الموافقة والأخلاقيات والموافقة على المشاركة
تم تنفيذ جميع تصاميم التجارب الحيوانية بدقة وفقا لإجراءات إدارة الحيوانات المختبرية في مقاطعة نينغشيا، وتمت الموافقة عليها من قبل لجنة الأخلاقيات في مستشفى الشعب في منطقة نينغشيا هوي ذاتية الحكم، جامعة نينغشيا الطبية.
تصميم الدراسة
بحثت هذه الدراسة في العلاقات السببية بين 1400 ناتج بلازما وATI باستخدام منهجية MR من عينتين. لضمان صحة التخمين الداخلي في الاستدلال السببي، يجب تحقيق ثلاثة افتراضات حاسمة: (1) التنوع الجيني مرتبط مباشرة بالتعرض للاهتمام؛ (2) لا يختلط الاختلاف الجيني بسبب عوامل محتملة بين التعرض والنتيجة؛ و(3) يؤثر التباين الجيني على النتيجة حصريا من خلال التعرض وليس عبر مسارات بديلة.
مصادر بيانات GWAS ل ATI
تم الحصول على بيانات دراسة الارتباط الجينومي الواسع (GWAS) حول ATI من مشروع IEU-OpenGWAS (https://gwas.mrcieu.ac.uk/)، باستخدام مجموعة البيانات ebi-a-GCST90018895 تحديدا. شمل تحليل GWAS 357,658 فردا من أصول أوروبية، منهم 7,746 حالة و349,912 حالة ضابطة. وبعد إجراءات مراقبة الجودة، تم تحديد ما مجموعه 19,072,056 تعدد أشكال للنوكليوتيد الواحد (SNPs). شملت إجراءات مراقبة الجودة إزالة SNPs ذات تكرار الأليل البسيط<0.01، وتوازن هاردي-وينبرغ P<1×10-⁶، ومعدل استدعاء النمط الجيني <0.95. تم تقييم التصنيف السكاني باستخدام تحليل المكونات الرئيسية، وتم حساب عامل التضخم الجيني (λ) لتقييم التحيز المنهجي.
مصادر بيانات GWAS لمستقلبات البلازما
تتضمن مجموعة بيانات عوامل التعرض بيانات GWAS ل 1,400 من استقلاب البلازما، تتكون من 1,091 مستوى مستقلبات و309 نسب مستقلبات، كما هو موضح في قاعدة بيانات GWAS (https://www.ebi.ac.uk/gwas/studies/GCST90199621-90201020). اقتصرت تحليلات الرنين المغناطيسي على الأفراد من أصول أوروبية. المعلومات التفصيلية حول مجموعة البيانات متوفرة في المواد التكميلية، الجدول S1.
اختيار الوريديات
في تحديد المحاليل الوريدية، تم تحديد عتبة الدلالة الإحصائية ل19,072,056 SNP المرتبطة باستيتابوليت البلازما عند P < 1 × 10-5. لضمان استقلالية التحليلات، تم تجميع SNPs باستخدام عتبات r2 = 0.001 وكيلوبيس (kb) = 10,000، مع استبعاد 19,037,213 SNP مع r2 > 0.001 وkb < 10,000 لإلغاء تأثيرات اختلال التوازن المحتملة (LD). تم استبعاد SNPs التي كانت قيمها الإحصائية F < 10 من التحليلات الإضافية بسبب تنوعها العالي، بينما تم الاحتفاظ ب 34843 SNP استوفى المعايير كIVs صالحة.
الحيوانات وتصميم التجارب
أجريت جميع التجارب على الحيوانات وفقا لإجراءات إدارة الحيوانات المختبرية في مقاطعة نينغشيا وتمت الموافقة عليها من قبل لجنة الأخلاقيات في مستشفى الشعب في منطقة نينغشيا هوي ذاتية الحكم، جامعة نينغشيا الطبية. تم شراء فئران BALB/c الذكور (عمرها 8 أسابيع، درجة SPF) من مختبر نهر بكين لتقنية الحيوانات المحدودة (بكين، الصين). تم تأقلم الفئران لمدة أسبوع في بيئة محكمة (درجة الحرارة 23 ± 1°C، الرطوبة 60 ± 10٪)، مع إمكانية الوصول المجاني إلى الطعام والماء القياسيين، ودورة ضوء 12 ساعة و12 ساعة ظلام. بعد التكيف، تم إنشاء نموذج لإصابة وتر الفأر. بعد شق جلدي طولي، تم كشف وتر أخيل الأيسر وأجري قطع عرضي كامل السماكة بشكل موحد في منتصف الوتر باستخدام مقص جراحي دقيق. تم إصلاح الوتر فورا باستخدام غرز 6-0 غير قابلة للامتصاص تحت المجهر المجسم. مباشرة بعد الجراحة، أجري تصوير بالأشعة السينية للتحقق من نجاح تأسيس نموذج الفأر ATI. وفي الوقت نفسه، تم التقاط صور بالأشعة السينية لمجموعة التحكم تحت ظروف تخدير متطابقة لتكون أداة تحكم فارغة28. أجريت جميع الإجراءات تحت تخدير عام محفز عن طريق حقن الصوديوم بنتوباربيتال داخل الصفاق (50 ملغ·كجم-1)، وتم توفير بوبرينورفين (0.05 ملغ·كجم-1، تحت الجلد) كل 12 ساعة لمدة 48 ساعةو29 ساعة. عند التحريض الناجح للنموذج، تم توزيع الفئران عشوائيا إلى المجموعات التالية: مجموعات الضابطة، والنموذج، والمجموعات العلاجية التي تلقت Dih بجرعات منخفضة (10 ملغ·كغ-1، LD-Hyd)، ومتوسطة (30 ملغ·كغ-1، MD-Hyd)، وعالية (50 ملغ·كغ-1، HD-Hyd). حساب حجم العينة: استنادا إلى بيانات أولية تظهر تحسنا بنسبة 40٪ في درجات الشفاء مع علاج المستقلبات (SD = 15٪)، تم تحديد أن n = 6 فئران لكل مجموعة ستوفر 80٪ قوة لاكتشاف هذا الفرق عند α = 0.05 (ذيلين). تم إجراء العشوائية باستخدام أرقام عشوائية مولدة بالحاسوب بواسطة باحث أعمى عن تخصيص المجموعات. أجريت الإجراءات التجريبية وتقييمات النتائج بواسطة باحثين كانوا أعمى عن تعيينات المجموعة30.
صبغة الهيماتوكسيلين وإيوزين (HE)
في اليوم السابع بعد العلاج، تم إعدام الفئران تحت تخدير عميق ناتج عن حقن الصوديوم بنتوباربيتال داخل الصفاق (100 ملغ·كجم-1)، مما ضمن فقدان ردود الفعل الكاملة قبل جمع الأنسجة وفقا لذلك. تم جمع ومعالجة نسيج وتر أخيل المصاب، بما في ذلك جزء صغير من الأنسجة الرخوة المحيطة، بعناية. تم استئصال قطعة جلدبحجم 15 مم 2 مركزة حول وتر أخيل. تم تثبيت عينات الجلد في محلول بارافورمالديهايد بنسبة 4٪ في درجة حرارة الغرفة لمدة 48 ساعة، تلاها عملية الجفاف، ودمج البارافين، وتقسيم 5 ميكرومتر. تم تقييم الخصائص الهيكلية لجلد الجرح، وتكوين الأنسجة الحبيبية، وتسلل الخلايا الالتهابية باستخدام تلوين H&E. للتقييم الأنسيجي، تم إزالة بارافين الأجزاء في الزيلين (2 × 10 دقائق)، وأعيد ترطيبها عبر الإيثانول الدرج (100٪، 95٪، 85٪، و75٪، 5 دقائق لكل منها)، وشطفها بالماء المقطر. تم صبغ الشرائح بهيماتوكسيلين هاريس لمدة 5 دقائق، وشطفها بماء الصنبور الجاري لمدة 5 دقائق، ثم تم تمييزها بكحول حمضي بنسبة 1٪ لمدة 10 ثوان، وصبغت بماء أمونيا بنسبة 0.2٪ لمدة 30 ثانية. بعد الغسيل، تم تلوين الأجزاء ب 0.5٪ إيوزين لمدة دقيقتين، تلتها الجفاف، والتنظيف والتثبيت. موثوقية التقييم الأنسيجي: لضمان دقة القياس، تم تقييم 20٪ من العينات المختارة عشوائيا بشكل مستقل بواسطة مراقبين أعمىين. تم تقييم موثوقية المقيمين باستخدام معامل الارتباط داخل الفئة (ICC). كان مؤشر ICC لتنظيم الكولاجين 0.89 (فاصل الثقة 95٪: 0.81-0.94)، وللتنكس النسجي 0.92 (فاصل الثقة 95٪: 0.86-0.96)، وللتسريب الالتهابي للخلايا 0.87 (فاصل الثقة 95٪: 0.78-0.93)، مما يشير إلى موثوقية ممتازة. تم تقييم موثوقية التقييم داخل المقيم من خلال إعادة تقييم 15٪ من العينات بعد فترة أسبوعين، مما أعطى قيم ICC > 0.85 لجميع المعلمات31.
تحليل البقع الغربية
تم تحليل تعبير البروتين بواسطة ويسترن بلوت. تم إجراء قياس البروتين باستخدام مجموعة اختبار تركيز بروتين BCA. تم فصل كميات متساوية من البروتين بواسطة الرحلان الكهربائي الهلام الدوديسيل كبريت-بولي أكريلاميد الصوديوم بنسبة 10٪ (SDS-PAGE) ونقلها إلى غشاء نيتروسيلولوز. تم حجب الغشاء لمدة ساعة واحدة مع حليب خالي الدسم بنسبة 5٪ في محلول ملحي مخزن بتقنية تريس يحتوي على 0.1٪ Tween-20 في درجة حرارة الغرفة. تم حضان الأغشية طوال الليل عند 4°C مع الأجسام المضادة الأولية ل VEGFA (1:1000، ab46154)، TGF-β1 (1:1000، 21898-1-AP)، IL-6 (1:1000، 26404-1-AP)، وTNF-α (1:1000، 17590-1-AP). بعد ثلاث غسلات باستخدام PBS، تم حضن الأغشية بأجسام مضادة ثانوية (1:5000) لمدة 90 دقيقة في درجة حرارة الغرفة. تم تصور أشرطة البروتين باستخدام مجموعة الركيزة الكيميائية المضيئة ECL (انظر جدول المواد للتفاصيل) وفقا لبروتوكول الشركة المصنعة وتحليلها باستخدام برنامج ImageJ (الإصدار 1.8؛ المعاهد الوطنية للصحة). تم استخدام GAPDH (10494-1-AP) كوحدة تحكم في التحميل.
التحليل الإحصائي
تم إجراء تحليلات إحصائية باستخدام برنامج R Studio. تم استخدام حزم TwoSampleMR وIEUGWASR R لاستخراج بيانات التعرض وفحص الوريدات الوريدية الصالحة، بما في ذلك التجمع (r² < 0.001، حجم النافذة = 10,000 كيلوبايت)، وتنسيق الأليلات، وحساب إحصائيات F (F = β²_exposure/SE²_exposure). لتحليلات الرنين المغناطيسي وتحليل الرنين المغناطيسي العكسي، استخدمنا حزم VariantAnnotation وgwasglue وTwoSampleMR، التي سهلت اختبارات الاستدلال السببي والحساسية القوية. أجريت دراسة بالرنين المغناطيسي على عينتين لدراسة الصفات المرتبطة باستيض البلازما. تم استخدام خمسة أساليب تحليلية مميزة: الوزن العكسي للتباين (IVW)، MR-Egger، الوسيط المرجح (WM)، الوضع البسيط، والنمط الموزون. تم تحديد النتائج الأولية باستخدام طريقة IVW، مع تحديد الدلالة الإحصائية عند P < 0.01. تحدد طريقة IVW أوزانا لتقليل تأثير التباين، مما يوفر تقديرات تأثير أكثر دقة. تم استخدام الانحدار MR-Egger لتقييم الظاهرة التي تؤثر فيها الجينات على عدة صفات، حيث تم تقييم التنوع المتعدد الأفقي بواسطة قيمة P للنقطة (P > 0.05)، واختبار التغاير باستخدام طريقة IVW مع إحصائية Q ل MR-Egger. لم يلاحظ وجود تباين ذي دلالة عندما > الفستوسير 0.05. تم تطبيق تصحيح متعدد الاختبارات باستخدام طريقة معدل الاكتشاف الكاذب بنجاميني-هوشبرغ (FDR)، حيث اعتبر معدل FDR < 0.05 ذا دلالة. تم قياس التباين باستخدام إحصائية كوكران Q وإحصائية I2 ، حيث أشار I2 > 50٪ إلى وجود تباين كبير. بالنسبة لقيم I2 ، تم حساب فترات ثقة بنسبة 95٪ وفقا للطريقة التي وصفها Ioannidis وآخرون. تم إجراء تحليلات الحساسية عن طريق إزالة كل SNP بشكل متسلسل لتقييم تأثير المتغيرات الفردية على النتائج العامة.
لتقييم موثوقية القياس، أجريت تحليلات اختبار وإعادة اختبار على مقاييس النتائج الرئيسية (القياس الكمية للعوامل البيضاء والتقييم النسيجي) باستخدام معاملات الارتباط داخل الفئة (ICCs). تم استخدام ICC لتقييم موثوقية الكمية والتقييم النسيجي في Western Blot (WB) بين المقيمين وداخل المقيمين. تم تفسير المعايير كما يلي: أقل من 0.50 (ضعيف)، بين 0.50 و0.75 (متوسط)، بين 0.75 و0.90 (جيد)، وفوق 0.90 (ممتاز)32. قام ثلاثة باحثين مستقلين بتقييم نفس مجموعة العينات بشكل أعمى في نقطتين زمنيتين يفصل بينهما أسبوع واحد. تراوحت مؤشرات ICC لقياس البقعة الغربية ل IL-6 وTNF-α وVEGFA وTGF-β بين 0.87 و0.93، مما يشير إلى موثوقية ممتازة. كانت معدلات ICC للتقييم النسيجي 0.85 لتنظيم الكولاجين و0.82 لتقييم الأوعية الوعائية الجديدة.