مقالة منهجية

الأميلويد وهندسة البيتا المتقاطعة

DOI:

10.3791/69350

⸱

فبراير 13, 2026

 ,  ,  ,  , 
1School of Life Sciences, University of Sussex

في هذه المقالة

ملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تتكون ألياف الأميلويد من العديد من البروتينات، والألياف الناتجة تشترك في بنية "β متقاطع الصفيحة". هنا نصف كيف يمكن تجهيز عينات الألياف الأميلويدية لحيود ألياف الأشعة السينية وكيفية تحليل الأنماط.

الملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تتكون ألياف الأميلويد من بروتين غير مطوي ومركب ذاتيا منظم في بنية متكررة ومحددة جيدا. تشتهر بدورها المهم في أمراض انطواء البروتين، بما في ذلك مرض الزهايمر ومرض السكري من النوع الثاني، حيث تترسب ألياف الأميلويد غير القابلة للذوبان في الأنسجة. علاوة على ذلك، وجد أنها تلعب دورا وظيفيا مهما في العديد من الكائنات الحية، حيث توفر القوة والسقالات والحماية. تم استناد النماذج الهيكلية الأولى للأميلويد إلى بيانات حيود ألياف الأشعة السينية من حزم ألياف الأميلويد المحاذاة. وقد أدى ذلك إلى نماذج مبكرة للبنية العامة عبر β والتي تم استبدالها بتحليل حيود أكثر تفصيلا من عينات عالية التوجيه وشبه بلورة، مما أدى إلى تفاصيل تنظيم الببتيدات في بنية متكررة. هنا، ركزنا على وصف طرق تحديد البنية الأساسية لهذه الألياف، ووصفنا الخصائص المشتركة للألياف الأميلويدية من مصادر ممرضة ووظيفية وصناعية متنوعة. نصف إعداد العينات، وجمع البيانات، والتحليل اللاحق للبيانات لإنتاج هيكل نموذجي يمكن مقارنته بالبيانات التجريبية.

المقدمة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تم التعرف على ألياف الأميلويد لأول مرة ضمن مجموعة من الأمراض المعروفة باسم الأميلويدوزات، حيث تتراكم الألياف البروتينية في الفراغات خارج الخلية للأنسجة1. يتميز كل مرض ببروتين سلفي معين يخضع لتغير شكلي ليكون ألياف بروتينية منظمة ومستقرةللغاية 2,3. التعريف الأحدث للألياف الأميلويدية يشمل الآن الألياف التي تتراكم داخل البيئة الخلوية. مؤخرا، تم تحديد عدد من الأنظمة الوظيفية التي تستخدم بنية الأميلويد لتوفير الاستقرار والالتصاق أو حتى تخزين المعلومات. على الرغم من التنوع الواسع في هياكل البروتين التي يمكن أن تتجمع ذاتيا لتكوين ألياف الأميلويد، إلا أنها جميعا تشترك في بنية β متقاطعة4. تم وصف هذا الترتيب المتقاطع-β لأول مرة من قبل أستبري لبياض البيضالدجاجة 5، ثم شرحه جيديس لحرير β المتقاطع6. في هذه البنية البروتينية، تتكون الألياف من β خيوط تمتد عمودية على محور الألياف الليفي، ثم ترتب في صفائح β ترتبط عبر السلاسل الجانبية لتشكل ما أشير إليه لاحقا بسحابات السحاب السحابية7. هذا يخلق تنظيما مستقرا للغاية يربط معا عبر روابط هيدروجينية تمتد بشكل مواز للألياف، إلى جانب تفاعلات كارهة للماء، كهروستاتيك، وقطبية عبر سلاسل جانبية8.

استخدمت الدراسات الهيكلية المبكرة حيود ألياف الأشعة السينية لفحص بنية ألياف الأميلويد، حيث تم محاذاة وتوجيه الألياف لتشكيل حزمة من ألياف الأميلويد يمكن وضعها في شعاع الأشعة السينية لمقياس الحيود 9,10. تم إنشاء بنية عامة لألياف الأميلويد لتتناسب مع أنماط الحيود من عدة ألياف أميلويدية مستخرجة من أنسجة مرضية بشرية أو نمت في المختبر4، وقد وفر هذا أساسا لمزيد من الوصف البنيوي11. في السنوات الأخيرة، قدمت التطورات في الرنين المغناطيسي النووي في الحالة الصلبة (ssNMR)، وعلم البلورات بالأشعة السينية الدقيقة، والمجهر الإلكتروني المبرد (CryoEM) تفاصيل ذرية للبنية المتقاطعة β11. ومع ذلك، تظل طريقة حيود ألياف الأشعة السينية مهمة ومفيدة، وتوفر معلومات حول التنظيم المتكرر للبروتينات. علاوة على ذلك، في بعض الحالات، قد تكون المعلومات المتعلقة بأمر طويل المدى متاحة. بشكل أساسي، يستخدم حيود ألياف الأشعة السينية غالبا لتأكيد وجود ألياف الأميلويد المكونة من بروتينات مختلفة، ونمط β المتقاطع هو أحد المتطلبات الرئيسية لتصنيف التجميع الليفي كأميلويد12.

هنا، نصف المنهجية المستخدمة لتحضير ألياف الأميلويد ومحاذاتها لجمع بيانات حيود ألياف الأشعة السينية. علاوة على ذلك، نقدم تفاصيل حول كيفية تحليل بيانات الحيود بشكل أعمق لتوليد هيكل النموذج، ونمط الحيود المتوقع له، ومقارنته ببيانات الحيود المستخرجة من الألياف المشتقة من خارج الجسم الحي.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. تحضير عينات ليفية لحيود ألياف الأشعة السينية

  1. إذابة البروتين أو الببتيد المهم في الظروف المثلى لتكوين الألياف للببتيد الأميلويدوجيني المختار وتقييم تكوين الألياف باستخدام المجهر الإلكتروني أو المجهر الذري بالقوة. تفاصيل كيفية تحضير العينات وإجراء التصوير متوفرة في مكان آخر13. تأكد من أن الألياف طويلة ومستقيمة وغير متفرعة كما هو موضح في الشكل 1. على سبيل المثال، تم تصوير الألياف الموضحة في الشكل 1 باستخدام المجهر الإلكتروني الناقل (TEM). ضع قطرة تحتوي على ألياف على شبكة مجهر إلكتروني ثم صبغ سالبا باستخدام أسيتات اليورانيل14.
    ملاحظة: من المرغوب فيه تغطية وتوزيع متساوي للألياف على الشبكة.
  2. قم بمحاذاة لإنتاج حزمة من الألياف التي تكون محاور الألياف فيها كلها متوازية (الشكل 2A).
    1. اذيب شمع الشموع حتى يصبح سائلا باستخدام صفيحة ساخنة. باستخدام قاطع زجاج مثل قلم الألماس، قم بقص شعيرات زجاجية بوروسيليكات بقطر 1 مم بطول حوالي 2-3 سم واغمسها في الشمع السائل لفترة وجيزة. اسحب شمع الشمعة للأعلى بواسطة الحركة الشعرية (حوالي 1-2 مم طوله داخل الشعيرات الدموية). تأكد من أن سطح الشمع مستو حتى يتمكن تعليق الألياف من الاستراحة بشكل متساو.
    2. استخدم البلاستيسين لتثبيت الشعيرات الدموية المغلقة أفقيا في طبق بتري مع فجوة بين الأطراف المملوءة بالشمع من 0.5 مم إلى 2 مم (الشكل 2A).
    3. باستخدام ماصة، علق بعناية قطرة محلول بحجم 10 ميكرولتر بين طرفي الشمع المملوءين بالشمع. تأكد من أن المحلول يلامس كلا طرفي الشمع لكنه لا يمتد إلى الزجاج.
    4. احم العينة من الغبار بتغطية طبق بتري. يسمح للعينة بالتبخر طوال الليل، مما يؤدي إلى محاذاة الألياف (انظر الشكل 2A).
      ملاحظة: قد يستغرق العينة عدة أيام لتجف تماما، وهذا يعتمد على درجة الحرارة والرطوبة المحيطة، ولزوجة العينة.
    5. أغلق اللوحة؛ الحضانة في درجات حرارة أقل في الثلاجة أو الحضانة باستخدام الرطوبة في صندوق مغلق لإبطاء الجفاف، مما قد يؤدي إلى محاذاة أفضل للعينة.
  3. محاذاة ألياف الأميلويد في شعيرات زجاجية (الشكل 2B).
    1. ثبت حقنة بسعة 1 مل مزودة بأنبوب مطاطي صغير في الطرف العريض إلى شعيرات زجاجية سيليكون قطرها 0.7 مم واستنشق 2-3 سم من تعليق الألياف الليفي.
    2. أغلق أحد طرفي الشعيرات الدموية باستخدام الشمع المذاب ودع الطرف الآخر يبقى مفتوحا للسماح بالتبخر. رتب الشعيرات الدموية عموديا ودعها تجف لعدة أيام أو أسابيع حتى يتكون قرص جاف في أنبوب الشعيرات الدموية (الشكل 2B).
  4. محاذاة الألياف كطبقة "حصيرة" أو فيلم رقيق (الشكل 2C).
    1. ضع عينة ألياف عالية التركيز (مثلا>10 ملغ/مل) على شريحة زجاجية أو بارافيلم أو قطعة من التفلون، وغطاء، ودعها تجف في الهواء لمدة لا تقل عن 24 ساعة. يجب أن يجف هذا ليشكل طبقة رقيقة ومسطحة على السطح. ارفع هذا بحذر باستخدام مشرط ثم اربطه بأنبوب شعري زجاجي باستخدام الغراء أو البلاستيسين.
    2. سيكون للحصيرة ترتيب عشوائي للألياف (انظر الشكل 2C). قم بتثبيت العينة بعناية على رأس جهاز الغونيومتر بحيث يمر شعاع الأشعة السينية عبر حافة العينة وموازيا لمستوى الفيلم (الشكل 2C).
      ملاحظة: الحيود عبر وجه الفيلم سينتج حلقات حيود بسبب المحاذاة العشوائية (انظر الشكل 2C).
  5. افحص العينة.
    1. تحقق من مدى توافق العينة من خلال فحصها عبر جهاز استقطاب متقاطع تحت مجهر ضوئي. إذا كان هناك انكسار ثنائي، فقد يشير ذلك إلى وجود محاذاة جيدة في حزمة الفيبل.
    2. قم بتثبيت عينة الألياف الشعرية على رأس جهاز قياس الغونيومتر باستخدام البلاستيسين. فكر فيما إذا كانت العينة حزمة ألياف أو حصيرة أو قرص عند وضعها في شعاع الأشعة السينية.
      1. لاحظ أن محور دوران العينة سيكون حول محور الألياف لحزمة الألياف (الشكل 2A)، بينما في الأقراص تميل الألياف إلى المحاذاة عبر قطر الأنبوب (الشكل 2B). سيكون للحصيرة اتجاهين مميزين (موازيين لمستوى الفيلم وعموديين عليه) (الشكل 2C).
    3. اجمع نمط حيود (كما هو موضح في الشكل 3A) باستخدام معدات الأشعة السينية الداخلية (CuKα لعلم البلورات البروتينية) أو باستخدام إشعاع السينكروترون. تختلف أوقات التعريض حسب شدة شعاع الأشعة السينية؛ قم بتعديل ذلك حسب أوقات الجمع الموصى بها لمصدر الحيود.

2. تحليل البيانات

  1. استخدام CLEARER لتحليل البيانات15.
    ملاحظة: برنامج تحليل أنماط حيود ألياف الأشعة السينية متاح مجانا للمستخدمين الأكاديميين من المؤلف المسؤول. طرق أخرى لتحليل الحيود متوفرة16,17 (www.esrf.fr/computing/expg/subgroups/data_analysis/FIT2D)18. الخطوط المائلة بين قوسين تشير إلى أوامر القائمة.
    1. حول نمط الحيود إلى ملف .tiff ورفعه إلى CLEARER (الشكل 4).
    2. أدخل إعدادات الحيود (نمط الحيود: إعدادات الحيود)، بما في ذلك حجم البكسل في صورة TIFF، مصدر الأشعة السينية، ومسافة العينة إلى الكاشف.
    3. تأكد من أن نمط الحيود موجه بحيث يكون خط الزوال عموديا (معالجة الصور: دوران). استخدم وحدة التمركز (نمط الحيود: صورة مركزية) لوضع الصورة في الوسط. حدد المحورين الرئيسيين (خط الزوال وخط الاستواء): هذه الوحدة تقارن بين الشدة على طول هذين المحورين من النمط. بمجرد الانتهاء من المركز، احفظ الصورة وتأكد من استخدامها للخطوات التالية.
    4. حدد زاوية مناسبة (على طول المحورين الرئيسيين [خط الزوال وخط الاستواء]) وأخرج رسما بيانيا يوضح موقع إشارة الحيود مقابل الشدة باستخدام وحدة المتوسط شعاعي (نمط الحيود: متوسط شعاعي) (الشكل 4A).
    5. قم بقياس وإخراج مواقع إشارة الحيود تلقائيا باستخدام وحدة البحث عن الذروة (نمط الحيود: المتوسط الشعاعي: اكتشاف الذروة) (الشكل 4B). تأكد من اكتشاف جميع إشارات الحيود بدقة عن طريق ضبط عرض البحث في ذروة النقطة مع التأكد من عدم اكتشاف الضوضاء.
    6. تحقق من مواقع الإشارة التي تخرجها Peak Find باستخدام وحدة Zoom & Measure (نمط الحيود: Zoom & Measure). تحقق من سرد جميع مواقع الإشارة وتعيينها للمحور الصحيح.
    7. استكشف أبعاد الخلية الوحدة (b و c) التي تولد إشارات الحيود المرصودة باستخدام وحدة تحسين الخلية الوحدة (نمط الحيود: تحسين الخلية الوحدة) (الشكل 5A). فحص الإشارات القوية الموجودة على خط الاستواء لتوليد تخمين أولي لإدخالها في جدول إدخال الخلية الوحدة، وتحديد مؤشرات الحد الأدنى والقصوى [hkl] التي يبحث عليها CLEARER عن الخلايا المحتملة (البعد هو الطول الافتراضي ويكون افتراضيا 4.76 Å).
    8. احسب أبعاد الخلية الوحدة الكامنة وقارن مواقع إشارات الحيود المتوقعة مع الانعكاسات المرصودة. يتم تقييم خلايا الوحدة بناء على درجة التوافق بين الإشارات المتوقعة والإشارات التجريبية. ثم تعرض أفضل عشرين مباراة. ضع في اعتبارك طول السلف الببتيدي ومعلومات أخرى من المجهر الإلكتروني، أو AFM، أو الرنين المغناطيسي النووي في الحالة الصلبة (ssNMR) للمساعدة في اختيار أفضل خلايا وحدة ممكنة لتناسب البيانات والعينة.

3. النمذجة الهيكلية واختبار النموذج باستخدام CLEARER

  1. بناء النماذج الجزيئية (صيغة PDB).
    ملاحظة: استخدم برامج نمذجة البروتينات مثل Pymol (DeLano)19 أو Insight II (Accelerys) وغيرها، لتوليد إحداثيات PDB للببتيد السلف في شكل β السلسلة وفي ترتيب β الصورات. يصف هذا القسم عملية بسيطة تستخدم لخلية وحدة متعامدة (جميع الزوايا بزاوية 90°). المنظمات غير المتعامدة ممكنة حيثما يتطلب الأمر معرفة أكثر خبرة في الحيود. يمكن استكشاف هذه الأسئلة في CLEARER لخلايا الوحدة الأكثر تعقيدا.
    1. بناء ترتيبات ثلاثية الأبعاد للببتيدات في ترتيب β لتناسب خلية الوحدة المحددة. تأكد من أن هذا النموذج يحتوي على جميع الكائنات المتعلقة بالتناظر داخل الخلية.
    2. قم بتحميل نموذج PDB في وحدة مولد سلسلة الهيكل (محاكاة الحيود: الهياكل: مولد سلسلة الهيكل) للتحقق من إحداثيات الهيكل المنشأ. تأكد من تعيين محور الألياف ومحور الشعاع بشكل صحيح. أدخل أبعاد خلية الوحدة المحددة. تحقق مما إذا كان هناك تداخل في أبعاد الخلايا المختارة (الشكل 5B).
    3. ارفع إحداثيات نموذج PDB إلى وحدة محاكاة حيود الألياف (محاكاة الحيود: محاكاة الحيود الليفي).
      1. أدخل اتجاه محور الألياف، اتجاه الشعاع، أبعاد الخلية المختارة من الخطوة 3.1.2، إعدادات مصدر الأشعة السينية والكاشف، ثم انقر على محاكاة. في محاكاة خلية وحدة أورثرومبية، يعرف محور الألياف بواسطة المحور الكارتيزي المرتبط باتجاه محور الألياف في النموذج المستخدم.
      2. تأكد من أن محاور الشعاع عمودية على محور الألياف، أي على أحد المحورين الآخرين الممكنين. احفظ إعدادات المحاكاة كملفات .html (الملف: حفظ باسم). يمكن رفع هذه القواعد وتحريرها لاحقا لاستكشاف هيكل النموذج الأمثل بشكل تكراري.
      3. حفظ النمط المحاكى الناتج بصيغة خام، يمكن رفعه لاحقا لمزيد من التحليل، أو ك.tiff (هذا التنسيق يحتوي على معلومات تباين إضافية تم تجاهلها) (المحاكاة: حفظ صورة قابلة للعرض ك TIFF). ثم، قارن هذه مع النمط التجريبي.
  2. قارن أنماط الحيود المحاكاة مع الأنماط التجريبية للعرض.
    1. استخدم الخطوات 2.1.5-2.1.6 لقياس إشارات الحيود المحاكاة والمقارنة مع تلك التي تم قياسها من الأنماط التجريبية (الشكل 6). سجل هذه في جدول.
    2. استخدم وحدة تسمى الطبقات (نمط الحيود: الطبقات) لتراكب أنماط محاكاة وتجريبية لمقارنة مواقع الإشارة ( الشكل 6C).
    3. قارن مواقع الإشارة وشدة الإشارة بين الأنماط التجريبية والمحاكاة من خلال ترتيب ربع من النمط المحاكى بجانب النمط التجريبي (كما هو موضح في الشكل 6B)8,20,21.
    4. تقييم صحة الخلية الوحدة المقترحة والنموذج، ثم تعديل النموذج والخلية بشكل تكراري لتحسين التشابه بين النمط المحاكى ونمط الحيود التجريبي.
    5. قارن نتائج النماذج والخلايا المختلفة بشكل موسع باستخدام الإجراء الموضح في الخطوة 3.1 لاختبار عدة بدائل. تأكد من أن المعلومات التي تم جمعها من تقنيات أخرى، مثل TEM، AFM، والرنين المغناطيسي النووي تعتبر مقيدة من النمذجة والوصول إلى أفضل تمثيل هيكلي ممكن يتناسب مع البيانات 8,21,22,23.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

مثال CcbMet24: يظهر الشكل 1 صور إلكترونية مجهرية تظهر كثافة عالية من ألياف الأميلويد على شبكة مناسبة لتحضير عينة ألياف الأشعة السينية. يصف الشكل 2 القوام المختلفة التي يمكن توليدها من حزمة الألياف الليفية (الشكل 2A)، والقرص (الشكل 2B)، والحصير/الفيلم (الشكل 2C)، ويظهر اتجاه شعاع الأشع...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يمكن استخدام حيود ألياف الأشعة السينية لتقييم ما إذا كانت العينة تشكل بنية أميلويد ولاكتساب مزيد من الفهم حول التنظيم الجزيئي للبروتين أو الببتيد السلف داخل الألياف. هنا، وصفنا الطرق التي يمكن من خلالها تحضير عينات ليفية لحيود ألياف الأشعة السينية، والحصول على البيانات، ثم تحليلها. والأهم من ذلك، أن جودة البيانات التي يتم الحصول عليها تعتمد على كلا الترتيبين داخل الألياف الفردية. لذلك، فإن تحضير العينة الأولي أمر بالغ الأهمية، وما إذا كانت الألياف صناعية أو مستخرجة من الأنسجة سيؤثر أيضا ...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

لا يوجد لدى المؤلفين أي تضارب مصالح للكشف عنها

شكر وتقدير

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يرغب المؤلفون في الشكر على مساعدة الدكتور بافل سيكورسكي والبروفيسور إدوارد أتكينز في تطوير برنامج CLEARER وتحليل الأنماط. كتب البرنامج الدكتور أوسومينر ماكين. وقد تم دعم هذا العمل بتمويل من مؤسسة أبحاث الزهايمر وBBSRC.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
0.7 ملم قطرها الأشعة السينية  أنابيب زجاج الكوارتز GLAS, W. Muller, D-13503, Berlin, GermanyQ-07-001-80
أنابيب زجاجية 1.5 ملم من البورسليكاتHarvard appatus Ltd, (Edenbridge, Kent, UK)BS4 30-0074مثال، متاح لدى مصنعين آخرين
الحيود بالأشعة السينية لبلورات البروتينمختلفمصنعين مختلفين

المراجع

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Shirahama, T., Cohen, A. S. High resolution electron microscopic analysis of the amyloid fibril. J Cell Biol. 33, 679-706 (1967).
  2. Buxbaum, J. N., et al. Amyloid nomenclature 2024: Update, novel proteins, and recommendations by the International Society of Amyloidosis (ISA) Nomenclature Committee. Amyloid. 31 (4), 249-256 (2024).
  3. Dobson, C. M. The structural basis of protein folding and its links with human disease. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 356 (1406), 133-145 (2001).
  4. Sunde, M., et al. Common core structure of amyloid fibrils by synchrotron X-ray diffraction. J. Mol. Biol. 273, 729-739 (1997).
  5. Astbury, W. T., Woods, H. J., Bragg, W. L. X-ray studies of the structure of hair, wool, and related fibers. II. The molecular structure and elastic properties of hair keratin. Philos Trans R Soc Lond A. 232, 333-394 (1934).
  6. Geddes, A. J., Parker, K. D., Atkins, E. D., Beighton, E. "Cross-beta" conformation in proteins. J Mol Biol. 32 (2), 343-358 (1968).
  7. Sawaya, M. R., et al. Atomic structures of amyloid cross-beta spines reveal varied steric zippers. Nature. 447 (7143), 453-457 (2007).
  8. Makin, O. S., Atkins, E., Sikorski, P., Johansson, J., Serpell, L. C. Molecular basis for amyloid fibril formation and stability. Proc Natl Acad Sci U S A. 102 (2), 315-320 (2005).
  9. Eanes, E. D., Glenner, G. G. X-ray diffraction studies on amyloid filaments. J Histochem Cytochem. 16 (11), 673-677 (1968).
  10. Kirschner, D. A., Abraham, C., Selkoe, D. J. X-ray diffraction from intraneuronal paired helical filaments and extraneuronal amyloid fibers in Alzheimer disease indicates cross-beta conformation. Proc Natl Acad Sci U S A. 83 (2), 503-507 (1986).
  11. Ke, P. C., et al. Half a century of amyloids: Past, present and future. Chem Soc Rev. 49 (15), 5473-5509 (2020).
  12. Sipe, J. D., et al. Nomenclature 2014: Amyloid fibril proteins and clinical classification of the amyloidosis. Amyloid. 21 (4), 221-224 (2014).
  13. Morris, K. L., Serpell, L. C. X-ray fiber diffraction studies of amyloid fibrils. Methods Mol Biol. 849, 121-135 (2012).
  14. Al-Hilaly, Y. K., et al. Tau (297-391) forms filaments that structurally mimic the core of paired helical filaments in alzheimer's disease brain. FEBS Lett. 594 (5), 944-950 (2020).
  15. Makin, O. S., Sikorski, P., Serpell, L. C. Clearer: A new tool for the analysis of X-ray fiber diffraction patterns and diffraction simulation from atomic structural models. Appl Cryst. 40 (5), 966-972 (2007).
  16. Winn, M. D. An overview of the CCP4 project in protein crystallography: An example of a collaborative project. J Synchrotron Radiat. 10 (Pt 1), 23-25 (2003).
  17. Squire, J., et al. New CCP13 software and the strategy behind further developments: Stripping and modelling of fiber diffraction data. Fibre Diffr Rev. 11, 7-19 (2003).
  18. Makin, O. S., Serpell, L. C. Amyloid Proteins: Methods and Protocols. , Humana Press. Totowa, NJ. (2005).
  19. The pymol molecular graphics system. , DeLano Scientific. San Carlos, USA. (2002).
  20. Jahn, T. R., et al. The common architecture of cross-beta amyloid. J Mol Biol. 395 (4), 717-727 (2009).
  21. Madine, J., et al. Structural insights into the polymorphism of amyloid-like fibrils formed by region 20-29 of amylin revealed by solid-state NMR and X-ray fiber diffraction. J Am Chem Soc. 130 (45), 14990-15001 (2008).
  22. Madine, J., Copland, A., Serpell, L. C., Middleton, D. A. Cross-β spine architecture of fibrils formed by the amyloidogenic segment nfgsvqfv of medin from solid-state NMR and X-ray fiber diffraction measurements. Biochemistry. 48 (14), 3089-3099 (2009).
  23. Papapostolou, D., et al. Engineering nanoscale order into a designed protein fiber. Proc Natl Acad Sci U S A. 104 (26), 10853-10858 (2007).
  24. Steinmetz, M. O., et al. Atomic models of de novo designed ccβ-met amyloid-like fibrils. J Mol Biol. 376 (3), 898-912 (2008).
  25. Blake, C., Serpell, L. Synchrotron x-ray studies suggest that the core of the transthyretin amyloid fibril is a continuous β-helix. Structure. 4, 989-998 (1996).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه

طلب إذن

الوسوم

مقالات ذات صلة