Name: التصنيف الفرعي لل العطيفة الصائمية SSP. doylei يعزل عن طريق PhyloProteomics أساس الطيف-قداس (MSPP) (فيديو) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-10-30T12:30:00.000+00:00
Duration: 9 min 43 s
Description: اكتشف طريقة التصنيف الفرعي للبكتيريا باستخدام تقنية طيف الكتلة الفيلوبروتينومية (MSPP) لعزل Campylobacter jejuni ssp. doylei. توفر هذه الطريقة تحليلاً سريعاً واقتصادياً لفهم صلة القرابة بين السلالات وتوقع المظاهر مثل مقاومة الأدوية.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

نحن ممتنون لهانا كلاينشميت على الدعم الفني الممتاز. تم تمويل هذه الورقة من قبل برنامج دعم الوصول المفتوح التابع للمؤسسة الألمانية وصندوق النشر التابع لجامعة جورج أوغست غوتنغن.

<ol><li>Seng, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ongoing+revolution+in+bacteriology%3A+routine+identification+of+bacteria+by+matrix-assisted+laser+desorption+ionization+time-of-flight+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry.</a> Clin Infect Dis. 49 (4), 543-551 (2009).</li>
<li>Bader, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI-TOF-MS-based+species+identification+and+typing+approaches+in+medical+mycology%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">MALDI-TOF-MS-based species identification and typing approaches in medical mycology.</a> Proteomics. 13 (5), 788-799 (2013).</li>
<li>Sandrin, T. R., Goldstein, J. E., Schumaker, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI+TOF+MS+profiling+of+bacteria+at+the+strain+level%3A+a+review%5BTitle%5D)+AND+%22Mass+Spectrom+Rev%22%5BJournal%5D)">MALDI TOF MS profiling of bacteria at the strain level: a review.</a> Mass Spectrom Rev. 32 (3), 188-217 (2013).</li>
<li>Zautner, A. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discrimination+of+multilocus+sequence+typing-based+Campylobacter+jejuni+subgroups+by+MALDI-TOF+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Discrimination of multilocus sequence typing-based Campylobacter jejuni subgroups by MALDI-TOF mass spectrometry.</a> BMC Microbiol. 13, 247(2013).</li>
<li>Reil, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recognition+of+Clostridium+difficile+PCR-ribotypes+001%2C+027+and+126%2F078+using+an+extended+MALDI-TOF+MS+system%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Clin+Microbiol+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Recognition of Clostridium difficile PCR-ribotypes 001, 027 and 126/078 using an extended MALDI-TOF MS system.</a> Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 30 (11), 1431-1436 (2011).</li>
<li>Kuhns, M., Zautner, A. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+discrimination+of+Salmonella+enterica+serovar+Typhi+from+other+serovars+by+MALDI-TOF+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rapid discrimination of Salmonella enterica serovar Typhi from other serovars by MALDI-TOF mass spectrometry.</a> PLoS One. 7 (6), e40004(2012).</li>
<li>Wolters, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI-TOF+MS+fingerprinting+allows+for+discrimination+of+major+methicillin-resistant+Staphylococcus+aureus+lineages%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Med+Microbiol%22%5BJournal%5D)">MALDI-TOF MS fingerprinting allows for discrimination of major methicillin-resistant Staphylococcus aureus lineages.</a> Int J Med Microbiol. 301 (1), 64-68 (2011).</li>
<li>Josten, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+the+matrix-assisted+laser+desorption+ionization-time+of+flight+mass+spectrum+of+Staphylococcus+aureus+identifies+mutations+that+allow+differentiation+of+the+main+clonal+lineages%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Analysis of the matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrum of Staphylococcus aureus identifies mutations that allow differentiation of the main clonal lineages.</a> J Clin Microbiol. 51 (6), 1809-1817 (2013).</li>
<li>Lu, J. J., Tsai, F. J., Ho, C. M., Liu, Y. C., Chen, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptide+biomarker+discovery+for+identification+of+methicillin-resistant+and+vancomycin-intermediate+Staphylococcus+aureus+strains+by+MALDI-TOF%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Peptide biomarker discovery for identification of methicillin-resistant and vancomycin-intermediate Staphylococcus aureus strains by MALDI-TOF.</a> Anal Chem. 84 (13), 5685-5692 (2012).</li>
<li>Novais, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI-TOF+mass+spectrometry+as+a+tool+for+the+discrimination+of+high-risk+Escherichia+coli+clones+from+phylogenetic+groups+B2+%28ST131%29+and+D+%28ST69%2C+ST405%2C+ST393%29%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Clin+Microbiol+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">MALDI-TOF mass spectrometry as a tool for the discrimination of high-risk Escherichia coli clones from phylogenetic groups B2 (ST131) and D (ST69, ST405, ST393).</a> Eur J Clin Microbiol Infect Dis. , (2014).</li>
<li>Matsumura, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+extended-spectrum-beta-lactamase-producing+Escherichia+coli+ST131+and+ST405+clonal+groups+by+matrix-assisted+laser+desorption+ionization-time+of+flight+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Detection of extended-spectrum-beta-lactamase-producing Escherichia coli ST131 and ST405 clonal groups by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry.</a> J Clin Microbiol. 52 (4), 1034-1040 (2014).</li>
<li>Christner, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+MALDI-TOF+Mass+Spectrometry+Strain+Typing+during+a+Large+Outbreak+of+Shiga-Toxigenic+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rapid MALDI-TOF Mass Spectrometry Strain Typing during a Large Outbreak of Shiga-Toxigenic Escherichia coli.</a> PLoS One. 9 (7), e101924(2014).</li>
<li>Zautner, A. E., Masanta, W. O., Weig, M., Groß, U., Bader, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+Spectrometry-based+PhyloProteomics+%28MSPP%29%3A+A+novel+microbial+typing+Method%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Mass Spectrometry-based PhyloProteomics (MSPP): A novel microbial typing Method.</a> Scientific Reports. 5, (2015).</li>
<li>The global view of campylobacteriosis. WHO. World Health Organisation (WHO), , Available from:
 <a target="_blank" href="http://www.who.int/foodsafety/publications/campylobacteriosis/en/">http://www.who.int/foodsafety/publications/campylobacteriosis/en/</a> (2013).</li>
<li>Dasti, J. I., Tareen, A. M., Lugert, R., Zautner, A. E., Gross, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Campylobacter+jejuni%3A+a+brief+overview+on+pathogenicity-associated+factors+and+disease-mediating+mechanisms%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Med+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Campylobacter jejuni: a brief overview on pathogenicity-associated factors and disease-mediating mechanisms.</a> Int J Med Microbiol. 300 (4), 205-211 (2010).</li>
<li>Zautner, A. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Seroprevalence+of+campylobacteriosis+and+relevant+post-infectious+sequelae%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Clin+Microbiol+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Seroprevalence of campylobacteriosis and relevant post-infectious sequelae.</a> Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 33 (6), 1019-1027 (2014).</li>
<li>Zautner, A. E., Herrmann, S., Groß, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Campylobacter+jejuni+-+The+Search+for+virulence-associated+factors%5BTitle%5D)+AND+%22Archiv+Fur+Lebensmittelhygiene%22%5BJournal%5D)">Campylobacter jejuni - The Search for virulence-associated factors.</a> Archiv Fur Lebensmittelhygiene. 61 (3), 91-101 (2010).</li>
<li>Dingle, K. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multilocus+sequence+typing+system+for+Campylobacter+jejuni%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Multilocus sequence typing system for Campylobacter jejuni.</a> J Clin Microbiol. 39 (1), 14-23 (2001).</li>
<li>Dingle, K. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+characterization+of+Campylobacter+jejuni+clones%3A+a+basis+for+epidemiologic+investigation%5BTitle%5D)+AND+%22Emerg+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Molecular characterization of Campylobacter jejuni clones: a basis for epidemiologic investigation.</a> Emerg Infect Dis. 8 (9), 949-955 (2002).</li>
<li>Cody, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+genomic+epidemiological+evaluation+of+human+Campylobacter+isolates+by+use+of+whole-genome+multilocus+sequence+typing%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Real-time genomic epidemiological evaluation of human Campylobacter isolates by use of whole-genome multilocus sequence typing.</a> J Clin Microbiol. 51 (8), 2526-2534 (2013).</li>
<li>Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MEGA6%3A+Molecular+Evolutionary+Genetics+Analysis+version+6.0%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biol+Evol%22%5BJournal%5D)">MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0.</a> Mol Biol Evol. 30 (12), 2725-2729 (2013).</li>
<li>Jolley, K. A., Chan, M. S., Maiden, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mlstdbNet+-+distributed+multi-locus+sequence+typing+%28MLST%29+databases%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">mlstdbNet - distributed multi-locus sequence typing (MLST) databases.</a> BMC Bioinformatics. 5, 86(2004).</li>
<li>Verroken, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+Matrix-Assisted+Laser+Desorption+Ionization-Time+of+Flight+Mass+Spectrometry+for+Identification+of+Nocardia+Species%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clinl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Evaluation of Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry for Identification of Nocardia Species.</a> J Clinl Microbiol. 48 (11), 4015-4021 (2010).</li>
<li>El Khéchine, A., Couderc, C., Flaudrops, C., Raoult, D., Drancourt, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Matrix-Assisted+Laser+Desorption%2FIonization+Time-of-Flight+Mass+Spectrometry+Identification+of+Mycobacteria+in+Routine+Clinical+Practice%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry Identification of Mycobacteria in Routine Clinical Practice.</a> PLoS ONE. 6 (9), e24720(2011).</li>
<li>Goujon, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+bioinformatics+analysis+tools+framework+at+EMBL-EBI%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">A new bioinformatics analysis tools framework at EMBL-EBI.</a> Nucleic Acids Research. 38, Web Server issue 695-699 (2010).</li>
<li>Hall, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BioEdit%3A+a+user-friendly+biological+sequence+alignment+editor+and+analysis+program+for+Windows+95%2F98%2FNT%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Symposium+Series%22%5BJournal%5D)">BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT.</a> Nucleic Acids Symposium Series. 41, 95-98 (1999).</li>
<li>Jolley, K. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ribosomal+multilocus+sequence+typing%3A+universal+characterization+of+bacteria+from+domain+to+strain%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology%22%5BJournal%5D)">Ribosomal multilocus sequence typing: universal characterization of bacteria from domain to strain.</a> Microbiology. 158, 1005-1015 (2012).</li>
<li>Suarez, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ribosomal+proteins+as+biomarkers+for+bacterial+identification+by+mass+spectrometry+in+the+clinical+microbiology+laboratory%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microbiol+Methods%22%5BJournal%5D)">Ribosomal proteins as biomarkers for bacterial identification by mass spectrometry in the clinical microbiology laboratory.</a> J Microbiol Methods. 94 (3), 390-396 (2013).</li>
<li>Teramoto, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phylogenetic+classification+of+Pseudomonas+putida+strains+by+MALDI-MS+using+ribosomal+subunit+proteins+as+biomarkers%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Phylogenetic classification of Pseudomonas putida strains by MALDI-MS using ribosomal subunit proteins as biomarkers.</a> Anal Chem. 79 (22), 8712-8719 (2007).</li>
<li>Teramoto, K., Kitagawa, W., Sato, H., Torimura, M., Tamura, T., Tao, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phylogenetic+analysis+of+Rhodococcus+erythropolis+based+on+the+variation+of+ribosomal+proteins+as+observed+by+matrix-assisted+laser+desorption+ionization-mass+spectrometry+without+using+genome+information%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biosci+Bioeng%22%5BJournal%5D)">Phylogenetic analysis of Rhodococcus erythropolis based on the variation of ribosomal proteins as observed by matrix-assisted laser desorption ionization-mass spectrometry without using genome information.</a> J Biosci Bioeng. 108 (4), 348-353 (2009).</li>
<li>Bernhard, M., Weig, M., Zautner, A. E., Gross, U., Bader, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Yeast+on-target+lysis+%28YOTL%29%2C+a+procedure+for+making+auxiliary+mass+spectrum+data+sets+for+clinical+routine+identification+of+yeasts%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Yeast on-target lysis (YOTL), a procedure for making auxiliary mass spectrum data sets for clinical routine identification of yeasts.</a> J Clin Microbiol. 52 (12), 4163-4167 (2014).</li>
<li>Stark, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+spectrometric+profiling+of+Bacillus+cereus+strains+and+quantitation+of+the+emetic+toxin+cereulide+by+means+of+stable+isotope+dilution+analysis+and+HEp-2+bioassay%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Bioanal+Chem%22%5BJournal%5D)">Mass spectrometric profiling of Bacillus cereus strains and quantitation of the emetic toxin cereulide by means of stable isotope dilution analysis and HEp-2 bioassay.</a> Anal Bioanal Chem. 405 (1), 191-201 (2012).</li>
</ol>

ليس لدى المؤلفين ما يكشفون عنه.

الخطوة الأكثر أهمية في إنشاء مخطط MSPP هي تحديد الجيني لا لبس فيه الهويات العلامات البيولوجية أيون. إذا لم يكن من الممكن تحديد العلامات البيولوجية مما لا شك فيه، ومن ثم ينبغي أن تستبعد من مخطط 13. وC. ويشمل الصائمية SSP. doylei مخطط 14 أيونات العلامات البيولوجية المختلفة. هذه هي 5 أقل مقارنة C. الصائمية SSP. مخطط الصائمية MSPP 13. وأهم الفرق بين <...

خلال العقد الماضي، مصفوفة بمساعدة الليزر الامتزاز التأين مطياف زمن الطيران (MALDI-TOF MS) وقد تقدمت لتكون طريقة موحدة ذات قيمة عالية لجنس الجراثيم وتحديد الأنواع في علم الأحياء الدقيقة السريرية 1 و 2. ويستند تحديد الأنواع على تسجيل بصمات بروتين صغيرة من خلايا سليمة أو الخلية لست]. مجموعة كتلة نموذجي لمطياف الكتلة المستخدمة في علم الأحياء الدقيقة السريري الروتيني هو 2-20 كيلو دالتون. بالإضافة إلى ذلك، الأطياف الناتجة يمكن أن تستخدم لتمييز سلالات في الأنواع التالية وتحت سلالات مستوى 3. وقد حددت الدراسات الرائدة الأولى أيونات العلامات البيولوجية المحددة لمجموعة فرعية معينة من سلالات في العطيفة الصائمية 4، المطثية العسيرة 5، السالمونيلا الملهبة للSSP. الملهبة للضرب مصلي التيفية 6، المكورات العنقودية الذهبية 7-9، وEscherichia القولونية 10-12. مزيج من عدة كتل العلامات البيولوجية متغير الموافق الإسوية أليلية يوفر خيار لتصنيف الفرعي أعمق. سابقا، نفذنا بنجاح طريقة لتحويل هذه الاختلافات في الشخصية الجماعية في علاقات phyloproteomic هادفة وقابلة للتكرار دعت كتلة phyloproteomics الطيف القائم (MSPP) على C. الصائمية SSP. جمع عزل الصائمية 13. MSPP يمكن استخدام أي ما يعادل الطيفي الشامل لتقنيات التصنيف الفرعي أساس تسلسل الحمض النووي مثل تسلسل multilocus الكتابة (MLST). أنواع التسمم الغذائي هي السبب الرئيسي لالتهاب المعدة والأمعاء البكتيرية في جميع أنحاء العالم 14 و 15. ونتيجة لذلك الناجمة عن هذا المرض عقبول آخر المعدية، وهي غيان باريه متلازمة، التهاب المفاصل التفاعلي ومرض التهاب الأمعاء يمكن أن تنشأ 16. المصادر الرئيسية للعدوى هياللحوم الحيوانية الملوثة من الدجاج والديك الرومي والخنازير والأبقار والأغنام والبط والحليب والمياه السطحية 15 و 17. لذلك، دراسات المراقبة الوبائية العادية في سياق سلامة المواد الغذائية الضرورية. MLST هو &quot;المعيار الذهبي&quot; في الكتابة الجزيئية للأنواع العطيفة 18. لأن سانجر التسلسل طريقة MLST استنادا إلى عمالة كثيفة، مضيعة للوقت ومكلفة نسبيا، يقتصر MLST الكتابة إلى الأفواج عزل صغيرة نسبيا. لذلك، هناك حاجة لطرق أرخص وأسرع التصنيف الفرعي. يمكن تلبية هذه الحاجة عن طريق وسائل لقياس الطيف الكتلوي مثل MSPP. تقدم هذه الورقة بروتوكول مفصلة لMSPP-الكتابة باستخدام مجموعة من العطيفة SSP الصائمية. doylei العزلات والمقارنة إمكاناته مع MLST.

<table><tbody><tr><td>أسيتونيتريل</td><td>سيجما ألدريتش ، تاوفكيرشن ، ألمانيا</td><td>34967</td><td></td></tr><tr><td>نظام Autoflex III TOF / TOF 200</td><td>نظام Bruker Daltonics ، بريمن ، ألمانيا</td><td>GT02554 G201</td> معيار اختبار بكتيري <td>مطياف الكتلة</td></tr><tr><td>BTS</td><td>Bruker Daltonics ، بريمن ، ألمانيا</td><td>604537</td><td></td></tr><tr><td>BioTools 3.2 SR1</td><td>Bruker Daltonics ، بريمن ، ألمانيا</td><td>263564</td><td>حزمة البرامج</td></tr><tr><td>Bruker IVD Bakterial Test Standard</td><td>Bruker Daltonics ، بريمن ، ألمانيا</td><td>8290190</td><td>5 أنابيب</td></tr> <tr><td>< م > العطيفة jejuni < / م > فرعية. < م > doylei < / م > عزل &nbsp ؛</td>مجموعة <td>منسقة من الكائنات الحية الدقيقة / مختبر علم الأحياء الدقيقة UGent BCCM / LMG Ghent ، بلجيكا</td><td>LMG8843</td><td>ATCC 49349 ؛ IMVS 1141 ؛ NCTC 11951; سلالة 093</td></tr><tr><td>العطيفة الصائمية فرعية. doylei عزل &nbsp;</td><td>بلجيكا مجموعة منسقة من الكائنات الحية الدقيقة / مختبر علم الأحياء الدقيقة UGent BCCM / LMG Ghent ، بلجيكا</td><td>LMG9143</td><td>Goossens Z90</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei isolate&nbsp;</td><td>بلجيكا المنسقة جمع الكائنات الحية الدقيقة / مختبر علم الأحياء الدقيقة UGent BCCM / LMG Ghent ، بلجيكا</td><td>LMG7790</td><td>ATCC 49350 ؛ CCUG 18265; كاسبر 71 ؛ LMG 8219 ؛ NCTC 11847</td></tr><tr><td>العطيفة jejuni subsp. doylei isolate&nbsp;</td><td>بلجيكا منسقة مجموعة من الكائنات الحية الدقيقة / مختبر علم الأحياء الدقيقة UGent BCCM / LMG Ghent ، بلجيكا</td><td>LMG9243</td><td>Goossens N130</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei isolate&nbsp;</td><td>بلجيكا منسقة جمع الكائنات الحية الدقيقة / مختبر علم الأحياء الدقيقة UGent BCCM / LMG Ghent ، بلجيكا</td><td>LMG8871</td><td>NCTC A603 / 87</td></tr> <tr><td> العطيفة الصائمية < / م > subsp. doylei isolate&nbsp;</td><td>بلجيكا منسقة مجموعة من الكائنات الحية الدقيقة / مختبر علم الأحياء الدقيقة UGent BCCM / LMG Ghent ، بلجيكا</td><td>LMG9255</td><td>Goossens B538</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei isolate&nbsp;</td><td>بلجيكا منسقة مجموعة من الكائنات الحية الدقيقة / مختبر علم الأحياء الدقيقة UGent BCCM / LMG Ghent ، بلجيكا</td><td>LMG8870</td><td>NCTC A613 / 87</td></tr><tr><td>Columbia agar base&nbsp;</td><td>ميرك ، دارمشتات ، ألمانيا</td><td>1.10455 .0500</td><td>500 جرام</td></tr><tr><td>بوصلة ل FlexSeries 1.2 SR1</td><td>Bruker Daltonics ، بريمن ، ألمانيا</td><td>251419</td><td>حزمة برامج دم</td></tr><tr><td>الأغنام منزوعة التنفس &nbsp ؛</td><td>Oxoid Deutschland GmbH ، Wesel ، ألمانيا</td><td>SR0051</td><td></td></tr><tr><td>الإيثانول</td><td>Sigma-Aldrich ، Taufkirchen ، ألمانيا</td><td>02854 Fluka</td><td></td></tr><tr><td>حمض الفورميك</td><td>Sigma-Aldrich ، Taufkirchen ، ألمانيا</td><td>F0507</td><td></td></tr><tr><td>HCCA مصفوفة</td><td>Bruker Daltonics ، بريمن ، ألمانيا</td><td>604531</td><td></td></tr><tr><td>Kimwipes المناديل الورقية</td><td>Kimtech Science عبر Sigma-Aldrich ، Taufkirchen ، ألمانيا</td><td>Z188956</td><td></td></tr><tr><td>MALDI Biotyper 2.0</td><td>Bruker Daltonics ، بريمن ، ألمانيا</td><td>259935</td><td>حزمة البرامج صاري</td></tr><tr><td>قوارير Cryobank</td><td>Mast Diagnostica ، Reinfeld ، ألمانيا</td><td>CRYO / B</td><td></td></tr><tr><td>MSP 96 هدف فولاذي مصقول</td><td>Bruker Daltonics ، بريمن ، ألمانيا</td><td>224989</td><td></td></tr><tr><td>QIAamp DNA Mini Kit &nbsp ؛</td><td>Qiagen ، هيلدن ، ألمانيا</td><td>51304</td><td></td></tr><tr><td>الأنسولين البشري المؤتلف</td><td>Sigma-Aldrich ، Taufkirchen ، ألمانيا</td><td>I2643</td><td></td></tr><tr><td>حمض ثلاثي فلورو أسيتيك</td><td>Sigma-Aldrich ، Taufkirchen ، ألمانيا</td><td>T6508</td><td></td></tr><tr><td>ماء ، علم الأحياء الجزيئية</td><td>Sigma-Aldrich ، Taufkirchen ، ألمانيا</td><td>W4502</td><td></td></tr></tbody></table>

التصنيف الفرعي لل<em&gt; العطيفة الصائمية</em&gt; ssp.<em&gt; doylei</em&gt; يعزل عن طريق phyloproteomics أساس الطيف-قداس (mspp)

Subtyping of Campylobacter jejuni ssp. doylei Isolates Using Mass Spectrometry-based PhyloProteomics (MSPP)

تقدم MALDI-TOF MS إمكانية للتمييز بعض البكتيريا ليس فقط على مستوى الأنواع والسلالات ولكن حتى أدناه، على مستوى الضغط. الإسوية أليلية من أيونات العلامات البيولوجية للكشف تؤدي إلى تحولات الشامل عزل محدد. phyloproteomics القائم على الطيف الكتلي (MSPP) هو أسلوب الرواية التي تجمع بين الطيفي الشامل الجماهير العلامات البيولوجية التي يمكن اكتشافها في مخطط يسمح خصم العلاقات phyloproteomic من التحولات كتلة محددة عزل مقارنة الجينوم التسلسل سلالة المرجعية. ثم يتم استخدام تسلسل الأحماض الأمينية استنتاجها لحساب dendrograms أساس MSPP. نحن هنا وصف سير العمل MSPP عن طريق كتابة SSP العطيفة الصائمية. doylei جمع العزلة من سبع سلالات. وكانت جميع سلالات سبعة من أصل بشري وmultilocus تسلسل الكتابة (MLST) أظهرت تنوعها الوراثي. أسفرت MSPP-الكتابة في سبعة أنواع مختلفة من تسلسل MSPP، تعكس بصورة كافية فيز بهمالعلاقات logenetic. وC. الصائمية SSP. doylei يتضمن مخطط MSPP 14 أيونات العلامات البيولوجية المختلفة، والبروتينات في الغالب الريباسي في نطاق كتلة من 2 إلى 11 كيلو دالتون. MSPP يمكن من حيث المبدأ، أن تتكيف مع منصات الطيفي الشامل الأخرى مع مجموعة الشامل الموسعة. لذلك، هذه التقنية لديها القدرة على أن تصبح أداة مفيدة لكتابة الميكروبية مستوى التوتر.

سابقا، أنشأنا بنجاح خطة MSPP لC. الصائمية SSP. الصائمية 13. هنا، نحن تهدف إلى توسيع الأسلوب إلى الأخوة سلالات C. الصائمية SSP. doylei. في هذا الإطار تحديدا، سبعة C. الصائمية SSP. doylei العزلات تم الحصول عليها من مجموعة من الكائنات الحية الدقيقة البلجيكي / مختبر علم الأحياء الدقيقة UGent BCCM / LMG غنت، بلجيكا. وكانت جميع العزلات سبعة المستخدمة في تحليلاتنا الأصل الإنساني. وسلالة تسلس...

كتلة phyloproteomics القائم على الطيف (MSPP) كانت تستخدم لكتابة مجموعة من العطيفة SSP الصائمية. doylei يعزل على مستوى السلالة بالمقارنة مع multilocus تسلسل الكتابة (MLST).

التصنيف الفرعي لل<em&gt; العطيفة الصائمية</em&gt; SSP.<em&gt; doylei</em&gt; يعزل عن طريق PhyloProteomics أساس الطيف-قداس (MSPP)

MALDI-TOF MS offers the possibility to differentiate some bacteria not only at the species and subspecies level but even below, at the strain level. ...

الهدف العام من هذا الإجراء باستخدام مطيافية الكتلة، والذي يُطلق عليه MSPP أو Phyloproteomics القائم على مطيافية الكتلة، هو تصنيف البكتيريا إلى أنواع فرعية على مستوى السلالة. يمكن استخدام هذه الطريقة للإجابة على أسئلة جوهرية في مجالات علم الأحياء الدقيقة وعلم الأوبئة والنظافة الصحية. على سبيل المثال، يمكن استخدامها لتحليل حالات تفشي الأمراض من خلال تصور القرابة البروتينية العرقية.تتميز طريقة MSPP بأنها منخفضة التكلفة لكل عينة وسريعة جداً مقارنة بطرق التنميط الأخرى. وتعد العدوى المكتسبة من المستشفيات قضية ذات أهمية متزايدة، ونأمل أن يتم توسيع نطاق مخطط MSPP الخاص بنا ليشمل التنميط الوبائي لبكتيريا أخرى، أو حتى الفطريات. يوفر مخطط MSPP رؤية حول مدى قرابة السلالات، لذا فإن تطبيقه يكون منطقياً للتنبؤ بالأنماط الظاهرية ذات الصلة، مثل مقاومة الأدوية أو حتى الضراوة، وذلك في الحالات التي ترتبط فيها هذه الأنماط الظاهرية بأنماط جينية محددة.لبدء هذا الإجراء، قم بتحضير أنبوبين من محلول المصفوفة عن طريق إذابة 2.5 milligrams من HCCA في 250 microliters من خليط مذيب عضوي، يتكون من 50% isonitrile. أضف الأنسولين البشري المؤتلف كمعاير داخلي إلى أحدهما، ثم أضف 47.5% من الماء المقطر مرتين و 2.5% من trifluoroacetic acid. بعد ذلك، قم بنشر كمية بحجم رأس الدبوس من مستعمرة من السلالة المرجعية، مباشرة على لوحة هدف maldi.لتحديد الكتلة الدقيقة لقمة المعايرة، ضع ميكرولتر واحد من المعيار الاختبارِي في بقعة أخرى. قم بتغطية كل بقعة من البكتيريا والمعيار بـ 1 ميكرولتر من محلول مصفوفة مضاف إليها HCCA، واتركهما ليتبلورا في درجة حرارة الغرفة. كرر تحضير المسحة لكل سلالة سيتم تحليلها.قم بتغطية كل بقعة بـ 1 µL من محلول مصفوفة HCCA المطعمة واتركها لتتبلور في درجة حرارة الغرفة. وبدلاً من ذلك، يمكن استخلاص البروتينات من الخلايا التي يصعب تثبيتها. لهذا الغرض، قم بحصد حوالي 5 مستعمرات من مزرعة طبق Agar باستخدام عروة تلقيح.قم بتعليقها في 300 µL من الماء المقطر مرتين في أنبوب تفاعل سعة 1.5 mL، واخلطها جيداً عن طريق السحب والضخ المتكرر بالماصة حتى يتم تعليق المستعمرات البكتيرية بالكامل. ثم أضف 900 µL من الإيثانول المطلق واخلط المزيج. قم بطرد العينة مركزياً عند 13,000 g لمدة دقيقة واحدة.بعد تجفيف الراسب، أعد تعليقه عن طريق السحب والطرد باستخدام الماصة في 50 µL من حمض الفورميك بتركيز 70%. بعد ذلك، أضف 50 µL من الأسيتونيتريل واخلط المزيج. تخلص من الشوائب عن طريق الطرد المركزي عند 13,000 g لمدة دقيقتين.عند الانتهاء، انقل 1 µL من المادة الفائقة إلى موضع عينة على لوحة أهداف MALDI. بعد ترك العينة لتجف، غطِّ كل بقعة بـ 1 µL من محلول مصفوفة HCCA واتركها لتبلور في درجة حرارة الغرفة. عند هذه النقطة، أجرِ تحليل MALDI-TOF من خلال جمع 600 طيف في خطوات مكونة من 100 لقطة لكل بقعة.أولاً، انقر فوق علامة تبويب التنفيذ التلقائي (auto execute) في برنامج تكوين مطياف الكتلة. افتح الطريقة بالنقر بزر الماوس الأيسر فوق زر الطريقة واختيار الطريقة من القائمة المنسدلة. بعد ذلك، انقر بزر الماوس الأيسر فوق زر التحرير لفتح محرر طريقة التنفيذ التلقائي.في علامة تبويب التراكم (accumulation)، اضبط قيمة اللقطة المرضية (satisfactory shot) على 100 وقيمة المجموع (sum up) على 600. لكل طيف، اختر قمة المعاير من القائمة، وانقر على "تعيين تلقائي" (automatic assign) ثم اضغط موافق (OK). بعد الحصول على أطياف الكتلة من كل بقعة، حدد تجريبياً الكتلة الدقيقة لقمة المعايرة، وذلك بفتح الطيف باستخدام متصفح الأطياف والعثور على القمة عند الكتلة المتوقعة مقارنة بطيف لا يحتوي على معاير. تحقق من أن قمة المعاير غير محجوبة بأي علامة حيوية أخرى للكائن الحي المستهدف.بناءً على بيانات تسلسل الجينوم للسلالة المرجعية، احسب الوزن الجزيئي أحادي النظير النظري لكل من البروتينات المشفّرة عن طريق ترجمة تسلسل DNA إلى تسلسل الأحماض الأمينية المقابل. قم بتحميل الملف أو "نسخ ولصق" تسلسل البروتين هذا في مربع الإدخال بلوحة مورد المعلوماتية الحيوية المناسب، واحسب نقطة التعادل الكهربائي والوزن الجزيئي النظريين. انسخ النتائج إلى جدول بيانات يحتوي على عمود لمعرف الجين وعمود آخر للوزن الجزيئي.قم بفرز الصفوف حسب الوزن الجزيئي المحسوب، لتسهيل عملية البحث عن الكتل. أدخل عموداً إضافياً في جدول البيانات للوزن الجزيئي للشكل منزوع الميثيونين، وذلك بطرح 135 daltons من الوزن الجزيئي للنظير الأحادي. قم بتعيين كل كتلة مؤشر حيوي رئيسية مقاسة إلى الكتل المحسوبة من السلالة المرجعية، من خلال البحث عن الكتلة المقاسة في جدول الجينوم.في جدول بيانات آخر، سجّل الكتلة والمعرّف لكل أيون من المؤشرات الحيوية. الآن، قم بمعايرة أطياف الكتلة التي تم الحصول عليها من العزلات المجمعة كما تم القيام به للسلالة المرجعية. لكل عزلة في صف واحد، حدد المؤشرات الحيوية المتغيرة في أطياف الكتلة، وسجّل الكتلة المقاسة لكل مؤشر حيوي والشكل الإسوي المتوقع في الأعمدة المقابلة.يحتوي طيف كتلة MALDI-TOF الخاص بـ C-Jejuni Subspecies doylei ATCC 49349 على 14 أيوناً من المؤشرات الحيوية أحادية الشحنة التي يمكن تحديدها من خلال مقارنة الكتل الجزيئية المحسوبة مع الطيف المرجعي. وضمن هذه المجموعة، تم اكتشاف أشكال إيزوميرية متفاوتة لـ L32 الخالي من الميثيونين، وL33، والبروتين الافتراضي المشفر بواسطة gil152939117، وS20 M، وS15 M. أما الكتل المتبقية المنسوبة لأيونات المؤشرات الحيوية فقد كانت ثابتة في العزلات المختبرة. وقد تم تحديد استبدال الحمض الأميني المقابل للإزاحة في الكتلة عن طريق تضخيم PCR وتسلسل سانجر للجين المعني باستخدام البادئات المدرجة هنا.تظهر هنا تسلسلات الأحماض الأمينية لجميع أيونات المؤشرات الحيوية المدرجة في مخطط MSPP، بالإضافة إلى الأشكال المتعددة للأليلات التي تم اكتشافها. ويوضح المخطط الشجري UPGMA القائم على MLST، والذي تم بناؤه من عزلات C jejuni subspecies doylei التي تم فحصها، أن كل عزلة تنتمي إلى نوع تسلسل MLST مختلف. كما تمتلك السلالة LMG7790 أطول مسافة تطورية.كما يتضح من تحليل MLST، فإن العزلة LMG7790 تمتلك أطول مسافة فيلوبروتومية (phyloprodeomic distance) في تحليل MSPP لعزلات C jejuni subspecies doylei التي تم فحصها. وبمجرد إتقان هذه التقنية، يمكن إنجازها في غضون يوم واحد إذا نُفذت بشكل صحيح. وأثناء اتباع هذا الإجراء، من المهم تذكر سمية بعض المواد المستخدمة خلال التجربة.على سبيل المثال، يمكن أن يسبب الأسيتونيتريل تهيجاً للجلد. بالإضافة إلى ذلك، يمكن إجراء طرق أخرى إلى جانب MSPP، مثل تسلسل DNA، لتحليل معايير إضافية، مثل وجود جينات المقاومة. ويمهد تطوير هذه التقنية الطريق للباحثين في مجال علم الأحياء الدقيقة لاستكشاف التطور السلالي.بعد مشاهدة هذا الفيديو، يجب أن يكون لديك فهم جيد لكيفية عمل MSPP وكيفية تطبيقه على أسئلة محددة. لا تنسَ أن العمل مع الممرضات العنيفة يمكن أن يكون خطيراً للغاية، ويجب دائماً اتخاذ الاحتياطات اللازمة مثل استخدام معدات مختبر S2.

subtyping-campylobacter-jejuni-ssp-doylei-isolates-using-mass

Research

JoVE Journal

Genetics

علم الوراثة

التقاط المركبات هي عبارة عن جزيئات صغيرة trifunctional للحد من تعقيد بروتيوم الوظيفية التي عكسها التفاعل جزيء بروتين صغير يليه يشابك - الصور وتنقيتها. نستخدم هنا لقطة مع...

التنميط وغيره من Methyltransferases S - adenosyl - L - الهموسيستين ملزم البروتينات المركبة من قبل التقاط الطيف الكتلي (CCMS)

تنقية البروتينات من تقارب الموسومة بالاشتراك مع مطياف الكتلة (الألغام المضادة للأفراد) هو وسيلة قوية لرسم خرائط منهجية لشبكات التفاعل البروتين وعن التحقيق في أساس الآلية من العمليات البيولوجية. هنا، نحن تصف والأمثل متتابعة الببتيد تقارب الإجراء الألغام المضادة للأفراد (SPA) وضعت...

تحديد بروتين في مجمعات<em&gt; كولاي</em&gt; استخدام المتعاقبة تنقية تقارب الببتيد في تركيبة مع جنبا إلى جنب الطيف الكتلي

نقدم بروتوكولا لدقة قوانتيتاتي البروتينات مع وسمها isobaric، وتجزئة واسعة النطاق، والأدوات المعلوماتية الحيوية وخطوات مراقبة الجودة في تركيبة مع اللوني السائل موصول إلى مطياف كتلة ذات الدقة عالية.

التنميط البروتين العميق بوسم إيسوباريك وواسعة النطاق اللوني السائل والطيف الكتلي وساعدت برامج القياس الكمي

نقدم هنا بروتوكولا لرصد الجمعية والتفكيك من توكسين الأنثراكس باستخدام قياس التداخل بيولايير (BLI). بعد التجميع/التفكيك على سطح بيوسينسور، تصدر مجمعات البروتين الكبيرة من على سطح الأرض للتصور وتحديد مكونات المجمعات باستخدام المجهر الإلكتروني والطيف الكتلي، على التوالي.

تحليل البروتين الحيوي المجمعات تجميعها على والإفراج عن بيوسينسور بيولايير قياس التداخل باستخدام الطيف الكتلي والمجهر الإلكتروني

على الرغم من أن ثقافة البراز لCampylobacter غير دقيقة ، إلا أنها لا تزال تعتبر المعيار الذهبي لتحديد الهوية. يتم وصف طرق تحديد الحد من الكشف والبقاء على قيد الحياة في وسائل الإعلام النقل من C. jejuni في البراز البشري ومقارنتها مع المناعة الجديدة مع دقة أفضل.

أساليب الثقافة لتحديد الحد من الكشف والبقاء على قيد الحياة في وسائل الإعلام النقل من Campylobacter Jejuni في عينات البراز البشري

بروتين أرجينين (R) - مثيلة هو تعديل واسع الانتشار بعد الترجمة ينظم مسارات بيولوجية متعددة. يعد قياس الطيف الكتلي أفضل تقنية لتحديد ملامح R-methyl-proteome عالميا ، عندما يقترن بالنهج الكيميائية الحيوية لتخصيب الببتيد المعدل. يتم وصف سير العمل المصمم لتحديد الثقة العالية لمثيلة R العالمية في الخلايا البشرية هنا.

نهج البروتينات القائم على قياس الطيف الكتلي لتحليل مثيلة البروتين R العالمية وعالية الثقة

هنا نقدم بروتوكولا لتحديد سريع للبروتينات التي تنتجها البكتيريا المسببة للأمراض تسلسل الجينوم باستخدام MALDI-TOF-TOF قياس الطيف الكتلي جنبا إلى جنب وتحليل بروتيوميك من أعلى إلى أسفل مع البرامج التي وضعت في المنزل. أيونات البروتين ميتاستابل جزء بسبب تأثير حمض الأسبارتيك ويتم استغلال هذه خصوصية لتحديد البروتين.

تحديد بروتينات المناعة المضادة للبكتيريا في الإشريكية القولونية باستخدام MALDI-TOF-TOF-MS/MS والتحليل البروتيومي من أعلى إلى أسفل

أدت جدوى استراتيجيات تسلسل الجينوم الكامل (WGS) باستخدام أدوات الطاولة إلى تبسيط استجواب الجينوم لكل ميكروب ذي صلة بالصحة العامة في بيئة معملية. يتم وصف التكيف المنهجي لسير العمل ل WGS البكتيرية كما يتم تقديم خط أنابيب المعلوماتية الحيوية للتحليل.

توصيف سلالة الإشريكية القولونية المسببة للأمراض المشتقة من مزارع Oreochromis spp. باستخدام تسلسل الجينوم الكامل

العطيفة هي السبب الرئيسي لالتهاب المعدة والأمعاء البكتيري المنقول بالغذاء في جميع أنحاء العالم. على الرغم من أن المؤسسات تسن تدابير للحد من الانتشار في جميع أنحاء منشآتها ، فإن المنتجات الملوثة تصل باستمرار إلى المستهلكين. تعالج التقنية التي تم تطويرها على مدار الاثني عشر عاما الماضية قيود الطرق الحالية لعزل واكتشاف العطيفة spp. من اللحوم النيئة.

الكشف عن وعزل العطيفة spp. من اللحوم النيئة

يتيح هذا البروتوكول تقييما سريعا وفعالا من حيث التكلفة للتركيب الميكروبي في منتجات الألبان من خلال الجمع بين الثقافات ومرض التصلب العصبي المتعدد. إنه يقدم نتائج تصنيف مماثلة لتسلسل 16S rRNA مع وقت استجابة أقصر من طرق الثقافة التقليدية.

تقييم السلامة الميكروبية لمصانع الألبان باستخدام التنميط البروتيني البكتيري عبر نهج MALDI

اكتشف طريقة التصنيف الفرعي للبكتيريا باستخدام تقنية طيف الكتلة الفيلوبروتينومية (MSPP) لعزل Campylobacter jejuni ssp. doylei. توفر هذه الطريقة تحليلاً سريعاً واقتصادياً لفهم صلة القرابة بين السلالات وتوقع المظاهر مثل مقاومة الأدوية.

التصنيف الفرعي لل

استكشف المزيد من الفيديوهات