مقالة منهجية

سير عمل شامل لبروتيوميات البلازما باستخدام الطيف الكتلي: استراتيجية لاكتشاف المؤشرات الحيوية في الأمراض البشرية الجهازية

DOI:

10.3791/69359

⸱

مارس 13, 2026

 ,  ,  ,  ,  , 
1Jubilee Centre for Medical Research, Jubilee Mission Medical College and Research Institute, 2Department of Biochemistry, Amrita Institute of Medical Sciences, Amrita Vishwa Vidyapeetham Campus, 3Manipal Academy of Higher Education

* These authors contributed equally

في هذه المقالة

ملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تمكن بروتيوميات البلازما من اكتشاف المؤشرات الحيوية للأمراض الجهازية من خلال أخذ عينات طفيفة التوغل. على الرغم من التحديات التحليلية التي يفرضها تعقيد البلازما، تقدم هذه الدراسة سير عمل محسن للكروماتوغرافيا السائلة-مطيافية الكتلة (LC-MS/MS) يعزز تغطية البروتيوم، ويقلل من التباين، ويحسن قابلية التكرار، مما يتيح مقارنات دقيقة بين عينات الأمراض وعينات الضابطة.

الملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

توفر البلازما، المكون الخالي من الخلايا في الدم، مصدرا غنيا وقليل التوغل للمعلومات الجزيئية الحيوية، مما يجعله مثاليا للتحقيق في الأمراض الجهازية. لقد أحدث ظهور تقنيات البروتيومية عالية الإنتاجية ثورة في تحليل البلازما من خلال تمكين التعرف على البروتينات المتداولة على نطاق واسع وقياسها. وقد ساعدت هذه التطورات في اكتشاف المؤشرات الحيوية للتشخيص المبكر، والتشخيص، والاستهداف العلاجي لمختلف الاضطرابات، بما في ذلك السرطانات والأمراض الالتهابية. ومع ذلك، فإن التعقيد الكامن للبلازما، إلى جانب طرق تحضير وتحليل العينات غير المتسقة، قد حد تاريخيا من تغطية البروتيوم وقابليتها للتكرار. غالبا ما عانت الأساليب المبكرة التي اعتمدت على تحليل البلازما البدائي من ضعف الاتساق وتأثيرات دفعات كبيرة، مما أعاق الدراسات المقارنة الموثوقة عبر المجموعات السريرية.

لتجاوز هذه القيود، تقدم الدراسة الحالية سير عمل قوي وقابل للتوسع. يدمج البروتوكول خطوات تحضيرية رئيسية مثل استنزاف المناعة، وترشيح قطع الوزن الجزيئي، والتخييم الليومي، وقياس وتطبيع البروتينات، والهضم الإنزيمي، وتحليل التحليل النفسي لنظام LC-MS/MS. تعزز هذه الاستراتيجية المحسنة بشكل كبير عمق البروتيوم وتقلل من التباين، مما يمكن من تحليل تعبير البروتين التفريقي الأكثر دقة وقابلية للتكرار بين حالات المرض والأشخاص الضابطين الأصحاء. يوفر هذا سير العمل منصة قيمة للباحثين الذين يهدفون إلى توليد بيانات بروتيومية عالية الجودة من البلازما، مما يساهم في نهاية المطاف في تطوير التشخيصات المعتمدة على المؤشرات الحيوية والطب الشخصي.

المقدمة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

البلازما، المكون الخالي من الخلايا في الدم، يكتسب شهرة متزايدة كمخزن للمعلومات البيولوجية ذات الصلة بدراسات الأمراض. يحمل العديد من الجزيئات الحيوية المتداولة المتنوعة، بدءا من البروتينات والمستقلبات إلى الدهون والأحماض النووية، وهو ما يعكس الحالة الفسيولوجية والمرضية للكائن الحي. هذا الطابع الجهازي للبلازما يجعلها عينة حيوية مثالية للتحقيق في فسيولوجيا الأمراض المرضية، بدءا من السرطان إلى اضطرابات الأيض والالتهابات. تكمن الفائدة الرئيسية لاستخدام البلازما كعينة في طريقة الجمع الطفيفة التوغلية، مما يسمح بأخذ عينات متكررة في البيئات السريرية، وهو أمر مهم لملاحظة تقدم المرض أو الاستجابة العلاجية. ومع ذلك، تظهر مصفوفة بروتيومية معقدة للغاية، حيث تمتد مستويات البروتينات مثل الألبومينات ومستويات الغلوبولين المناعي لأكثر من عشرة مرتبة حجم، مما يخفي التعرف1.

على مدى العقدين الماضيين، مكن بروتيوميكس البلازما من تحديد العلامات الحيوية ذات الصلة سريريا مثل الغونادوتروبين المشيمي بيتا البشري (β-hCG) والتروبونين I، مدفوعا بالتقدم في تقنيات تحليل البروتينات واسعة النطاق2. تقبل هذه الأدوات كمدخلات معلومات حساسة للغاية، وبفضل طبيعتها عالية الإنتاجية، توفر تمثالا واسع النطاق لبروتينات البلازما. مع ظهور منصات الكروماتوغرافيا السائلة-مطيافية الكتلة (LC-MS/MS)، أصبح من الممكن الآن تحليل آلاف أنواع البروتين باستخدام ما لا يقل عن 10-50 ميكرولتر من مدخلات البلازما، مع نطاق كشف ديناميكي يمتد على عدة درجاتمن 3,4. وقد زاد هذا من استخدام بروتيوميات البلازما في البحث الانتقالي: الكشف المبكر عن الأمراض، وتحسين نماذج التنبؤ، واكتشاف أهداف علاجية جديدة5.

كان من الإنجازات المهمة في هذا المجال تأسيس مشروع بروتيوم البلازما البشرية (HUPO-HPPP)، الذي قام بتصنيف بروتينات البلازما بشكل منهجي وأثبت جدوى بروتيوميات البلازما كمجال راسخ6. بعد ذلك، اعتمد اتحاد تحليل أورام البروتيومية السريري (CPTAC) بروتوكولات ودراسات مختبرية مقبولة بدقة لمعالجة قضايا قابلية التكرار التي كانت تعيرسابقا أبحاث البروتيوم. أكدت هذه المبادرات الحاجة إلى التوحيد وسلطت الضوء على الإجراءات الرئيسية، بما في ذلك التعامل الموحد مع البلازما، واستنزاف البروتينات الوفيرة، والهضم الإنزيمي، ومعايير LC-MS/MS المتسقة. أظهرت الدراسات الحديثة التي أجراها جاير وزملاؤه أن توقيعات البلازما البروتيومية يمكن توليدها بشكل موثوق عبر العديد من الأفراد عند استخدام منهجيات موحدة، مما يوفر أساسا للدراسات على مستوى السكان وعمليات التحقق من العلامات الحيوية8.

لقد تشكل تطور بروتيوميكس البلازما بشكل كبير بفضل الاعتراف بمراقبة الجودة (QC) ومقاييس الأداء كمكونات أساسية في تصميم التجارب. تقليديا، أدت الاختلافات في كفاءة الهضم، ومعدلات تحديد الببتيدات، وأداء الأجهزة إلى تناقضات في الدراسات البحثية، مما أثر على قابلية التكرار. تم إجراء العديد من الدراسات لمعالجة هذه القضايا. حدد Gawor وآخرون مؤشرات جودة قابلة للقياس لتحضير العينة وأداء مطيافية الكتلة، مما وفر طريقة منهجية لتقييم متانة خط أنابيب تحليل البروتين9. قدم تسانتيلاس وآخرون أدوات قياس الأداء المحوسبة التي تتيح للباحثين مقارنة مجموعات البيانات عبر المنصات والمختبرات، مما يزيد من الشفافية في عرض بيانات البروتيوميكس10. علاوة على ذلك، أدت التطورات في المنهجية، مثل استنزاف المناعة، وتقسيم الاستبعاد من الحجم، والاكتساب المستقل عن البيانات (DIA)، إلى تعزيز تغطية البروتينات وقلل من التحيز التقني11,12. تضمن هذه الإجراءات ضمان الجودة أن بيانات البلازما البروتيومية قابلة للتكرار وتعمل كمنصة لدراسات الترجمة السريرية المستقبلية.

على الرغم من هذه التطورات الكبيرة، لا تزال تعقيد البلازما الفطري يواجه تحديات. من الشائع أن يؤدي التحليل المباشر للبلازما الخام إلى تغطية غير مثالية للبروتيوم، حيث تطغى البروتينات الوفيرة جدا على المحللات منخفضة الوفرة، والتي تعد العديد منها المرشحة الأكثر وعدا للمؤشرات الحيوية. علاوة على ذلك، يمكن أن يساهم التنوع التقني الناتج عن تغير كمية البروتين، والهضم غير الكامل، وعدم التنظيف بشكل كاف في حدوث تشوهات في الدفعات وانخفاض قابلية المقارنة بين المجموعات13. تؤكد هذه القيود الحاجة إلى سير عمل محسن للغاية يوازن بين عمق البروتيوم، وقابلية التكرار، وقابلية التوسع. يعالج هذا البروتوكول هذا الدراسة هذه الحاجة من خلال إظهار سير عمل محسن لبروتيوميات البلازما يجمع بين استنزاف المناعة، والترشيح بوزن الجزيئي، والتجميد اللوفيلي، وتطبيع البروتينات وكميتها، والهضم الإنزيمي، وتحليل ملفات LC-MS/MS. من خلال زيادة تغطية البروتيوم وتقليل التنوع التقني، يمكن الإطار المنهجي من القياس النسبي المتسق بين المجموعات المتأثرة بالأمراض والمجموعتين الضابطة. من خلال إدخال قابلية التوسع واستيعاب التحليلات اللاحقة، يوفر سير العمل طريقة قابلة للاستخدام وقابلة للتكرار لاستخراج معلومات ذات أهمية سريرية من بروتيوميات البلازما.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يوضح هذا البروتوكول سير عمل مبسط مصمم لتعزيز بروتيوميات البلازما لاكتشاف المؤشرات الحيوية في الأمراض الالتهابية الجهازية14,15. أجريت الدراسة وفقا للجنة الأخلاقيات المؤسسية وإعلان هلسنكي لعام 1975، كما تم تعديله في عام 2000. تم الحصول على موافقة مستنيرة من المشاركين. في البداية، تخضع عينات البلازما لاستنزاف المناعة لإزالة البروتينات عالية الوفرة، تليها ترشيح يعتمد على الوزن الجزيئي لتقليل تعقيد العينة. ثم يتم تدخيم العينات وقياسها للتأكد من أن تركيز البروتين كاف للمعالجة في مراحل لاحقة. بعد التطبيع، تخضع البروتينات للهضم التريبتي لإنتاج ببتيدات مناسبة للتحليل. وأخيرا، يستخدم مطيافية الكتلة لاكتشاف وقياس البروتينات منخفضة الوفرة، مما يسهل المقارنات الموثوقة بين الحالات الصحية والحالة المرضية (الشكل 1) يظهر مسار بروتيوميات الدم.

1. جمع العينات:

  1. احصل على 3 مل من الدم من المشاركين في أنابيب فاكوتينر حمض الإيثيلين ديامين رباعي الأسيتيك (EDTA) عن طريق تنقية الأوردة من الوريد الأمامي تحت ظروف معقمة. يتم ذلك بواسطة فني سحب دم مدرب.
  2. لفصل البلازما، قم بعمل طرد مركزي للعينات (دوار بزاوية ثابتة ب 12 × 15 مل) لمدة 10 دقائق عند 704 جم. احتفظ بعينات البلازما في التخزين عند -80 درجة مئوية حتى الفحص التالي.

2. استنزاف المناعة

ملاحظة: استنزاف المناعة هو طريقة تعتمد على كروماتوغرافيا الألفة تستخدم لإزالة البروتينات عالية الوفرة بشكل انتقائي من السوائل البيولوجية مثل المصل والبلازما والسائل الدماغي الشوكي (CSF). تستهدف خرطوشة دوران تحتوي على الأجسام المضادة الثابتة وتلتقط 14 بروتينا شائعا عالي الوفرة، بما في ذلك الألبومين، الغلوبولينات المناعية (IgG، IgA، IgM)، الترانسفريرين، والممم C3. يتم الاحتفاظ بهذه البروتينات داخل الخرطوشة بينما تمر البروتينات منخفضة الوفرة للتحليل الإضافي. تعزز هذه التقنية التحليل البروتيومي من خلال تقليل تعقيد العينات وتحسين اكتشاف العلامات الحيوية المحتملة. يتم اعتماد هذا النهج على نطاق واسع في بروتيوميات البلازما لتحسين الحساسية وقابلية التكرار 16,17.

  1. تحضير الخرطوشة
    1. قم بإزالة خرطوشة الدوران بحجم 0.45 مل من الثلاجة. اتركه ليتوازن مع درجة الحرارة المحيطة.
    2. تحضير محلول التخزين A للمساوية/التحميل/الغسيل ومحلول المخزن B حسب عدد العينات المعالجة. تطبيق حوالي 5 مل من المخزن A و2 مل من المخزن B لكل عينة بلازما بحجم 10 ميكرولتر. أطلق المضخة في أنابيب طرد مركزي معقمة بسعة 50 مل.
    3. قم بتصنيف حقنتين معقمة من نوع Luer-Lok بسعة 5 مل ك A للمخزن A وB للمخزن B.
  2. تحضير عينة بلازما
    1. قم بتخفيف كل 10 ميكرولتر من عينة البلازما مع 190 ميكرولتر من المخزن A إلى حجم نهائي يبلغ 200 ميكرولتر.
      ملاحظة: أضف مثبطات بروتياز إلى المخزن A لتجنب تحلل بروتينات البلازما أثناء المعالجة.
    2. قد تحتوي عينة البلازما على جسيمات جزيئية. قد يسد الخرطوشة. لمنع الانسداد وتحسين وضوح العينة، يتم طرد العينة المخففة عبر مرشح دوران بقوة 0.22 ميكرومتر لمدة دقيقة واحدة عند 16,000 × جرام عند 4 درجات مئوية.
  3. إعداد الخرطوشة
    1. أزل غطاء الخرطوشة والغطاء السفلي وخزنهما للاستخدام لاحقا.
    2. ضع محول Luer-Lok على خرطوشة الدوران.
    3. اسحب 4 مل من مخزن A في الحقنة الموسومة ب "A" ووصل الحقنة بمحول Luer-Lok.
    4. قم بتمرير المخزن المؤقت A تدريجيا عبر الخرطوشة للسماح للراتنج بالتوازن وإزاحة أي هواء محبوس.
    5. استنشق الفائض من أعلى الخرطوشة باستخدام ميكروبايبت معقمة.
    6. قم بإزالة محول Luer-Lok ووضع خرطوشة الدوران في أنبوب جمع بغطاء برغي يحمل علامة F1.
  4. تحميل العينات وجمع الكسور
    1. أضف 200 ميكرولتر من البلازما المصفاة والمخففة مباشرة إلى طبقة الراتنج.
    2. قم بطرد الطرد المركزي عند 100 × جرام لمدة دقيقة واحدة عند 4 درجات مئوية. اترك الخرطوشة غير مغطاة أو مغلقة بشكل فضفاض للسماح بتدفق سلس.
    3. اجمع الجزء التدفق F1 في أنبوب الجمع المعنون. تأكد من بقاء طبقة الراتنج والفريت رطبين بعد الطرد المركزي.
    4. اترك الخرطوشة في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق.
  5. غسل واستعادة الكسور التي تمر عبر التدفق
    1. أضف 400 ميكرولتر من المخزن A إلى سرير الراتنج والطرد المركزي عند 100 × جرام لمدة 2.5 دقيقة عند 4 درجات مئوية. أضف هذا اللوات إلى أنبوب مجموعة F1.
    2. انقل الخرطوشة إلى أنبوب تجميع جديد يحمل علامة F2.
    3. أضف 400 ميكرولتر أخرى من محلول المخزن A وجهاز الطرد المركزي عند 100 × جرام لمدة 2.5 دقيقة عند 4 درجات مئوية. اجمع الإيلوات في أنبوب F2.
  6. إخراج البروتينات المرتبطة
    1. قم بإزالة الخرطوشة من أنبوب F2 وربط محول Luer-Lok.
    2. املأ الحقنة المسماة ب "B" بسعة 2.5 مل من مخزن B وثبتها على الخرطوشة.
    3. ادفع ببطء Buffer B عبر الخرطوشة لإدخال البروتينات عالية الوفرة المرتبطة إلى أنبوب تجميع جديد.
      ملاحظة: حفظ الجزء المرتبط إذا كان هناك حاجة لمزيد من التحليل؛ وإلا، تخلص منها بشكل مناسب.
  7. إعادة توازن الخرطوشة
    1. قم بإزالة الحقنة التي تحتوي على المخزن B من الخرطوشة وربط الحقنة الموسومة ب "A" التي تحتوي على 5 مل من المخزن A.
    2. ادفع المخزن A ببطء عبر طبقة الراتنج لإعادة توازن الخرطوشة بمعدل تدفق 0.5 مل في الدقيقة.
      ملاحظة: لا تدع طبقة الراتنج أو الفريت يجف. اترك كمية صغيرة من الفراغ فوق الفريت أثناء التخزين.
    3. بمجرد التوازن، تكون الخرطوشة جاهزة للعينة التالية.
  8. الاستخدام في الأسفل
    1. للحصول على أقصى استرجاع للبروتينات منخفضة الوفرة، اجمع بين أجزاء تدفق F1 و F2.
      ملاحظة: يمكن أيضا تحليل F1 و F2 بشكل منفصل إذا كان هناك حاجة لتحليل تفاضلي. المخزن المضاف هو 1 مل، لذا قد يكون مجموع نسبة F1 ~850 ميكرولتر لضمان استعادة جيدة. تحليل البلازما الخام، والتدفق المروري، والاستبعاد بواسطة الرحلان الكهربائي الهلامي الصوديوم دوديسيل سلفات-بولي أكريلاميد (SDS-PAGE) لتأكيد إزالة أفضل 14 بروتينا عالي الوفرة من التدفق العابر. سيتم استخدام 12.5 ميكرولتر من التدفق عبر F1، والبلازما الخام، والإلوات للتحميل في الهلام لتكوين حجم بئر 25 ميكرولتر (مخزن العينة Laemmli: نسبة العينة 2:1)

3. تركيز البروتين باستخدام مركز دوران 5 كيلو دالتون

ملاحظة: تركيز العينة باستخدام مركز دوران بقوة 5 كيلو دالتون يعتمد على مبدأ استبعاد الحجم والترشيح الجزيئي لتحقيق تركيز سريع واستعادة عالية للجزيئات الحيوية المستهدفة في أنبوب واحد. يتيح ذلك تركيز البروتينات عن طريق إزالة تبادل المذيب والعازل أو إزالة الملح من محلول البروتين.

  1. املأ مركز الدوران بما يصل إلى 4 مل من عينة البروتين.
  2. ضع مركز الدوران في جهاز طرد مركزي مبرد.
  3. الطرد المركزي عند 5,000 × جرام عند 10 درجات مئوية لمدة 30 دقيقة، أو حتى يتم تحقيق تقليل الحجم المطلوب (مثل تركيز 30×).
  4. قم بإزالة مركز الدوران من جهاز الطرد المركزي واسترج العينة المركزة من أسفل الغرفة المحفوظة باستخدام ميكروبايبت. لضمان استعادة جيدة، توقع استرداد ~150 ميكرولتر مركزي من إجمالي 850 ميكرولتر من عينة بروتين.
    ملاحظة: تأكد من أن الغشاء لا يجف أثناء الطرد المركزي للحفاظ على سلامة البروتين وكفاءة التعافي.

4. إزالة الأملاح وتبادل المخزن

  1. تخلص من الفلترة من الحجرة السفلية للمركز.
  2. أعد تعبئة أنبوب الطرد المركزي بحجم متساو يبلغ 50 ملليمولار من مخزن بيكربونات الأمونيوم (رقم الهيدروجينات 7.2-7.4). (على سبيل المثال، إذا كان المخزن 150 ميكرولتر، أضف 150 ميكرولتر من المخزن المؤقت)
  3. يتم استخدام الطرد المركزي مرة أخرى عند 5,000 × جرام عند 10 درجات مئوية حتى يتم الوصول إلى التركيز الأصلي.
  4. كرر عملية تبادل المخزن ثلاث مرات لإزالة حوالي 99٪ من الملوثات الجزيئية الصغيرة مثل الأملاح أو اليوريا.
  5. تركز عينات البروتين عن طريق تجفيفها بالتجميد باستخدام جهاز تفريغ سريع (speed vacuum liophilizer).
    ملاحظة: قم بضبط عدد الدورات بناء على درجة إزالة الملح المطلوبة للتطبيقات اللاحقة.

5. قياس كمية البروتين باستخدام اختبار حمض البيسينشونيك (BCA)

ملاحظة: تم تحديد تركيز البروتين في العينات باستخدام اختبار بروتين BCA، مع ألبومين مصل البقر (BSA) كمعيار قياسي. اختبار BCA هو طريقة لونية متوافقة مع المغسلات تعتمد على حمض البيسينكونينيك لاكتشاف وقياس البروتين الكلي. يعتمد على اختزال Cu²⁺ إلى Cu⁺ بواسطة البروتينات في بيئة قلوية (تفاعل البيوريت)، يليه الكشف اللوني الحساس والانتقائي للأيون النحجي (Cu⁺) باستخدام مادة تحتوي على حمض البيسينكونينيك. ينتج الاختبار مركبا بنفسجيا اللون يتكون من خلب أيون حبي واحد مع جزيئين من BCA. ينتج اختبار BCA استجابة خطية ومتسقة مع BSA، مما يضمن مرجعا قياسيا موثوقا للمنحنى. على الرغم من أنه معروف أن البروتينات المختلفة تعطي استجابات مختلفة في اختبار BCA، فإن استخدام BSA يوفر كمية نسبية قابلة للتكرار عبر عينات متنوعة. نظرا لأن هدفنا كان التطبيع لحمل البروتين المتساوي بدلا من القياس المطلق لكل نوع، قدمت المعايرة المعتمدة على BSA النهج الأكثر قوة وقابلية للتكرار.

  1. الإجراءات
    1. أضف 25 ميكرولتر من كل معيار BSA (نطاق العمل 20-2000 ميكروغرام/مل) وعينة البروتين غير المعروفة إلى آبار مخصصة من صفيحة تحتوي على 96 بئرا.
    2. أضف 200 ميكرولتر من مادة BCA العاملة إلى كل بئر.
    3. اخلط جيدا باستخدام هزاز ميكروبليت لمدة 30 ثانية.
    4. غط الطبق وحضن على حرارة 37 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة.
    5. ارفع الطبق إلى درجة حرارة الغرفة.
    6. قس الامتصاص عند 562 نانومتر باستخدام قارئ ميكروبلايت.
  2. تحليل البيانات
    1. اطرح متوسط امتصاص الفراغ (البروتين الصفري) من جميع قيم الامتصاص العينة والقياسية.
    2. رسم منحنى قياسي للامتصاص مقابل تركيز BSA (ميكروغرام/ميكرولتر).
    3. استخدم معادلة الانحدار من المنحنى لحساب تركيزات البروتين في عينات غير معروفة.

6. تطبيع تركيز البروتين

  1. الإجراءات
    1. قياس تركيز البروتين في كل عينة بلازما باستخدام طريقة قياس مناسبة.
    2. سجل تركيز وحجم كل عينة.
    3. جهز محلول بيكربونات الأمونيوم بسعة 50 ملليمول (درجة الحموضة 7.8) كمخفف.
    4. حساب التخفيف المطلوب باستخدام الصيغة C₁V₁ = C₂V₂.
    5. بالنسبة لعينة بتركيز 1.3 ملغ/مل وحجم 100 ميكرولتر، احسب الحجم النهائي المطلوب للوصول إلى 1 ملغ/مل: [V₂ = \frac{1.3 \ضرب 100}{1} = 130\ \mu L]
    6. احسب حجم المخزن المؤقت الذي يجب إضافته عن طريق طرح الحجم الابتدائي من الحجم النهائي: حجم المخزن = 130 ميكرولتر − 100 ميكرولتر = 30 ميكرولتر.
    7. أضف 30 ميكرولتر من بيكربونات الأمونيوم 50 ملليمولار (رقم الهيدروجينات 7.8) إلى عينة البلازما بسعة 100 ميكرولتر.
    8. اخلط العينة بلطف عن طريق استخدام الماصات أو الدوامة القصيرة.
    9. تأكد أن الحجم النهائي هو 130 ميكرولتر عند تركيز معياري 1 ملغ/مل.
    10. تابع تحضير عينات البروتيوميك في المراحل اللاحقة.
      ملاحظة: تأكد من ضبط التركيز بدقة عن طريق حساب عامل التخفيف المطلوب بناء على نتائج اختبار BCA. يتم التحقق من صحة كل خطوة، ويتم تقديم البيانات كبيانات تكميلية (الجدول التكميلي 1).

7. تحضير العينة والهضم التريبتيكي

  1. تقليل البروتين
    1. أضف عامل اختزال مناسب (مثل 1,4-ديثيوثرايتول [DTT]) إلى محلول البروتين في مخزن بيكربونات الأمونيوم بتركيز نهائي يبلغ 100 ملليمتر.
    2. حضن الخليط على حرارة 60 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة في خلاط حراري أو كتلة تسخين.
      تحذير: DTT مهيج ويجب التعامل معه بالقفازات داخل غطاء بخار.
      ملاحظة: تم توفير معلومات إضافية حول التربسين المستخدم في الهضم في جدول المواد. باختصار، تم استخدام التربسين المعالج بدرجة التسلسل توسيل فينيل ألانيل كلوروميثيل كيتون (TPCK) (للقضاء على النشاط الكيميائي) لضمان خصوصية عالية للانقسام عند بقايا الليسين والأرجينين. تم التحقق من نشاط الإنزيم بناء على مواصفات الشركة المصنعة، والتي تتوافق مع نشاط N-Benzoyl-L-Arginine Ethyl Ester (BAEE) بحوالي وحدة واحدة لكل ملغ من البروتين. فيما يتعلق بتركيزات DTT وأسيتاميد اليودو (IAA)، نؤكد أن تركيزات 100 ملليمول DTT و200 ملليمول IAA تشير إلى المحاليل المخزنة، وليس التركيزات النهائية المستخدمة في التفاعل. كانت تركيزات العمل النهائية أثناء الاختزال والسكلية ضمن النطاق القياسي (عادة 5-10 مللي مولار DTT و10-20 ملليمولار IAA على التوالي).
  2. تكيلة بقايا السيستين
    1. اترك العينة تبرد في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق بعد التقليل.
    2. استخدم جهاز طرد مركزي لفترة وجيزة لجمع المكثفات في أسفل الأنبوب.
    3. أضف 200 ملليمول IAA المحضر في محلول بيكربونات الأمونيوم (ABC) بحجم 50 ملليمول لألكيل بقايا السيستين المختزلة.
    4. حضن العينة في الظلام ودرجة حرارة الغرفة لمدة 30 دقيقة لمنع تدهور IAA.
      ملاحظة: يودوأسيتاميد حساس للضوء وقد يكون ساما؛ تجنب التعريض وتعامل مع الإضاءة الخافتة.
  3. الهضم الإنزيمي
    1. تحضير تريبسين معدل بدرجة التسلسل في مخزن ABC بسعة 50 مللي مول قبل الاستخدام مباشرة.
    2. أضف تريبسين إلى كل عينة بنسبة تربسين إلى بروتين 1:25 (بالأضواء إلى الوزن).
    3. حضن التفاعل عند 37 درجة مئوية لمدة 17 ساعة للسماح بهضم إنزيمي كامل.
      ملاحظة: قد يؤدي فترات الهضم الطويلة إلى فرط الهضم؛ ضمان استقرار درجة الحرارة طوال فترة الحضانة.
  4. إخماد التفاعل
    1. توقف التفاعل الإنزيمي بإضافة حمض الفورميك إلى كل عينة لتحقيق تركيز نهائي يبلغ 1.0٪ (v/v).
    2. حضن على حرارة 37 درجة مئوية لمدة 20 دقيقة لإزالة الطبيعة المتبقية من التربسين وتثبيت خليط الببتيد.
      تحذير: حمض الفورميك مسبب للتآكل؛ استخدم معدات الحماية الشخصية المناسبة (PPE) واعمل في غطاء بخار كيميائي.
  5. استعادة الببتيدات
    1. قم بعمل طرد مركزي على خليط الببتيدات المهضوم على حرارة 3500 جرام لمدة 12 دقيقة في درجة حرارة الغرفة لإزالة المواد غير القابلة للذوبان.
    2. انقل بعناية المادة الشفافة التي تحتوي على الببتيدات المهضومة إلى قوارير الأخذ التلقائي دون الإزعاج بالحبيبات.
    3. تخزين المحاليل الببتيدية عند -20 درجة مئوية حتى تحليل LC-MS/MS إضافي.
  6. التحضير لتحليل LC-MS
    1. تحميل عينات الببتيدات مباشرة على نظام LC-MS المزود بحركة الأيونات لفصل الببتيدات وتحليلها.
    2. تأكد من أن جميع القوارير مغلقة بشكل صحيح لمنع التبخر والتلوث.

8. تحليل MS-MS في LC

  1. تحميل الببتيدات وإزالة الملح
    1. تحميل 1 ميكروغرام من عينة الببتيد في حلقة عينة في وضع حقن الحلقة الجزئية.
    2. إزالة الملوحات من الببتيدات باستخدام عمود فخ من C18 عن طريق الغسل بمذيب مائي يحتوي على 0.1٪ حمض الفورميك بمعدل تدفق 15 ميكرولتر/دقيقة لمدة دقيقة واحدة.
      ملاحظة: استخدم ماء يحتوي على 0.1٪ حمض الفورميك كمذيب A والأسيتونيتريل مع 0.1٪ حمض الفورميك كمذيب B طوال فترة التشغيل.
  2. فصل الببتيدات
    1. ربط عمود الفخ بشكل متوازي مع عمود C18 تحليلي معكوس الطور.
    2. الببتيدات الإلوت تستخدم تدرج خطي من 3٪ إلى 40٪ مذيب B خلال 55 دقيقة بمعدل تدفق 300 نانولتر/دقيقة.
    3. اشطف العمود بمذيب B بنسبة 80٪ لمدة 7.5 دقيقة لإزالة المكونات المتبقية.
    4. أعد توازن العمود مع 3٪ مذيب B قبل الحقن التالي.
    5. حافظ على فرن العمود عند 35 درجة مئوية وجهاز السامبلر التلقائي عند 4 درجات مئوية أثناء التشغيل.
      ملاحظة: أضف حقن فارغة بين العينات لتقليل الانتقال.
  3. إعدادات اكتساب مطيافية الكتلة
    1. تحليل الطيف الكتلي للببتيدات المائلة
      1. قم بإعداد نظام UPLC وربطه مباشرة بجهاز مايكروسوفت عالي الدقة.
      2. تحكم في النظام باستخدام برنامج مايكروسوفت.
      3. تأكد من أن مطياف الكتلة مهيأ كجهاز هجين بين الحركة الرباعية الأيونية والتسارع المتعامد ووقت الطيران (oa-TOF).
      4. تحقق من أن جميع وصلات النيتروجين وغاز الرش بالقفل آمنة وخالية من التسرب قبل بدء التشغيل.
        تحذير: التعامل مع الوصلات عالية الجهد والغازات المضغوطة وفقا لمعايير السلامة المختبرية.
    2. إعداد التأين
      1. تشغيل مطياف الكتلة في وضع التأين الكهربائي الموجب (ESI) باستخدام مصدر أيونات الرش الكهربائي المزدوج.
      2. اضبط جهد النانو-ESI الشعري على 3.4 كيلوفولت.
      3. اضبط جهد مخروط العينة إلى 40 فولت وجهد مخروط الاستخراج إلى 4 فولت.
      4. اضبط تدفق غاز النيتروجين في مطياف حركة الأيونات (IMS) إلى 90 مل/دقيقة.
      5. افحص استقرار الرش وتأكد من ثبات تيار الأيونات قبل المتابعة.
    3. فصل حركة الأيونات
      1. اضبط ارتفاع نبضة دليل الأيونات IMS إلى 40 فولت أثناء إرسال الأيونات.
      2. اضبط سرعة دليل الأيونات IMS إلى 800 م/ث.
      3. قم بزيادة ارتفاع الموجة المتحركة خطيا من 8 فولت إلى 20 فولت خلال دورة IMS كاملة لتحقيق فصل الأيونات الأمثل من خلال الحركة.
        تحذير: ضمان تدفق غاز IMS مستقر للباطن؛ قد تؤثر التقلبات على فصل الأيونات وقابلية تكرار زمن الانجراف.
    4. معايرة كتلة القفل
      1. معايرة محلل زمن الطيران (TOF) باستخدام محلول يوديد الصوديوم (NaI) بقوة 2 ميكروغرام/ميكرولتر.
      2. اضبط نطاق المعايرة لاكتشاف الأيونات بين 50 م/ز و2000 م/ز.
      3. احصل على أطياف مرجعية للكتلة القفل كل 45 ثانية باستخدام قناة مصدر أيونات الرش الكهربائي المزدوج لتصحيح الكتلة في الوقت الحقيقي.
      4. تحقق من أن منحنى المعايرة يحقق دقة كتلة ضمن ±5 جزء في المليون قبل الانتقال إلى جمع البيانات.
  4. جمع البيانات
    1. جمع البيانات في وضع الاستمرارية، بالتناوب بين وظيفتين:
      1. الدالة 1 (MS منخفضة الطاقة): تسجيل أطياف الأيونات الأولية منخفضة الطاقة.
      2. الوظيفة 2 (HDMSE عالي الطاقة): تسجيل أطياف أيونات الشظايا عند طاقة تصادم مرتفعة مع فصل حركة الأيونات.
    2. في الدالة 2، اضبط طاقة التصادم في منطقة الفخ إلى 4 إلكترون فولت.
    3. زيادة طاقة التصادم في منطقة الانتقال من 20 إلكترون فولت إلى 45 إلكترون فولت لتحقيق تجزئة ببتيدات مسيطر عليها.
    4. اضبط زمن الاستحواذ الطيفي لكل دالة على 0.9 ثانية وتأخر المسح الداخلي إلى 0.024 ثانية.
    5. راقب كروماتوجرام الأيون الكلي (TIC) للتأكد من استجابة الجهاز المتسقة طوال فترة التشغيل.
    6. استيراد البيانات الخام إلى برامج تحليل البروتيوميات (مثل Progenesis QI أو ما يعادلها).
    7. محاذاة الكروماتوغرامات عبر المراحل باستخدام مرجع المحاذاة الافتراضي أو تشغيل مرجعي مختار يدويا.
    8. حدد الببتيدات والبروتينات باستخدام قاعدة بيانات منسقة (مثل UniProt Human - مدخلات مراجعة فقط).
    9. حدد معايير البحث التالية:
      الإنزيم: تريبسين
      تعديل ثابت: الكارباميدوميثلة (C)
      تعديل متغير: أكسدة (M)
      تحمل الببتيدات: وفقا لدقة الجهاز
      القطع المفقودة المسموح بها: 1
      معدل الاكتشاف الكاذب (FDR): ≤ 1٪
    10. قم بإجراء التطبيع باستخدام طريقة التطبيع لجميع البروتينات .
    11. تطبيق عتبات الترشيح: ≥2 ببتيد لكل بروتين، ≥1 ببتيد فريد، تغير الطي ≥1.5، وقيمة p المعدلة <0.05.
      ملاحظة: هذه إرشادات عامة لسلامة المختبرات - اتبع دائما لوائح الصحة والسلامة البيئية (EHS) الخاصة بالمؤسسة والمتطلبات القانونية المحلية.
  5. مراقبة الجودة
    1. قم بإجراء فحوصات معايرة قبل وبعد التشغيل باستخدام معيار NaI لتأكيد دقة الكتلة.
    2. تأكد من أن مرجع كتلة القفل يبقى مستقرا طوال فترة التحليل.
    3. تقييم الحقن المكررة لتأكيد قابلية التكرار في زمن الاحتفاظ، ووقت الانجراف، والشدة الطيفية.
      تحذير: يوديد الصوديوم مهيج. أثناء التعامل، ارتد القفازات وتجنب الاستنشاق أو ملامسة الجلد.
      ملاحظة: راجع الملف التكميلي 1 للحصول على إرشادات حول التخلص من النفايات. اعمل دائما في بيئة باردة أو على الجليد عند التعامل مع عينات البلازما لمنع تحلل البروتين. ارتد قفازات نيتريل، ومعطف مختبر، وحماية للعين أثناء التعامل مع العينات البيولوجية والمؤثرات. قم بخطوات الطرد المركزي باستخدام جهاز طرد مركزي مبرد مسبقا إلى 4 درجات مئوية. تأكد من أن جميع أنابيب الطرد المركزي والحقن المستخدمة معقمة ومسمنة بشكل صحيح لتجنب التلوث المتبادل. استخدم دائما ماء بدرجة بروتيومية لتحضير المخازن.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تمت معالجة عينات البلازما باستخدام خرطوشة دوران لإزالة 14 بروتينا عالي الوفرة بشكل انتقائي، وهي الألبومين، IgG، IgA، الترانسفريرين، هابتوغلوبين، الأنتيتريبسين، الفيبرينوجين، ألفا2-ماكروغلوبولين، الجليكوبروتين حمض ألفا1، IgM، أبوليبوبروتين AI، أبوليبوبروتين AI، مكمل C3، وترانس ثيريتين. كانت خطوة الاستنزاف هذه حاسمة لتعزيز الكشف عن العلامات الحيوية منخفضة الوفرة في تحليل البروتينات في المراحل النهائية. تم تخفيف كل عينة بلازما (8-10 ميكرولتر)، وتصفية عبر ترشيح دوران بمقدار 0.22 ميكرومتر، وت...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

التعقيد الجوهري للبلازما كمصفوفة بيولوجية يشكل تحديا كبيرا أمام التحليل البروتيومي. النطاق الديناميكي الهائل لتركيزات البروتين، إلى جانب هيمنة بعض الأنواع ذات الوفرة العالية، يمكن أن يخفي الكشف عن البروتينات ذات الوفرة المنخفضة ذات الصلة سريريا. في هذه الدراسة الحالية، قمنا بتخفيف هذه العيوب باستخدام خط أنابيب متعدد الخطوات وموحى لتحضير العينة، صمم لإثراء البروتينات متوسطة ومنخفضة الوفرة بشكل انتقائي والحفاظ على الاتساق التحليلي عبر العينات. تم تحسين كل خطوة من سير عمل بروتيوميات البلازم...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يعلن المؤلفون عدم وجود مصالح متنافسة.

شكر وتقدير

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

المؤلفون الأوائل هم الحاصلون على زمالات SRF (زمالات البحث العليا من مجلس البحوث العلمية والصناعية CSIR) والمجلس الهندي للبحوث الطبية (ICMR) في حكومة الهند. يشكر المؤلف المراسل الدعم المالي من ICMR (رقم المشروع: 2021-13589)، كما يقدر دعم مركز اليوبيل للأبحاث الطبية. يعبر المؤلفون عن شكرهم للدكتور د. م. فاسوديفان والدكتور ب. ر. فارغيز على دعمهم وإرشادهم. يشكر المؤلفون بشكر الدعم الذي قدمته منشأة البروتيومكس الأساسية في DBT-SAHAJ للمرفق الوطني لمطيافية الكتلة، ومركز راجيف غاندي للتكنولوجيا الحيوية في تريفاندروم، كيرالا، الهند، والدكتور أرون سوريندران والدكتور عبد الجليل.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
مركز دوران وزن القطع الجزيئي بقوة 5 كيلو دالتونتقنيات أجيلينت5185 وناقص الآن؛ 5991يستخدم لتبادل المخزن وإزالة الملح؛ يحتفظ ببروتينات تزيد عن 5 كيلو دالتون
بيكربونات الأمونيوم (ABC)سيغما ألدريتشرقم التصنيف: T6567يستخدم للهضم التريبتي
المخزن A Equil/Load/Wash تقنيات أجيلينت5185-5987
Buffer B Elution تقنيات أجيلينت5185-5988
جهاز طرد مركزي رائعجهاز الطرد المركزي المبرد CPR-30 Plusلا يوجديستخدم في طرد عينات البروتين عند درجات حرارة منخفضة
DTTسيغما ألدريتش  CASNo: 3483-12-3يستخدم للهضم التريبتي
الجهاز الكهربائيبيو راد1658004يستخدم لصفحة SDS
IAAسيغما ألدريتشرقم CAS: 144-48-9يستخدم للهضم التريبتي
IMS T-Wave  المياهhttps://www.waters.com/content/dam/waters/en/library/white-papers/2012/water-whitepapers-Triwav
eMoreCompleteCharacterization of Mi
xturesandMolecules-720004176.pdf		فصل حركة الأيونات (IMS)
قارئ Infinite M Plex متعدد الأوضاعتيكانقارئ متعدد الألواح
نظام LC-MSالمياهhttps://www.waters.com/nextgen/us/en/products/mass-spectrometry/mass-spectrometry-systems/liquid-chromatography-ms-systems.html
برنامج ماس لينكس 4.1 SCN781المياهhttps://www.waters.com/nextgen/us/en/products/informatics-and-software/mass-spectrometry-software/masslynx-mass-spectrometry-software.htmlبرنامج مطيافية الكتلة
خرطوشة دوران إزالة الألفة المتعددة الإنسان 14 (MARS Hu-14)تقنيات أجيلينت5188&ناقص؛ 6560يستخدم لاستنزاف 14 بروتين بلازما عالي الوفرة بما في ذلك الألبومين، IgG، IgA، الترانسفريرين، وغيرها.
نظام nanoACQUITY UPLCالمياهhttps://www.waters.com/nextgen/en/products/chromatography/chromatography-systems/acquity-uplc-m-class-system.html
نانو لوك سبرايالمياهhttps://www.waters.com/nextgen/us/en/services/instrument-services/instrument-upgrades/mass-spectrometry-ms-upgrades/nanolockspray-exact-mass-ionization-source-upgrade.html
أوبيرون FDU-7003الأوبيرونhttp://www.operon.co.kr/en/pro2-FDU.htmlمدمج الفراغ السريع
مجموعة اختبار بروتين بيرس BCAثيرمو ساينتفيك23225يستخدم لقياس تركيز البروتين باستخدام اختبار الألوان
التكوين الأولي QI للبروتيومكس  المياهV4.2 
طرد مختبر R-8C BL، دوار بزاوية ثابتة مع 12 &x؛ 15 ملريميالطرد المركزي
جهاز SYNAPT G2 عالي الدقة MSنظام HDMSE، شركة ووترزhttps://www.waters.com/content/dam/waters/en/app-notes/2009/720003057/720003057-en.pdfمطياف الكتلة رباعي الأقطاب الهجين IMS المتعامد (oa-Tof)
قارورة استرداد كاملةالمياهhttps://www.waters.com/nextgen/us/en/shop/vials-containers--collection-plates/186004631-clear-glass-12-x-32-mm-screw-neck-total-recovery-vial-preassembl.html
تريبسنسيغما ألدريتش  رقم التصنيف: T6567يستخدم للهضم التريبتي

المراجع

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Blume, J. E., et al. deep and precise profiling of the plasma proteome with multi-nanoparticle protein corona. Nat Commun. 11 (1), 3662(2020).
  2. Anderson, N. L. The clinical plasma proteome: a survey of clinical assays for proteins in plasma and serum. Clin Chem. 56 (2), 177-185 (2010).
  3. Serban, K. A., Pratte, K. A., Bowler, R. P. Protein biomarkers for COPD outcomes. Chest. 159 (6), 2244-2253 (2021).
  4. Ignjatovic, V., et al. Mass spectrometry-based plasma proteomics: considerations from sample collection to achieving translational data. J Proteome Res. 18 (12), 4085-4097 (2019).
  5. Bonaroti, J., et al. Plasma proteomics reveals early, broad release of chemokine, cytokine, TNF, and interferon mediators following trauma with delayed increases in a subset of chemokines and cytokines in patients that remain critically ill. Front Immunol. 13, 1038086(2022).
  6. Omenn, G. S., et al. Overview of the HUPO Plasma Proteome Project: results from the pilot phase with 35 collaborating laboratories and multiple analytical groups, generating a core dataset of 3020 proteins and a publicly-available database. Proteomics. 5 (13), 3226-3245 (2005).
  7. Ellis, M. J., et al. Connecting genomic alterations to cancer biology with proteomics: the NCI Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium. Cancer Discov. 3 (10), 1108-1112 (2013).
  8. Geyer, P. E., et al. Plasma proteome profiling to detect and avoid sample-related biases in biomarker studies. EMBO Mol Med. 11 (11), e10427(2019).
  9. Gawor, A., Bulska, E. A standardized protocol for assuring the validity of proteomics results from liquid chromatography-high-resolution mass spectrometry. Int J Mol Sci. 24 (7), 6129(2023).
  10. Tsantilas, K. A., et al. A framework for quality control in quantitative proteomics. J Proteome Res. 23 (10), 4392-4408 (2024).
  11. Malmström, E., et al. Large-scale inference of protein tissue origin in gram-positive sepsis plasma using quantitative targeted proteomics. Nat Commun. 7 (1), 10261(2016).
  12. Gillet, L. C., et al. Targeted data extraction of the MS/MS spectra generated by data-independent acquisition: a new concept for consistent and accurate proteome analysis. Mol Cell Proteomics. 11 (6), (2012).
  13. Anderson, N. L., Anderson, N. G. The human plasma proteome: history, character, and diagnostic prospects. Mol Cell Proteomics. 1 (11), 845-867 (2002).
  14. Das, S., Adiody, S., Varghese, J., Vanditha, M., Maria, E., John, M. Exploring the novel duo of Reticulocalbin and Sideroflexin as future biomarker candidates for exacerbated chronic obstructive pulmonary disease. Clin Proteomics. 21 (1), 10(2024).
  15. Mohan, V., et al. Myosin Light Chain 12b and MASP1 as novel biomarker candidates in active juvenile idiopathic arthritis─a combined proteomics/bioinformatics approach. J Proteome Res. 24 (3), 1439-1448 (2025).
  16. Bellei, E., et al. High-abundance proteins depletion for serum proteomic analysis: concomitant removal of non-targeted proteins. Amino Acids. 40 (1), 145-156 (2011).
  17. Tu, C., et al. Depletion of abundant plasma proteins and limitations of plasma proteomics. J Proteome Res. 9 (10), 4982-4991 (2010).
  18. Zolotarjova, N., et al. Differences among techniques for high-abundant protein depletion. Proteomics. 5 (13), 3304-3313 (2005).
  19. Huang, C. S., et al. Multiplexed cancer biomarker detection using quartz-based photonic crystal surfaces. Anal Chem. 84 (2), 1126-1133 (2012).
  20. Cañas, B., et al. Trends in sample preparation for classical and second-generation proteomics. J Chromatogr A. 1153 (1-2), 235-258 (2007).
  21. Izquierdo-Sandoval, D., et al. Benefits of ion mobility separation in GC-APCI-HRMS screening: from the construction of a CCS library to the application to real-world samples. Anal Chem. 94 (25), 9040-9047 (2022).
  22. Katayama, T., Sawada, J., Takahashi, K., Yahara, O., Hasebe, N. Meta-analysis of cerebrospinal fluid neuron-specific enolase levels in Alzheimer's disease, Parkinson's disease, dementia with Lewy bodies, and multiple system atrophy. Alzheimers Res Ther. 13 (1), 163(2021).
  23. Soni, R. K. Frontiers in plasma proteome profiling platforms: innovations and applications. Clin Proteomics. 21 (1), 43(2024).
  24. Gold, L., Walker, J. J., Wilcox, S. K., Williams, S. Advances in human proteomics at high scale with the SOMAscan proteomics platform. New Biotechnol. 29 (5), 543-549 (2012).
  25. Assarsson, E., et al. Homogenous 96-plex PEA immunoassay exhibiting high sensitivity, specificity, and excellent scalability. PLoS One. 9 (4), e95192(2014).
  26. Desaire, H., Go, E. P., Hua, D. Advances, obstacles, and opportunities for machine learning in proteomics. Cell Rep Phys Sci. 3 (10), 100947(2022).
  27. Shoaib, A. S., Nishat, N., Raasetti, M., Arif, I. Integrative machine learning approaches for multi-omics data analysis in cancer research. Int J Health Med. 1, 26(2024).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه

طلب إذن

الوسوم

LC MS MS
الفيديو قريباً

مقالات ذات صلة