$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
خذ الخلايا العصبية الهرمية التي يتم تحويلها وتصنيفها المناعي إلى اللون الأخضر الفلوري.
احصل على صور للخلايا العصبية باستخدام مجهر المسح الضوئي بالليزر متحد البؤر مع ضبط الإعدادات لضمان جودة الصورة المثلى.
افتح صورة باستخدام برنامج متخصص واستخدم مرشح Gaussian لتقليل ضوضاء الخلفية.
قم بإجراء تتبع التغصنات شبه الأوتوماتيكي عن طريق تقدير قطر التغصنات أولا. بعد ذلك، حدد نقطة البداية والمسار ونقطة النهاية للتغصن.
للتجزئة التلقائية للعمود الفقري ، حدد إعادة بناء قطر التغصنات وقم بتعيين عتبة حجم التغصنات لتمثيل حجم التغصنات الفعلي.
حدد قيما لأصغر قطر رأس للعمود الفقري والحد الأقصى لطول العمود الفقري.
اضبط عتبة النقاط التي تمثل العمود الفقري ، وتأكد من توطينها على رؤوس العمود الفقري الفعلية.
قم بتعيين المعلمات لتصنيف العمود الفقري بناء على الطول وقطر الرأس والشكل.
قم بإنشاء نموذج ثلاثي الأبعاد للتغصنات مع العمود الفقري وتصدير البيانات لمزيد من التحليل.
تحت المجهر متحد البؤر ، حدد ما لا يقل عن 10 خلايا عصبية صحية لكل حالة مع مورفولوجيا هرمية وشجرة شجيرية كاملة. لتحديد 60 إلى 100 ميكرومتر لكل تغصنة ، احصل على صور ذات هدف زيت 40x و NA 1.3 وليزر 488 نانومتر مع طاقة ذروة نموذجية عند مستوى العينة حوالي 20 ميكرووات.
اضبط حجم البكسل على حوالي 80 نانومتر لأخذ عينات من العمود الفقري التغصني بشكل صحيح. لأخذ عينات من حجم الخلايا العصبية بالكامل ، احصل على مكدس Z بتباعد z من 150 إلى 300 نانومتر ، مما ينتج عنه 20 إلى 30 شريحة z. لإجراء القياس الكمي ثلاثي الأبعاد للأشواك التغصنية ، استخدم الإعدادات التالية لبرنامج التحليل.
للمعالجة المسبقة ، استخدم التصفية الغوسية عن طريق اختيار معالجة الصور ، التنعيم ، مرشح غاوسي. قم بتعيين عرض المرشح مساويا لحجم البكسل في المستوى XY. لإجراء تتبع شبه تلقائي للتشعبات، من وحدة تتبع الفتيل في علامة التبويب شريحة، استخدم أداة المسافة لتقدير قطر التغصنات.
بعد ذلك ، في علامة التبويب تجاوز ، انقر فوق أداة Filaments واختر تخطي الإنشاء التلقائي لتحسين المتانة. في علامة التبويب رسم المعروضة الآن ، حدد المسار التلقائي كطريقة ، والتغصنات كنوع ، وأدخل قطر التغصنات المقدر. باستخدام وضع تحديد المؤشر ، قم بتحويل المؤشر إلى مربع ، واختر Shift وانقر بزر الماوس الأيمن على نقطة بداية التغصن. سيقوم البرنامج بإجراء العمليات الحسابية الأولية.
الآن ، حرك المؤشر على طول التغصن. من نقطة البداية ، يظهر خط أصفر يمثل مسار التغصنات الأكثر احتمالا. اضغط على Shift وانقر بزر الماوس الأيسر على نقطة نهاية التغصن. لإجراء تجزئة تلقائية للعمود الفقري ، في واجهة الوحدة النمطية ، انقر فوق علامة التبويب إنشاء. في قائمة إسقاط إعادة البناء ، اختر إعادة بناء قطر التغصنات وحدد مربع الاحتفاظ بالبيانات. ثم انقر فوق إعادة إنشاء.
قم بتعيين الحد بحيث يتوافق الحجم المجزأ مع حجم التغصنات الفعلي. كخوارزمية، حدد أقصر مسافة من خريطة المسافة. ثم انقر فوق الزر التالي. ضمن علامة التبويب شريحة، حدد أصغر قطر لرأس العمود الفقري والحد الأقصى للطول.
ثم ضمن علامة التبويب تجاوز ، أدخل المعلمات. تعد القيم التي تتراوح بين 200 و 300 نانومتر للقطر الأدنى و 4 ميكرومتر للطول الأقصى نقاط انطلاق جيدة. دون تحديد المربع السماح بالعمود الفقري، انقر فوق الزر التالي.
بعد ذلك ، اضبط عتبة نقاط البذور بحيث يتم توطين النقاط الزرقاء التي تمثل العمود الفقري في رؤوس العمود الفقري الفعلية. ثم انقر فوق التالي. سيتم الآن إجراء الحساب الأساسي ويمكن أن يستغرق وقتا. لتصنيف العمود الفقري ، ضمن علامة التبويب "أدوات" في واجهة الوحدة النمطية ، انقر فوق تصنيف العمود الفقري.
بعد التحقق من وجود أربع فئات كما هو موضح في بروتوكول النص ، ستقوم واجهة الوحدة النمطية بإنشاء أربعة كائنات خيوط جديدة مع نتائج التصنيف. أخيرا ، قم بتصدير البيانات الإحصائية ، ضمن علامة التبويب الإحصائيات بالنقر فوق تصدير جميع الإحصائيات إلى ملف.