Name: تغيير طبيعة الكهربائي جل التدرج (DGGE) (فيديو) | JoVE Journal
Uploaded: 2007-02-25T00:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 52 s
Description: تعلم تقنية DGGE لتحليل التنوع الجيني في مجتمعات البكتيريا الحيوية باستخدام تسلسل 16S rRNA. تساعد هذه الطريقة الباحثين على دراسة ديناميكيات المجتمعات الميكروبية بدقة.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

ليس لدى المؤلفين أي تضارب في المصالح للإفصاح عنه.

تغيير طبيعة الكهربائي جل التدرج (dgge)

Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)

تغيير طبيعة الكهربائي جل التدرج (DGGE)

مرحباً، اسمي سيليست بيترسون، وأنا زميلة في جامعة هارفارد أدرس مجتمعات الغشاء الحيوي الميكروبي. لذا، أقوم بتحليل المجتمعات البكتيرية من خلال فحص تسلسل 16S rRNA وكيفية تغير هذا التسلسل عبر الزمن والمكان. ولتحقيق ذلك، أستخدم تقنية DGGE.هذا ليس تشغيلاً طبيعياً للعين، إذ يجب الحفاظ على درجة حرارة 60 درجة عند التشغيل، كما يجب ضخ المحلول المنظم باستمرار. لذا، سنقوم بتدفئة المحلول المنظم لمدة ساعة تقريباً حتى يصل إلى 60 درجة، ومن ثم يمكننا تشغيل المنشفة. سأقوم الآن بغسل هذه اللوحة بمحلول uc مخفف، مع البحث عن الشوائب، ومن ثم إضاءتها.يمكن لأي شيء من هذا القبيل أن يتسبب في حدوث عدم انتظام. من المهم مسح جميع آثار المياه. لذا، عند تجميع الهلام، سأضع تلك الشريحة على الجانب الخارجي من الهلام.وبذلك سيكون الهلام بين هاتين القطعتين من الزجاج، بينما تكون الشريحة في الخارج ولن تؤثر على الهلام الموجود بينهما. والآن سأقوم بتجميع الهلام في هذه المشابك، ثم أضغطهما معاً وأقوم بإحكامهما عن طريق التدوير جهة اليمين. وكما هو الحال مع أي هلام، من المهم التأكد من أن الجزء السفلي مستوٍ تماماً.ولمنع التسرب، نقوم الآن بقلب الهلام ووضعه هنا ليتم إحكامه باستخدام الحاشية. لذا من المهم عند القيام بذلك أن تكون الصفائح محاذية تماماً للحاشية هنا. بعد ذلك، يتم إدخال هذه المقابض الجانبية والضغط لأسفل لإتمام عملية الإحكام.هذه محقنة بحجم 30 mil. وهذا الجزء وهذا الجزء يأتيان مع مجموعة bio red ويتم تركيبهما بهذا الشكل. والغرض من ذلك هو مجرد التخلص من المياه الزائدة في الأنابيب.ضع الأنابيب فوق الهلام لتحميل الهjLabel. أولاً، ضع محولاً في الأنبوب ثم إبرة باستخدام ذلك المحول الصغير وضعها في منتصف الهلام تماماً بحيث تكون أسفل الزجاج السفلي بقليل. بعد ذلك، يدخل هذا المحول السلكي في الأنبوب الطويل وسيتصل بمحقنتين تحتويان على المحلول عالي الكثافة والمحلول منخفض الكثافة.هذه محاليل مُحضرة مسبقاً. لقد أضفتُ صبغةً إلى المحلول الأزرق للإشارة إلى أنه المحلول الأكثر إحداثاً للمسخ، بينما هذا هو المحلول الأقل إحداثاً للمسخ، وهو المحلول منخفض الكثافة. وكلاهما يحتويان على جميع المكونات.والآن سأقوم بتحضير، في الواقع، ضعف الكمية لهذا الأسبوع. وبمجرد وصول درجة الحرارة إلى المستوى المطلوب، يكون لديك حوالي خمس إلى سبع دقائق لملء الهلام قبل أن ترتفع الأعمدة. والآن نملأ المحقنة بالمحلول.سأقوم بملئه بنحو 15 µL من المحلول. ومن ثم، وللتخلص من أي فقاعات هوائية، سأقلبه رأساً على عقب وأضغط بلطف حتى تختفي الفقاعة الهوائية العلوية. الآن، سيتم وضع هذا المسمار الصغير هنا في هذا المجرى.سوف يتم محاذاة هذا المهايئ مع هذا المشبك هنا، وسيتم تثبيته بإحكام شديد باستخدام مشبك C. وبعد ذلك، سيتم توصيل هذا الأنبوب بالمحقنة. ويتم تنفيذ نفس الإجراء على الجانب الآخر مع المصفوفة عالية الكثافة حيث يحين وقت التوصيل.لذلك، سأقوم بتدوير هذه العجلة بحركة منتظمة باتجاه عقارب الساعة. وسوف يخرج المحلول الأزرق أولاً لأنه الأكثر كثافة، ليشكل الجزء السفلي من الهلام. وبعد فترة وجيزة، سيبدأ المحلول الشفاف في ملء الهلام، وبذلك يتكون التدرج.ضعها للحظة بميل طفيف، وبمجرد الانتهاء من صب الهلام (gel)، اغسل الأنابيب فوراً لأنها ستتخثر. ستنتقل المجموعة إلى هناك. ثم اضغط لأسفل. هكذا هذا الجزء الصغير، وسأفعل الشيء نفسه على الجانب الآخر. حسناً.أهلاً بكم، اسمي سيليست بيترسون، وأنا زميلة في جامعة هارفارد حيث أدرس المجتمعات الحيوية الميكروبية. أقوم حالياً بتوصيف المجتمعات البكتيرية من خلال دراسة تسلسل 16S rRNA وكيفية تغير هذا التسلسل عبر الزمن والمكان. ولتحقيق ذلك، أستخدم تقنية DGGE.يُقصد بـ DGE الترحيل الكهربائي للهلام الممسخ (Denaturing gel electrophoresis). وتعتمد الفكرة بشكل أساسي على وجود تدرج، حيث يتم ممسخة الحمض النووي DNA أثناء تحركه عبر هذا التدرج. وبناءً على ذلك، ستتوقف السلاسل المختلفة عند نقاط متفاوتة على طول هذا التدرج.وبذلك ينتهي الأمر ليكون بمثابة بصمة لأنواع الـ sexiness المختلفة في المجتمع. لذا، فإن الهدف من تجربتي هو معرفة المكونات الموجودة في المجتمع وكيفية تغيرها عبر الزمان والمكان. ويمكنني تشغيل هلام sexiness DDD، ومن ثم قص النطاقات وتحديد الأنواع الممثلة في كل مجتمع.لذا، فإن إحدى أكبر المشكلات عند إجراء هلام DDG هي تحديد التدرج الأفضل؛ وهذا الأمر يتطلب التجربة والبحث لمعرفة نوع التدرج المناسب لمجتمع معين. والتدرج الذي أستخدمه اليوم هو 35 إلى 55%urea.تتمثل إحدى المشكلات الكبيرة التي قد تحدث في هذه التقنية في ظهور لطخات في المسارات. وقد وجدت أن أفضل السبل للتعامل مع ذلك، لأي سبب كان، هو تشغيل الهلام لفترة زمنية طويلة جداً، وعندها تختفي هذه اللطخات. حسنًا، أنا أستخدم هذه التقنية اليوم للمجتمعات البكتيرية العامة، ولكن يمكن استخدامها أيضاً لعائلة محددة من البكتيريا لمعرفة كيفية تغيرها بمرور الوقت، وعادةً ما تكون هذه الهلامات نظيفة جداً.يمكنك أيضاً فحص الطفرات في جينات مفردة باستخدام تقنية DDGE.

denaturing-gradient-gel-electrophoresis-dgge

Research

JoVE Journal

Biology

علم الأحياء

تغيير طبيعة استخدام هلام بولي أكريلاميد الكهربائي لفصل واحد اليوريا الذين تقطعت بهم السبل الحمض النووي الريبي أو تصل إلى حد 500 النيوكليوتيدات. اليوريا في تركيبة مع عينات يبدل طبيعة الحرارة وضيق واحد غير منظمة الهجرة داخل المصفوفة هلام وفقا لوزنها الجزيئي.

تغيير طبيعة جل بولي أكريلاميد الكهربائي اليوريا (PAGE اليوريا)

يوصف بروتوكول الأساسية للانفصال شظايا من الحمض النووي باستخدام الجل الاغاروز الكهربائي.

الاغاروز الكهربائي للهلام لفصل أجزاء الحمض النووي

يوضح هذا الفيديو الفصل القائم على الرحلان الكهربائي ثنائي الأبعاد لألياف الأميلويد المنظفات شبه المتمسخة. تفصل هذه التقنية مجاميع الأميلويد متعددة الأشكال بناء على حجمها غير المتجانس.

الرحلان الكهربائي لجل الاغاروز ثنائي الأبعاد شبه المتغير: تقنية لفصل ألياف الأميلويد متعددة الأشكال بناء على عدم تجانس الحجم

&lt; p class = "jove_content"&gt;في هذا الفيديو ، نوضح طريقة الرحلان الكهربائي للهلام ثنائي الأبعاد التي تفصل البروتينات الفردية عن خليط بروتيني معقد يتم الحصول عليه من أنسجة الورم الورمي الحميد النخامي البشري غير الوظيفي (NFPA). يتم فصل البروتينات بناء على شحنتها الكهربائية في البعد الأول ويتم فصلها بشكل أكبر بناء على الأوزان الجزيئية في البعد الثاني.

الرحلان الكهربائي لجل بولي أكريلاميد ثنائي الأبعاد: تقنية فصل لتحليل البروتينات في خليط البروتين المركب بناء على الشحنة والوزن الجزيئي

لا يزال الكشف السريع والقياس الكمي الموثوق به لأحداث تحرير الحمض النووي الريبي على نطاق الجينوم أمرا صعبا ويعتمدان حاليا على طرق تسلسل الحمض النووي الريبي المباشرة. يستخدم البروتوكول الموصوف هنا الرحلان الكهربائي الهلامي المتدرج في درجة الحرارة الدقيقة (μTGGE) كطريقة بسيطة وسريعة ومحمولة للكشف عن تحرير الحمض النووي الريبي.

نهج غير تسلسلي للكشف السريع عن تحرير الحمض النووي الريبي

هذا الفيديو يوضح بروتوكول لفحص الأوعية الدموية في المختبر الذي يلخص مراحل عديدة من الأوعية الدموية. وتظهر -- الوقت الفاصل بين الصور التي تنتشر من وتشكيل التجويف ، والمتفرعة مفاغرة -- الملامح الرئيسية الأوعية الدموية.

الفحص الأمثل الفايبرين الخرزة جل لدراسة الأوعية الدموية

وصفنا بروتوكولا للالتصنيع الدقيق للجهاز لتوليد ميكروفلويديك التدرج التي يمكن أن تولد التدرجات المكاني والزماني في المكروية محددة جيدا. في هذا النهج ، يمكن استخدام الجهاز لتوليد التدرج ميكروفلويديك لدراسة موجهة الهجرة الخلية ، الجنيني ، التئام الجروح ، وورم خبيث من السرطان.

جهاز لتوليد التدرج ميكروفلويديك لبيولوجيا الخلية

علينا أن نظهر أن التعبير أكثر من البشرة مستقبلات عامل النمو (EGFR) يعزز حركية من خلايا الجذعية العصبية (NSCs) باستخدام agarose هلام رواية الجهاز ميكروفلويديك القائمة. يمكن أن تكون قابلة للتكيف هذه التكنولوجيا بسهولة لغيرها من نظم خلايا الثدييات الخلية حيث قالت مصادر شحيحة ، مثل الخلايا الجذعية العصبية ، وبدوره حولها الساعة الحرجة.

تقييم العصبية على الحركة باستخدام الخلايا الجذعية جل المستندة Agarose الأجهزة ميكروفلويديك

SDD - AGE هو تقنية مفيدة للكشف وتوصيف اميلويد مثل البوليمرات في الخلايا. هنا علينا أن نظهر للتكيف الذي يجعل هذه التقنية قابلة للتطبيقات واسعة النطاق.

الكشف عن تجميع اميلويد بواسطة تغيير طبيعة شبه الكهربائي جل منظفات - Agarose

نحن تصف طريقة لاستخراج الحمض النووي عالية الوزن الجزيئي الجينومية من الكتلة الحيوية العوالق ركزت على 0.22 ميكرون Sterivex المرشحات ، تليها السيزيوم كلوريد كثافة الطرد المركزي لتنقية الانحدار.

استخراج الحمض النووي من 0.22 ميكرومتر Sterivex فلاتر والسيزيوم كلوريد التدرج الكثافة الطرد المركزي

تعلم تقنية DGGE لتحليل التنوع الجيني في مجتمعات البكتيريا الحيوية باستخدام تسلسل 16S rRNA. تساعد هذه الطريقة الباحثين على دراسة ديناميكيات المجتمعات الميكروبية بدقة.

تغيير طبيعة الكهربائي جل التدرج (DGGE)

استكشف المزيد من الفيديوهات