سبتمبر 20, 2024
نقدم سير عمل مرن وقابل للتمديد قائم على Jupyter-lab للتحليل غير الخاضع للإشراف لمجموعات البيانات المعقدة متعددة الأوميكس التي تجمع بين خطوات المعالجة المسبقة المختلفة ، وتقدير نموذج تحليل العوامل متعددة الأوميكس ، والعديد من التحليلات النهائية.
يتيح سير العمل لدينا تحليل مجموعات البيانات المعقدة متعددة الأوميكس بدقة مختلفة بسهولة. يستخرج النهج أنماطا رئيسية من المتغيرات التي تكون إما فريدة أو مشتركة مع أنواع البيانات المحددة ويجمعها. يمكن بعد ذلك ربط ما يسمى بالعوامل الناتجة بالعمليات الجزيئية والمتغيرات السريرية أو التقنية.
كان تحليلنا من بين أول من طبق نموذج MOFA على البيانات متعددة الخلايا والخلية الواحدة لعينات متعددة. الأهم من ذلك ، كانت هذه العينات من مجموعة سريرية من مرضى النوبات القلبية. سمح لنا ذلك بتحديد التوقيعات المناعية متعددة الخلايا المرتبطة بالنتيجة وحالة المرض.
لذلك ، يزداد توافر مجموعات البيانات أحادية الخلية ومتعددة الأوميك ، ولكن في كثير من الأحيان ، يتم تحليل ميزات مجموعات البيانات هذه بشكل منفصل فقط. هذا يحد من الأفكار لأن العمليات البيولوجية عادة ما تكون نتيجة للتفاعلات بين الميزات المتعددة وأنواع الخلايا. باستخدام بروتوكولاتنا ، يمكن للمستخدمين بسهولة إجراء تحليل متكامل لمجموعة البيانات الكاملة وتحديد تلك البرامج متعددة الخلايا.
نعتقد أن تطبيق هذا البروتوكول على مجموعات بيانات متعددة الأوميكس الإضافية سيولد رؤى جديدة حول الأمراض أو السياقات الأخرى. ستفيد هذه الأفكار بعد ذلك في الدراسات المستقبلية للعلامات الحيوية أو الدراسات العلاجية.
تقدم هذه المقالة سير عمل مرن وقابل للتوسيع يعتمد على Jupyter-lab لتحليل غير خاضع للإشراف لمجموعات البيانات متعددة العوالم المعقدة. يتيح سير العمل استخراج الأنماط الرئيسية للمتغيرات المرتبطة بالعمليات الجزيئية والمتغيرات السريرية.
Integrating unsupervised multi-omic factor analysis (MOFA) into discovery-stage workflows enables biopharma teams to uncover complex molecular patterns and multicellular programs underlying cardiovascular disease. This approach enhances predictive confidence by linking high-dimensional omics data to disease-relevant processes, supporting early target validation and translational biomarker discovery. The workflow's scalability and adaptability position it as a reusable capability for portfolio-wide mechanistic de-risking and prioritization.
This MOFA-based workflow bridges early discovery, lead identification, and translational research by enabling integrated analysis of multi-omics and clinical data.