Name: كبيرة الحجم (20L +) الترشيح لعينة من ماء البحر الساحلية (فيديو) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-18T00:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 58 s
Description: تعلم طريقة ترشيح كبيرة الحجم لمياه البحر الساحلية لجمع الكتلة الحيوية الميكروبية. تستخدم هذه التقنية مرشحات GFD لعزل المجتمعات الميكروبية في نطاق 0.22 إلى 2.7 ميكرومتر لدراسة التنوع البيولوجي البحري.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

نود أن نشكر المؤسسة الكندية للإبداع ، ومعارف كولومبيا البريطانية وصندوق التنمية الوطنية للعلوم والهندسة مجلس البحوث (NSERC) من كندا لدعم الدراسات الجارية على المناطق المنخفضة من الأوكسجين مياه المحيطات والمناطق الساحلية المفتوحة. كان مدعوما من قبل شعبة النهوض بالمرأة من الزمالات NSERC ، Killam ومؤسسة التمويل مركز تولا للتنوع وتطور الميكروبية.

<ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مجموعة تتكون من أجهزة الترشيح <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لإعداد جهاز الترشيح ، واستخدام ملاقط لوضع الصف GF / D تصفية وحدة سكنية في prefilter. تشديد فضفاضة السكن باليد. وكقاعدة عامة ، لا الإفراط في تشديد أو الوحدة مرة واحدة في تسرب سوف يبدأ الضخ. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استبدال الغطاء الدامجانة زجاجة كبيرة مع غطاء تعقيمها والأنابيب التي توليها إدراج بعناية الأنبوب الداخلي في الدامجانة زجاجة كبيرة دون لمسها. إذا كان ذلك ضروريا ، واستخدام ملاقط لتوجيه الأنبوب في الدامجانة زجاجة كبيرة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تمرير الأنابيب الخارجية من خلال مضخة تمعجية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إرفاق وحدة سكنية prefilter إلى نهاية كل من أنابيب خارجية (أي 2 وحدة في الدامجانة زجاجة كبيرة). إحكام اتصال مع كماشة. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ترشيح مياه البحر <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لتبدأ تصفية مياه البحر ، وتشغيل المضخة وضبط سرعة تدفق إلى 1. رايتس ووتش إلى ضمان أن المياه التي يتم ضخها في الاتجاه الصحيح. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> سماح 500 مل من المياه لتتدفق بحرية من خلال وحدة وprefilter في دورق L 1. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إيقاف المضخة ، وإرفاق تصفية Sterivex لتركيب luer الذكور في نهاية خالية من الإعداد prefilter. تشديد بشكل مريح السكن prefilter باليد. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مراقبة في السكن prefilter وعلى العلاقة بين السكن وprefilter الأنبوب الذي يؤدي إلى الدامجانة زجاجة كبيرة. إذا تسرب يحدث ، تشغيل المضخة قبالة وتخفيف وإعادة إحكام السكن prefilter تبعا لذلك. تشغيل المضخة مرة أخرى. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> جمع الراشح في قوارير ل 4. بمجرد أن يتم بالكامل ، والقوارير الفارغة في الدامجانة زجاجة كبيرة نظيفة. لا شك أن نلاحظ حجم مرت كل مرشح. ويمكن جمع مزيد من معالجة الرشاحة ، مثل الترشيح للبحث عن الفيروسات. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يستمر الترشيح حتى لا تبقى المياه في carboys. كالعادة مجموعة مرات الترشيح بين 4-5 ح / 20 L الدامجانة زجاجة كبيرة ، ولكن هذا يعتمد بشكل كبير على كمية الكتلة الحيوية داخل الماء. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الترشيح مرة واحدة كاملة ، تبديل المضخة وقطع المرشحات Sterivex. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تخزين الفلاتر <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لتخزين المرشحات ، وطرد الأولى أي المياه المتبقية مع حقنة مل 30-60. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> باستخدام ماصة ، إضافة 1.8ml العازلة تحلل إلى تصفية ، وحفظ ~ 200 UL الفضاء في تصفية بالإضافة إلى وقت لاحق من الكواشف. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ختم الجزء السفلي والعلوي من تصفية Sterivex مع قطعة صغيرة من Parafilm ، وتسمية المرشحات مع التاريخ وتحديد العينة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تخزين المرشحات في مرحلة ما قبل المسمى 50 مل في أنبوب الصقر -80 درجة مئوية </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة عوامل التصفية من وحدة سكنية ووضعها المسمى أنابيب فالكون 50 مل تحتوي على 2 مل من تحلل العازلة. تخزين هذه في -80 درجة مئوية. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تنظيف <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لتنظيف النهائي ، وضع الأنابيب التي كان داخل الدامجانة زجاجة كبيرة في قارورة تحتوي على حمض الهيدروكلوريك 0.1 M </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> توجيه أنابيب التي تؤدي إلى القارورة 4L في الدامجانة زجاجة كبيرة الأصلي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> التبديل على المضخة وتشغيلها في 3 ، وجمع من خلال تدفق تشغيل في الدامجانة زجاجة كبيرة الأصلي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أخيرا ، شطف الأنابيب بالماء تعقيمها. </li></ol></li></ol> ممثل النتائج : النتيجة النهائية يتكون من المرشحات التي تحتوي كل منهما Sterivix الكتلة الحيوية الميكروبية من مياه البحر حوالي 10 لتر في نطاق وحجم 0.22μm 2.7μm. يتم تخزين هذه العازلة في تحلل وعلى استعداد لاستخراج الحمض النووي. بالإضافة إلى ذلك ، هذا الإجراء تجمع وتركز الكتلة أكبر من 2.7 ميكرون ، على prefilters GF / د. كما يتم تخزين هذه العازلة في تحلل وعلى استعداد لاستخراج الحمض النووي. إذا اتخذت خطوات معالجة إضافية ، ويمكن أن تتركز على 0.22 ميكرومتر التدفق من خلال وصولا الى جمع الكسر الفيروسية كذلك.

ليس لدى المؤلفين أي تضارب في المصالح للإفصاح عنه.

ومن الضروري أن يمسح أسفل المقاعد ومضخات بمنشفة مبللة بعد الاستخدام لإزالة أي آثار متبقية من المياه المالحة التي من شأنها أن خلاف ذلك تآكل المعدات. على الرغم من أن هذا الإجراء هو بسيط ، يمكن أن تكون واسعة شرط الوقت اعتمادا على تركيز الكتلة الحيوية أو الحطام في العينة التي تمت تصفيتها.

<table><tbody><tr><td>مضخة 연動ية (Peristaltic pump)</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>أنابيب Tygon LFL</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>لجهاز الترشيح</td></tr><tr><td>مشابك الخرطوم</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>لجهاز الترشيح</td></tr><tr><td>محولات أنابيب 1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221;</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>لجهاز الترشيح</td></tr><tr><td>غلاف مرشح أولي من البولي بروبيلين</td><td></td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>لجهاز الترشيح</td></tr><tr><td>وصلة لوير معدنية (طرف خرطوم إلى قفل لوير ذكر)</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>لجهاز الترشيح</td></tr><tr><td>مغانط 2&amp;#8220;</td><td></td><td></td><td>لجهاز الترشيح</td><td></td></tr><tr><td>أغطية قارورة كاربوي ذات 3 منافذ</td><td></td><td></td><td></td><td>لجهاز الترشيح</td></tr><tr><td>مرشحات GV 0.22 &amp;mu;m STERIVIX</td><td></td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>مرشحات GF/D بقطر 47 mm وحجم مسامي 2.7 &amp;mu;m</td><td></td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>محلول منظم للتحلل (Lysis buffer)</td><td>كاشف</td><td></td><td></td><td>0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)</td></tr><tr><td>0.1 % HCl</td><td>كاشف</td><td></td><td></td><td>لشطف ما بعد الترشيح</td></tr><tr><td>ماء معقم بجهاز الأوتوكلاف</td><td>كاشف</td><td></td><td></td><td>لشطف ما بعد الترشيح</td></tr></tbody></table>

كبيرة الحجم (20l +) الترشيح لعينة من ماء البحر الساحلية

Large Volume (20L+) Filtration of Coastal Seawater Samples

يبدأ سير العمل في جمع المياه البحرية الساحلية للمجتمع الميكروبية المصب ، ويحلل الغاز المغذيات والتتبع. لهذا الأسلوب ، وقد تم جمع عينات من سطح التشغيل سفينتى جون ستريكلاند في مدخل Saanich. هذا الكتاب وثائق الفيديو الكبيرة (L ≥ 20) ترشيح الكتلة الحيوية الميكروبية ، وتتراوح ما بين 0.22μm 2.7μm في القطر ، من عمود الماء. يمكن تصفيتها عينتين 20L في وقت واحد باستخدام مضخة وحدة واحدة مزودة أربعة رؤساء بالتناوب. ويتم الترشيح في الميدان في رحلات طويلة ، أو فور مقابل رحلات يومية. فمن المهم لتسجيل كمية المياه التي تمر عبر كل وحدة تصفية sterivex. لمنع تشكيل بيوفيلم رحلات بين أخذ العينات ، يجب شطف جميع المعدات الترشيح مع حمض الهيدروكلوريك المخفف والمياه وتعقيمها منزوع الأيونات بعد الاستعمال مباشرة. وسوف يستغرق هذا الإجراء ما يقرب من 5 ساعات بالإضافة إلى ساعة إضافية للتنظيف.

هذا الكتاب وثائق الفيديو الكبيرة (L ≥ 20) ترشيح الكتلة الحيوية الميكروبية ، وتتراوح ما بين 0.22μm 2.7μm في القطر ، من عمود الماء.

كبيرة الحجم (20L +) الترشيح لعينة من ماء البحر الساحلية

تبدأ سير العمل بجمع مياه بحرية ساحلية لإجراء تحليلات لاحقة للمجتمع الميكروبي، والمغذيات، والغازات النزرة. وبالنسبة لهذه الطريقة، ...

مرحباً، أنا ديفيد والش من مختبر ستيفن هالام في قسم الميكروبيولوجيا وعلم المناعة بجامعة بريدج كولومبيا. سنعرض لكم اليوم إجراءً لترشيح أحجام كبيرة من مياه البحر لجمع الكتلة الحيوية الميكروبية. نحن نستخدم هذا الإجراء في مختبرنا لدراسة التنوع الميكروبي في البيئة البحرية.لنبدأ الآن. لتجهيز جهاز الترشيح، استخدم الملقط لوضع مرشح من درجة GFD في وحدة مبيت المرشح الأولي. أحكم ربط المبيت يدوياً بشكل غير محكم.كقاعدة عامة، تجنب الإفراط في الربط وإلا ستسرب الوحدة. بمجرد بدء عملية الضخ، استبدل غطاء القارورة بغطاء الأوتوكلاف وقم بتوصيل الأنابيب عن طريق إدخال الأنبوب الداخلي بعناية في القارورة دون لمسها. إذا لزم الأمر، استخدم الملاقط لتوجيه الأنبوب إلى داخل القارورة.ثم أحكم غلق الغطاء، ومرر الأنابيب الخارجية عبر المضخة 연دية. قم بتركيب وحدات مبيت المرشح الأولي في نهاية كلا الأنبوبين الخارجيين. أحكم الربط باستخدام كماشة لبدء عملية ترشيح مياه البحر.قم بتشغيل المضخة واضبط سرعة التدفق، وراقب للتأكد من أن الماء يُضخ في الاتجاه الصحيح. اسمح بتدفق 500 milliliters من الماء بحرية عبر وحدة الترشيح الأولي وصولاً إلى دورق سعة لتر واحد. أوقف تشغيل المضخة وثبّت مرشح Stax في وصلة الربط الذكرية الموجودة عند الطرف الحر من إعدادات الترشيح الأولي.أحكم ربط مبيت المرشح الأولي يدوياً وبإحكام. راقب وجود أي تسربات عند مبيت

large-volume-20l-filtration-of-coastal-seawater-samples

Research

JoVE Journal

Biology

علم الأحياء

هذا الفيديو وثائق أساليب جمع عينات من المياه الساحلية البحرية وتجهيزها لتطبيقات مختلفة بما في ذلك المصب تركيز الكتلة الحيوية ، وحمض النووي تنقية ، ووفرة الخلية ، والمغذيات وتحليل الغاز التتبع.

أخذ عينات مياه البحر وكوكتيل

هذا الكتاب وثائق فيديو صغيرة (~ 1 L) ترشيح الكتلة الحيوية الميكروبية من عمود الماء.

حجم صغير (1 - 3L) الترشيح للعينات مياه البحر الساحلية

هنا ، نقدم بروتوكولا شاملا لتقييم توافر المغذيات العضوية وغير العضوية ووفرة وهيكل المجتمعات الميكروبية والفيروسية في البيئات البحرية النائية.

كشف اللاعبين غير مرئي في المحيط - دليل ميداني للكيمياء المياه وعلم الأحياء المجهرية البحرية

تصف هذه المخطوطة نهجا آليا لاختيار حجم الهلام لتنقية شظايا الحمض النووي لتسلسل الجيل التالي. توفر تقنية رينجر أتمتة كاملة للعملية الكاملة لتحميل هلام الاغاروز ، والتحليل الكهربائي ، واستعادة شظايا الحمض النووي المستهدفة مما يسمح بمكتبات تسلسل عالية الإنتاجية وعالية الجودة من الجيل التالي.

جل الآلي الحجم التحديد لتحسين نوعية المكتبات تسلسل الجيل المقبل من إعداد من عينات المياه البيئة

نقدم VacuSIP ، وهي طريقة بسيطة وغير تدخلية وموثوقة لأخذ عينات نظيفة ودقيقة من المياه. تم تطوير النظام وتقييمه من أجل الجمع المتزامن للمياه المستنشقة والزفير بواسطة مغذيات معلقة قاعية في الموقع ، لقياس إزالة وإفراز الجسيمات والمركبات الذائبة بشكل نظيف.

VacuSIP، وتحسين أسلوب INEX ل<em&gt; في الموقع</em&gt; قياس الجسيمات والمذاب المركبات التي تتم معالجتها بواسطة مغذيات تعليق النشطة

نصف بروتوكولا لترشيح عينات المياه باستخدام خرطوشة مرشح واستخراج الحمض النووي البيئي (eDNA) دون الحاجة إلى قطع الغلاف لإزالة الفلتر. تم تطوير هذا البروتوكول للترميز الشريطي للحمض النووي الإلكتروني من الأسماك ، ولكنه ينطبق أيضا على الحمض النووي الإلكتروني من الكائنات الحية الأخرى.

استخدام خرطوشة مرشح للترشيح المياه العينات واستخلاص الحمض النووي البيئي

العوالق والجسيمات المعلقة تلعب دوراً رئيسيا في الدورات البيوجيوكيميائيه في المحيط. هنا، نحن نقدم طريقة نظيفة جداً، وانخفاض ضغط لجمع مختلف أحجام الجسيمات والعوالق في البحار مع القدرة على التعامل مع كميات كبيرة من مياه البحر.

جهاز متعدد الطبقات نظيفة جداً لجمع العوالق البحرية الحجم مجزأ والجسيمات المعلقة

هذا البروتوكول هو لتحديد الدهون في مياه البحر والعينات البيولوجية. يتم استخراج الدهون في الخيوط مع الكلوروفورم أو خليط من الكلوروفورم والميثانول في حالة المواد الصلبة. يتم قياس فئات الدهون بواسطة الكروماتوغرافيا رقيقة الطبقة قضيب مع الكشف عن تأين اللهب ومجموعها يعطي محتوى الدهون الكلي.

تحديد مجموع الدهون والدهون الطبقات في العينات البحرية

نقدم هنا بروتوكولا جديدا لاسترداد الحمض النووي البحري من خلال جمع عينات مياه البحر وترشيحها من العبارات العاملة والسفن التجارية الأخرى.

المختبر العائم: الإجراء التشغيلي القياسي لجمع عينات مياه البحر وترشيحها من العبارات العاملة لتحليل الحمض النووي البيئي

هنا ، نصف طرق أخذ العينات من المناطق الإيجابية للنظم البيئية البحرية والمياه العذبة لعزل العاث الزرقاء (ومضيفيها) وعمليات ما بعد أخذ العينات التي تثري الأنماط الجينية الفردية وتميز ديناميكيات تفاعل الفيروس والمضيف.

أخذ عينات بيئية من ميكروبات التمثيل الضوئي وفيروساتها: من الحقل إلى المختبر

يصف هذا البروتوكول سير عمل موحد لجمع عينات الحمض النووي البيئي للحيتانيات (eDNA) من أوعية مراقبة الحيتان. تعطى أولوية للجدوى للباحثين والعلماء المواطنين المدربين، بينما تحدد الظروف البيئية، ووقت الترشيح، والعكارة، واللوجستيات على متن السفينة الحدود العملية لتطبيقها.

أخذ عينات الحمض النووي البيئي من أوعية مراقبة الحيتان لمراقبة الحيتانيات

تعلم طريقة ترشيح كبيرة الحجم لمياه البحر الساحلية لجمع الكتلة الحيوية الميكروبية. تستخدم هذه التقنية مرشحات GFD لعزل المجتمعات الميكروبية في نطاق 0.22 إلى 2.7 ميكرومتر لدراسة التنوع البيولوجي البحري.

كبيرة الحجم (20L +) الترشيح لعينة من ماء البحر الساحلية

استكشف المزيد من الفيديوهات