هنا، نقدم بروتوكولا لتحليل الحويصلات الصغيرة خارج الخلية (sEVs) باستخدام مطيافية رامان المحسنة على السطح (SERS) بدون ملصقات، مما يمكن من تشخيص الأمراض طالية التوغل وتقييم الحويصلات الكهربائية كوسيلة لتوصيل العلاج.
يتطلب اشتراك JoVE لعرض هذا المحتوى. تسجيل الدخول أو ابدأ نسخة تجريبية مجانية
مقالة منهجية
* These authors contributed equally
هنا، نقدم بروتوكولا لتحليل الحويصلات الصغيرة خارج الخلية (sEVs) باستخدام مطيافية رامان المحسنة على السطح (SERS) بدون ملصقات، مما يمكن من تشخيص الأمراض طالية التوغل وتقييم الحويصلات الكهربائية كوسيلة لتوصيل العلاج.
يحدد هذا البروتوكول منصة شاملة خالية من الملصقات تدمج التحليل الطيفي الراماني المعزز بالسطح (SERS) مع التعلم الآلي (ML) لاكتشاف وتحليل جزيئيا للحويصلات الصغيرة خارج الخلية (sEVs) لأغراض تشخيصية وعلاجية. تبدأ الطريقة بعزل ال sEV باستخدام كروماتوغرافيا استبعاد الحجم أو الطرد المركزي الفائق. ثم تحلل الحويصلات المعزولة على ركائز ثنائية الأبعاد من الذهب النانوي الهرمي الهندسي القادرة على الحساسية للحويصلة الواحدة. من خلال الاستفادة من بصمات رامان الكيميائية الحيوية الداخلية، يتيح البروتوكول الكشف عالي التخصص دون وجود علامات خارجية. بعد الاستحواذ الطيفي، تخضع البيانات للمعالجة المسبقة ويتم تحليلها باستخدام خوارزميات تعلم آلي مدربة (مثل LDA، SVC) لتصنيف حالات المرض، مما يميز سرطان المعدة عن الضوابط الصحية باستخدام مواد القياس السليمة من الأنسجة والبلازما واللعاب بدقة تصنيف 90.1٪، 70.9٪، و60.7٪. بالإضافة إلى ذلك، يظهر تطبيقه العلاجي من خلال قياس كمية تحميل الدوكسوروبيسين في الوحدات المفردة المغناطيسية، وهو قياس معزز باستخدام ركائز مغطاة بالجرافين كمعيار داخلي. يسمح هذا النهج بتحليل عالي الإنتاجية يلتقط التباين السكاني الضروري للكشف المبكر عن الأمراض وفهم كفاءة تحميل الأدوية على مستوى الحويصلة الواحدة.
الحويصلات الصغيرة خارج الخلية (sEVs)، التي يتراوح قطرها عادة بين 30 إلى 200 نانومتر، تفرز طبيعيا من قبل الخلايا إلى سوائل بيولوجية وتحمل بروتينات ودهون وأحماض نووية تدل على أصل خليتها 1,2,3. كونها مؤشرات حيوية غير جراحية موجودة في اللعاب والبول وسوائل الجسم الأخرى4، فهي تحمل وعدا في تشخيص المرض المبكر، وتوقع التشخيص، والمراقبة العلاجية، خاصة في الأورام 5,6,7. ومع ذلك، فإن ترجمتها السريرية تعاني من تنوعها العالي وقلة وفرة المصفوفات البيولوجية المعقدة8. لتجاوز هذه التحديات، يستفيد هذا البروتوكول من مطيافية رامان المحسنة على السطح (SERS)، وهي طريقة تحليلية قوية قادرة على تضخيم تشتت رامان بما يصل إلى 1010-10 11 مرة عبر الركائز البلازمونية 9,10,11. يلتقط SERS أطياف "بصمة" جزيئية جوهرية لوحدات القياس الفردية خلال ثوان، مما يمكن من تحليل الحويصلة الواحدة فائقة الحساسية مع تجنب أوقات الفحص الطويلة.
تجمع طريقتنا بشكل تآزري بين SERS المعتمد على الأنظمة الخالية من الملصقات لتحقيق توصيف سريع وحساس للغاية للوحدات الفردية 12,13,14,15,16. يلتقط SERS الخالي من الملصقات التواقيع الكيميائية الحيوية الجوهرية، وعند اقترانه بنماذج تعلم آلي مثل LDA، فقد ثبت أنه يميز بين الخلايا الكيميائية الحية والمضيئة ذات خصوصية عالية13. لتعزيز قابلية التكرار والقدرة الكمية لمنصتنا بشكل أكبر، فإن طريقتنا متوافقة تماما مع ركائز رامان المغطاة بالجرافين16. يوفر الجرافين بطبقة واحدة سطحا كيميائيا موحدا يثبت النقاط الساخنة البلازمونية ويعزز الامتصاص الجزيئي17,18، والأهم من ذلك، أن الجرافين أحادي الطبقة يعمل كمقياس "مدمج" لإشارات SERS 12,19، مما يمكن من القدرة على قياس الجزيئات المكتشفة. على الرغم من أن قطر شعاع ليزر رامان (~ 1 ميكرومتر) أكبر من شعاع الليزر النموذجي، إلا أن منصتنا تحقق دقة فعالة في الحويصلة الواحدة بفضل التفاعل الفريد بين الآليات الفيزيائية والإحصائية. تولد ركيزة الهرم النانوي الذهبي شبه الدورية "نقاط ساخنة" بلازمية محلية للغاية بأحجام أصغر من 100 نانومتر، تضخم إشارات رامان بطريقة خطية فائقة12. نتيجة لذلك، تهيمن الإشارة القادمة من ال sEV الأقرب بشكل ستوشيكي إلى أكثر نقطة ساخنة كثافة داخل الشعاع على الطيف. بالإضافة إلى ذلك، يؤكد تصوير SEM أن الإشارات السوقية متباعدة جيدا (> 1 ميكرومتر)، مما يقلل من التداخل الطيفي، بينما تكشف خرائط شدة رامان عن تحديد موقع الإشارة يتطابق مع حجم الحويصلات الفردية13,14. معا، تضمن هذه الميزات أن كل طيف مجمع يتوافق بشكل رئيسي مع جهاز sEV واحد، مما يمكن من تحليل الحويصلة الأحادية القوية وخالية من العلامات إحصائيا. مقارنة بالأساليب التقليدية مثل الكتلة الغربية، أو مطيافية الكتلة، أو تشتت رامان العادي التي تتطلب أحجام عينات كبيرة ولا يمكنها تحليل الحويصلات المفردة20، توفر منصة SERS ذات الحويصلة الواحدة لدينا حساسية وإنتاجية ودقة جزيئية فائقة. هذا السير مناسب للباحثين الذين يهدفون إلى تطوير أدوات تشخيصية عالية الدقة وقليل التوغل أو لاستكشاف تباين الجرعات الكهربائية وكفاءة تحميل الأدوية في الدراسات العلاجية الفردية. في هذا البروتوكول، نوضح كيف تستخدم منصة SERS لدينا وحدات تخزين كهربائية منفردة لتمكين اكتشاف الأمراض والتطبيقات العلاجية، خاصة في السرطان، بما في ذلك سير العمل الكامل لعزل الحويصلات، وتحضير الركيزة البلازمونية، والحصول على رامان، وتحليل البيانات باستخدام التعلم الآلي.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
تم جمع العينات البشرية وفقا لإعلان هلسنكي وتمت الموافقة عليه من قبل مجلس المراجعة المؤسسية (IRB) في جامعة كاليفورنيا في لوس أنجلوس. قدم جميع المتبرعين موافقة مكتوبة مستنيرة قبل مشاركتهم في الدراسة.
ملاحظة: تم استخدام ما مجموعه 4 خطوط خلايا، AGS (CRL-1739)، A549 (CCL-185)، NCI-N87 (CRL-5822)، Hs 738.St/Int (CRL-7869)، جميعها تم شراؤها من بائع تجاري، في هذه الدراسة. تم زراعة هذه الخطوط الخلوية وتمريرها وفقا لتعليمات ومواد البائع بدقة. تم جمع الوسائط المكيفة وتخزينها عند -20 درجة مئوية قبل معالجتها. في مركز سامسونج الطبي في كوريا، ساهم المتبرعون طوعا بعينات من الأنسجة والبلازما واللعاب. تم الحصول على نسيج سرطان المعدة أثناء الاستئصال الجراحي، بينما تم جمع الخزعات من الضوابط غير السرطانية عبر التنظير. تم جمع البلازما في أنابيب EDTA وفقا للبروتوكولات السريرية القياسية. تم جمع حوالي 5 مل من اللعاب الكامل غير المحفز من كل شخص، ثم تم تمركزه في 2600 × جرام لمدة 15 دقيقة عند 4 درجات مئوية. للحفاظ على الحمض النووي الريبي خارج الخلية، تم إضافة مادة سوبرناز-إن المثبتة لمثبط RNase بمقدار 20 وحدة U/mL. تم الحفاظ على جميع العينات عند -80 درجة مئوية حتى المعالجة الإضافية. تم عزل العينات السريرية من الأوساط المحالفة والعينات السريرية وفقا للبروتوكولات المعتمدة21.
1. عزل وتوصيف ال sEV
2. تصنيع ركيزة البلازمونية لنظام SERS 12,18,19
3. نقل الجرافين إلى الركيزة البلازمونية
4. تحضير عينات SERS واكتساب الأطياف
5. معالجة البيانات المسبقة
6. التحليل الطيفي مع التعلم الآلي
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
ينتج التطبيق الناجح لبروتوكول SERS أحادي الحويصلة طيفا مميزة لرامان عن ال sEVs الفردية، مما يسمح بتصنيف التشخيص لاحقا ومراقبة تحميل الأدوية العلاجية. يوضح الشكل 1 سير عمل الدراسة التشخيصية لسرطان المعدة وتطبيق مراقبة المركبات الكهربائية المحملة بالأدوية باستخدام بروتوكولنا المبلغ عنه هنا، على التوالي.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
جانب محوري في هذا البروتوكول هو تحضير الركيزة وتنقية ال sEV. يعتمد أداء SERS الخالية من العلامات بشكل كبير على إنتاج ركائز بلازمية موحدة وعالية التناسق مع "نقطة ساخنة" قوية لتعزيز الجسم. وبالمثل، فإن عزل sEV عالي النقاء عبر كروماتوغرافيا استبعاد الحجم ضروري لإنتاج أطياف SERS موثوقة وقابلة للتكرار. الشوائب مثل تجمعات البروتينات أو البروتينات الدهنية لا تضعف فقط إشارة الحويصلات، بل يمكن أن تعيق تصنيف التعلم الآلي لاحقا من خلال إدخال ضوضاء طيفية.
ميزة كب...
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
يعلن المؤلفون أنه لا توجد لديهم تضارب مصالح مرتبط بهذا العمل.
وقد دعم هذا العمل المركز الوطني لتقدم العلوم الترجمية التابع للمعاهد الوطنية للصحة تحت أرقام الجوائز 4UH3TR002978-03 و1U18TR003778-01، وبمنحة من معهد كاليفورنيا للطب التجديدي (CIRM) (رقم المنحة TRAN1-14649).
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
| الاسم | الشركة | رقم فهرسي | التعليقات |
|---|---|---|---|
| 1x PBS | ثيرمو فيشر العلمي | J61196. أسوشيتد برس | |
| شبكة نحاسية ب 300 شبكة | علوم المجهر الإلكتروني | EMS200-Cu | |
| محلول بارافورمالديهيد 4٪ | سيغما ألدريتش | 1004960700 | |
| 4″ Si wafers | إم إس إي بليزات | <قوي>WA0810 | (100) موجه |
| خط الخلايا A549 | ATCC | CCL-185 | |
| خط خلايا AGS | ATCC | CRL-1739 | |
| دوار الطرد المركزي F-35-6-30، 5430 | إبندورف | <قوي>22654306 | |
| مارك 40 من CHA | مارك 40 من CHA | https://chaindustries.com/mark-40-system/ | تبخر الشعاع الإلكتروني |
| محلول الحفر الكرموني | سيغما ألدريتش | 651826-500ML | |
| دوكسوروبيكسين D-4000 | مختبرات LC | D-4000_3g | |
| نظام ExoView R100 ومجموعة إكسو فيو للبشري من رباعي السبانين | نانوفيو بيوساينسز | https://www.nowmedicalstudios. com/portfolio/nanoview- Biosciences-3D-product-illustrations | |
| حل FeCl3 | سيغما ألدريتش | 451649 | |
| حل HF | سيغما ألدريتش | 695068-500ML | |
| Hs 738.St/Int خط الخلايا | ATCC | CRL-7869 | |
| عبر مجهر رامان الكونفوكلي | رينيشو | https://www.renishaw.com/en/ invia-confocal-raman-microscope --6260?srsltid=AfmBOoqbZlyW qv2KDdcXV0UZnp8tdLNgYZ0 GbZvGOWI6z1OKi48rg5-b | |
| حل KOH | سيغما ألدريتش | 417661 | |
| أجهزة MaxQ 4000 ذات سطح الطاولة التي تدعم الحضانة/التبريد | ثيرمو ساينتفيك | SHKA4000 (4320) | |
| حاضنة MCO-19AIC | سانيو | 8380-30-0035 | |
| فلتر ميلكس-جي بي | ميليبورسيغما | SLGPM33RS | 0.22 & m |
| مجهر نانوسيم 230 | FEI | SEM-FEI-014 | |
| نانوسايت NS300 | مالفرن بلانالياليكال | https://www.malvernpanalytical .com/en/support/product-support /nanosight-range/nanosight-ns300 | |
| خط خلية NCI-N87 | ATCC | CRL-5822 | |
| أوبتيما TLX ألترا نتريفوج | بيكمان كولتر | 8043-30-1197 | |
| أكسفورد بلازمالاب 80 بلس | أكسفورد بلازمالاب | https://plasma.oxinst.com/ المنتجات/RIE/PlasmaPro-800-RIE | |
| كرات البوليسترين | ألفا إيسار | <قوي>AA42711AB | 500 نانومتر |
| qEVoriginal/35 نانومتر | إيزون | ICO-35 | |
| الجرافين أحادي الطبقة | إم إس إي بليزات | <قوي>ME0408 | |
| قارورة T-75 | VWR | 156800 | |
| TF20 EM عالي الدقة | FEI | https://eicn.cnsi.ucla.edu/project/fei-tf20-tem/ | |
| محلول أسيتات اليورانيل | علوم المجهر الإلكتروني | 22400-1 |
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.