أداة الويب لتوليد عالية الجودة آلة قابل للقراءة البيولوجية مسارات

الهدف العام من هذا البروتوكول هو استخدام PathWhiz والإنترنت لإنشاء مسارات كيميائية حيوية وتكرارها ونشرها بسهولة لمجموعة متنوعة من الأغراض والتطبيقات. تتيح هذه الأداة للعلماء والمعلمين والطلاب إنشاء مسارات كيميائية حيوية ممتعة بصريا ودقيقة بمستوى عال من التفاصيل البيولوجية والتعقيد. PathWhiz هو معرض عام مجاني يحتوي على آلاف المسارات ومكونات المسار ، وهو متوافق بشكل أساسي مع أي نظام تشغيل ويمكن الوصول إليه والتوسع فيه من قبل جميع المستخدمين.

ابدأ بتحميل صفحة PathWhiz في أي متصفح ويب حديث والنقر فوق قائمة الرسم. انقر فوق المسار الجديد زر لبدء مسار جديد وأدخل اسم المسار المراد رسمه. اختر نوع المسار من القائمة المنسدلة.

ثم أدخل الاسم العلمي للكائن الحي في مربع الإكمال التلقائي للبحث عن الكائن الحي محل الاهتمام ، متبوعا بالاسم العلمي للنوع والاسم الشائع. حدد تصنيف الأنواع من القائمة المنسدلة ك Eucaryote أو Procaryote وأدخل معرف التصنيف من تصنيف NCBI. انقر فوق إنشاء أنواع وأدخل وصفا شاملا للمسار.

انقر فوق إضافة مرجع لإضافة مراجع خارجية إلى المسار حسب الاقتضاء. بعد ذلك ، انقر فوق إنشاء مسار. ستظهر لوحة قماشية بيضاء مع شريط قائمة رمادي.

انقر فوق الارتباط إضافة عملية وحدد إضافة تفاعل لإضافة مرئيات العملية الأولى. أدخل المواد المتفاعلة أو المنتجات أو الإنزيمات ذات الأهمية في مربع الإكمال التلقائي للبحث في التفاعلات الموجودة. ثم قم بالتمرير عبر التفاعلات الموجودة.

عندما يتم العثور على التفاعل المطلوب ، حدده. متبوعا بإدخال اسم العنصر المقابل في مربع الإكمال التلقائي لتحديد القياس المتكافئ ونوع العنصر المناسبين. بعد إضافة جميع العناصر الموجودة على الجانب الأيسر من التفاعل ، حدد اتجاه المسار من القائمة المنسدلة وانقر فوق إضافة عنصر يمين لإضافة منتج.

حدد القياس المتكافئ ونوع العنصر ، كما هو موضح للتو ، لجميع العناصر الموجودة على الجانب الأيمن من التفاعل. ثم انقر فوق إضافة إنزيم لإضافة إنزيم إلى التفاعل. اكتب اسم الإنزيم في مربع الإكمال التلقائي وحدد الإنزيم المناسب.

عند إضافة جميع عناصر التفاعل ، انقر فوق الزر "إنشاء تفاعل" لحفظ التفاعل الجديد وحدد الاتجاه المطلوب للعرض الأولي للتفاعل من القوائم المنسدلة. ثم انقر فوق الزر "إنشاء رد فعل" مرة أخرى. سيتم عرض التفاعل الذي تم إنشاؤه حديثا على لوحة الرسم.

لتحرير التفاعل حسب الاقتضاء، اسحب عناصر التفاعل على اللوحة لتغيير موضعها حسب الرغبة. ثم انقر مرة واحدة فوق كل عنصر لإضافته إلى التحديد الحالي. عند تحديد جميع العناصر ، اسحبها إلى المنطقة المناسبة من اللوحة وانقر فوق العناصر مرة أخرى لإلغاء تحديدها.

للوصول إلى الشريط الجانبي للتحرير المنبثق ، انقر نقرا مزدوجا فوق مادة كيميائية وقم بتحرير القالب والحالة البيولوجية وفهرس Z وتفاصيل التفاعل الكاملة للتفاعل حسب الاقتضاء. لتحرير المعلومات الخاصة بعملية بأكملها، انقر نقرا مزدوجا فوق أي من عناصرها. ضمن شريط القائمة الثانوي الرمادي، انقر فوق الرابط تحرير المحدد وحدد تحرير العنصر أو تحرير العملية حسب الاقتضاء.

أعد وضع العناصر الموجودة على اللوحة القماشية إلى المواضع المطلوبة. حدد حواف التفاعل ذات الأهمية وقم بتحريرها كما هو موضح للتو لمركبات التفاعل والبروتينات. بمجرد رسم التفاعل الأول حسب الرغبة ، انقر فوق منتج التفاعل لتحديده.

ثم ضمن علامة التبويب إضافة عملية، حدد إضافة تفاعل. عند اكتمال المسار، انقر فوق الارتباط Pathway وحدد Export and View. حدد خيار لون الخلفية للصور لاختيار إما اللون الأزرق أو الأبيض كلون خلفية للصورة وحدد نعم أو لا لخيار إنشاء إصدار مبسط أيضا.

ثم انقر فوق إنشاء ملفات الصور. عند إنشاء الصورة، انقر فوق إظهار في العارض لإنشاء صورة مسار عالية الدقة وعالية الارتباط بالكامل في المستعرض. لتكرار مسار موجود، انقر فوق قائمة المسارات وأدخل اسم المسار محل الاهتمام في شريط البحث.

حدد موقع المسار المراد نسخه نسخا متماثلا وانقر فوق نسخ متماثل. قم بتحرير اسم المسار وأدخل وصفا جديدا للمسار حسب الاقتضاء. ثم انقر فوق إنشاء مسار لإنشاء المسار المكرر.

لعرض مسار أو تنزيله، ادخل إلى قائمة المسارات، وحدد موقع مسار الاهتمام كما هو موضح للتو وانقر فوق إظهار. بعد ذلك ، انقر فوق الزر الذي يحتوي على معرف PathWhiz المطلوب بجوار عرض في تسمية العارض وافتح علامة التبويب التنزيلات. ثم انقر فوق الارتباطات التشعبية لتنزيل المسار بتنسيقات ملفات مختلفة.

يمكن استخدام PathWhiz لإنشاء مسارات بأنواع وأنماط محتوى مختلفة. بما في ذلك مسارات التمثيل الغذائي التقليدية ومسارات الأمراض والأدوية لتوضيح الآثار الجانبية واستجابات الأدوية ، بالإضافة إلى مسارات إشارات البروتين. قد تكون المسارات غنية بالألوان بتفاصيل بيولوجية كبيرة أو يمكن تحويلها إلى تمثيلات بسيطة بالأبيض والأسود.

بمجرد اكتمالها ، يمكن عرض هذه المسارات في عارض المسار التفاعلي ، أو تنزيلها كصور أو تصديرها بعدة تنسيقات مختلفة لتبادل البيانات المقروءة آليا لمزيد من التحليل. بمجرد إتقانها ، من الممكن إنشاء مسار قياسي جاهز للإنترنت في حوالي 15 دقيقة. على الرغم من أن المسارات الأكثر تعقيدا قد تستغرق وقتا أطول لإكمالها.

أثناء محاولة هذا الإجراء ، من المهم أن تتذكر أن الأنواع المختارة لكل تفاعل فردي تتطابق دائما مع أنواع المسار والتأكد من صحة اتجاه أسهم التفاعل. باتباع هذا الإجراء ، يمكن إجراء طرق أخرى مثل تحليل التمثيل الغذائي للإجابة على أسئلة إضافية حول ديناميكيات أو القياس الكمي للمستقلبات ذات الأهمية. بعد تطويرها ، مهدت هذه التقنية الطريق للباحثين في مجال التمثيل الغذائي وعلم الأحياء لإنشاء الآلاف من المسارات الجاهزة للإنترنت ، مما يوضح مجموعة واسعة من الكيمياء الحيوية البشرية والشرقية والإشريكية القولونية.

بعد مشاهدة هذا الفيديو ، يجب أن يكون لديك فهم جيد لكيفية إنشاء مسارات جديدة ، وتكرار المسارات الحالية وتحريرها ، بالإضافة إلى نشر المسارات المرسومة مسبقا إلى كائنات حية مختلفة. لا تنس أن قفل المسار يجعله غير قابل للتحرير. اعلم أيضا أنه يمكنك اختيار إنشاء مسارات عامة أو خاصة ، حسب تفضيلاتك.