Name: تحليل الميتاجينوميات لحجم الفيروسات في الحمض النووي لعينات البراز البشري (فيديو) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-03-24T13:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 15 s
Description: اكتشف بروتوكولاً مرناً لاستخلاص الحمض النووي للفيروسات من عينات البراز البشرية باستخدام الترشيح والطرد المركزي فائق السرعة. يُنتج ميتاجينومات فيروسية عالية الجودة بنسبة 74% من القراءات الفيروسية.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Breitbart, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomic+Analyses+of+an+Uncultured+Viral+Community+from+Human+Feces%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Metagenomic Analyses of an Uncultured Viral Community from Human Feces.</a> J Bacteriol. 185 (20), 6220-6223 (2003).</li>
<li>Liang, G., Bushman, F. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+human+virome%3A+assembly%2C+composition+and+host+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The human virome: assembly, composition and host interactions.</a> Nat Rev Microbiol. 19 (8), 514-527 (2021).</li>
<li>Callanan, J., Stockdale, S. R., Shkoporov, A., Draper, L. A., Ross, R. P., Hill, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biases+in+Viral+Metagenomics-Based+Detection%2C+Cataloguing+and+Quantification+of+Bacteriophage+Genomes+in+Human+Faeces%2C+a+Review%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Biases in Viral Metagenomics-Based Detection, Cataloguing and Quantification of Bacteriophage Genomes in Human Faeces, a Review.</a> Microorganisms. 9 (3), 524(2021).</li>
<li>Garmaeva, S., Sinha, T., Kurilshikov, A., Fu, J., Wijmenga, C., Zhernakova, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Studying+the+gut+virome+in+the+metagenomic+era%3A+challenges+and+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Biol%22%5BJournal%5D)">Studying the gut virome in the metagenomic era: challenges and perspectives.</a> BMC Biol. 17 (1), 84(2019).</li>
<li>Lewandowska, D. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimization+and+validation+of+sample+preparation+for+metagenomic+sequencing+of+viruses+in+clinical+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Optimization and validation of sample preparation for metagenomic sequencing of viruses in clinical samples.</a> Microbiome. 5 (1), 94(2017).</li>
<li>Conceição-Neto, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modular+approach+to+customise+sample+preparation+procedures+for+viral+metagenomics%3A+a+reproducible+protocol+for+virome+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Modular approach to customise sample preparation procedures for viral metagenomics: a reproducible protocol for virome analysis.</a> Sci Rep. 5 (1), 16532(2015).</li>
<li>Palermo, C. N., Shea, D. W., Short, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+Different+Size+Fractions+Provides+a+More+Complete+Perspective+of+Viral+Diversity+in+a+Freshwater+Embayment%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Analysis of Different Size Fractions Provides a More Complete Perspective of Viral Diversity in a Freshwater Embayment.</a> Appl Environ Microbiol. 87 (11), e00197-e00221 (2021).</li>
<li>Kleiner, M., Hooper, L. V., Duerkop, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+methods+to+purify+virus-like+particles+for+metagenomic+sequencing+of+intestinal+viromes%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Evaluation of methods to purify virus-like particles for metagenomic sequencing of intestinal viromes.</a> BMC Genomics. 16 (1), 7(2015).</li>
<li>Fudyma, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+viral+particle%2C+soil%2C+and+extraction+buffer+physicochemical+characteristics+and+their+impacts+on+extractable+viral+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Soil+Biol+Biochem%22%5BJournal%5D)">Exploring viral particle, soil, and extraction buffer physicochemical characteristics and their impacts on extractable viral communities.</a> Soil Biol Biochem. 194, 109419(2024).</li>
<li>Zhai, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+impact+of+storage+buffer+and+storage+conditions+on+fecal+samples+for+bacteriophage+infectivity+and+metavirome+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">The impact of storage buffer and storage conditions on fecal samples for bacteriophage infectivity and metavirome analyses.</a> Microbiome. 11 (1), 193(2023).</li>
<li>Trubl, G., Solonenko, N., Chittick, L., Solonenko, S. A., Rich, V. I., Sullivan, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimization+of+viral+resuspension+methods+for+carbon-rich+soils+along+a+permafrost+thaw+gradient%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Optimization of viral resuspension methods for carbon-rich soils along a permafrost thaw gradient.</a> PeerJ. 4, e1999(2016).</li>
<li>Roux, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+quantitative+viromics+for+both+double-stranded+and+single-stranded+DNA+viruses%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Towards quantitative viromics for both double-stranded and single-stranded DNA viruses.</a> PeerJ. 4, e2777(2016).</li>
<li>Kim, K. H., Bae, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Amplification+methods+bias+metagenomic+libraries+of+uncultured+single-stranded+and+double-stranded+DNA+viruses%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Amplification methods bias metagenomic libraries of uncultured single-stranded and double-stranded DNA viruses.</a> Appl Environ Microbiol. 77 (21), 7668(2011).</li>
<li>ter Horst, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Minnesota+peat+viromes+reveal+terrestrial+and+aquatic+niche+partitioning+for+local+and+global+viral+populations+%28vol+9%2C+233%2C+2021%29%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Minnesota peat viromes reveal terrestrial and aquatic niche partitioning for local and global viral populations (vol 9, 233, 2021).</a> Microbiome. 9 (1), (2021).</li>
<li>Sorensen, J., Zinke, L., ter Horst, A., Santos-Medellín, C., Schroeder, A., Emerson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNase+Treatment+Improves+Viral+Enrichment+in+Agricultural+Soil+Viromes%5BTitle%5D)+AND+%22mSystems%22%5BJournal%5D)">DNase Treatment Improves Viral Enrichment in Agricultural Soil Viromes.</a> mSystems. 6 (5), e00614-e00621 (2021).</li>
<li>Santos-Medellín, C., Estera-Molina, K., Yuan, M., Pett-Ridge, J., Firestone, M. K., Emerson, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+turnover+of+soil+viral+populations+and+genotypes+overlain+by+cohesive+responses+to+moisture+in+grasslands%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Spatial turnover of soil viral populations and genotypes overlain by cohesive responses to moisture in grasslands.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 119 (45), e2209132119(2022).</li>
<li>Emerson, J. B., Geonczy, S. E., Santos-Medellín, C., ter Horst, A. M., Fudyma, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Soil+Viromics+Protocol+-+Emerson+Lab+v1%5BTitle%5D)+AND+%22Protocols.io%22%5BJournal%5D)">Soil Viromics Protocol - Emerson Lab v1.</a> Protocols.io. , https://protocols.io/view/soil-viromics-protocol-emerson-lab-v1-b7nyrmfw/v1 (2022).</li>
<li>Göller, P. C., Haro-Moreno, J. M., Rodriguez-Valera, F., Loessner, M. J., Gómez-Sanz, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Uncovering+a+hidden+diversity%3A+optimized+protocols+for+the+extraction+of+dsDNA+bacteriophages+from+soil%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Uncovering a hidden diversity: optimized protocols for the extraction of dsDNA bacteriophages from soil.</a> Microbiome. 8 (1), 17(2020).</li>
<li>Larsen, F. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLarsen%2C+F+%22SM+buffer%22">SM buffer</a>. , Protocols.io. https://www.protocols.io/view/sm-buffer-8epv5967jg1b/v1 (2021).</li>
<li>Camargo, A. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+mobile+genetic+elements+with+geNomad%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Identification of mobile genetic elements with geNomad.</a> Nat Biotechnol. , (2023).</li>
<li>Santos-Medellín, C., Blazewicz, S. J., Pett-Ridge, J., Firestone, M. K., Emerson, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viral+but+not+bacterial+community+successional+patterns+reflect+extreme+turnover+shortly+after+rewetting+dry+soils%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Ecol+Evol%22%5BJournal%5D)">Viral but not bacterial community successional patterns reflect extreme turnover shortly after rewetting dry soils.</a> Nat Ecol Evol. 7 (11), 1809-1822 (2023).</li>
<li>Halary, S., Temmam, S., Raoult, D., Desnues, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viral+metagenomics%3A+are+we+missing+the+giants%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Viral metagenomics: are we missing the giants.</a> Curr Opin Microbiol. 31, 34-43 (2016).</li>
<li>Williamson, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomic+exploration+of+viruses+throughout+the+Indian+Ocean%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Metagenomic exploration of viruses throughout the Indian Ocean.</a> PLoS One. 7 (10), e42047(2012).</li>
<li>Liang, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+stepwise+assembly+of+the+neonatal+virome+is+modulated+by+breastfeeding%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The stepwise assembly of the neonatal virome is modulated by breastfeeding.</a> Nature. 581 (7809), 470-474 (2020).</li>
<li>Hillary, L. S., Knotts, T. A., Adams, S. H., Ali, M. R., Olm, M. R., Emerson, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+extraction+and+virome+processing+methods+strongly+influence+recovered+human+gut+viral+community+characteristics%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">DNA extraction and virome processing methods strongly influence recovered human gut viral community characteristics.</a> bioRxiv. , (2025).</li>
<li>Santos-Medellín, C., Zinke, L. A., ter Horst, A. M., Gelardi, D. L., Parikh, S. J., Emerson, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viromes+outperform+total+metagenomes+in+revealing+the+spatiotemporal+patterns+of+agricultural+soil+viral+communities%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+J%22%5BJournal%5D)">Viromes outperform total metagenomes in revealing the spatiotemporal patterns of agricultural soil viral communities.</a> ISME J. 15 (7), 1956-1970 (2021).</li>
<li>Gregory, A. C., Zablocki, O., Zayed, A. A., Howell, A., Bolduc, B., Sullivan, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Gut+Virome+Database+Reveals+Age-Dependent+Patterns+of+Virome+Diversity+in+the+Human+Gut%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Host+Microbe%22%5BJournal%5D)">The Gut Virome Database Reveals Age-Dependent Patterns of Virome Diversity in the Human Gut.</a> Cell Host Microbe. 28 (5), 724-740 (2020).</li>
<li>Yilmaz, S., Allgaier, M., Hugenholtz, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiple+displacement+amplification+compromises+quantitative+analysis+of+metagenomes%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Multiple displacement amplification compromises quantitative analysis of metagenomes.</a> Nat Methods. 7 (12), 943-944 (2010).</li>
<li>Kosmopoulos, J. C., Klier, K. M., Langwig, M. V., Tran, P. Q., Anantharaman, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viromes+vs.+mixed+community+metagenomes%3A+choice+of+method+dictates+interpretation+of+viral+community+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Viromes vs. mixed community metagenomes: choice of method dictates interpretation of viral community ecology.</a> Microbiome. 12 (1), 195(2024).</li>
<li>Zhai, X., Gobbi, A., Kot, W., Krych, L., Nielsen, D. S., Deng, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+single-stranded+based+library+preparation+method+for+virome+characterization%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">A single-stranded based library preparation method for virome characterization.</a> Microbiome. 12 (1), 219(2024).</li>
<li>Hillary, L. S., Adriaenssens, E. M., Jones, D. L., McDonald, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA-viromics+reveals+diverse+communities+of+soil+RNA+viruses+with+the+potential+to+affect+grassland+ecosystems+across+multiple+trophic+levels%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+Commun%22%5BJournal%5D)">RNA-viromics reveals diverse communities of soil RNA viruses with the potential to affect grassland ecosystems across multiple trophic levels.</a> ISME Commun. 2, 34(2022).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>مسحوق مصل البقر الألبومين (BSA) خالي من الإنزيمات والبروتيز</td><td>كواشف فيشر الحيوية</td><td>BP9706100</td><td>لوصفة PPBS (الخطوة 1.1)</td></tr><tr><td>مجموعة DNeasy PowerSoil Pro</td><td>كياغين</td><td>47016</td><td>مجموعة استخراج الحمض النووي (الخطوة 4.1)</td></tr><tr><td>مجموعة مكتبة KAPA DNA HyperPrep</td><td>روش</td><td>لا يوجد</td><td>تم ترتيب المكتبات التي تولدها هذه المجموعة باستخدام منصة Illumina NovaSeq 6000 (2 × 150 بيت).</td></tr><tr><td>كبريتات المغنيسيوم (MgSO4)، لامائية، > 99.5%</td><td>سيغما-ألدرتش</td><td>M7506</td><td>لوصفة PPBS (الخطوة 1.1)</td></tr><tr><td>محلول ملحي مخزن بالفوسفات (PBS)، 10x، رقم الهيدروجينيوم 7.4، خال من RNase</td><td>إنفيتروجين</td><td>AM9624</td><td>لوصفة PPBS (الخطوة 1.1)</td></tr><tr><td>مرشحات غشاء الحقن من بولي إيثير سلفون (PES)، معقمة، 28 مم، 0.2 & mu؛ m</td><td>كورنينغ</td><td>431229</td><td>للترشيح بالحقنة (الخطوة 2.9)</td></tr><tr><td>أنابيب الطرد المركزي المخروطية من البولي بروبيلين، معقمة، 50 مل</td><td>أوليمبوس بلاستكس</td><td>28-108</td><td></td></tr><tr><td>سترات البوتاسيوم أحادي الهيدرات (بلوري/معتمد)</td><td>فيشر كيميكال</td><td>P222</td><td>لوصفة PPBS (الخطوة 1.1)</td></tr><tr><td>كيوبت&nbsp; أنابيب الفحص</td><td>إنفيتروجين</td><td>س32856</td><td>لقياس كمية الحمض النووي (الخطوة 5.1)</td></tr><tr><td>فلوروميتر الكيوبت 4</td><td>إنفيتروجين</td><td>Q33238</td><td>لقياس كمية الحمض النووي (الخطوة 5.1)</td></tr><tr><td>مجموعات قياس كمية الحمض النووي الكيوبت dsDNA</td><td>إنفيتروجين</td><td>Q32850</td><td>لقياس كمية الحمض النووي (الخطوة 5.1)</td></tr><tr><td>RQ1 DNase الخالي من RNase</td><td>بروميغا</td><td>PR-M6101</td><td>يشمل مخزن التفاعل، وDNase، وحل الإيقاف</td></tr><tr><td>مرشحات غشاء البولي إيثير سلفون (PES) المحبة للماء (PES)، معقمة، 32 مم، 5.00 وميكرو؛ m&nbsp;</td><td>سايتيفا (سابقا بال لاب)</td><td>28150-956</td><td>للترشيح بالحقنة (الخطوة 2.9)</td></tr><tr><td>دوار الطرد المركزي الفائق: دوار من النوع 50.2 Ti بزاوية ثابتة، 50,000 دورة في الدقيقة، 302.000 × g، 12 × 39 م</td><td>بيكمان كولتر</td><td>337901</td><td>نستخدم أيضا دوار بيكمان كولتر Type 70 Ti الثابت الزاوية من التيتانيوم (الفئة 337922). الطرد المركزي لمدة 3 ساعات إذا كنت أستخدم 70 Ti.</td></tr><tr><td>أنابيب الطرد المركزي فوق الفائق: زجاجة بولي كربونات بسعة 26.3 مل مع مجموعة غطاء، 25 × 89 مم</td><td>بيكمان كولتر</td><td>355618</td><td>متوافقة مع دوارات بيكمان كولتر من النوع 50.2 Ti (الفئة 337901) والنوع 70 Ti (الفئة 337922)</td></tr><tr><td>الطرد المركزي فوق الفائق: جهاز الطرد المركزي الخارق للأرضية من شركة بيكمان إنسترومنتس أوبتيما LE-80K</td><td>بيكمان كولتر</td><td>365668</td><td>نستخدم أيضا جهاز Beckman Coulter L8-70M المبرد فوق المركزي (Cat. 344196)</td></tr></tbody></table>

تحليل الميتاجينوميات لحجم الفيروسات في الحمض النووي لعينات البراز البشري

DNA Viral Size Fraction Metagenomics for Human Stool Samples

Understanding the healthy human virosphere (the viral component of the microbiome) requires accurate measurements of viral community composition across a ...

dna-viral-size-fraction-metagenomics-for-human-stool-samples

Research

JoVE Journal

Biology

علم الأحياء

وخطوة واحدة RT-PCR فحص للكشف وتحديد genogroup من العزلات نوروفيروس من براز الأطفال، والتي تستخدم الاشعال وتحقيقات TaqMan محددة لإطار القراءة المفتوح 1 (ORF1)-ORF2 منطقة تقاطع، وهي المنطقة الأكثر حفظها من الجينوم نوروفيروس هو وصفها. وترد تفاصيل وغير التجاري، واستخراج الحمض النووي الريبي طريقة فعالة من حيث التكلفة.

كشف وGenogrouping من Noroviruses من براز الأطفال وذلك في خطوة واحدة Taqman RT-PCR

علم الجينوم فيروس واحد (SVG) هو وسيلة لعزل وتضخيم الجينوم من virons واحد. يتم تصنيف معلقات الفيروسية من تجمع مختلط باستخدام التدفق الخلوي على شريحة المجهر مع آبار منفصلة تحتوي على الاغاروز، وبالتالي الاستيلاء على الفيريون والحد من قص الجينوم أثناء التجهيز النهائي. ويتم تحقيق كامل الجينوم التضخيم متعددة باستخدام التضخيم التشرد (MDA) مما أدى إلى المواد الجينية التي هي مناسبة لتسلسل.

العزلة وتحليل الجينوم Virions واحدة باستخدام &#39;جينوم فيروس واحد&#39;

يصف هذا الفيديو بروتوكول عزل الحمض النووي من عينات البراز للفئران الحاملة لورم القولون. يتم تضخيم الحمض النووي المستخرج باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل ، ويتم تنظيف المنتج بشكل أكبر باستخدام نهج قائم على الخرز المغناطيسي. يمكن استخدام هذه الطريقة لتحديد تأثير التخصيب البيئي على ميكروبيوتا القولون ووفيات.

عزل الحمض النووي الميكروبي للبراز: دراسة تأثير الإثراء البيئي على تنوع الميكروبيوم في نموذج ورم الفئران

باستخدام التليف الكيسي الهوائية كمثال على ذلك، تقدم المخطوطة سير عمل شامل يضم مجموعة من النهج ميتاجينومية وmetatranscriptomic لتوصيف الجرثومية والفيروسية المجتمعات في عينات المرتبط الحيوان.

تنقية انجاس: تسلسل Metagenomes وMetatranscriptomes من مجمع عينات المرتبط الحيوانية

هنا ، نقدم بروتوكولا شاملا لتقييم توافر المغذيات العضوية وغير العضوية ووفرة وهيكل المجتمعات الميكروبية والفيروسية في البيئات البحرية النائية.

كشف اللاعبين غير مرئي في المحيط - دليل ميداني للكيمياء المياه وعلم الأحياء المجهرية البحرية

هنا ، نقدم مناهج ظاهرية للتوصيف الوظيفي لجينات العاثيات المفترضة. تشمل التقنيات فحصا متطورا قادرا على مراقبة التمثيل الغذائي الابتنائي للمضيف ، ولوحات الفحص متعددة الأنماط الظاهرية (MAPs) ، بالإضافة إلى الطريقة المعمول بها في التمثيل الغذائي ، القادرة على قياس التأثيرات على التمثيل الغذائي التقويضي.

Phenomics فج: مقاربات الفسيولوجية لتوصيف رواية الفيروسية البروتينات

وصفنا وسيلة فعالة وقوية، وفعالة من حيث التكلفة لاستخراج الحمض النووي من مسحات لتوصيف المجتمعات البكتيرية باستخدام 16S الريباسي amplicon الجينات التسلسل. يسمح طريقة لنهج المعالجة المشترك لأنواع عينة متعددة ويستوعب عددا من العمليات التحليلية المصب.

كفاءة نوكليك حمض استخراج و16S الريباسي جين تسلسل للبكتيريا الجماعة توصيف

ويصف هذه المخطوطة بروتوكول موحد مفصلة لتسلسل الرنا الريباسي amplicon الفائق 16S. ويدخل البروتوكول بروتوكولا المتكاملة ويرتدون الزي العسكري ومجدية وغير مكلفة بدءاً من جمع عينات البراز من خلال تحليل البيانات. ويتيح هذا البروتوكول تحليل عدد كبير من العينات مع المعايير الصارمة والعديد من عناصر التحكم.

بروتوكول المصحوبة بمرشدين لتوصيف الجراثيم البراز بتسلسل الرنا الريباسي-Amplicon 16S

يعزل هذا البروتوكول الحمض النووي الريبي الكلي عالي الجودة من عينات البراز من الحيوانات والبشر. يتم استخدام مجموعة عزل miRNA التجارية مع تكيف كبير لعزل الحمض النووي الريبي النقي بكمية وجودة محسنة. تعتبر عزلات الحمض النووي الريبي جيدة لمعظم فحوصات الحمض النووي الريبي النهائية مثل التسلسل والمصفوفات الدقيقة و RT-PCR.

البراز (الصغير) عزل الحمض النووي الريبي

يعد التحديد الكمي الدقيق لنسخ الجينوم الناقل للفيروس المرتبط بالغدي (AAV) أمرا بالغ الأهمية ، ولكن لم يتم بعد إنشاء بروتوكول موحد. يصف هذا البروتوكول طريقة تم التحقق من صحتها لإعداد عينات AAV المنقاة وإجراء تفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي (dd_PCR) لتحديد عيار الجينوم الفيروسي بشكل موثوق.

القياس الكمي للجينومات الفيروسية المرتبطة بالغدينو في عينات النواقل المنقاة بواسطة تفاعل البلمرة المتسلسل للقطرات الرقمية

اكتشف بروتوكولاً مرناً لاستخلاص الحمض النووي للفيروسات من عينات البراز البشرية باستخدام الترشيح والطرد المركزي فائق السرعة. يُنتج ميتاجينومات فيروسية عالية الجودة بنسبة 74% من القراءات الفيروسية.

تحليل الميتاجينوميات لحجم الفيروسات في الحمض النووي لعينات البراز البشري

استكشف المزيد من الفيديوهات