يصنف KSHV على أنه مسببات الأمراض البشرية من المستوى 2 (BSL-2). قم بتنفيذ جميع الإجراءات التي تنطوي على مواد معدية في خزانة السلامة البيولوجية BSL-2 المعتمدة. تطهير أسطح العمل بنسبة 70٪ من الإيثانول قبل وبعد كل إجراء. التخلص من جميع النفايات وفقا للوائح السلامة البيولوجية المؤسسية والمبادئ التوجيهية لمنظمة الصحة العالمية BSL-2. يتم توفير نظرة عامة تخطيطية لسير العمل الكامل في الشكل 1. يتضمن الإجراء توليد KSHV الخالية من الخلايا المشتقة من BAC16 من خلايا iSLK المعاد تنشيطها ، وعدوى جديدة لخلايا HCT 116 ، والقياس الكمي لعيارات الفيروس عن طريق مقايسة الوحدة المعدية (IU) ، وتحليل qPCR للحمض النووي الفيروسي المرتبط بالفيريون. الكواشف والمعدات المستخدمة مدرجة في جدول المواد.
1. إنتاج KSHV الخالية من الخلايا المشتقة من BAC16
- قم بزرع خمسة قوارير T75 من خلايا iSLK المحفزة ل Dox التي تحتوي على نوع عريض (WT) KSHV BAC 16 (iSLK-BAC16) عند التقاء 80٪ تقريبا. احتضان عند 37 درجة مئوية في حاضنة مرطب بنسبة 5٪ ثاني أكسيد الكربون 2 لمدة 24 ساعة.
- تحفيز إعادة تنشيط الحالة عن طريق إضافة 1 ميكروغرام / مل دوكس و 1 ملي مولار زبدات الصوديوم إلى كل قارورة. استمر في الحضانة لمدة 72-96 ساعة.
- مراقبة الخلايا يوميا عن طريق الفحص المجهري بتباين الطور. اجمع المادة الطافية مرة واحدة >90٪ من الخلايا تظهر تقريبا ، وانفصالا عن سطح القارورة ، و / أو تحلل مرئيا ، وهي السمات المميزة لتأثير الاعتلال الخلوي (CPE) التي تدل على تفاعل لايتي قوي. بعد جمع المواد الطافية ، قم بتطهير والتخلص من خلايا iSLK-BAC16 المستحثة محليا باستخدام 10٪ مبيض.
- قم بالطرد المركزي للطافية التي تم جمعها عند 1,500 × جم لمدة 10 دقائق عند 4 درجات مئوية لإزالة الحطام. قم بتصفية المادة الطافية الموضحة من خلال مرشح غشاء بولي إيثر سلفون (PES) 0.45 ميكرومتر دون إزعاج الحبيبات.
- انقل المواد الطافية المفلترة إلى أنابيب الطرد المركزي الفائقة. قم بتحبيير الجسيمات الفيروسية عن طريق الطرد المركزي عند 25,000 × جم لمدة 3 ساعات عند 4 درجات مئوية باستخدام دوار SW28.
- تخلص من المادة الطافية بعناية في مبيض بنسبة 10٪. أعد تعليق الحبيبات الفيروسية في 1 مل من Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM) الخالي من المصل.
- Aliquot الفيروس المعلق في أنابيب معقمة لولبية 1.5 مل لأجهزة الطرد المركزي الدقيقة. قم بتخزين الكميات عند -80 درجة مئوية حتى الاستخدام. تحديد العيار المعدي لمخزون الفيروس باستخدام فحوصات الوحدة المعدية القائمة على GFP (IU) في خلايا SLK (انظر الخطوة 3).
2. عدوى من جديد لخلايا HCT116
ملاحظة: يعد التعدد العالي للعدوى (MOI) أمرا بالغ الأهمية لبدء النسخ المتماثل المحلل بكفاءة في خلايا HCT116 بعد عدوى دي نوفو KSHV. تتيح هذه الحالة التعبير الجيني الفيروسي القوي والتكاثر المثمر دون الحاجة إلى محفزات خارجية. يتم توفير نتيجة تمثيلية توضح التأثير المعتمد على وزارة الداخلية على إنتاج الفيروسات في الشكل التكميلي 1 أ.
- البذور 1 × 105 خلايا HCT116 لكل بئر في صفيحة زراعة الأنسجة المكونة من 12 بئر. احتضان لمدة 24 ساعة عند 37 درجة مئوية في حاضنة مرطب بنسبة 5 ٪ ثاني أكسيد الكربون.
- تمييع مخزون الفيروس المركز في DMEM الدافئ مسبقا وخالي من المصل إلى حجم نهائي قدره 250 ميكرولتر لتحقيق تعدد العدوى (MOI) 10.
- وسط ثقافة الشفط من كل بئر. أضف 250 ميكرولتر من الفيروس المخفف مباشرة إلى الخلايا.
- جهاز الطرد المركزي للوحة عند 1,500 × جم لمدة ساعة واحدة عند 30 درجة مئوية لمزامنة العدوى (التطعيم). انقل اللوحة على الفور إلى حاضنة 37 درجة مئوية واستمر في الحضانة لمدة 1 ساعة إضافية.
- شفط اللقاح واغسل الخلايا ثلاث مرات باستخدام PBS الدافئ مسبقا لإزالة الفيروس المتبقي. أضف 1 مل من DMEM الكامل إلى كل بئر.
- مراقبة تعبير GFP في الخلايا المصابة عن طريق المجهر الفلوري في 36 ساعة و 60 ساعة و 96 ساعة بعد الإصابة. في كل نقطة زمنية ، اجمع 1 مل من المادة الطافية من كل بئر.
ملاحظة: بعد جمع المواد الطافية ، يمكن الاحتفاظ بخلايا HCT116 المصابة ب KSHV للتطبيقات النهائية مثل استخراج الحمض النووي الريبي أو تحليل البروتين أو التألق المناعي أو قياس التدفق الخلوي ، بناء على الأهداف التجريبية.
- قم بالطرد المركزي للطافية التي تم جمعها عند 1,500 × جم لمدة 10 دقائق عند 4 درجات مئوية لإزالة بقايا الخلية. انقل المواد الطافية الموضحة إلى أنابيب جديدة. قم بالتجميد في النيتروجين السائل وتخزينه في درجة حرارة -80 درجة مئوية لمزيد من التحليل.
3. فحص الوحدات المعدية (فحص IU)
ملاحظة: خلايا SLK متساهلة بدخول KSHV وتدعم التعبير الجيني المبكر عن الحالة يحدد هذا الاختبار الوحدات المعدية بناء على تعبير GFP في خلايا SLK المصابة بعد التعرض للمواد الطافية المحتوية على الفيروس المخففة بشكل متسلسل.
- بذرة 1 × 104 خلايا SLK لكل بئر في صفيحة 96 بئرا قبل 24 ساعة من الإصابة. تأكد من توزيع الخلايا بالتساوي والوصول إلى ~ 60٪ -70٪ التقاء في يوم الإصابة.
- قم بتسمية تسعة أنابيب طرد مركزي دقيقة سعة 1.5 مل للتخفيفات التسلسلية ذات الطفين: الأنبوب 1 (غير مخفف ، 1: 1) ، الأنبوب 2 (1: 2) ، الأنبوب 3 (1: 4) ، الأنبوب 4 (1: 8) ، الأنبوب 5 (1:16) ، الأنبوب 6 (1:32) ، الأنبوب 7 (1:64) ، الأنبوب 8 (1: 128) ، والأنبوب 9 (1: 256).
- أضف 200 ميكرولتر من المادة الطافية للفيروس إلى الأنبوب 1. أضف 100 ميكرولتر من DMEM الدافئ مسبقا والخالي من المصل إلى كل من الأنابيب من 2 إلى 9. لبدء سلسلة التخفيف ، انقل 100 ميكرولتر من الأنبوب 1 إلى الأنبوب 2 واخلطه جيدا عن طريق سحب العينات لأعلى ولأسفل. ثم انقل 100 ميكرولتر من الأنبوب 2 إلى الأنبوب 3 وكرر هذه العملية بالتتابع من خلال الأنبوب 9 ، واخلطه جيدا في كل خطوة.
ملاحظة: يجب أن يحتوي كل أنبوب على حجم نهائي يبلغ 100 ميكرولتر ، قم بإجراء جميع التخفيفات في ثلاث نسخ.
- استنشق وسط الثقافة من خلايا SLK. أضف 100 ميكرولتر من كل تخفيف للفيروس إلى الآبار المخصصة. استخدم 27 بئرا في المجموع (3 آبار لكل تخفيف من 1: 1 إلى 1: 256).
- جهاز الطرد المركزي للوحة 96 بئر عند 1,500 × جم لمدة ساعة واحدة عند 30 درجة مئوية لتعزيز امتصاص القارورة. انقل اللوحة إلى حاضنة CO2 37 درجة مئوية لمدة 1 ساعة إضافية.
- قم بإزالة اللقاح وأضف برفق 100 ميكرولتر من DMEM الكامل إلى كل بئر. احتضان اللوحة لمدة 24 ساعة عند 37 درجة مئوية.
- حصاد الخلايا وتحليل تعبير GFP عن طريق قياس التدفق الخلوي. سجل عدد الخلايا الإيجابية ل GFP لكل بئر.
- احسب الوحدات المعدية لكل مل (وحدة دولية / مل) باستخدام الصيغةالتالية 13:
وحدة دولية / مل = [(عدد الخلايا الإيجابية ل GFP لكل بئر) / حجم اللقاح (مل)] × عامل التخفيف. تحديد عيار الفيروس النهائي باستخدام التخفيف الأخير مع الخلايا الموجبة ل GFP التي يمكن اكتشافها
4. القياس الكمي للجينومات الفيروسية المغلفة بواسطة qPCR
- أضف DNase I إلى التركيز النهائي من 100 وحدة / مل إلى 400 ميكرولتر من المادة الطافية المصفاة (انظر الخطوة 1 لتوضيح المادة الطافية وإزالة الحطام). احتضان لمدة 15 دقيقة عند 37 درجة مئوية لهضم الحمض النووي الفيروسي والخلوي غير المغلف. تظهر نتيجة تمثيلية توضح خصوصية وفعالية علاج DNase في الشكل التكميلي 1 ب.
- أضف EDTA إلى تركيز نهائي قدره 50 ملي مولار لإيقاف تفاعل DNase. احتضن عند 75 درجة مئوية لمدة 15 دقيقة لتعطيل DNase I.
- استخرج الحمض النووي الفيروسي من المادة الطافية المعالجة ب DNase باستخدام مجموعة DNA المصغرة وفقا لبروتوكول الشركة المصنعة.
- قم بتخفيض الحمض النووي الفيروسي في 30 ميكرولتر من المخزن المؤقت للشطف. استخدم 5 ميكرولتر من الحمض النووي المملوث لكل تفاعل qPCR.
- تضخيم إطار القراءة المفتوح KSHV 73 (ORF 73) باستخدام الاشعال التالية: إلى الأمام: 5'-CCGAGGACGAAATGGAAGTG-3'; العكس: 5'-GGTGATGTTCTGAGTACATAGCGG-3.
- قم بإعداد تفاعلات qPCR ثلاث نسخ باستخدام SYBR Green Master SuperMix. قم بإعداد ظروف ركوب الدراجات على النحو التالي: التمسخ الأولي: 95 درجة مئوية لمدة 3 دقائق ؛ التضخيم: 40 دورة من 95 درجة مئوية لمدة 10 ثوان ، و 52 درجة مئوية لمدة 30 ثانية ، و 72 درجة مئوية لمدة 30 ثانية ؛ تحليل منحنى الانصهار: منحدر قياسي لخصوصية الامبليكون.
- قم بإنشاء منحنى قياسي باستخدام تخفيفات تسلسلية بمقدار 10 أضعاف من الحمض النووي الفيروسي المشتق من BAC-16 ، تتراوح من 109 إلى 101 نسخة لكل تفاعل. ارسم قيم Ct مقابل السجل10 من رقم نسخة الإدخال لتقييم خطية الفحص. يظهر منحنى قياسي تمثيلي في الشكل التكميلي 1 ج.
- حدد رقم نسخة الجينوم الفيروسي من خلال مقارنة قيم Ct بالمنحنى القياسي. تطبيع النتائج والإبلاغ عنها كنسخ من الحمض النووي الفيروسي لكل مل من المادة الطافية.