تحسين إجراءات جمع عينات خزعة الثدي واستئصال الثدي للبنوك الحيوية والطب الشخصي وتطبيقات البحث
سبتمبر 2, 2025
تقدم هذه المقالة بروتوكولا مفصلا لجمع عينات سرطان الثدي ، مصمما لتحسين فائدتها للبنوك الحيوية والطب الشخصي والتطبيقات البحثية الأخرى. يتم وصف سير العمل لجمع العينات ، بما في ذلك خزعة الثدي واستئصال الثدي ، بالتفصيل ، مع التركيز على تقليل تلف الأنسجة وتعظيم جودة العينة.
يهدف هذا النطاق إلى تحسين جمع عينات السرطان للبنك الحيوي بحيث يمكن علاجا شخصيا أفضل من خلال تسلسل RNA عالي الجودة وزراعة الأعضاء من أنسجة سرطان الثدي الفلبينية. تشمل التطورات الحديثة استخدام عضويات مشتقة من المريض وتسلسل الحمض النووي الريبي للتنبؤ باستجابة العلاج في سرطان الثدي في ورقة بحثية حديثة، خاصة في حالات الغزو اللمفاوي الوعائي المرتبط بمقاومة الأدوية. نستخدم الخزعات الموجهة بالموجات فوق الصوتية، وتقدير نسبة الأورام في تسلسل الحمض النووي الريبي، وزراعة عضوية ثلاثية الأبعاد لتحليل أنسجة سرطان الثدي بدقة.
تشمل التحديات الرئيسية الحصول على RNA عالي الجودة من عينات خزعة صغيرة، ومشاكل جودة في حفظ العضويات. لذا بعد البدء مع سرطان الثدي، سنستكشف المزيد من التعبير الجيني في مجموعة فلبينية أكبر ونستخدم الأعضاء لاختبار العلاجات التالية: سرطانات الغدة الدرقية، المبيض، البنكرياس، والأنواع النادرة مثل أورام الفيلودز. للبدء، قم بتركيب مسدس خزعة إبرة أساسية عيار 14 تحت توجيه الموجات فوق الصوتية في عيادة خارجية، غرفة عمليات، أو بيئة معقمة أخرى.
لكل نواة، اجمع عينة ثدي بطول حوالي سنتيمترين من مركز الورم وعلى بعد سنتيمتر واحد للنسيج الطبيعي المجاور. اجمع نوعين من العينات، الأنسجة الطبيعية وأنسجة الورم، من كل مريض. سلم كل عينة إلى مساعد البحث لوضعها في طبق بتري يحتوي على محلول PBS.
قم بفرز عينات الأنسجة الورمية التسعة إلى ست نوى لتحليل الحمض النووي الريبي وثلاث نوى للبنك الحيوي. اقطع كل نواة طوليا أو عرضيا باستخدام شفرة معقمة. ضع النوى الثلاثة العادية في أطباق بيتري.
اقطع النوى إلى نصفين وخصصها للتحليل. وزع العينات بين الأنابيب حسب الأولوية. ضع نصف النوى في قارورة تجميد مخصصة بحجم مليليتر مع محلول تثبيت RNA بسعة 1.25 ملليتر.
ثبت النصف الآخر في قوارير عينة تحتوي على فورمالين محايد بنسبة 10٪. قم بتعبئة وتقديم نماذج علم الأمراض الجراحي مع العينات الثابتة إلى قسم علم الأمراض. بعد استئصال الثدي، ضع العينة في كيس عينة نظيف بعد التوثيق وانقلها فورا إلى قسم المختبرات المرضية بدون فورمالين لتقليل وقت الإقفار البارد.
احصل على كتلة نسيجية ورمية على الأقل بحجم سنتيمتر مكعب واحد أثناء التجميع وقطعها إلى نصفين. قم بتقسيم نصف الكتلة الطازجة بشكل متساو لتسلسل الحمض النووي الريبي، والبنك الحيوي، وزراعة العضويات. ضع الأنسجة لتسلسل الحمض النووي الريبي فورا في قوارير تجميد مبردة مسبقا ومميزة مسبقا بحجم خمسة مليلتر، مملوءة مسبقا بمحلول تثبيت RNA بسعة 2.5 ملليتر.
للبنوك الحيوية، استخدم قوارير تجميد بسعة خمسة ملليلتر بنفس المحلول. لزراعة الأعضاء، استخدم قوارير مخروطية بحجم 15 ملليتر، مملوءة مسبقا بخمسة ملليتر من محلول تخزين الأنسجة و0.01 ملليلتر من البريموسين. اسحب ثلث جميع كتل الأورام في أنبوب مخروطي واحد.
احصل على كتلة نسيجية طبيعية بحجم سنتيمتر مكعب واحد على الأقل وقطعها إلى نصفين لإجراء التخزين الحيوي للحمض النووي الريبي وعلم الأمراض النسيجية الروتيني. انقل كتلة الأنسجة إلى قوارير تجميد مسبقة ومميزة مسبقا بسعة خمسة مليلتر ومملأة مسبقا ومملوءة مسبقا بمحلول تثبيت RNA بسعة 2.5 ملليلتر لتسلسل الحمض النووي الريبي والبنك الحيوي. ثم أغلق جميع القوارير المجمدة بطبقة بارافيلم.
خزنها عند أربع درجات مئوية لمدة 24 ساعة. ثم انتقل إلى ناقص 20 درجة مئوية لمدة ساعتين إلى أربع ساعات. وأخيرا، خزنها عند ناقص 80 درجة مئوية.
أغلق أغطية القوارير المجمدة بفيلم بارا فيلم. ضع القوارير المجمدة المغلقة في رف أنبوب اختبار وغطها بمادة ماصة ولفافة فقاعات. ضع الرف الملفوف في كيس قابل لإعادة الإغلاق باستخدام جهاز تسجيل الحرارة.
ضع عبوات الجل في أسفل علبة بوليسترين. ثم ضع الكيس فوق أكياس الجل. ضع طبقة أخرى من عبوات الجل فوق الكيس.
تأكد من وضع الأنابيب بين عبوات الجل لضمان بقاء العينات باردة أثناء النقل. ضع صندوق البوليسترين المغلق في صندوق شحن كرتوني وأرفق قائمة الشحن في حقيبة زيبلوك. أغلق الصندوق ووضع عليه ملصقات للشحن.
قبل تسليم الساعي، لاحظ عدد القوارير ووقت المغادرة من البنك البيولوجي. فشلت عينتان بقيم وتركيز RIN متغيرة في خطوة تحضير المكتبة أثناء التسلسل وتم استبعادهما في التحليل النهائي. جميع العينات حصلت على درجات جودة تسلسل ممتازة حيث أن أكثر من 90٪ من المكالمات الأساسية كانت دقة لا تقل عن 99.9٪. أظهرت التصوير بالمجال الساطع نجاحا في تكوين الأعضاء من أنسجة استئصال الثدي في المرحلة الثالثة بعد العلاج بالمأكولات الجديدة مع وجود تراكيب كروية وفيرة مرئية عند تكبير منخفض وعالي.
اعرض النص الكامل واحصل على الوصول إلى آلاف الفيديوهات العلمية
نظرة عامة
تعرض هذه المقالة بروتوكولًا مفصلًا لتحسين جمع عينات سرطان الثدي من أجل بنك الأنسجة والطب الشخصي. يركز على تقليل تلف الأنسجة وتعظيم جودة العينة من خلال تقنيات دقيقة.
مكونات الدراسة الرئيسية
مجال العلم
- أبحاث سرطان الثدي
- بنك الأنسجة
- الطب الشخصي
الخلفية
- تحسين جمع عينات السرطان ضروري لفعالية العلاج.
- تسلسل الحمض النووي الريبي عالي الجودة وزراعة الأورام الصغيرة ضروريان للبحوث.
- تشمل التحديات الحصول على الحمض النووي الريبي عالي الجودة من عينات الخزعة الصغيرة.
- التقدم في زراعة الأورام المشتقة من المرضى يحسن التنبؤات باستجابة العلاج.
هدف الدراسة
- تحسين جودة عينات سرطان الثدي للبحث.
- تسهيل العلاج الشخصي من خلال تحسين طرق جمع العينات.
- استكشاف التعبير الجيني في مجموعة فلبينية أكبر.
الطرق المستخدمة
- خزعات موجهة بالموجات فوق الصوتية لجمع العينات.
- تسلسل الحمض النووي الريبي لتقدير نسبة الورم.
- زراعة الأورام ثلاثية الأبعاد لتحليل أنسجة سرطان الثدي.
- استخدام مسدس خزعة نواة قطره 14 في بيئات معقمة.
النتائج الرئيسية
- جمع ناجح للحمض النووي الريبي عالي الجودة من عينات الخزعة الصغيرة.
- حفظ فعال للأورام لتحليل إضافي.
- إمكانية اختبار العلاجات على أنواع مختلفة من السرطان باستخدام الأورام.
- رؤى حول التغلغل اللمفاوي الوعائي ومقاومة الدواء في سرطان الثدي.
الاستنتاجات
- البروتوكولات المحسنة تعزز من فائدة عينات سرطان الثدي.
- ستتوسع الدراسات المستقبلية لتشمل أنواع أخرى من السرطان باستخدام أساليب مماثلة.
- البحث المستمر ضروري لتحسين العلاجات الشخصية للسرطان.
الأسئلة الشائعة
Executive Industry Relevance
Optimized breast tissue collection and biobanking protocols are critical for enabling high-fidelity RNA sequencing and 3D organoid culture, directly impacting predictive confidence in breast cancer research. These procedures support translational continuity from sample acquisition to molecular profiling and functional drug response testing, informing portfolio decisions in precision oncology. The approach establishes a scalable infrastructure for multi-institutional biobanking and personalized medicine initiatives in resource-limited settings.
Strategic Applications in Biopharma R&D
Early Discovery & Target Validation
- Enables robust molecular characterization of tumor and normal tissue for pathway analysis.
- Supports functional validation of therapeutic hypotheses using patient-derived organoids.
- Facilitates biological de-risking by integrating clinical and molecular data from diverse patient cohorts.
- Improves predictive confidence for target selection in heterogeneous populations.
Screening & Assay Development
- Provides standardized, high-quality biospecimens for downstream RNA sequencing and 3D culture assays.
- Ensures reproducibility and quantitative assessment of tumor content for assay readiness.
- Enables scalable preparation of samples for compound screening in organoid-based platforms.
- Supports reliable evaluation of drug response and resistance mechanisms in ex vivo systems.
Translational & Preclinical Research
- Aligns biospecimen collection with translational biomarker discovery and validation workflows.
- Maintains continuity from clinical sample acquisition to preclinical drug testing in disease-relevant models.
- Enables risk-adjusted advancement of therapeutic candidates based on functional and molecular readouts.
- Supports expansion to additional cancer types for broader translational impact.
Pipeline & Workflow Integration
This protocol integrates into the discovery-to-preclinical continuum by linking clinical sample acquisition, molecular profiling, and functional drug testing in organoid models.
- Discovery Biology: Facilitates hypothesis testing and pathway clarification through high-quality RNA and organoid outputs.
- Screening: Delivers reproducible, quantitative biospecimens for assay development and compound evaluation.
- Analytics: Provides tumor percentage estimation and sequencing quality metrics for comparative analysis.
- Translational Research: Bridges clinical and preclinical workflows for biomarker and therapy validation.
- Enterprise Reuse: Establishes a reusable biobanking and analytical infrastructure for ongoing and future studies.
Operational & Enterprise Impact
- Scientific Value: Increases predictive confidence and reduces mechanistic ambiguity in breast cancer research.
- Operational Value: Standardizes biospecimen handling, storage, and transport for reproducibility and scalability.
- Strategic Value: Enables informed go/no-go decisions and capital-efficient portfolio management.
- Portfolio Impact: Supports risk-adjusted prioritization and advancement of therapeutic programs.
Implementation Considerations
- Requires expertise in ultrasound-guided biopsy, tissue processing, and organoid culture.
- Demands access to RNA stabilization reagents, cryogenic storage, and sequencing infrastructure.
- Necessitates cross-team standardization of sample handling and documentation procedures.
- Adaptable to various cancer types and tissue sources with protocol modifications.
- Sample quality and RNA integrity are critical for downstream success and must be monitored.
