعداد تفاعل نظام يحتوي على محلول عازل للفوسفات 50 ملي مولار ، ودرجة الحموضة 7.4 ، و 2 ملي مولار EDTA ، و 0.1 مجم من بروتين الميتوكوندريا (الجدول 5). بالنسبة لهذه المقايسات الأنزيمية ، قلل السيتوكروم ج عن طريق خلط كميات متساوية المولار من السيتوكروم ج وديثيونيت الصوديوم ، مما يضمن التقليل الكامل للسيتوكروم ج.
- بعد ذلك ، قم بتمرير الخليط الناتج من خلال عمود هلام ديكستران متقاطع باستخدام نفس المحلول المخزن بالفوسفات مثل المرحلة المتنقلة. بعد ذلك ، حدد الكسور المجمعة باستخدام مقياس الطيف الضوئي عند 550 نانومتر19. التوصيات هي كما يلي:
- استخدم نفس المخزن المؤقت المستخدم لنازعة هيدروجين NADH. حافظ عليه في نفس الظروف.
- إذا كان المركب المختبر ذوبان منخفض في الماء ، فيجب تضمين تحكم إضافي لنشاط الإنزيم في التصميم التجريبي.
- راقب أكسدة السيتوكروم ج عند 550 نانومتر واحسب تركيزها من خلال معامل الانقراض المولي البالغ 19.8 ملي مولار −1 سم −1 ، بتطبيق قانون بير. بعد ذلك ، قسم النشاط المبلغ عنه على تركيز البروتين المستخدم للحصول على النشاط المحدد للإنزيم.
ملاحظة: يتم تضمين ملف جدول بيانات يوضح عملية حساب النشاط المحدد للإنزيمات ، والذي يقاس باستهلاك الأكسجين وقياس الطيف الضوئي ، كملف تكميلي 1.