plusTipTracker باستخدام برنامج لقياس ديناميكية في أنيبيب القيطم المورق المخاريط النمو

الهدف من هذا الإجراء هو الحصول على معلومات كمية تتعلق بالأنابيب الدقيقة بالإضافة إلى بروتين التتبع النهائي أو بالإضافة إلى ديناميكيات الطرف ومخاريط النمو الحي باستخدام حزمة البرامج بالإضافة إلى تعقب التطرف. نصف هنا خطوات تحليل صور ديناميكيات EB one GFP ومخاريط نمو XUS lavis المستنبتة ، ولكن يمكن استخدام بروتوكول مماثل لأنواع الخلايا الأخرى بعد الحصول على صور حية عالية الدقة لأقماع النمو الجنينية المسجلة EB one والمخاريط الجنينية المستنبتة. تتمثل الخطوة الأولى في الإجراء في استخدام الأمر بالإضافة إلى النصيحة ، والحصول على مسارات لاكتشاف مذنبات EB واحد GFP ، وربط المذنبات بالمسارات ، وتحديد معلمات ديناميكيات الأنابيب الدقيقة.

الخطوة الثانية هي استخدام الأمر بالإضافة إلى مسارات الطرف C لتصور مسارات الأنابيب الدقيقة المتراكبة على صور مخروط النمو. الخطوة الأخيرة هي استخدام تحليل مجموعة الأطراف الإضافية لتحليل ومقارنة معلمات مسار الأنابيب الدقيقة لمجموعات الأفلام. الميزة الرئيسية لهذه التقنية على الطرق الحالية مثل استخدام التتبع اليدوي لتحليل مسارات النصائح الفردية ، هي أن هذه الطريقة تسمح بالكشف السريع والآلي والتتبع والتصور والتحليل.

تتمثل الخطوة الأولى في تحليل الصور في اكتشاف مذنبات EB one GFP ، وربط المذنبات بالمسارات وتحديد معلمات ديناميكيات الأنابيب الدقيقة. يتم الحصول على هذا باستخدام الأمر زائد تلميح. احصل على مسارات قبل تحليل الصور.

قم بتحويل كل فيلم بفاصل زمني إلى سلسلة من ملفات صور TIFF واحفظ كل سلسلة في مجلد خاص بها يسمى الصور. لاحظ أن الصور حساسة لحالة الأحرف. لبدء التحليل ، افتح تطبيق MATLAB واكتب علامة الجمع للحصول على المسارات في نافذة الأوامر.

سيؤدي ذلك إلى ظهور مربع حوار جديد. انقر فوق وقم بإعداد مشاريع جديدة وحدد واحدة أو أكثر من سلسلة صور TIFF السابقة عن طريق تحديد مجلد الصور المناسب. عند الانتهاء من هذه الخطوة، سيتم إنشاء دليل ملف.

انقر فوق ، حسنا. بمجرد عرض الصورة الأولى ، استخدم الماوس للنقر فوق مضلع وإنشائه. ثم يشمل مجمل مخروط النمو.

انقر نقرا مزدوجا فوق الماوس لإغلاق المضلع. سيظهر مربع حوار إذا كانت الصورة تحتوي على مخروط نمو آخر. للتحليل، حدد نعم.

وإلا، حدد لا. الخطوة التالية هي تحديد المشاريع التي سيتم تحليلها على الفور. انقر فوق تحديد المشاريع وحدد المجلد.

لتحليل قائمة ، ستظهر شاشة محددة لزجة. حدد المشاريع من الجانب الأيسر من الشاشة وانقلها إلى الجانب الأيمن. انقر فوق ، حسنا.

اختر موقعا لحفظ قائمة المشروع وانقر فوق حفظ ، وحدد الكشف والتتبع والمعالجة اللاحقة. بمجرد إجراء هذه التحديدات، سيصبح الجانب الأيمن من مربع الحوار قابلا للتكوين. املأ إعدادات ما بعد المعالجة.

اعتمادا على إعدادات الحصول على الصور المحددة المطلوبة ، انقر فوق ابدأ. سيقوم البرنامج بعد ذلك بتشغيل أي خطوات تم إدخالها. تعرض نافذة الأوامر الوقت المقدر المتبقي لكل وظيفة وستشير إلى وقت الانتهاء من تشغيل الخطوة.

الآن بعد أن تم تحديد المسارات الأنبوبية الدقيقة ، يتم استخدام الوظيفة بالإضافة إلى مسارات الطرف C لتصور المسار وعرض المسارات الأنبوبية الدقيقة المتراكبة على صور مخروط النمو. يتم الحصول على هذا باستخدام الأمر بالإضافة إلى تلميح C ، اكتب المسارات بالإضافة إلى التيار C في نافذة الأوامر. بعد تحميل مربع الحوار ، انقر فوق تحديد المشروع.

حدد الدليل الأصلي الذي يحتوي على المشروع لتصوره وانقر فوق تحديد المجلد. بمجرد ظهور النافذة ، اختر الملف المراد تصوره وانقر فوقه. حسنا ، بعد ذلك ، انقر فوق تحديد عائد استثمار محفوظ ، وانتقل إلى نفس منطقة مجلد الاهتمام مثل تلك المحددة في الخطوة السابقة وحدد الملف المسمى R-O-I-Y-X.

انقر فوق تحديد دليل الإخراج لتحديد المكان الذي سيحفظ فيه MATLAB ملفات تصور المسار ثم حدد إنشاء فيلم مسار. ستظهر شاشة تعرض جميع المسارات. بالإضافة إلى نصيحة احصل على مسارات محسوبة من تعليقات الإلماح الزائد.

تحفظ الخطوة السلسلة الزمنية للمسار بتنسيق فيلم. تستخدم الوظيفة النهائية لإنشاء مجموعات من الأفلام لتحليل ومقارنة معلمات المسار الأنبوبي الصغير. يتم الحصول على هذا باستخدام الأمر بالإضافة إلى تحليل مجموعة التلميح.

بمجرد تشغيل المسارات للحصول على تلميح إضافي لأفلام متعددة ومجموعات فرعية مختلفة من البيانات جاهزة للمقارنة. اكتب تحليل مجموعة تلميحات الجمع في نافذة الأوامر لتحديد المجموعات المراد مقارنتها يدويا أولا قم بإلغاء تحديد المجموعة التلقائية من التدرج الهرمي. ثم انقر فوق تحديد المشاريع.

انتقل إلى الدلائل الأصلية التي تحتوي على كافة مجلدات عائد الاستثمار. لتحليل قائمة ، ستظهر نافذة واجهة المستخدم الرسومية. حدد جميع المشاريع التي تريد تضمينها في المجموعات من الجانب الأيسر من الشاشة وانقلها إلى الجانب الأيمن.

انقر فوق ، حسنا. ثم اختر موقعا لحفظ قائمة المشاريع وانقر فوق حفظ نافذة ستظهر . انقر فوق.

حسنا ، وستظهر نافذة تحديد القائمة اللزجة. مرة أخرى ، حدد فقط الملفات التي تتوافق مع المجموعة الأولى التي يجب تجميعها معا وانقر فوق. حسنًا. أدخل اسم المجموعة وانقر فوق ، حسنا.

ستظهر نافذة ، أجب وفقا لذلك واستمر في تحديد المجموعات. ثم اختر موقعا لحفظ قائمة المجموعات وانقر فوق حفظ. انقر فوق تحديد دليل الإخراج لاختيار مكان تخزين مجلدات الإخراج.

أخيرا ، حدد نوع تحليل المجموعة الذي تريد إجراؤه. هنا نختار بيانات التجمع من جميع الخلايا والمجموعات. انقر فوق مقارنة المجموعات.

تعرض هذه الصورة معلمات ديناميكيات الأنبوب الدقيقة التي تم الحصول عليها من الوظيفة بالإضافة إلى مسارات git الطرف. يوضح هذا الفيلم مسارات الأنابيب الدقيقة التي تم الحصول عليها من الوظيفة بالإضافة إلى مسارات الطرف C. أخيرا ، توضح هذه الصورة معلمات الأنابيب الدقيقة التي تم الحصول عليها من الوظيفة بالإضافة إلى تحليل مجموعة الطرف.

باستخدام تطبيق جدول بيانات. يمكن أيضا فحص هذه المعلمات المكتسبة من مجموعات مختلفة من الأفلام كمخططات صندوقية باستخدام برنامج معالجة. بعد مشاهدة هذا الفيديو ، يجب أن يكون لديك فهم جيد لكيفية استخدام بالإضافة إلى تعقب الإكرامية للحصول على معلومات كمية تتعلق بالأنابيب الدقيقة بالإضافة إلى ديناميكيات الأطراف ومخاريط النمو الحية من خلال استخدام الوظائف بالإضافة إلى مسارات جيت الطرفية بالإضافة إلى مسارات الطرف C ، بالإضافة إلى تحليل مجموعة النصيحة.