دراسة لعلم الأدوية الشبكي والربط الجزيئي لتركيبة تونغبي لالتهاب المفاصل العظمي

ملخص

يتنبأ هذا البروتوكول بالأهداف العلاجية المحتملة والآليات الجزيئية لتركيبة تونغبي ضد التهاب المفاصل العظمي باستخدام علم الأدوية الشبكي والربط الجزيئي.

الملخص

طبقت هذه الدراسة علم الأدوية الشبكي مع الربط الجزيئي للتنبؤ بالأهداف العلاجية المحتملة والآليات الجزيئية لتركيبة تونغبي (TBF) في التهاب المفاصل العظمي (OA). تم استرجاع المكونات النشطة والأهداف المقابلة ل TBF من قاعدة بيانات وتحليل الدواء الأنظمة للطب الصيني التقليدي، بينما تم جمع الأهداف المتعلقة بالعلاج الوظيفي من وراثة مندلي في الإنسان عبر الإنترنت، وبطاقات الجينات، وبنك الأدوية، وقاعدة بيانات الأهداف العلاجية. تم استخدام برنامج لتصوير وتحليل الشبكات لبناء شبكات التفاعل المركب–الهدف والتفاعل بين البروتين–البروتين (PPI). تم إجراء تحليلات إثراء مسارات موسوعة كيوتو للجينات والجينومات باستخدام قاعدة بيانات التعليق والتصور والاكتشاف المتكامل. تم إجراء تحليل الالتحام الجزيئي باستخدام برنامج الالتحام الجزيئي لتقييم التقارب المتوقع بين المركبات الفعالة الرئيسية والبروتينات المستهدفة الأساسية. تم تحديد ما مجموعه 47 هدفا متداخلا بين TBF وOA. أبرز تحليل شبكات PPI JUN وRELA وIL6 وMAPK1 وIL10 كأهداف محتملة للمركز. أشارت تحليلات الإثراء إلى أن TBF قد ينظم الالتهاب، وأيض الدهون، ومسارات الإشارة داخل الخلية المتعددة المرتبطة بتقدم التهاب الفواصل الهومي. أظهرت نتائج الالتحام الجزيئي متوقعا إيجابيا لارتباطات بين المركبات الفعالة الأساسية وأهداف البروتين الرئيسية المرتبطة بالتراكم الدهني. توفر هذه النتائج إطارا حسابيا لفهم الآليات المحتملة ل TBF ضد OA وتدعم المزيد من التحقق التجريبي.

المقدمة

التهاب المفاصل العظمي (OA) هو مرض التهابي تنكسي في الغضروف^{المفصلي 1}. حاليا، حوالي 58 مليون بالغ يتأثرون بالتهاب المفعول الدهني، ومن المتوقع أن يرتفع هذا العدد إلى 78.4 مليون بحلول عام 2040^. التهاب المفاصل الدهري هو سبب شائع لآلام المفاصل وضعف الوظائف حول العالم³. بسبب الألم الشديد المرتبط بالتهاب المفاصل الدهوي، غالبا ما يعاني المرضى من إعاقة كبيرة في حياتهم اليومية⁴. العمر، الجنس الأنثوي، السمنة، وتلف المفاصل هي العوامل الرئيسية لخطر التهاب المفاصل⁵. على الرغم من أن انتشار الالتهاب المفعمي مرتفع جدا وله تأثير كبير على أنظمة الرعاية الصحية، إلا أن خيارات العلاج المتاحة لا تزال محدودة⁶. يعتمد الطب الحديث عادة علاجات الأعراض مثل الأدوية المضادة للالتهابات غير الستيرويدية وواقيات الغضاريف. ومع ذلك، غالبا ما يسبب الإعطاء طويل الأمد ردود فعل سلبية، بما في ذلك تلف الجهاز الهضمي ووظائف الكبد والكلى غير الطبيعية⁷. لذلك، هناك حاجة ملحة لتطوير طرق علاج جديدة أو علاجات بديلة لالتهاب الدهون الدهني.

اكتسب الطب الصيني التقليدي خبرة واسعة في علاج التهاب المفاصل الدهني، مع التركيز على تمييز المتلازمة والتنظيم الشامل. تركيبة تونغبي (TBF) هي وصفة كلاسيكية تتكون بشكل أساسي من دانغقوي، دانشن، جيشويتنغ، هايفينغتينغ، توغوكاو، دوهو، ويلينغشيان، وشيانغفو. من منظور طب الطب الصيني التقليدي، فإن الطبيعة المرضية لالتهاب العضلات الدهني تنشأ أساسا من غزو الرياح والبرودة والرطوبة والرطوبة والركود في الطاقة والدم⁸. تم تصميم التوافق العشبي ل TBF ليتناسب مع هذه الآلية المرضية الأساسية، حيث تعمل جميع المكونات الطبية بشكل تآزري لتبدد الرياح والرطوبة، وتجريف خطوط الطول، وتعزيز الدورة الدموية، مما يتوافق مع السمات النموذجية لمتلازمة الطب الصيني التقليدي في التهاب المفاصل الدهوي. تشير التحقيقات السريرية المتزايدة إلى أن TBF المعدل قد يخفف من آلام المفاصل ويحسن الوظائف الحركية للأطراف لدى مرضى التهاب العين⁹. أظهرت ملاحظات سريرية أخرى أيضا قدرتها على تنظيم الاستجابات الالتهابية في الحالات¹⁰ من التهاب المفاصل الدهني، بينما دعم تحليل تلوي حديث قابلية تطبيقه السريرية في التدخل¹¹ لالتهاب المفعول الدهني.

يستخدم TBF تقليديا لتبديد الرياح، وفتح القنوات، وتشتيت البرد، والقضاء على الرطوبة، وتعزيز الدورة الدموية والتغذية. ومع ذلك، لا تزال الآليات المحددة التي يمارس بها TBF تأثيرات علاجية محتملة ضد التهاب الفصول الدهري غير واضحة، ولم يتم تحديد مكوناته الفعالة وأهدافه الرئيسية بعد. للتحقيق في هذه الآليات بطريقة أكثر منهجية وشمولية، استخدمنا نهج علم الأدوية الشبكي لبناء خريطة شبكة توضح العلاقات بين الأدوية والأهداف والأمراض¹². بالإضافة إلى ذلك، أجريت تحليلات إثراء جينات (GO) وموسوعة كيوتو للجينات والجينوم (KEGG) لاستكشاف الآليات الجزيئية المحتملة ومسارات الإشارات المشاركة في التأثير الدوائي ل TBF¹³. لدراسة الآليات الدوائية لوصفة طب الطب الصيني التقليدي بشكل منهجي، أنشأت هذه الدراسة سير عمل تحليلي كامل يغطي فحص المكونات الفعالة، والتنبؤ بالأهداف، وبناء الشبكة، وتحليل الإثراء الوظيفي، والربط الجزيئي. وقد تم الاعتراف بهذا الإطار البحثي كنموذج موحد وقابل للتكرار لاستكشاف الآليات الجزيئية لصيغ الطب الصيني التقليدي مقابل^{OA 14}. وقد دعمت الدراسات المنهجية القائمة بشكل أكبر العقلانية العلمية والتطبيق العملي لهذه الاستراتيجية البحثية¹⁵. بعيدا عن التوحيد القياسي المنهجي، تساعد الدراسة الحالية في تحديد الأساس المادي والأهداف التنظيمية الأساسية ل TBF في التحليل الوظيفي. بالإضافة إلى ذلك، يوفر مراجع نظرية للتطبيق السريري والتحقق التجريبي المستقبلي ل TBF، كما يوفر إطارا منهجيا قابلا للتطبيق لاستكشاف ميكانيكي وصفات أخرى للطب الصيني التقليدي.

في هذه الدراسة، استخدمنا نهج علم الأدوية الشبكي لفحص المكونات النشطة وبناء شبكة مركبة-هدف مدمجة مع جينات مستهدفة مرتبطة ب OA. تم إجراء تحليل إثراء وظيفي وربط جزيئي لاحقا للاستكشاف الميكانيكي. يدمج علم الأدوية الشبكي المعلومات البيولوجية والدوائية للتحقيق في علاقات الدواء-الهدف-المرض من منظور شامل ومتعدد الأوجه¹⁶. نعتقد أن هذا النهج قد يساعد في توضيح الآليات الدوائية المحتملة ل TBF ويوفر أساسا نظريا للأبحاث التجريبية اللاحقة. يتم عرض سير العمل في الدراسة في الشكل 1.

الشكل 1. سير عمل علم الأدوية الشبكي وتصميم دراسة الالتحام الجزيئي. نظرة عامة تخطيطية لسير العمل التحليلي المستخدم لدراسة الآليات المحتملة لتركيبة تونغبي (TBF) ضد التهاب المفاصل العظمي (OA). شمل سير العمل الفحص النشط للمركبات، والتنبؤ بالأهداف، وجمع الأهداف المتعلقة بالتسامح المفتوح، وتحليل التقاطعات، وبناء الشبكة، وتحليل تفاعل البروتين والبروتين (PPI)، وتحليل إثراء الأنطولوجيا الجينية (GO) وموسوعة كيوتو للجينات والجينومات (KEGG)، والتحقق من صحة الالتحام الجزيئي. يرجى الضغط هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

البروتوكول

لم يشارك أي من البشر أو الحيوانات الفقارية أو عينات الأنسجة في هذه الدراسة. أجريت جميع التحليلات باستخدام قواعد بيانات المعلوماتية الحيوية المتاحة للجمهور وطرق الربط الجزيئي؛ لذلك، لم تكن هناك حاجة لموافقة أخلاقية.

فحص المكونات والأهداف المقابلة ل TBF
تم البحث في جميع المكونات العشبية ل TBF، بما في ذلك دانغقوي، دانشن، جيشويتنغ، هايفينغتينغ، توغوكاو، دوهو، ويلينغشيان، وشيانغفو، في قاعدة بيانات وتحليل أنظمة طب الطب الصيني التقليدي (TCMSP) (تم الوصول إليها في يناير 2026). كانت مصطلحات البحث الدقيقة تتوافق مع الأسماء اللاتينية الموحدة لكل دواء عشبي: Angelicae Sinensis Radix (دانغغوي)، Radix Salviae (Danshen)، Spatholobus suberectus Dunn (Jixueteng)، Caulis Piperis Kadsurae (Haifengteng)، Impatiens balsamina (Tougucao)، Radix Angelicae Biseratae (Duhuo)، Radix Clematidis (Weilingxian)، وCyperi Rhizoma (شيانغفو). تم فحص المكونات الكيميائية وفقا للحدود الثابتة للتوافر الحيوي الفموي (OB) ≥ 30٪ وتشبه الدواء (DL) ≥ 0.18. تستخدم هذه القيم الحدودية على نطاق واسع في دراسات علم الأدوية الشبكي الصيني الصيني لتحديد المركبات الفعالة المتاحة حيويا وشبيهة الدواء ذات النشاط المحتمل. تم استبعاد المركبات التي تفتقر إلى قيم OB أو DL صريحة في قاعدة البيانات للحفاظ على موثوقية واتساق الفحص النشط للمركبات.

تم لاحقا استرجاع أهداف البروتين المقابلة للمركبات الفعالة التي تم فحصها من قاعدة بيانات علم الأدوية في طب الطب الصيني التقليدي. تم إجراء توحيد الجينات المستهدفة باستخدام قاعدة بيانات تعليقات البروتين العالمية (UniProt)، مع اقتصار النوع على الإنسان العاقل (تم الوصول إليه في يناير 2026). تم تحويل أسماء البروتينات الأصلية إلى رموز جينية بشرية رسمية، بينما تم استبعاد الإدخالات المستهدفة الزائدة وغير البشرية يدويا. تمت إزالة الأهداف المكررة من خلال المقارنة اليدوية والترتيب لتوليد مجموعة بيانات الأهداف النهائية ل TBF.

تحديد الأهداف المتعلقة بالتهاب المفاصل الدهني والأهداف العلاجية المحتملة ل TBF لالتهاب الفصول الدهنية
تم استرجاع الأهداف المتعلقة بالتهاب المفاصل باستخدام مصطلح البحث الدقيق "التهاب المفاصل العظمي" في قواعد بيانات الوراثة المندلية على الإنترنت (OMIM)، وGeneCards، وDrugBank، وقاعدة بيانات الأهداف العلاجية (TTD) (تم الوصول إليها في يناير 2026). تمت إزالة الأهداف المكررة التي تم الحصول عليها من قواعد بيانات مختلفة يدويا من خلال جمع البيانات والمقارنة لتوليد مجموعة بيانات الأهداف المتعلقة ب OA. بالنسبة لبطاقات الجين، تم الاحتفاظ فقط بالأهداف التي حصلت على درجة الصلة ≥ 3. الأهداف التي تم استرجاعها من OMIM وDrugBank وTTD باستخدام الكلمة المفتاحية "Osteoarthritis" لم تخضع لمعايير تصفية إضافية. تم تحديد الأهداف المتداخلة بين الأهداف المرتبطة بالمركبات النشطة والأهداف المرتبطة بالتسامح المفتوح باستخدام أداة التحليل الإلكتروني Venn 2.1.0. تم إجراء تحليل التقاطع لتحديد الأهداف العلاجية المحتملة ل TBF ضد التهاب المفاصل الدهني.

بناء شبكة TBF–المكون–الهدف
تم استيراد بيانات تفاعل المكونات والهدف إلى برنامج التصوير والتحليل الشبكي Cytoscape 3.10.2 لبناء شبكة TBF–المكون–الهدف (تم الوصول إليها في يناير 2026). في الشبكة المنشأة، كانت العقد تمثل المركبات العشبية والجينات المستهدفة، بينما تمثل الحواف التفاعلات بين المركبات النشطة والأهداف المقابلة. لتجنب التحليل المتكرر، تم دمج المركبات المكررة المشتركة بين عدة أعشاب في عقدة فريدة واحدة. تم إجراء تحليل طوبولوجي للشبكة لاحقا باستخدام قيمة الدرجة كمعامل تقييم أساسي. تم تحديد المركبات النشطة الأساسية حسب تصنيف الدرجات واختيارها كمرشحين للربط لتحليل الالتحام الجزيئي لاحقا.

بناء شبكة PPI
تم استيراد أهداف علاجية محتملة إلى قاعدة بيانات STRING PPI لتحليل PPI (تم الوصول إليه في يناير 2026). تم تقييد معامل النوع على الإنسان العاقل، وتم تعيين الحد الأدنى لدرجة ثقة التفاعل المطلوبة إلى 0.9، بينما تم الحفاظ على جميع المعلمات المتبقية في الإعدادات الافتراضية. تم تصدير بيانات التفاعل المولدة وتصويرها بشكل أكبر باستخدام برنامج التصوير والتحليل الشبكي. تم إجراء التحليل الطوبولوجي لشبكة PPI باستخدام إضافة تحليل طوبولوجيا الشبكة CytoHubba. تم حساب الدرجة، مركزية البين، ومركزية القرب لتقييم أهمية العقدة داخل شبكة التفاعل. تم تحديد البروتينات المستهدفة الأساسية بناء على الخصائص الطوبولوجية المتكاملة وتم اختيارها لتحليل الالتحام الجزيئي لاحقا. تم اعتماد خوارزمية مركزية الجماعة العظيمة لفحص أهداف المركز. تم استبعاد العقد التي لا يوجد بها شركاء متفاعلون، مما أدى إلى انخفاض عدد العقد في الشبكة النهائية مقارنة بمجموعة البيانات المستهدفة المستوردة الأصلية.

جو وكيغ
تم إجراء تحليل إثراء الوظائف GO وتحليل تخصيب مسار KEGG لدراسة الوظائف البيولوجية المحتملة ومسارات الإشارات المرتبطة بالأهداف العلاجية المحددة ل TBF ضد التهاب الفصفص الدهني. شمل تحليل GO الفئات الأنطولوجية الثلاث القياسية: العملية البيولوجية (BP)، والمكون الخلوي (CC)، والوظيفة الجزيئية (MF)، مع تعيين العملية البيولوجية كمحور رئيسي للتفسير.

تم إجراء تحليل الإثراء الوظيفي باستخدام قاعدة بيانات التعليق والتصور والاكتشاف المتكامل (DAVID) بالتعاون مع برنامج التحليل الإحصائي R (الإصدار 4.3.1؛ تم الوصول إليه في يناير 2026). تمت معالجة نتائج الإثراء وعرضها باستخدام حزمة clusterProfiler ، مع استخدام دوال dotplot وbarplot لإنشاء مخططات الإثراء. تم توضيح جميع الجينات المستهدفة على خلفية الإنسان العاقل . تم تطبيق طريقة بنجاميني-هوشبرغ لتصحيح الاختبارات المتعددة، واعتبر قيمة P المعدلة < 0.05 ذات دلالة إحصائية.

تم تصوير نتائج إثراء GO وKEGG باستخدام منصة التحليل الإلكترونية MicrobiomeAnalyst/MicrobiomeNet (تم الوصول إليها في يناير 2026). تم إنشاء مخططات شريطية ومخططات فقاعية لعرض مصطلحات GO ومسارات KEGG الأكثر ثراء بشكل ملحوظ.

الالتحام الجزيئي
تم استرجاع أسماء الجينات الرسمية ومعرفات بنك بيانات البروتين (PDB) المقابلة لأفضل الأهداف الأساسية من قاعدة بيانات التعليقات البروتينية17، وتم تحميل هياكلها البلورية ثلاثية الأبعاد من قاعدة بيانات RCSB PDB (تم الوصول إليها في فبراير 2026). لكل بروتين مستهدف، تم الاحتفاظ بالسلسلة A كبنية مستقبل، بينما تمت إزالة سلاسل البروتين الزائدة، والذرات غير المتجانسة، والأجزاء البنيوية غير المرتبطة أثناء تحضير المستقبل. تم استرجاع الهياكل ثلاثية الأبعاد للمركبات النشطة الأساسية من قاعدة بيانات PubChem (تم الوصول إليها في فبراير 2026). في هذه الدراسة، تم اختيار الكيرسيتين كرابطة الالتحام التمثيلية لأنه أظهر أعلى مركزية طوبولوجية في شبكة المكون-الهدف، وهو فلافونويد موصوف جيدا مع تأثيرات وقائية مبلغة عن الكشف عن مسببات الالتهاب الهوائي.

تم إجراء معالجة مستقبلات وروابط باستخدام برامج تحضير الالتحام الجزيئي، بما في ذلك إزالة جزيئات الماء، وإضافة ذرات الهيدروجين، ومعالجة البروتونات، وتعيين شحنة جاستايجر. تم إجراء تحليل الالتحام الجزيئي لاحقا باستخدام برنامج الالتحام الجزيئي الإصدار 1.5.7. تم تعديل أبعاد صندوق الشبكة لتشمل مناطق الارتباط المتوقعة لكل بروتين مستهدف. كان صندوق الشبكة مركزا حول جيب الربط الأصلي لكل بروتين مستهدف، بحجم موحد بين 40 أنجلوست × 40 أنغستروم × 40 أنوغروستون وتباعد شبكي 0.375 أونغروم. تم إجراء حسابات الالتحام باستخدام معامل شمولية 8، وتم توليد تسعة تشكيلات ربط مرشحة لكل زوج من الليغاند-الهدف. تم اختيار شكل الالتحام ذو أقل طاقة ارتباط متوقعة كوضعية الربط التمثيلية للتفسير الهيكلي لاحقا. لم يتم إجراء التحقق من إعادة الربط ومقارنة الليغاند الإيجابية مع التحكم في هذه الدراسة. اتبعت جميع إجراءات الالتحام وإعدادات المعلمات بروتوكولات قياسية اعتمدت عادة في أبحاث علم الأدوية الشبكي لدعم موثوقية أوضاع الربط المتوقعة. تم تصور تشكيلات الالتحام باستخدام برنامج التصور الجزيئي الإصدار 2.5.4. اعتبرت طاقة ارتباط ≤−5.0 كيلو كالوري/مول دلالة على ارتباط مستقر بين الليغاند والمستقبلات.

النتائج

التركيب الكيميائي وفحص الأهداف ل TBF
تم تحديد ما مجموعه مكونين نشطين من دانغقوي، 65 من دانشن، 24 من جيشويتنغ، 21 من هايفينغتنغ، 6 من توغوكاو، 9 من دوهو، 7 من ويلينغشيان، و18 من شيانغفو بعد الفحص. معلومات مفصلة عن المركبات الفعالة المفحصة موضحة في الجدول التكميلي 1. تم استرجاع ما مجموعه 2672 هدفا محتملا في البداية، بما في ذلك 266 هدفا لدانغقوي، 689 لدانشن، 236 لدوهو، 188 لهايفنغتنغ، 545 لجيشويتنغ، 192 لتوغوكاو، 102 لويلينغشيان، و454 لشيانغفو. يتم عرض معلومات الهدف التفصيلية في الجدول التكميلي 2. بعد إزالة الإدخالات المكررة، تم الحصول على 258 هدفا غير زائدة مرتبطة ب TBF.

شبكة TBF–المكون–الهدف
تم بناء شبكة TBF–المكون–الهدف باستخدام بيانات تم استرجاعها من قاعدة بيانات علم الأدوية في طب الطب الصيني التقليدي، بما في ذلك 152 مركبا نشطا، و258 هدفا غير مكرر، و8 عقد للطب العشبي. تم تنظيم هذه البيانات في ملفين، تم تصنيفهما ك "شبكة" و"نوع" (الجدول التكميلي 3). بعد استيراد الملفات إلى برنامج التصوير والتحليل الشبكي، تم إنشاء شبكة شاملة تحتوي على 578 عقدة و3022 حافة (الشكل 2). في الشبكة المنشأة، كانت العقد تمثل الأدوية العشبية، والمركبات النشطة حيويا، والبروتينات المستهدفة المقابلة، بينما تمثل الحواف التفاعلات المتوقعة بين المركبات والأهداف. حجم العقدة الأكبر وشدة الألوان الداكنة أشارت إلى قيم درجات أعلى وزيادة في الاتصال بالشبكة. استنادا إلى تصنيف الدرجات المستجد من التحليل الطوبولوجي الشبكي، تم تحديد أفضل خمسة مركبات نشطة وهي الكيرسيتين (A7-MOL000098)، بيتا-سيتوستيرول (B8-MOL000358)، اللوتولين (A1-MOL000006)، الكيمبفيرول (C1-MOL000422)، والستيجماسترول (C2-MOL000449).

الشكل 2. TBF–المكون–شبكة التفاعل المستهدف. التصوير الشبكي للتفاعلات بين TBF، والمركبات النشطة، والجينات المستهدفة المتوقعة. تمثل العقد الأدوية العشبية، أو المركبات النشطة، أو البروتينات المستهدفة، بينما تمثل الحواف التفاعلات المتوقعة بين المركبات والأهداف. حجم العقدة الأكبر وشدة الألوان الداكنة تشير إلى قيم درجات أعلى وزيادة الاتصال بالشبكة. يرجى الضغط هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

معلومات الأهداف المتعلقة بالتهاب المفاصل الدهري والأهداف العلاجية المحتملة ل TBF
تم البحث في الكلمة المفتاحية "التهاب المفاصل العظمي" عبر أربع قواعد بيانات، وظهرت 428 هدفا محتملا مرتبطا بالأمراض، منها 9 من OMIM، و349 من GeneCards، و32 من DrugBank، و38 من TTD. يتم عرض مخطط فين يوضح التوزيع المستهدف بين قواعد البيانات الأربع في الشكل 3. بعد دمج وإزالة الإدخالات المكررة، تم الحصول على 398 هدفا فريدا متعلقا ب OA. حدد تحليل التقاطع بين الأهداف المتعلقة بالتراكم الدهني والأهداف النشطة المرتبطة بالمركبات المبكرة 47 هدفا متداخلا، والتي اعتبرت أهدافا علاجية محتملة للحمض النووي ضد الحمض الفصيلي. يظهر مخطط فين المقابل الذي تم إنشاؤه باستخدام أداة تحليل فين عبر الإنترنت في الشكل 4.

الشكل 3. مخطط فين للأهداف المتعلقة ب OA تم استرجاعها من قواعد بيانات متعددة. يوضح مخطط فين التداخل بين الأهداف المتعلقة بالعلاج الوظيفي التي تم تحديدها من قواعد بيانات OMIM وGeneCards وDrugBank وقاعدة بيانات الأهداف العلاجية (TTD). يرجى الضغط هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

الشكل 4. تحديد الأهداف المتداخلة بين TBF وOA. مخطط فين يوضح التقاطع بين الأهداف النشطة المرتبطة بالمركبات ل TBF والأهداف المرتبطة ب OA. تم اعتبار الأهداف المتداخلة أهدافا علاجية محتملة ل TBF ضد الالتهاب المفاصل الدهني. يرجى الضغط هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

بناء وتحليل شبكة PPI
تم إجراء تحليل شبكات PPI للأهداف ال 47 المتداخلة باستخدام قاعدة بيانات PPI (الشكل 5) ثم تم تصويره لاحقا باستخدام برامج التصور والتحليل الشبكي. أثناء بناء الشبكة، تمت إزالة العقد غير المتصلة التي تمثل أهدافا معزولة بدون تفاعلات بين البروتين والبروتين (PPIs) وفقا لإجراءات الطوبولوجيا الشبكية القياسية، مما أدى إلى شبكة محسنة تحتوي على 39 عقدة و108 حواف (الشكل 6). حجم العقدة وشدة اللون يعكسان قيم الدرجات، مما يشير إلى الأهمية النسبية للأهداف داخل الشبكة.

الشكل 5. شبكة PPI من STRING لأهداف متداخلة. شبكة PPI تم إنشاؤها باستخدام قاعدة بيانات STRING للأهداف المتداخلة بين TBF وOA. تمثل العقد البروتينات المستهدفة والحواف تمثل مثبطات مضخة البروتون المتوقعة. يرجى الضغط هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

الشكل 6. تحليل شبكات PPI الأساسية. تم تحسين شبكة PPI بعد إزالة العقد المنفصلة. يمثل حجم العقدة وشدة اللون قيم الدرجات ويدلان على الأهمية النسبية للأهداف داخل الشبكة. أظهرت الأهداف الأساسية مثل JUN وRELA وIL6 وMAPK1 وIL10 اتصالا عاليا بالشبكة. يرجى الضغط هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

تم إجراء تحليل طوبولوجي لشبكة PPI باستخدام إضافة تحليل طوبولوجيا الشبكة باستخدام خوارزمية Degree لحساب الخصائص الطوبولوجية للعقدة. يتم عرض أفضل 10 أهداف مصنفة حسب قيمة الدرجة في الجدول 1. تم اختيار الأهداف الخمسة الأعلى ترتيبا، بما في ذلك JUN، RELA، IL6، MAPK1، وIL10، كأهداف أساسية لتحليل الالتحام الجزيئي اللاحق بناء على قيمة الدرجة، ومركزية القرب، ومركزية البين.

تحليل الوظيفة البيولوجية لاختبار GO ومسار KEGG لمرض TBF في الحمض النووي
حدد تحليل إثراء GO عدة وظائف بيولوجية مرتبطة ب OA، بما في ذلك نشاط السيتوكينات، وارتباط عوامل النسخ، ونشاط عوامل النمو، مما يشير إلى احتمال تورط TBF في تنظيم الالتهاب، والنشاط النسخي، وتوازن الغضروف. تم تصنيف أفضل 20 مصطلحا من GO حسب قيم العد وتم تصورها باستخدام مخطط شريط (الشكل 7). ركز تحليل إثراء مسار KEGG على مسارات الإشارات المرتبطة ب OA، بما في ذلك المنتجات النهائية المتقدمة للجليكيشن – المستقبل لمسار الإشارات النهاية للغليكيشن المتقدم، ومسار إشارة الإنترلوكين-17 (IL-17)، ومسار إشارة عامل نخر الورم (TNF)، ومسار إشارات مستقبلات الخلايا التائية، والتي ترتبط بتنظيم الالتهابات، وانقسام الخلايا الغضروفية، والاستجابات المناعية في الأكسمان الدهوي. لم تفسر المسارات المرتبطة بالأمراض المعدية التي تم تحديدها أثناء تحليل الإثراء كآليات مباشرة للعلاج البصري في هذه الدراسة. تم إجراء تحليل مسار KEGG باستخدام برنامج التحليل الإحصائي لإنشاء تصور مخطط فقاعي (الشكل 8). تم تحديد ما مجموعه 20 مسار إشارة مثري بشكل كبير. تشير هذه النتائج إلى أن TBF قد ينظم العمليات البيولوجية ومسارات الإشارة المرتبطة بالتهاب المفاصل الدهني من خلال آلية دوائية متعددة الأهداف.

الشكل 7. تحليل إثراء GO للأهداف العلاجية المحتملة. مخطط شريط يوضح أفضل 20 مصطلحا غنيا ب GO مرتبطة بالأهداف العلاجية المحتملة ل TBF ضد OA. تشمل المصطلحات المطورة العمليات البيولوجية، والوظائف الجزيئية، والمكونات الخلوية المتعلقة بالالتهاب، وتنظيم النسخ، وتوازن الغضروف. يرجى الضغط هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

الشكل 8. تحليل إثراء مسار KEGG للأهداف العلاجية المحتملة. تصور مخطط الفقاعة لأعلى مسارات إشارة KEGG المثرية المرتبطة بالأهداف العلاجية المحتملة ل TBF ضد التهاب المفاصل الدهني. يمثل حجم الفقاعة عدد الجينات المخصبة، بينما تعكس شدة اللون مستوى دلالة الإثراء. يرجى الضغط هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

التحقق من الالتحام الجزيئي
ولدراسة التفاعلات المحتملة المرتبطة بين المركب النشط الرئيسي ل TBF والأهداف الأساسية المحددة من شبكة PPI، تم إجراء تحليل الالتحام الجزيئي بين الكيرسيتين، وهو المركب النشط الأعلى تصنيفا في شبكة المكون-الهدف، والأهداف الأساسية الخمسة JUN، RELA، IL6، MAPK1، وIL10 (الجدول 2). أظهر الكيرسيتين أعلى أهمية طوبولوجية في شبكة المكون-الهدف، وقد تم الإبلاغ على نطاق واسع كمركب نشط بيولوجي ممثل مرتبط بالنشاط المضاد للالتهابات وتنظيم استقلاب الغضاريف^18,19. كانت طاقات الارتباط المتوقعة −8.4 كيلو كالوري/مول ل JUN، −7.6 كيلو كالوري/مول ل RELA، −6.9 كيلو كالوري/مول ل IL6، و−6.7 كيلو كالوري/مول لكل من MAPK1 و IL10، مما يشير إلى تقارب ارتباط متوقع بين الكيرسيتين والأهداف الأساسية المختارة. سهل تصور تشكيلات ارتباط الليغاند بالمستقبلات تفسير التفاعلات الجزيئية المحتملة. تم استخدام برنامج التصور الجزيئي الإصدار 2.5.4 لعرض تشكيلات الالتحام المثلى بين الكيرسيتين والأهداف الأساسية الخمسة (الشكل 9–13).

الشكل 9. نموذج الالتحام الجزيئي للكيرسيتين مع جون (معرف PDB: 1JNM). شكل الالتحام الجزيئي ثلاثي الأبعاد للكيرسيتين المرتبط ب JUN. كان من المتوقع أن يرتبط الكيرسيتين ضمن مجال bZIP ل JUN ويتناسب مع تجويف الارتباط الكاره للماء مع تكامل هيكلي. يرجى الضغط هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

الشكل 10. نموذج الالتحام الجزيئي للكيرسيتين مع RELA (معرف PDB: 7LEU). تكوين الالتحام الجزيئي ثلاثي الأبعاد للكيرستين المرتبط ب RELA. كان من المتوقع أن يتفاعل الكيرسيتين مع المنطقة النشطة من مجال التجانس المرتبط ب RELA من خلال تفاعلات غير تساهمية. يرجى الضغط هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

الشكل 11. نموذج الالتحام الجزيئي للكيرسيتين مع IL6 (معرف PDB: 1ALU). شكل الالتحام الجزيئي ثلاثي الأبعاد للكيرسيتين المرتبط ب IL6. كان من المتوقع أن يشغل الكيرسيتين الأخدود المحفوظ لربط المستقبلات في IL6. يرجى الضغط هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

الشكل 12. نموذج الالتحام الجزيئي للكيرسيتين مع MAPK1 (معرف PDB: 6D5Y). شكل الالتحام الجزيئي ثلاثي الأبعاد للكيرسيتين المرتبط ب MAPK1. كان من المتوقع أن يشغل الكيرسيتين جيب ارتباط ATP في MAPK1، مما يشير إلى تفاعلات محتملة مرتبطة بالكيناز. يرجى الضغط هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

الشكل 13. نموذج الالتحام الجزيئي للكيرسيتين مع IL10 (معرف PDB: 1ILK). شكل الالتحام الجزيئي ثلاثي الأبعاد للكيرسيتين المرتبط ب IL10. كان من المتوقع أن يتفاعل الكيرسيتين بالقرب من منطقة واجهة الدايمر في IL10 وقد يساهم في استقرار مركب البروتين. يرجى الضغط هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

توفر البيانات:
جميع البيانات الداعمة لنتائج هذه الدراسة مدرجة في المخطوطة، والجداول، والأرقام، والمواد التكميلية. يحتوي الجدول التكميلي 1 على المركبات الفعالة المفحصة من صيغة TongBi (TBF)، والجدول التكميلي 2 يوفر معلومات الهدف المتوقعة المقابلة، والجدول التكميلي 3 يحتوي على بيانات ترميز الشبكة والتفاعل المستخدمة في بناء الشبكة والتحليل الطوبولوجي.

جين	اسم البروتين	الدرجة العلمية	مركزية القرب	مركزية الوسط
جون	عامل النسخ AP-1	18	0.58	0.22
ريلا	عامل النسخ p65	15	0.56	0.15
IL6	إنترلوكين 6	14	0.59	0.33
MAPK1	كيناز بروتين منشط بالميتوجين 1	13	0.54	0.16
IL10	إنترلوكين 10	10	0.47	0.12
ESR1	مستقبل الإستروجين	10	0.44	0.03
IL2	إنترلوكين 2	9	0.53	0.05
AKT1	كيناز RAC-ألفا سيرين/ثريونين-بروتين	9	0.44	0.04
MMP1	ماتريكس ميتالوببتيداز 1	8	0.44	0.03
MMP2	ماتريكس ميتالوبيبتيداز 2	8	0.44	0.03

الجدول 1: المعاملات الطوبولوجية للأهداف الأساسية في شبكة PPI. المعايير الطوبولوجية للأهداف الرئيسية التي تم تحديدها في تحليل شبكة PPI. تم حساب الدرجة، ومركزية القرب، ومركزية المسافة لتقييم أهمية العقدة وتحديد الأهداف العلاجية الأساسية المرتبطة ب TBF ضد الفصول الفصامية. كانت الأهداف ذات الدرجات والمركزية الأعلى تعتبر أكثر أهمية داخل شبكة التفاعل.

الهدف	معرف PDB	إحداثيات الموقع النشطة (X، Y، Z)	الليغاند	الألفة المرتبطة (كيلو كالوري/مول)
جون	1JNM	X = 10.201; Y = 0.493; Z = 19.492	الكيرسيتين	−8.4
ريلا	7LEU	X = 1.717; Y = 23.889; Z = −0.778		−7.6
IL6	1ALU	X = 2.599; Y = −20.016; Z = 8.749		−6.9
MAPK1	6D5Y	X = 7.052; Y = 12.800; Z = 20.749		−6.7
IL10	1ILK	X = 17.836; Y = 46.443; Z = 38.685		−6.7

الجدول 2: معلمات الالتحام الجزيئي ومواجهات الارتباط بين الكيرسيتين والبروتينات المستهدفة الأساسية. نتائج الترابط الجزيئي بين الكيرسيتين والبروتينات الأساسية المستهدفة المختارة JUN، RELA، IL6، MAPK1، وIL10. يقدم الجدول معرفات بنك بيانات البروتين (PDB)، وإحداثيات مركز الشبكة في الموقع النشط المستخدمة في حسابات الإرساء، وقيم التقارب المتوقعة التي تم الحصول عليها من تحليل الالتحام الجزيئي. تشير قيم طاقة الارتباط المنخفضة إلى توقع أقوى في ارتباط الليغاند بالمستقبلات.

الجدول التكميلي 1: المركبات الفعالة التي تم تحديدها من TBF. تم فحص معلومات مفصلة عن المركبات الفعالة من TBF، بما في ذلك أسماء المركبات، والمعرفات الجزيئية، وقيم OB، وقيم DL، والمصادر العشبية المقابلة. يرجى الضغط هنا لتحميل هذا الملف.

الجدول التكميلي 2: الأهداف المتوقعة التي تتوافق مع المركبات الفعالة ل TBF. قائمة شاملة بأهداف البروتين المتوقعة التي تتوافق مع المركبات الفعالة التي تم فحصها من TBF، بما في ذلك رموز الجينات البشرية الموحدة التي تم الحصول عليها بعد تطبيع الهدف وإزالة التكرار. يرجى الضغط هنا لتحميل هذا الملف.

الجدول التكميلي 3: معلومات ترميز الشبكة لشبكة TBF–المكون–الهدف. معلومات الترميز التفصيلية المستخدمة في بناء شبكة تفاعل المكون والهدف TBF، بما في ذلك المعرفات الجزيئية، ومعلومات الهدف، وعلاقات الشبكة، وبيانات تصنيف العقد المستخدمة في تحليل طوبولوجيا الشبكة. يرجى الضغط هنا لتحميل هذا الملف.

المناقشة

استخدمت هذه الدراسة علم الأدوية الشبكي وطرق الالتحام الجزيئي للتحقيق في الآليات المحتملة ل TBF ضد الأكسمون. شملت الأدوية العشبية الأساسية التي تم تحليلها دانغقوي، دانشن، جيشويتنغ، هايفينغتينغ، توغوكاو، دوهو، ويلينغشيان، وشيانغفو. أظهرت دراسات سابقة أن دانغوي (Angelica sinensis Radix) قد يخفف من التغيرات المرضية المرتبطة بالتهاب الغضروف الفوضوي، بما في ذلك تنكس الغضروف، وتصلب العظم تحت الغضروف، والمشي غير الطبيعي، وتورم الركبة في زعزعة استقرار الغضروف الهلالي الإنسي²⁰. في نماذج خلايا الأكسجين الدهنية المستحثة بواسطة IL-1β، قلل دانغوي من تراكم أنواع الأكسجين التفاعلية وزاد من نشاط إنزيمات مضادات الأكسدة، بما في ذلك إنزيمات الأكسجين الفائق الأكسيد والجلوتاثيون²¹. Danshenindione IIA، وهو مكون نشط في Salvia miltiorrhiza، تم الإبلاغ عن أنه يخفف من تنكس الغضروف، ويعيد توازن إعادة تشكيل العظام تحت الغضروف، ويمنع تكوين الأوعية غير الطبيعي في نماذج فئران^{OA 22}. بالإضافة إلى ذلك، قد تنظم المكونات المشتقة من S. miltiorrhiza الإجهاد التأكسدي واستقلاب العظام^23,24. سباتولوبوس سوبيركتوس تم الإبلاغ عن أن دن ينظم مسارات الإشارة PI3K/Akt/mTOR وRas/Raf/MAPK²⁵، والتي ترتبط بعملية أيض الغضاريف وتقدم الدهان الدهني. كما تثبط مستخلصات S. suberectus Dunn إنتاج الكيموكينات الالتهابية²⁶. علاوة على ذلك، قد تكون الأنشطة المضادة للالتهابات ومضادات الأكسدة المبلغ عنها لمرض إمباتينس بلسامينا ذات صلة بأمراض التهاب الفصول الصبغية لأن الالتهاب المزمن والإجهاد التأكسدي يساهم في تدهور الغضروف²⁷. كما ارتبط Radix Angelicae Biseratae بتحسين الدورة الدموية وتخفيف أعراض التهاب المفاصل^28,29. بحثت دراسات محدودة في التأثيرات العلاجية المحتملة لجيكسويتينغ (Spatholobus suberectus Dunn)، وهايفنغتينغ (Caulis Piperis Kadsurae)، وXiangfu (Cyperi Rhizoma) في التهاب المفاصل الدهوي.

أشارت التنبؤات الحاسوبية المبنية على شبكة مثبطات مضخة البروتون إلى أن TBF قد يمارس تأثيرات علاجية ضد التهاب المفاصل من خلال تنظيم الاستجابات الالتهابية وحماية الغضروف المفصلي، رغم أن هذه التنبؤات تتطلب المزيد من التحقق التجريبي. الأهداف الأساسية ذات القيم العالية نسبيا في شبكة PPI شملت JUN وRELA وIL6 وMAPK1 وIL10. أظهرت دراسات سابقة أن JUN مرتبط بشيخوخة الخلايا الغضروفية وتقدم التهاب الغضروف. تظهر فئران JunB/Jun ذات الطفرتين تسرب التهابي في أنسجة المفاصل مصحوبا بتدمير العظام والتهاب حول العظم³⁰. أظهرت التحليلات النمطية للغضروف العظمي والسيلاني أيضا انخفاضا في تعبير JUN³¹. بالإضافة إلى ذلك، لوحظ انخفاض في تعبير بروتين JUN في نماذج الفئران المجردة المجردة بقطع الأربطة الصليبية الأمامية والخلايا الغضروفية المتقدمة في السن³². وأشارت الدراسات السابقة أيضا إلى أن الإشارات المرتبطة ب JUN قد تنظم تنكس الغضروف، والموت المبرمج، والالتهام الذاتي، واستقلاب المصفوفة خارج الخلية في الخلايا الغضروفية الصبغية الصبغية³³. كما أظهرت دراسات سابقة أن شظايا الحمض النووي الناقل المشتقة من الحمض النووي الريبي تنظم تكاثر وبقاء الخلايا الغضروفية المفصلية عبر مسارات الإشارة المرتبطة ب RELA³⁴. بالإضافة إلى ذلك، أدى رفع تنظيم جين Sox9 إلى جانب تثبيط تعبير RELA في خلايا البضاعة المتوسطة الميزنشيمية إلى تعزيز القدرات الغضروفية والتعديل المناعي وأبطأ تقدم الفصول الصبغية في النماذج^{التجريبية 35}. تدعم هذه النتائج الأهمية المحتملة لمسارات الإشارة المرتبطة ب JUN وRELA التي تم تحديدها في التحليل الحاسوبي الحالي.

IL6 هو وسيط التهابي رئيسي في التهاب المفاصل الدهمي ويلعب دورا مهما في استقلاب الغضاريف من خلال التأثير على عمليات التحلل والإصلاح. في الحالات الالتهابية المزمنة منخفضة الدرجة، تساهم مستويات IL6 المرتفعة في شيخوخة الخلايا الغضروفية، وتقليل تخليق مصفوفة الغضروف، وتعطيل توازن الغضروف³⁶. أظهرت دراسات سابقة أن مستقبل IL6/إشارات JAK2 يشارك في تنظيم استماتة الخلايا المنشأة للخلايا المسنة، وقد يؤدي الإزالة المستهدفة للخلايا المسنة إلى تخفيف تقدم الفتحة الصبغية³⁷. بالإضافة إلى ذلك، أفاد لي كيو وزملاؤه أن زيادة تنظيم miR-186-5p ينظم الاستجابات الالتهابية في الخلايا الغضروفية المحفزة ب IL-1β، بينما أدى تثبيط miR-186-5p إلى تخفيف تقدم الالتهاب الدهمي من خلال تعزيز تعبير MAPK1³⁸. تدعم هذه النتائج احتمال تورط مسارات الإشارات المرتبطة ب IL6 وMAPK1 التي تم تحديدها في التحليل الحاسوبي الحالي.

يلعب IL10 دورا وقائيا في توازن الغضروف وقد يساهم في الحفاظ على البيئة الدقيقة للغضروف. أظهرت دراسات سابقة أن IL10 يثبط استماتة الخلايا الغضروفية من خلال تنظيم مسارات المايتة المبوتة في الميتوكوندريا، وتقليل نشاط الكاسبايز، وتعديل نسبة Bax/Bcl-2³⁹. بالإضافة إلى ذلك، ارتبط IL10 بانخفاض تحلل المصفوفة خارج الخلية وانخفاض التعبير عن عوامل تدهور المصفوفة، بما في ذلك MMP3 وMMP13 و ADAMTS4 وسينثاز أكسيد النيتريك المحفز، في نماذج الغضروف المفصلي^{المضغوط 40}. أشارت تحليلات إثراء مسار KEGG في هذه الدراسة إلى أن مسارات الإشارات IL-17 وTNF وعامل نقص الأكسجين-1 (HIF-1) قد تكون مرتبطة بالتأثيرات العلاجية المتوقعة ل TBF ضد التهاب المفاصل الدهني، رغم أن هذه التنبؤات الحسابية تتطلب تأكيدا تجريبيا. أظهرت دراسات سابقة أن IL-17 يساهم في تقدم الأكسمان من خلال تنظيم الاستجابات الالتهابية ونشاط الخلايا الزليلي^41,42. كما ارتبط زيادة تعبير IL-17 بشكل إيجابي بشدة المرض في الركبة^{الفصيلية 43}. TNF-α هو وسيط التهابي رئيسي آخر مرتبط بالالتهاب المرتبط بالتهاب التفتيم الدهوي، والألم، وتنهك الغضاريف، وقد يخفف تثبيط إشارات TNF-α من تقدم المرض⁴⁴. بالإضافة إلى ذلك، يلعب HIF-1α دورا مهما في استقلاب نقص الأكسجين الغضروفي، وتنظيم المصفوفة خارج الخلية، والالتهاب الزليلي، وإعادة تشكيل العظام تحت الغضروفية في OA⁴⁵. كما أشارت دراسات سابقة إلى أن تثبيط الإشارات المرتبطة ب HIF-1α قد يحمي وظيفة الخلايا الغضروفية ويقلل من تدهور الغضروف⁴⁶. تتوافق هذه النتائج مع مسارات الإشارة التي تم تحديدها من خلال تحليل الإثراء الحاسوبي الحالي.

هذا في دراسة السيليكو له عدة قيود مهمة. أولا، اعتمد التحليل على قواعد بيانات متاحة للجمهور، والتي قد تحتوي على معلومات غير مكتملة أو منحازة حول المركبات العشبية والتعليقات المستهدفة. بالإضافة إلى ذلك، تتضمن طرق التنبؤ بالأهداف الحسابية عدم يقين متأصل، وتتطلب التفاعلات المتوقعة التي تم تحديدها في هذه الدراسة تحققا تجريبيا. يعكس تحليل الالتحام الجزيئي إمكانات الارتباط النظرية بدلا من النشاط الفسيولوجي أو الدوائي المباشر. علاوة على ذلك، لم تجر أي تجارب في المختبر أو في الجسم الحي للتحقق من صحة التنبؤات الحاسوبية. لم يتم تقييم عوامل مثل جرعة الأعشاب، والحركيات الدوائية، والتوافر الحيوي العام للتركيبة المركبة. لذلك، يجب اعتبار جميع الاستنتاجات المستمدة من هذه الدراسة تنبؤية وتتطلب تأكيدا تجريبيا إضافيا.

توفر الدراسة الحالية، المبنية على علم الأدوية الشبكي وتحليلات الالتحام الجزيئي، إطارا تنبؤيا للتحقيق في الآليات المحتملة ل TBF ضد الحمض الفصيفي. أشارت النتائج إلى أن TBF قد ينظم عدة أهداف مرتبطة بالتهاب المفاصل من خلال التفاعلات بين المركبات النشطة المشتقة من أعشابه الثمانية المكونة. تم إثراء الأهداف المحددة بالعمليات البيولوجية ومسارات الإشارة المرتبطة بتنظيم الالتهابات، واستقلاب الدهون، والإشارات المرتبطة بنقص الأكسجين، بما في ذلك مسارات IL-17 وTNF وHIF-1. أظهر تحليل الالتحام الجزيئي أيضا متوقعا إيجابيا لارتباطات بين الكيرسيتين والأهداف الأساسية JUN وRELA وIL6 وMAPK1 وIL10. تشير هذه النتائج مجتمعة إلى أن TBF قد يمارس تأثيرات تنظيمية متعددة المكونات والأهداف ضد التسحية الطبيعية. توفر هذه الدراسة أيضا استراتيجية نظرية وإطارا منهجيا للدراسات الميكانيكية المستقبلية والتحقق التجريبي لصيغ الطب الصيني التقليدي في أبحاث التسهيلات الطبيعية.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة

الاسم	الشركة	رقم فهرسي	التعليقات
AutoDockTools	برنامج	الإصدار 1.5.7؛ معهد سكريبس للأبحاث	https://autodock.scripps.edu/
AutoDock Vina	برنامج	الإصدار 1.5.7؛ معهد سكريبس للأبحاث	https://autodock.scripps.edu/
وظيفة barplot	وظيفة تصور R	حزمة clusterProfiler	https://bioconductor.org/packages/clusterProfiler/
clusterProfiler	حزمة R	حزمة Bioconductor لتحليل الإثراء	https://bioconductor.org/packages/clusterProfiler/
CytoHubba	مكون إضافي	متوافق مع Cytoscape 3.10.2	https://apps.cytoscape.org/apps/cytohubba
Cytoscape	برنامج	الإصدار 3.10.2؛ Cytoscape Consortium	https://cytoscape.org/
DAVID	قاعدة بيانات	قاعدة بيانات للتعليق التوضيحي، والتصور، والاكتشاف المتكامل	https://david.ncifcrf.gov/
وظيفة dotplot	وظيفة تصور R	حزمة clusterProfiler	https://bioconductor.org/packages/clusterProfiler/
DrugBank	قاعدة بيانات	جامعة ألبرتا	https://go.drugbank.com/
GeneCards	قاعدة بيانات	جنة GeneCards	https://www.genecards.org/
MicrobiomeAnalyst / MicrobiomeNet	منصة عبر الإنترنت	منصة تصور التخصيب عبر الإنترنت	https://microbiomenet.com/
OMIM	قاعدة بيانات	الوراثة المندلية عبر الإنترنت في الإنسان	https://www.omim.org/
PDB	قاعدة بيانات	بنك بيانات بروتين RCSB	https://www.rcsb.org/
PubChem	قاعدة بيانات	المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية	https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
PyMOL	برنامج	الإصدار 2.5.4	https://pymol.org/
R	برنامج	الإصدار 4.3.1؛ مؤسسة R للإحصاء الحسابي	https://www.r-project.org/
STRING	قاعدة بيانات	أداة البحث عن الجينات/البروتينات التفاعلية	https://cn.string-db.org/
TCMSP	قاعدة بيانات	قاعدة بيانات أنظمة صيدلة الطب الصيني التقليدي ومنصة التحليل	http://tcmspw.com/tcmsp.php
TTD	قاعدة بيانات	قاعدة بيانات الأهداف العلاجية	https://db.idrblab.net/ttd/
UniProt	قاعدة بيانات	المورد البروتين العالمي	https://www.uniprot.org/
Venny	برنامج	الإصدار 2.1.0	https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html