Name: تحديد تركيبات المخدرات التآزر بواسطة الأسلوب2 تداخل الفائق (فيديو) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-05-21T14:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 51 s
Description: اكتشف تحديد التركيبات الدوائية التآزرية لعلاج العدوى المقاومة للمضادات الحيوية باستخدام الفحص عالي الإنتاجية. تُحسّن هذه الطريقة فعالية الأدوية المضادة للميكروبات وتُسرّع تقييمها السريري.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

بتأييد هذا العمل بمنحه بدء تشغيل من إدارة علم الأمراض، جامعة ولاية يوتا إلى J.C.S.B.

<ol><li>Michael, C. A., Dominey-Howes, D., Labbate, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Antimicrobial+Resistance+Crisis%3A+Causes%2C+Consequences%2C+and+Management%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Public+Health%22%5BJournal%5D)">The Antimicrobial Resistance Crisis: Causes, Consequences, and Management.</a> Front Public Health. 2, 145(2014).</li>
<li>Butts, A., Krysan, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antifungal+Drug+Discovery%3A+Something+Old+and+Something+New%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+Pathogens%22%5BJournal%5D)">Antifungal Drug Discovery: Something Old and Something New.</a> PLOS Pathogens. 8 (9), e1002870(2012).</li>
<li>Roemer, T., Krysan, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antifungal+Drug+Development%3A+Challenges%2C+Unmet+Clinical+Needs%2C+and+New+Approaches%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harb+Perspect+Med%22%5BJournal%5D)">Antifungal Drug Development: Challenges, Unmet Clinical Needs, and New Approaches.</a> Cold Spring Harb Perspect Med. 4 (5), a019703(2014).</li>
<li>Oprea, T. I., Mestres, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Drug+Repurposing%3A+Far+Beyond+New+Targets+for+Old+Drugs%5BTitle%5D)+AND+%22AAPS+J%22%5BJournal%5D)">Drug Repurposing: Far Beyond New Targets for Old Drugs.</a> AAPS J. 14 (4), 759-763 (2012).</li>
<li>Scannell, J. W., Blanckley, A., Boldon, H., Warrington, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diagnosing+the+decline+in+pharmaceutical+R%26D+efficiency%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Diagnosing the decline in pharmaceutical R&D efficiency.</a> Nat Rev Drug Discov. 11 (3), 191-200 (2012).</li>
<li>Rangel-Vega, A., Bernstein, L. R., Mandujano-Tinoco, E. A., García-Contreras, S. J., García-Contreras, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Drug+repurposing+as+an+alternative+for+the+treatment+of+recalcitrant+bacterial+infections%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Drug repurposing as an alternative for the treatment of recalcitrant bacterial infections.</a> Front Microbiol. 6, 282(2015).</li>
<li>Torella, J. P., Chait, R., Kishony, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimal+Drug+Synergy+in+Antimicrobial+Treatments%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Comput+Biol%22%5BJournal%5D)">Optimal Drug Synergy in Antimicrobial Treatments.</a> PLoS Comput Biol. 6 (6), e1000796(2010).</li>
<li>Cowen, L. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Harnessing+Hsp90+function+as+a+powerful%2C+broadly+effective+therapeutic+strategy+for+fungal+infectious+disease%5BTitle%5D)+AND+%22P+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Harnessing Hsp90 function as a powerful, broadly effective therapeutic strategy for fungal infectious disease.</a> P Natl Acad Sci. 106 (8), 2818-2823 (2009).</li>
<li>Zuo, G. -Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synergistic+Antibacterial+and+Antibiotic+Effects+of+Bisbenzylisoquinoline+Alkaloids+on+Clinical+Isolates+of+Methicillin-Resistant+Staphylococcus+Aureus+%28MRSA%29%5BTitle%5D)+AND+%22Molecules%22%5BJournal%5D)">Synergistic Antibacterial and Antibiotic Effects of Bisbenzylisoquinoline Alkaloids on Clinical Isolates of Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus (MRSA).</a> Molecules. 16 (12), 9819(2011).</li>
<li>Jia, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanisms+of+drug+combinations%3A+interaction+and+network+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Mechanisms of drug combinations: interaction and network perspectives.</a> Nat Rev Drug Discov. 8 (2), 111-128 (2009).</li>
<li>Wambaugh, M. A., Shakya, V. P. S., Lewis, A. J., Mulvey, M. A., Brown, J. C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+identification+and+rational+design+of+synergistic+small-molecule+pairs+for+combating+and+bypassing+antibiotic+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+Biol%22%5BJournal%5D)">High-throughput identification and rational design of synergistic small-molecule pairs for combating and bypassing antibiotic resistance.</a> PLOS Biol. 15 (6), e2001644(2017).</li>
<li>Brown, J. C. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unraveling+the+biology+of+a+fungal+meningitis+pathogen+using+chemical+genetics%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Unraveling the biology of a fungal meningitis pathogen using chemical genetics.</a> Cell. 159 (5), 1168-1187 (2014).</li>
<li>Cokol, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+exploration+of+synergistic+drug+pairs%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Syst+Biol%22%5BJournal%5D)">Systematic exploration of synergistic drug pairs.</a> Mol Syst Biol. 7, 544-544 (2011).</li>
<li>Borisy, A. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+discovery+of+multicomponent+therapeutics%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Systematic discovery of multicomponent therapeutics.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 100 (13), 7977-7982 (2003).</li>
<li>Tang, J., Wennerberg, K., Aittokallio, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((What+is+synergy%3F+The+Saariselk%C3%A4+agreement+revisited%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Pharmacol%22%5BJournal%5D)">What is synergy? The Saariselkä agreement revisited.</a> Front Pharmacol. 6, 181(2015).</li>
<li>Hsieh, M. H., Yu, C. M., Yu, V. L., Chow, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synergy+assessed+by+checkerboard.+A+critical+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Diagn+Microbiol+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Synergy assessed by checkerboard. A critical analysis.</a> Diagn Microbiol Infect Dis. 16 (4), 343-349 (1993).</li>
<li>Nichols, R. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phenotypic+Landscape+of+a+Bacterial+Cell%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Phenotypic Landscape of a Bacterial Cell.</a> Cell. 144 (1), 143-156 (2011).</li>
<li>Chandrasekaran, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemogenomics+and+orthology-based+design+of+antibiotic+combination+therapies%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Syst+Biol%22%5BJournal%5D)">Chemogenomics and orthology-based design of antibiotic combination therapies.</a> Mol Syst Biol. 12 (5), (2016).</li>
<li>Pradhan, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemogenomic+profiling+of+Plasmodium+falciparum+as+a+tool+to+aid+antimalarial+drug+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Chemogenomic profiling of Plasmodium falciparum as a tool to aid antimalarial drug discovery.</a> Sci Rep. 5, 15930(2015).</li>
<li>Pethe, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+chemical+genetic+screen+in+Mycobacterium+tuberculosis+identifies+carbon-source-dependent+growth+inhibitors+devoid+of+in+vivo+efficacy%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">A chemical genetic screen in Mycobacterium tuberculosis identifies carbon-source-dependent growth inhibitors devoid of in vivo efficacy.</a> Nat Commun. 1 (5), 1-8 (2010).</li>
<li>Diezmann, S., Michaut, M., Shapiro, R. S., Bader, G. D., Cowen, L. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+the+Hsp90+Genetic+Interaction+Network+in+Candida+albicans+Reveals+Environmental+Contingency+and+Rewired+Circuitry%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genetics%22%5BJournal%5D)">Mapping the Hsp90 Genetic Interaction Network in Candida albicans Reveals Environmental Contingency and Rewired Circuitry.</a> PLoS Genetics. 8 (3), e1002562(2012).</li>
<li>Robbins, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+Antifungal+Combination+Matrix+Identifies+a+Rich+Pool+of+Adjuvant+Molecules+that+Enhance+Drug+Activity+Against+Diverse+Fungal+Pathogens%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+reports%22%5BJournal%5D)">An Antifungal Combination Matrix Identifies a Rich Pool of Adjuvant Molecules that Enhance Drug Activity Against Diverse Fungal Pathogens.</a> Cell reports. 13 (7), 1481-1492 (2015).</li>
<li>Wildenhain, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prediction+of+Synergism+from+Chemical-Genetic+Interactions+by+Machine+Learning%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Syst%22%5BJournal%5D)">Prediction of Synergism from Chemical-Genetic Interactions by Machine Learning.</a> Cell Syst. 1 (6), 383-395 (2015).</li>
<li>Spitzer, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cross-species+discovery+of+syncretic+drug+combinations+that+potentiate+the+antifungal+fluconazole%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Syst+Biol%22%5BJournal%5D)">Cross-species discovery of syncretic drug combinations that potentiate the antifungal fluconazole.</a> Mol Syst Biol. 7, 499-499 (2011).</li>
</ol>

الكتاب ليس لها علاقة بالكشف عن.

أزواج جزيء صغير التآزر يمكن أن تكون أداة قوية في علاج العدوى الميكروبية، إلا أنهم لم يبلغوا إمكاناتهم الكاملة السريرية نظراً لأزواج التآزري تحديا لتحديد. وتصف هذه الورقة أسلوباً لتحديد أزواج التآزري أسرع بكثير من تركيبات عشوائية بسيطة. باستخدام مجموعات البيانات الكيميائية-علم الوراثة، يحدد O2M طفرات بالضربة القاضية الجينات التي يمكن استخدامها كقراءات للمكتبات الشاشة الكبيرة من الجزيئات الصغيرة بغية التنبؤ بأزواج التآزري. القدرة على التنبؤ بالجزيئات الصغيرة يسمح بقابلية عالية للشاشات، والذي بدوره يجعل لتحديد الشركاء التآز...

البكتيريا المقاومة للمضادات الحيوية تسبب التهابات أكثر من 2 مليون و 23,000 حالة وفاة سنوياً في الولايات المتحدة وفقا لمركز السيطرة على الأمراض1. وتلزم علاجات جديدة للتغلب على هذه الالتهابات. وتشمل استراتيجيات لتحديد هذه العلاجات الجديدة تطوير أدوية جديدة مضادة للميكروبات أو repurposing الجزيئات الصغيرة التي وافقت على الشروط الأخرى لعلاج العدوى الميكروبية2،،من34. ومع ذلك، يتم اكتشاف الأدوية الجديدة باهظة التكاليف وتستغرق وقتاً طويلاً. Repurposing المخدرات قد لا تحدد الرواية العقاقير أو المخدرات يستهدف5،6. لدينا مختبر يركز على استراتيجية ثالثة المعروفة بالعلاجات المركبة تآزرية. تركيبات التآزري تحدث عندما يكون اثنين من الجزيئات الصغيرة معا فعالية أكبر من تأثير المضافة على حدة بلغت7. بالإضافة إلى ذلك، يمكن أن تكون تركيبات التآزر فعالة ضد مقاومة الممرض إلى واحدة من الجزيئات الصغيرة في زوج بالإضافة إلى وجود أقل آثار خارج الهدف غير مرغوب فيها، مما يجعلها كبيرة محتملة8،9، 10.
أزواج التآزري نادرة، تحدث في 4-10% تقريبا من المخدرات تركيبات11،،من1213. وهكذا، التقنيات التقليدية مثل شاشات العشوائية صعبة وتستغرق وقتاً طويلاً، مع آلاف تركيبات المحتملة من مكتبة صغيرة من الجزيئات مائة. وعلاوة على ذلك، تفاعلات تآزرية عادة لا يمكن التنبؤ من نشاط مركبات14. غير أن المؤلفين وضع نهج الفائق إلى الشاشة لأزواج تآزرية، يسمى التداخل2 الأسلوب (O2M)12. يسمح هذا الأسلوب, الموضحة هنا، لتحديد الهوية أسرع وأكثر كفاءة من هذه الأزواج المتآزر. O2M يتطلب استخدام زوج تآزري معروفة ومجموعة بيانات الكيميائية-علم الوراثة. يتم إنشاء مجموعات البيانات الكيميائية-علم الوراثة عند مكتبة طفرات خروج المغلوب يزرع حضور العديد من الجزيئات الصغيرة المختلفة. إذا كان جزيء واحد في زوج تآزري معروفة الحث نفس النمط الظاهري من متحولة خروج المغلوب خاصة كجزيء التآزري الثانية، أي جزيء الصغيرة الأخرى الذي يتسبب النمط الظاهري من هذا المسخ نفسه ينبغي أيضا التآزر مع كل الأعضاء المعروفة زوج تآزرية. وقد استخدمت هذا الأساس المنطقي في مختبر براون تحديد أزواج المضادات الحيوية تآزري فعال ضد الإشريكيّة القولونية () وأزواج العقاقير المضادة للفطور تآزري فعال ضد الفطريات المسببة للمرض بين المرسلة (جيم المرسلة)11،12. O2M ليست قابلة للتكيف لمسببات الأمراض المختلفة فحسب، ولكن يسمح لفحص مكتبات كبيرة من الجزيئات لتحديد أزواج التآزر بسهولة وسرعة. الفرز مع المسخ الوراثية التي حددتها O2M يسمح لنا بالتحقق من صحة تلك الجزيئات الصغيرة وتوقع للتآزر. وهكذا، اختبار مكتبة جزيء 2,000 بيرويس سيستغرق شهرا، بينما إذا كان هناك فقط 20 الجزيئات في تلك المكتبة وتوقع للتآزر، اختبار للتآزر الآن يستغرق بضعة أيام. O2M لا تتطلب مهارات البرمجة، والمعدات المطلوبة متوفرة في معظم مختبرات أو المرافق الأساسية. بالإضافة إلى الباحثين المهتمين في تركيبات العقاقير، تحليل O2M لمصلحة أي شخص الذين قد أكملت شاشة المخدرات ويريد توسيع يضرب بهم عن طريق تحديد التفاعلات الهامة للمخدرات-المخدرات. أدناه هو بروتوكول لتحديد الجزيئات الصغيرة تآزرية في البكتيريا، فضلا عن التحقق من صحة التفاعلات التآزر المتوقعة في فحوصات معروفة15،16.

<table><tbody><tr>منحنيات <td>نمو أداة</td> <td>Bioscreen C</td><td>الولايات المتحدة الأمريكية</td><td></td></tr><tr><td>Synergy H1</td><td>أداة</td><td>BioTek</td><td></td></tr><tr><td>M9 كاشف مرق</td><td></td><td>Amresco</td><td>J863-500G</td></tr><tr><td>كاشف أحماض الكازمينيك</td><td></td><td>فيشر Scientific</td><td>BP1424-500</td></tr><tr><td>كاشف</td><td>الجلوكوز</td><td>Sigma</td><td>G7021-10KG</td></tr><tr><td>كاشف</td><td></td> <td>حمض النيكوتينيكAlfa Aesar</td><td>A12683</td></tr><tr><td>كاشف</td><td>الثيامين</td><td>Acros Organics</td><td>148991000</td></tr><tr><td>CaCl2 كاشف ثنائي الهيدرات</td><td></td><td>فيشر</td><td>C79-500</td></tr><tr><td>MgSO4 كاشف هيبتاهيدرات</td><td></td> تشمل أمثلة مجموعة بيانات علم الوراثة <td>الكيميائية Fisher</td><td>M63-500</td></tr><tr><td></td><td></td><td>Nichols et al. ، Cell ، 2011 ، Brown et al ، Cell ، 2014 ، وغيرها مذكور في النص.</td><td></td></tr><tr><td>تريميثوبريم (مثال على دواء المدخلات ؛ يمكن استخدام أي شيء)</td> <td>كاشف</td><td>فيشر ساينتفيك</td><td>ICN19552701</td></tr><tr><td>سلفاميثوكسازول (مثال على دواء الاختبار ؛ يمكن استخدام أي منها)</td><td>كاشف</td><td>فيشر ICN15671125 العلمي</td><td></td></tr></tbody></table>

تحديد تركيبات المخدرات التآزر بواسطة الأسلوب2 تداخل الفائق

High-throughput Identification of Synergistic Drug Combinations by the Overlap2 Method

على الرغم من أن العقاقير المضادة للميكروبات أدى إلى زيادة العمر ونوعية الحياة في القرنال 20، ومقاومة مضادات الميكروبات يهدد مجتمعنا كامل القدرة على علاج العدوى الجهازية. في الولايات المتحدة وحدها، العدوى المقاومة للمضادات الحيوية تقتل ما يقرب من 23 ألف شخص في السنة وتكلفة حوالي 20 بیلیون دولاراً في الرعاية الصحية الإضافية. نهج واحد لمكافحة مقاومة مضادات الميكروبات هو الجمع بين العلاج، ومفيدة بشكل خاص في هذه المرحلة المبكرة الحاسمة من العدوى، قبل إصابة الكائن الحي وصورتها مقاومة المخدرات التي جرى تحديدها. العديد من العلاجات المضادة للميكروبات استخدام العلاجات المركبة. ومع ذلك، معظم هذه التشكيلات قابلة للإضافة، بمعنى أن كفاءة مجتمعة هو نفسه كمجموع لفعالية المضادات الحيوية الفردية. بعض العلاجات المركبة التآزر: كفاءة مجتمعة أكبر بكثير من المواد المضافة. مجموعات تعاونية مفيدة بشكل خاص نظراً لأنها يمكن أن تعوق نمو سلالات مقاومة للعقاقير المضادة للميكروبات. ومع ذلك، هذه التركيبات نادرة ويصعب تحديد. وهذا سبب العدد الضخم من الجزيئات اللازمة لفحصها بطريقة عشوائية: وقد مكتبة 1,000 الجزيئات التوليفات المحتملة 1 مليون. وهكذا، بذلت جهود للتنبؤ بالجزيئات للتآزر. توضح هذه المقالة طريقة الفائق للتنبؤ بأزواج جزيء صغير التآزري المعروفة بتداخل2 الأسلوب (O2M). O2M يستخدم أنماط من مجموعات البيانات الجينية الكيميائية لتحديد طفرات التي شديدة الحساسية لكل جزيء في زوج تآزري ولكن ليس للجزيئات الأخرى. مختبر براون يستغل هذا الاختلاف النمو قبل أداء شاشة الفائق للجزيئات التي تحول دون نمو المسخ ولكن الخلايا لا البرية من نوع. جزيئات العمل سبق تحديدها في المختبر التآزر مع ميثوبريم المضادات الحيوية والفلوكونازول العقاقير المضادة للفطور باستخدام هذه الاستراتيجية. وهنا الكتاب الحالي طريقة إلى الشاشة لتركيبات التآزري الرواية، الذي يمكن تغييره للعديد من الكائنات الحية الدقيقة.

فحوصات رقعة الداما طريقة شبه كمي لقياس التفاعلات تآزرية. يحدد فيسي، والنتيجة النهائية الإخراج، إذا كان الجمع بين المخدرات يعتبر التآزري (فيسي ≤0.5)، غير-التفاعل (0.5 &lt; فيسي &lt; 4)، أو معادية (فيسي ≥4.0). ويبين الشكل 1 كيفية إعداد التدرجات المخدرات في مقايسة رقعة الداما. ويبين الشكل 2 النتائج المشتركة. النظر في النمو (الآبار الأرجواني) الذي عرض أقل من تثبيط نمو بنسبة 90%. بعد قياس OD600 من كل بئر في صفيحة، نحن تطبيع...

تركيبات المخدرات التآزري صعبة وتستغرق وقتاً طويلاً لتحديد تجريبيا. هنا، نحن تصف أسلوب لتحديد والتحقق من صحة التآزري الجزيئات الصغيرة.

Although antimicrobial drugs have dramatically increased the lifespan and quality of life in the 20th century, antimicrobial resistance threatens our ...

الهدف العام لهذه المنهجية هو تحديد الجزيئات التآزرية ، التي تضخم نشاط بعضها البعض ، عند دمجها من خلال الفحص عالي الإنتاجية. وتعد أزواج الأدوية التآزرية استراتيجية واعدة لمكافحة العدوى المقاومة للأدوية، ولكن يصعب تحديدها. يمكن لهذه الطريقة تحديد الجزيئات التي تتفاعل مع الأدوية المضادة للميكروبات الموجودة المستخدمة لعلاج الأمراض المعدية.على المدى الطويل ، يمكن لهذه المجموعات أن تدخل في التقييم قبل السريري وتحسن رعاية المرضى في النهاية. الميزة الرئيسية لهذه التقنية هي أنه يمكن إجراؤها مع أي كائن حي ذي أهمية ومع أي مكتبة من الجزيئات الصغيرة. تمتد الآثار المترتبة على هذه التقنية إلى علاج الأمراض المعدية المتعددة لأنها تعمل مع أي كائن حي ذي أهمية.استخدم جدول بيانات قياسي لحساب متوسط درجة النمو والانحراف المعياري لجميع الطفرات ، في وجود تركيز معين للجزيء الصغير المضاف. ثم احسب درجات Z لكل تركيز جزيء صغير. ثم قم بتسليط الضوء على الطفرات الجينية ذات درجات Z الكبيرة.أولا ، قم بزراعة ثقافة الإشريكية القولونية في متوسط M9 الحد الأدنى ، طوال الليل عند 37 درجة مئوية. ثم قم بإذابة الجزيئات الصغيرة في ثنائي ميثيل سلفوكسيد بتركيز عال أعلى من 10 ملليغرام لكل ملليلتر. بعد ذلك ، أضف 100 ميكرولتر من متوسط M9 إلى كل بئر في طبق 96 بئر.ماصة 100 ميكرولتر إضافية من M9 وسط في العمود الأول بحيث يكون الحجم في هذا العمود 200 ميكرولتر. ثم أضف ما يقرب من 10 ميكرولتر من محلول الجزيء الصغير المركز في العمود الأول. بعد إضافة الجزيئات الصغيرة ، ابدأ في تخفيفها عبر المحور X للوحة.استمر في التخفيف حتى يكون هناك 100 ميكرولتر في العمود 11. بعد خلط العمود 11 ، تخلص من 100 ميكرولتر من هذا العمود. فليكن هناك وسيط فقط في العمود 12 لتطبيع البيانات.بعد ذلك ، سجل قيمة الكثافة الضوئية عند 600 نانومتر من الثقافة الليلية المزروعة في متوسط M9 البسيط. ثم أضف ميكرولترين من الثقافة في كل بئر. بحيث يوجد 1000 خلية لكل بئر.ثم رج الطبق برفق. ولاحظ قراءة الكثافة الضوئية عند 600 نانومتر لنقطة زمنية صفر ساعة. بمجرد تسجيل القراءة ، احتضن اللوحة عند 37 درجة مئوية لمدة يوم.مرة أخرى ، قم بقياس قيمة الكثافة الضوئية عند 600 نانومتر لمدة 24 ساعة. لإجراء اختبار رقعة الشطرنج ، قم بزراعة ثقافة الإشريكية القولونية في متوسط M9 الأدنى لليلة واحدة عند 37 درجة مئوية. بعد ذلك ، أضف 100 ميكرولتر من وسط M9 إلى كل بئر وأضف 100 ميكرولتر إضافي من نفس الوسط في العمود الأول من لوحة 96 بئر.بعد ذلك ، أضف جزيئات الاختبارات الصغيرة ، في كل بئر في العمود الأول. وأضف ضعف التركيز في البئر A1. بعد ذلك ، قم بإنشاء تدرج تخفيف على طول المحور X عن طريق نقل 100 ميكرولتر ، من العمود الأول إلى العمود الثاني. استمر في عملية التخفيف حتى يتم إضافة 100 ميكرولتر في العمود 11.بعد خلط العمود 11 ، تخلص من 100 ميكرولتر من هذا العمود واترك العمود 12 مع وسيط فقط بدون أي أدوية. قم بإنشاء تدرج آخر لتخفيف الدواء الثاني. للقيام بذلك ، أضف 100 ميكرولتر من الوسط الذي يحتوي على اثنين من X ، الحد الأدنى من التركيز المثبط لجزيء الإدخال في الصف A. ثم انقل 100 ميكرولتر من الصف A إلى B.استمر في عملية التخفيف ، حتى يتم إضافة 100 ميكرولتر في الصف G.بعد خلط الصف G ، تخلص من 100 ميكرولتر من البئر.ثم قم بتلقيح اللوحة بميكرولتر من الثقافة في كل بئر. بحيث يوجد 1000 خلية لكل بئر. بعد ذلك ، قم بقياس قراءة الكثافة الضوئية عند 600 نانومتر لنقطة زمنية صفر ساعة.بمجرد تسجيل القراءة ، احتضن اللوحة عند 37 درجة مئوية لمدة 24 ساعة. وبعد ذلك ، قم بقياس قيمة الكثافة الضوئية عند 600 نانومتر لمدة 24 ساعة. لإجراء فحص عالي الإنتاجية ، للأدوية التآزرية ، استزراع كل من النوع البري والخلايا الطافرة للتنبؤ بالتآزر في الحد الأدنى من وسط M9.ثم أضف الأدوية من المكتبة إلى الوسيط. بعد ذلك ، قم بتلقيح صفيحة واحدة من أدوية المكتبة بالنوع البري ولوحة أخرى بالبكتيريا الطافرة للتنبؤ بالتآزر. تمثل هذه اللوحة مقايسة رقعة الشطرنج المستخدمة للتحقيق في تركيبات الأدوية التآزرية.في هذه اللوحة ، يشير البئر F9 مع أدنى درجة FICI تبلغ 0.07 إلى أن زوج الجزيئات الصغيرة تآزري. تمثل هذه اللوحة اختبار رقعة الشطرنج للتحقيق في تركيبة الأدوية غير المتفاعلة. في هذه اللوحة ، يشير البئر C3 الذي حصل على أدنى درجة FICI تبلغ 1.0 إلى أن زوج الجزيئات الصغيرة لا يتفاعل مع بعضه البعض.تمثل هذه اللوحة اختبار رقعة الشطرنج المستخدمة للتحقيق في تركيبات الأدوية العدائية. في هذه اللوحة ، يشير A1 مع أدنى درجة FICI تبلغ 8.0 إلى أن التفاعل بين جزيئات الدواء عدائي. بعد ذلك ، يستخدم Befeldin A ، وهو دواء جزيئي صغير في Fluconazole ، لدراسة نمو C و U Formins.تظهر المؤامرة أن نمو كل من النوع البري وطفرة التنبؤ بالتآزر يتم تثبيطه قليلا وبنفس القدر. يشير هذا إلى أن Befeldin A و Fluconazole شريكان دواءيان غير متآزرين. على العكس من ذلك ، يتم تثبيط نمو متحولة التنبؤ بالتآزر من C و U Formins بشكل كبير ، في وجود Refromisyn و Fluconazole.مشيرا إلى أن الأدوية شريكة تآزرية. ومن المثير للاهتمام أن نمو النوع البري لا يتم تثبيطه على الإطلاق. هنا ، لوحظ أكبر فرق في النمو ، بين 32 و 49 ساعة بعد التطعيم.بمجرد إتقانها ، يمكن لهذه التقنية تقصير الوقت لتحديد التفاعلات الدوائية التآزرية. أثناء تنفيذ هذا الإجراء ، من المهم أن تتذكر عدم الجمع بين الأدوية في العمود الأخير في الصف الأخير من اختبار رقعة الشطرنج. باتباع هذا الإجراء ، يمكن إجراء طرق أخرى لتحديد الجزيئات التآزرية من أجل تحديد التفاعلات الدوائية التآزرية الإضافية.بعد مشاهدة هذا الفيديو ، يجب أن يكون لديك فهم جيد لكيفية استخدام منهجية O2M لتحديد علامات التآزر المفترضة من أجل العثور على تفاعلات دوائية تآزرية مع الكائن الحي الذي تهمك. لا تنس أنه أثناء العمل مع بعض الجزيئات الصغيرة يمكن أن يكون خطيرا ويجب اتباع أي احتياطات في MSDS أثناء تنفيذ هذا البروتوكول.

high-throughput-identification-synergistic-drug-combinations-overlap2

Research

JoVE Journal

Genetics

علم الوراثة

فسفرة البروتين هي سمة مركزية لكيفية تفسير الخلايا للمعلومات والاستجابة لها في بيئتها خارج الخلية. هنا ، نقدم بروتوكول فحص عالي الإنتاجية باستخدام الكينازات المنقاة من خلايا الثدييات لتحديد الكينازات التي تعمل على الفسفرة في ركيزة (ركيزة) ذات أهمية.

تحديد أزواج كيناز الركيزة عن طريق فحص إنتاجية عالية

&lt; p class = 'jove_content'&gt; تم تطوير اختبار عالي الإنتاجية في الوقت الفعلي لتحديد (1) مضادات الميكروبات المخترقة للخلايا حقيقية النواة والتي تستهدف مسببات الأمراض البكتيرية داخل الخلايا ، و (2) تقييم السمية الخلوية للخلايا حقيقية النواة. تم بعد ذلك دمج تباين في نفس التكنولوجيا مع تقنية الاستغناء الرقمي لتمكين دراسات تآزر سهلة وعالية الدقة واستجابة للجرعة وثنائية وثلاثية الأبعاد.

إنتاجية عالية، في الوقت الحقيقي، اختبار مزدوج قراءات من بين الخلايا مضادات الميكروبات آخر وحقيقية النواة السمية لخلايا

في هذا البروتوكول، ونحن تصف كيفية جعل Loewe قياسات التفاعل المخدرات على أساس الجمع بيرويس وتركيبات العقاقير الثلاثية.

أسلوب قطري لقياس التفاعل بين أي عدد من المخدرات

ويصف هذا البروتوكول كيفية تقييم التآزر بين جسم السرطان والأدوية أنتينيوبلاستيك في نماذج السريرية باستخدام معادلة مؤشر الجمع بين تشو وتالالاي.

التقوية لكفاءة جسم السرطان بالعقاقير أنتينيوبلاستيك: الكشف عن التآزر جسم-المخدرات باستخدام معادلة الجمع بين مؤشر

اختبار التآزر الميكروبات المستخدمة لتقييم تأثير اثنين أو أكثر من المضادات الحيوية المستخدمة في تركيبة وتتم عادة بواحدة من طريقتين: الصفيف رقعة الداما أو المقايسة قتل الوقت. وهنا، نقدم الآلي وتقنية التآزر الصفيف الشطرنج ساعدت الطابعة النافثة للحبر ودراسة كلاسيكية قتل الوقت تآزر.

مضادات الميكروبات التآزر التجارب التي تدعمها الطابعة النافثة للحبر الصفيف الشطرنج الآلي وقتل الوقت الأسلوب اليدوي

وقد أدت الشاشات الجينية الكبيرة في الكائنات الحية النموذجية إلى تحديد التفاعلات الجينية السلبية. هنا، نصف سير عمل تكامل البيانات باستخدام بيانات من الشاشات الجينية في الكائنات الحية النموذجية لتحديد مجموعات الأدوية التي تستهدف التفاعلات القاتلة الاصطناعية في السرطان.

سير عمل تكامل البيانات لتحديد مجموعات الأدوية التي تستهدف التفاعلات القاتلة الاصطناعية

هدفت هذه الدراسة إلى تقديم استراتيجية لتحديد التفاعلات الببتيد المخدرات. وتنطوي الاستراتيجية على التحريك الأحيائي للببتيدات القصيرة التي تعترف بالمخدرات استنادا إلى جهاز استشعار دقيق للكوارتز والكريستال ، يليها تحليل المعلوماتية الحيوية لإجراء تقييم كمي للمعلومات التي تم الحصول عليها للتعرف على المخدرات وشرح مواقع ربط المخدرات بالبروتينات.

Biopanning المعالجة البيولوجية القائمة على الاستشعار الحيوي واستراتيجية تحليل المعلوماتية الحيوية للتحقق العالمي من التفاعلات البروتين المخدرات

يصف هذا البروتوكول كيفية دراسة جميع التركيبات الممكنة التي يمكن الحصول عليها بين أربعة أدوية في تجربة واحدة. وتستند هذه الطريقة على معيار 96 جيدا لوحة الفحص الدقيق تخفيف وحساب تركيزات مثبطة كسور (FICs) لتقييم النتائج.

رباعية الداما : تعديل لوحة الداما ثلاثية الأبعاد لدراسة تركيبات المخدرات

يوصف منهجية الإنتاجية العالية، الآلي، إنتاج البروتوبلازم التبغ والتحول. النظام الآلي يمكن التعبير الجيني الموازي واسع والاكتشاف في نظام نموذجي BY-2 التي ينبغي أن تكون للترجمة للمحاصيل غير النموذجية.

ومنصة الروبوتية لإنتاجية عالية البروتوبلازم عزل والتحول

الطفرات المميتة الحساسة لدرجة الحرارة (ts) هي أدوات قيمة لتحديد الوظائف الأساسية وتحليلها. نصف هنا طرق توليد وتصنيف الطفرات المميتة ts في الإنتاجية العالية.

عالية الإنتاجية آليا عزل بمساعدة من درجة الحرارة التي تراعي القاتلة المسوخ في<em&gt; كلاميدوموناس reinhardtii</em

اكتشف تحديد التركيبات الدوائية التآزرية لعلاج العدوى المقاومة للمضادات الحيوية باستخدام الفحص عالي الإنتاجية. تُحسّن هذه الطريقة فعالية الأدوية المضادة للميكروبات وتُسرّع تقييمها السريري.

تحديد تركيبات المخدرات التآزر بواسطة الأسلوب² تداخل الفائق

استكشف المزيد من الفيديوهات