عزل النوى الأمثل من عينات الورم الصلبة الطازجة والمجمدة لتسلسل متعدد النوى
October 13th, 2023
يوفر البروتوكول نهجا موثوقا ومحسنا لعزل النوى من عينات الورم الصلبة لتسلسل الجينوم المتعدد باستخدام منصة 10x Genomics ، بما في ذلك التوصيات الخاصة بظروف تفكك الأنسجة ، والحفظ بالتبريد لمعلقات الخلية المفردة ، وتقييم النوى المعزولة.
مع نمو معرفتنا ببيولوجيا الورم واهتمامنا بفهم تعقيدات كيفية تفاعل الخلايا داخل الورم والتأثير على نتائج المرضى ، زادت أيضا أهمية تحليل الخلايا غير المتجانسة عبر البيئة المكروية للورم. يوفر تسلسل Multiome ، الذي يسمح بالحصول على الحمض النووي الريبي أحادي الخلية وتسلسل الهجوم من نفس الخلية بطريقة خلية مزدوجة ، تقدما كبيرا نحو هذه الغاية. ومع ذلك ، فإن جودة البيانات التي تم الحصول عليها من هذه التجارب تعتمد بشكل كبير على جودة الظروف التجريبية والمواد البيولوجية المدخلة.
يوفر هذا البروتوكول نهجا موثوقا ومحسنا لعزل النوى من عينات الورم الصلبة لتسلسل multiome باستخدام منصة 10x Genomics. هذا البروتوكول موثوق به باستخدام معلقات خلية واحدة طازجة أو مجمدة. نحن نقدم توصيات لظروف تفكك الأنسجة ، والحفظ بالتبريد لمعلقات الخلية المفردة ، وتقييم النوى المعزولة.
في هذا البروتوكول ، استخدمنا عينات الورم الغدي القنوي البنكرياسي البشري ، والتي تعد نوعا أوليا من الأنسجة في مختبرنا. يمثل سرطان البنكرياس نوعا من الأورام شديدة التنسج ، والتي تنذر بأنسجة لزجة نسبيا وكذلك خلايا. علاوة على ذلك ، نظرا لأن عينات أورام البنكرياس المتاحة للبحث تميل أيضا إلى أن تكون صغيرة نسبيا ، يتم بذل الجهود لزيادة كمية الخلايا التي تم التقاطها.
View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos
النظرة العامة
يحدد هذا البروتوكول طريقة موثوقة ومحسنة لعزل النوى من عينات الأورام الصلبة للتسلسل متعدد الـ om باستخدام منصة 10x Genomics. يتضمن توصيات لظروف تفكيك الأنسجة والحفظ بالتبريد للمعلقات الخلوية المفردة.
مكونات الدراسة الرئيسية
مجال العلم
- علم الأعصاب
- طب الأورام
- علم الجينوم
الخلفية
- فهم بيولوجيا الأورام أمر بالغ الأهمية لتحسين نتائج المرضى.
- تحليل الخلايا غير المتجانسة في بيئة الورم المكروسة مهم بشكل متزايد.
- يسمح تسلسل متعدد الـ om بالحصول المتزامن على تسلسل الحمض النووي الريبي و ATAC للخلية المفردة.
- تعتمد جودة البيانات بشكل كبير على الظروف التجريبية والمادة البيولوجية.
غرض الدراسة
- توفير بروتوكول موثوق لعزل النوى من الأورام الصلبة.
- تحسين جودة بيانات تسلسل متعدد الـ om.
- تسهيل تحليل بيئات الورم المكروسة.
الطرق المستخدمة
- عزل النوى من عينات الورم الصلب.
- استخدام معلقات خلوية مفردة طازجة أو مجمدة.
- توصيات لظروف تفكيك الأنسجة.
- تقنيات الحفظ بالتبريد للمعلقات الخلوية المفردة.
النتائج الرئيسية
- تم وضع نهج محسّن لعزل النوى.
- تم الحصول على نتائج موثوقة من العينات الطازجة والمجمدة.
- تحسين جودة البيانات لتسلسل متعدد الـ om.
- تم توفير إرشادات لمعالجة الأنسجة والحفظ بالتبريد.
الاستنتاجات
- يعزز البروتوكول موثوقية عزل النوى من الأورام.
- يدعم تقدم تقنيات تسلسل متعدد الـ om.
- يمكن أن تستفيد الدراسات المستقبلية من الظروف التجريبية المحسنة.
