العزل السريع للديدان الخيطية البرية بواسطة قمع بيرمان

Caenorhabditis nematodes هي حقيقية ، تعيش في الطبيعة. إن جمع الديدان الخيطية البرية ، يسمح لنا بدراسة الجينات ، والجينومات في سياقها الطبيعي تكشف عن وظائف ، والتي قد تحجبها الظروف الاصطناعية للمختبر. هذه التقنية ، تستخرج الديدان ، من الركائز العضوية الغنية بالبكتيريا في الحقل ، وتخلق ثقافات نظيفة على أطباق بتري ، وتلتقط لقطة لكل مجموعة سكانية ، في الوقت الذي تم جمعها فيه.

هذه المجموعات السكانية مناسبة تماما لمسائل علم البيئة أو علم الوراثة السكانية أو علم الوراثة الفوقي. ثقافات السلالة البرية ، هي أيضا قيمة ، للدراسات الجينية الكمية. هذه التقنية بسيطة وسهلة التنفيذ ، حتى بالنسبة للمبتدئين في البحث الميداني.

ومع ذلك ، فإن رحلة جمع ناجحة ، تتطلب إعدادا مدروسا للمواد ، قبل السفر. حدد الركيزة الغنية بالبكتيريا في الحقل ، مثل الفاكهة المتعفنة أو الزهور أو الفطريات أو سيقان النباتات العشبية أو التربة أو فضلات الأوراق. ضع كمية صغيرة من الركيزة ، في كيس بلاستيكي ملصق.

إذا كانت المواد المتعفنة نادرة في الجانب الميداني من الاهتمام ، فضع بعض الفاكهة كطعم. اتركه للصخرة ، ثم استرجعه ، وأي ديدان استعمرته. سجل معرف العينة وخط العرض وخط الطول والتاريخ ووصف الركيزة.

سجل أي قياسات بيئية محلية أخرى ذات صلة بالتجربة ، مثل درجة الحرارة المحيطة والركيزة ، وحالة الركيزة ، ووقت التجميع ، ووجود اللافقاريات الكلية المرتبطة بالركيزة. استخدم المقص لقطع جزء طوله ثلاثة سنتيمترات ، من الأنابيب المطاطية من كل قمع. ضع الأنبوب فوق نهاية قمع بلاستيكي.

حرك مشبك أنابيب فوق الأنبوب المطاطي ، وقم بإغلاقه. لصنع حامل قمع ، قم بقطع الثقوب الدائرية ، في وسط صينية من الورق المقوى المكشوفة. عكس الورق المقوى ، وقم بطي الجانبين مرة واحدة ، وقم بربطهما معا.

هذا سوف يخلق الساقين, التي ترفع الثقوب فوق مقاعد البدلاء. تأكد من أن مشابك الأنابيب ، في الموضع المغلق ، ووضع القمع في الثقوب. صب الماء المعقم في كل قمع ، وملئه حوالي ثلاثة سنتيمترات تحت الحافة.

اضغط على القمع، لتحرير أي فقاعات هواء محاصرة في الأنبوب. قم بطي منديل خال من الوبر إلى النصف ، لعمل مربع ، وضعه فوق القمع. ثم اضغط على المسح لأسفل ، لغمره في الماء.

قم بتقسيم أي قطع صلبة كبيرة يدويا ، من الركيزة الطبيعية. ضع بعض العينة برفق على المسح في القمع. تأكد من عدم ثقب المسح ، أو ترك أي عينة بارزة فوق الحافة.

قم بطي زوايا المسح بعناية ، فوق العينة ، لمنع الماء من الفتل ، فوق حافة القمع. قم بتسمية مسار التحويل باستخدام معرف العينة، المقابل لملاحظات المجموعة الميدانية. اختر أي حشرات نشطة ، أو أخرى ، قد تسافر وتلوث العينات.

أضف المزيد من الماء إلى كل قمع ، لغمر العينة بأكملها. أثناء الحضانة في درجة حرارة الغرفة بين عشية وضحاها ، سوف تتأرجح الديدان الخيطية النشطة عبر الأنسجة ، وتغرق في قاع القمع. اكتب معرف العينة الخاص بقمع ، في الجزء السفلي من صفيحة دودة NGM بطول ستة سنتيمترات ، جالسة مع بقعة من بكتيريا OP50 E.coli.

قم بإزالة الغطاء من اللوحة ، وقم بإزالة القمع ، الذي يحتوي على العينة من حامل القمع ، وأمسكها في وضع مستقيم ، فوق صفيحة الدودة المفتوحة ، بيد واحدة. حرر الضغط على مشبك الأنابيب من ناحية أخرى ، واسمح لقطة أو قطرتين من الماء ، بالسقوط من الأنبوب ، على صفيحة الدودة بجوار العشب البكتيري. بمجرد أن يسقط الماء من القمع ، قم بإغلاقه بسرعة مرة أخرى ، لمنع إغراق لوحة NGM.

للتنظيف ، تخلص من محتويات القمع ، واغسلها بالماء الساخن ، لإعادة استخدامها لاحقا. مراقبة الديدان الخيطية المعزولة تحت المجهر الاستريو. بالإضافة إلى الديدان الخيطية ، سيكون هناك في بعض الأحيان أنيليدات صغيرة من مجموعة Oligo ، و Tardigrades ، و rotifers ، والقشريات الصغيرة.

لإنشاء خطوط خنثى ISO ، أو خطوط أنثوية ISO ، انقل كل خنثى L4 أو أنثى بالغة متزاوجة ، إلى لوحة NGM منفصلة مقاس 3.5 سم ، جالسة مع OP50. تعقيم قطف الدودة ، قبل وبعد كل نقل. أخيرا ، قم بلف الألواح جيدا للسفر ، مع فيلم البارافين.

في جزيرة بارو كولورادو بنما ، في عام 2018 ، تمت معالجة 131 ركيزة بهذه الطريقة. 99 ٪ منها أنتجت الديدان الخيطية. 34 ٪ أسفرت عن التهاب الديدان الخيطية Caenorhabditis.

في منطقة استبعاد تشيرنوبيل أوكرانيا ، في عام 2019 ، تمت معالجة 170 ركيزة بهذه الطريقة. 56 ٪ منها أنتجت الديدان الخيطية ، ولم يكن أي منها من التهاب Caenorhabditis. تعمل هذه الطريقة لأن الديدان الخيطية تسبح من خلال المسح.

لكن الركيزة والحيوانات الأخرى تبقى في الأعلى. يمكن تعديل العديد من جوانب البروتوكول ، للاستفادة من أي موارد متاحة في هذا المجال. تسمح العينات التي تم جمعها باستخدام هذه الطريقة للباحثين بمعالجة مجموعة واسعة من أسئلة بيولوجيا السكان في الثقافات الراسخة للدراسات المختبرية اللاحقة.