يتم توضيح سير العمل العام لهذه الدراسة في الشكل 1، الذي يوضح الخطوات المتسلسلة للبحث في الأدبيات، والتحليل الببليومتري، وتحديد الجينات المشتركة، وبناء شبكة تفاعل البروتين والبروتين، وتحليل إثراء المسارات.
استراتيجية البحث في الأدبيات
تم إجراء البحث في الأدبيات في 22 يونيو 2025 على قاعدة بيانات Web of Science (WOS) الأساسية19. اقتصر البحث على مؤشر الاستشهاد العلمي الموسع (SCI-Expanded) وفهرس الاستشهاد في العلوم الاجتماعية (SSCI)، الذي شمل المنشورات من 1 يناير 2015 حتى 31 ديسمبر 2024. مصطلحات البحث المحددة وعدد النتائج المقابلة موفرة في الجدول 1. بعد البحث الأولي، تم استبعاد أنواع الوثائق مثل ملخصات الاجتماعات، أوراق المؤتمرات، المواد التحريرية، فصول الكتب، والمنشورات التي تم سحبها. لاحقا، تم الاحتفاظ فقط بالسجلات باللغة الإنجليزية ومن نوعي "مقال" أو "مقال مراجعة" لمزيد من التحليل.
التحليل الببليومتري
يتطلب التحليل الببليومتري والتصور دعما لأدوات برمجية محددة، ويتم توفير تفاصيلها في جدول المواد. تهدف هذه الدراسة إلى بناء خريطة معرفية لمجال البحث متعدد التخصصات الذي يربط بين التهاب العضلة والتهاب المفاصل الروماتويدي. يشمل نطاق التحليل تحليل اتجاهات النشر خلال العقد الماضي، وأنماط التعاون الدولي والشبكات التعاونية، والتأثير الأكاديمي بين المؤسسات/المجلات/المؤلفين، والكلمات المفتاحية الأساسية التي تعكس نقاط البحث الساخنة، وتحليل شبكات الاستشهادات.
تم تصدير بيانات عدد المنشورات السنوي أولا من قاعدة بيانات Web of Science واستخدمت لإنشاء مخططات إحصائية توضح اتجاهات النشر. ثم تم استيراد بيانات الأدبيات المسترجعة إلى برنامج VOSviewer للتحليل: داخل وحدة "التأليف المشترك"، تم اختيار خيارات "المؤلفين" و"المنظمات" و"الدول" بشكل متسلسل لإنشاء شبكات تعاون المؤلفين، وشبكات التعاون المؤسسية، وشبكات التعاون مع الدول على التوالي؛ داخل وحدة "الاستشهاد"، تم اختيار خيار "المصادر" لإنشاء شبكات تعاون في المجلات؛ ضمن وحدة "الاستشهادات المشتركة"، تم اختيار "المصادر المستشهد" و"المؤلفون المستشهد" للحصول على شبكات التعاون في المجلات المذكورة وشبكات التعاون مع المؤلفين المستشهد. لتصوير العلاقات التعاونية الدولية بشكل أكثر بديهية، تم تحسين شبكة التعاون في الدول جماليا باستخدام برنامج Scimago Graphica لتعزيز وضوح الرؤية وقابلية التفسير20.
تم إجراء تحليل نقاط الجذب للكلمات المفتاحية والمصطلحات الموضوعية متعددة التخصصات باستخدام برنامج CiteSpace21. تم اختيار خوارزمية باثفايندر لتقليم الشبكة، مع تحديد الفترة الزمنية من يناير 2015 إلى ديسمبر 2024، مقسمة إلى فترات زمنية شهرية. تم تكوين نوع العقدة ك "كلمة مفتاحية"، مما أدى إلى خريطة تجمعية قائمة على الكلمات المفتاحية لنقاط البحث الساخنة، ومصطلحات موضوعية تمثيلية لكل عنقود، وأهم 20 كلمة مفتاحية متكررة في النقاط الساخنة. اتبع تحليل شبكة الاستشهادات سير عمل إجرائي مشابه، حيث تطلب فقط تعديل نوع العقدة إلى "مرجع مستشهد" لإتمام التحليل المقابل.
تحديد الجينات المشتركة
استنادا إلى التحليل الببليوميتري، أظهرت كلمة "التهاب العضلات" بروزا كبيرا في مجال البحث متعدد التخصصات لأمراض العضلات والتهاب المفاصل الروماتويدي. لذلك، اختارت هذه الدراسة التهاب العضلة والتهاب المفاصل الروماتويدي كموضوعات بحثية لإجراء تحليل جيني متداخل. كان الإجراء المحدد كما يلي: أولا، تم استرجاع الجينات المستهدفة المرتبطة بالتهاب العضلة والتهاب المفاصل الروماتويدي من قاعدة بيانات GeneCards22. لضمان شمولية التحليل، لم تحدد هذه الدراسة عتبة لدرجة الصلة وشملت جميع الجينات المبلغ عنها المرتبطة بالأمراض، مما أدى إلى بناء مجموعتين جينيتين متقابلتين. من خلال مقارنة هاتين المجموعتين، تم تحديد الجينات المتداخلة. تم تعريف هذه الجينات المتداخلة في النهاية بأنها "جينات مرتبطة بالأمراض المصاحبة لالتهاب المفيدوس الروماتويدي والعضلاتي" وكانت بمثابة مجموعة البيانات الأساسية للتحليلات اللاحقة.
بناء شبكة تفاعل البروتين والبروتين (PPI)
باستخدام وظيفة الاستعلام "بروتينات متعددة" في قاعدة بيانات STRING، قدمنا قائمة "جينات مرتبطة بالتهاب المفاصل الروماتويدي العضلي المصاحب" للتحليل23. تم ضبط الكائن الحي على "الإنسان العاقل" مع حد أدنى مطلوب لدرجة التفاعل ≥0.700 (ثقة متوسطة). ثم تم استيراد بيانات شبكة تفاعل البروتين والبروتين الناتجة إلى Cytoscape للعرض. من خلال تخصيص أشكال وألوان العقد عبر لوحة STYLE، تم إنشاء مخطط شبكة تفاعل البروتين والبروتين الواضح البصر.
تحليل إثراء المسارات
سير العمل المحدد لتحليل إثراء المسارات كما يلي. أولا، تم إجراء تحليل إثراء مسار موسوعة كيوتو للجينات والجينومات (KEGG) على مجموعة الجينات المشتركة باستخدام حزمة clusterProfiler في برنامج R24. تم تقييم الدلالة الإحصائية بواسطة اختبار الهيبرهندمتري الكبير، وتم تعديل قيم p لإجراء اختبارات متعددة باستخدام طريقة بنجاميني-هوشبرغ للتحكم في معدل الاكتشاف الكاذب. تم اعتبار المسارات ذات القيمة p المعدلة < 0.05 غنية بشكل كبير وتم الاحتفاظ بها لمزيد من التحليل. ثم تم استبعاد المسارات المتعلقة بأمراض بشرية محددة أو العمليات الأيضية العامة يدويا لتركيز التحليل على آليات الإشارات الأساسية. تم استيراد المسارات المصفاة والجينات المرتبطة بها لاحقا إلى برنامج Cytoscape لبناء شبكة تفاعل25. تم تطبيق خوارزمية "التخطيط العضوي في yFiles" لإنشاء هيكل هرمي واضح. تم تحسين السمات البصرية بشكل أكبر في لوحة STYLE: حيث تم تعيين شدة لون العقد حسب دلالة الإثراء، ووزن حجم العقدة بعدد الجينات الأساسية في كل مسار، ووزن سمك الحواف بمعامل تشابه جاكارد بين المسارات ليعكس درجة التداخل الجيني. في النهاية، تم الحصول على شبكة تفاعل مسار KEGG لتحليل شامل.