آليات صيغة كو 3 لتحسين تقبل بطانة الرحم في متلازمة تكيس المبايض: مزيج من علم الأدوية الشبكي ومحاكاة الديناميكيات الجزيئية

ملخص

يهدف هذا البروتوكول إلى استكشاف الآلية التي من خلالها يحسن QUF3 تقبل بطانة الرحم في متلازمة تكيس المبايض باستخدام علم الأدوية الشبكي، والالتحم، ومحاكاة MD.

الملخص

ضعف استقبالية بطانة الرحم هو سبب رئيسي للعقم في متلازمة تكيس المبايض (PCOS). صيغة Qu's Formula 3 (QUF3) هي تركيبة للطب العشبي الصيني تستخدم سريريا لتحسين تقبل بطانة الرحم لدى مرضى متلازمة تكيس المبايض. استخدمت هذه الدراسة محاكاة علم الأدوية الشبكي، والالتحام الجزيئي، والديناميكا الجزيئية (MD) للتحقيق في الآليات الأساسية. تم تحديد المكونات النشطة ل QUF3 باستخدام قاعدة بيانات TCMSP، وتم استرجاع الأهداف المحتملة المتعلقة باستقبال بطانة الرحم ومتلازمة تكيس المبايض من DrugBank ومصادر أخرى. تم بناء شبكة تفاعل مركبة-هدف وشبكة تفاعل بروتين وبروتيني (PPI) عبر Cytoscape لتحديد الأهداف الرئيسية. تم إخضاع الأهداف الأساسية لتحليلات إثراء GO وKEGG. تم استخدام الالتحام الجزيئي، ومحاكاة MD، وتحليل المكونات الرئيسية (PCA)، ومشهد الطاقة الحرة (FEL)، ومصفوفة الارتباط الديناميكي (DCCM) لتقييم تفاعلات الربط. من بين 91 مكونا نشطا و294 هدفا محتملا للأدوية، تم تحديد 60 هدفا مرتبطا بالمرض. كان اللوتولين والسيسامين من بين المكونات الرئيسية للدواء الديناميكي. تم تحديد عشرة أهداف أساسية: AKT1، EGFR، TNF، TP53، IL6، BCL2، ESR1، IL1B، STAT3، وMMP9. كشف إثراء KEGG عن 132 مسار إشارة، وكشف تحليل GO عن 678 إدخالا. أشارت محاكاة MD إلى أن الارتباط بين أكبر خمسة مكونات نشطة وأهدافها كان مستقرا. كما أظهرت PCA وFEL وDCCM استقرارا حراريا عاليا وصلابة هيكلية لهذه المجمعات. في الختام، يحسن QUF3 من استقبالية بطانة الرحم في متلازمة تكيس المبايض من خلال التفاعلات متعددة المكونات والأهداف والمسارات المتعددة. توفر هذه الدراسة أساسا نظريا، من منظور المحاكاة الحاسوبية، لتطوير علاجات عشبية صينية مستهدفة للعقم المرتبط بمتلازمة تكيس المبايض، وقد يكون لها آثار إيجابية لتحسين نتائج الحمل لدى النساء المصابات بمتلازمة تكيس المبايض في المستقبل.

المقدمة

متلازمة المبيض متعدد الكيسات (PCOS) هي واحدة من أكثر اضطرابات الغدد الصماء شيوعا لدى النساء¹. تشمل خصائصه الرئيسية خلل الإباضة المزمن المستمر، فرط الأندروجينية السريرية أو الكيميائية الحيوية، وشكل المبيض متعدد الكيسات، مع مظاهر سريرية مثل انقطاع الطمث، العقم، الشعر الشعري، حب الشباب، والسمنة. في السنوات الأخيرة، أدت التطورات في تحفيز الإباضة وتقنيات الإنجاب المساعد (ART) إلى تحسين كبير في معدلات الحمل لدى مرضى متلازمة تكيس المبايض؛ ومع ذلك، تظل نتائج الحمل أسوأ من تلك لدى النساء السليمات ^2,3. تعد استقبالية بطانة الرحم عاملا رئيسيا يؤثر على نتائج ART⁴. تشير استقبالية بطانة الرحم إلى قدرة بطانة الرحم على قبول الجنين في مرحلة فسيولوجية محددة، والتي تلعب دورا حاسما في انغراس الجنين وتطوره اللاحق^5،6. الحالات المرضية التي تلاحظ عادة في متلازمة تكيس المبايض، مثل السمنة، مقاومة الإنسولين، والالتهاب المزمن، يمكن أن تؤثر على تقبل بطانة الرحم، وتعيق زرع البويضات المخصبة وتطور الجنين، وفي النهاية تؤدي إلى العقم والإجهاض^7،8. ومع ذلك، لا تزال الآليات التنظيمية التي تقوم عليها تقبل بطانة الرحم في متلازمة تكيس المبايض غير واضحة إلى حد كبير، ولم يتم بعد توضيح شبكة التفاعل بين العوامل المؤثرة المختلفة. صيغة كو 3 (QUF3)، وهي صيغة طبية عشبية صينية تستخدم سريريا لتحسين تقبل بطانة الرحم لدى مرضى متلازمة تكيس المبايض، مدعومة بنظريات كلاسيكية قوية للطب الصيني التقليدي (TCM) في أمراض النساء. تتكون الصيغة من Paeoniae Radix Alba (Baishao)، Rehmanniae Radix Praeparata (Shudihuang)، Cuscutae Sperm (Tusizi)، Fructus Ligustri Lucidi (Nvzhenzi)، Herba Taxilli (Sangjisheng)، Radix Salviae (Danshen)، وCornus officinalis Sieb. وزيك. (شانزهوي) بنسبة 2:4:3:4:3:2:2، معد عن طريق استخراج الإيثانول. يمارس QUF3 تأثيرات تآزرية من عدة أعشاب، حيث يقوي الكلى، ويثري الجوهر، ويغذي الدم، ويعزز الدورة الدموية^. تم التحقق بشكل جيد من فعاليته السريرية في تحسين تقبل بطانة الرحم لدى مرضى متلازمة تكيس المبايض بشكل جيد، لكن آلياته الدوائية الأساسية لا تزال بحاجة إلى مزيد من البحث.

علم الأدوية الشبكي هو نهج تحليلي قائم على علم الأحياء النظامي يبني شبكات متعددة المستويات "المكون العشبي-المستهدف-المرضي" للكشف من منظور شمولي عن تأثيرات التدخل للأدوية على شبكات الأمراض. على عكس النموذج التقليدي "دواء واحد وهدف واحد"، يمكن لعلم الأدوية الشبكي أن يلتقط بشكل شامل الخصائص التآزرية لإجراءات "التفاعل المتعدد المكونات، متعدد الأهداف، والمسارات المتعددة" في صيغ الطب الصيني التقليدي، مما يجعله مناسبا بشكل خاص لدراسة الآليات المعقدة للطب الصيني الصيني. أما محاكاة الديناميكا الجزيئية (MD)، فهي تقنية حسابية تعتمد على ميكانيكا نيوتن تحاكي، على المستوى الذري، التغيرات التشكيلية والسلوك الديناميكي لمجمعات البروتين-الرابطة مع مرور الوقت. مقارنة بالالتحام الجزيئي الثابت، يمكن لمحاكاة MD تقييم المعايير الديناميكية، مثل استقرار الربط، ومناظر الطاقة الحرة، والصلابة الهيكلية، مما يوفر تقييما أكثر واقعية للتفاعلات بين جزيئات الدواء والبروتينات المستهدفة. علم الأدوية الشبكي مناسب لفحص الأهداف المحتملة ومسارات صيغ الطب الصيني التقليدي على مستوى العالم، بينما يمكن لمحاكاة MD تقييم استقرار الارتباط بين المكونات الرئيسية والبروتينات المستهدفة ديناميكيا. يتيح دمج هذين النهجين تحليلا أكثر موثوقية للآليات التآزرية متعددة المكونات والأهداف متعددة لصيغ الطب الصيني التقليدي. استنادا إلى هذا المنطق، استخدمت هذه الدراسة نهج دمج بين علم الأدوية الشبكي ومحاكاة MD لاستكشاف الآليات الدوائية المحتملة التي تقوم عليها QUF3 لتحسين تقبل بطانة الرحم لدى مرضى متلازمة تكيس المبايض.

هذا السير الحسابي المدمج هو الأنسب لاستكشاف الآليات متعددة المكونات والأهداف متعددة في الصيغ العشبية الصينية أو المنتجات الطبيعية، خاصة للأنظمة المعقدة التي تكون المكونات الفعالة والأهداف فيها غير معروفة إلى حد كبير. يجب أن يكون لدى المستخدمين معرفة أساسية في المعلوماتية الحيوية، بما في ذلك البحث في قواعد البيانات وتحليل الشبكات، بالإضافة إلى القدرة على إجراء تحليلات أساسية في علم الأحياء الحاسوبي مثل الالتحام الجزيئي ومحاكاة الديناميكا الجزيئية باستخدام حزم برمجية شائعة. يوصى ببيئة حوسبة تعتمد على لينكس تحتوي على ما لا يقل عن 16 جيجابايت من الذاكرة، بالإضافة إلى الوصول إلى قواعد البيانات العامة ذات الصلة مثل قاعدة بيانات وتحليل أنظمة الطب الصيني التقليدي (TCMSP)، وPubChem، وUniProt. جميع البرمجيات المستخدمة في هذا السير (مثل Cytoscape، AutoDockTools، GROMACS) مفتوحة المصدر أو مجانية للاستخدام الأكاديمي، ويمكن للقراء الحصول عليها من المعلومات المقدمة في جدول المواد.

البروتوكول

فحص المكونات النشطة والأهداف المحتملة ل QUF3
تم تحديد المكونات الكيميائية الفعالة لبايشاو، شوديهوانغ، توزيزي، نفجينزي، سانغجيشنغ، دانشن، وشانزويو في دواء QUF3 باستخدام TCMSP في 1 أبريل 2025^. تم فحص المكونات الفعالة مبدئيا بناء على ظروف التوافر الحيوي الفموي (OB) بنسبة ≥30٪ وجودة الشبه الدوائي (DL) ≥ 0.18¹¹. تم اختيار هذه العتبات كمعايير تجريبية قياسية لضمان امتصاص كاف وخصائص شبيهة بالأدوية. تم البحث في تسلسل SMILES الرسمي لكل مركب في قاعدة بيانات PubChem، واستخدم التسلسل الناتج للتنبؤ بأهداف المركبات في قاعدة بيانات Swiss Target Prediction الإلكترونية، تلاها جمع أسماء جينات البروتينات المستهدفة ومعرفات UniProt من قاعدة بيانات UniProt 12,13,14. وباعتباره نقطة تفتيش وسيطة، تم تسجيل عدد الأهداف الفريدة التي تم الحصول عليها بعد إزالة التكرار.

تحديد أهداف العمل لاستقبال بطانة الرحم في متلازمة تكيس المبايض
تم استخدام الكلمات المفتاحية "متلازمة المبيض متعدد الكيسات" و"تقبل بطانة الرحم" كمصطلحات بحث في قواعد بيانات الوراثة المندلية في الإنسان (OMIM)، وبنك الأدوية، وقاعدة بيانات الأهداف العلاجية (TTD)، وبطاقات الجين لتحديد الأهداف المحتملة^{15، 16، 17، 18}. بالنسبة لبطاقات الجين، تم الاحتفاظ فقط بالأهداف ذات الدرجة ذات الصلة >5؛ بالنسبة لقواعد البيانات الأخرى، تم تضمين جميع الأهداف المسترجعة. بعد دمج وإزالة الإدخالات المكررة، تم تسجيل عدد الأهداف الفريدة المرتبطة بالأمراض كمنتج وسيط.

بناء الشبكة للمكونات والأهداف
تم توليد أهداف التقاطع عن طريق إدخال الأهداف المحتملة ل QUF3، ومتلازمة تكيس المبايض، واستقبال بطانة الرحم في أداة مخطط فين عبر الإنترنت. تم اعتبار هذه الأهداف التقاطعية الأهداف الرئيسية التي يمارس من خلالها QUF3 فعاليته في تحسين تقبل بطانة الرحم في متلازمة تكيس المبايض. لاحقا، تم إنشاء شبكة "هدف المكونات العشبية" (H-C-T) من خلال مطابقة هذه الأهداف التقاطعية مع بيانات الهدف المكون النشط في QUF3 باستخدام Cytoscape¹⁹. تم تصور الشبكة باستخدام أداة "محلل الشبكة".

بناء شبكة تفاعل البروتين والبروتين (PPI)
تم تقديم الجينات المستهدفة المحتملة ل QUF3 لتحسين تقبل بطانة الرحم في متلازمة تكيس المبايض كمدخلات إلى منصة بيانات STRING²⁰. تم تعيين النوع على "الإنسان العاقل"، وتم ضبط عتبة الثقة على "ثقة متوسطة (0.4)"، مما أتاح ملف TSV يحتوي على بيانات تفاعل البروتين والبروتين. ثم تم استيراد هذا الملف إلى برنامج تحليل الشبكات لبناء وتحليل شبكة PPI²¹. تشير أهمية العقدة في الشبكة إلى قيمة "درجة": حيث تشير قيمة الدرجة الأعلى إلى عقدة أكثر أهمية. بعد ذلك، تم فرز المكونات الفعالة الأساسية حسب الدرجة، وتم اختيار أفضل 10 أهداف أساسية بناء على تصنيف الدرجة.

تحليل أنطولوجيا الجينات (GO) وموسوعة كيوتو لإثراء مسارات الجينات والجينوم (KEGG)
تم إجراء تحليلات إثراء مسارات GO وKEGG باستخدام قاعدة بيانات DAVID لاستكشاف المسارات البيولوجية والآليات التي من خلالها يحسن QUF3 تقبل بطانة الرحم في متلازمة تكيس^{المبايض 22}. تم تعيين النوع على "الإنسان العاقل"، وتم تحديد عتبة الأهمية عند P < 0.05. شمل تحليل GO العمليات البيولوجية (BP)، والمكون الخلوي (CC)، والوظيفة الجزيئية (MF)²³. تم تصنيف النتائج حسب عدد الأهداف المخصبة. ثم تم استبعاد المسارات المتعلقة بالتمثيل الغذائي البشري والأمراض، وتم اختيار أفضل 20 مسار KEGG للتصور. تم بناء شبكة متعددة الأبعاد "مسار المكون-المرض-KEGG" لاحقا باستخدام برنامج تحليل الشبكات.

تحليل الالتحام الجزيئي
تم اختيار أفضل 10 مكونات نشطة رئيسية وأفضل 10 أهداف أساسية لتحليل الالتحام الجزيئي باستخدام AutoDockTools وبرنامج PyMOL^24,25. تم تنزيل ملفات PDB للأهداف الرئيسية من قاعدة بيانات بنية البروتين²⁶، وتم الحصول على ملفات SDF للمكونات النشطة الرئيسية من قاعدة بيانات كيميائية²⁷. ثم تمت معالجة جزيئات البروتين مسبقا باستخدام برامج الالتحام الجزيئي، والتي شملت إزالة الأملاح، والهدرجة والشحنة، وحساب الشحنة. تم تنفيذ الالتحام شبه المرن باستخدام صندوق شبكة يغطي كامل موقع ارتباط البروتين. اعتبرت عملية الالتحام ناجحة عندما كانت طاقة الربط سالبة، وكان انحراف الجذر-متوسط-التربيعي (RMSD) للوضعية العليا ≤ 2.0 أنغستروم (Å). بعد التحام، تم تصور نتائج المكونات النشطة الرئيسية ل QUF3 مع الأهداف الأساسية باستخدام برنامج التصوير الجزيئي.

محاكاة الديناميكا الجزيئية (MD)
تم إجراء محاكاة MD لمجمع البروتين-الليغاند باستخدام برنامج GROMACS لاستكشاف التفاعل بين المستقبلات والروابط^28,29. تم استخدام حقل القوة Amber99sb-ildn وحقل القوة الكهرماني العام (GAFF) لتوليد المعلمات والطوبولوجيات للبروتينات والروابط على التوالي. تم ضبط حجم صندوق المحاكاة بحيث تكون المسافة بين كل ذرة بروتين وحافة الصندوق أكبر من 1.0 نانومتر. تم ملء الصندوق بمذيب صريح باستخدام نموذج الشحنة النقطية البسيط (جزيئات الماء SPC216)، وتم استبدال جزيئات الماء بأيونات Na⁺ وCl⁻ لجعل نظام المحاكاة محايدا كهربائيا. تم تحسين النظام بأكمله بواسطة أكثر طرق النزول حدة لتقليل التلامسات غير المعقولة أو تداخل الذرات. تم تحقيق توازن مسبق كاف لنظام المحاكاة من خلال أداء مجموعات NVT وNPT لكل من 100 حصان ثانوي عند 300 كلفن و1 بار على التوالي. لاحقا، تم إجراء محاكاة MD بقوة 100 نانوثانية تحت ظروف حدودية دورية، حيث تم التحكم في درجة الحرارة (300 كلفن) والضغط (1 بار) بواسطة طرق V-rescale وParrinello-Rahman، على التوالي³⁰. تم حل معادلات الحركة النيوتونية باستخدام مدمج الضفدع القفزة بخطوة زمنية قدرها 2 fs. تم حساب التفاعلات الكهروستاتيكية طويلة المدى باستخدام طريقة إيوالد الشبك الجسيئي (PME) مع تباعد فورييه 0.16 نانومتر، وتم تقييد جميع أطوال الروابط باستخدام طريقة LINCS. تم استخدام برنامج VMD لعرض وتحليل وتحريك المسارات³¹. تم حساب طاقة الارتباط الحرة لكل مركب باستخدام سكريبت حساب الطاقة الحرة للربط.

تحليل المكونات الرئيسية (PCA)، وتحليل المنظر الطبيعي للطاقة الحرة (FEL)، وتحليل مصفوفة الارتباط الديناميكي المتقاطع (DCCM)
تم إجراء تحليل PCA باستخدام برنامج محاكاة MD لتحليل الحركات التكوينية السائدة لمركبات APO والمركبات المرتبطة بالليجاند. تم توليد مصفوفات التغاير لتقلبات ذرية Cα، والتي تم الحصول منها على متجهات ذاتية (حركات جماعية) وقيم ذاتية (مقدار الحركة)³². تم تحديد المناطق الديناميكية الرئيسية والمرونة الهيكلية المرتبطة بارتباط الليغاند من خلال هذا التحليل. تم إسقاط المسارات الجزيئية على أول مكونين رئيسيين (PC1 وPC2) باستخدام أداة GMX Anaeig، مما أدى إلى التقاط الحركات الأساسية³³. تم استخدام الطور النهائي المتساوي فقط 100 نانوثانية (الطور المستقر مع RMSD) لحسابات PCA وFEL. تم اشتقاق FEL من بيانات PCA باستخدام GMX sham لحساب طاقة جيبس الحرة³⁴، كاشفا عن تشكيلات مستقرة وأدنى طاقة تعكس التنوع الشكلي وانتقالات الحالة. تم إجراء تحليل مصفوفة الارتباط الديناميكي (DCCM) لذرات Cα لتقييم ديناميكيات البنيوية واقتران الحركة بين البقايا³⁵. وقد أوضح هذا التحليل الاستقرار، والتفاعلات بين الجزيئات، والحركات الجماعية لمجمعات البروتين-الرابط. تم حساب معامل الارتباط المتقاطع Cij بين البواقي i و j كما يلي:

في الصيغة، تمثل الحرفان i و j ذرات Cα لبقايا. عندما تكون قيمة Cij موجبة وأكبر من الصفر؛ تعتبر الذرتان اللتان تتحركان في نفس الاتجاه في حركة مترابطة. عندما تكون قيمة Cij سالبة وأقل من الصفر، تعتبر الذرتان اللتان تتحركان في اتجاهين متعاكسين في حركة مضادة للارتباط. قيمة Cij صفر تشير إلى عدم وجود علاقة بين حركات الذرتين. علاوة على ذلك، تم تفسير قيم Cij التي تزيد عن 0.7 على أنها حركات قوية (إيجابية) أو سلبية قوية (سلبية). للتحقق من التقارب، تم فحص ملفات RMSD وRg. أكدت الملفات المستقرة أن ال 100 نانوثانية النهائية كانت كافية لتحليل DCCM. كشفت هذه الأنماط الحركية كيف ينظم ارتباط الليغاند التواصل داخل الجزيئات وإعادة ترتيب المجال. لضمان الاستقرار الديناميكي والتقارب، تم تحليل ال 100 نانوثانية فقط النهائية من المسارات المتساوية، وتم تصور خرائط الارتباط لتسليط الضوء على المناطق ذات التفاعل الديناميكي الكبير.

لشرح طاقة التفاعل بين البروتينات والروابط بشكل أفضل، تم استخدام سكريبت حساب طاقة حرة للارتباط لحساب طاقة الارتباط لجميع مركبات البروتين-الليغاند عند التوازن. في تطبيق طريقة حساب الطاقة الحرة للارتباط^{رقم 36}، تم تقسيم إجمالي طاقة الربط إلى أربعة أجزاء مستقلة: التفاعل الكهروستاتيكي، تفاعل فان دير فال، التفاعل القطبي التفاعلي، والتفاعل غير القطبي بالذوبان. عادة ما يشار إلى مصطلح الحلول غير القطبية باسم SASA.

خاتمة نقطة النهاية الإجرائية لاختيار الهدف والمسار
في نهاية سير العمل، تم اختيار الأهداف والمسارات النهائية المعتمدة بناء على المعايير التالية: الأهداف الأساسية التي تحتوي على أعلى 10 قيم درجات في شبكة PPI، ومكونات نشطة رئيسية ذات أعلى 10 قيم درجات في شبكة H-C-T. بالنسبة لمسارات KEGG، بعد استبعاد تلك المتعلقة بالأيض البشري والأمراض، تم تصنيف واختيار أفضل 20 مسارا بناء على عدد الأهداف المطورة. تم استخدام نتائج محاكاة MD لتأكيد الارتباط المستقر بين المكونات العليا والأهداف الأساسية. وقد حددت هذه الخطوات بشكل جماعي المخرج النهائي للبروتوكول.

النتائج

فحص المكونات النشطة والأهداف المحتملة ل QUF3
باستخدام ≥ التوليد 30٪ وDL ≥ 0.18 كمعايير فحص، بعد البحث في قاعدة بيانات TCMSP، حدد QUF3 126 مكونا كيميائيا. من بين هؤلاء، احتوت بايونيا راديكس ألبا (بايشاو) على 13 مكونا نشطا، وريهمانيا راديكس بريباراتا (شوديهوانغ) على 2، وسائل الكوكوتي (تويزي) على 13، وفروكتوس ليغوستري لوسيدي (نڤجينزي) على 13، وهيربا تاكسيلي (سانغجيشنغ) على 2، وراديكس سالفياي (دانشين) على 65، وكورنوس أوفيسيناليس سيب. وأنا زوك. (شانزهوي) احتوت على 20 (كما هو موضح في الجدول التكميلي...

المناقشة

هناك أدلة متزايدة على أن بطانة الرحم لدى مرضى متلازمة تكيس المبايض تظهر ضعفا في الوظائف، مما قد يرتبط بمعدلات أعلى من فشل الانغراس ونتائج الحمل السلبية⁴⁰. تتميز الفروق في بطانة الرحم لدى النساء المصابات بمتلازمة تكيس المبايض بشكل رئيسي بانخفاض تعبير البينوبودات، وأنظمة القنوات النووية، ومستقبلات الإستروجين، ومستقبلات البروجسترون خلال فترة الانغراس (WOI)⁴¹. علاوة على ذلك، تم تقليل تعبيرات مؤشرات بطانة الرحم الهوميوبكس A10 (HOXA-10)، الهوميوب...

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة

الاسم	الشركة	رقم فهرسي	التعليقات
قاعدة بيانات علم الأدوية لنظم الطب الصيني التقليدي ومنصة التحليل (الإصدار 2.3)	مختبر علم الأدوية للنظم	https://www.tcmsp-e.com/load_intro.php?id=43	قاعدة بيانات لفحص المكونات النشطة
قاعدة بيانات Swiss Target Prediction عبر الإنترنت (إصدار 2019)	مجموعة النمذجة الجزيئية، جامعة لوزان & معهد SIB السويسري لعلم المعلومات الحيوية	http://www.swisstargetprediction.ch/	قاعدة بيانات التنبؤ بالهدف عبر الإنترنت
قاعدة بيانات PubChem	مكتبة الطب الوطنية، المعاهد الوطنية للصحة	https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/	قاعدة بيانات كيميائية لاسترجاع SMILES/SDF للمركبات
قاعدة بيانات UniProt	المعاهد الوطنية للصحة	https://www.uniprot.org/uniprotkb	قاعدة بيانات البروتين لمعرفات UniProt وأسماء الجينات
التوريث المندليّ عبر الإنترنت في الإنسان (OMIM)	جامعة جونز هوبكنز	https://www.omim.org/	قاعدة بيانات الهدف المرضي
DrugBank	جامعة ألبرتا	https://www.drugbank.ca/	قاعدة بيانات الهدف المرضي
قاعدة بيانات الهدف العلاجي (TTD)	جامعة تشجيانغ	https://ttd.idrblab.cn/	قاعدة بيانات الهدف المرضي
GeneCards (الإصدار 5.26)	معهد وايزمان للعلوم، LifeMap Sciences	https://www.genecards.org/	قاعدة بيانات الهدف المرضي (درجة الصلة >5)
منصة تصور Venny (الإصدار 2.1.0)	المركز الوطني للتكنولوجيا الحيوية (CNB-CSIC)	https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/	أداة رسم مخطط Venn عبر الإنترنت لعرض التقاطع في الهدف
Cytoscape (الإصدار 3.10.3)	المورد الوطني لعلم الأحياء الشبكية، NHGRI	https://cytoscape.org/	برنامج تحليل الشبكة وتصورها لشبكات H-C-T، PPI، والمسارات
قاعدة بيانات STRING (الإصدار 12.0)	اتحاد STRING	https://string-db.org/	قاعدة بيانات تفاعل البروتين-البروتين لبناء شبكة PPI
قاعدة بيانات DAVID (الإصدار v2025-2)	وزارة الصحة والخدمات الإنسانية الأمريكية، المعاهد الوطنية للصحة	https://davidbioinformatics.nih.gov/	قاعدة بيانات تحليل إثراء الجين لـ GO وKEGG
AutoDockTools (الإصدار 1.5.7)	معهد سكربس للبحوث	https://autodock.scripps.edu/	برنامج الترسيب الجزيئي للمعالجة المسبقة والحساب
برنامج PyMOL (الإصدار 3.0.3)	شرودينغر	https://pymol.org/	برنامج تصور جزيئي لتصور الترسيب
بنك بيانات البروتين (PDB)	RCSB	https://www.rcsb.org/	قاعدة بيانات بنية البروتين لتنزيل ملفات PDB الهدف
GROMACS (الإصدار 2023.2)	فريق تطوير GROMACS	https://www.gromacs.org/	برنامج محاكاة الديناميكا الجزيئية
VMD (الإصدار 1.9.3)	جامعة إلينوي	https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/	برنامج تصور الجزيئات وتحليل المسار
gmx_MMPBSA	مصدر مفتوح (GitHub)	https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/gmx_MMPBSA	أداة حساب الطاقة الحرة للربط من مسارات MD
بنك بيانات العلوم	الأكاديمية الصينية للعلوم، مركز معلومات شبكة الكمبيوتر	https://www.scidb.cn/	مستودع البيانات العلمية لتوافر البيانات وإيداعها